View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20029_low_21 (Length: 335)

Name: NF20029_low_21
Description: NF20029
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20029_low_21
NF20029_low_21
[»] chr3 (24 HSPs)
chr3 (16-335)||(9841438-9841757)
chr3 (16-335)||(10263281-10263600)
chr3 (17-335)||(10431211-10431529)
chr3 (16-335)||(10520065-10520384)
chr3 (17-335)||(9852320-9852638)
chr3 (16-335)||(10034583-10034902)
chr3 (20-335)||(10583097-10583412)
chr3 (16-288)||(10666046-10666318)
chr3 (40-335)||(9980070-9980365)
chr3 (18-335)||(10373012-10373329)
chr3 (16-335)||(10129502-10129821)
chr3 (16-335)||(10360971-10361290)
chr3 (16-288)||(10091374-10091649)
chr3 (16-288)||(10198256-10198531)
chr3 (16-335)||(10503162-10503481)
chr3 (100-335)||(11771898-11772133)
chr3 (100-335)||(11779152-11779387)
chr3 (35-151)||(13852815-13852931)
chr3 (102-195)||(10531327-10531420)
chr3 (104-149)||(10680127-10680172)
chr3 (227-288)||(10192887-10192948)
chr3 (234-288)||(10531579-10531633)
chr3 (234-288)||(10680377-10680431)
chr3 (227-288)||(10085967-10086028)
[»] scaffold0083 (1 HSPs)
scaffold0083 (17-335)||(54772-55090)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (16-335)||(26909468-26909787)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (35-288)||(11487628-11487881)
chr8 (94-140)||(44955024-44955070)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (98-272)||(17850156-17850333)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 216; Significance: 1e-118; HSPs: 24)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 16 - 335
Target Start/End: Original strand, 9841438 - 9841757
Alignment:
16 gattcaattgaattatttgaagtcaagcttaagatggacatgctcaccgctcttgaaaggttggatatgacatgtcaaaagctgtcattttgtgaaggag 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| || | | ||||  | || ||||||||||||||||||    
9841438 gattcaattgaattatttgaagtcaagcttaagatggacatgctcacagctcttgaaatgttgaatctaaaatgtgcagagttgtcattttgtgaaggag 9841537  T
116 tttgtctacctcccaaattacaatcaattgtgatttctacccaaaaaacagcaccgccggttacggaatggggtctccaatatttgacagcactttccta 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||    
9841538 tttgtctacctcccaaattacaatcaattgctatttctacccaaaaaacagcaccgccggttacggaatggggtcaccaatatttgacggcactttccta 9841637  T
216 ctcgagtattcaaaagggtgatgatatatttaacaccttgatgaaggagtcgttgctacccatctcccttgtggaactagatatcaaggatctcaatgaa 315  Q
    || | | ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||| |||||| |||||||  ||||    
9841638 cttgcgaattgataagggtgatgatatatttaacaccttgatgaaggagtcgttgctacccatctcccttgtgtctctaaatatcagggatctctctgaa 9841737  T
316 atgaagtcctttgatggaaa 335  Q
    ||||||||||||||||||||    
9841738 atgaagtcctttgatggaaa 9841757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 16 - 335
Target Start/End: Original strand, 10263281 - 10263600
Alignment:
16 gattcaattgaattatttgaagtcaagcttaagatggacatgctcaccgctcttgaaaggttggatatgacatgtcaaaagctgtcattttgtgaaggag 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  | | ||||||  | || ||||||||| ||||||||    
10263281 gattcaattgaattatttgaagtcaagcttaagatggaaatgctcaccgctcttgaaaggttgtttctaacatgtgcagagttgtcattttctgaaggag 10263380  T
116 tttgtctacctcccaaattacaatcaattgtgatttctacccaaaaaacagcaccgccggttacggaatggggtctccaatatttgacagcactttccta 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
10263381 tttgtctacctcccaaattacaatcaattgagatttctacccaaaaaacaacaccgccggttacggaatggggtctccaatatttgacagcactttccta 10263480  T
216 ctcgagtattcaaaagggtgatgatatatttaacaccttgatgaaggagtcgttgctacccatctcccttgtggaactagatatcaaggatctcaatgaa 315  Q
    || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || | |||  | ||   ||||||  ||||    
10263481 cttgactattcaaaagggtgatgatatatttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttttgtatctacgtgtctttgatctctctgaa 10263580  T
316 atgaagtcctttgatggaaa 335  Q
    ||||||||||||||||||||    
10263581 atgaagtcctttgatggaaa 10263600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 17 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 10431529 - 10431211
Alignment:
17 attcaattgaattatttgaagtcaagcttaagatggacatgctcaccgctcttgaaaggttggatatgacatgtcaaaagctgtcattttgtgaaggagt 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
10431529 attcaattgaattatttgaagtcaagcttaagatggacatgctcaccgctcttgaaaagttgcatatgaaatgtcaaaagctgtcattttgtgaaggagt 10431430  T
117 ttgtctacctcccaaattacaatcaattgtgatttctacccaaaaaacagcaccgccggttacggaatggggtctccaatatttgacagcactttcctac 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  | ||||  | | || || | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
10431429 ttgtctacctcccaaattacaatcaatttggttttcatctcgaagaataactccgccggttacggaatggggtctccaatatttgacagcactttcctta 10431330  T
217 tcgagtattcaaaagggtgatgatatatttaacaccttgatgaaggagtcgttgctacccatctcccttgtggaactagatatcaaggatctcaatgaaa 316  Q
    | ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||  ||||||  |||||    
10431329 ttgacaattcaaaagggtgatgatatatttaacaccttgatgaaggagtcgttgctacccatctcccttgtgtatctatatatcactgatctctctgaaa 10431230  T
317 tgaagtcctttgatggaaa 335  Q
    |||||||||||||||||||    
10431229 tgaagtcctttgatggaaa 10431211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 16 - 335
Target Start/End: Original strand, 10520065 - 10520384
Alignment:
16 gattcaattgaattatttgaagtcaagcttaagatggacatgctcaccgctcttgaaaggttggatatgacatgtcaaaagctgtcattttgtgaaggag 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  | |    |||  | || ||||||||||||||||||    
10520065 gattcaattgaattatttgaagtcaagcttaagatggacatgctcacagctcttgaaaggttgactctagattgtgtagagttgtcattttgtgaaggag 10520164  T
116 tttgtctacctcccaaattacaatcaattgtgatttctacccaaaaaacagcaccgccggttacggaatggggtctccaatatttgacagcactttccta 215  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
10520165 tttgtctacctcccaaattgcaatcaattaagatttctacccaaaaaacagcaccgccggttacggaatggggtctccaatatttgacagcactttccga 10520264  T
216 ctcgagtattcaaaagggtgatgatatatttaacaccttgatgaaggagtcgttgctacccatctcccttgtggaactagatatcaaggatctcaatgaa 315  Q
    || | |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||   |||  ||||| |||||||  ||||    
10520265 cttgggtattgtaaagggtgatgatatatttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgactctaactatcagggatctctctgaa 10520364  T
316 atgaagtcctttgatggaaa 335  Q
    ||||||||||||||||||||    
10520365 atgaagtcctttgatggaaa 10520384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 17 - 335
Target Start/End: Original strand, 9852320 - 9852638
Alignment:
17 attcaattgaattatttgaagtcaagcttaagatggacatgctcaccgctcttgaaaggttggatatgacatgtcaaaagctgtcattttgtgaaggagt 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||| |||||| ||| |||||| ||||||||| |||||||||    
9852320 attcaattgaattatttgaagtcaagcttaagatggacatgctcaccgctcttgaagatttgcatatgaaatgccaaaagttgtcattttctgaaggagt 9852419  T
117 ttgtctacctcccaaattacaatcaattgtgatttctacccaaaaaacagcaccgccggttacggaatggggtctccaatatttgacagcactttcctac 216  Q
    |||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |      
9852420 ttgtctacctcccaaattaagaacaattgtgatttctaccaaaaaaacagcaccgccggttacggaatggggtctccaatatttgacagctctttcatca 9852519  T
217 tcgagtattcaaaagggtgatgatatatttaacaccttgatgaaggagtcgttgctacccatctcccttgtggaactagatatcaaggatctcaatgaaa 316  Q
    | | | |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||   ||| |||||| || ||||  |||||    
9852520 ttgtggattgtaaagggtgatgatatatttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgtctctaaatatcatggttctctctgaaa 9852619  T
317 tgaagtcctttgatggaaa 335  Q
    |||||||||||||||||||    
9852620 tgaagtcctttgatggaaa 9852638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 16 - 335
Target Start/End: Original strand, 10034583 - 10034902
Alignment:
16 gattcaattgaattatttgaagtcaagcttaagatggacatgctcaccgctcttgaaaggttggatatgacatgtcaaaagctgtcattttgtgaaggag 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || | | ||||  | || ||||||||||||||||||    
10034583 gattcaattgaattatttgaagtcaagcttaagatggacatgctcacagctcttgaaaggttgaatctaaaatgtgcagagttgtcattttgtgaaggag 10034682  T
116 tttgtctacctcccaaattacaatcaattgtgatttctacccaaaaaacagcaccgccggttacggaatggggtctccaatatttgacagcactttccta 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||  |||||| ||||   ||  | || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
10034683 tttgtctacctcccaaattacaatcaattacgatttcatcccaaagaacaaagccatctgtaacggaatggggtctccaatatttgacagcactttccaa 10034782  T
216 ctcgagtattcaaaagggtgatgatatatttaacaccttgatgaaggagtcgttgctacccatctcccttgtggaactagatatcaaggatctcaatgaa 315  Q
    || ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||| |||||| |||| || |||||    
10034783 cttgagtattgaaaagggtgatgatatagttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgtatctatatatcagggatttcgatgaa 10034882  T
316 atgaagtcctttgatggaaa 335  Q
    ||||||||||||||||||||    
10034883 atgaagtcctttgatggaaa 10034902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 20 - 335
Target Start/End: Original strand, 10583097 - 10583412
Alignment:
20 caattgaattatttgaagtcaagcttaagatggacatgctcaccgctcttgaaaggttggatatgacatgtcaaaagctgtcattttgtgaaggagtttg 119  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  ||| |||||| ||| |||||| ||||||||| ||||||||||||    
10583097 caattgaattatttgaagtcaagtttaagatggaaatgctcaccgctcttgaaaatttgcatatgaaatgccaaaagttgtcattttctgaaggagtttg 10583196  T
120 tctacctcccaaattacaatcaattgtgatttctacccaaaaaacagcaccgccggttacggaatggggtctccaatatttgacagcactttcctactcg 219  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || | ||||| |||||   || |    
10583197 tctacctctcaaattacgatcaattgtgatttttacccaaaaaacagcaccgccggttacggaatggggtctcaaagatctaacagctctttcaagctgg 10583296  T
220 agtattcaaaagggtgatgatatatttaacaccttgatgaaggagtcgttgctacccatctcccttgtggaactagatatcaaggatctcaatgaaatga 319  Q
    ||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||  | |||||  ||||||||    
10583297 agtattggaaaggatgatgatatatttaacaccttgatgaaggagtcgttgctacccatctcccttgtgtatctatatatctggaatctctctgaaatga 10583396  T
320 agtcctttgatggaaa 335  Q
    ||||||||||||||||    
10583397 agtcctttgatggaaa 10583412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 16 - 288
Target Start/End: Original strand, 10666046 - 10666318
Alignment:
16 gattcaattgaattatttgaagtcaagcttaagatggacatgctcaccgctcttgaaaggttggatatgacatgtcaaaagctgtcattttgtgaaggag 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||  | | | ||||  | || ||||||||||||||||||    
10666046 gattcaattgaattatttgaagtcaagcttaagatggacatgctcactgctcttgaaaagttgattctaagatgtgcacagttgtcattttgtgaaggag 10666145  T
116 tttgtctacctcccaaattacaatcaattgtgatttctacccaaaaaacagcaccgccggttacggaatggggtctccaatatttgacagcactttccta 215  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  | |||| || | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
10666146 tttgtctacctcccaaattacaaacaattgtgatttcatctcaaagaataactccgccggttacggaatggggtctccaatatttgacagcactttccta 10666245  T
216 ctcgagtattcaaaagggtgatgatatatttaacaccttgatgaaggagtcgttgctacccatctcccttgtg 288  Q
    || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
10666246 cttgagtattgaaaagggtgatgatatatttaacaccttgatgaaggagtcgttgctacccatatcccttgtg 10666318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 40 - 335
Target Start/End: Original strand, 9980070 - 9980365
Alignment:
40 aagcttaagatggacatgctcaccgctcttgaaaggttggatatgacatgtcaaaagctgtcattttgtgaaggagtttgtctacctcccaaattacaat 139  Q
    |||||||||||||| |||||| |||| |||||||  ||| |||||| ||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
9980070 aagcttaagatggaaatgctctccgcccttgaaaatttgcatatgaaatgccaaaagttgtcattttctgaaggagtttgtctacctctcaaattacaat 9980169  T
140 caattgtgatttctacccaaaaaacagcaccgccggttacggaatggggtctccaatatttgacagcactttcctactcgagtattcaaaagggtgatga 239  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||| |||  ||||||||||||    
9980170 caattgtgatttctaccaaaaaaacagcaccgccggttacggaatggggtctccaatatttgacagcacttttcgacttgagaattgtaaagggtgatga 9980269  T
240 tatatttaacaccttgatgaaggagtcgttgctacccatctcccttgtggaactagatatcaaggatctcaatgaaatgaagtcctttgatggaaa 335  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||  ||||   ||||||  ||||||||||||||||||||||||    
9980270 tatatttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgcatctacgtatctgtgatctctctgaaatgaagtcctttgatggaaa 9980365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 18 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 10373329 - 10373012
Alignment:
18 ttcaattgaattatttgaagtcaagcttaagatggacatgctcaccgctcttgaaaggttggatatgacatgtcaaaagctgtcattttgtgaaggagtt 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||  ||||| | || ||||||||||||||||||||    
10373329 ttcaattgaattatttgaagtcaagcttaagatggacatgctcaccgctcttgaaaggttgagtttgggatgtcgagagttgtcattttgtgaaggagtt 10373230  T
118 tgtctacctcccaaattacaatcaattgtgatttctacccaaaaaacagcaccgccggttacggaatggggtctccaatatttgacagcactttcctact 217  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||  ||||||  | | || || | ||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||| || ||   ||    
10373229 tgtctacctctcaaattacaatcaatttggatttcatctcgaagaataacaccgccggttacggaatggggtctccaagatctaacagctctgtcaagct 10373130  T
218 cgagtattcaaaagggtgatgatatatttaacaccttgatgaaggagtcgttgctacccatctcccttgtggaactagatatcaaggatctcaatgaaat 317  Q
     |||||||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||  ||||||  |||||  ||||||    
10373129 tgagtattagaaaggatgatgatatagttaacaccttgatgaaggagtcgttgctacccatctcccttgtgcatctacgtatcaattatctctctgaaat 10373030  T
318 gaagtcctttgatggaaa 335  Q
    ||||||||||||||||||    
10373029 gaagtcctttgatggaaa 10373012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 16 - 335
Target Start/End: Original strand, 10129502 - 10129821
Alignment:
16 gattcaattgaattatttgaagtcaagcttaagatggacatgctcaccgctcttgaaaggttggatatgacatgtcaaaagctgtcattttgtgaaggag 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| || | | ||||  | || ||||||||||||||||||    
10129502 gattcaattgaattatttgaagtcaagcttaagattgacatgctcacagctcttgaaaggttgaatctaaaatgtgcagagttgtcattttgtgaaggag 10129601  T
116 tttgtctacctcccaaattacaatcaattgtgatttctacccaaaaaacagcaccgccggttacggaatggggtctccaatatttgacagcactttccta 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||     || ||| |||||||||||| || || ||||||||||| ||| ||||||| || |||||       
10129602 tttgtctacctcccaaattacaatcaattgagatacagtccaaaagaacagcaccgcctgtgacagaatggggtcttcaagatttgaccgctctttcaag 10129701  T
216 ctcgagtattcaaaagggtgatgatatatttaacaccttgatgaaggagtcgttgctacccatctcccttgtggaactagatatcaaggatctcaatgaa 315  Q
     | |||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||| |||||| |||| || |||||    
10129702 attgagtattggaaagggtgatgatatagttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgtatctatatatcagggatttcgatgaa 10129801  T
316 atgaagtcctttgatggaaa 335  Q
    ||||||||||||||||||||    
10129802 atgaagtcctttgatggaaa 10129821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 136; E-Value: 6e-71
Query Start/End: Original strand, 16 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 10361290 - 10360971
Alignment:
16 gattcaattgaattatttgaagtcaagcttaagatggacatgctcaccgctcttgaaaggttggatatgacatgtcaaaagctgtcattttgtgaaggag 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||| |||||  | |    || | | || |||| |||||||||||||    
10361290 gattcaattgaattatttgaagtcaagcttaagatggacacgcttgccgctcttgaacggttgactctagattggccagagttgtcgttttgtgaaggag 10361191  T
116 tttgtctacctcccaaattacaatcaattgtgatttctacccaaaaaacagcaccgccggttacggaatggggtctccaatatttgacagcactttccta 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||     || ||| |||||||| ||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
10361190 tttgtctacctcccaaattacaatcaattatgatacagtccaaaagaacagcactgcctgtgacagaatggggtctccaatatttgacagcactttccaa 10361091  T
216 ctcgagtattcaaaagggtgatgatatatttaacaccttgatgaaggagtcgttgctacccatctcccttgtggaactagatatcaaggatctcaatgaa 315  Q
    || | |||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||   || || ||| |  |||||  ||||    
10361090 cttgggtattggaaagggtgatgatatagttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccgtctcccttgtgtctctggaaatccatcatctctctgaa 10360991  T
316 atgaagtcctttgatggaaa 335  Q
    ||||||||||||||||||||    
10360990 atgaagtcctttgatggaaa 10360971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 16 - 288
Target Start/End: Original strand, 10091374 - 10091649
Alignment:
16 gattcaattgaattatttgaagtcaagcttaagatggacatgctcaccgctcttgaaaggttggatatgacatgtcaaaa---gctgtcattttgtgaag 112  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||| ||  ||||||||| ||||| | ||||  | ||| ||||| |     | |||||||||||||||    
10091374 gattcaattgaattgtttaaagtcaagcttcagatgaactcgctcaccgcccttgagaagttgtttctgaaatgtcgaggagtgttgtcattttgtgaag 10091473  T
113 gagtttgtctacctcccaaattacaatcaattgtgatttctacccaaaaaacagcaccgccggttacggaatggggtctccaatatttgacagcactttc 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||   ||||| |||| | || |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| || | ||  | |||||    
10091474 gagtttgtctacctcccaaattacaaaagattgttattttttccaaaaaaataacaccgccggttacggaatggggtctccaagatctaaccactctttc 10091573  T
213 ctactcgagtattcaaaagggtgatgatatatttaacaccttgatgaaggagtcgttgctacccatctcccttgtg 288  Q
    | | | ||  ||| || |||  | ||||||| |||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
10091574 cgaattgatgattaaagaggcaggtgatatagttaacaacttggtgacggagtcgttgctacccatctcccttgtg 10091649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 16 - 288
Target Start/End: Original strand, 10198256 - 10198531
Alignment:
16 gattcaattgaattatttgaagtcaagcttaagatggacatgctcaccgctcttgaaaggttggatatgacatgtcaaaagctgt---cattttgtgaag 112  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||| ||  ||||||||| ||||| | ||||  | ||| ||||| |   ||||   ||||||||||||    
10198256 gattcaattgaattgtttaaagtcaagcttcagatgaacgcgctcaccgcccttgagaagttgtttctgaaatgtcgaggactgttgtcattttgtgaag 10198355  T
113 gagtttgtctacctcccaaattacaatcaattgtgatttctacccaaaaaacagcaccgccggttacggaatggggtctccaatatttgacagcactttc 212  Q
    ||||||||||||||||||||||||||   ||||| |||| | || |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| || | ||  | |||||    
10198356 gagtttgtctacctcccaaattacaaaagattgttattttttccaaaaaaataacaccgccggttacggaatggggtctccaagatctaaccactctttc 10198455  T
213 ctactcgagtattcaaaagggtgatgatatatttaacaccttgatgaaggagtcgttgctacccatctcccttgtg 288  Q
    | | | ||  ||| || |||  | ||||||| |||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
10198456 cgaattgatgattaaagaggcaggtgatatagttaacaacttggtgacggagtcgttgctacccatctcccttgtg 10198531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 16 - 335
Target Start/End: Original strand, 10503162 - 10503481
Alignment:
16 gattcaattgaattatttgaagtcaagcttaagatggacatgctcaccgctcttgaaaggttggatatgacatgtcaaaagctgtcattttgtgaaggag 115  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||| ||||| ||| |||||| |||||||||  ||||||  ||   |||||  || | ||||||||||||||||    
10503162 gattcagttgaatcatttgaagtcaagcttcagatgaacacgctcacggctcttgaagagttggacttggattgtcaggagttatcattttgtgaaggag 10503261  T
116 tttgtctacctcccaaattacaatcaattgtgatttctacccaaaaaacagcaccgccggttacggaatggggtctccaatatttgacagcactttcct- 214  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||   |||||| |||| || | ||  | | | ||||||||||  || || |||| || |||||       
10503262 tttgtcttcctcccaaattacaatcaattgatatttggtcccaaagaacaacaactcctataatgaaatggggtcttgaagatctgaccgctctttcaag 10503361  T
215 actcgagtattcaaaagggtgatgatatatttaacaccttgatgaaggagtcgttgctacccatctcccttgtggaactagatatcaaggatctcaatga 314  Q
    ||| ||  |||  |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||     ||| ||||||  |||||| ||||    
10503362 act-gaaaattggagcaggtgatgatatatttaacaccttgatgaaggagtcgttgcttcccatctcccttgcatctctatatatcagtgatctctatga 10503460  T
315 aatgaagtcctttgatggaaa 335  Q
    |||||||||||||||||||||    
10503461 aatgaagtcctttgatggaaa 10503481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 100 - 335
Target Start/End: Original strand, 11771898 - 11772133
Alignment:
100 tcattttgtgaaggagtttgtctacctcccaaattacaatcaattgtgatttctacccaaaaaacagcaccgccggttacggaatggggtctccaatatt 199  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || | |||||| |||| |||| || ||||| ||||||||||||||| |      
11771898 tcattttgtgaaggagtttgtctacctcccaacttacaatcaattgtgagtttttcccaaataacaacaccaccagttacagaatggggtctccaaaacc 11771997  T
200 tgacagcactttcctactcgagtattcaaaagggtgatgatatatttaacaccttgatgaaggagtcgttgctacccatctcccttgtggaactagatat 299  Q
      ||  | |||||  | | |  ||||  ||| | |||| ||||| | | |||||||||||| |||| |||||| || |||||||||||||| ||   |||    
11771998 aaaccactctttcgaaattggttattggaaatgatgataatatagtcaccaccttgatgaaagagttgttgctgcctatctcccttgtggacctgtctat 11772097  T
300 caaggatctcaatgaaatgaagtcctttgatggaaa 335  Q
    ||  |||||| ||||||||||||| |||||||||||    
11772098 cattgatctctatgaaatgaagtcttttgatggaaa 11772133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 100 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 11779387 - 11779152
Alignment:
100 tcattttgtgaaggagtttgtctacctcccaaattacaatcaattgtgatttctacccaaaaaacagcaccgccggttacggaatggggtctccaatatt 199  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||| |||| |||| || ||||| ||||||||||||||| |      
11779387 tcattttgtgaaagagtttgtctacctcccaaattacaatcaattgtgagtttttcccaaataacaacaccaccagttacagaatggggtctccaaaacc 11779288  T
200 tgacagcactttcctactcgagtattcaaaagggtgatgatatatttaacaccttgatgaaggagtcgttgctacccatctcccttgtggaactagatat 299  Q
      ||  | |||||  |   |  ||||  ||| | |||| ||||| | | ||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||| ||   |||    
11779287 aaaccactctttcagaactggttattggaaatgatgataatatagtcaccaccttgatgaaggatttgttgctacctatctcccttgtggacctgtctat 11779188  T
300 caaggatctcaatgaaatgaagtcctttgatggaaa 335  Q
    ||  |||||| |||||||||||||||| ||||||||    
11779187 cattgatctctatgaaatgaagtccttcgatggaaa 11779152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 35 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 13852931 - 13852815
Alignment:
35 aagtcaagcttaagatggacatgctcaccgctcttgaaaggttggatatgacatgtcaaaagctgtcattttgtgaaggagtttgtctacctcccaaatt 134  Q
    |||| ||||||  |||||||| ||| |||||||||||| |||||||  ||  ||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
13852931 aagtgaagcttcggatggacacgcttaccgctcttgaacggttggacttggaatgtcgagagttgtcattttgtgaaggagtttgtctacctcctaaatt 13852832  T
135 acaatcaattgtgattt 151  Q
    |||||||||||||||||    
13852831 acaatcaattgtgattt 13852815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 102 - 195
Target Start/End: Original strand, 10531327 - 10531420
Alignment:
102 attttgtgaaggagtttgtctacctcccaaattacaatcaattgtgatttctacccaaaaaacagcaccgccggttacggaatggggtctccaa 195  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||| | || | ||||| || || |||||||||||||||    
10531327 attttgtgaaggaatttgtctacctcccaaattacaatcaattgtgatatctttccaaagagcaacgccgcctgtaacagaatggggtctccaa 10531420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 104 - 149
Target Start/End: Original strand, 10680127 - 10680172
Alignment:
104 tttgtgaaggagtttgtctacctcccaaattacaatcaattgtgat 149  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
10680127 tttgtgaaggagtttgtctacctcccaaattacaatcaattgtgat 10680172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 227 - 288
Target Start/End: Original strand, 10192887 - 10192948
Alignment:
227 aaaagggtgatgatatatttaacaccttgatgaaggagtcgttgctacccatctcccttgtg 288  Q
    |||||| || ||||||| ||||||||||| | || ||| |||||||||||||||||||||||    
10192887 aaaaggatggtgatatagttaacaccttggtaaaagagccgttgctacccatctcccttgtg 10192948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 234 - 288
Target Start/End: Original strand, 10531579 - 10531633
Alignment:
234 tgatgatatatttaacaccttgatgaaggagtcgttgctacccatctcccttgtg 288  Q
    |||||||||| |||||||| || |||| ||||| ||||| |||||||||||||||    
10531579 tgatgatatagttaacaccgtgctgaacgagtcattgcttcccatctcccttgtg 10531633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 234 - 288
Target Start/End: Original strand, 10680377 - 10680431
Alignment:
234 tgatgatatatttaacaccttgatgaaggagtcgttgctacccatctcccttgtg 288  Q
    |||||||||| |||||||| || |||| ||||| ||||| |||||||||||||||    
10680377 tgatgatatagttaacaccgtgctgaacgagtcattgcttcccatctcccttgtg 10680431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 227 - 288
Target Start/End: Original strand, 10085967 - 10086028
Alignment:
227 aaaagggtgatgatatatttaacaccttgatgaaggagtcgttgctacccatctcccttgtg 288  Q
    |||||| || ||||||| ||||||||||| | || ||| |||||||| ||||||||||||||    
10085967 aaaaggatggtgatatagttaacaccttggtaaaagagccgttgctaaccatctcccttgtg 10086028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083 (Bit Score: 195; Significance: 1e-106; HSPs: 1)
Name: scaffold0083
Description:

Target: scaffold0083; HSP #1
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 17 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 55090 - 54772
Alignment:
17 attcaattgaattatttgaagtcaagcttaagatggacatgctcaccgctcttgaaaggttggatatgacatgtcaaaagctgtcattttgtgaaggagt 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||  ||| |||||| ||| |||||| ||||||||| |||||||||    
55090 attcaattgaattatttgaagtcaagcttaagatggaaatgctctccgcccttgaaaatttgcatatgaaatgccaaaagttgtcattttctgaaggagt 54991  T
117 ttgtctacctcccaaattacaatcaattgtgatttctacccaaaaaacagcaccgccggttacggaatggggtctccaatatttgacagcactttcctac 216  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |      
54990 ttgtctacctctcaaattacaatcaattgtgatttctaccaaaaaaacagcaccgccggttacggaatggggtctccaatatttgacagctctttttttt 54891  T
217 tcgagtattcaaaagggtgatgatatatttaacaccttgatgaaggagtcgttgctacccatctcccttgtggaactagatatcaaggatctcaatgaaa 316  Q
    | | |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||  ||||   ||||||  |||||    
54890 ttgtgtattgtaaagggtgatgatatatttaacaccttgatgaaggagtcattgctacccatctcccttgtgcatctacgtatctgtgatctctctgaaa 54791  T
317 tgaagtcctttgatggaaa 335  Q
    |||||||||||||||||||    
54790 tgaagtcctttgatggaaa 54772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 96; Significance: 5e-47; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 16 - 335
Target Start/End: Original strand, 26909468 - 26909787
Alignment:
16 gattcaattgaattatttgaagtcaagcttaagatggacatgctcaccgctcttgaaaggttggatatgacatgtcaaaagctgtcattttgtgaaggag 115  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||  |||||||| |||||| | |||||||  |||| || ||   |||| | || |||||||||||||||| |    
26909468 gattcaattgaattatttaaagtgaagcttcggatggacacgctcacagatcttgaacagttgtatctggactgtcgagagttgtcattttgtgaaggtg 26909567  T
116 tttgtctacctcccaaattacaatcaattgtgatttctacccaaaaaacagcaccgccggttacggaatggggtctccaatatttgacagcactttccta 215  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||   |||   | |||| |||| ||||| | |||||||||||| |||||||| || | ||  | |||||  |    
26909568 tttgtctacctcccaacttacaatcaattgacctttggtctcaaataacaacaccgtctgttacggaatggtgtctccaagatctaaccactctttcaga 26909667  T
216 ctcgagtattcaaaagggtgatgatatatttaacaccttgatgaaggagtcgttgctacccatctcccttgtggaactagatatcaaggatctcaatgaa 315  Q
     | || |||  || ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    ||| | |||| ||||||| |||||    
26909668 attgactatcaaagagggtcatgatacatttaacaccttgatgaaggagttgttgctacccatctcccttgtttctctacaaatcatggatctctatgaa 26909767  T
316 atgaagtcctttgatggaaa 335  Q
    ||||||||||||||||||||    
26909768 atgaagtcctttgatggaaa 26909787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 66; Significance: 4e-29; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 35 - 288
Target Start/End: Original strand, 11487628 - 11487881
Alignment:
35 aagtcaagcttaagatggacatgctcaccgctcttgaaaggttggatatgacatgtcaaaagctgtcattttgtgaaggagtttgtctacctcccaaatt 134  Q
    ||||||| |||  ||||||||||||||| |||||||||   |||  | |||  |||| | || |||||||||||||||  |||| |||||||||||||||    
11487628 aagtcaaacttcggatggacatgctcactgctcttgaagttttgtctctgaattgtccagagttgtcattttgtgaagatgtttctctacctcccaaatt 11487727  T
135 acaatcaattgtgatttctacccaaaaaacagcaccgccggttacggaatggggtctccaatatttgacagcactttcctactcgagtattcaaaagggt 234  Q
    | ||||||||| |||||   |  ||| | || | ||||| |||||||||||||||||| || || |||| || |||||    | || ||||  |  ||||    
11487728 agaatcaattgagattttgtcggaaagatcaacgccgcctgttacggaatggggtctcaaagatctgaccgctctttcacggttgactattggagtgggt 11487827  T
235 gatgatatatttaacaccttgatgaaggagtcgttgctacccatctcccttgtg 288  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
11487828 gatgatatacttaacaccttgatgaagcagtcgttgctacccatctcccttgtg 11487881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 94 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 44955070 - 44955024
Alignment:
94 aagctgtcattttgtgaaggagtttgtctacctcccaaattacaatc 140  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
44955070 aagctgtcattttgtgaaggtgtttgcctacctcccaaattacaatc 44955024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000003; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 98 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 17850333 - 17850156
Alignment:
98 tgtcattttgtgaaggagtttgtctacctcccaaattacaatcaattgtgatttctacccaaaaaacagca---ccgccggttacggaatggggtctcca 194  Q
    |||||||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||||||||  |||  | ||| || |||| ||   ||||| || || ||||||||||||||    
17850333 tgtcattttgtggaggagtttccctacctcccaagttacaatcaattgatattcattcccgaagaacaacagccccgcctgtaacagaatggggtctcca 17850234  T
195 atatttgacagcactttcctactcgagtattcaaaagggtgatgatatatttaacaccttgatgaaggagtcgttgct 272  Q
    |    | || || ||||| |  | |||| ||  ||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
17850233 aggcctaactgctctttcatcattgagtcttggaaaggatgatgatatagtgaacaccttgatgaaggagtcgttgct 17850156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University