View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20033_high_2 (Length: 609)

Name: NF20033_high_2
Description: NF20033
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20033_high_2
NF20033_high_2
[»] chr3 (36 HSPs)
chr3 (18-541)||(10363612-10364135)
chr3 (31-594)||(10088466-10089032)
chr3 (31-594)||(10195349-10195915)
chr3 (18-594)||(10580277-10580856)
chr3 (18-578)||(11768926-11769489)
chr3 (18-426)||(10126775-10127183)
chr3 (18-535)||(9838599-9839116)
chr3 (18-535)||(9849477-9849994)
chr3 (31-426)||(10663373-10663768)
chr3 (18-426)||(10031850-10032258)
chr3 (18-594)||(10433858-10434437)
chr3 (18-600)||(10375659-10376244)
chr3 (18-426)||(10260545-10260953)
chr3 (18-426)||(10184089-10184497)
chr3 (26-594)||(10076942-10077516)
chr3 (26-568)||(11130848-11131393)
chr3 (26-536)||(11148676-11149186)
chr3 (26-541)||(11159839-11160354)
chr3 (26-536)||(10889043-10889553)
chr3 (26-536)||(8861023-8861533)
chr3 (18-568)||(13332606-13333159)
chr3 (18-568)||(13160682-13161235)
chr3 (18-568)||(13170733-13171286)
chr3 (18-541)||(13343821-13344344)
chr3 (18-568)||(13289367-13289920)
chr3 (18-139)||(10527492-10527613)
chr3 (155-441)||(10500385-10500674)
chr3 (155-327)||(10527283-10527455)
chr3 (157-327)||(10517410-10517580)
chr3 (18-139)||(11781796-11781917)
chr3 (47-139)||(10517619-10517711)
chr3 (155-433)||(11781954-11782235)
chr3 (371-440)||(10527168-10527237)
chr3 (45-138)||(10500709-10500802)
chr3 (47-170)||(11153617-11153739)
chr3 (371-433)||(10517301-10517363)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (29-594)||(26906573-26907141)
[»] scaffold0083 (1 HSPs)
scaffold0083 (377-600)||(49981-50204)
[»] scaffold0002 (2 HSPs)
scaffold0002 (18-568)||(145753-146306)
scaffold0002 (18-568)||(135702-136255)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (159-568)||(44957664-44958076)
chr8 (155-327)||(11484963-11485135)
chr8 (383-441)||(11484846-11484904)
chr8 (44-139)||(44957528-44957623)
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (155-320)||(17852895-17853060)
chr4 (190-273)||(7128961-7129044)
chr4 (373-441)||(17853116-17853184)
chr4 (190-273)||(7482094-7482177)
chr4 (44-139)||(17852763-17852858)
chr4 (190-249)||(7722235-7722294)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (31-557)||(31679560-31680089)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (23-327)||(29836589-29836893)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (153-265)||(825916-826028)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 464; Significance: 0; HSPs: 36)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 464; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 541
Target Start/End: Original strand, 10363612 - 10364135
Alignment:
Q  18 ttactagctcatcccaatcattacagttgtcattccacaaatcatccaacacaaacaaaaatcttttctccctcgagattttctttaactcaactcgaag 117  Q
    ||||||| ||| ||||||||||| | ||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10363612 ttactagttcaccccaatcattataattgtcattccacagatcgtccaacacaaacaaatatcttttctccctcgagattttctttaactcaactcgaag 10363711  T
Q  118 gacatcaagattattgctttccgaagttgtggaagtgacagattcaaggagagactttgttactctcataatatcaaaatcctcagacacacaaacccat 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  10363712 gacatcaagattattgctttccgaagttatggaagtggcagattcaaggagagactttgttactctcataatatcaaaatcctcagagacacaaacccat 10363811  T
Q  218 gccttcaaatcaaaatgttgttgaacttctttatcattgtaaacaagttgggcaagggtagtttttcctaaacctcccatgcctataattgcaacaacac 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  10363812 gccttcaaatcaaaatgttgttgaacttctttatcattgtaaacaagttgggcaagggtagtttttcctaaacctcccatgcctaaaattgcaacaacac 10363911  T
Q  318 ctatattattgtcggttgtttctctctttgatagcagcatgttcattattgtctctttgtcatccttcctacccaccatgacagattcatttaccactga 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10363912 ctatattattgtcggttgtttctctctttgaaagcaacatgttcattattgtctctttgtcatccttcctacccaccatgacagattcatttaccactga 10364011  T
Q  418 acttgaaggtgttctacgtgaaacccttgtgcttttagtttgcaaacgaagtatatcttttctcttttcaaaaagttgcaggctttcacacatgatcttc 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  10364012 acttgaaggtgttctacgtgaaacccttgtgcttttagtttgcaaacgaagtatatcttttctcttttcaaaatgttgcaggctttcacacatgatcttc 10364111  T
Q  518 atctgggaattgatctctccatag 541  Q
    ||||||||||||||||||| ||||    
T  10364112 atctgggaattgatctctctatag 10364135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 401; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 31 - 594
Target Start/End: Complemental strand, 10089032 - 10088466
Alignment:
Q  31 ccaatcattacagttgtcattccacaaatcatccaacacaaacaaaaatcttttctccctcgagattttctttaactcaactcgaaggacatcaagatta 130  Q
    |||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||| |    
T  10089032 ccaatcattataattgtcattccacagatcatccaacacaaacaaaaatcttttctccctcgagtttttctttaactcaacttgaaggacaccaagatca 10088933  T
Q  131 ttgctttccgaagttgtggaagtgacagattcaaggagagactttgttactctcataatatcaaaatcctcagacacacaaacccatgccttcaaatcaa 230  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10088932 ttgctatccgaagttgtcgaagtgacagattcaaggagagactttgttactctcataatatcaaaatcctcagacacacaaacccatgccttcaaatcaa 10088833  T
Q  231 aatgttgttgaacttctttatcattgtaaacaagttgggcaagggtagtttttcctaaacctcccatgcctataattgcaacaacacctatattattgtc 330  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  10088832 aatggtgttgaacttctttatcattgtaaacaagttgggcaagggtagtttttcctaaacctcccatgcctaaaattgcaacaacacctatattattgtc 10088733  T
Q  331 ggttgtttctctctttgatagcagcatgttcattattgtctctttgtcatccttcctacccaccatgacagattcatttaccactgaacttgaaggtgtt 430  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  10088732 ggttgtttctctctttgaaagcaacatgttcattattgtctctttatcatccttcctacccaccatgacagattcatttaccaccgaacttgaaggagtt 10088633  T
Q  431 ctacgtgaaacccttgtgcttttagtttgcaaacgaagtatatcttttctcttttcaaaaagttgcaggctttcacacatgatcttcatctgggaattga 530  Q
    ||| |||||||||||| | |||||||||||| || ||||||||||||  ||| | |||| | ||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  10088632 ctatgtgaaacccttgcgattttagtttgcagaccaagtatatctttattctgtgcaaacaattgcaagctttcacacatgatcttcatttgagaattga 10088533  T
Q  531 tctctccat---agtttttaaaaggagatggaaagaagttcatcacctgataaattttgctttgagc 594  Q
    ||||||  |   || | ||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  10088532 tctctctgtagaagctattaaaaggagatgaaaggaagttcatcacctgataacttttgttttgagc 10088466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 401; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 31 - 594
Target Start/End: Complemental strand, 10195915 - 10195349
Alignment:
Q  31 ccaatcattacagttgtcattccacaaatcatccaacacaaacaaaaatcttttctccctcgagattttctttaactcaactcgaaggacatcaagatta 130  Q
    |||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||| |    
T  10195915 ccaatcattataattgtcattccacagatcatccaacacaaacaaaaatcttttctccctcgagtttttctttaactcaacttgaaggacaccaagatca 10195816  T
Q  131 ttgctttccgaagttgtggaagtgacagattcaaggagagactttgttactctcataatatcaaaatcctcagacacacaaacccatgccttcaaatcaa 230  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10195815 ttgctatccgaagttgtcgaagtgacagattcaaggagagactttgttactctcataatatcaaaatcctcagacacacaaacccatgccttcaaatcaa 10195716  T
Q  231 aatgttgttgaacttctttatcattgtaaacaagttgggcaagggtagtttttcctaaacctcccatgcctataattgcaacaacacctatattattgtc 330  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  10195715 aatggtgttgaacttctttatcattgtaaacaagttgggcaagggtagtttttcctaaacctcccatgcctaaaattgcaacaacacctatattattgtc 10195616  T
Q  331 ggttgtttctctctttgatagcagcatgttcattattgtctctttgtcatccttcctacccaccatgacagattcatttaccactgaacttgaaggtgtt 430  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  10195615 ggttgtttctctctttgaaagcaacatgttcattattgtctctttatcatcctttctacccaccatgacagattcatttaccactgaacttgaaggagtt 10195516  T
Q  431 ctacgtgaaacccttgtgcttttagtttgcaaacgaagtatatcttttctcttttcaaaaagttgcaggctttcacacatgatcttcatctgggaattga 530  Q
    ||| |||||||||||| | |||||||||||| || ||||||||||||  ||| | |||| | ||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  10195515 ctatgtgaaacccttgcgtttttagtttgcagaccaagtatatctttattctgtgcaaacaattgcaagctttcacacatgatcttcatttgagaattga 10195416  T
Q  531 tctctccat---agtttttaaaaggagatggaaagaagttcatcacctgataaattttgctttgagc 594  Q
    ||||||  |   || | ||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  10195415 tctctctgtagaagctattaaaaggagatgaaaggaagttcatcacctgataacttttgttttgagc 10195349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 362; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 594
Target Start/End: Complemental strand, 10580856 - 10580277
Alignment:
Q  18 ttactagctcatcccaatcattacagttgtcattccacaaatcatccaacacaaacaaaaatcttttctccctcgagattttctttaactcaactcgaag 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  10580856 ttactagctcatcccaatcattacaattgtcattccacagatcatccaacacaaacaaaaatcttttctcccttgagattttctttaactcaacacgaag 10580757  T
Q  118 gacatcaagattattgctttccgaagttgtggaagtgacagattcaaggagagactttgttactctcataatatcaaaatcctcagacacacaaacccat 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  10580756 gacatcaagattattgctttccgaagttgtggaagtgacagattcaaggagagactttgttactctcataatatcaaaatcctcagacacacaaacccac 10580657  T
Q  218 gccttcaaatcaaaatgttgttgaacttctttatcattgtaaacaagttgggcaagggtagtttttcctaaacctcccatgcctataattgcaacaacac 317  Q
    |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  10580656 gccttcatgtcaaaatgttgttgaacttctttatcattgtaaacaagttgggcaagggtagtttttcctaaacctcccatgcccaaaattgcaacaacac 10580557  T
Q  318 ctatattattgtcggttgtttctctctttgatagcagcatgttcattattgtctctttgtcatccttcctacccaccatgacagattcatttaccactga 417  Q
    |||||||||| | | |||| | ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||| ||    
T  10580556 ctatattattatggattgtgtttctctgtgatagcaacatgttcattattgtctctttgtcatccttcctacccaccatgacagattcgttaaacacaga 10580457  T
Q  418 acttgaaggtgttctacgtgaaacccttgtgcttttagtttgcaaacgaagtatatcttttctcttttcaaaaagttgcaggctttcacacatgatcttc 517  Q
    ||||||||| |||| | | ||||| || |  || ||||||||||||| ||| | ||||||    ||| |||| | ||||||| |||||||||||||||||    
T  10580456 acttgaaggagttccatgagaaactctagcactcttagtttgcaaaccaaggacatctttatgatttgcaaacaattgcaggttttcacacatgatcttc 10580357  T
Q  518 atctgggaattgatctctccatagt---ttttaaaaggagatggaaagaagttcatcacctgataaattttgctttgagc 594  Q
    ||||||||||||||||||| ||||    | ||||||||||| | || |||||||  |||||||| | ||||| |||||||    
T  10580356 atctgggaattgatctctctatagaagctattaaaaggagaagaaaggaagttccacacctgattagttttgttttgagc 10580277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 346; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 578
Target Start/End: Complemental strand, 11769489 - 11768926
Alignment:
Q  18 ttactagctcatcccaatcattacagttgtcattccacaaatcatccaacacaaacaaaaatcttttctccctcgagattttctttaactcaactcgaag 117  Q
    ||||||| ||| ||||||||||| | ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  11769489 ttactagttcaccccaatcattataattgtcattccacatatcatctaacacaaacaaaaatcttttctccctcaagtttttctttaactcaactcgaag 11769390  T
Q  118 gacatcaagattattgctttccgaagttgtggaagtgacagattcaaggagagactttgttactctcataatatcaaaatcctcagacacacaaacccat 217  Q
    || ||||||||||||||| ||| ||||| | |||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  11769389 gatatcaagattattgctatcccaagttcttgaagtgaccgattcaaggagagacctggttactctcataatatcaaaatcctcagacacgcaagcccat 11769290  T
Q  218 gccttcaaatcaaaatgttgttgaacttctttatcattgtaaacaagttgggcaagggtagtttttcctaaacctcccatgcctataattgcaacaacac 317  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  11769289 gccttcaaatcaaaatattgttgaacttctttatcattgtagacaagttgagcaagggtagtttttcctaaacctcccatgcccaaaattgcaacaacac 11769190  T
Q  318 ctatattattgtcggttgtttctctctttgatagcagcatgttcattattgtctctttgtcatccttcctacccaccatgacagattcatttaccactga 417  Q
    |||||||||| | | |||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  11769189 ctatattattatggattgtgtctctctgtgatagcaacatgttcattattgtctctttgtcattcttcctacccactatgacagattcatttaccactga 11769090  T
Q  418 acttgaaggtgttctacgtgaaacccttgtgcttttagtttgcaaacgaagtatatcttttctcttttcaaaaagttgcaggctttcacacatgatcttc 517  Q
    |||||||||||||||||| ||||| || |  ||||||||||||||||  | |||||||||  | | | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11769089 acttgaaggtgttctacgagaaactctagcacttttagtttgcaaacctaatatatctttattttgtgcaaaaagttgcaggctttcacacatgatcttc 11768990  T
Q  518 atctgggaattgatctctccata---gtttttaaaaggagatggaaagaagttcatcacctgat 578  Q
    || ||||||||||||||||||||   |||||||||||| |||| ||  ||||||  ||||||||    
T  11768989 atatgggaattgatctctccatagatgtttttaaaaggggatgaaagtaagttccacacctgat 11768926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 10127183 - 10126775
Alignment:
Q  18 ttactagctcatcccaatcattacagttgtcattccacaaatcatccaacacaaacaaaaatcttttctccctcgagattttctttaactcaactcgaag 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  10127183 ttactagctcatcccaatcattacaattgtcattccatagatcgtccaacacaaacaaaaatcttttttccctcgagattttctttaacgcaactcgaag 10127084  T
Q  118 gacatcaagattattgctttccgaagttgtggaagtgacagattcaaggagagactttgttactctcataatatcaaaatcctcagacacacaaacccat 217  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10127083 gacatcaagattattgctatcccaagttgtggaagtgacagattcaaggagagactttgttactctcataatatcaaaatcctcagacacacaaacccat 10126984  T
Q  218 gccttcaaatcaaaatgttgttgaacttctttatcattgtaaacaagttgggcaagggtagtttttcctaaacctcccatgcctataattgcaacaacac 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  10126983 gccttcaaatcaaaatgttgttgaacttctttatcattgtaaacaagttgggcaagggtagtttttcccaaacctcccatgcccaaaattgcaacaacac 10126884  T
Q  318 ctatattattgtcggttgtttctctctttgatagcagcatgttcattattgtctctttgtcatccttcctacccaccatgacagattcatttaccactga 417  Q
    |||||||||| | || ||| |||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10126883 ctatattattatgggatgtgtctctctgagatagcaacatgttcattattgtctctttgtcatccttcctacccaccatgacagattcatttaccactga 10126784  T
Q  418 acttgaagg 426  Q
    |||||||||    
T  10126783 acttgaagg 10126775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 334; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 535
Target Start/End: Complemental strand, 9839116 - 9838599
Alignment:
Q  18 ttactagctcatcccaatcattacagttgtcattccacaaatcatccaacacaaacaaaaatcttttctccctcgagattttctttaactcaactcgaag 117  Q
    ||||||| ||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||    
T  9839116 ttactagttcaccccaatcattataattgtcattccacaaatcatccaacacaaacaaaaatcttttctcccttgagtttttctttaacgcaactcgaag 9839017  T
Q  118 gacatcaagattattgctttccgaagttgtggaagtgacagattcaaggagagactttgttactctcataatatcaaaatcctcagacacacaaacccat 217  Q
    |||||||||||||||||| ||| | ||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||     
T  9839016 gacatcaagattattgctatcccatgttatggaagtgaccgattcaaggagagacttggttactctcaaaatatcaaaatcctcagacacacaagcccac 9838917  T
Q  218 gccttcaaatcaaaatgttgttgaacttctttatcattgtaaacaagttgggcaagggtagtttttcctaaacctcccatgcctataattgcaacaacac 317  Q
    ||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  9838916 gccctcatatcaaaatgttgttgaacttcttcatcattgtaaacaagttgggcaagggtagtttttcctaaacctcccatgcccaaaattgcaacaacac 9838817  T
Q  318 ctatattattgtcggttgtttctctctttgatagcagcatgttcattattgtctctttgtcatccttcctacccaccatgacagattcatttaccactga 417  Q
    ||||||| || | |||||| ||||| |  ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  9838816 ctatattgttatgggttgtgtctctttgagatagcaacatgttcattattgtctctttgtcacccttcctacccaccacgacagattcatttacccctga 9838717  T
Q  418 acttgaaggtgttctacgtgaaacccttgtgcttttagtttgcaaacgaagtatatcttttctcttttcaaaaagttgcaggctttcacacatgatcttc 517  Q
    ||| |||||||||||||| ||||| || |  |||||||||||||||| ||||||||||||  ||| | || ||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  9838716 actagaaggtgttctacgagaaactctagcacttttagtttgcaaaccaagtatatctttattctgtgcataaagttgcaagctatcacacatgatcttc 9838617  T
Q  518 atctgggaattgatctct 535  Q
    ||||||||||||||||||    
T  9838616 atctgggaattgatctct 9838599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 334; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 535
Target Start/End: Complemental strand, 9849994 - 9849477
Alignment:
Q  18 ttactagctcatcccaatcattacagttgtcattccacaaatcatccaacacaaacaaaaatcttttctccctcgagattttctttaactcaactcgaag 117  Q
    ||||||| ||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||    
T  9849994 ttactagttcaccccaatcattataattgtcattccacaaatcatccaacacaaacaaaaatcttttctcccttgagtttttctttaacgcaactcgaag 9849895  T
Q  118 gacatcaagattattgctttccgaagttgtggaagtgacagattcaaggagagactttgttactctcataatatcaaaatcctcagacacacaaacccat 217  Q
    |||||||||||||||||| ||| | ||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||     
T  9849894 gacatcaagattattgctatcccatgttatggaagtgaccgattcaaggagagacttggttactctcaaaatatcaaaatcctcagacacacaagcccac 9849795  T
Q  218 gccttcaaatcaaaatgttgttgaacttctttatcattgtaaacaagttgggcaagggtagtttttcctaaacctcccatgcctataattgcaacaacac 317  Q
    ||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  9849794 gccctcatatcaaaatgttgttgaacttcttcatcattgtaaacaagttgggcaagggtagtttttcctaaacctcccatgcccaaaattgcaacaacac 9849695  T
Q  318 ctatattattgtcggttgtttctctctttgatagcagcatgttcattattgtctctttgtcatccttcctacccaccatgacagattcatttaccactga 417  Q
    ||||||| || | |||||| ||||| |  ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  9849694 ctatattgttatgggttgtgtctctttgagatagcaacatgttcattattgtctctttgtcacccttcctacccaccacgacagattcatttacccctga 9849595  T
Q  418 acttgaaggtgttctacgtgaaacccttgtgcttttagtttgcaaacgaagtatatcttttctcttttcaaaaagttgcaggctttcacacatgatcttc 517  Q
    ||| |||||||||||||| ||||| || |  |||||||||||||||| ||||||||||||  ||| | || ||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  9849594 actagaaggtgttctacgagaaactctagcacttttagtttgcaaaccaagtatatctttattctgtgcataaagttgcaagctatcacacatgatcttc 9849495  T
Q  518 atctgggaattgatctct 535  Q
    ||||||||||||||||||    
T  9849494 atctgggaattgatctct 9849477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 328; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 31 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 10663768 - 10663373
Alignment:
Q  31 ccaatcattacagttgtcattccacaaatcatccaacacaaacaaaaatcttttctccctcgagattttctttaactcaactcgaaggacatcaagatta 130  Q
    |||||||||| | ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  10663768 ccaatcattataattgtcattccacagatcatcgaacacaaacaaaaatcttttctccctcgagattttctttaactcaactcgaaggacatcaagatct 10663669  T
Q  131 ttgctttccgaagttgtggaagtgacagattcaaggagagactttgttactctcataatatcaaaatcctcagacacacaaacccatgccttcaaatcaa 230  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10663668 ttgctatcccaagttgtggaagtgacagattcaaggagagactttgttactctcataatatcaaaatcctcagacacacaaacccatgccttcaaatcaa 10663569  T
Q  231 aatgttgttgaacttctttatcattgtaaacaagttgggcaagggtagtttttcctaaacctcccatgcctataattgcaacaacacctatattattgtc 330  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |     
T  10663568 aatgttgttgaacttctttatcattgtaaacaagttgggcaagggtagtttttcctaaacctcccatgcccaaaattgcaacaacacctatattattatg 10663469  T
Q  331 ggttgtttctctctttgatagcagcatgttcattattgtctctttgtcatccttcctacccaccatgacagattcatttaccactgaacttgaagg 426  Q
    |||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  10663468 ggttgtgtctctctgtgatagcaacatgttcattattgtctctttgtcacccttcctacccaccatgagagattcatttaccactgaacttgaagg 10663373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 325; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 10032258 - 10031850
Alignment:
Q  18 ttactagctcatcccaatcattacagttgtcattccacaaatcatccaacacaaacaaaaatcttttctccctcgagattttctttaactcaactcgaag 117  Q
    ||||||| ||| ||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10032258 ttactagttcaccccaatcattataattgtcattccacagatcatccaaaacaaacaaaaatcttttctccctcgagattttctttaactcaactcgaag 10032159  T
Q  118 gacatcaagattattgctttccgaagttgtggaagtgacagattcaaggagagactttgttactctcataatatcaaaatcctcagacacacaaacccat 217  Q
    |||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||     
T  10032158 gacatcaagatctttgctatccgaagttgtggaagtgacagattcaaggagagactttgttactctcataatatcaaaatcctcagacacacaagcccag 10032059  T
Q  218 gccttcaaatcaaaatgttgttgaacttctttatcattgtaaacaagttgggcaagggtagtttttcctaaacctcccatgcctataattgcaacaacac 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  10032058 gccttcaaatcaaaatgttgttgaacttctttatcattgtaaacaagttgggcaagggtagtttttcctaaacctcccatgcccaaaattgcaacaacac 10031959  T
Q  318 ctatattattgtcggttgtttctctctttgatagcagcatgttcattattgtctctttgtcatccttcctacccaccatgacagattcatttaccactga 417  Q
    |||||||||| | || ||  ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  10031958 ctatattattatgggatgcgtctctctgtgatagcaacatgttcattattgtctctttgtcatccttcctacccaccatgagagattcatttaccactga 10031859  T
Q  418 acttgaagg 426  Q
    |||||||||    
T  10031858 acttgaagg 10031850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 318; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 18 - 594
Target Start/End: Original strand, 10433858 - 10434437
Alignment:
Q  18 ttactagctcatcccaatcattacagttgtcattccacaaatcatccaacacaaacaaaaatcttttctccctcgagattttctttaactcaactcgaag 117  Q
    ||||||| ||| ||||||||||| | ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  10433858 ttactagttcaccccaatcattataattgtcattccacagatcgtccaacacaaacaaaaatcttttctccctcgagtttttctttaactcaacacgaag 10433957  T
Q  118 gacatcaagattattgctttccgaagttgtggaagtgacagattcaaggagagactttgttactctcataatatcaaaatcctcagacacacaaacccat 217  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||| |||||||||| ||||     
T  10433958 gacatcaagattattgctatcccaagttctggaagtgaccgattcaaggagagacttggttactttcaaaatatcaaaatcctgagacacacaagcccag 10434057  T
Q  218 gccttcaaatcaaaatgttgttgaacttctttatcattgtaaacaagttgggcaagggtagtttttcctaaacctcccatgcctataattgcaacaacac 317  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  10434058 gccttcaaatcaaaatggtgttgaacttctttatcattgtaaacaagttgggcaagggtagtttttcctaaacctcccatgcctaaaattgcaacaacac 10434157  T
Q  318 ctatattattgtcggttgtttctctctttgatagcagcatgttcattattgtctctttgtcatccttcctacccaccatgacagattcatttaccactga 417  Q
    |||| ||||| |  ||||| | ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||| ||||| ||    
T  10434158 ctatcttattatgagttgtgtttctctgtgatagcaacatgttcattattgtctctttgtcatccttccttccaaccatgaaagattcattgaccacaga 10434257  T
Q  418 acttgaaggtgttctacgtgaaacccttgtgcttttagtttgcaaacgaagtatatcttttctcttttcaaaaagttgcaggctttcacacatgatcttc 517  Q
    |||||||||  ||||| | ||||| ||    ||||| ||||||| || ||||||||||||  ||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10434258 acttgaaggatttctatgagaaactctcccacttttggtttgcagaccaagtatatctttattctgtgcaaaaagttgcaagctttcacacatgatcttc 10434357  T
Q  518 atctgggaattgatctctccatag---tttttaaaaggagatggaaagaagttcatcacctgataaattttgctttgagc 594  Q
    || || |||||||||||||  |||    | ||||||||||||| || |||||||| |||||||| | ||||| |||||||    
T  10434358 atttgagaattgatctctctgtagaaactattaaaaggagatgaaaggaagttcaacacctgattagttttgttttgagc 10434437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 312; E-Value: 1e-175
Query Start/End: Original strand, 18 - 600
Target Start/End: Original strand, 10375659 - 10376244
Alignment:
Q  18 ttactagctcatcccaatcattacagttgtcattccacaaatcatccaacacaaacaaaaatcttttctccctcgagattttctttaactcaactcgaag 117  Q
    ||||||| ||| ||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||| ||||||||||    
T  10375659 ttactagttcaccccaatcataataattgtcattccacaaatcatccaacacaaacaaaaatcttttctcccttgattttttctttaacgcaactcgaag 10375758  T
Q  118 gacatcaagattattgctttccgaagttgtggaagtgacagattcaaggagagactttgttactctcataatatcaaaatcctcagacacacaaacccat 217  Q
    |||||||||||||||||| ||| | ||| | |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  10375759 gacatcaagattattgctatcccatgttcttgaagtgaccgattcaaggagagacttggttactctcaaaatatcaaaatcctcagacacacaagcccat 10375858  T
Q  218 gccttcaaatcaaaatgttgttgaacttctttatcattgtaaacaagttgggcaagggtagtttttcctaaacctcccatgcctataattgcaacaacac 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  10375859 gccttcaaatcaaaatgttgttgaactttttcatcattgtaaacaagttgtgcaagggtagtttttcctaaacctcccatgcccaaaattgcaacaacac 10375958  T
Q  318 ctatattattgtcggttgtttctctctttgatagcagcatgttcattattgtctctttgtcatccttcctacccaccatgacagattcatttaccactga 417  Q
    |||||||||| |  | ||| ||| ||| |||||||| |||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10375959 ctatattattatgcgatgtgtctgtctctgatagcaacatgttcattatagtgtctttatcatccttcctacccaccatgacagattcatttaccactga 10376058  T
Q  418 acttgaaggtgttctacgtgaaacccttgtgcttttagtttgcaaacgaagtatatcttttctcttttcaaaaagttgcaggctttcacacatgatcttc 517  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||    ||||||||||||| || ||||||||||||   || | |||| | ||||||||| |||||||||| ||||    
T  10376059 acttgaaggtgttctacgagaaactctaccacttttagtttgcagaccaagtatatctttatactgtgcaaagaattgcaggctatcacacatgaccttc 10376158  T
Q  518 atctgggaattgatctctccat---agtttttaaaaggagatggaaagaagttcatcacctgataaattttgctttgagcctttgc 600  Q
    || || |||||||||||||  |   || | ||||||||||| | || |||||||| |||||||| | ||||| ||||||| |||||    
T  10376159 atttgagaattgatctctctgtagaaggtgttaaaaggagaagaaaggaagttcaacacctgattagttttgttttgagcttttgc 10376244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 18 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 10260953 - 10260545
Alignment:
Q  18 ttactagctcatcccaatcattacagttgtcattccacaaatcatccaacacaaacaaaaatcttttctccctcgagattttctttaactcaactcgaag 117  Q
    ||||||| ||| ||||||||||| | ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10260953 ttactagttcaccccaatcattataattgtcattccacagatcgtccaacacaaacaaaaatcttttctccctcgagattttctttaactcaactcgaag 10260854  T
Q  118 gacatcaagattattgctttccgaagttgtggaagtgacagattcaaggagagactttgttactctcataatatcaaaatcctcagacacacaaacccat 217  Q
    ||  |||||||||||| | ||| || || | |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||     
T  10260853 gatgtcaagattattgatatcccaatttctagaagtgactgattcaaggagagacttggttactctcataatatcaaaatcctcagacacacaagcccac 10260754  T
Q  218 gccttcaaatcaaaatgttgttgaacttctttatcattgtaaacaagttgggcaagggtagtttttcctaaacctcccatgcctataattgcaacaacac 317  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  10260753 gccttcatgtcaaaatgttgttgaacttctttatcattgtaaacaagttgagcaagggtagtttttcctaaacctcccatgcccaaaattgcaacaacac 10260654  T
Q  318 ctatattattgtcggttgtttctctctttgatagcagcatgttcattattgtctctttgtcatccttcctacccaccatgacagattcatttaccactga 417  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10260653 ctatattattgttggttgtttctctctgtgatagcaacatgttcattattgtctctttgtcatccttcctacccaccatgacagattcatttaccactga 10260554  T
Q  418 acttgaagg 426  Q
    |||||||||    
T  10260553 acttgaagg 10260545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 18 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 10184497 - 10184089
Alignment:
Q  18 ttactagctcatcccaatcattacagttgtcattccacaaatcatccaacacaaacaaaaatcttttctccctcgagattttctttaactcaactcgaag 117  Q
    ||||||||||||||||||||| | |  |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||   |||||||||||||||||||||    
T  10184497 ttactagctcatcccaatcatcataactgtcattccacagatcatccaatacaaacaaaaatcttttctcccttgaatgtttctttaactcaactcgaag 10184398  T
Q  118 gacatcaagattattgctttccgaagttgtggaagtgacagattcaaggagagactttgttactctcataatatcaaaatcctcagacacacaaacccat 217  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||     
T  10184397 gacatcaagattattgctatcccaagttgtggaagtgacagattcaaggagagacttggttactctcataatatcaaaatcctcggacacacaagcccac 10184298  T
Q  218 gccttcaaatcaaaatgttgttgaacttctttatcattgtaaacaagttgggcaagggtagtttttcctaaacctcccatgcctataattgcaacaacac 317  Q
    ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  10184297 gccctcatatcaaaatgttgttgaacttctttatcattgtaaacaagttgagcaagggtagtttttcctaaacctcccatgcccaaaattgcaacaacac 10184198  T
Q  318 ctatattattgtcggttgtttctctctttgatagcagcatgttcattattgtctctttgtcatccttcctacccaccatgacagattcatttaccactga 417  Q
    |||||  ||| | |||||| ||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10184197 ctatagcattatgggttgtgtctctctgtgacagcaacatgttcattattgtctctttgtcatccttcctacccaccatgacagattcatttaccactga 10184098  T
Q  418 acttgaagg 426  Q
    |||||||||    
T  10184097 acttgaagg 10184089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 26 - 594
Target Start/End: Complemental strand, 10077516 - 10076942
Alignment:
Q  26 tcatcccaatcattacagttgtcattccacaaatcatccaacacaaacaaaaatcttttctccctcgagattttctttaactcaactcgaaggacatcaa 125  Q
    |||||||||||| || | ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  10077516 tcatcccaatcactataattgtcattccacatatcatctaacacaaacaaaaatcttttatccctcgagtttttttttaactcaactcgaaggacatcaa 10077417  T
Q  126 gattattgctttccgaagttgtggaagtgacagattcaaggagagactttgttactctcataatatcaaaatcctcagacacacaaacccatgccttcaa 225  Q
    ||| |||| | ||| ||||| | |||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||    
T  10077416 gatcattgttatcccaagttctagaagtgatcgattcaaggagagacttggttactctcataatatcaaaatcctcagacacacaagcccatgcctgcaa 10077317  T
Q  226 atcaaaatgttgttgaacttctttatcattgtaaacaagttgggcaagggtagtttttcctaaacctcccatgcctataattgcaacaacacctatatta 325  Q
    ||||||||| | | ||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||    
T  10077316 atcaaaatggtatcgaactttataatcattgtaaacaagttgggcaagggtagtttttcctaaacctcccatgcccaaaattgcaacaacacctatctta 10077217  T
Q  326 ttgtcggttgtttctctctttgatagcagcatgttcattattgtctctttgtcatccttcctacccaccatgacagattcatttaccactgaacttgaag 425  Q
    || | ||||    |  ||  |||||||| |||||||||||||||||||||||||  || | |||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  10077216 ttatgggttccgcccatccctgatagcaacatgttcattattgtctctttgtcacgctccataccaaccatctcagattcatttaccactgaacttgaag 10077117  T
Q  426 gtgttctacgtgaa---acccttgtgcttttagtttgcaaacgaagtatatcttttctcttttcaaaaagttgcaggctttcacacatgatcttcatctg 522  Q
    |||||||||| |||   || || |   |||||||||||| || ||||| ||||||  ||| | |||| | |||||  |||||||||||||||||| | ||    
T  10077116 gtgttctacgagaaattactctagcaattttagtttgcagaccaagtacatctttattctgtgcaaacaattgcaacctttcacacatgatcttcgtttg 10077017  T
Q  523 ggaattgatctctccat---agtttttaaaaggagatggaaagaagttcatcacctgataaattttgctttgagc 594  Q
     ||||||||||||   |   || | ||||||||||||| || |||||||| |||||||| | ||||| |||||||    
T  10077016 agaattgatctctttgtagaagctattaaaaggagatgaaaggaagttcaacacctgattagttttgttttgagc 10076942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 180; E-Value: 7e-97
Query Start/End: Original strand, 26 - 568
Target Start/End: Original strand, 11130848 - 11131393
Alignment:
Q  26 tcatcccaatcattacagttgtcattccacaaatcatccaacacaaacaaaaatcttttctccctcgagattttctttaactcaactcgaaggacatcaa 125  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||| || ||| |  ||||||| |  ||||||||||| | |||||    
T  11130848 tcatcccaatcattataattgtcattccataggtcatccaacacaaacaaaaatcttttgtctctcaaagttttcttcagttcaactcgaagaaaatcaa 11130947  T
Q  126 gattattgctttccgaagttgtggaagtgacagattcaaggagagactttgttactctcataatatcaaaatcctcagacacacaaacccatgccttcaa 225  Q
    |||||||| ||||| |||   | ||||||||||||||||||||||  || |||||||| | ||||||||||||||| || |||||| ||||||| || |     
T  11130948 gattattgttttcccaagcccttgaagtgacagattcaaggagagttttagttactcttaaaatatcaaaatcctccgatacacaagcccatgctttgag 11131047  T
Q  226 atcaaaatgttgttgaacttctttatcattgtaaacaagttgggcaagggtagtttttcctaaacctcccatgcctataattgcaacaacacctatatta 325  Q
    |||||| |||| |||||||| || |||||||||| ||| ||| |||||||| |||||||| | ||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||     
T  11131048 atcaaagtgttcttgaactttttcatcattgtaagcaatttgtgcaagggttgtttttccgacacctcccatacctaaaattgcaacaacaccgatattg 11131147  T
Q  326 ttgtcggttgtttctctctttgatagcagcatgttcattattgtctctttgtcatccttcctacccaccatgacagattcatttaccactgaacttgaag 425  Q
    || | | | ||    ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||  |||||||| ||||| ||||| ||||    
T  11131148 ttattgctagtgctgctctttgatagcaacatgttcgttattgtctctttgtcatcctttctaccaaccatgaatgattcattaaccacagaactagaag 11131247  T
Q  426 gtgttctacgtgaaacccttgtgcttttagtttgcaaacgaagtatatcttttctcttttcaaaaagttgcaggctttcacacatgatcttcatctggga 525  Q
    |||||||| |  |||  || |  ||||||||||| |||| ||| ||||||||  | | | |||||| ||||||| | ||||||||| |||| || |||||    
T  11131248 gtgttctatggaaaattctagcacttttagtttgtaaaccaaggatatctttgttttgtgcaaaaatttgcaggttgtcacacatggtcttaatttggga 11131347  T
Q  526 attgatctctccata---gtttttaaaaggagatggaaagaagttc 568  Q
    |||||||||||||||   ||||||||||||||| | || |||||||    
T  11131348 attgatctctccatagatgtttttaaaaggagaagaaaggaagttc 11131393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 175; E-Value: 6e-94
Query Start/End: Original strand, 26 - 536
Target Start/End: Original strand, 11148676 - 11149186
Alignment:
Q  26 tcatcccaatcattacagttgtcattccacaaatcatccaacacaaacaaaaatcttttctccctcgagattttctttaactcaactcgaaggacatcaa 125  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||  | ||| |  ||||||| |  ||||||||||| | |||||    
T  11148676 tcatcccaatcattataattgtcattccataagtcatccaacacaaacaaaaatcttttggctctcaaagttttcttcagttcaactcgaagaaaatcaa 11148775  T
Q  126 gattattgctttccgaagttgtggaagtgacagattcaaggagagactttgttactctcataatatcaaaatcctcagacacacaaacccatgccttcaa 225  Q
    |||||||| ||||| |||   | ||||||||||||||||||||||  || |||||||| | ||||||||||||||| || |||||| ||||||| || |     
T  11148776 gattattgttttcccaagcccttgaagtgacagattcaaggagagttttagttactcttaaaatatcaaaatcctccgatacacaagcccatgctttgag 11148875  T
Q  226 atcaaaatgttgttgaacttctttatcattgtaaacaagttgggcaagggtagtttttcctaaacctcccatgcctataattgcaacaacacctatatta 325  Q
    |||||| |||| |||||||| || |||||||||| ||| ||| |||||||| |||||||| | ||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||     
T  11148876 atcaaagtgttcttgaactttttcatcattgtaagcaatttgtgcaagggttgtttttccgacacctcccatacctaaaattgcaacaacaccgatattg 11148975  T
Q  326 ttgtcggttgtttctctctttgatagcagcatgttcattattgtctctttgtcatccttcctacccaccatgacagattcatttaccactgaacttgaag 425  Q
    || | | | ||    ||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||  |||||||| ||||| ||||| ||||    
T  11148976 ttattgctagtgctgctctttgatagcaacatgttcgttattatctctttgtcatcctttctaccaaccatgaatgattcattaaccacagaactagaag 11149075  T
Q  426 gtgttctacgtgaaacccttgtgcttttagtttgcaaacgaagtatatcttttctcttttcaaaaagttgcaggctttcacacatgatcttcatctggga 525  Q
    |||||||| |  |||  || |  |||||||||||||||| ||| ||||||||  | | | |||||| ||||||| | ||||||||| ||||||| |||||    
T  11149076 gtgttctatggaaaattctagcacttttagtttgcaaaccaaggatatctttgttttgtgcaaaaatttgcaggttgtcacacatggtcttcatttggga 11149175  T
Q  526 attgatctctc 536  Q
    |||||||||||    
T  11149176 attgatctctc 11149186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 26 - 541
Target Start/End: Original strand, 11159839 - 11160354
Alignment:
Q  26 tcatcccaatcattacagttgtcattccacaaatcatccaacacaaacaaaaatcttttctccctcgagattttctttaactcaactcgaaggacatcaa 125  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||| || ||| |  |||||||||  ||||||||||| | |||||    
T  11159839 tcatcccaatcattataattgtcattccaaaggtcatccaacacaaacaaaaatcttttgtcgctcaaagttttctttagttcaactcgaagaaaatcaa 11159938  T
Q  126 gattattgctttccgaagttgtggaagtgacagattcaaggagagactttgttactctcataatatcaaaatcctcagacacacaaacccatgccttcaa 225  Q
    |||||||| ||||| ||| | | ||||||||||||||||| ||||  || |||||    | |||||||||||||||||| |||||| ||||||| || ||    
T  11159939 gattattggtttcccaagctcttgaagtgacagattcaagaagagttttagttacagataaaatatcaaaatcctcagatacacaagcccatgctttgaa 11160038  T
Q  226 atcaaaatgttgttgaacttctttatcattgtaaacaagttgggcaagggtagtttttcctaaacctcccatgcctataattgcaacaacacctatatta 325  Q
    ||||||||| | |||||||| || || ||||||||||||||| ||||| || ||||| || | ||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||     
T  11160039 atcaaaatgatcttgaactttttcattattgtaaacaagttgtgcaagtgtcgttttaccgacacctcccatacctaaaattgcaacaacgcctatattg 11160138  T
Q  326 ttgtcggttgtttctctctttgatagcagcatgttcattattgtctctttgtcatccttcctacccaccatgacagattcatttaccactgaacttgaag 425  Q
    || | |   ||    |||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||| |||| || |||||||||||||    
T  11160139 ttattgccagtgctactctctgatagcaacatgttcattattgtctctttatcatcatttctaccaaccatgacagatgcattaactactgaacttgaag 11160238  T
Q  426 gtgttctacgtgaaacccttgtgcttttagtttgcaaacgaagtatatcttttctcttttcaaaaagttgcaggctttcacacatgatcttcatctggga 525  Q
    | |||||||| |||||  |     ||||| ||||||||| ||| ||||||||    | | | |||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||    
T  11160239 gggttctacgagaaactttaccaattttactttgcaaaccaaggatatctttatgttgtgcgaaaagttgcaagctatcacacatgatcttcatttggga 11160338  T
Q  526 attgatctctccatag 541  Q
    ||||||||||| ||||    
T  11160339 attgatctctctatag 11160354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 163; E-Value: 9e-87
Query Start/End: Original strand, 26 - 536
Target Start/End: Complemental strand, 10889553 - 10889043
Alignment:
Q  26 tcatcccaatcattacagttgtcattccacaaatcatccaacacaaacaaaaatcttttctccctcgagattttctttaactcaactcgaaggacatcaa 125  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||| || ||| |  |||||||||  ||||||||||| | ||| |    
T  10889553 tcatcccaatcattataattgtcattccataggtcatccaacacaaacaaaaatcttttgtctctcaaagttttctttagttcaactcgaagaaaatcta 10889454  T
Q  126 gattattgctttccgaagttgtggaagtgacagattcaaggagagactttgttactctcataatatcaaaatcctcagacacacaaacccatgccttcaa 225  Q
    |||||||| ||||| ||| | | ||||| ||||||||||| ||||  || |||||  | | |||||||||||||||||| |||||| ||||||| || |     
T  10889453 gattattgttttcccaagctcttgaagtcacagattcaagaagagttttagttacagttaaaatatcaaaatcctcagatacacaagcccatgctttgag 10889354  T
Q  226 atcaaaatgttgttgaacttctttatcattgtaaacaagttgggcaagggtagtttttcctaaacctcccatgcctataattgcaacaacacctatatta 325  Q
    |||||| || | |||||||| || |||||||||||||||||| ||||| || ||||| || | ||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||     
T  10889353 atcaaagtgctcttgaactttttcatcattgtaaacaagttgtgcaagtgtcgttttaccgacacctcccatacctaaaattgcaacaacaccgatattg 10889254  T
Q  326 ttgtcggttgtttctctctttgatagcagcatgttcattattgtctctttgtcatccttcctacccaccatgacagattcatttaccactgaacttgaag 425  Q
    || |   | ||    |||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  10889253 ttattcctagtgctgctctctgatagcaacatgttcattattgtctctttatcatcatttctaccaaccatgacagattcattaactactgaacttgaag 10889154  T
Q  426 gtgttctacgtgaaacccttgtgcttttagtttgcaaacgaagtatatcttttctcttttcaaaaagttgcaggctttcacacatgatcttcatctggga 525  Q
    | |||||||| |||||  |     ||||||||||||||| ||| ||||||||    | | |||||||||||| ||| | ||||||||||||||| |||||    
T  10889153 gggttctacgagaaactttaccaattttagtttgcaaaccaaggatatctttatgttgtgcaaaaagttgcaagctattacacatgatcttcatttggga 10889054  T
Q  526 attgatctctc 536  Q
    |||||||||||    
T  10889053 attgatctctc 10889043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 26 - 536
Target Start/End: Complemental strand, 8861533 - 8861023
Alignment:
Q  26 tcatcccaatcattacagttgtcattccacaaatcatccaacacaaacaaaaatcttttctccctcgagattttctttaactcaactcgaaggacatcaa 125  Q
    |||||||| |||||| | ||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||| || ||| |  |||||||||  ||||||||||| | |||||    
T  8861533 tcatcccactcattataattgtcattccataggtcatccaacacaaacaaaaatcttttgtctctcaatgttttctttagttcaactcgaagaaaatcaa 8861434  T
Q  126 gattattgctttccgaagttgtggaagtgacagattcaaggagagactttgttactctcataatatcaaaatcctcagacacacaaacccatgccttcaa 225  Q
    |||||||| ||||| ||| | | ||||||||||||||||| ||||  || |||||  |   ||||||||||||||| || |||||| ||||||| || |     
T  8861433 gattattgttttcccaagctcttgaagtgacagattcaagaagagttttagttacagttgaaatatcaaaatcctctgatacacaagcccatgctttgag 8861334  T
Q  226 atcaaaatgttgttgaacttctttatcattgtaaacaagttgggcaagggtagtttttcctaaacctcccatgcctataattgcaacaacacctatatta 325  Q
    |||||| || | |||||||| || |||||||||||||||||| ||||| || ||||| || | ||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||     
T  8861333 atcaaagtgctcttgaactttttcatcattgtaaacaagttgtgcaagtgtcgttttaccgacacctcccatacctaaaattgcaacaacaccgatattg 8861234  T
Q  326 ttgtcggttgtttctctctttgatagcagcatgttcattattgtctctttgtcatccttcctacccaccatgacagattcatttaccactgaacttgaag 425  Q
    || |   | ||    |||| |||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  8861233 ttattcctagtgctgctctctgatagcaacatgttcattactgtctctttatcatcatttctaccaaccatgacagattcattaactactgaacttgaag 8861134  T
Q  426 gtgttctacgtgaaacccttgtgcttttagtttgcaaacgaagtatatcttttctcttttcaaaaagttgcaggctttcacacatgatcttcatctggga 525  Q
    | |||||||| |||||  |     ||||||||||||||| ||| ||||||||    | | | |||| ||||| ||| ||||||||||||||||| |||||    
T  8861133 gggttctacgagaaactttaccaattttagtttgcaaaccaaggatatctttatgttgtgcgaaaatttgcaagctatcacacatgatcttcatttggga 8861034  T
Q  526 attgatctctc 536  Q
    |||||||||||    
T  8861033 attgatctctc 8861023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 18 - 568
Target Start/End: Complemental strand, 13333159 - 13332606
Alignment:
Q  18 ttactagctcatcccaatcattacagttgtcattccacaaatcatccaacacaaacaaaaatcttttctccctcgagattttctttaactcaactcgaag 117  Q
    |||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||| |||||| || |||| || || |||||||||||    
T  13333159 ttactaactcatcccaatcattataattgtcattccacaggtcatccaacactaacaaaaatcttttatccctcaagtttttattcaattcaactcgaag 13333060  T
Q  118 gacatcaagattattgctttccgaagttgtggaagtgacagattcaaggagagactttgttactctcataatatcaaaatcctcagacacacaaacccat 217  Q
     | ||||||||||||| ||||   |  | | ||||||||||||||| | |  |  || |||||||||| |||||| |||||||| || |||||||||||     
T  13333059 aaaatcaagattattgttttcaccacctcttgaagtgacagattcatgaatggttttagttactctcagaatatcgaaatcctccgatacacaaacccag 13332960  T
Q  218 gccttcaaatcaaaatgttgttgaacttctttatcattgtaaacaagttgggcaagggtagtttttcctaaacctcccatgcctataattgcaacaacac 317  Q
     | |||| ||||||||| | |||||||||||||||||| |||| |||||||||||| || ||||| || | ||| ||||| || | ||||||||| ||||    
T  13332959 actttcagatcaaaatggtcttgaacttctttatcattataaagaagttgggcaagagtggttttgccaacaccgcccatacccaaaattgcaaccacac 13332860  T
Q  318 ctatattattgtcggttgtttctctctttgatagcagcatgttcattattgtctctttgtcatccttcctacccaccatgacagattcatttaccactga 417  Q
    | | | || | | ||| ||  | || |  |||| || |||  | || | | ||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||    
T  13332859 caacactactattggtagtgccactgtcagatatcaacatactaatgagtctctctttatcatccttcctaccaaccataacagattcatttaccattga 13332760  T
Q  418 acttgaaggtgttctacgtgaaacccttgtgcttttagtttgcaaacgaagtatatcttttctctt-ttcaaaaagttgcaggctttcacacatgatctt 516  Q
    ||||||||| |||||| | ||||| || | |||   ||||||||| | ||| ||||| | ||| || | ||||||||||||| |||| |||||| |||||    
T  13332759 acttgaaggcgttctaagagaaactctcgcgctcacagtttgcaagccaagaatatc-tctctgttgtgcaaaaagttgcagcctttgacacataatctt 13332661  T
Q  517 catctgggaattgatctctccatag---tttttaaaaggagatggaaagaagttc 568  Q
    ||| || ||||||||||||||||||   |||||||||||||| | ||||| ||||    
T  13332660 catttgtgaattgatctctccatagagatttttaaaaggagacgaaaagaggttc 13332606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 18 - 568
Target Start/End: Complemental strand, 13161235 - 13160682
Alignment:
Q  18 ttactagctcatcccaatcattacagttgtcattccacaaatcatccaacacaaacaaaaatcttttctccctcgagattttctttaactcaactcgaag 117  Q
    |||||| |||||||||||||||| |  | |||||||||| ||| |||| ||| |||||||||||||| |||||| || |||| || ||||||||||||||    
T  13161235 ttactaactcatcccaatcattataactatcattccacagatcgtccagcactaacaaaaatcttttatccctcaagtttttattcaactcaactcgaag 13161136  T
Q  118 gacatcaagattattgctttccgaagttgtggaagtgacagattcaaggagagactttgttactctcataatatcaaaatcctcagacacacaaacccat 217  Q
       ||||||||||||||||||   || | | || |||||||||||| | |  |  || |||||||||| |||||| |||||||| || |||||||||||     
T  13161135 agaatcaagattattgctttcgccagctcttgaggtgacagattcatgaatggttttagttactctcagaatatcgaaatcctccgatacacaaacccag 13161036  T
Q  218 gccttcaaatcaaaatgttgttgaacttctttatcattgtaaacaagttgggcaagggtagtttttcctaaacctcccatgcctataattgcaacaacac 317  Q
     | |||| ||||||||| | |||||||||||||||||| |||| |||||||||||| || ||||| || | ||| ||||| || | ||||||||| ||||    
T  13161035 actttcagatcaaaatggtcttgaacttctttatcattataaagaagttgggcaagagtggttttgccaacaccgcccatacccaaaattgcaaccacac 13160936  T
Q  318 ctatattattgtcggttgtttctctctttgatagcagcatgttcattattgtctctttgtcatccttcctacccaccatgacagattcatttaccactga 417  Q
    | ||| || | | ||| ||  | || |  |||| || |||  | |  | | |||| || |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||    
T  13160935 caatactactattggtagtgccactgtcagatatcaacatactaacgagtctctccttatcatccttcctaccaaccataacagattcatttaccattga 13160836  T
Q  418 acttgaaggtgttctacgtgaaacccttgtgcttttagtttgcaaacgaagtatatcttttctcttttcaaaaagttgcaggctttcacacatgatcttc 517  Q
    ||||||||| |||||  | ||||| || | |||   ||||||||| | ||| |||||| ||   | | ||||||||||||| |||| |||||| ||||||    
T  13160835 acttgaaggcgttcttagagaaactctcgcgctcacagtttgcaagccaaggatatctctttgttgtgcaaaaagttgcagcctttgacacataatcttc 13160736  T
Q  518 atctgggaattgatctctccatag---tttttaaaaggagatggaaagaagttc 568  Q
    || || ||||||||||||||||||   |||||||||||||||| ||||| ||||    
T  13160735 atttgtgaattgatctctccatagagatttttaaaaggagatgaaaagaggttc 13160682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 105; E-Value: 4e-52
Query Start/End: Original strand, 18 - 568
Target Start/End: Complemental strand, 13171286 - 13170733
Alignment:
Q  18 ttactagctcatcccaatcattacagttgtcattccacaaatcatccaacacaaacaaaaatcttttctccctcgagattttctttaactcaactcgaag 117  Q
    |||||| |||||||||||||||| |  | |||||||||| ||| |||| ||| |||||||||||||| |||||| || |||  || || |||||||||||    
T  13171286 ttactaactcatcccaatcattataactatcattccacagatcgtccagcactaacaaaaatcttttatccctcaagttttgattcaattcaactcgaag 13171187  T
Q  118 gacatcaagattattgctttccgaagttgtggaagtgacagattcaaggagagactttgttactctcataatatcaaaatcctcagacacacaaacccat 217  Q
     | ||||||||||||| ||||   |  | | ||||||||||||||| | |  |  || |||||||||| |||||| |||||||| || |||||||||||     
T  13171186 aaaatcaagattattgttttcaccacctcttgaagtgacagattcatgaatggttttagttactctcagaatatcgaaatcctccgatacacaaacccag 13171087  T
Q  218 gccttcaaatcaaaatgttgttgaacttctttatcattgtaaacaagttgggcaagggtagtttttcctaaacctcccatgcctataattgcaacaacac 317  Q
     | |||| ||||||||| | |||||||||||||||||| |||| |||||||||||| || ||||| || | ||| ||||| || | ||||||||| ||||    
T  13171086 actttcagatcaaaatggtcttgaacttctttatcattataaagaagttgggcaagagtggttttgccaacaccgcccatacccaaaattgcaaccacac 13170987  T
Q  318 ctatattattgtcggttgtttctctctttgatagcagcatgttcattattgtctctttgtcatccttcctacccaccatgacagattcatttaccactga 417  Q
    | ||| || | | ||| ||  | || |  |||| || |||  | || | | ||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||||||| |||    
T  13170986 caatactactattggtagtgccactgtcagatatcaacatactaatgagtctctctttatcatccttccttccaaccataacagattcatttaccattga 13170887  T
Q  418 acttgaaggtgttctacgtgaaacccttgtgcttttagtttgcaaacgaagtatatcttttctctt-ttcaaaaagttgcaggctttcacacatgatctt 516  Q
    ||||||||| |||||  | ||||| ||   |||   ||||||||| | ||| ||||| | ||| || | ||||||||||||| |||| |||||| |||||    
T  13170886 acttgaaggcgttcttagagaaactctcccgctcacagtttgcaagccaaggatatc-tctctgttgtgcaaaaagttgcagcctttgacacataatctt 13170788  T
Q  517 catctgggaattgatctctccatag---tttttaaaaggagatggaaagaagttc 568  Q
    ||| || ||||||||||||||||||   |||||||||||| ||| ||||| ||||    
T  13170787 catttgtgaattgatctctccatagagatttttaaaaggacatgaaaagaggttc 13170733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 18 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 13344344 - 13343821
Alignment:
Q  18 ttactagctcatcccaatcattacagttgtcattccacaaatcatccaacacaaacaaaaatcttttctccctcgagattttctttaactcaactcgaag 117  Q
    |||||| |||||||||||||||| |  | |||||||||| ||| |||| ||| |||||||||||||| |||||| || |||  || || |||||||||||    
T  13344344 ttactaactcatcccaatcattataactatcattccacagatcgtccagcactaacaaaaatcttttatccctcaagttttgattcaattcaactcgaag 13344245  T
Q  118 gacatcaagattattgctttccgaagttgtggaagtgacagattcaaggagagactttgttactctcataatatcaaaatcctcagacacacaaacccat 217  Q
     | ||||||||||||| ||||   |  | | ||||||||||||||| | |  |  || || ||||||| |||||| |||||||| || |||||||||||     
T  13344244 aaaatcaagattattgttttcaccacctcttgaagtgacagattcatgaatggttttagtgactctcagaatatcgaaatcctccgatacacaaacccag 13344145  T
Q  218 gccttcaaatcaaaatgttgttgaacttctttatcattgtaaacaagttgggcaagggtagtttttcctaaacctcccatgcctataattgcaacaacac 317  Q
     | |||| ||||||||| | |||||||||||||||||| |||| |||||||||||| || ||||| || | ||| ||||| || | ||||||||| ||||    
T  13344144 actttcagatcaaaatggtcttgaacttctttatcattataaagaagttgggcaagagtggttttgccaacaccgcccatacccaaaattgcaaccacac 13344045  T
Q  318 ctatattattgtcggttgtttctctctttgatagcagcatgttcattattgtctctttgtcatccttcctacccaccatgacagattcatttaccactga 417  Q
    | ||| || | | ||| ||  | || |  |||| || |||  | || | | ||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||    
T  13344044 caatactactattggtagtgccactgtcagatatcaacatactaatgagtctctctttatcatccttcctaccaaccataacagattcatttaccattga 13343945  T
Q  418 acttgaaggtgttctacgtgaaacccttgtgcttttagtttgcaaacgaagtatatcttttctctt-ttcaaaaagttgcaggctttcacacatgatctt 516  Q
    |||||||||||||||  | ||||| ||   |||   ||||||||| | ||| ||||| | ||| || | ||||||  ||||| |||| |||||| |||||    
T  13343944 acttgaaggtgttcttagagaaactctcccgctcacagtttgcaagccaaggatatc-tctctgttgtgcaaaaatctgcagcctttgacacataatctt 13343846  T
Q  517 catctgggaattgatctctccatag 541  Q
    ||| || ||||||||||||||||||    
T  13343845 catttgtgaattgatctctccatag 13343821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 18 - 568
Target Start/End: Complemental strand, 13289920 - 13289367
Alignment:
Q  18 ttactagctcatcccaatcattacagttgtcattccacaaatcatccaacacaaacaaaaatcttttctccctcgagattttctttaactcaactcgaag 117  Q
    |||||| |||||||||||||||| |  | |||||||||| ||| |||| ||| |||||||||||||| |||||| || |||  || |  |||||||||||    
T  13289920 ttactaactcatcccaatcattataactatcattccacagatcgtccagcaccaacaaaaatcttttatccctcaagttttgattcagttcaactcgaag 13289821  T
Q  118 gacatcaagattattgctttccgaagttgtggaagtgacagattcaaggagagactttgttactctcataatatcaaaatcctcagacacacaaacccat 217  Q
       ||||||||||||||||||   |  | | ||||||||||||||| | |  |  || |||||||||| |||||| |||||||| || |||||||||||     
T  13289820 agaatcaagattattgctttcaccacctcttgaagtgacagattcatgaatggttttagttactctcaaaatatcgaaatcctccgatacacaaacccag 13289721  T
Q  218 gccttcaaatcaaaatgttgttgaacttctttatcattgtaaacaagttgggcaagggtagtttttcctaaacctcccatgcctataattgcaacaacac 317  Q
     | |||| ||||||||| | |||||||||||||||||| |||| |||||||||||| || ||||| || | ||| ||||| || | |||||| || ||||    
T  13289720 actttcagatcaaaatggtcttgaacttctttatcattataaagaagttgggcaagagtggttttgccaacaccgcccatacccaaaattgcgaccacac 13289621  T
Q  318 ctatattattgtcggttgtttctctctttgatagcagcatgttcattattgtctctttgtcatccttcctacccaccatgacagattcatttaccactga 417  Q
    | ||| || | | ||| ||  | || |  |||| || |||  | || | | ||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||| |||    
T  13289620 caatactactattggtagtgccactgtcagatatcaacatactaatgagtctctctttatcatccttcctaccaaccataacagatttatttaccattga 13289521  T
Q  418 acttgaaggtgttctacgtgaaacccttgtgcttttagtttgcaaacgaagtatatcttttctctt-ttcaaaaagttgcaggctttcacacatgatctt 516  Q
    ||||||||| |||||| | ||||| ||    ||   ||||||||| | ||| ||||| | ||| || | ||||||| ||||| |||| |||||| |||||    
T  13289520 acttgaaggcgttctaagagaaactctccctctcacagtttgcaagccaaggatatc-tctctgttgtgcaaaaagctgcagcctttgacacataatctt 13289422  T
Q  517 catctgggaattgatctctccatag---tttttaaaaggagatggaaagaagttc 568  Q
    ||| || ||||||||||||||||||    ||||||||||||||| ||||| ||||    
T  13289421 catttgtgaattgatctctccatagagagttttaaaaggagatgaaaagaggttc 13289367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 86; E-Value: 8e-41
Query Start/End: Original strand, 18 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 10527613 - 10527492
Alignment:
Q  18 ttactagctcatcccaatcattacagttgtcattccacaaatcatccaacacaaacaaaaatcttttctccctcgagattttctttaactcaactcgaag 117  Q
    ||||||||||||||||||||||  | ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  10527613 ttactagctcatcccaatcattgtaattgtcattccatagatcatccaacacaaacaaaaatctcttctcccttgagattttctttaactgaactcgaag 10527514  T
Q  118 gacatcaagattattgctttcc 139  Q
    || |||||||||||||||||||    
T  10527513 gatatcaagattattgctttcc 10527492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 155 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 10500674 - 10500385
Alignment:
Q  155 acagattcaaggagagactttgttactctcataatatcaaaatcctcagacacacaaacccatgccttcaaatcaaaatgttgttgaacttctttatcat 254  Q
    ||||||||||||||||| || |||| ||||| || ||| |||||||| |  ||||||| ||||||||||| ||||||||||| || || ||  |  || |    
T  10500674 acagattcaaggagagatttggttattctcacaacatcgaaatcctccggtacacaaatccatgccttcagatcaaaatgttcttcaattttatcgtcgt 10500575  T
Q  255 tgtaaacaagttgggcaagggtagtttttcctaaacctcccatgcctataattgcaacaacacctatattattgtcggt---tgtttctctctttgatag 351  Q
    ||||||||||||| ||||| || ||||| || |  |||||||| || | ||||||||||||||||| |||||| |   |   |||| |  | | |||||     
T  10500574 tgtaaacaagttgagcaagtgttgttttaccgacgcctcccatacccaaaattgcaacaacacctaaattattatttctgcctgttccaatatctgatac 10500475  T
Q  352 cagcatgttcattattgtctctttgtcatccttcctacccaccatgacagattcatttaccactgaacttgaaggtgttctacgtgaaac 441  Q
    || ||| || |  | | | ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  10500474 caacatattgacgagtctatctttatcatcattcctacccaccatgacagattcatttaccactgaacttgaaggtgttctacgagaaac 10500385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 155 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 10527455 - 10527283
Alignment:
Q  155 acagattcaaggagagactttgttactctcataatatcaaaatcctcagacacacaaacccatgccttcaaatcaaaatgttgttgaacttctttatcat 254  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||||||| || ||| |||||||| || ||| ||||||| ||||| | ||||||||| |||| ||| | || |||||    
T  10527455 acagattcaatgagagacttggttactctcacaacatcgaaatcctctgatacataaacccaggccttgagatcaaaatggtgttcaaccttttcatcat 10527356  T
Q  255 tgtaaacaagttgggcaagggtagtttttcctaaacctcccatgcctataattgcaacaacacctatattatt 327  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||| || | ||||||||| || |  |||||||||||||||| ||||||    
T  10527355 tgtaaacaagttgtgcaagggttgttttaccgacacctcccatacccaagattgcaacaacacctaaattatt 10527283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 157 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 10517580 - 10517410
Alignment:
Q  157 agattcaaggagagactttgttactctcataatatcaaaatcctcagacacacaaacccatgccttcaaatcaaaatgttgttgaacttctttatcattg 256  Q
    ||||||||||| |||||| ||| |||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||| || || |||||||||||||||| ||||| |  |||||||    
T  10517580 agattcaaggatagacttggttgctctaataacatcaaaatcctcagatacacaaacccaggctttgaaatcaaaatgttgttcaacttttgcatcattg 10517481  T
Q  257 taaacaagttgggcaagggtagtttttcctaaacctcccatgcctataattgcaacaacacctatattatt 327  Q
    |||||||  || |||||||| ||||| || |  |||||||| || | ||||||| ||||||||| ||||||    
T  10517480 taaacaaactgtgcaagggtcgttttaccgacgcctcccatacccacaattgcagcaacacctaaattatt 10517410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #30
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 18 - 139
Target Start/End: Original strand, 11781796 - 11781917
Alignment:
Q  18 ttactagctcatcccaatcattacagttgtcattccacaaatcatccaacacaaacaaaaatcttttctccctcgagattttctttaactcaactcgaag 117  Q
    |||||||||||  |||||||||  | |  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | || || || |||||||||||    
T  11781796 ttactagctcaagccaatcattgtaatcatcattccacaaatcatctaacacaaacaaaaatcttttctccctcgagttctttttcaattcaactcgaag 11781895  T
Q  118 gacatcaagattattgctttcc 139  Q
    || ||||||||||| |||||||    
T  11781896 gatatcaagattatcgctttcc 11781917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #31
Raw Score: 61; E-Value: 7e-26
Query Start/End: Original strand, 47 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 10517711 - 10517619
Alignment:
Q  47 tcattccacaaatcatccaacacaaacaaaaatcttttctccctcgagattttctttaactcaactcgaaggacatcaagattattgctttcc 139  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | || || || ||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  10517711 tcattccacaaatcatctaacacaaacaaaaatcttttctccctcgagttctttttcaattcaactcgaaggatatcaagattatcgctttcc 10517619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #32
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 155 - 433
Target Start/End: Original strand, 11781954 - 11782235
Alignment:
Q  155 acagattcaaggagagactttgttactctcataatatcaaaatcctcagacacacaaacccatgccttcaaatcaaaatgttgttgaacttctttatcat 254  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||| | || ||| |||||||| || |||||||||||  | || |||||||||||||||| |||||    |||||    
T  11781954 acagattcaaggagagacttggttattctaacaacatcgaaatcctccgatacacaaacccagactttgaaatcaaaatgttgttcaactttcacatcat 11782053  T
Q  255 tgtaaacaagttgggcaagggtagtttttcctaaacctcccatgcctataattgcaacaacacctatattat--tgtcggttgtttct-ctctttgatag 351  Q
    |||||||||| || |||||||| ||||| || |  |||||||| || | |||||| |||||||||| |||||  | || | || | || |  | |||||     
T  11782054 tgtaaacaagctgtgcaagggtcgttttaccgacgcctcccatacccaaaattgcgacaacacctaaattattatttctgctggtgctgcggtctgatat 11782153  T
Q  352 cagcatgttcattattgtctctttgtcatccttcctacccaccatgacagattcatttaccactgaacttgaaggtgttcta 433  Q
    |||||| || || | | | ||||| ||||| ||||||||||||| | |||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  11782154 cagcatattgatgagtctatctttatcatcattcctacccaccacgtcagattgatttagcactgaacttgaaggggttcta 11782235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #33
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 371 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 10527237 - 10527168
Alignment:
Q  371 tctttgtcatccttcctacccaccatgacagattcatttaccactgaacttgaaggtgttctacgtgaaa 440  Q
    ||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  10527237 tctttatcatcattcctacccacaatgacagattcatttaccactgaacttgaaggggttctacgagaaa 10527168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #34
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 45 - 138
Target Start/End: Complemental strand, 10500802 - 10500709
Alignment:
Q  45 tgtcattccacaaatcatccaacacaaacaaaaatcttttctccctcgagattttctttaactcaactcgaaggacatcaagattattgctttc 138  Q
    ||||||||||||  || ||||||||||||||||||||| | ||| || |   |||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  10500802 tgtcattccacatgtcgtccaacacaaacaaaaatcttctatccatcaaatgtttcattaactcaacttgaaggatatcaagattattgctttc 10500709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #35
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 47 - 170
Target Start/End: Original strand, 11153617 - 11153739
Alignment:
Q  47 tcattccacaaatcatccaacacaaacaaaaatcttttctccctcgagattttctttaactcaactcgaaggacatcaagattattgctttccgaagttg 146  Q
    |||||||| || |||||||||||||  ||||||||||  || |||   ||||||||||||||||||||||| | ||||||||| || |||||  | | |     
T  11153617 tcattccataagtcatccaacacaacaaaaaatctttg-tctctcagaattttctttaactcaactcgaagaaaatcaagattgttactttcatatgctc 11153715  T
Q  147 tggaagtgacagattcaaggagag 170  Q
    | ||||||||||||||||||||||    
T  11153716 ttgaagtgacagattcaaggagag 11153739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #36
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 371 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 10517363 - 10517301
Alignment:
Q  371 tctttgtcatccttcctacccaccatgacagattcatttaccactgaacttgaaggtgttcta 433  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||| | |||||||||||| ||| ||||||||| | ||||||    
T  10517363 tctttatcatcattcctacccaccacgtcagattcatttagcaccgaacttgaaagggttcta 10517301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 335; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 29 - 594
Target Start/End: Complemental strand, 26907141 - 26906573
Alignment:
Q  29 tcccaatcattacagttgtcattccacaaatcatccaacacaaacaaaaatcttttctccctcgagattttctttaactcaactcgaaggacatcaagat 128  Q
    ||||||||| || | ||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  26907141 tcccaatcactataattgtcgttccacaggtcatccaacacaaacaaaaatcttttctcccttgagtttttccttaactcaactcgaaggacatcaagat 26907042  T
Q  129 tattgctttccgaagttgtggaagtgacagattcaaggagagactttgttactctcataatatcaaaatcctcagacacacaaacccatgccttcaaatc 228  Q
    ||||| | ||| ||||| |||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26907041 tattggtatcccaagttctggaagtgaccgattcaaggagagatttggttactctcataatatcaaaatcctcagacacacaaacccatgccttcaaatc 26906942  T
Q  229 aaaatgttgttgaacttctttatcattgtaaacaagttgggcaagggtagtttttcctaaacctcccatgcctataattgcaacaacacctatattattg 328  Q
    ||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||     
T  26906941 aaaatgccgttgaacttctttatcattgtaaagaagttgggcaagggtagtttttcctaaacctcccatgcccaaaattgcaacaacacctatattatta 26906842  T
Q  329 tcggttgtttctctctttgatagcagcatgttcattattgtctctttgtcatccttcctacccaccatgacagattcatttaccactgaacttgaaggtg 428  Q
    | |||||| ||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26906841 tgggttgtgtctctctctgatagcaacatattcattattgtctctttgtcatccttcctacccaccatgacagattcatttaccactgaacttgaaggtg 26906742  T
Q  429 ttctacgtgaaacccttgtgcttttagtttgcaaacgaagtatatcttttctcttttcaaaaagttgcaggctttcacacatgatcttcatctgggaatt 528  Q
    ||||||| ||||| || |  |||||||||||||||| ||| ||||||||    | | |||| | |||||||||||||||||| |||||||| || |||||    
T  26906741 ttctacgagaaactctagcacttttagtttgcaaaccaaggatatctttatgttgtgcaaacaattgcaggctttcacacattatcttcatttgagaatt 26906642  T
Q  529 gatctctccat---agtttttaaaaggagatggaaagaagttcatcacctgataaattttgctttgagc 594  Q
    ||||||||  |   || | ||||||||||||| || |||||||| |||||||| | ||||| |||||||    
T  26906641 gatctctctgtagaagctattaaaaggagatgaaaggaagttcaacacctgattagttttgttttgagc 26906573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083 (Bit Score: 208; Significance: 1e-113; HSPs: 1)
Name: scaffold0083
Description:

Target: scaffold0083; HSP #1
Raw Score: 208; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 377 - 600
Target Start/End: Original strand, 49981 - 50204
Alignment:
Q  377 tcatccttcctacccaccatgacagattcatttaccactgaacttgaaggtgttctacgtgaaacccttgtgcttttagtttgcaaacgaagtatatctt 476  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49981 tcatccttcctacccaccatgacagattcatttaccactgaacttgaaggtgttctacgtgaaacccttgtgcttttagtttgcaaacgaagtatatctt 50080  T
Q  477 ttctcttttcaaaaagttgcaggctttcacacatgatcttcatctgggaattgatctctccatagtttttaaaaggagatggaaagaagttcatcacctg 576  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  50081 ttcttttttcaaaaagttgcaggctttcacacatgatcttcatctgggaattgatctctccatagtttttaaaagaagatgaaaagaagttcatcacctg 50180  T
Q  577 ataaattttgctttgagcctttgc 600  Q
    |||||||||||||||||| |||||    
T  50181 ataaattttgctttgagcttttgc 50204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 113; Significance: 6e-57; HSPs: 2)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 6e-57
Query Start/End: Original strand, 18 - 568
Target Start/End: Original strand, 145753 - 146306
Alignment:
Q  18 ttactagctcatcccaatcattacagttgtcattccacaaatcatccaacacaaacaaaaatcttttctccctcgagattttctttaactcaactcgaag 117  Q
    |||||| |||||||||||||||| |  | |||||||||| ||| |||| ||| |||||||||||||| |||||| || |||  || || |||||||||||    
T  145753 ttactaactcatcccaatcattataactatcattccacagatcgtccagcactaacaaaaatcttttatccctcaagttttgattcaattcaactcgaag 145852  T
Q  118 gacatcaagattattgctttccgaagttgtggaagtgacagattcaaggagagactttgttactctcataatatcaaaatcctcagacacacaaacccat 217  Q
     | ||||||||||||| ||||   |  | | ||||||||||||||| | |  |  || |||||||||| |||||| |||||||| || |||||||||||     
T  145853 aaaatcaagattattgttttcaccacctcttgaagtgacagattcatgaatggttttagttactctcagaatatcgaaatcctccgatacacaaacccag 145952  T
Q  218 gccttcaaatcaaaatgttgttgaacttctttatcattgtaaacaagttgggcaagggtagtttttcctaaacctcccatgcctataattgcaacaacac 317  Q
     | |||| ||||||||| | |||||||||||||||||| |||| |||||||||||| || ||||| || | ||| ||||| || | ||||||||| ||||    
T  145953 actttcagatcaaaatggtcttgaacttctttatcattataaagaagttgggcaagagtggttttgccaacaccgcccatacccaaaattgcaaccacac 146052  T
Q  318 ctatattattgtcggttgtttctctctttgatagcagcatgttcattattgtctctttgtcatccttcctacccaccatgacagattcatttaccactga 417  Q
    | ||| || | | ||| ||  | || |  |||| || |||  | || | | ||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||    
T  146053 caatactactattggtagtgccactgtcagatatcaacatactaatgagtctctctttatcatccttcctaccaaccataacagattcatttaccattga 146152  T
Q  418 acttgaaggtgttctacgtgaaacccttgtgcttttagtttgcaaacgaagtatatcttttctctt-ttcaaaaagttgcaggctttcacacatgatctt 516  Q
    ||||||||| |||||  | ||||| ||   |||   ||||||||| | ||| ||||| | ||| || | ||||||||||||| |||| |||||| |||||    
T  146153 acttgaaggcgttcttagagaaactctcccgctcacagtttgcaagccaaggatatc-tctctgttgtgcaaaaagttgcagcctttgacacataatctt 146251  T
Q  517 catctgggaattgatctctccatag---tttttaaaaggagatggaaagaagttc 568  Q
    ||| || ||||||||||||||||||   |||||||||||||||| ||||| ||||    
T  146252 catttgtgaattgatctctccatagagatttttaaaaggagatgaaaagaggttc 146306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002; HSP #2
Raw Score: 105; E-Value: 4e-52
Query Start/End: Original strand, 18 - 568
Target Start/End: Original strand, 135702 - 136255
Alignment:
Q  18 ttactagctcatcccaatcattacagttgtcattccacaaatcatccaacacaaacaaaaatcttttctccctcgagattttctttaactcaactcgaag 117  Q
    |||||| |||||||||||||||| |  | |||||||||| ||| |||| ||| |||||||||||||| |||||| || |||  || || |||||||||||    
T  135702 ttactaactcatcccaatcattataactatcattccacagatcgtccagcactaacaaaaatcttttatccctcaagttttgattcaattcaactcgaag 135801  T
Q  118 gacatcaagattattgctttccgaagttgtggaagtgacagattcaaggagagactttgttactctcataatatcaaaatcctcagacacacaaacccat 217  Q
     | ||||||||||||| ||||   |  | | ||||||||||||||| | |  |  || |||||||||| |||||| |||||||| || |||||||||||     
T  135802 aaaatcaagattattgttttcaccacctcttgaagtgacagattcatgaatggttttagttactctcagaatatcgaaatcctccgatacacaaacccag 135901  T
Q  218 gccttcaaatcaaaatgttgttgaacttctttatcattgtaaacaagttgggcaagggtagtttttcctaaacctcccatgcctataattgcaacaacac 317  Q
     | |||| ||||||||| | |||||||||||||||||| |||| |||||||||||| || ||||| || | ||| ||||| || | ||||||||| ||||    
T  135902 actttcagatcaaaatggtcttgaacttctttatcattataaagaagttgggcaagagtggttttgccaacaccgcccatacccaaaattgcaaccacac 136001  T
Q  318 ctatattattgtcggttgtttctctctttgatagcagcatgttcattattgtctctttgtcatccttcctacccaccatgacagattcatttaccactga 417  Q
    | ||| || | | ||| ||  | || |  |||| || |||  | || | | ||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||||||| |||    
T  136002 caatactactattggtagtgccactgtcagatatcaacatactaatgagtctctctttatcatccttccttccaaccataacagattcatttaccattga 136101  T
Q  418 acttgaaggtgttctacgtgaaacccttgtgcttttagtttgcaaacgaagtatatcttttctctt-ttcaaaaagttgcaggctttcacacatgatctt 516  Q
    ||||||||| |||||  | ||||| ||   |||   ||||||||| | ||| ||||| | ||| || | ||||||||||||| |||| |||||| |||||    
T  136102 acttgaaggcgttcttagagaaactctcccgctcacagtttgcaagccaaggatatc-tctctgttgtgcaaaaagttgcagcctttgacacataatctt 136200  T
Q  517 catctgggaattgatctctccatag---tttttaaaaggagatggaaagaagttc 568  Q
    ||| || ||||||||||||||||||   |||||||||||| ||| ||||| ||||    
T  136201 catttgtgaattgatctctccatagagatttttaaaaggacatgaaaagaggttc 136255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 83; Significance: 5e-39; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 159 - 568
Target Start/End: Original strand, 44957664 - 44958076
Alignment:
Q  159 attcaaggagagactttgttactctcataatatcaaaatcctcagacacacaaacccatgccttcaaatcaaaatgttgttgaacttctttatcattgta 258  Q
    ||||||| ||||||||||||| ||| | || ||  |||||||| || ||||| | |||||| || | ||| |||||||||| ||||| | ||||||||||    
T  44957664 attcaagaagagactttgttattctaacaacattgaaatcctctgatacacatatccatgctttgagatcgaaatgttgttcaacttttatatcattgta 44957763  T
Q  259 aacaagttgggcaagggtagtttttcctaaacctcccatgcctataattgcaacaacacctatattattgt--cggttgtttctctctttgatagcagca 356  Q
    ||||||||| || || || ||||| || | ||||||||| ||||   | ||||||||||||| |||||| |  | | || | || |||  |||| |||||    
T  44957764 aacaagttgtgcgagagtcgttttaccgacacctcccatacctaaggtggcaacaacacctaaattattatttctgctggtgctgtct--gataccagca 44957861  T
Q  357 tgttcattattgtctctttgtcatccttcctacccaccatgacagattcatttaccactgaacttgaaggtgttctacgtgaaacccttgtgcttttagt 456  Q
    | |  || | | | ||||| ||||  ||||| |||||||| | ||||||||| ||| |||||||||||||||||||| | ||||| || |  ||||||||    
T  44957862 tatctatgagtctatctttatcatgtttcctgcccaccataatagattcattaacccctgaacttgaaggtgttctatgagaaactctagcacttttagt 44957961  T
Q  457 ttgcaaacgaagtatatcttttctcttttcaaaaagttgcaggctttcacacatgatcttcatctgggaattgatctctccat---agtttttaaaagga 553  Q
    || ||||| || |||||||||   || | ||||||||||||||  ||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||   ||||||||||||||    
T  44957962 ttccaaaccaattatatctttatgctgtgcaaaaagttgcagggattcacacataatcttcatttgagaattgatctctccatagaagtttttaaaagga 44958061  T
Q  554 gatggaaagaagttc 568  Q
    |||| || |||||||    
T  44958062 gatgaaaggaagttc 44958076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 155 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 11485135 - 11484963
Alignment:
Q  155 acagattcaaggagagactttgttactctcataatatcaaaatcctcagacacacaaacccatgccttcaaatcaaaatgttgttgaacttctttatcat 254  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||  ||||  | ||| |||||||| || |||||||||||||| || | ||||||||| |||| ||||| || ||| |    
T  11485135 acagattcaaggagggacttggttatcctcacgacatcgaaatcctccgatacacaaacccatgctttgagatcaaaatgctgttcaactttttcatcgt 11485036  T
Q  255 tgtaaacaagttgggcaagggtagtttttcctaaacctcccatgcctataattgcaacaacacctatattatt 327  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||| || |  ||||||||  | | ||||||||||||||||| ||||||    
T  11485035 tgtaaacaagttgtgcaagggtcgttttaccgacgcctcccataaccaaaattgcaacaacacctaaattatt 11484963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 383 - 441
Target Start/End: Complemental strand, 11484904 - 11484846
Alignment:
Q  383 ttcctacccaccatgacagattcatttaccactgaacttgaaggtgttctacgtgaaac 441  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  11484904 ttccttcccaccataacagattcattcaccactgaacttgatggtgttctacgagaaac 11484846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 44 - 139
Target Start/End: Original strand, 44957528 - 44957623
Alignment:
Q  44 ttgtcattccacaaatcatccaacacaaacaaaaatcttttctccctcgagattttctttaactcaactcgaaggacatcaagattattgctttcc 139  Q
    ||||||||||| |  || ||||||||||||||||||||| | ||| || |   |||| |||| |||||| |||||| ||||||||||| |||||||    
T  44957528 ttgtcattccatatgtcgtccaacacaaacaaaaatcttctatccatcaaatgtttcattaattcaacttgaaggatatcaagattatcgctttcc 44957623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 66; Significance: 7e-29; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 155 - 320
Target Start/End: Original strand, 17852895 - 17853060
Alignment:
Q  155 acagattcaaggagagactttgttactctcataatatcaaaatcctcagacacacaaacccatgccttcaaatcaaaatgttgttgaacttctttatcat 254  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||| || || ||||||||||| || || | ||||||||| |||| ||| | || |||||    
T  17852895 acagattcaaggagagacttggttactctcacaacatcaaaatcttctgatacacaaacccaggctttgagatcaaaatgatgttcaaccttttcatcat 17852994  T
Q  255 tgtaaacaagttgggcaagggtagtttttcctaaacctcccatgcctataattgcaacaacaccta 320  Q
    |||||||||| || |||||||| ||||| || | ||||||||| || |  ||||||||||||||||    
T  17852995 tgtaaacaagctgtgcaagggtcgttttaccgacacctcccatccccaatattgcaacaacaccta 17853060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 190 - 273
Target Start/End: Original strand, 7128961 - 7129044
Alignment:
Q  190 atcaaaatcctcagacacacaaacccatgccttcaaatcaaaatgttgttgaacttctttatcattgtaaacaagttgggcaag 273  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||   ||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||    
T  7128961 atcaaaatcatcagaaacacaaacccattttttcaactcaaaatgttgttgcacttctttgtcattgtatacaagttgagcaag 7129044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 373 - 441
Target Start/End: Original strand, 17853116 - 17853184
Alignment:
Q  373 tttgtcatccttcctacccaccatgacagattcatttaccactgaacttgaaggtgttctacgtgaaac 441  Q
    ||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||    
T  17853116 tttatcatcattccttcctaccatgacagattcatttaccacggaacttgaaggggttctacgagaaac 17853184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 190 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 7482177 - 7482094
Alignment:
Q  190 atcaaaatcctcagacacacaaacccatgccttcaaatcaaaatgttgttgaacttctttatcattgtaaacaagttgggcaag 273  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||    ||||| | |||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||    
T  7482177 atcaaaatcatcagaaacacaaacccactttttcaactgaaaatgttgttgcacttctttgtcattgtatacaagttgagcaag 7482094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 44 - 139
Target Start/End: Original strand, 17852763 - 17852858
Alignment:
Q  44 ttgtcattccacaaatcatccaacacaaacaaaaatcttttctccctcgagattttctttaactcaactcgaaggacatcaagattattgctttcc 139  Q
    ||||||||||| || || ||||||||||||||||||||| | ||| || |   |||| |||| |||||||| |||| ||||||||||| |||||||    
T  17852763 ttgtcattccataagtcgtccaacacaaacaaaaatcttctatccatcaattgtttcattaattcaactcggaggatatcaagattatcgctttcc 17852858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 190 - 249
Target Start/End: Original strand, 7722235 - 7722294
Alignment:
Q  190 atcaaaatcctcagacacacaaacccatgccttcaaatcaaaatgttgttgaacttcttt 249  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||   ||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  7722235 atcaaaatcatcagaaacacaaacccattttttcaactcaaaatgttgttgcacttcttt 7722294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 62; Significance: 2e-26; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 31 - 557
Target Start/End: Original strand, 31679560 - 31680089
Alignment:
Q  31 ccaatcattacagttgtcattccacaaatcatccaacacaaacaaaaatcttttctccctcgagattttctttaactcaactcgaaggacatcaagatta 130  Q
    |||||||||| || | ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||  || || || ||| |||||| |  |||||||| | ||||||||||    
T  31679560 ccaatcattatagctatcattccacatgtcatccaacacaaacaaaaatctttttcccttcaagttttgctttaatttgactcgaagaaaatcaagatta 31679659  T
Q  131 ttgctttcc-gaagttgtggaagtgacagattcaaggagagactttgttactctcataatatcaaaatcctcagacacacaaacccatgccttcaaatca 229  Q
    |  |||||| |||  | || |||||| ||||||||| | ||   | ||||| |||| || |||||| || || |||| ||||||||| || || | ||||    
T  31679660 tcactttcctgaacatttg-aagtgatagattcaagtaaagttctggttaccctcaaaacatcaaactcttcggacagacaaacccaagcttttacatca 31679758  T
Q  230 aaatgttgttgaacttctttatcattgtaaacaagttgggcaagggtagtttttcctaaacctcccatgcctataattgcaacaacacctatattattgt 329  Q
    ||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||| || ||||  ||||| || | |||||||||||| | ||||| |||||||   |||||||  |    
T  31679759 aaacgttcttgaacatctttatcattgtaaagaagttgagctagggctgttttaccgacacctcccatgccgaaaattgaaacaacattaatattatcat 31679858  T
Q  330 cggttgtttctctc-tttgatagcagcatgttcattattgtctctttgtcatccttcctacccaccatgacagattcatttaccactgaacttgaaggtg 428  Q
     |   | | ||  | | |||||||| ||| ||  ||| | ||||||| |||  ||||||||| ||||||| ||||| || ||| | ||||||||||||||    
T  31679859 tgacag-tgctaacatctgatagcaacatattagttagtttctctttatcactcttcctaccaaccatgaaagattgatctactagtgaacttgaaggtg 31679957  T
Q  429 ttctacgtgaaacccttgtgcttttagtttgcaaacgaagtatatcttttctcttttcaaaaagttgcaggctttcacacatgatcttcatctgggaatt 528  Q
    ||||| |  |||||||    |||  ||||||||| | ||| |||||||||   | | |||||||||| || ||||||  |||  ||||||| ||||||||    
T  31679958 ttctaagaaaaaccctaccacttacagtttgcaacccaaggatatctttttgttgtgcaaaaagttggagcctttcaatcatactcttcatttgggaatt 31680057  T
Q  529 gatctctccat---agtttttaaaaggagatg 557  Q
    |||||||||||   |||||| |||||||||||    
T  31680058 gatctctccatacaagttttgaaaaggagatg 31680089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 61; Significance: 7e-26; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 7e-26
Query Start/End: Original strand, 23 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 29836893 - 29836589
Alignment:
Q  23 agctcatcccaatcattacagttgtcattccacaaatcatccaacacaaacaaaaatcttttctccctcgagattttctttaactcaactcgaaggacat 122  Q
    |||||||||||||||  || ||| |||||||| | ||||||||| |||| |||||||||||| |   || |  ||||||| || ||||||||||| | ||    
T  29836893 agctcatcccaatcacaaccgttttcattccaaacatcatccaatacaatcaaaaatcttttgttgttcaaatttttcttcaattcaactcgaagaagat 29836794  T
Q  123 caagattattgctttccgaagttgtggaagtgacagattcaaggagagactttgttactctcataatatcaaaatcctcagacacacaaacccatgcctt 222  Q
    |||| |||||| | | | |   | | |||||||||  |||||||||||| || ||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||  | |     
T  29836793 caaggttattggtattccattctcttgaagtgacaacttcaaggagagatttggttactctcaacatatcaaaatcttcagacacacaaacccagacttg 29836694  T
Q  223 caaatcaaaatgttgttgaacttctttatcattgtaaacaagttgggcaagggtagtttttcctaaacctcccatgcctataattgcaacaacacctata 322  Q
     | ||||||||| | || ||||||||  |  ||||| | |||| | || ||||| ||||| || | ||||||||||||| ||||||| || |||||||||    
T  29836693 tacatcaaaatgatttttaacttcttcctggttgtatataagtcgagcgagggtcgttttaccgatacctcccatgcctgtaattgcgactacacctata 29836594  T
Q  323 ttatt 327  Q
    |||||    
T  29836593 ttatt 29836589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000004; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 153 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 826028 - 825916
Alignment:
Q  153 tgacagattcaaggagagactttgttactctcataatatcaaaatcctcagacacacaaacccatgccttcaaatcaaaatgttgttgaacttctttatc 252  Q
    ||||||||||||| ||||  ||||| | |||   ||||||||||||||| |  |||||||||||  | |||||||||||||| |  | |||||  |||||    
T  826028 tgacagattcaagtagagcttttgtgattctagaaatatcaaaatcctcggtgacacaaacccagactttcaaatcaaaatgctcatcaactttcttatc 825929  T
Q  253 attgtaaacaagt 265  Q
    |||||||||||||    
T  825928 attgtaaacaagt 825916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University