View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20037_high_21 (Length: 263)

Name: NF20037_high_21
Description: NF20037
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20037_high_21
NF20037_high_21
[»] scaffold0017 (1 HSPs)
scaffold0017 (1-253)||(42214-42466)
[»] scaffold0833 (1 HSPs)
scaffold0833 (1-253)||(1608-1860)
[»] chr7 (9 HSPs)
chr7 (1-253)||(47482409-47482661)
chr7 (1-245)||(48623851-48624095)
chr7 (46-224)||(3048213-3048393)
chr7 (46-222)||(13319783-13319961)
chr7 (38-166)||(25122770-25122898)
chr7 (22-135)||(7286041-7286153)
chr7 (23-89)||(14252908-14252974)
chr7 (22-162)||(9641498-9641640)
chr7 (22-166)||(28388887-28389033)
[»] chr8 (11 HSPs)
chr8 (23-253)||(18617420-18617650)
chr8 (46-224)||(21495807-21495987)
chr8 (46-224)||(22884945-22885127)
chr8 (23-166)||(41508666-41508809)
chr8 (23-89)||(18610790-18610856)
chr8 (75-166)||(45476020-45476112)
chr8 (22-162)||(20708244-20708386)
chr8 (22-134)||(16000640-16000754)
chr8 (46-89)||(16041133-16041177)
chr8 (46-89)||(16042809-16042853)
chr8 (75-166)||(21233662-21233754)
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (1-222)||(17908164-17908385)
chr5 (1-249)||(7527577-7527825)
chr5 (1-177)||(23985852-23986028)
chr5 (46-222)||(32949594-32949772)
chr5 (23-166)||(2030372-2030515)
chr5 (23-131)||(25003455-25003563)
chr5 (23-89)||(34937981-34938047)
chr5 (22-162)||(23235984-23236126)
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (1-223)||(22254786-22255009)
chr2 (1-253)||(17203001-17203253)
chr2 (16-253)||(28032576-28032812)
chr2 (83-222)||(25254853-25254993)
chr2 (46-224)||(23779422-23779604)
chr2 (22-196)||(32464398-32464571)
chr2 (23-89)||(42179974-42180040)
chr2 (22-183)||(16294320-16294483)
chr2 (23-73)||(7513621-7513671)
[»] scaffold0335 (1 HSPs)
scaffold0335 (16-222)||(9613-9819)
[»] scaffold0125 (1 HSPs)
scaffold0125 (4-222)||(29960-30180)
[»] chr3 (13 HSPs)
chr3 (4-222)||(9304202-9304422)
chr3 (4-224)||(12903334-12903556)
chr3 (46-224)||(14283791-14283971)
chr3 (46-224)||(23887686-23887866)
chr3 (46-224)||(38166532-38166712)
chr3 (46-222)||(11987665-11987843)
chr3 (46-222)||(17936729-17936908)
chr3 (1-135)||(18738360-18738496)
chr3 (23-166)||(51962704-51962847)
chr3 (46-224)||(11480578-11480759)
chr3 (23-89)||(54040152-54040218)
chr3 (23-89)||(54049439-54049505)
chr3 (22-166)||(11636956-11637102)
[»] chr6 (10 HSPs)
chr6 (1-224)||(16301562-16301782)
chr6 (46-224)||(32278117-32278297)
chr6 (46-218)||(29664706-29664880)
chr6 (23-188)||(14150999-14151165)
chr6 (23-184)||(27739537-27739701)
chr6 (23-89)||(19627860-19627926)
chr6 (23-71)||(35010882-35010930)
chr6 (22-166)||(31469115-31469261)
chr6 (22-162)||(19670935-19671077)
chr6 (75-135)||(26523725-26523786)
[»] scaffold0001 (1 HSPs)
scaffold0001 (1-183)||(165926-166107)
[»] scaffold0615 (1 HSPs)
scaffold0615 (1-224)||(7547-7772)
[»] scaffold0207 (1 HSPs)
scaffold0207 (46-224)||(16432-16612)
[»] scaffold0342 (1 HSPs)
scaffold0342 (46-224)||(2169-2349)
[»] scaffold0066 (2 HSPs)
scaffold0066 (46-222)||(44551-44729)
scaffold0066 (46-222)||(52747-52925)
[»] scaffold0162 (2 HSPs)
scaffold0162 (46-210)||(17721-17886)
scaffold0162 (23-166)||(9574-9717)
[»] scaffold0032 (1 HSPs)
scaffold0032 (46-224)||(14944-15125)
[»] scaffold0029 (1 HSPs)
scaffold0029 (46-224)||(67179-67360)
[»] chr4 (12 HSPs)
chr4 (46-224)||(9793809-9793990)
chr4 (46-210)||(32462032-32462198)
chr4 (46-224)||(22736983-22737161)
chr4 (46-222)||(23271675-23271853)
chr4 (46-179)||(14503083-14503219)
chr4 (46-224)||(8043501-8043682)
chr4 (22-135)||(55378347-55378459)
chr4 (23-89)||(19699178-19699244)
chr4 (23-89)||(19709763-19709829)
chr4 (22-162)||(13448616-13448758)
chr4 (22-162)||(13595605-13595747)
chr4 (26-92)||(7848885-7848951)
[»] scaffold0686 (2 HSPs)
scaffold0686 (23-166)||(28-171)
scaffold0686 (23-156)||(7508-7640)
[»] scaffold0132 (1 HSPs)
scaffold0132 (23-166)||(12352-12495)
[»] scaffold0023 (1 HSPs)
scaffold0023 (46-222)||(58027-58206)
[»] scaffold0016 (1 HSPs)
scaffold0016 (23-156)||(167711-167843)
[»] scaffold1486 (1 HSPs)
scaffold1486 (46-222)||(1422-1601)
[»] scaffold0173 (1 HSPs)
scaffold0173 (60-223)||(3930-4094)
[»] scaffold0012 (1 HSPs)
scaffold0012 (46-232)||(35321-35507)
[»] scaffold1666 (1 HSPs)
scaffold1666 (75-224)||(1100-1251)
[»] scaffold0892 (1 HSPs)
scaffold0892 (16-86)||(2426-2496)
[»] scaffold0191 (1 HSPs)
scaffold0191 (15-89)||(251-326)
[»] scaffold0138 (3 HSPs)
scaffold0138 (22-89)||(26836-26903)
scaffold0138 (23-89)||(27851-27917)
scaffold0138 (23-89)||(39847-39913)
[»] scaffold0158 (1 HSPs)
scaffold0158 (23-89)||(23398-23464)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (23-89)||(20252728-20252794)
[»] scaffold0561 (1 HSPs)
scaffold0561 (22-183)||(4342-4505)
[»] scaffold0009 (1 HSPs)
scaffold0009 (22-134)||(98562-98675)
[»] scaffold0165 (2 HSPs)
scaffold0165 (22-166)||(28553-28699)
scaffold0165 (75-166)||(20569-20661)
[»] scaffold0020 (1 HSPs)
scaffold0020 (22-134)||(104429-104542)
[»] scaffold0118 (1 HSPs)
scaffold0118 (46-93)||(35746-35794)
[»] scaffold0133 (1 HSPs)
scaffold0133 (22-134)||(3285-3399)
[»] scaffold0258 (1 HSPs)
scaffold0258 (98-135)||(8744-8781)


Alignment Details
Target: scaffold0017 (Bit Score: 213; Significance: 1e-117; HSPs: 1)
Name: scaffold0017
Description:

Target: scaffold0017; HSP #1
Raw Score: 213; E-Value: 1e-117
Query Start/End: Original strand, 1 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 42466 - 42214
Alignment:
Q  1 aaatggtgatgatattggtgatgattatgatgttctatcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcatatagcgttgtg 100  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  42466 aaatggtgatgattttggtgataattatgatgttctatcggcatcatgggcgacggcctaattattggtcagattggtaccgcatgcatatagagttgtg 42367  T
Q  101 tctaggatcatatcatgttgtggcatgagtcctagctatgaaattacttgatgtacttgtggttgtacgtgattaatggtgatgtttgtatttgatgaat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42366 tctaggatcatatcatgttgtggcatgagtcctagttgtgaaattacttgatttacttgtggttgtacgtgattaatggtgatgtttgtatttgatgaat 42267  T
Q  201 tttggtgtcatgttatgattaattgtgtaaatgacgaatattgatgatgatgt 253  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  42266 tttggtgtcatgttatgattaattttgtaaatgacgaatattgatgatgatgt 42214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0833 (Bit Score: 205; Significance: 1e-112; HSPs: 1)
Name: scaffold0833
Description:

Target: scaffold0833; HSP #1
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 1860 - 1608
Alignment:
Q  1 aaatggtgatgatattggtgatgattatgatgttctatcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcatatagcgttgtg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  1860 aaatggtgatgatattggtgatgattatgatgttctatcggcatcatgggcgaaagcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcatatagagttatg 1761  T
Q  101 tctaggatcatatcatgttgtggcatgagtcctagctatgaaattacttgatgtacttgtggttgtacgtgattaatggtgatgtttgtatttgatgaat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  1760 tctaggatcatatcatgttgtggcatgagtcctagttgtgaaattacttgatgtacttgtggttgtacgtgattattggtgatgtttgtatttgatgaat 1661  T
Q  201 tttggtgtcatgttatgattaattgtgtaaatgacgaatattgatgatgatgt 253  Q
    | |||||||||||||||||||||| | | ||||| ||||||||||||||||||    
T  1660 tgtggtgtcatgttatgattaattttttgaatgatgaatattgatgatgatgt 1608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 197; Significance: 1e-107; HSPs: 9)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 253
Target Start/End: Original strand, 47482409 - 47482661
Alignment:
Q  1 aaatggtgatgatattggtgatgattatgatgttctatcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcatatagcgttgtg 100  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  47482409 aaattgtgatgattttggtgatgattatgatgttctatcggcatcatgggcgacaacctaaatattggtgagatcggtaccgcatgtatatagagttgtg 47482508  T
Q  101 tctaggatcatatcatgttgtggcatgagtcctagctatgaaattacttgatgtacttgtggttgtacgtgattaatggtgatgtttgtatttgatgaat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  47482509 tctaggatcatatcatgttgtggcatgagtcctagttgtgaaattacttgatgtacttgtggttgtacgtgattagtggtgatgtttgtatttgatgaat 47482608  T
Q  201 tttggtgtcatgttatgattaattgtgtaaatgacgaatattgatgatgatgt 253  Q
    | ||||||||||||||||||||||  || ||||| ||||||||||||||||||    
T  47482609 tgtggtgtcatgttatgattaatttcgtgaatgatgaatattgatgatgatgt 47482661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 181; E-Value: 7e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 245
Target Start/End: Original strand, 48623851 - 48624095
Alignment:
Q  1 aaatggtgatgatattggtgatgattatgatgttctatcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcatatagcgttgtg 100  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||  |||||||||||||||||| | | ||    
T  48623851 aaatggtgatgattttggtgatgattatgatgttctatcggcatcatgggcgacggcctaattattagtgagaatggtaccgcatgcatatagagatatg 48623950  T
Q  101 tctaggatcatatcatgttgtggcatgagtcctagctatgaaattacttgatgtacttgtggttgtacgtgattaatggtgatgtttgtatttgatgaat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  48623951 tctaggatcatatcatgttgtggcatgagtcctagttgtgaaattacttgatgtacttgtggttgtacgtgattaacggtgatgtttgtatttgatgaat 48624050  T
Q  201 tttggtgtcatgttatgattaattgtgtaaatgacgaatattgat 245  Q
    | | |||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||    
T  48624051 tgttgtgtcatgttatgattaattttgtgaatgatgaatattgat 48624095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 46 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 3048393 - 3048213
Alignment:
Q  46 atgggcgacggcctaaatattggtga-gatcggtaccgcatgcatatagc-gttgtgtctaggatcatatcatgttgtggcatgagtcctagctatgaaa 143  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||   |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||| | |||||    
T  3048393 atgggcgacggcctaaatattggtgatgacatgtaccgcatgcatataggtgttgtgtctaggatcatatcatgaggtgacatgagtcctagttgtgaaa 3048294  T
Q  144 ttacttgatgtacttgtggttgtacgtgattaatggtgatgtttgtatttgatgaattttggtgtcatgttatgattaatt 224  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||| | || |||||||||||||||||    
T  3048293 ttacttgatgtacttgtggttgtaagtgattgatggtgatgtttgtatttgatggattgttgtatcatgttatgattaatt 3048213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 99; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 46 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 13319961 - 13319783
Alignment:
Q  46 atgggcgacggcctaaatattggtga-gatcggtaccgcatgcatatagc-gttgtgtctaggatcatatcatgttgtggcatgagtcctagctatgaaa 143  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||   |||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||| | |||||    
T  13319961 atgggtgacagcctaaatattggtgatgatcggtaccacatgcatatatatgttgtgtctaggatcatatcatgaggtgacatgagtcctagttgtgaaa 13319862  T
Q  144 ttacttgatgtacttgtggttgtacgtgattaatggtgatgtttgtatttgatgaattttggtgtcatgttatgattaa 222  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||| | ||||||||| ||||||||    
T  13319861 ttacttgatgtacttgtggttgtaagtgattaatggtgatatttgtatttgatggattgtcgtgtcatgtcatgattaa 13319783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 38 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 25122898 - 25122770
Alignment:
Q  38 tcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcatatagcgttgtgtctaggatcatatcatgttgtggcatgagtcctagct 137  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |    
T  25122898 tcggcatcaagggcgacggcctaaatattggtgagaccggtaccgcatgcatatag-ggtgtgtctaggatcatatcatgttgtggcatgagtcgtagtt 25122800  T
Q  138 atgaaattacttgatgtac-ttgtggttgt 166  Q
     ||||  || ||||||||| ||||||||||    
T  25122799 gtgaatgtagttgatgtacattgtggttgt 25122770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 22 - 135
Target Start/End: Original strand, 7286041 - 7286153
Alignment:
Q  22 tgattatgatgttctatcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcatatagcgttgtgtctaggatcatatcatg-ttg 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || || |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||    
T  7286041 tgattatgatgttctatcggcatca-gggcgacggcctaa-tattggtgtgaccgataccgcatgcatatagagttgtgtctaggatcatatcatgattg 7286138  T
Q  121 tggcatgagtcctag 135  Q
    |||||||||||||||    
T  7286139 tggcatgagtcctag 7286153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 23 - 89
Target Start/End: Original strand, 14252908 - 14252974
Alignment:
Q  23 gattatgatgttctatcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcat 89  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  14252908 gattatgatgttctgtcggcatcatgggcgacgacctaaatattggtgagaccggtaccgcatgcat 14252974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 22 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 9641640 - 9641498
Alignment:
Q  22 tgattatgatgttctatcggcatcatgggc-gacggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcatatagc-gttgtgtctaggatcatatcatgtt 119  Q
    ||||||||||||| | | ||| |||||||  ||||||||| |  |||||||   ||||||||||||||| |||  || |||||||||  |||| ||||||    
T  9641640 tgattatgatgttatgttggcctcatggggtgacggcctagacgttggtgatgacggtaccgcatgcatttaggtgtcgtgtctagggacataccatgtt 9641541  T
Q  120 gtggcatgagtcctagctatgaaattacttgatgtacttgtgg 162  Q
    |||||||||||||||  | ||||| || ||||| |||||||||    
T  9641540 gtggcatgagtcctaattgtgaaaataattgatatacttgtgg 9641498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 22 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 28389033 - 28388887
Alignment:
Q  22 tgattatgatgttctatcggcatcatggg-cgacggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcatata-gcgttgtgtctaggatcatatcatgtt 119  Q
    |||||||| |||||| | ||||||||||| |||||||||| |  |||||||   ||||||||||||||| || | || ||||||| |  |||||||| ||    
T  28389033 tgattatggtgttctgttggcatcatggggcgacggcctagacgttggtgacgacggtaccgcatgcatttatgtgtcgtgtctatgggcatatcatatt 28388934  T
Q  120 gtggcatgagtcctagctatgaaattacttgatgtacttgtggttgt 166  Q
     ||||||||||||||  | ||||| || ||||| ||||||| |||||    
T  28388933 atggcatgagtcctaattgtgaaaataattgatatacttgtagttgt 28388887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 195; Significance: 1e-106; HSPs: 11)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 23 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 18617650 - 18617420
Alignment:
Q  23 gattatgatgttctatcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcatatagcgttgtgtctaggatcatatcatgttgtg 122  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  18617650 gattatgatgttctgccggcatcatgggcgacgacctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcatttagagttgtgtctaggatcatatcatgttgtg 18617551  T
Q  123 gcatgagtcctagctatgaaattacttgatgtacttgtggttgtacgtgattaatggtgatgtttgtatttgatgaattttggtgtcatgttatgattaa 222  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18617550 gcatgagtcctagttgtgaaattacttgatatacttgtggttgtacgtgattaatggtgatgtttgtatttgatgaattttggtgtcatgttatgattaa 18617451  T
Q  223 ttgtgtaaatgacgaatattgatgatgatgt 253  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  18617450 ttttgtaaatgacgaatattgatgatgatgt 18617420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 113; E-Value: 3e-57
Query Start/End: Original strand, 46 - 224
Target Start/End: Original strand, 21495807 - 21495987
Alignment:
Q  46 atgggcgacggcctaaatattggtga-gatcggtaccgcatgcatatagc-gttgtgtctaggatcatatcatgttgtggcatgagtcctagctatgaaa 143  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||| | |||||    
T  21495807 atgggcgacggcctaaatattggtgatgaccagtaccgcatgcatataggtgttgtgtctaggatcatatcatgaggtgacatgagtcctagttgtgaaa 21495906  T
Q  144 ttacttgatgtacttgtggttgtacgtgattaatggtgatgtttgtatttgatgaattttggtgtcatgttatgattaatt 224  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||| | ||||||||||||||||||||    
T  21495907 ttacttgatgtacttgtggttgtaagtgattaatggtgatgtttgtacttgatggattgttgtgtcatgttatgattaatt 21495987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 92; E-Value: 9e-45
Query Start/End: Original strand, 46 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 22885127 - 22884945
Alignment:
Q  46 atgggcgacggcctaaa--tattggtga-gatcggtaccgcatgcatatagc-gttgtgtctaggatcatatcatgttgtggcatgagtcctagctatga 141  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||| || ||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||   ||| |||||||||||| | |||    
T  22885127 atgggcgacggcctaaaaatattggtgatgaccggtaccacatgcatatagatgttgtgtctaggatcatatcataaggtgacatgagtcctagttgtga 22885028  T
Q  142 aattacttgatgtacttgtggttgtacgtgattaatggtgatgtttgtatttgatgaattttggtgtcatgttatgattaatt 224  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||| ||| | ||||||||||||||||||||    
T  22885027 aattacttgatgtacttgtggttgtaagtgattgatggtgatgtttatacttgatggattgttgtgtcatgttatgattaatt 22884945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 23 - 166
Target Start/End: Original strand, 41508666 - 41508809
Alignment:
Q  23 gattatgatgttctatcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcatatagcgttgtgtctaggatcatatcatgttgtg 122  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||    
T  41508666 gattatgatgttctgtcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtgagaccggcaacgcatgcatatag-ggtgtgtctaggatcatatcatgttttg 41508764  T
Q  123 gcatgagtcctagctatgaaattacttgatgtac-ttgtggttgt 166  Q
    ||||||||||||| | ||||  || ||||||||| ||||||||||    
T  41508765 gcatgagtcctagttgtgaatgtagttgatgtacattgtggttgt 41508809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 23 - 89
Target Start/End: Complemental strand, 18610856 - 18610790
Alignment:
Q  23 gattatgatgttctatcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcat 89  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  18610856 gattatgatgttatgtcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtgagaccggtaccgcatgcat 18610790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 75 - 166
Target Start/End: Original strand, 45476020 - 45476112
Alignment:
Q  75 cggtaccgcatgcatata-gcgttgtgtctaggatcatatcatgttgtggcatgagtcctagctatgaaattacttgatgtacttgtggttgt 166  Q
    ||||||||||||||| || | || |||||||||  |||||||| |||||||||||||||||  | ||||| || ||||| |||||||||||||    
T  45476020 cggtaccgcatgcatttatgtgtcgtgtctaggggcatatcatattgtggcatgagtcctaattgtgaaaataattgatatacttgtggttgt 45476112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 22 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 20708386 - 20708244
Alignment:
Q  22 tgattatgatgttctatcggcatcatgggc-gacggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcatatagcgtt-gtgtctaggatcatatcatgtt 119  Q
    |||||||| |||||| | |||||||||||  ||||||||| |  |||||||   | ||||||||||||| |||   | |||||||||| |||||||||||    
T  20708386 tgattatggtgttctgttggcatcatggggtgacggcctagacgttggtgacgacagtaccgcatgcatttaggtatcgtgtctaggaacatatcatgtt 20708287  T
Q  120 gtggcatgagtcctagctatgaaattacttgatgtacttgtgg 162  Q
    ||||||||||| |||  | ||||| || ||||| |||||||||    
T  20708286 gtggcatgagttctaattgtgaaaataattgatatacttgtgg 20708244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 22 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 16000754 - 16000640
Alignment:
Q  22 tgattatgatgttctatcggcatcatgggc-gacggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcatatagc-gttgtgtctaggatcatatcatgtt 119  Q
    ||||| ||||||||  | |||||||||||  ||||||||| | |||| |||  ||||||| |||||||| |||  || |||||||||| |||| || |||    
T  16000754 tgattgtgatgttcagttggcatcatggggtgacggcctagacattgttgatgtcggtacggcatgcatttaggtgtcgtgtctaggaacataccacgtt 16000655  T
Q  120 gtggcatgagtccta 134  Q
    |||||||||||||||    
T  16000654 gtggcatgagtccta 16000640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 46 - 89
Target Start/End: Original strand, 16041133 - 16041177
Alignment:
Q  46 atgggcgacggcctaaatattggtga-gatcggtaccgcatgcat 89  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  16041133 atgggcgacagcctaaatattggtgatgaccggtaccgcatgcat 16041177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 46 - 89
Target Start/End: Original strand, 16042809 - 16042853
Alignment:
Q  46 atgggcgacggcctaaatattggtga-gatcggtaccgcatgcat 89  Q
    ||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  16042809 atgggcgacagcctaaatattggtgatgaccggtaccgcatgcat 16042853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 75 - 166
Target Start/End: Original strand, 21233662 - 21233754
Alignment:
Q  75 cggtaccgcatgcatata-gcgttgtgtctaggatcatatcatgttgtggcatgagtcctagctatgaaattacttgatgtacttgtggttgt 166  Q
    ||||||||||||||| || | ||  ||||||||  |||||||| |||||||||||||||||  | ||||| || ||||| |||||| ||||||    
T  21233662 cggtaccgcatgcatttatgtgtcatgtctaggggcatatcatattgtggcatgagtcctaattttgaaaataattgatatacttgcggttgt 21233754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 182; Significance: 2e-98; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 17908385 - 17908164
Alignment:
Q  1 aaatggtgatgatattggtgatgattatgatgttctatcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcatatagcgttgtg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  17908385 aaatggtgatgatattggtgatgattatgatgttctgtcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcatatagagttgtg 17908286  T
Q  101 tctaggatcatatcatgttgtggcatgagtcctagctatgaaattacttgatgtacttgtggttgtacgtgattaatggtgatgtttgtatttgatgaat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  17908285 tctaggatcatatcatgttgtggcatgagtcctagttgtgaaattacttgatgtacttgtgattgtaagtgattaatggtgatgtttgtatttgatggat 17908186  T
Q  201 tttggtgtcatgttatgattaa 222  Q
    | | ||||||||| ||||||||    
T  17908185 tgttgtgtcatgtcatgattaa 17908164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 181; E-Value: 7e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 7527825 - 7527577
Alignment:
Q  1 aaatggtgatgatattggtgatgattatgatgttctatcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcatatagcgttgtg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  7527825 aaatggtgatgatattggtgatgattatgatgttctgtcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcatatagagttgtg 7527726  T
Q  101 tctaggatcatatcatgttgtggcatgagtcctagctatgaaattacttgatgtacttgtggttgtacgtgattaatggtgatgtttgtatttgatgaat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||||| |||| ||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  7527725 tctaggatcatatcatgttgtggcatgagtccttgttgtgaaattacttaatgtgcttatggttgtaagcgattaatggtgatgtttgtatttgatggat 7527626  T
Q  201 tttggtgtcatgttatgattaattgtgtaaatgacgaatattgatgatg 249  Q
    | | |||||||| ||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||    
T  7527625 tgttgtgtcatgctatgattaattttgtgaatgatgaatattgatgatg 7527577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 177
Target Start/End: Original strand, 23985852 - 23986028
Alignment:
Q  1 aaatggtgatgatattggtgatgattatgatgttctatcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcatatagcgttgtg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  23985852 aaatggtgatgatattggtgatgattatggtgttcaattggcatcatggacgacggcctaaatattggtcagaccggtaccgcatgcatatagagttgtg 23985951  T
Q  101 tctaggatcatatcatgttgtggcatgagtcctagctatgaaattacttgatgtacttgtggttgtacgtgattaat 177  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| | || | ||||||||||||||||| | ||||||||    
T  23985952 tctaggatcatatcatgttgtggcatgagtcctagttgtgagagtattcgatgtacttgtggttgtgcatgattaat 23986028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 46 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 32949772 - 32949594
Alignment:
Q  46 atgggcgacggcctaaatattggtga-gatcggtaccgcatgcatatagc-gttgtgtctaggatcatatcatgttgtggcatgagtcctagctatgaaa 143  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||| | |||||    
T  32949772 atgggcgatggcctaaatattggtgatgaccggtaccgcatgcatataggtgttgtgtctaggatcatatcatgaggtgacatgagtcctagttgtgaaa 32949673  T
Q  144 ttacttgatgtacttgtggttgtacgtgattaatggtgatgtttgtatttgatgaattttggtgtcatgttatgattaa 222  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||| | |||||| || ||||||||    
T  32949672 ttacttgatgtacttgtggttgtaagtgatttatggtgatgtttgtatttgatggattgttgtgtcacgtcatgattaa 32949594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 23 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 2030515 - 2030372
Alignment:
Q  23 gattatgatgttctatcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcatatagcgttgtgtctaggatcatatcatgttgtg 122  Q
    |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |  | ||||||||||||||||||||||||||    
T  2030515 gattatgatgttctgtcggcatcaggggcgacggcctaaatattggtgagaccggtaccgcatgcataca-tggtgtgtctaggatcatatcatgttgtg 2030417  T
Q  123 gcatgagtcctagctatgaaattacttgatgtac-ttgtggttgt 166  Q
    ||||||||||||| | ||||  || ||||||||| ||||||||||    
T  2030416 gcatgagtcctagttgtgaatgtagttgatgtacattgtggttgt 2030372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 69; E-Value: 5e-31
Query Start/End: Original strand, 23 - 131
Target Start/End: Complemental strand, 25003563 - 25003455
Alignment:
Q  23 gattatgatgttctatcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcatatagcgttgtgtctaggatcatatcatgttgtg 122  Q
    |||||||||||||| | |||||||  ||||||  ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  25003563 gattatgatgttctgttggcatcacaggcgacaacctaaatattggtgagaccggtaccacatgcatatagagttgtgtctaggatcatatcatgttgtg 25003464  T
Q  123 gcatgagtc 131  Q
    | |||||||    
T  25003463 gaatgagtc 25003455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 23 - 89
Target Start/End: Complemental strand, 34938047 - 34937981
Alignment:
Q  23 gattatgatgttctatcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcat 89  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  34938047 gattatgatgttctgtcggcatcatgggcgacgacctaaatattggtgagactggtaccgcatgcat 34937981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 22 - 162
Target Start/End: Original strand, 23235984 - 23236126
Alignment:
Q  22 tgattatgatgttctatcggcatcatgggc-gacggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcatatagc-gttgtgtctaggatcatatcatgtt 119  Q
    |||||||| |||||| | |||||||||||  ||||||||| |  ||||||| | ||||||||||||||| |||  ||| ||||||||| | || ||||||    
T  23235984 tgattatggtgttctgttggcatcatggggtgacggcctagacgttggtgacaacggtaccgcatgcatttaggtgttatgtctaggaacttaccatgtt 23236083  T
Q  120 gtggcatgagtcctagctatgaaattacttgatgtacttgtgg 162  Q
    ||||||||||| |||  | ||||| || ||||| |||||||||    
T  23236084 gtggcatgagttctaattgtgaaaataattgatatacttgtgg 23236126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 180; Significance: 3e-97; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 22255009 - 22254786
Alignment:
Q  1 aaatggtgatgatattggtgatgattatgatgttctatcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcatatagcgttgtg 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  22255009 aaatggtgatgatattagtgatgattatgatgttctgtcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcatatagagttgtg 22254910  T
Q  101 tctaggatcatatcatgttgtggcatgagtcctagctatg-aaattacttgatgtacttgtggttgtacgtgattaatggtgatgtttgtatttgatgaa 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |    
T  22254909 tctaggatcatatcatgttgtggcatgagtcctagttgtgcaaattacttgatgtacttgtggttgtacgtgattgatggtgatgtttgtatttgatgga 22254810  T
Q  200 ttttggtgtcatgttatgattaat 223  Q
    || | |||||||||||||||||||    
T  22254809 ttgttgtgtcatgttatgattaat 22254786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 17203253 - 17203001
Alignment:
Q  1 aaatggtgatgatattggtgatgattatgatgttctatcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcatatagcgttgtg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  17203253 aaatggtgatgatattggtgatgattatgatgttctgtcggcatcatgggcgacgacctgaatattggtgagatcggtaccgcatgcatatagagttgtg 17203154  T
Q  101 tctaggatcatatcatgttgtggcatgagtcctagctatgaaattacttgatgtacttgtggttgtacgtgattaatggtgatgtttgtatttgatgaat 200  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||    
T  17203153 tttaggatcatatcatgttgtggcatgagtcctagttgtgaaattatttgatgtacttgtggttgtaagtgattaaaggtgatgtttgtatttgatggat 17203054  T
Q  201 tttggtgtcatgttatgattaattgtgtaaatgacgaatattgatgatgatgt 253  Q
    | |  ||||||||||||| ||||| ||| ||||| || | || ||||||||||    
T  17203053 tgttatgtcatgttatgactaattttgtgaatgatgatttttaatgatgatgt 17203001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 158; E-Value: 4e-84
Query Start/End: Original strand, 16 - 253
Target Start/End: Original strand, 28032576 - 28032812
Alignment:
Q  16 tggtgatgattatgatgttctatcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcatatagcgttgtgtctaggatcatatca 115  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  28032576 tggtgatgattatgatgttttgtcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcatatagagttgtgtctaggatcatatca 28032675  T
Q  116 tgttgtggcatgagtcctagctatgaaattacttgatgtacttgtggttgtacgtgattaatggtgatgtttgtatttgatgaattttggtgtcatgtta 215  Q
    |||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||| ||||||| ||| | |||| ||||||    
T  28032676 tgttgtggcatgagtcctagttgtg-aattacttgatgtacttgtggatgtaagtgatgaatggtgatgtttgtgtttgatggattgttgtgttatgtta 28032774  T
Q  216 tgattaattgtgtaaatgacgaatattgatgatgatgt 253  Q
    ||||||||| ||| ||||| || |||| ||||||||||    
T  28032775 tgattaattttgtgaatgatgattattaatgatgatgt 28032812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 89; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 83 - 222
Target Start/End: Original strand, 25254853 - 25254993
Alignment:
Q  83 catgcatatagc-gttgtgtctaggatcatatcatgttgtggcatgagtcctagctatgaaattacttgatgtacttgtggttgtacgtgattaatggtg 181  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  25254853 catgcatataggtgttgtgtctaggatcatatcatgaggtgacatgagtcctagttgtgaaattacttgatgtacttgtggttgtaagtgattaatggtg 25254952  T
Q  182 atgtttgtatttgatgaattttggtgtcatgttatgattaa 222  Q
    |||||||||||||||| ||| | ||||||||| ||||||||    
T  25254953 atgtttgtatttgatggattgttgtgtcatgtcatgattaa 25254993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 46 - 224
Target Start/End: Original strand, 23779422 - 23779604
Alignment:
Q  46 atgggcgacggcctaaa-tattggtga-gatcggtaccgcatgcatatagc-gttgtgtctaggatcatatcatgttgtggcatgagtcctagctatg-a 141  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||| | || |    
T  23779422 atgggcgacggcctaaaatattggtgatgaacggtaccgcatgcatatagttgttgtgtctaggatcatatcatgaggtgacatgagtcctagttgtgca 23779521  T
Q  142 aattacttgatgtacttgtggttgtacgtgattaatggtgatgtttgtatttgatgaattttggtgtcatgttatgattaatt 224  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||| ||  || | ||| ||||| ||||||||||    
T  23779522 aattacttgatgaacttgtggttgtaagtgagtagtggtgatgtttgtatttgttgggttgttgtgccatgtaatgattaatt 23779604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 22 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 32464571 - 32464398
Alignment:
Q  22 tgattatgatgttctatcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcatatagcgttgtgtctaggatcatatcatgttgt 121  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| |||||||  ||||| |||||||| ||  |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  32464571 tgattatgatgttctgtcggcatca-gggcgacaacctaa-tattggtgtgactggtaccacatgcatatagagttgtgtctaggatcatatcatgttgt 32464474  T
Q  122 ggcatgagtcctagctatgaaattacttgatgtac-ttgtggttgtacgtgattaatggtgatgtttgtatttgat 196  Q
    | |||||||||||| | ||||  || ||||||| | ||||||||||   | |||||| |||||| || ||||||||    
T  32464473 gacatgagtcctagttgtgaatgtatttgatgtgcattgtggttgtgaataattaattgtgatgattatatttgat 32464398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 23 - 89
Target Start/End: Original strand, 42179974 - 42180040
Alignment:
Q  23 gattatgatgttctatcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcat 89  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  42179974 gattatgatgttctgtcggcatcatgggtgacgacctaaatattggtgagaccggtaccgcatgcat 42180040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 22 - 183
Target Start/End: Original strand, 16294320 - 16294483
Alignment:
Q  22 tgattatgatgttctatcggcatcatgggc-gacggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcatata-gcgttgtgtctaggatcatatcatgtt 119  Q
    |||||||| |||||| | |||||||||||  ||||||||| |  |||||||   ||||||||||||||| || | || |||||||||  |||||||| ||    
T  16294320 tgattatggtgttctgttggcatcatggggtgacggcctagacgttggtgacgacggtaccgcatgcatttatgtgtcgtgtctaggggcatatcatatt 16294419  T
Q  120 gtggcatgagtcctagctatgaaattacttgatgtacttgtggttgtacgtgattaatggtgat 183  Q
    |||||||||||||||  | ||||| || ||||| |||||||||||||  |||||| || |||||    
T  16294420 gtggcatgagtcctaattgtgaaaataattgatatacttgtggttgtgagtgattgattgtgat 16294483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 23 - 73
Target Start/End: Original strand, 7513621 - 7513671
Alignment:
Q  23 gattatgatgttctatcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtgaga 73  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  7513621 gattatgatgttctgtcggcatcatgggcgacagcctaaatattggtgaga 7513671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0335 (Bit Score: 147; Significance: 1e-77; HSPs: 1)
Name: scaffold0335
Description:

Target: scaffold0335; HSP #1
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 16 - 222
Target Start/End: Original strand, 9613 - 9819
Alignment:
Q  16 tggtgatgattatgatgttctatcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcatatagcgttgtgtctaggatcatatca 115  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  9613 tggtgatgattatgatgttctgtcagcatcatgggcgacagcctaattattggtgagatcggaaccgcatgcatatagagttgtgtctaggatcatatca 9712  T
Q  116 tgttgtggcatgagtcctagctatgaaattacttgatgtacttgtggttgtacgtgattaatggtgatgtttgtatttgatgaattttggtgtcatgtta 215  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||| ||| | |||| ||||||    
T  9713 tgttgtggcatgagtcctagttgtgaaattacttgatgtacttgtggttggaagtgattgatggtgatgtttgtatttgatggattgttgtgttatgtta 9812  T
Q  216 tgattaa 222  Q
    |||||||    
T  9813 tgattaa 9819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0125 (Bit Score: 145; Significance: 2e-76; HSPs: 1)
Name: scaffold0125
Description:

Target: scaffold0125; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 4 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 30180 - 29960
Alignment:
Q  4 tggtgatgatattggtgatgattatgatgttctatcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtga-gatcggtaccgcatgcatatagc-gttgtgt 101  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||  |||||||    
T  30180 tggtgatgattttggtgatgattatgatgttttgtcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtgatgaacggtaccgcatgcatataggtgttgtgt 30081  T
Q  102 ctaggatcatatcatgttgtggcatgagtcctagctatgaaattacttgatgtacttgtggttgtacgtgattaatggtgatgtttgtatttgatgaatt 201  Q
    ||||||||||||||||  ||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  30080 ctaggatcatatcatgaggtgacatgagtcctagttgtgaaattacttgatgtacttgtggttgtaagtgattaatggtgatgtttgtatttgatggatt 29981  T
Q  202 ttggtgtcatgttatgattaa 222  Q
     | ||||||||| ||||||||    
T  29980 gttgtgtcatgtcatgattaa 29960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 145; Significance: 2e-76; HSPs: 13)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 4 - 222
Target Start/End: Original strand, 9304202 - 9304422
Alignment:
Q  4 tggtgatgatattggtgatgattatgatgttctatcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtga-gatcggtaccgcatgcatatagc-gttgtgt 101  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||  |||||||    
T  9304202 tggtgatgattttggtgatgattatgatgttctgtcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtgatgaacggtaccgcatgcatataggtgttgtgt 9304301  T
Q  102 ctaggatcatatcatgttgtggcatgagtcctagctatgaaattacttgatgtacttgtggttgtacgtgattaatggtgatgtttgtatttgatgaatt 201  Q
    ||||||||||||||||  ||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||    
T  9304302 ctaggatcatatcatgaggtgacatgagtcctagttgtgaaattacttgatgtacttgtggttgtaagtgattgatggtgatgtttgtatttgatggatt 9304401  T
Q  202 ttggtgtcatgttatgattaa 222  Q
     | || |||||||||||||||    
T  9304402 gttgtatcatgttatgattaa 9304422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 4 - 224
Target Start/End: Original strand, 12903334 - 12903556
Alignment:
Q  4 tggtgatgatattggtgatgattatgatgttctatcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcatata-gcgttgtgtc 102  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  12903334 tggtgatgactttggtgatgattatgatgttctgtcggcatcatgggcgatggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcatataggtgttgtgtc 12903433  T
Q  103 taggatcatatcatgttgtggcatgagtcctagctatg-aaattacttgatgtacttgtggttgtacgtgattaatggtgatgtttgtatttgatgaatt 201  Q
    |||||||||||||||  |||||||||| ||||| | || |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| ||  ||    
T  12903434 taggatcatatcatgaggtggcatgagacctagttgtgcaaattacttgatgttcttgtggttgtaagtgattaatagtgatgtttgcatttgttgggtt 12903533  T
Q  202 ttggtgtcatgttatgattaatt 224  Q
     | ||| ||||||||||||||||    
T  12903534 gttgtgccatgttatgattaatt 12903556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 46 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 14283971 - 14283791
Alignment:
Q  46 atgggcgacggcctaaatattggtga-gatcggtaccgcatgcatatagc-gttgtgtctaggatcatatcatgttgtggcatgagtcctagctatgaaa 143  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||| | |||||    
T  14283971 atgggcgacggcctaaatattggtgatgaccggtaccgcatgcatataggtgttgtgtctaggatcatatcatgaggtgacatgagtcctagttgtgaaa 14283872  T
Q  144 ttacttgatgtacttgtggttgtacgtgattaatggtgatgtttgtatttgatgaattttggtgtcatgttatgattaatt 224  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||| | ||||||||||||||||||||    
T  14283871 ttacttgatgtacttgtggttgtaagtgattaatggtgatgtttgtacttgatggattgttgtgtcatgttatgattaatt 14283791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 46 - 224
Target Start/End: Original strand, 23887686 - 23887866
Alignment:
Q  46 atgggcgacggcctaaatattggtga-gatcggtaccgcatgcatatagc-gttgtgtctaggatcatatcatgttgtggcatgagtcctagctatgaaa 143  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||  |||||||||| ||||||||||||  ||| |||||||||||| | |||||    
T  23887686 atgggcgacggcctaaatattggtgatgaccggtaccgcatacatataggtgttgtgtctatgatcatatcatgaggtgacatgagtcctagttgtgaaa 23887785  T
Q  144 ttacttgatgtacttgtggttgtacgtgattaatggtgatgtttgtatttgatgaattttggtgtcatgttatgattaatt 224  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||    
T  23887786 ttacttgatgtacttgtggttgtaagtgattgatggtgatgtttgtatttgatggattgttgtgtcatgttatgattaatt 23887866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 46 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 38166712 - 38166532
Alignment:
Q  46 atgggcgacggcctaaatattggtga-gatcggtaccgcatgcatatagc-gttgtgtctaggatcatatcatgttgtggcatgagtcctagctatgaaa 143  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||| | |||||    
T  38166712 atgggcgacggcctaaatattggtgatgaccggtgccgcatgcatataggtgctgtgtctaggatcatatcatgaggtgacatgagtcctagttgtgaaa 38166613  T
Q  144 ttacttgatgtacttgtggttgtacgtgattaatggtgatgtttgtatttgatgaattttggtgtcatgttatgattaatt 224  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||    
T  38166612 ttacttgatgtacttgtggttgtaagtgattgatggtgatgtttgtatttgatgtattgttgtgtcatgttatgattaatt 38166532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 46 - 222
Target Start/End: Original strand, 11987665 - 11987843
Alignment:
Q  46 atgggcgacggcctaaatattggtga-gatcggtaccgcatgcatatagc-gttgtgtctaggatcatatcatgttgtggcatgagtcctagctatgaaa 143  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||  |||   |||||||||| | |||||    
T  11987665 atgggcgacggcctaaatattggtgatgaccggtaccgcatgcatataggtgttgtgtctaggatcatatcatgaggtgaattgagtcctagttgtgaaa 11987764  T
Q  144 ttacttgatgtacttgtggttgtacgtgattaatggtgatgtttgtatttgatgaattttggtgtcatgttatgattaa 222  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||| ||||||||    
T  11987765 ttacttgatgtacttgtggttgtaagtgattaatggtgatgtttgtatttgatggattgttgtgtcatgtcatgattaa 11987843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 46 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 17936908 - 17936729
Alignment:
Q  46 atgggcgacggcctaaatattggtga-gatcggtaccgcatgcatatagc-gttgtgtctaggatcatatcatgttgtggcatgagtcctagctatgaaa 143  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||| | |||||    
T  17936908 atgggcgacggcctaaatattggtgatgaacggaaccgcatgcatataggtgttgtgtctaggatcatatcatgaggtgacatgagtcctagttgtgaaa 17936809  T
Q  144 -ttacttgatgtacttgtggttgtacgtgattaatggtgatgtttgtatttgatgaattttggtgtcatgttatgattaa 222  Q
     |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||    
T  17936808 attacttgatgtacttgtggttgtaagtgattgatggtgatgtttgtatttgatggattgttgtgtcatgttatgattaa 17936729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 18738496 - 18738360
Alignment:
Q  1 aaatggtgatgatattggtgatgattatgatgttctatcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtga-gatcggtaccgcatgcatatagcgttgt 99  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| || ||    
T  18738496 aaatggtgatgatattggtgatgattatgatgttctgtcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtgatgatcagtaccgcatgcatatagtgtcgt 18738397  T
Q  100 gtctaggatcatatcatg-ttgtggcatgagtcctag 135  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  18738396 gtctaggatcataacatgattgtggcatgagtcctag 18738360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 89; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 23 - 166
Target Start/End: Original strand, 51962704 - 51962847
Alignment:
Q  23 gattatgatgttctatcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcatatagcgttgtgtctaggatcatatcatgttgtg 122  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  51962704 gattatgatgttctgtcggcatcaagggcgacgggctaaatattggtgagaccggtaccgcatgcatatag-ggtgtgtctaggatcatatcatgttgtg 51962802  T
Q  123 gcatgagtcctagctatgaaattacttgatgtac-ttgtggttgt 166  Q
    ||||||||||||| | ||||  || ||||||||| ||||||||||    
T  51962803 gcatgagtcctagttgtgaatgtagttgatgtacattgtggttgt 51962847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 46 - 224
Target Start/End: Original strand, 11480578 - 11480759
Alignment:
Q  46 atgggcgacggcctaaa-tattggtga-gatcggtaccgcatgcatatagc-gttgtgtctaggatcatatcatgttgtggcatgagtcctagctatgaa 142  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||   ||| |||||||||||| | ||||    
T  11480578 atgggcgacggcctaaaatattggtgatgaccggtaccgcatgcatataggtgttgtgtctaggatcatatcataaggtgacatgagtcctagttgtgaa 11480677  T
Q  143 attacttgatgtacttgtggttgtacgtgattaatggtgatgtttgtatttgatgaattttggtgtcatgttatgattaatt 224  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||  | |||||| ||| | ||||||| ||||||||||||    
T  11480678 attacttgatgtacttgtggttgtaaatgattgatggtgatgtttacacttgatggattgttgtgtcatattatgattaatt 11480759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 23 - 89
Target Start/End: Original strand, 54040152 - 54040218
Alignment:
Q  23 gattatgatgttctatcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcat 89  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  54040152 gattatgatgttctgtcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtgagaccggtaccacatgcat 54040218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 23 - 89
Target Start/End: Original strand, 54049439 - 54049505
Alignment:
Q  23 gattatgatgttctatcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcat 89  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  54049439 gattatgatgttctgtcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtgagaccggtaccacatgcat 54049505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 22 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 11637102 - 11636956
Alignment:
Q  22 tgattatgatgttctatcggcatcatgggc-gacggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcatata-gcgttgtgtctaggatcatatcatgtt 119  Q
    |||||||| |||| | | |||||||||||  ||||||||| |  |||||||   |||||| |||||||| || | || |||||||||  |||||||| ||    
T  11637102 tgattatggtgttatgttggcatcatggggtgacggcctagacgttggtgatgacggtactgcatgcatttatgtgtcgtgtctaggggcatatcatatt 11637003  T
Q  120 gtggcatgagtcctagctatgaaattacttgatgtacttgtggttgt 166  Q
    |||||||||||||||  | ||||| || ||||| |||||||||||||    
T  11637002 gtggcatgagtcctaattgtgaaaataattgatatacttgtggttgt 11636956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 144; Significance: 8e-76; HSPs: 10)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Original strand, 16301562 - 16301782
Alignment:
Q  1 aaatggtgatgatattggtgatgattatgatgttctatcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcatatagcgttgtg 100  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||    
T  16301562 aaatggtgatgatattggtgat-attatgatgttctgtcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtgagatag-taccgcatgcatatagagttgtg 16301659  T
Q  101 tctaggatcatatcatgttgtggcatgagtcctagctatgaaattacttgatgtacttgtggttgtacgtgattaatggtgatgtttgtatttgatgaat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  16301660 tctaggatcatatcatgttgtggcatgagtcctagttgtgaaa-tacttgatttacttgtggttgtaagtgattaatggtgatgtttgtgtttgatggat 16301758  T
Q  201 tttggtgtcatgttatgattaatt 224  Q
    | |  || ||||||||| ||||||    
T  16301759 tgttatgccatgttatggttaatt 16301782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 46 - 224
Target Start/End: Original strand, 32278117 - 32278297
Alignment:
Q  46 atgggcgacggcctaaatattggtga-gatcggtaccgcatgcatatagc-gttgtgtctaggatcatatcatgttgtggcatgagtcctagctatgaaa 143  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||  ||  ||| |||||||||||| | |||||    
T  32278117 atgggcgacggcctaaatattggtgatgaccggtaccgcatgcatataggtgttgtgtctaggatcatattttgaggtgacatgagtcctagttgtgaaa 32278216  T
Q  144 ttacttgatgtacttgtggttgtacgtgattaatggtgatgtttgtatttgatgaattttggtgtcatgttatgattaatt 224  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||    
T  32278217 ttacttgatgtacttgtggttgtaagtgattgatggtgatgtttatatttgatggattgttgtgtcatgttatgattaatt 32278297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 46 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 29664880 - 29664706
Alignment:
Q  46 atgggcgacggcctaaatattggtga-gatcggtaccgcatgcatatagc-gttgtgtctaggatcatatcatgttgtggcatgagtcctagctatgaaa 143  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||| | |||||    
T  29664880 atgggcgacggcctaaatattggtgatgaccggtaccgcatgcatataggtgtcgtgtctaggatcatatcatgaggtgacatgagtcctagttgtgaaa 29664781  T
Q  144 ttacttgatgtacttgtggttgtacgtgattaatggtgatgtttgtatttgatgaattttggtgtcatgttatga 218  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||| | || |||||| ||||    
T  29664780 ttacttgatgtacgtgtggttgtaagtgattaatggtgatgtttgtgtttgatggattattgtatcatgtcatga 29664706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 87; E-Value: 9e-42
Query Start/End: Original strand, 23 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 14151165 - 14150999
Alignment:
Q  23 gattatgatgttctatcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcatata-gcgttgtgtctaggatcatatcatgttgt 121  Q
    |||| ||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||    
T  14151165 gattttgatgttttgtcggcatcatgggcgacgacctaaatattggtgagaccggtaccgcatgcatataggtgtcgtgtctaggatcatatcatgttgt 14151066  T
Q  122 ggcatgagtcctagctatgaaattacttgatgtacttgtggttgtacgtgattaatggtgatgtttg 188  Q
    ||||||||| |||| | ||||| || ||||||| ||| |||||||  ||||||||| ||||| ||||    
T  14151065 ggcatgagtgctagttgtgaaaatatttgatgtgcttatggttgtgagtgattaattgtgatatttg 14150999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 23 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 27739701 - 27739537
Alignment:
Q  23 gattatgatgttctatcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtga-gatcggtaccgcatgcatatagcgttgtgtctaggatcatatcatg-ttg 120  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| || || || ||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| |||    
T  27739701 gattatgatgttctgttggcatcatgggcgacggcctaaatattggtgatgaccgatatcgcatgcctatagtgtcgtgtctaggatcatatcatgattg 27739602  T
Q  121 tggcatgagtcctagctatgaaattacttgatgtac-ttgtggttgtacgtgattaatggtgatg 184  Q
    ||||||||||||||| | ||||  || ||||||||| | |||||||| | |||||||| ||||||    
T  27739601 tggcatgagtcctagttgtgaatgtagttgatgtacgtggtggttgtgcatgattaattgtgatg 27739537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 23 - 89
Target Start/End: Complemental strand, 19627926 - 19627860
Alignment:
Q  23 gattatgatgttctatcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcat 89  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  19627926 gattatgatgttctgtcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtgagaccggtaccgcatgcat 19627860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 23 - 71
Target Start/End: Original strand, 35010882 - 35010930
Alignment:
Q  23 gattatgatgttctatcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtga 71  Q
    |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35010882 gattatgatgttctgtcgacatcatgggcgacggcctaaatattggtga 35010930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 22 - 166
Target Start/End: Original strand, 31469115 - 31469261
Alignment:
Q  22 tgattatgatgttctatcggcatcat-gggcgacggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcatata-gcgttgtgtctaggatcatatcatgtt 119  Q
    |||||||| |||||| | |||||||| ||| ||||||||| |  |||||||   ||||||||||||||| || | || |||||||||  |||||||| ||    
T  31469115 tgattatggtgttctgttggcatcatagggtgacggcctagacgttggtgacgacggtaccgcatgcatttatgtgtcgtgtctagggacatatcatatt 31469214  T
Q  120 gtggcatgagtcctagctatgaaattacttgatgtacttgtggttgt 166  Q
    |||||||||||||||  | || || || ||||| |||||||||||||    
T  31469215 gtggcatgagtcctaattgtggaaataattgatatacttgtggttgt 31469261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 22 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 19671077 - 19670935
Alignment:
Q  22 tgattatgatgttctatcggcatcatgggc-gacggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcatata-gcgttgtgtctaggatcatatcatgtt 119  Q
    |||||||| |||||| | |||||||||||  |||| |||| |  |||||||   ||||||||||||||| || | || |||||||||  |||||||| ||    
T  19671077 tgattatggtgttctgttggcatcatggggtgacgacctagacgttggtgacgacggtaccgcatgcatttatgtgtcgtgtctagggacatatcatatt 19670978  T
Q  120 gtggcatgagtcctagctatgaaattacttgatgtacttgtgg 162  Q
    |||||||||||||||  | ||||| || ||||| |||||||||    
T  19670977 gtggcatgagtcctaattgtgaaaataattgatatacttgtgg 19670935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 75 - 135
Target Start/End: Original strand, 26523725 - 26523786
Alignment:
Q  75 cggtaccgcatgcatata-gcgttgtgtctaggatcatatcatgttgtggcatgagtcctag 135  Q
    ||||||||||||||| || | || |||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||    
T  26523725 cggtaccgcatgcatgtaagagtcgtgtctaggaacatagtatgttgtggcatgagtcctag 26523786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001 (Bit Score: 139; Significance: 8e-73; HSPs: 1)
Name: scaffold0001
Description:

Target: scaffold0001; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 8e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 183
Target Start/End: Original strand, 165926 - 166107
Alignment:
Q  1 aaatggtgatgatattggtgatgattatgatgttctatcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcatatagcgttgtg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  165926 aaatggtgatgatattggtgatgattatgatgttctgtcggcatcatgggctacggcctaaatat-ggtgagatcggtaccgcatgcatatagggttgtg 166024  T
Q  101 tctaggatcatatcatgttgtggcatgagtcctagctatgaaattacttgatgtacttgtggttgtacgtgattaatggtgat 183  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||||||    
T  166025 tctaggatcatatcatgttgtggcatgagtcctagttgtaaaattacttgatgttcttatggttgtaagtgattaatggtgat 166107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0615 (Bit Score: 134; Significance: 8e-70; HSPs: 1)
Name: scaffold0615
Description:

Target: scaffold0615; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 8e-70
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Original strand, 7547 - 7772
Alignment:
Q  1 aaatggtgatgatattggtgatgattatgatgttctatcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcatata-gcgttgt 99  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||    
T  7547 aaatggtgatgattttggtgatgattatgatgttctatcggcatcatgggcggcggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcatataggtgttgt 7646  T
Q  100 gtctaggatcatatcatgttgtggcatgagtcctagctatg-aaattacttgatgtacttgtggttgtacgtgattaatggtgatgtttgtatttgatga 198  Q
    || |||||||||||||||  ||| |||||||||||| | || |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||| ||     
T  7647 gtataggatcatatcatgaggtgacatgagtcctagttgtgcaaattacttgatgtacttgtggatgtaagtgattaatggtgatgtttgcatttgttgg 7746  T
Q  199 attttggtgtcatgttatgattaatt 224  Q
     || |  || ||||||||||||||||    
T  7747 gttgttatgccatgttatgattaatt 7772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0207 (Bit Score: 117; Significance: 1e-59; HSPs: 1)
Name: scaffold0207
Description:

Target: scaffold0207; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 46 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 16612 - 16432
Alignment:
Q  46 atgggcgacggcctaaatattggtga-gatcggtaccgcatgcatatagc-gttgtgtctaggatcatatcatgttgtggcatgagtcctagctatgaaa 143  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||  ||| || ||||||||| | |||||    
T  16612 atgggcgacggcctaaatattggtgatgaccggtaccgcatgcatatagatgttgtgtctaggatcatatcatgaggtgacacgagtcctagttgtgaaa 16513  T
Q  144 ttacttgatgtacttgtggttgtacgtgattaatggtgatgtttgtatttgatgaattttggtgtcatgttatgattaatt 224  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||    
T  16512 ttacttgatgtacttgtggttgtaagtgattaatggtgatgtttgtatttgatggattgttgtgtcatgttatgattaatt 16432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0342 (Bit Score: 105; Significance: 2e-52; HSPs: 1)
Name: scaffold0342
Description:

Target: scaffold0342; HSP #1
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 46 - 224
Target Start/End: Original strand, 2169 - 2349
Alignment:
Q  46 atgggcgacggcctaaatattggtga-gatcggtaccgcatgcatatagc-gttgtgtctaggatcatatcatgttgtggcatgagtcctagctatgaaa 143  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||| | |||||    
T  2169 atgggcgacggtctaaatattggtgatgaccggtaccgcatgcatataggtgttgtgtctaggatcatatcatgaggtgacatgagtcctagttgtgaaa 2268  T
Q  144 ttacttgatgtacttgtggttgtacgtgattaatggtgatgtttgtatttgatgaattttggtgtcatgttatgattaatt 224  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||| ||| | || |||||||||||||||||    
T  2269 ttacttgatgtacttgtggttgtaagtgattgatggtgatgtttatatttgatggattgttgtatcatgttatgattaatt 2349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0066 (Bit Score: 103; Significance: 2e-51; HSPs: 2)
Name: scaffold0066
Description:

Target: scaffold0066; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 46 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 44729 - 44551
Alignment:
Q  46 atgggcgacggcctaaatattggtga-gatcggtaccgcatgcatatagc-gttgtgtctaggatcatatcatgttgtggcatgagtcctagctatgaaa 143  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||  ||| ||||||| |||| | |||||    
T  44729 atgggcgacggcctaaatattggtgatgaccggtaccgcatgcatataggtgtcgtgtctaggatcatatcatgaggtgacatgagttctagttgtgaaa 44630  T
Q  144 ttacttgatgtacttgtggttgtacgtgattaatggtgatgtttgtatttgatgaattttggtgtcatgttatgattaa 222  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||| ||||||||    
T  44629 ttacttgatgtacttgtgattgtaagtgattaatggtgatgtttgtatttgatggattgttgtgtcatgtcatgattaa 44551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0066; HSP #2
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 46 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 52925 - 52747
Alignment:
Q  46 atgggcgacggcctaaatattggtga-gatcggtaccgcatgcatatagc-gttgtgtctaggatcatatcatgttgtggcatgagtcctagctatgaaa 143  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||| | |||||    
T  52925 atgggcgacggcctaaatattggtgatgaccggtaccgcatgcatataggtgtcgtgtctaggatcatatcatgaggtgacatgagtcctagttgtgaaa 52826  T
Q  144 ttacttgatgtacttgtggttgtacgtgattaatggtgatgtttgtatttgatgaattttggtgtcatgttatgattaa 222  Q
    |||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||| ||||||||    
T  52825 ttacttaatgtacttgtgattgtaagtgattaatggtgatgtttgtatttgatggattgttgtgtcatgtcatgattaa 52747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0162 (Bit Score: 99; Significance: 6e-49; HSPs: 2)
Name: scaffold0162
Description:

Target: scaffold0162; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 46 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 17886 - 17721
Alignment:
Q  46 atgggcgacggcctaaatattggtga-gatcggtaccgcatgcatatagc-gttgtgtctaggatcatatcatgttgtggcatgagtcctagctatgaaa 143  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||| | |||||    
T  17886 atgggcgacggcctaaatattggtgatgaccggtaccgcatgcatataggtgttgtgtctaggatcatatcatgaggtgacatgagtcctagttgtgaaa 17787  T
Q  144 ttacttgatgtacttgtggttgtacgtgattaatggtgatgtttgtatttgatgaattttggtgtca 210  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||| | ||||||    
T  17786 ttacttgatgtacttgtggttgtaagtgattaatggtgatg-ttgtatttgatggattgttgtgtca 17721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0162; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 23 - 166
Target Start/End: Original strand, 9574 - 9717
Alignment:
Q  23 gattatgatgttctatcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcatatagcgttgtgtctaggatcatatcatgttgtg 122  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||    
T  9574 gattatgatgttctatcggcatcaggggcgacggcctaaatattggtgagaccggtaccgcatgcatatag-ggtgtgtctaggatcatatcatgttatg 9672  T
Q  123 gcatgagtcctagctatgaaattacttgatgtac-ttgtggttgt 166  Q
    ||||||||||||| | ||||  || ||||||||| ||||||||||    
T  9673 gcatgagtcctagttgtgaatgtagttgatgtacattgtggttgt 9717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0032 (Bit Score: 98; Significance: 2e-48; HSPs: 1)
Name: scaffold0032
Description:

Target: scaffold0032; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 46 - 224
Target Start/End: Original strand, 14944 - 15125
Alignment:
Q  46 atgggcgacggcctaaa-tattggtga-gatcggtaccgcatgcatatagc-gttgtgtctaggatcatatcatgttgtggcatgagtcctagctatgaa 142  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||   ||| |||||||||||  | ||||    
T  14944 atgggcgacggcctaaaatattggtgatgaccggtaccgcatgcatgtaggtgttgtgtctaggatcatatcataaggtgacatgagtcctaattgtgaa 15043  T
Q  143 attacttgatgtacttgtggttgtacgtgattaatggtgatgtttgtatttgatgaattttggtgtcatgttatgattaatt 224  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||    
T  15044 attacttgatgtacttgtggttgtaagtgattgatggtgatgtttgtatttgatggattgttgtgtcatgttatgattaatt 15125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0029 (Bit Score: 98; Significance: 2e-48; HSPs: 1)
Name: scaffold0029
Description:

Target: scaffold0029; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 46 - 224
Target Start/End: Original strand, 67179 - 67360
Alignment:
Q  46 atgggcgacggcctaaa-tattggtga-gatcggtaccgcatgcatatagc-gttgtgtctaggatcatatcatgttgtggcatgagtcctagctatgaa 142  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||   ||| ||||||||| || | ||||    
T  67179 atgggcgacgacctaaaatattggtgatgaccggtaccgcatgcatataggtgttgtgtctaggatcatatcataaggtgacatgagtcccagttgtgaa 67278  T
Q  143 attacttgatgtacttgtggttgtacgtgattaatggtgatgtttgtatttgatgaattttggtgtcatgttatgattaatt 224  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||| | ||||||||||||||||||||    
T  67279 attacttgatgtacttgtggttgtaagtgattaatggtgatgtttgtatttaatggattgttgtgtcatgttatgattaatt 67360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 98; Significance: 2e-48; HSPs: 12)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 46 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 9793990 - 9793809
Alignment:
Q  46 atgggcgacggcctaaa-tattggtga-gatcggtaccgcatgcatatagc-gttgtgtctaggatcatatcatgttgtggcatgagtcctagctatgaa 142  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||   ||| |||||||||||| | ||||    
T  9793990 atgggcgacggcctaaaatattggtgatgaccggtaccgcatgcatgtaggtgttgtgtctaggatcatatcataaggtgacatgagtcctagttgtgaa 9793891  T
Q  143 attacttgatgtacttgtggttgtacgtgattaatggtgatgtttgtatttgatgaattttggtgtcatgttatgattaatt 224  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||    
T  9793890 attacttgatgtactcgtggttgtaagtgattgatggtgatgtttgtatttgatggattgttgtgtcatgttatgattaatt 9793809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 46 - 210
Target Start/End: Original strand, 32462032 - 32462198
Alignment:
Q  46 atgggcgacggcctaaatattggtga-gatcggtaccgcatgcatatagc-gttgtgtctaggatcatatcatgttgtggcatgagtcctagctatgaaa 143  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||  ||| |||||||||||| | |||||    
T  32462032 atgggcgacggcctaaatattggtgatgaccggtactgcatgcatataggtgttgtgtccaggatcatatcatgaggtgacatgagtcctagttgtgaaa 32462131  T
Q  144 ttacttgatgtacttgtggttgtacgtgattaatggtgatgtttgtatttgatgaattttggtgtca 210  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||| | ||||||    
T  32462132 ttacttgatgtacttgtggttgtaagtgattaatgatgatgtttgtatttgatggattgttgtgtca 32462198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 46 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 22737161 - 22736983
Alignment:
Q  46 atgggcgacggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcatatagcgttgtgtctaggatcatatcatgttgtggcatgagtcctagctatgaaatt 145  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||    
T  22737161 atgggcgatggcctaaatattggtgagaccggtaccgcatgcatatagagtggtgtctaggatcatatcatgatgtggcatgagtcctagttgtgaaatt 22737062  T
Q  146 acttgatgtacttgtggttgtacgtgattaatggtgatgtttgtatttgatgaattttggtgtcatgttatgattaatt 224  Q
    ||||| | | |||||| ||||   ||||| ||||||||||||| |||  ||| ||| | || |||||||||||||||||    
T  22737061 acttgttatgcttgtgattgtgaatgattcatggtgatgtttgcattcaatggattgttgtatcatgttatgattaatt 22736983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 46 - 222
Target Start/End: Original strand, 23271675 - 23271853
Alignment:
Q  46 atgggcgacggcctaaatattggtga-gatcggtaccgcatgcatatagc-gttgtgtctaggatcatatcatgttgtggcatgagtcctagctatgaaa 143  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||| | |||||    
T  23271675 atgggcgacggcctaaatattggtgatgaccggtaccgcatgcatataggtgttgtgtctaggatcatatcatgaggtgacatgagtcctagttgtgaaa 23271774  T
Q  144 ttacttgatgtacttgtggttgtacgtgattaatggtgatgtttgtatttgatgaattttggtgtcatgttatgattaa 222  Q
    ||| |||||||||||||| ||||  |||||||||||||||| |||||||||||| ||| |  | |||||| ||||||||    
T  23271775 ttaattgatgtacttgtgattgtgagtgattaatggtgatgcttgtatttgatggattgttctatcatgtcatgattaa 23271853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 46 - 179
Target Start/End: Original strand, 14503083 - 14503219
Alignment:
Q  46 atgggcgacggcctaaat-attggtga-gatcggtaccgcatgcatatagc-gttgtgtctaggatcatatcatgttgtggcatgagtcctagctatgaa 142  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||  ||| ||||||||||| || ||||    
T  14503083 atgggcgacggcctaaattattggtgatgatcggtaccgcatgcatataggtgttgtgtctaggatcatatcatgaggtgacatgagtcctaactgtgaa 14503182  T
Q  143 attacttgatgtacttgtggttgtacgtgattaatgg 179  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  14503183 attacttgatgtacttgtggttgtaagtgattgatgg 14503219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 46 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 8043682 - 8043501
Alignment:
Q  46 atgggcgacggcctaaatattggtga-gatcggtaccgcatgcatatagc-gttgtgtctaggatcatatcatgttgtggcatgagtcctagctatgaaa 143  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||  ||| |||||||||||| | |||||    
T  8043682 atgggcgacggcctaaatattggtgatgaacggtaccgcatgcatataggtgttatgtctaggatcatatcatgaggtgacatgagtcctagttgtgaaa 8043583  T
Q  144 -ttacttgatgtacttgtggttgtacgtgattaatggtgatgtttgtatttgatgaattttggtgtcatgttatgattaatt 224  Q
     ||| ||||||| ||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||| || | | | ||| ||||||| ||||||||    
T  8043582 attaattgatgtgcttgtggttgtaaatgattgatggtgatgtttgtatttgttggactgttgtgccatgttaagattaatt 8043501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 22 - 135
Target Start/End: Original strand, 55378347 - 55378459
Alignment:
Q  22 tgattatgatgttctatcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcatatagcgttgtgtctaggatcatatcatg-ttg 120  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||    
T  55378347 tgattatgatgttctgtcggcatca-gggcgacggcctaa-tattggtgtgaccggtaccgcatgcatatagagttgtgtctaggatcatatcatgattg 55378444  T
Q  121 tggcatgagtcctag 135  Q
    |||||||||||||||    
T  55378445 tggcatgagtcctag 55378459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 23 - 89
Target Start/End: Original strand, 19699178 - 19699244
Alignment:
Q  23 gattatgatgttctatcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcat 89  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  19699178 gattatgatgttatgtcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtgagaccggtaccgcatgcat 19699244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 23 - 89
Target Start/End: Original strand, 19709763 - 19709829
Alignment:
Q  23 gattatgatgttctatcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcat 89  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  19709763 gattatgatgttatgtcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtgagaccggtaccgcatgcat 19709829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 22 - 162
Target Start/End: Original strand, 13448616 - 13448758
Alignment:
Q  22 tgattatgatgttctatcggcatcatgggc-gacggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcatata-gcgttgtgtctaggatcatatcatgtt 119  Q
    ||||||||||||||| | |||||||||||  ||||||||| |  |||||||   ||||||||||||||| || ||||  ||||||||  |||||||| ||    
T  13448616 tgattatgatgttctgttggcatcatggggtgacggcctagacgttggtgacgacggtaccgcatgcatttatgcgtcatgtctagggacatatcatatt 13448715  T
Q  120 gtggcatgagtcctagctatgaaattacttgatgtacttgtgg 162  Q
    |||||||||||||||| | ||||| || | ||| |||||||||    
T  13448716 gtggcatgagtcctagttgtgaaaataatggatatacttgtgg 13448758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 22 - 162
Target Start/End: Original strand, 13595605 - 13595747
Alignment:
Q  22 tgattatgatgttctatcggcatcatgggc-gacggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcatatagc-gttgtgtctaggatcatatcatgtt 119  Q
    ||||||||||||| | | ||| |||||||  ||||||||| |  |||||||   ||||||||||||||| |||  || |||||||||  |||| ||||||    
T  13595605 tgattatgatgttatgttggcctcatggggtgacggcctagacgttggtgatgacggtaccgcatgcatttaggtgtcgtgtctagggacataccatgtt 13595704  T
Q  120 gtggcatgagtcctagctatgaaattacttgatgtacttgtgg 162  Q
    |||||||||||||||  | ||||| || ||||| |||||||||    
T  13595705 gtggcatgagtcctaattgtgaaaataattgatatacttgtgg 13595747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 26 - 92
Target Start/End: Complemental strand, 7848951 - 7848885
Alignment:
Q  26 tatgatgttctatcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcatata 92  Q
    ||||||||||| |||||||||  ||||||  ||||| |||||||||||  |||||| ||||||||||    
T  7848951 tatgatgttctgtcggcatcaaaggcgacaacctaattattggtgagactggtaccacatgcatata 7848885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0686 (Bit Score: 81; Significance: 3e-38; HSPs: 2)
Name: scaffold0686
Description:

Target: scaffold0686; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 23 - 166
Target Start/End: Original strand, 28 - 171
Alignment:
Q  23 gattatgatgttctatcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcatatagcgttgtgtctaggatcatatcatgttgtg 122  Q
    |||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |  | ||||||||||||||||||||||||||    
T  28 gattatgatgttctgtcggcatcaagggcgacgacctaaatattggtgagaccggtaccgcatgcataca-tggtgtgtctaggatcatatcatgttgtg 126  T
Q  123 gcatgagtcctagctatgaaattacttgatgtac-ttgtggttgt 166  Q
    ||||||||||||| | ||||  || ||||||||| ||||||||||    
T  127 gcatgagtcctagttgtgaatgtagttgatgtacattgtggttgt 171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0686; HSP #2
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 23 - 156
Target Start/End: Original strand, 7508 - 7640
Alignment:
Q  23 gattatgatgttctatcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcatatagcgttgtgtctaggatcatatcatgttgtg 122  Q
    |||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||  ||    
T  7508 gattatgatgttctgtcggcatcaagggcgacgacctaaatattggtgagaccggtaccgcatgcatatag-ggtgtgtctaggatcatatcatgtaatg 7606  T
Q  123 gcatgagtcctagctatgaaattacttgatgtac 156  Q
    ||||||||||||| | ||||  || |||||||||    
T  7607 gcatgagtcctagttgtgaatgtagttgatgtac 7640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0132 (Bit Score: 81; Significance: 3e-38; HSPs: 1)
Name: scaffold0132
Description:

Target: scaffold0132; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 23 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 12495 - 12352
Alignment:
Q  23 gattatgatgttctatcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcatatagcgttgtgtctaggatcatatcatgttgtg 122  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||||||   |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  12495 gattatgatgttttttcggcatcatgggcgactttctaaatattggtgagaccggtaccgcatgcatatag-ggtgtgtctaggatcatatcatgttgtg 12397  T
Q  123 gcatgagtcctagctatgaaattacttgatgtac-ttgtggttgt 166  Q
    ||||||||||||| | ||||  || ||||||||| ||||||||||    
T  12396 gcatgagtcctagttgtgaatgtagttgatgtacattgtggttgt 12352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0023 (Bit Score: 80; Significance: 1e-37; HSPs: 1)
Name: scaffold0023
Description:

Target: scaffold0023; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 46 - 222
Target Start/End: Original strand, 58027 - 58206
Alignment:
Q  46 atgggcgacggcctaaa-tattggtga-gatcggtaccgcatgcatatagc-gttgtgtctaggatcatatcatgttgtggcatgagtcctagctatgaa 142  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||| |||  || ||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||| | ||||    
T  58027 atgggcgacggcctaaaatattggtgatgaccggtaccgcatgcatgtaggtgtcgtgtctaggatcatatcatgaggtgacatgagtcctagttgtgaa 58126  T
Q  143 attacttgatgtacttgtggttgtacgtgattaatggtgatgtttgtatttgatgaattttggtgtcatgttatgattaa 222  Q
    ||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||| ||||| |||   ||||||||| ||||||||    
T  58127 attacttaatgtacttgtagttgtaagtgattaatggtaatgtttgtatatgatggattggtgtgtcatgtcatgattaa 58206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0016 (Bit Score: 78; Significance: 2e-36; HSPs: 1)
Name: scaffold0016
Description:

Target: scaffold0016; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 23 - 156
Target Start/End: Original strand, 167711 - 167843
Alignment:
Q  23 gattatgatgttctatcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcatatagcgttgtgtctaggatcatatcatgttgtg 122  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||| ||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  167711 gattatgatgttctgtcggcatcaagggagacgaactaaatattggtgagaccggtaccgcatgcatatag-ggtgtgtctaggatcatatcatgttgtg 167809  T
Q  123 gcatgagtcctagctatgaaattacttgatgtac 156  Q
    ||||||||||||| | ||||  || |||||||||    
T  167810 gcatgagtcctagttgtgaatgtagttgatgtac 167843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1486 (Bit Score: 76; Significance: 3e-35; HSPs: 1)
Name: scaffold1486
Description:

Target: scaffold1486; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 46 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 1601 - 1422
Alignment:
Q  46 atgggcgacggcctaaa-tattggtga-gatcggtaccgcatgcatatagc-gttgtgtctaggatcatatcatgttgtggcatgagtcctagctatgaa 142  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||| || ||||||||||||||| |||  || ||||||| ||||||||||||  ||| |||||||||||| | ||||    
T  1601 atgggcgacggtctaaaatattggtgatgaccggtaccgcatgcatttaggtgtcgtgtctatgatcatatcatgaggtgacatgagtcctagttgtgaa 1502  T
Q  143 attacttgatgtacttgtggttgtacgtgattaatggtgatgtttgtatttgatgaattttggtgtcatgttatgattaa 222  Q
    ||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||   ||||||||| ||||||||    
T  1501 attacttaatgtacttgtagttgtaagtgattaatggtgatgtttgtatatgatggattggtgtgtcatgtcatgattaa 1422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0173 (Bit Score: 74; Significance: 5e-34; HSPs: 1)
Name: scaffold0173
Description:

Target: scaffold0173; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 60 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 4094 - 3930
Alignment:
Q  60 aaatattggtga-gatcggtaccgcatgcatatagc-gttgtgtctaggatcatatcatgttgtggcatgagtcctagctatgaaattacttgatgtact 157  Q
    |||||||||||| || || ||||||||| ||||||  |||||||||| ||||||||||||  ||| |||||||||||| | |||| ||||||||||||||    
T  4094 aaatattggtgatgaccgataccgcatgtatataggtgttgtgtctatgatcatatcatgaggtgacatgagtcctagttgtgaa-ttacttgatgtact 3996  T
Q  158 tgtggttgtacgtgattaatggtgatgtttgtatttgatgaattttggtgtcatgttatgattaat 223  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||| ||| |  ||||||||||||||||||    
T  3995 tgtggttgtacgtgattgatggtgatgttcgtatttaatggattgttatgtcatgttatgattaat 3930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012 (Bit Score: 72; Significance: 8e-33; HSPs: 1)
Name: scaffold0012
Description:

Target: scaffold0012; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 8e-33
Query Start/End: Original strand, 46 - 232
Target Start/End: Original strand, 35321 - 35507
Alignment:
Q  46 atgggcgacggcctaaa-tattggtga-gatcggtaccgcatgcatatagc-gttgtgtctaggatcatatcatgttgtggcatgagtcctagctatgaa 142  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||  ||| |||||||   || |  |||    
T  35321 atgggcgacagcctaaaatattggtgatgaccggtaccgcatgcatataggtgttgtgtctaggatcatatcatgaggtgacatgagt---agttgggaa 35417  T
Q  143 attacttgatgtacttgtggttgtacgtgattaatggtgatgtttgtatttgatgaattttggtgtcatgttatgattaattgtgtaaat 232  Q
     |||||||||||||||||| |||||  ||||| |||||||||||||||||||||| ||| | || ||||||||||| ||||| |||||||    
T  35418 tttacttgatgtacttgtgattgtaaatgattcatggtgatgtttgtatttgatggattgttgtatcatgttatgagtaattatgtaaat 35507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1666 (Bit Score: 68; Significance: 2e-30; HSPs: 1)
Name: scaffold1666
Description:

Target: scaffold1666; HSP #1
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 75 - 224
Target Start/End: Original strand, 1100 - 1251
Alignment:
Q  75 cggtaccgcatgcatatagc-gttgtgtctaggatcatatcatgttgtggcatgagtcctagctatgaaa-ttacttgatgtacttgtggttgtacgtga 172  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||||  ||| ||||||| |||| | ||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  1100 cggtaccgcatgcatataggtgttgtgtctatgatcatatcatgaggtgacatgagttctagttgtgaaaattacgtgatgtacttgtggttgtaagtga 1199  T
Q  173 ttaatggtgatgtttgtatttgatgaattttggtgtcatgttatgattaatt 224  Q
    || ||||||||||| ||||||| || ||| | ||| ||||||||||||||||    
T  1200 ttgatggtgatgttagtatttgttggattgttgtgccatgttatgattaatt 1251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0892 (Bit Score: 63; Significance: 2e-27; HSPs: 1)
Name: scaffold0892
Description:

Target: scaffold0892; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 16 - 86
Target Start/End: Complemental strand, 2496 - 2426
Alignment:
Q  16 tggtgatgattatgatgttctatcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatg 86  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  2496 tggtgatgattatgatgttctatcggcatcatgggcgacggcctaattattggtgagattggtaccgcatg 2426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0191 (Bit Score: 60; Significance: 1e-25; HSPs: 1)
Name: scaffold0191
Description:

Target: scaffold0191; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 15 - 89
Target Start/End: Original strand, 251 - 326
Alignment:
Q  15 ttggtgatgattatgatgttctatcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtga-gatcggtaccgcatgcat 89  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  251 ttggtgatgattatgatgttctatcggcatcatgggcgacgacctaaatattggtgatgaacggtaccgcatgcat 326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0138 (Bit Score: 60; Significance: 1e-25; HSPs: 3)
Name: scaffold0138
Description:

Target: scaffold0138; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 22 - 89
Target Start/End: Complemental strand, 26903 - 26836
Alignment:
Q  22 tgattatgatgttctatcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcat 89  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  26903 tgattatgatgttctgtcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtgagaccggtaccgcatgcat 26836  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0138; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 23 - 89
Target Start/End: Complemental strand, 27917 - 27851
Alignment:
Q  23 gattatgatgttctatcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcat 89  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  27917 gattatgatgttctgtcggcattatgggcgacggcctaaatattgatgagaccggtaccgcatgcat 27851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0138; HSP #3
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 23 - 89
Target Start/End: Complemental strand, 39913 - 39847
Alignment:
Q  23 gattatgatgttctatcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcat 89  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  39913 gattatgatgttctgtcggcattatgggcgacggcctaaatattgatgagaccggtaccgcatgcat 39847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0158 (Bit Score: 55; Significance: 1e-22; HSPs: 1)
Name: scaffold0158
Description:

Target: scaffold0158; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 23 - 89
Target Start/End: Complemental strand, 23464 - 23398
Alignment:
Q  23 gattatgatgttctatcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcat 89  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  23464 gattatgatgttctgtcggcatcatgggcgacggcctaaatatttgtgagaccggtaccgcatgcat 23398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 55; Significance: 1e-22; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 23 - 89
Target Start/End: Complemental strand, 20252794 - 20252728
Alignment:
Q  23 gattatgatgttctatcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcat 89  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  20252794 gattatgatgttctgtcggcatcatgggtgacggcctaaatattggtgagaccggtaccgcatgcat 20252728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0561 (Bit Score: 44; Significance: 4e-16; HSPs: 1)
Name: scaffold0561
Description:

Target: scaffold0561; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 22 - 183
Target Start/End: Original strand, 4342 - 4505
Alignment:
Q  22 tgattatgatgttctatcggcatcatgggc-gacggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcatatagc-gttgtgtctaggatcatatcatgtt 119  Q
    ||||||||||||||| | | |||||||||  ||||||||| |  ||||||| | ||||||||||||||| |||  || |||||||||  |||| ||||||    
T  4342 tgattatgatgttctgttgacatcatggggtgacggcctagacgttggtgacaacggtaccgcatgcatttaggtgtggtgtctagggacataccatgtt 4441  T
Q  120 gtggcatgagtcctagctatgaaattacttgatgtacttgtggttgtacgtgattaatggtgat 183  Q
    |||||||||||||||  | ||||| || ||||| ||||||||| |||  |||||| || |||||    
T  4442 gtggcatgagtcctaattgtgaaaataattgatatacttgtggatgtgagtgattgattgtgat 4505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009 (Bit Score: 42; Significance: 0.000000000000006; HSPs: 1)
Name: scaffold0009
Description:

Target: scaffold0009; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 22 - 134
Target Start/End: Original strand, 98562 - 98675
Alignment:
Q  22 tgattatgatgttctatcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcatata-gcgttgtgtctaggatcatatcatgttg 120  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||| |  |||||||  |||||||| ||||||| || | || ||||||| || |||| |||||||    
T  98562 tgattatgatgttctgttggcatcatgggtgacggcctagacgttggtgatgtcggtaccacatgcatttaggtgtcgtgtctaagaacataccatgttg 98661  T
Q  121 tggcatgagtccta 134  Q
    |||||||| |||||    
T  98662 tggcatgactccta 98675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0165 (Bit Score: 39; Significance: 0.0000000000004; HSPs: 2)
Name: scaffold0165
Description:

Target: scaffold0165; HSP #1
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 22 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 28699 - 28553
Alignment:
Q  22 tgattatgatgttctatcggcatcat-gggcgacggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcatata-gcgttgtgtctaggatcatatcatgtt 119  Q
    |||||||| |||||| | |||||||| ||| ||||||||| |  |||||||   ||||||| ||||||| || | || |||||||||  |||||||| ||    
T  28699 tgattatggtgttctgttggcatcatcgggtgacggcctagacgttggtgacgacggtaccacatgcatttatgtgtcgtgtctagggccatatcatatt 28600  T
Q  120 gtggcatgagtcctagctatgaaattacttgatgtacttgtggttgt 166  Q
    |||||||||||||||  | ||||| || ||||| |||||||||||||    
T  28599 gtggcatgagtcctaattgtgaaaatagttgatatacttgtggttgt 28553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0165; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 75 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 20661 - 20569
Alignment:
Q  75 cggtaccgcatgcatata-gcgttgtgtctaggatcatatcatgttgtggcatgagtcctagctatgaaattacttgatgtacttgtggttgt 166  Q
    ||||||||||||||| || | || |||| ||||  |||||||| |||||||||||||||||  | ||||| || ||||| |||||||| ||||    
T  20661 cggtaccgcatgcatttatgtgtcgtgtataggggcatatcatattgtggcatgagtcctaattgtgaaaataattgatatacttgtgattgt 20569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0020 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0020
Description:

Target: scaffold0020; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 22 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 104542 - 104429
Alignment:
Q  22 tgattatgatgttctatcggcatcatgggcgacggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcatata-gcgttgtgtctaggatcatatcatgttg 120  Q
    |||||||| |||||| | ||||||||||| |||| |||| |  |||||||   ||||||||||||||| || | || |||||||||  |||||||| |||    
T  104542 tgattatggtgttctgttggcatcatgggtgacgacctagacgttggtgacgacggtaccgcatgcatttatgtgtcgtgtctagggacatatcatattg 104443  T
Q  121 tggcatgagtccta 134  Q
    ||||||||||||||    
T  104442 tggcatgagtccta 104429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0118 (Bit Score: 37; Significance: 0.000000000006; HSPs: 1)
Name: scaffold0118
Description:

Target: scaffold0118; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 46 - 93
Target Start/End: Original strand, 35746 - 35794
Alignment:
Q  46 atgggcgacggcctaaatattggtga-gatcggtaccgcatgcatatag 93  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  35746 atgggcgacggcctaaatattggtgatgaccggtaccgcatgcatatag 35794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0133 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0133
Description:

Target: scaffold0133; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 22 - 134
Target Start/End: Original strand, 3285 - 3399
Alignment:
Q  22 tgattatgatgttctatcggcatcatggg-cgacggcctaaatattggtgagatcggtaccgcatgcatata-gcgttgtgtctaggatcatatcatgtt 119  Q
    |||||||| |||||| | ||||||||||| |||||||||| |  |||||||   |||||||||||| || || | || |||||||||  |||||||| ||    
T  3285 tgattatggtgttctgttggcatcatggggcgacggcctagacgttggtgatgacggtaccgcatgaatttatgtgtcgtgtctaggggcatatcatatt 3384  T
Q  120 gtggcatgagtccta 134  Q
    || ||||||||||||    
T  3385 gtagcatgagtccta 3399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0258 (Bit Score: 30; Significance: 0.00000009; HSPs: 1)
Name: scaffold0258
Description:

Target: scaffold0258; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 98 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 8781 - 8744
Alignment:
Q  98 gtgtctaggatcatatcatgttgtggcatgagtcctag 135  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  8781 gtgtctaggaacataacatgttgtggcatgagtcctag 8744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University