View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF20037_high_3 (Length: 742)
Name: NF20037_high_3
Description: NF20037
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF20037_high_3 |
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Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 462; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 462; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 548
Target Start/End: Complemental strand, 41818836 - 41818303
Alignment:
| Q |
14 |
tttacaattgcatgctctttagataattaatttatgttttcaagtagtatttattgcaagttnnnnnnnncatgtaacataattctattattttgtgatg |
113 |
Q |
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| T |
41818836 |
tttacaattgcatgctctttagataattaatttatgttttcaagtagtatttattgcaagttaaaaaaaacatgtaacataattctattattttgtgatg |
41818737 |
T |
|
| Q |
114 |
agttttactaaagaatatgttagtaaaaatttaaggaaaaaatgacaagaaaaactctcaagagggttttatatttatagaccgatgtatagttattatg |
213 |
Q |
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| T |
41818736 |
agttttactaaagaatatgttagtaaaaatttaaggaaaaaatgacaagaaaaaatctcaagagggttttatatttatagaccgatgtatagttattatg |
41818637 |
T |
|
| Q |
214 |
aatgcattgaaggtgttattttttatacattcaattgaattataccacagtatcactttgttatgctagtttttaaaatatctacaaatacatatataat |
313 |
Q |
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| T |
41818636 |
aatgcattgaaggtgttattttttatacattcaattgaattataccacagtatcactttgttatgctagttttgaaaatatctacaaatacatatatatt |
41818537 |
T |
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| Q |
314 |
gaatgagagaagttattagatgcatgttgaaagaagaagnnnnnnntcacaataatagaatatacaagttaaatcctatatgatatcattgtttgtgttt |
413 |
Q |
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| T |
41818536 |
gaatgagagaagttattagatgcatgttgaaagaagaagaaaaaaatctcaataatagaatatacaagttaaatcctatatgatatcattgtttgtgttt |
41818437 |
T |
|
| Q |
414 |
gtcatttttcatttattattgaaaatgaactgacgaggcctcaagattgttcttattaccctgtatttgtctattacaactcaaatcccgttgtcaaata |
513 |
Q |
| |
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| T |
41818436 |
gtcatttttcatttattattgaaaatgaactgacgaggcctcaagattgttcttattaccctgtatttgtctattacaactcaaatcccgttgtcaaata |
41818337 |
T |
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| Q |
514 |
tgtaacaaattaaatcatatacgtaacattatcaa |
548 |
Q |
| |
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||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |
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| T |
41818336 |
tgtaagaaattaaatcatatacgt-acattatcaa |
41818303 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 150; E-Value: 7e-79
Query Start/End: Original strand, 576 - 725
Target Start/End: Complemental strand, 41818308 - 41818159
Alignment:
| Q |
576 |
tatcaatgttttctattgtgtcctaccttatctatatcatattaattatctccttaagtaataattttaacaatgtatcatataagtatacacctgtcag |
675 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
41818308 |
tatcaatgttttctattgtgtcctaccttatctatatcatattaattatctccttaagtaataattttaacaatgtatcatataagtatacacctgtcag |
41818209 |
T |
|
| Q |
676 |
cctataaaacatcactgatcccagttaaagaaggtgattttaatttgttt |
725 |
Q |
| |
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|
| T |
41818208 |
cctataaaacatcactgatcccagttaaagaaggtgattttaatttgttt |
41818159 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 449 - 548
Target Start/End: Original strand, 44830166 - 44830267
Alignment:
| Q |
449 |
aggcctcaagattgttcttattaccctgtatttgtctattacaactcaaatcccgttgtcaaatatgtaacaa----attaaatcatatacgtaacatta |
544 |
Q |
| |
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|
| T |
44830166 |
aggcctcaagattgttcttattactctgtatttgtctcttacaactcaaatcccgttgtcaaatatgtaagaaaattattaaatc--atacgtaacatta |
44830263 |
T |
|
| Q |
545 |
tcaa |
548 |
Q |
| |
|
|||| |
|
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| T |
44830264 |
tcaa |
44830267 |
T |
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