View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20040_low_1 (Length: 684)

Name: NF20040_low_1
Description: NF20040
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20040_low_1
NF20040_low_1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (18-674)||(2795469-2796125)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (25-674)||(29262982-29263631)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 637; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 637; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 674
Target Start/End: Complemental strand, 2796125 - 2795469
Alignment:
Q  18 atactgtggccttccggcacgacccaacatctgcatcacatcaagaggactcaattcagtccatgctcccttttcaggattataaatctttgtcccttta 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2796125 atactgtggccttccggcacgacccaacatctgcatcacatcaagaggactcaattcagtccatgctcctctttcaggattataaatctttgtcccttta 2796026  T
Q  118 attataaccgtatgagccgggagattcacaccccaggcaagggtagcagtggataccaaaacttgaacatgtccagaagcgaaaagatcctcaacgagct 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  2796025 attataaccgtatgagccgggagattcacaccccaggcaagggtagcagtggataccaaaacttgaacatgtccagaagcaaaaagatcctcaacgagct 2795926  T
Q  218 ggcgatctgttcttgtcataccagcatgatgaatagcaaaaccatatggcagaagatctttgagatcattgctcttcacaagatcggtatgactatgaag 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2795925 ggcgatctgttcttgtcataccagcatgatgaatagcaaaaccatatggcagaagatctttgagatcattgctcttcacaagatcggtatgactatgaag 2795826  T
Q  318 aatctcacggcttgcactatcttctttaaggaacctaccaagagtgtcatttgcaagtgcagtatctctgatggctcttgctgttttagcagtttctttc 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2795825 aatctcacggcttgcactatcttctttaaggaacctaccaagagtgtcatttgcaagtgcagtatctctgatggctcttgctgttttagcagtttctttc 2795726  T
Q  418 cttgaatgtacaaagataagaacctgatgctttccggcttcagccataactttctcaaagcagatatcattcatcaactggtacctttgaaaaggcttct 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2795725 cttgaatgtacaaagataagaacctgatgctttccggcttcagccataactttctcaaagcagatatcattcatcaactggtacctttgaaaaggcttct 2795626  T
Q  518 tcactgtaattccaataaactgctgagaaagaggaacgggtctataactattatcaaagtagaacaaccccttattatgatcaacacgcaagaaccgtgc 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  2795625 tcactgtaattccaataaactgctgagaaagaggaacgggtctataactattatcaaagtaaaacaaccccttattatgatcaacacgcaagaaccgcgc 2795526  T
Q  618 cacgtcttcaaaattagggagtgtagcagacaatcccaccaaccgaatatagtcctt 674  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2795525 cacgtcttcaaaattagggagtgtagcagacaatcccaccaaccgaatatagtcctt 2795469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 363; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 363; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 25 - 674
Target Start/End: Complemental strand, 29263631 - 29262982
Alignment:
Q  25 ggccttccggcacgacccaacatctgcatcacatcaagaggactcaattcagtccatgctcccttttcaggattataaatctttgtccctttaattataa 124  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||| ||||||||| || |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  29263631 ggccttccggcacgacccaacatctgcataacgtcaagtggactcagttcagtccaggcccccttttcgggattataaatctgtgtccctttaattataa 29263532  T
Q  125 ccgtatgagccgggagattcacaccccaggcaagggtagcagtggataccaaaacttgaacatgtccagaagcgaaaagatcctcaacgagctggcgatc 224  Q
    | || ||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||| ||||||||||| || ||||||||    
T  29263531 cagtgtgagctggaagattcacaccccatgcaagggtggcagtggataccaaaacttgagcatgtccatcagcgaacagatcctcaacaagttggcgatc 29263432  T
Q  225 tgttcttgtcataccagcatgatgaatagcaaaaccatatggcagaagatctttgagatcattgctcttcacaagatcggtatgactatgaagaatctca 324  Q
    ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||| | |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  29263431 tgtcctcgtcataccagcatgatgaatagcaaaaccatacggcagaagatctttaaggtcactactcttcacaagatcagtatgagtatgaagaatctca 29263332  T
Q  325 cggcttgcactatcttctttaaggaacctaccaagagtgtcatttgcaagtgcagtatctctgatggctcttgctgttttagcagtttctttccttgaat 424  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||| ||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||    
T  29263331 cggcttgcactatcttctttaaggaacctaccaagagtatcatctgcgagtgcagcatctctgatggctctagcagttttagcagtctctttccttgaat 29263232  T
Q  425 gtacaaagataagaacctgatgctttccggcttcagccataa-ctttctcaaagcagatatcattcatcaactggtacctttgaaaaggcttcttcactg 523  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||| || ||| || |||||   || ||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||| | ||    
T  29263231 gtacaaagataagaacctgatgcttaccagctacatccagaacctttcggtaa-cagatatcattcatcaactggaacctctgaagaggcttctttattg 29263133  T
Q  524 taattccaataaactgctgagaaagaggaacgggtctataactattatcaaagtagaacaaccccttattatgatcaacacgcaagaaccgtgccacgtc 623  Q
    | ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || || || ||||| ||  |||||||||||| |||| ||||||| ||    
T  29263132 tgattccaatatactgctgagaaagaggaacaggtctataactgttatcaaaataaaataaacccttgttcagatcaacacgcaggaacagtgccacatc 29263033  T
Q  624 ttcaaaattagggagtgtagcagacaatcccaccaaccgaatatagtcctt 674  Q
    |||| |||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| |||||    
T  29263032 ttcataattagggagagtagccgacaatcccaccaaacgaatataatcctt 29262982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University