View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20042_low_5 (Length: 521)

Name: NF20042_low_5
Description: NF20042
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20042_low_5
NF20042_low_5
[»] chr4 (11 HSPs)
chr4 (10-507)||(5159999-5160497)
chr4 (13-507)||(5182247-5182739)
chr4 (13-507)||(5195641-5196139)
chr4 (17-507)||(5172915-5173400)
chr4 (107-507)||(4856686-4857084)
chr4 (22-507)||(4842127-4842610)
chr4 (13-507)||(5213807-5214296)
chr4 (91-430)||(7142256-7142598)
chr4 (233-286)||(5203271-5203324)
chr4 (402-507)||(5202783-5202885)
chr4 (16-71)||(4856621-4856676)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 426; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 426; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 5160497 - 5159999
Alignment:
Q  10 cagaacctgtgaccagttgttttggtaactcacccgagaaatgattatgagagaggtccaagagcaaaagnnnnnnnatcttaccaattgatgaaggtat 109  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||    
T  5160497 cagaatctgtggccagttgttttggtaactcacccgagaaatgattatgagagaggtccaagagcaaaagtttttttatcttaccaattgatgaaggtat 5160398  T
Q  110 atttccttcaaagctattccatgaaaagttcaactgtgtagcacttggaaggaataaatcaaaatcttttgttagcaacccacttaaattgttgtttgat 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5160397 atttccttcaaagctattccatgaaaagttcaactgtgtagcacttggaaggaataaatcaaaatcttttgttagcaacccacttaaattgttgtttgat 5160298  T
Q  210 atatccatataattaatgttatgattatgtatcaaccaacttggggatgagccaactattttgtttccggaaaggtccaccaacatcaaattgtattgat 309  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5160297 atatccaaataattaatgttatgattatgtatcaaccaacttggggatgagccaactattttgtttccggaaaggtccaccaacatcaaattgtattgat 5160198  T
Q  310 aagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgacttcaattgaaatttaggaaaccac-ttgtttt 408  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  5160197 aagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgacttcaattgaaatttaggaaaccactttgtttt 5160098  T
Q  409 ttcagtttcaatgtgtactccagtgctgtttttcgatgaaatatatagaacccgaagattgaaatgattagccaaagtgctcaatgaaaatgatccttg 507  Q
    |||||||||||||| ||||||| |  ||||||| ||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5160097 ttcagtttcaatgtctactccaatattgttttttgatgaaatatatagaacctcaagattggaatgattagccaaagtgctcaatgaaaatgatccttg 5159999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 13 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 5182739 - 5182247
Alignment:
Q  13 aacctgtgaccagttgttttggtaactcacccgagaaatgattatgagagaggtccaagagcaaaagnnnnnnnatcttaccaattgatgaaggtatatt 112  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||  |  |||       ||||||||||||||||||||||||||    
T  5182739 aacctgtggccagttgtttaggtaactcacctgagaaatgattctgagagaggtccaagtactcaagttgtttcatcttaccaattgatgaaggtatatt 5182640  T
Q  113 tccttcaaagctattccatgaaaagttcaactgtgtagcacttggaaggaataaatcaaaatcttttgttagcaacccacttaaattgttgtttgatata 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |   || |||| |||||||||| | ||| ||||||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  5182639 tccttcaaagctattccatgaaaagttcaaatacttaacactaggaaggaatataccaatatcttttggaagcaaaccactcaaattgttgtttgatata 5182540  T
Q  213 tccatataattaatgttatgattatgtatcaaccaacttggggatgagccaactattttgtttccggaaaggtccaccaacatcaaattgtattgataag 312  Q
    |||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||  ||||||| ||| |||||||  || |||||||| |||||||| |    
T  5182539 tccaaataattcatgttatgattatctatcaaccaacttgggaatgaaccaactaaattgtttctggagaggtccaagaatatcaaattatattgatatg 5182440  T
Q  313 aaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgacttcaattgaaatttaggaaaccac-ttgttttttc 411  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||    
T  5182439 aaagaaaagtaggaatgacacctcctttctccttgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgtcttcaattgaaatttgggaaaccactttgtcttttc 5182340  T
Q  412 agtttcaatgtgtactccagtgctgtttttcgatgaaatatatagaacccgaagattgaaatgattagccaaagtgctcaatgaaaatgatccttg 507  Q
    |||||||||| | ||||||   ||||||| || |||||||||||||  | |||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5182339 agtttcaatgagaactcca---ctgttttccggtgaaatatatagatgctgaagatttgagtgattagccaaagtgctcaatgaaaatgatccttg 5182247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 13 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 5196139 - 5195641
Alignment:
Q  13 aacctgtgaccagttgttttggtaactcacccgagaaatgattatgagagaggtccaagagcaaaagnnnnnnnatcttaccaattgatgaaggtatatt 112  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||   |||       ||||||||||||||||||||||||||    
T  5196139 aacctgtggccagttgtttaggtaactcacctgagaaatgattttgagagaagtccaagagttgaagttgtttcatcttaccaattgatgaaggtatatt 5196040  T
Q  113 tccttcaaagctattccatgaaaagttcaactgtgtagcacttggaaggaataaatcaaaatcttttgttagcaacccacttaaattgttgtttgatata 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |  ||| || | |||||||||| | | | ||||||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  5196039 tccttcaaagctattccatgaaaagttcaaataggtaacattaggaaggaatataccgatatcttttggaagcaaaccactcaaattgttgtttgatata 5195940  T
Q  213 tccatataattaatgttatgattatgtatcaaccaa---cttggggatgagccaactattttgtttccggaaaggtccaccaacatcaaattgtattgat 309  Q
    |||| |||  | |||| || ||||||||||||||||   ||||||  |||||||  ||| ||||| | ||| ||| |||   | | |||||| |||||||    
T  5195939 tccaaatatatcatgtcatcattatgtatcaaccaattacttgggagtgagccatttatattgttgctggagaggaccaagtataccaaattatattgat 5195840  T
Q  310 aagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgacttcaattgaaatttaggaaaccac-ttgtttt 408  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  5195839 atgaaagaaaagtaggaatgacacttccttcgtccttgtttaggttgcaatttctaacaataagtgacttcaattgaaatttaggaaaccactttgtttt 5195740  T
Q  409 ttcagtttcaatgtgtactccagtgctgtttttcgatgaaatatatagaacccgaagattgaaatgattagccaaagtgctcaatgaaaatgatccttg 507  Q
    |||||||||||||| ||||||| |  ||||||| ||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5195739 ttcagtttcaatgtctactccaatattgttttttgatgaaatatatagaacctcaagattggaatgattagccaaagtgctcaatgaaaatgatccttg 5195641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 17 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 5173400 - 5172915
Alignment:
Q  17 tgtgaccagttgttttggtaactcacccgagaaatgattatgagagaggtccaagagcaaaagnnnnnnnatcttaccaattgatgaaggtatatttcct 116  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||  |  |||       ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5173400 tgtggccagttgtttaggtaactcacctgagaaattattatgagagaggtcaaagtactcaagatttttcatcttaccaattgatgaaggtatatttcct 5173301  T
Q  117 tcaaagctattccatgaaaagttcaactgtgtagcacttggaaggaataaatcaaaatcttttgttagcaacccacttaaattgttgtttgatatatcca 216  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |  |||  |||||||||||||| |||      || ||  ||||| ||||| |||||||||||||||| |||||    
T  5173300 tcaaagctattccatgaaaagttcaaataggtaatacttggaaggaatatatc------ttctggaagcaaaccactaaaattgttgtttgatagatcca 5173207  T
Q  217 tataattaatgttatgattatgtatcaaccaacttggggatgagccaactattttgtttccggaaaggtccaccaacatcaaattgtattgataagaaag 316  Q
     ||| |  |||  || ||||| ||||||||||||||||  ||||||||| || ||||| |  || ||||||| ||  |||||||| ||||||||||||||    
T  5173206 aatattgtatggcatcattatttatcaaccaacttgggagtgagccaacaatattgttgctagagaggtccatcagtatcaaattatattgataagaaag 5173107  T
Q  317 aaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgacttcaattgaaatttaggaaaccac-ttgttttttcagtt 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  5173106 aaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaggttgcaatttctaagaatgagggacttcaattgaaatttaggaaaccactttgttttttcagtt 5173007  T
Q  416 tcaatgtgtactccagtgctgtttttcgatgaaatatatagaacccgaagattgaaatgattagccaaagtgctcaatgaaaatgatccttg 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  | |||||||| | |||||||||||| || | | |||||||||||||||    
T  5173006 tcaatgtgtactccagtgctgtttttcgatgaaatatgtagatgctgaagattggagtgattagccaaaatgataagtgaaaatgatccttg 5172915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 107 - 507
Target Start/End: Original strand, 4856686 - 4857084
Alignment:
Q  107 tatatttccttcaaagctattccatgaaaagttcaactgtgtagcacttggaaggaataaatcaaaatcttttgttagcaacccacttaaattgttgttt 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |  ||| |||| |||||||||| | ||| ||||||||  ||||| ||||| ||||||||||||    
T  4856686 tatatttccttcaaagctattccatgaaatgttcaaataggtaacactaggaaggaatataccaatatcttttggaagcaaaccactcaaattgttgttt 4856785  T
Q  207 gatatatccatataattaatgttatgattatgtatcaaccaacttggggatgagccaactattttgtttccggaaaggtccaccaacatcaaattgtatt 306  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||| |||| |||||||  ||||||| ||| |||||||  || | |||||| ||||    
T  4856786 gatatatccaaataattcatgttatgattatctatcaacgaacttgggaatgaaccaactaaattgtttctggagaggtccaagaataccaaattatatt 4856885  T
Q  307 gataagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgacttcaattgaaatttaggaaaccac-ttgt 405  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  4856886 gatatgaaagaaaagtaggaatgacacttccttcgtccatgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgtcttcaattgaaatttgggaaaccactttgt 4856985  T
Q  406 tttttcagtttcaatgtgtactccagtgctgtttttcgatgaaatatatagaacccgaagattgaaatgattagccaaagtgctcaatgaaaatgatcct 505  Q
     ||||||||||||||| | ||||||   ||||||| || |||||||||||||  | |||||||  | ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  4856986 cttttcagtttcaatgagaactcca---ctgttttccggtgaaatatatagatgctgaagatttgagtgattagccaaagtggtcaatgaaaatgatcct 4857082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 22 - 507
Target Start/End: Original strand, 4842127 - 4842610
Alignment:
Q  22 ccagttgttttggtaactcacccgagaaatgattatgagagaggtccaagagcaaaagnnnnnnnatcttaccaattgatgaaggtatatttccttcaaa 121  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||  |  |||       ||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  4842127 ccagttgtttaggtaactcacctgagaaatgattctgagagaggtccaagtacttaagttttttcatcttacaaattgatgaaggtatatttccttcaaa 4842226  T
Q  122 gctattccatgaaaagttcaactgtgtagcacttggaaggaataaatcaaaatcttttgttagcaacccacttaaattgttgtttgatatatccatataa 221  Q
    | ||||  ||||||| ||||  |  ||| |||| |||||||||| | ||| ||||| ||  ||||| ||||| |||||||||||||||| ||||| |||     
T  4842227 gttatttgatgaaaaattcatataggtaacactaggaaggaatataccaatatcttctggaagcaaaccactaaaattgttgtttgatagatccaaatat 4842326  T
Q  222 ttaatgttatgattatgtatcaaccaacttggggatgagccaactattttgtttccggaaaggtccaccaacatcaaattgtattgataagaaagaaaag 321  Q
    |  |||  |  ||||| ||||||||||||||||  ||||||||   | ||||| |  || ||||||| ||  |||||||| |||||||||||||||||||    
T  4842327 tgtatgccaacattatttatcaaccaacttgggagtgagccaa---tattgttgctagagaggtccatcactatcaaattatattgataagaaagaaaag 4842423  T
Q  322 taggaatgacacttcctttgtccttgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgacttcaattgaaatttaggaaaccac-ttgttttttcagtttcaat 420  Q
    ||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  4842424 taggaatgacacttcctttcttcatgtttaggttgcaatttctaagaatgagggacttcaattgaaatttaggaaaccactttgttttttcagtttcaat 4842523  T
Q  421 gtgtactccagtgctgtttttcgatgaaatatatagaacccgaagattgaaatgattagccaaagtgctcaatgaaaatgatccttg 507  Q
    |||||||||| | |||||||| |||||||||||||||  | |||||||| | |||||||||||| || | | |||||||||||||||    
T  4842524 gtgtactccaatactgtttttagatgaaatatatagatgctgaagattggagtgattagccaaattgataagtgaaaatgatccttg 4842610  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 13 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 5214296 - 5213807
Alignment:
Q  13 aacctgtgaccagttgttttggtaactcacccgagaaatgattatgagagaggtccaagagcaaaagnnnnnnnatcttaccaattgatgaaggtatatt 112  Q
    |||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |  |||       ||||||||||||||||||||||||||    
T  5214296 aacctgtggccagttgtttaggtaactcacctgagaaatgattatgagagaggtccaaggactcaagttttttcatcttaccaattgatgaaggtatatt 5214197  T
Q  113 tccttcaaagctattccatgaaaagttcaactgtgtagcacttggaaggaataaatcaaaatcttttgttagcaacccacttaaattgttgtttgatata 212  Q
    |||||||||| ||||  ||||||| ||||  |  ||| |||| |||||||||| | ||| ||||||||  || || ||||||||| ||||| ||||||||    
T  5214196 tccttcaaagttatttgatgaaaaattcatataggtaacactaggaaggaatataccaatatcttttggaagaaaaccacttaaactgttgattgatata 5214097  T
Q  213 tccatataattaatgttatgattatgtatcaaccaacttggggatgagccaactattttgtttccggaaaggtccaccaacatcaaattgtattgataag 312  Q
    |||| ||| || ||   |  |  |||||| ||||| |||||| || | ||||| | |||||| | ||| ||||||| ||| |||||| | |||||||| |    
T  5214096 tccaaatatttcat---agaagaatgtatgaaccatcttgggaataaaccaaccaatttgttgctggataggtccatcaatatcaaactatattgatatg 5214000  T
Q  313 aaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgacttcaattgaaatttaggaaaccac-ttgttttttc 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||| |||| |||||    
T  5213999 aaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaagttgcaatttctaagaatgagtgtcttcaattgaaatttgggtaaccactttgtcttttc 5213900  T
Q  412 agtttcaatgtgtactccagtgctgtttttcgatgaaatatatagaacccgaagattgaaatgattagccaaagtgctcaatgaaaatgatccttg 507  Q
    ||||||||||| | | ||| |||   |||  |||||||||||||||  | | |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5213899 agtttcaatgtttgcaccaatgc---tttgtgatgaaatatatagatgctggagattggagtgattagccaaagtgctcaatgaaaatgatccttg 5213807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 91 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 7142598 - 7142256
Alignment:
Q  91 taccaattgatgaaggtatatttccttcaaagctattccatgaaaagttcaactgtgtagcacttggaaggaataaatcaaaatcttttgttagcaaccc 190  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||  |    | |||| |||||||||| | ||| ||||| ||  ||||| ||    
T  7142598 taccaattgattaaggtatatttccttgaaagctattcaatgaaaagttcagatagtcaacactaggaaggaatataccaatatcttctggaagcaaacc 7142499  T
Q  191 acttaaattgttgtttgatatatccatataattaatgttatgattatgtatcaaccaa---cttggggatgagccaactattttgtttccggaaaggtcc 287  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||  |  ||   || ||||||||||||||||   ||||||  |||||||||||| ||||||| ||| ||||||    
T  7142498 acttaaattgttgtttgatatatccaaatgttgtatcccatcattatgtatcaaccaatttcttgggagtgagccaactatattgtttctggagaggtcc 7142399  T
Q  288 accaacatcaaattgtattgataagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgacttcaattgaa 387  Q
    |  ||   |||||| | |||||| |||| |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||  || ||||  |  | |||||    
T  7142398 aagaatgccaaattatgttgatatgaaaaaaaactaggaatgacatttcctttgtccatgttttggttgcaatttttaa-cataagtgtatgtagttgaa 7142300  T
Q  388 atttaggaaaccac-ttgttttttcagtttcaatgtgtactcca 430  Q
    || ||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  7142299 atctaggaaaccactttgtattttcagtttcaacgtgtactcca 7142256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 233 - 286
Target Start/End: Complemental strand, 5203324 - 5203271
Alignment:
Q  233 attatgtatcaaccaacttggggatgagccaactattttgtttccggaaaggtc 286  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  5203324 attatgtatcaaccaacttgggaatgagccaactattttgtttctggtaaggtc 5203271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 402 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 5202885 - 5202783
Alignment:
Q  402 ttgttttttcagtttcaatgtgtactccagtgctgtttttcgatgaaatatatagaacccgaagattgaaatgattagccaaagtgctcaatgaaaatga 501  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||| |||| | |   || |||||||||||| || ||||  |||| ||||||||||||||||| | ||||||||     
T  5202885 ttgttttttaagtttcaatgtgttctccaatgctttct---gaggaaatatatagatcctgaagcgtgaagtgattagccaaagtgcttactgaaaatgg 5202789  T
Q  502 tccttg 507  Q
    ||||||    
T  5202788 tccttg 5202783  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 16 - 71
Target Start/End: Original strand, 4856621 - 4856676
Alignment:
Q  16 ctgtgaccagttgttttggtaactcacccgagaaatgattatgagagaggtccaag 71  Q
    ||||| ||| |||||  ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  4856621 ctgtggccaattgttcaggtaactcacctgagaaatgattctgagagaggtccaag 4856676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University