View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20044_low_1 (Length: 744)

Name: NF20044_low_1
Description: NF20044
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20044_low_1
NF20044_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (20-726)||(7132392-7133098)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 707; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 707; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 726
Target Start/End: Complemental strand, 7133098 - 7132392
Alignment:
Q  20 atgtaattccaatgaacacaggatggagaaacagtggaacaattgtgccaagatggaagcaacatgaaaatgcttacgttacaagtgattcacagtttag 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7133098 atgtaattccaatgaacacaggatggagaaacagtggaacaattgtgccaagatggaagcaacatgaaaatgcttacgttacaagtgattcacagtttag 7132999  T
Q  120 aaggaataatggaggttggaactctgggaatcagagttaccaccaaatgaggggaggctctaatagacataatccaagctataatggatctcagcctcaa 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7132998 aaggaataatggaggttggaactctgggaatcagagttaccaccaaatgaggggaggctctaatagacataatccaagctataatggatctcagcctcaa 7132899  T
Q  220 agggatgatagtcaaacgggtcattactggaggagggagcaaagtagaaaaagggattttcgtgcttaacagttttcacaccataccgtgcctcgttttt 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7132898 agggatgatagtcaaacgggtcattactggaggagggagcaaagtagaaaaagggattttcgtgcttaacagttttcacaccataccgtgcctcgttttt 7132799  T
Q  320 taatggacaatagtatttgttttttgtttatacccggtcaatgctgatatgccagggtaactgtttatcaggattcagaagatagttgctgtttgcaaga 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7132798 taatggacaatagtatttgttttttgtttatacccggtcaatgctgatatgccagggtaactgtttatcaggattcagaagatagttgctgtttgcaaga 7132699  T
Q  420 gtatagggtattctaaggattctcaatcaagaagtttgaggtacttgctttatctatgtggtgtatactttacttcacagtttggtcttcgatgacgaga 519  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7132698 gtatagggtattctaaggattctcaatcaagaagtttgaggtacttgctttatctatgtggtgtatactttacttcacagtttggtcttcgatgacgaga 7132599  T
Q  520 aattttttgggtttatctcttgtattttagttcatactgaacacttctcagtatcagaggtgacaccaacactaattaagttgtgttatgctaaatctaa 619  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7132598 aattttttgggtttatctcttgtattttagttcatactgaacacttctcagtatcagaggtgacaccaacactaattaagttgtgttatgctaaatctaa 7132499  T
Q  620 tgtgcttttgtgggtataactttggaaaatgaacaagtaaggcttctttgcaactcagtaccttattttgttttgatcttgtagactatcaatgttggat 719  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7132498 tgtgcttttgtgggtataactttggaaaatgaacaagtaaggcttctttgcaactcagtaccttattttgttttgatcttgtagactatcaatgttggat 7132399  T
Q  720 gctctct 726  Q
    |||||||    
T  7132398 gctctct 7132392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University