View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2004_low_1 (Length: 540)

Name: NF2004_low_1
Description: NF2004
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2004_low_1
NF2004_low_1
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (20-492)||(7932762-7933236)
chr5 (22-492)||(6013566-6014039)
chr5 (22-125)||(7933181-7933285)
chr5 (22-125)||(6013984-6014087)
chr5 (21-112)||(42991656-42991747)
chr5 (437-492)||(7932813-7932868)
chr5 (18-58)||(28559230-28559270)
chr5 (437-492)||(6013615-6013670)
chr5 (450-478)||(42991719-42991747)
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (18-492)||(20056565-20057041)
chr8 (18-492)||(42667494-42667970)
chr8 (18-481)||(45215523-45215986)
chr8 (222-425)||(22969539-22969746)
chr8 (22-125)||(20056986-20057090)
chr8 (22-125)||(42667445-42667549)
chr8 (40-133)||(22970226-22970320)
chr8 (22-113)||(45215463-45215555)
chr8 (437-492)||(20056618-20056673)
chr8 (437-492)||(45215878-45215933)
chr8 (437-481)||(22970234-22970278)
chr8 (437-492)||(42667862-42667917)
chr8 (188-222)||(22969065-22969099)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (18-477)||(40487902-40488363)
chr4 (25-125)||(40488323-40488424)
chr4 (437-492)||(40487955-40488010)
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (18-492)||(39641238-39641713)
chr2 (18-492)||(42847419-42847875)
chr2 (25-125)||(39641658-39641759)
chr2 (22-125)||(42847370-42847474)
chr2 (437-521)||(42847767-42847852)
chr2 (437-486)||(39641297-39641346)
[»] chr3 (12 HSPs)
chr3 (18-477)||(52288015-52288461)
chr3 (222-431)||(3381766-3381970)
chr3 (21-133)||(3377026-3377139)
chr3 (18-133)||(53583840-53583956)
chr3 (67-133)||(3382456-3382522)
chr3 (437-492)||(52288353-52288408)
chr3 (10-57)||(26976363-26976410)
chr3 (188-222)||(3381501-3381535)
chr3 (21-98)||(45131437-45131515)
chr3 (25-58)||(3382503-3382536)
chr3 (444-485)||(53583900-53583941)
chr3 (85-125)||(52288015-52288055)
[»] scaffold0246 (2 HSPs)
scaffold0246 (18-328)||(25841-26152)
scaffold0246 (437-492)||(25894-25949)
[»] chr6 (20 HSPs)
chr6 (222-431)||(22973483-22973690)
chr6 (222-431)||(23814709-23814916)
chr6 (222-431)||(5238191-5238392)
chr6 (22-222)||(12341097-12341299)
chr6 (22-187)||(22972877-22973041)
chr6 (22-187)||(23815358-23815522)
chr6 (20-124)||(12340789-12340894)
chr6 (38-222)||(23814300-23814487)
chr6 (18-132)||(5238885-5239000)
chr6 (38-222)||(22973912-22974100)
chr6 (437-492)||(22974012-22974067)
chr6 (437-492)||(23814333-23814388)
chr6 (437-477)||(12341195-12341235)
chr6 (67-133)||(5195674-5195741)
chr6 (437-492)||(22972925-22972980)
chr6 (437-492)||(23815419-23815474)
chr6 (21-56)||(5195656-5195691)
chr6 (188-222)||(5237926-5237960)
chr6 (21-94)||(10356527-10356601)
chr6 (438-492)||(12340840-12340894)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (225-317)||(23163410-23163502)
chr7 (222-298)||(28018073-28018149)
chr7 (10-94)||(11975706-11975791)
chr7 (22-58)||(27576633-27576669)
[»] scaffold0279 (1 HSPs)
scaffold0279 (22-58)||(1237-1273)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 357; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 357; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 492
Target Start/End: Original strand, 7932762 - 7933236
Alignment:
Q  20 gggtcctttatgtttgacgtttgtaacagataggtcctt-aagtttgttttgtaacagataggtcttttaactttgtaacagtgtacaactaagtcattc 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||    
T  7932762 gggtcctttatgtttgacgtttgtaacagataggtcctttaagtttgttttgtaacagataggtcctttaactttgtaacagtatacaactaagtccttc 7932861  T
Q  119 cgttaactcaccgtcnnnnnnncgctgacgtgactgtgaagtctgtgatgtggcatgcaaaaggcaaaaacatgttattaattggaaaatgttataatta 218  Q
    |||||||||||||||       ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  7932862 cgttaactcaccgtcaaaaaaacgctgacgtgactctgaagtctgtgatgtggcatgcaaaaggcaaaaacatgttattaattggaaaatgttatgatta 7932961  T
Q  219 tttttgaagattgctgatgtaactagcatgttgttggctttagcttgtgttattgcaacaataagcttgatatttaatcaagtaaagtgaacaatccttg 318  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  7932962 tttttgaagattgctgatgtaacttgcatgttgttggctttaacttgtgttattgcaacaataagcttgatatttattcaagtaaagtgaacaatccttg 7933061  T
Q  319 taacatgttg-nnnnnnnagtttaatttaagcatgcaatcatgttagacgatcaaacattgttgagtgtaacattaatgtaatgtgttaagtgttttctt 417  Q
    ||||||||||        |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  7933062 taacatgttgttttttttagtttaatttaagcgtgcaatcatgttagacgatgaaacattgttgagtgtaacattaatgtaatgtgttaagtgttttgtt 7933161  T
Q  418 ttaagaaaataaattgtttgttaacggaaggacttagttgcacagtgttacaaagttaaaggacttatcagttac 492  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  7933162 ttaagaaaataaatgttttgttaacggaaggacttagttgcacagtgttacaaagttaaaggacctatctgttac 7933236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 340; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 492
Target Start/End: Original strand, 6013566 - 6014039
Alignment:
Q  22 gtcctttatgtttgacgtttgtaacagataggtcctt-aagtttgttttgtaacagataggtcttttaactttgtaacagtgtacaactaagtcattccg 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||    
T  6013566 gtcctttatgtttgacgtttgtaacagataggtcctttaagtttgttttgtaacagataggtcctttaactttgtaatagtatacaactaagtccttccg 6013665  T
Q  121 ttaactcaccgtcnnnnnnncgctgacgtgactgtgaagtctgtgatgtggcatgcaaaaggcaaaaacatgttattaattggaaaatgttataattatt 220  Q
    |||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||    
T  6013666 ttaactcaccgtcaaaaaaacgctgacgtgactgtgaagtctgtgatgtggcatgcaaaaggcaaaaacatgttattaattgaaaaatattatgattatt 6013765  T
Q  221 tttgaagattgctgatgtaactagcatgttgttggctttagcttgtgttattgcaacaataagcttgatatttaatcaagtaaagtgaacaatccttgta 320  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  6013766 tttgaagattgctgatgtaacttgcatgttgttggctttaacttgtgttattgcaacaataaacttgatatttattcaagtaaagtgaacaatccttgta 6013865  T
Q  321 acatgttg-nnnnnnnagtttaa-tttaagcatgcaatcatgttagacgatcaaacattgttgagtgtaacattaatgtaatgtgttaagtgttttcttt 418  Q
    ||||||||        ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  6013866 acatgttgttttttttagtttaattttaagcgtgcaatcatgttagacgatgaaacattgttgagtgtaacattaatgtaatgtgttaagtgttttgttt 6013965  T
Q  419 taagaaaataaattgtttgttaacggaaggacttagttgcacagtgttacaaagttaaaggacttatcagttac 492  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  6013966 taagaaaataaatgttttgttaacggaaggacttagttgcacagtgttacaaagttaaaggacttatctgttac 6014039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 22 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 7933285 - 7933181
Alignment:
Q  22 gtcctttatgtttgacgtttgtaacagataggtcctt-aagtttgttttgtaacagataggtcttttaactttgtaacagtgtacaactaagtcattccg 120  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||    
T  7933285 gtcctttaagtttgacgtttgtaacagataggtcatttaagtttgttttgtaacagataggtcctttaactttgtaacactgtgcaactaagtccttccg 7933186  T
Q  121 ttaac 125  Q
    |||||    
T  7933185 ttaac 7933181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 22 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 6014087 - 6013984
Alignment:
Q  22 gtcctttatgtttgacgtttgtaacagataggtcctt-aagtttgttttgtaacagataggtcttttaactttgtaacagtgtacaactaagtcattccg 120  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||    
T  6014087 gtcctttaagtttgac-tttgtaacagataggtcctttaagtttgttttgtaacagataagtcctttaactttgtaacactgtgcaactaagtccttccg 6013989  T
Q  121 ttaac 125  Q
    |||||    
T  6013988 ttaac 6013984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 21 - 112
Target Start/End: Original strand, 42991656 - 42991747
Alignment:
Q  21 ggtcctttatgtttgacgtttgtaacagataggtcc-ttaagtttgttttgtaacagataggtcttttaactttgtaacagtgtacaactaag 112  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  42991656 ggtcctttaagtttgacgtttgtaacagatatgtcctttaagtttgttttgtaacagatagatc-tttaactttgtaacactgtgcaactaag 42991747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 437 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 7932868 - 7932813
Alignment:
Q  437 gttaacggaaggacttagttgcacagtgttacaaagttaaaggacttatcagttac 492  Q
    ||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  7932868 gttaacggaaggacttagttgtatactgttacaaagttaaaggacctatctgttac 7932813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 18 - 58
Target Start/End: Original strand, 28559230 - 28559270
Alignment:
Q  18 acgggtcctttatgtttgacgtttgtaacagataggtcctt 58  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  28559230 acgggtcctttaagtttgacgtttgtaacagattggtcctt 28559270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 437 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 6013670 - 6013615
Alignment:
Q  437 gttaacggaaggacttagttgcacagtgttacaaagttaaaggacttatcagttac 492  Q
    ||||||||||||||||||||| | | | ||||||||||||||||| |||| |||||    
T  6013670 gttaacggaaggacttagttgtatactattacaaagttaaaggacctatctgttac 6013615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 450 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 42991747 - 42991719
Alignment:
Q  450 cttagttgcacagtgttacaaagttaaag 478  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  42991747 cttagttgcacagtgttacaaagttaaag 42991719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 355; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 355; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 492
Target Start/End: Original strand, 20056565 - 20057041
Alignment:
Q  18 acgggtcctttatgtttgacgtttgtaacagataggtcctt-aagtttgttttgtaacagataggtcttttaactttgtaacagtgtacaactaagtcat 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |    
T  20056565 acgggtcctttatgtttgacgtttgtaacagataggtcctttaagtttgttttgtaacagataggtcctttaactttgtaacagtatacaactaagtcct 20056664  T
Q  117 tccgttaactcaccgtcnnnnnnncgctgacgtgactgtgaagtctgtgatgtggcatgcaaaaggcaaaaacatgttattaattggaaaatgttataat 216  Q
    |||||||||||||||||       |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  20056665 tccgttaactcaccgtcaaaaaaacgctgacgtggctgtgaagtctgtgatgtggcatgcaaaaggcaaaaacatgttattaattggaaaatgttatgat 20056764  T
Q  217 tatttttgaagattgctgatgtaactagcatgttgttggctttagcttgtgttattgcaacaataagcttgatatttaatcaagtaaagtgaacaatcct 316  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  20056765 tatttttgaagattgctaatgtaacttgcatgttgttggctttaacttatgttattgcaacaataagcttgatatttaatcaagtaaagtgaataatcct 20056864  T
Q  317 tgtaacatgttg-nnnnnnnagtttaatttaagcatgcaatcatgttagacgatcaaacattgttgagtgtaacattaatgtaatgtgttaagtgttttc 415  Q
    ||||||||||||        |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  20056865 tgtaacatgttgttttttttagtttaatttaagcgtgcaatcatgttagacgatgaaacattgttgagtgtaacattaatgtaatgtgttaagtgttttg 20056964  T
Q  416 ttttaagaaaataaattgtttgttaacggaaggacttagttgcacagtgttacaaagttaaaggacttatcagttac 492  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  20056965 ttttaagaaaataaatattttgttaacggaaggacttagttgcacagtgttacaaagttaaaggacttatctgttac 20057041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 355; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 42667970 - 42667494
Alignment:
Q  18 acgggtcctttatgtttgacgtttgtaacagataggtcctt-aagtttgttttgtaacagataggtcttttaactttgtaacagtgtacaactaagtcat 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |    
T  42667970 acgggtcctttatgtttgacgtttgtaacagataggtcctttaagtttgttttgtaacagataggtcatttaactttgtaacagtatacaactaagtcct 42667871  T
Q  117 tccgttaactcaccgtcnnnnnnncgctgacgtgactgtgaagtctgtgatgtggcatgcaaaaggcaaaaacatgttattaattggaaaatgttataat 216  Q
    |||||||||||||||||       |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  42667870 tccgttaactcaccgtcaaaaaaacgctgacgtagctgtgaagtctgtgatgtggcatgcaaaaggcaaaaacatgttattaattggaaaatgttatgat 42667771  T
Q  217 tatttttgaagattgctgatgtaactagcatgttgttggctttagcttgtgttattgcaacaataagcttgatatttaatcaagtaaagtgaacaatcct 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  42667770 tatttttgaagattgctgatgtaacttgcatgttgttggctttaacttgtgttattgcaacaataagcttgatatttaatcaagtaaagtgaataatcct 42667671  T
Q  317 tgtaacatgttg-nnnnnnnagtttaatttaagcatgcaatcatgttagacgatcaaacattgttgagtgtaacattaatgtaatgtgttaagtgttttc 415  Q
    ||||||||||||        |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  42667670 tgtaacatgttgttttttttagtttaatttaagcgtgcaatcatgttagacgatgaaacattgttgagtgtaacattaatgtaatgtgttaagtgttttg 42667571  T
Q  416 ttttaagaaaataaattgtttgttaacggaaggacttagttgcacagtgttacaaagttaaaggacttatcagttac 492  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  42667570 ttttaagaaaataaatgttttgttaacggaaggacttagttgcacagtgttacaaagttaaaggacatatctgttac 42667494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 323; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 45215986 - 45215523
Alignment:
Q  18 acgggtcctttatgtttgacgtttgtaacagataggtcctt-aagtttgttttgtaacagataggtcttttaactttgtaacagtgtacaactaagtcat 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  45215986 acgggtcctttatgtttgacgtttgtaacagatgggtcctttaagtttgttttgtaacagataggtcctttaactttgtaacagtgtacgactaagtcct 45215887  T
Q  117 tccgttaactcaccgtcnnnnnnncgctgacgtgactgtgaagtctgtgatgtggcatgcaaaaggcaaaaacatgttattaattggaaaatgttataat 216  Q
    |||||||||||||||||       | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  45215886 tccgttaactcaccgtcaaaaaaacactgacgtggctgtgaagtctgtgatgtggcatgcaaaaggcaaaaacatgttattaattggaaaatgttatgat 45215787  T
Q  217 tatttttgaagattgctgatgtaactagcatgttgttggctttagcttgtgttattgcaacaataagcttgatatttaatcaagtaaagtgaacaatcct 316  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45215786 tatttttgaagattgctcatgtaacttgcatgttgttggctttaacttgtgttattgcaacaataaatttgatatttaatcaagtaaagtgaacaatcct 45215687  T
Q  317 tgtaacatgttgnnnnnnnagtttaatttaagcatgcaatcatgttagacgatcaaacattgttgagtgtaacattaatgtaatgtgttaagtgttttct 416  Q
    ||||||||||||       |||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  45215686 tgtaacatgttgtttttttagtttaatttaagcgtgcaatcatattaaacgatcaaacattgttgagtgtaacattaatgtaatgtgttaagtgttttgt 45215587  T
Q  417 tttaagaaaataaattgtttgttaacggaaggacttagttgcacagtgttacaaagttaaaggac 481  Q
    ||||| |||||||||  |||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  45215586 tttaa-aaaataaatgttttgttaatggaagaacttagttgcacaatgttacaaagttaaaggac 45215523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 222 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 22969746 - 22969539
Alignment:
Q  222 ttgaagattgctgatgtaactagcatgttgttggctttagcttgtgttattgcaacaataagcttgatatttaatcaagtaaagtgaacaatccttgtaa 321  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22969746 ttgaagattgctgatgtaacttgcatgttgctggctttaacatgtgttattgcaacaataagtttgatatttaatcaagtaaagtgaacaatccttgtaa 22969647  T
Q  322 catg-----ttgnnnnnnnagtttaatttaagcatgcaatcatgttagacgatcaaacattgttgagtgtaacattaatgtaatgtgttaagtgttttct 416  Q
    ||||     ||        |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  22969646 catgtttttttttttttttagtttaatttaagcgtgcaatcatgttaaacgatcaaacattgttgagtgtaacattaatgtaatgtgtt-agtgttttgt 22969548  T
Q  417 tttaagaaa 425  Q
    |||||||||    
T  22969547 tttaagaaa 22969539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 22 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 20057090 - 20056986
Alignment:
Q  22 gtcctttatgtttgacgtttgtaacagataggtcctt-aagtttgttttgtaacagataggtcttttaactttgtaacagtgtacaactaagtcattccg 120  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||    
T  20057090 gtcctttaagtttgacgtttgtaacagataggtcctttaagtttgttttgtaacagataagtcctttaactttgtaacactgtgcaactaagtccttccg 20056991  T
Q  121 ttaac 125  Q
    |||||    
T  20056990 ttaac 20056986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 22 - 125
Target Start/End: Original strand, 42667445 - 42667549
Alignment:
Q  22 gtcctttatgtttgacgtttgtaacagataggtcctt-aagtttgttttgtaacagataggtcttttaactttgtaacagtgtacaactaagtcattccg 120  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||    
T  42667445 gtcctttaagtttgacgtttgtaacagataggtcctttaagtttgttttgtaacagatatgtcctttaactttgtaacactgtgcaactaagtccttccg 42667544  T
Q  121 ttaac 125  Q
    |||||    
T  42667545 ttaac 42667549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 40 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 22970320 - 22970226
Alignment:
Q  40 ttgtaacagataggtcctt-aagtttgttttgtaacagataggtcttttaactttgtaacagtgtacaactaagtcattccgttaactcaccgtc 133  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||    
T  22970320 ttgtaacagataggtcctttaagtttgttttgtaacaaatatgtcctttaactttgtaacagtgtacaaataagtccttccgttaactcatcgtc 22970226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 22 - 113
Target Start/End: Original strand, 45215463 - 45215555
Alignment:
Q  22 gtcctttatgtttgacgtttgtaacagataggtcctt-aagtttgttttgtaacagataggtcttttaactttgtaacagtgtacaactaagt 113  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  45215463 gtcctttaagtttgacgtttgtaatagataggtcatttaagtttgttttgtaacatataggtcctttaactttgtaacattgtgcaactaagt 45215555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 437 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 20056673 - 20056618
Alignment:
Q  437 gttaacggaaggacttagttgcacagtgttacaaagttaaaggacttatcagttac 492  Q
    ||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  20056673 gttaacggaaggacttagttgtatactgttacaaagttaaaggacctatctgttac 20056618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 437 - 492
Target Start/End: Original strand, 45215878 - 45215933
Alignment:
Q  437 gttaacggaaggacttagttgcacagtgttacaaagttaaaggacttatcagttac 492  Q
    ||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  45215878 gttaacggaaggacttagtcgtacactgttacaaagttaaaggacctatctgttac 45215933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 437 - 481
Target Start/End: Original strand, 22970234 - 22970278
Alignment:
Q  437 gttaacggaaggacttagttgcacagtgttacaaagttaaaggac 481  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||||    
T  22970234 gttaacggaaggacttatttgtacactgttacaaagttaaaggac 22970278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 437 - 492
Target Start/End: Original strand, 42667862 - 42667917
Alignment:
Q  437 gttaacggaaggacttagttgcacagtgttacaaagttaaaggacttatcagttac 492  Q
    ||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||| ||| |||| |||||    
T  42667862 gttaacggaaggacttagttgtatactgttacaaagttaaatgacctatctgttac 42667917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 188 - 222
Target Start/End: Original strand, 22969065 - 22969099
Alignment:
Q  188 acatgttattaattggaaaatgttataattatttt 222  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  22969065 acatgttattaattggaaaatgttatgattatttt 22969099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 348; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 348; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 477
Target Start/End: Original strand, 40487902 - 40488363
Alignment:
Q  18 acgggtcctttatgtttgacgtttgtaacagataggtcctt-aagtttgttttgtaacagataggtcttttaactttgtaacagtgtacaactaagtcat 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  40487902 acgggtcctttatgtttgacgtttgtaacagataggtcctttaagtttgttttgtaacagataggtcctttaactttgtaacagtgtacaactaagtctt 40488001  T
Q  117 tccgttaactcaccgtcnnnnnnncgctgacgtgactgtgaagtctgtgatgtggcatgcaaaaggcaaaaacatgttattaattggaaaatgttataat 216  Q
    |||||||||||||||||        |||||||||  |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  40488002 tccgttaactcaccgtcaaaaaaatgctgacgtggttgtggagtctgtgacgtggcatgcaaaaggcaaaaacatgttattaattggaaaatgttatgat 40488101  T
Q  217 tatttttgaagattgctgatgtaactagcatgttgttggctttagcttgtgttattgcaacaataagcttgatatttaatcaagtaaagtgaacaatcct 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40488102 tatttttgaagattgctgatgtaacttgcatgttgttggctttaacttgtgttattgcaacaataagcttgatatttaatcaagtaaagtgaacaatcct 40488201  T
Q  317 tgtaacatgttg-nnnnnnnagtttaatttaagcatgcaatcatgttagacgatcaaacattgttgagtgtaacattaatgtaatgtgttaagtgttttc 415  Q
    ||||||||||||        |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  40488202 tgtaacatgttgttttttttagtttaatttaagcgtgcaatcatgttagacgatcaaacattgttgagtgtaacattaatgtaatgtgttaagtgttttg 40488301  T
Q  416 ttttaagaaaataaattgtttgttaacggaaggacttagttgcacagtgttacaaagttaaa 477  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40488302 ttttaagaaaataaatgttttgttaacggaaggacttagttgcacagtgttacaaagttaaa 40488363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 25 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 40488424 - 40488323
Alignment:
Q  25 ctttatgtttgacgtttgtaacagataggtcctt-aagtttgttttgtaacagataggtcttttaactttgtaacagtgtacaactaagtcattccgtta 123  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||    
T  40488424 ctttaagtttgacgtttgtaacaaataggtcctttaagtttgttttgtaacaaatatgtcatttaactttgtaacactgtgcaactaagtccttccgtta 40488325  T
Q  124 ac 125  Q
    ||    
T  40488324 ac 40488323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 437 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 40488010 - 40487955
Alignment:
Q  437 gttaacggaaggacttagttgcacagtgttacaaagttaaaggacttatcagttac 492  Q
    |||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  40488010 gttaacggaaagacttagttgtacactgttacaaagttaaaggacctatctgttac 40487955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 335; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 492
Target Start/End: Original strand, 39641238 - 39641713
Alignment:
Q  18 acgggtcctttatgtttgacgtttgtaacagataggtcctt-aagtttgttttgtaacagataggtcttttaactttgtaacagtgtacaactaagtcat 116  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |    
T  39641238 acgggtcctttatgtttgacatttgtaacagataggtcctttaagtttgttttgtaagagataggtcctttaactttgtaacagtatacaactaagtcct 39641337  T
Q  117 tccgttaactcaccgtcnnnnnnncgctgacgtgactgtgaagtctgtgatgtggcatgcaaaaggcaaaaacatgttattaattggaaaatgttataat 216  Q
    |||||||||||| ||||       |||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  39641338 tccgttaactcagcgtcaaaaaaacgctgacgtggctatgaagtctgtgatgtggcatgcaaaaggcaaaaacatgttattaattggaaaatgttatgat 39641437  T
Q  217 tatttttgaagattgctgatgtaactagcatgttgttggctttagcttgtgttattgcaacaataagcttgatatttaatcaagtaaagtgaacaatcct 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  39641438 tatttttgaagattgctgatgtaacttgcatgttgttggctttaacttgtgttattgcaacaataagcttgatatttaatcaagtaaagtgaataatcct 39641537  T
Q  317 tgtaacatgttg-nnnnnnnagtttaatttaagcatgcaatcatgttagacgatcaaacattgttgagtgtaacattaatgtaatgtgttaagtgttttc 415  Q
    ||||||||||||        |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  39641538 tgtaacatgttgttttttttagtttaatttaagcgtgcaatcatgttagacgatgaaacattgttgagtgtaacattaatgtaatgtgttaagtgtttt- 39641636  T
Q  416 ttttaagaaaataaattgtttgttaacggaaggacttagttgcacagtgttacaaagttaaaggacttatcagttac 492  Q
     |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  39641637 gtttaagaaaataaatgttttgttaacggaaggacttagttgcacagtgttacaaagttaaaggacctatctgttac 39641713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 290; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 18 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 42847875 - 42847419
Alignment:
Q  18 acgggtcctttatgtttgacgtttgtaacagataggtcctt-aagtttgttttgtaacagataggtcttttaactttgtaacagtgtacaactaagtcat 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  42847875 acgggtcctttatgtttgacgtttgtaacagataggtcttttaagtttgttttgtaacagataggtcctttaactttgtaacagtgtacaactaagtcct 42847776  T
Q  117 tccgttaactcaccgtcnnnnnnncgctgacgtgactgtgaagtctgtgatgtggcatgcaaaaggcaaaaacatgttattaattggaaaatgttataat 216  Q
    |||||||||||||||||       |||||||||                    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  42847775 tccgttaactcaccgtcaaaaaaacgctgacgt--------------------ggcatgcaaaaggcaaaaacatgttattaattggaaaatgttatgat 42847696  T
Q  217 tatttttgaagattgctgatgtaactagcatgttgttggctttagcttgtgttattgcaacaataagcttgatatttaatcaagtaaagtgaacaatcct 316  Q
    |||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42847695 tatttttgaaaattgttgatgtaacttgcatgttgttggctttaacttgtgttattgcaacaataagcttgatatttaatcaagtaaagtgaacaatcct 42847596  T
Q  317 tgtaacatg-ttgnnnnnnnagtttaatttaagcatgcaatcatgttagacgatcaaacattgttgagtgtaacattaatgtaatgtgttaagtgttttc 415  Q
    | ||||||| ||        |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  42847595 tataacatgtttttttttttagtttaatttaagcgtgcaatcatgttagacgatcaaacattgttgagtgtaacattaatgtaatgtgttaagtgttttg 42847496  T
Q  416 ttttaagaaaataaattgtttgttaacggaaggacttagttgcacagtgttacaaagttaaaggacttatcagttac 492  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  42847495 ttttaagaaaataaatgttttgttaacggaaggacttagttgcacagtgttacaaagttaaaggacctatctgttac 42847419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 25 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 39641759 - 39641658
Alignment:
Q  25 ctttatgtttgacgtttgtaacagataggtcctt-aagtttgttttgtaacagataggtcttttaactttgtaacagtgtacaactaagtcattccgtta 123  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||    
T  39641759 ctttaagtttgacgtttgtaacagataggtcctttaagtttgttttgtaacagataggtcctttaactttgtaacactgtgcaactaagtccttccgtta 39641660  T
Q  124 ac 125  Q
    ||    
T  39641659 ac 39641658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 22 - 125
Target Start/End: Original strand, 42847370 - 42847474
Alignment:
Q  22 gtcctttatgtttgacgtttgtaacagataggtcctt-aagtttgttttgtaacagataggtcttttaactttgtaacagtgtacaactaagtcattccg 120  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||    
T  42847370 gtcctttaagtttgacgtttgtaacagatagatcttttaagtttgttttgtaacagataggtcctttaactttgtaacactgtgcaactaagtccttccg 42847469  T
Q  121 ttaac 125  Q
    |||||    
T  42847470 ttaac 42847474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 437 - 521
Target Start/End: Original strand, 42847767 - 42847852
Alignment:
Q  437 gttaacggaaggacttagttgcacagtgttacaaagttaaaggacttatcagttac-nnnnnnncttaaaagacctatctgttaca 521  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||| |||||        ||||||||||||||||||||||    
T  42847767 gttaacggaaggacttagttgtacactgttacaaagttaaaggacctatctgttacaaaacaaacttaaaagacctatctgttaca 42847852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 437 - 486
Target Start/End: Complemental strand, 39641346 - 39641297
Alignment:
Q  437 gttaacggaaggacttagttgcacagtgttacaaagttaaaggacttatc 486  Q
    ||||||||||||||||||||| | | ||||||||||||||||||| ||||    
T  39641346 gttaacggaaggacttagttgtatactgttacaaagttaaaggacctatc 39641297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 297; Significance: 1e-167; HSPs: 12)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 297; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 18 - 477
Target Start/End: Complemental strand, 52288461 - 52288015
Alignment:
Q  18 acgggtcctttatgtttgacgtttgtaacagataggtcctt-aagtttgttttgtaacagataggtcttttaactttgtaacagtgtacaactaagtcat 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  52288461 acgggtcctttatgtttgacgtttgtaacagataggtcctttaagtttgttttgtaacagataggtcctttaactttgtaacagtgtacaactaagtcct 52288362  T
Q  117 tccgttaactcaccgtcnnnnnnncgctgacgtgactgtgaagtctgtgatgtggcatgcaaaaggcaaaaacatgttattaattggaaaatgttataat 216  Q
    |||||||||||||||||       ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  52288361 tccgttaactcaccgtcaaaaaaacgctgacgtggttgtgaagtctgtgatgtggcatgc-caaggcaaaaacatattattaattggaaaatgttatgat 52288263  T
Q  217 tatttttgaagattgctgatgtaactagcatgttgttggctttagcttgtgttattgcaacaataagcttgatatttaatcaagtaaagtgaacaatcct 316  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||              ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52288262 tatttttgaagattgttgatgtaacttgcatgttgttggc--------------ttgcaacaataagcttgatatttaatcaagtaaagtgaacaatcct 52288177  T
Q  317 tgtaacatgttg-nnnnnnnagtttaatttaagcatgcaatcatgttagacgatcaaacattgttgagtgtaacattaatgtaatgtgttaagtgttttc 415  Q
    ||||||||||||        |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  52288176 tgtaacatgttgttttttttagtttaatttaagcgtgcaatcatgttagacgatcaaacattgttgagtgtaacattaatgtaatgtgttaagtgttttg 52288077  T
Q  416 ttttaagaaaataaattgtttgttaacggaaggacttagttgcacagtgttacaaagttaaa 477  Q
    ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52288076 ttttaagaaaataaatgttttgttaacggaaggacttagttgcacagtgttacaaagttaaa 52288015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 222 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 3381970 - 3381766
Alignment:
Q  222 ttgaagattgctgatgtaactagcatgttgttggctttagcttgtgttattgcaacaataagcttgatatttaatcaagta---aagtgaacaatccttg 318  Q
    ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||    
T  3381970 ttgaagattgctgatgtaacttgtatgttgttggctttaacttgtgttattgcaacaataagcttgatatttaatcaagtaattaagtgaacaatccttg 3381871  T
Q  319 taacatgttgnnnnnnnagtttaatttaagcatgcaatcatgttagacgatcaaacattgttgagtgtaacattaatgtaatgtgttaagtgttttcttt 418  Q
    |||||||||        |||||||||||||| |      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  3381870 taacatgtt--ttttttagtttaatttaagcgt------atgttagacgatcaaacattgttgaatgtaacattaatgtagtgtgttaagtgttttgttt 3381779  T
Q  419 taagaaaataaat 431  Q
    |||||||||||||    
T  3381778 taagaaaataaat 3381766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 21 - 133
Target Start/End: Original strand, 3377026 - 3377139
Alignment:
Q  21 ggtcctttatgtttgacgtttgtaacagataggtcctt-aagtttgttttgtaacagataggtcttttaactttgtaacagtgtacaactaagtcattcc 119  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| | |||||||||    
T  3377026 ggtcctttaagtttgacgtttgtaacagataggtcctttaagtttgttttgtaacagataggtcctttaactttgtaaaagtgtacaatttagtcattcc 3377125  T
Q  120 gttaactcaccgtc 133  Q
    |||||| |||||||    
T  3377126 gttaacccaccgtc 3377139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 18 - 133
Target Start/End: Original strand, 53583840 - 53583956
Alignment:
Q  18 acgggtcctttatgtttgacgtttgtaacagataggtcctt-aagtttgttttgtaacagataggtcttttaactttgtaacagtgtacaactaagtcat 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||| ||| ||||| |||||||||| |    
T  53583840 acgggtcctttatgtttgacgtttgtaacatataggtcatttaagtttgttttgtaacaaataagtcctttaactttataatagtgtgcaactaagtcct 53583939  T
Q  117 tccgttaactcaccgtc 133  Q
    ||  |||||||||||||    
T  53583940 tctattaactcaccgtc 53583956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 67 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 3382522 - 3382456
Alignment:
Q  67 tttgtaacagataggtcttttaactttgtaacagtgtacaactaagtcattccgttaactcaccgtc 133  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | || | ||||||||||||||||||    
T  3382522 tttgtaacagataggtcctttaactttgtaacagtgtacaatttagcccttccgttaactcaccgtc 3382456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 437 - 492
Target Start/End: Original strand, 52288353 - 52288408
Alignment:
Q  437 gttaacggaaggacttagttgcacagtgttacaaagttaaaggacttatcagttac 492  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  52288353 gttaacggaaggacttagttgtacactgttacaaagttaaaggacctatctgttac 52288408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 10 - 57
Target Start/End: Original strand, 26976363 - 26976410
Alignment:
Q  10 attatactacgggtcctttatgtttgacgtttgtaacagataggtcct 57  Q
    |||||||||  ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  26976363 attatactagaggtcctttaagtttgaggtttgtaacagataggtcct 26976410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 188 - 222
Target Start/End: Original strand, 3381501 - 3381535
Alignment:
Q  188 acatgttattaattggaaaatgttataattatttt 222  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  3381501 acatgttattaattggaaaatgttatgattatttt 3381535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 21 - 98
Target Start/End: Original strand, 45131437 - 45131515
Alignment:
Q  21 ggtcctttatgtttgacgtttgtaacagataggtc-cttaagtttgttttgtaacagataggtcttttaactttgtaac 98  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||| | ||  |||||||  |||||||||| ||| ||||||||| ||||||||    
T  45131437 ggtcctttaagtttgaggtttgtaacagattgatcatttaagttatttttgtaacatataagtcttttaagtttgtaac 45131515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 25 - 58
Target Start/End: Complemental strand, 3382536 - 3382503
Alignment:
Q  25 ctttatgtttgacgtttgtaacagataggtcctt 58  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  3382536 ctttaagtttgacgtttgtaacagataggtcctt 3382503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 444 - 485
Target Start/End: Complemental strand, 53583941 - 53583900
Alignment:
Q  444 gaaggacttagttgcacagtgttacaaagttaaaggacttat 485  Q
    |||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||    
T  53583941 gaaggacttagttgcacactattataaagttaaaggacttat 53583900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 85 - 125
Target Start/End: Original strand, 52288015 - 52288055
Alignment:
Q  85 tttaactttgtaacagtgtacaactaagtcattccgttaac 125  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||    
T  52288015 tttaactttgtaacactgtgcaactaagtccttccgttaac 52288055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0246 (Bit Score: 243; Significance: 1e-134; HSPs: 2)
Name: scaffold0246
Description:

Target: scaffold0246; HSP #1
Raw Score: 243; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 18 - 328
Target Start/End: Original strand, 25841 - 26152
Alignment:
Q  18 acgggtcctttatgtttgacgtttgtaacagataggtcctt-aagtttgttttgtaacagataggtcttttaactttgtaacagtgtacaactaagtcat 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  25841 acgggtcctttatgtttgacgtttgtaacagataggtcctttaagtttgttttgtaacagataggtcctttaactttgtaacagtgtacaactaagtctt 25940  T
Q  117 tccgttaactcaccgtcnnnnnnncgctgacgtgactgtgaagtctgtgatgtggcatgcaaaaggcaaaaacatgttattaattggaaaatgttataat 216  Q
    |||||||||||||||||        |||||||||  |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  25941 tccgttaactcaccgtcaaaaaaatgctgacgtggttgtggagtctgtgacgtggcatgcaaaaggcaaaaacatgttattaattggaaaatgttatgat 26040  T
Q  217 tatttttgaagattgctgatgtaactagcatgttgttggctttagcttgtgttattgcaacaataagcttgatatttaatcaagtaaagtgaacaatcct 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26041 tatttttgaagattgctgatgtaacttgcatgttgttggctttaacttgtgttattgcaacaataagcttgatatttaatcaagtaaagtgaacaatcct 26140  T
Q  317 tgtaacatgttg 328  Q
    ||||||||||||    
T  26141 tgtaacatgttg 26152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0246; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 437 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 25949 - 25894
Alignment:
Q  437 gttaacggaaggacttagttgcacagtgttacaaagttaaaggacttatcagttac 492  Q
    |||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  25949 gttaacggaaagacttagttgtacactgttacaaagttaaaggacctatctgttac 25894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 153; Significance: 8e-81; HSPs: 20)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 153; E-Value: 8e-81
Query Start/End: Original strand, 222 - 431
Target Start/End: Original strand, 22973483 - 22973690
Alignment:
Q  222 ttgaagattgctgatgtaactagcatgttgttggctttagcttgtgttattgcaacaataagcttgatatttaatcaagtaaagtgaacaatccttgtaa 321  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22973483 ttgaagattgctaatgtaacttgcatgttgttggctttaacttgtgttattgcaacaataagcttgatatttaatcaagtaaagtgaacaatccttgtaa 22973582  T
Q  322 catgttgnnnnnnnagtttaatttaagcatgcaatcatgttagacgatcaaacattgttgagtgtaacattaatgtaatgtgttaagtgttttcttttaa 421  Q
    ||| ||        |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  22973583 catatt--ttttttagtttaatttaagcgtgcaatcatgttagacgaccaaacattgttgagtgtaacattaatgtaatgtgttaagtgttttgttttaa 22973680  T
Q  422 gaaaataaat 431  Q
    ||||||||||    
T  22973681 gaaaataaat 22973690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 153; E-Value: 8e-81
Query Start/End: Original strand, 222 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 23814916 - 23814709
Alignment:
Q  222 ttgaagattgctgatgtaactagcatgttgttggctttagcttgtgttattgcaacaataagcttgatatttaatcaagtaaagtgaacaatccttgtaa 321  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23814916 ttgaagattgctaatgtaacttgcatgttgttggctttaacttgtgttattgcaacaataagcttgatatttaatcaagtaaagtgaacaatccttgtaa 23814817  T
Q  322 catgttgnnnnnnnagtttaatttaagcatgcaatcatgttagacgatcaaacattgttgagtgtaacattaatgtaatgtgttaagtgttttcttttaa 421  Q
    ||| ||        |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  23814816 catatt--ttttttagtttaatttaagcgtgcaatcatgttagacgaccaaacattgttgagtgtaacattaatgtaatgtgttaagtgttttgttttaa 23814719  T
Q  422 gaaaataaat 431  Q
    ||||||||||    
T  23814718 gaaaataaat 23814709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 222 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 5238392 - 5238191
Alignment:
Q  222 ttgaagattgctgatgtaactagcatgttgttggctttagcttgtgttattgcaacaataagcttgatatttaatcaagtaaagtgaacaatccttgtaa 321  Q
    |||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5238392 ttgaagattgttgatgtaacttgtatgttgttggctttaacttgtgttattgcaacaataagcttgatatttaatcaagtaaagtgaacaatccttgtaa 5238293  T
Q  322 catgttgnnnnnnnagtttaatttaagcatgcaatcatgttagacgatcaaacattgttgagtgtaacattaatgtaatgtgttaagtgttttcttttaa 421  Q
    ||||||        |||||||||||||| |      |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  5238292 catgtt--ttttttagtttaatttaagcgt------atgttaaacgatcaaacattgttgaatgtaacattaatgtaatgtgtaaagtgttttgttttaa 5238201  T
Q  422 gaaaataaat 431  Q
    ||||||||||    
T  5238200 gaaaataaat 5238191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 22 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 12341299 - 12341097
Alignment:
Q  22 gtcctttatgtttgacgtttgtaacagataggtcctt-aagtttgttttgtaacagataggtcttttaactttgtaacagtgtacaactaagtcattccg 120  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||| ||| |||||||||| |||||    
T  12341299 gtcctttaagtttgacgtttgtaacaaataggtcctttaagtttgttttgtaacaggtaggtcatttaacttcgtaacactgtgcaactaagtccttccg 12341200  T
Q  121 ttaactcaccgt-cnnnnnnncgctgacgtgactgtgaagtctgtgatgtggcatgcaaaaggcaaaaacatgttattaattggaaaatgttataattat 219  Q
    ||||||||||||         |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| |||||    
T  12341199 ttaactcaccgtaaaaaaaaacgctgacgtggctgtgaagtctgtgatgtggcatgcaaaaggcaaaaacatattattaattggaaaatattatgattat 12341100  T
Q  220 ttt 222  Q
    |||    
T  12341099 ttt 12341097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 101; E-Value: 8e-50
Query Start/End: Original strand, 22 - 187
Target Start/End: Original strand, 22972877 - 22973041
Alignment:
Q  22 gtcctttatgtttgacgtttgtaacagataggtccttaagtttgttttgtaacagataggtcttttaactttgtaacagtgtacaactaagtcattccgt 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  22972877 gtcctttatgtttgacgtttgtaacagatatgtctttaagtttgttttgtaacagataggtcatttaactttgtaacagtgtacaactaagtccttccgt 22972976  T
Q  122 taactcaccgtcnnnnnnncgctgacgtgactgtgaagtctgtgatgtggcatgcaaaaggcaaaa 187  Q
    ||||||||||||       |||| ||||  |||||||||||| | ||||||||||||||| |||||    
T  22972977 taactcaccgtcaaaaaaacgct-acgtagctgtgaagtctgcggtgtggcatgcaaaagacaaaa 22973041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 101; E-Value: 8e-50
Query Start/End: Original strand, 22 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 23815522 - 23815358
Alignment:
Q  22 gtcctttatgtttgacgtttgtaacagataggtccttaagtttgttttgtaacagataggtcttttaactttgtaacagtgtacaactaagtcattccgt 121  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  23815522 gtcctttatgtttgacgtttgtaacagatatgtctttaagtttgttttgtaacagataggtcatttaactttgtaacagtgtacaactaagtccttccgt 23815423  T
Q  122 taactcaccgtcnnnnnnncgctgacgtgactgtgaagtctgtgatgtggcatgcaaaaggcaaaa 187  Q
    ||||||||||||       |||| ||||  |||||||||||| | ||||||||||||||| |||||    
T  23815422 taactcaccgtcaaaaaaacgct-acgtagctgtgaagtctgcggtgtggcatgcaaaagacaaaa 23815358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 20 - 124
Target Start/End: Original strand, 12340789 - 12340894
Alignment:
Q  20 gggtcctttatgtttgacgtttgtaacagataggtcctt-aagtttgttttgtaacagataggtcttttaactttgtaacagtgtacaactaagtcattc 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||| |||    
T  12340789 gggtcctttatgtttgacgtttgtaacagataggtcctttaagtttgttttgtaacagataggtcctttaactttgtaaaagtgtacaaccaagtccttc 12340888  T
Q  119 cgttaa 124  Q
    ||||||    
T  12340889 cgttaa 12340894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 81; E-Value: 7e-38
Query Start/End: Original strand, 38 - 222
Target Start/End: Original strand, 23814300 - 23814487
Alignment:
Q  38 gtttgtaacagataggtcctt-aagtttgttttgtaacagataggtcttttaactttgtaacagtgtacaactaagtcattccgttaactcaccgt---- 132  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||| |||        
T  23814300 gtttgtaacatataggtcctttaagtttgtttcgtaacagataggtcctttaactttgtaacactgtgcaactaagtccttccgttaactcatcgtaaaa 23814399  T
Q  133 cnnnnnnncgctgacgtgactgtgaagtctgtgatgtggcatgcaaaaggcaaaaacatgttattaattggaaaatgttataattatttt 222  Q
            || |||||||  ||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  23814400 aaaaaaaacgttgacgtggttgtgaagtctgtgatgtggcatgc--gaggcaaaaacatgttattaattggaaaatgttatgattatttt 23814487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 18 - 132
Target Start/End: Complemental strand, 5239000 - 5238885
Alignment:
Q  18 acgggtcctttatgtttgacgtttgtaacagataggtcctt-aagtttgttttgtaacagataggtcttttaactttgtaacagtgtacaactaagtcat 116  Q
    ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | || | |    
T  5239000 acgggtcctttaaatttgacgtttgtaacagataggtcctttaagtttgttttgtaacagataggtcctttaactttgtaacagtgtacaatttagccct 5238901  T
Q  117 tccgttaactcaccgt 132  Q
    ||||||||||||||||    
T  5238900 tccgttaactcaccgt 5238885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 38 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 22974100 - 22973912
Alignment:
Q  38 gtttgtaacagataggtcctt-aagtttgttttgtaacagataggtcttttaactttgtaacagtgtacaactaagtcattccgttaactcaccgt---- 132  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||| |||        
T  22974100 gtttgtaacatataggtcctttaagtttgtttcgtaacagataggtcctttaactttgtaacactgtgcaactaagtccttccgttaactcatcgtaaaa 22974001  T
Q  133 -cnnnnnnncgctgacgtgactgtgaagtctgtgatgtggcatgcaaaaggcaaaaacatgttattaattggaaaatgttataattatttt 222  Q
             || |||||||  ||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  22974000 aaaaaaaaacgttgacgtggttgtgaagtctgtgatgtggcatgc--gaggcaaaaacatgttattaattggaaaatgttatgattatttt 22973912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 437 - 492
Target Start/End: Original strand, 22974012 - 22974067
Alignment:
Q  437 gttaacggaaggacttagttgcacagtgttacaaagttaaaggacttatcagttac 492  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  22974012 gttaacggaaggacttagttgcacagtgttacaaagttaaaggacctatctgttac 22974067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 437 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 23814388 - 23814333
Alignment:
Q  437 gttaacggaaggacttagttgcacagtgttacaaagttaaaggacttatcagttac 492  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  23814388 gttaacggaaggacttagttgcacagtgttacaaagttaaaggacctatctgttac 23814333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 437 - 477
Target Start/End: Original strand, 12341195 - 12341235
Alignment:
Q  437 gttaacggaaggacttagttgcacagtgttacaaagttaaa 477  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  12341195 gttaacggaaggacttagttgcacagtgttacgaagttaaa 12341235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 67 - 133
Target Start/End: Original strand, 5195674 - 5195741
Alignment:
Q  67 tttgtaacagataggtct-tttaactttgtaacagtgtacaactaagtcattccgttaactcaccgtc 133  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||| | |||| |||||||||| |||||||    
T  5195674 tttgtaacagataggtccctttaactttgtaaaagtgtacaatttagtccttccgttaacccaccgtc 5195741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 437 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 22972980 - 22972925
Alignment:
Q  437 gttaacggaaggacttagttgcacagtgttacaaagttaaaggacttatcagttac 492  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||| |||| |||||    
T  22972980 gttaacggaaggacttagttgtacactgttacaaagttaaatgacctatctgttac 22972925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 437 - 492
Target Start/End: Original strand, 23815419 - 23815474
Alignment:
Q  437 gttaacggaaggacttagttgcacagtgttacaaagttaaaggacttatcagttac 492  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||| |||| |||||    
T  23815419 gttaacggaaggacttagttgtacactgttacaaagttaaatgacctatctgttac 23815474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 21 - 56
Target Start/End: Original strand, 5195656 - 5195691
Alignment:
Q  21 ggtcctttatgtttgacgtttgtaacagataggtcc 56  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  5195656 ggtcctttaagtttgacgtttgtaacagataggtcc 5195691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 188 - 222
Target Start/End: Original strand, 5237926 - 5237960
Alignment:
Q  188 acatgttattaattggaaaatgttataattatttt 222  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  5237926 acatgttattaattggaaaatgttatgattatttt 5237960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 21 - 94
Target Start/End: Complemental strand, 10356601 - 10356527
Alignment:
Q  21 ggtcctttatgtttgacgtttgtaacagataggtccttaagtttgtttt-gtaacagataggtcttttaactttg 94  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| || || |||| |||||| ||| ||| ||||| ||||    
T  10356601 ggtcctttaagtttgacgtttgtaacagattggtcctttaggttattttggtaacacataagtcctttaagtttg 10356527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 438 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 12340894 - 12340840
Alignment:
Q  438 ttaacggaaggacttagttgcacagtgttacaaagttaaaggacttatcagttac 492  Q
    ||||||||||||||| |||| ||| | ||||||||||||||||| |||| |||||    
T  12340894 ttaacggaaggacttggttgtacacttttacaaagttaaaggacctatctgttac 12340840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000001; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 225 - 317
Target Start/End: Complemental strand, 23163502 - 23163410
Alignment:
Q  225 aagattgctgatgtaactagcatgttgttggctttagcttgtgttattgcaacaataagcttgatatttaatcaagtaaagtgaacaatcctt 317  Q
    ||||||| || ||||||| ||||| ||||||| |||  ||||| |||| ||||||||||||||||  ||| ||| ||||||||||||| ||||    
T  23163502 aagattgttgttgtaacttgcatgatgttggcattaatttgtgatattacaacaataagcttgattattattcatgtaaagtgaacaaacctt 23163410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 222 - 298
Target Start/End: Original strand, 28018073 - 28018149
Alignment:
Q  222 ttgaagattgctgatgtaactagcatgttgttggctttagcttgtgttattgcaacaataagcttgatatttaatca 298  Q
    |||||||||| || ||||||  |||||||||||||| ||  |||||||||  ||||||| | |||||||||||||||    
T  28018073 ttgaagattgttgttgtaacctgcatgttgttggctgtaatttgtgttatcacaacaatgaacttgatatttaatca 28018149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 10 - 94
Target Start/End: Complemental strand, 11975791 - 11975706
Alignment:
Q  10 attatactacgggtcctttatgtttgacgtttgtaacagataggtcctt-aagtttgttttgtaacagataggtcttttaactttg 94  Q
    |||||| || |||||||||| ||||||  |||| ||||||| ||||||| |||||  |||||||||||||| ||| ||||| ||||    
T  11975791 attatattaagggtcctttaagtttgagatttgaaacagattggtcctttaagttatttttgtaacagataagtcctttaagtttg 11975706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 22 - 58
Target Start/End: Complemental strand, 27576669 - 27576633
Alignment:
Q  22 gtcctttatgtttgacgtttgtaacagataggtcctt 58  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  27576669 gtcctttaagtttgacgtttgtaacagattggtcctt 27576633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0279 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000008; HSPs: 1)
Name: scaffold0279
Description:

Target: scaffold0279; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 22 - 58
Target Start/End: Complemental strand, 1273 - 1237
Alignment:
Q  22 gtcctttatgtttgacgtttgtaacagataggtcctt 58  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  1273 gtcctttaagtttgacgtttgtaacagattggtcctt 1237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University