View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2004_low_7 (Length: 282)

Name: NF2004_low_7
Description: NF2004
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2004_low_7
NF2004_low_7
[»] chr8 (12 HSPs)
chr8 (6-282)||(14726404-14726680)
chr8 (6-282)||(30647975-30648251)
chr8 (6-278)||(28865127-28865399)
chr8 (61-278)||(15329086-15329303)
chr8 (61-278)||(15509455-15509672)
chr8 (6-282)||(26088268-26088544)
chr8 (30-189)||(31040697-31040856)
chr8 (71-189)||(31075906-31076024)
chr8 (45-182)||(29551929-29552066)
chr8 (94-161)||(27712255-27712322)
chr8 (107-188)||(24508342-24508423)
chr8 (227-281)||(27712388-27712442)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (6-282)||(26087411-26087687)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (6-282)||(4818912-4819188)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (7-282)||(6612194-6612469)
chr7 (46-282)||(17294023-17294259)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 173; Significance: 4e-93; HSPs: 12)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 6 - 282
Target Start/End: Original strand, 14726404 - 14726680
Alignment:
Q  6 agatgatccatacattttggatcgtatagatttgataccatttgttgaaactcctttacatactgctgcatctatgggtcatcttcaatttgccaccgaa 105  Q
    ||||||||||| ||||||||| | ||||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||| |||    
T  14726404 agatgatccatccattttggagcatatagatttaataacttttgttgaaactcctttacatactgctgcatctatgggtcatctccggtttgccactgaa 14726503  T
Q  106 attatgaatttgaaaccttcatttgctttgaagctaaatcagcaaggattcagccccatccatcttgccatgcaaaacaaccaagaacatatggtgtatc 205  Q
     |||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  14726504 gttatgaatttaaaaccttcatttgcttggaagctagatctgcaaggattcagccccatccatctcgctttgcaaaacaaccaaaaacctatggtgtatc 14726603  T
Q  206 gctttgtgtttatcaatgaagaccttgttaaagttaaaggaagagaaggcttaactcctcttcattttgcaagtcaa 282  Q
    ||||||||   |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  14726604 gctttgtggacatcaataaagaccttgttagagttaaaggaagagaaggcttaactcctcttcatttcgcaagtcaa 14726680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 161; E-Value: 6e-86
Query Start/End: Original strand, 6 - 282
Target Start/End: Original strand, 30647975 - 30648251
Alignment:
Q  6 agatgatccatacattttggatcgtatagatttgataccatttgttgaaactcctttacatactgctgcatctatgggtcatcttcaatttgccaccgaa 105  Q
    ||||||||||||||||||||| | ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| || | |||||||  |||    
T  30647975 agatgatccatacattttggagcatatagattcaataccatttgttgaaactcctttacatattgctgcatccatgggtcatattgactttgccattgaa 30648074  T
Q  106 attatgaatttgaaaccttcatttgctttgaagctaaatcagcaaggattcagccccatccatcttgccatgcaaaacaaccaagaacatatggtgtatc 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||| || ||| |||||||||||    
T  30648075 attatgaatttgaaaccttcatttgctttgaagttaaatccacaaggattcagccccatccatctcgcaatgcaaaagaacaaaaaacgtatggtgtatc 30648174  T
Q  206 gctttgtgtttatcaatgaagaccttgttaaagttaaaggaagagaaggcttaactcctcttcattttgcaagtcaa 282  Q
     |||||||   |||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  30648175 actttgtgagcatcaataaagaccttgttagagttagaggaagagaaggcataactcctcttcattttgcatgtcaa 30648251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 6 - 278
Target Start/End: Original strand, 28865127 - 28865399
Alignment:
Q  6 agatgatccatacattttggatcgtatagatttgataccatttgttgaaactcctttacatactgctgcatctatgggtcatcttcaatttgccaccgaa 105  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||  |||||||| ||     
T  28865127 agatgatccatacgttttggagcgtatagatttaataccatttgttgaaactcctttacatatcgctgcatctatgggtcaccttccttttgccactgag 28865226  T
Q  106 attatgaatttgaaaccttcatttgctttgaagctaaatcagcaaggattcagccccatccatcttgccatgcaaaacaaccaagaacatatggtgtatc 205  Q
    |||||||  ||||||||||| ||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||  ||||| |||| ||||||||||    
T  28865227 attatgacgttgaaaccttcgtttgccttaaagctaaatccgcaaggattcagccccatccatctcgctatgcaaaatgaccaaaaacagatggtgtatc 28865326  T
Q  206 gctttgtgtttatcaatgaagaccttgttaaagttaaaggaagagaaggcttaactcctcttcattttgcaag 278  Q
    |||||||    |||||  |||||||||||| ||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  28865327 gctttgtaaaaatcaacaaagaccttgttagagttagaggacgagacggcttaactcctcttcattttgcaag 28865399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 61 - 278
Target Start/End: Original strand, 15329086 - 15329303
Alignment:
Q  61 ttacatactgctgcatctatgggtcatcttcaatttgccaccgaaattatgaatttgaaaccttcatttgctttgaagctaaatcagcaaggattcagcc 160  Q
    |||||||  ||||||||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||  ||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  15329086 ttacatatcgctgcatctatgggtcaccttcattttgccactgagattatgacgttgaaaccttcgtttgctttaaagctaaatccgcaaggattcagcc 15329185  T
Q  161 ccatccatcttgccatgcaaaacaaccaagaacatatggtgtatcgctttgtgtttatcaatgaagaccttgttaaagttaaaggaagagaaggcttaac 260  Q
    |||||||||| || ||||||||  ||||| |||| |||||||||||||||||    |||||  |||||||||||| ||||| |||| |||| ||||||||    
T  15329186 ccatccatctcgctatgcaaaatgaccaaaaacagatggtgtatcgctttgtaaaaatcaacaaagaccttgttagagttataggacgagacggcttaac 15329285  T
Q  261 tcctcttcattttgcaag 278  Q
    ||||||||||||||||||    
T  15329286 tcctcttcattttgcaag 15329303  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 61 - 278
Target Start/End: Original strand, 15509455 - 15509672
Alignment:
Q  61 ttacatactgctgcatctatgggtcatcttcaatttgccaccgaaattatgaatttgaaaccttcatttgctttgaagctaaatcagcaaggattcagcc 160  Q
    |||||||  ||||||||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||  ||||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  15509455 ttacatatcgctgcatctatgggtcaccttcattttgccactgagattatgacgttgaaaccttcgtttgctttaaagctaaatccgcaaggattcagcc 15509554  T
Q  161 ccatccatcttgccatgcaaaacaaccaagaacatatggtgtatcgctttgtgtttatcaatgaagaccttgttaaagttaaaggaagagaaggcttaac 260  Q
    |||||||||| || ||||||||  ||||| |||| |||||||||||||||||    |||||  |||||||||||| ||||| |||| |||| ||||||||    
T  15509555 ccatccatctcgctatgcaaaatgaccaaaaacagatggtgtatcgctttgtaaaaatcaacaaagaccttgttagagttataggacgagacggcttaac 15509654  T
Q  261 tcctcttcattttgcaag 278  Q
    ||||||||||||||||||    
T  15509655 tcctcttcattttgcaag 15509672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 109; E-Value: 7e-55
Query Start/End: Original strand, 6 - 282
Target Start/End: Original strand, 26088268 - 26088544
Alignment:
Q  6 agatgatccatacattttggatcgtatagatttgataccatttgttgaaactcctttacatactgctgcatctatgggtcatcttcaatttgccaccgaa 105  Q
    ||||||||||| |||||||||   ||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| | |  |||||||  |||    
T  26088268 agatgatccatccattttggagaatatagatgtaatatcatttgttgaaactcctttacatattgctgcatctttgggtcatatgccgtttgccaatgaa 26088367  T
Q  106 attatgaatttgaaaccttcatttgctttgaagctaaatcagcaaggattcagccccatccatcttgccatgcaaaacaaccaagaacatatggtgtatc 205  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||| | |||||||||||| ||||||||||| || |||||||||  |||| |   |||||||| ||    
T  26088368 attatgaatttaaaaccttcatttgcatggaagctaaacccgcaaggattcagtcccatccatctcgctatgcaaaacggccaaaagagtatggtgtttc 26088467  T
Q  206 gctttgtgtttatcaatgaagaccttgttaaagttaaaggaagagaaggcttaactcctcttcattttgcaagtcaa 282  Q
      ||| ||   | |||| |||||||||||| | ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  26088468 attttctgcacaacaataaagaccttgttagaattaaaggaagagaaggtataactcctcttcattttgcaagtcaa 26088544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 84; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 30 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 31040856 - 31040697
Alignment:
Q  30 tatagatttgataccatttgttgaaactcctttacatactgctgcatctatgggtcatcttcaatttgccaccgaaattatgaatttgaaaccttcattt 129  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||||| | ||||  |||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||    
T  31040856 tatagatttaattccatttgttgaaactcctctgcatatagctgcatctatgggacatgttcaatttgccactgaaattatgagattgaaaccttcattt 31040757  T
Q  130 gctttgaagctaaatcagcaaggattcagccccatccatcttgccatgcaaaacaaccaa 189  Q
    || | |||||||||||| ||||| ||||| || ||||| |||||| ||||||||||||||    
T  31040756 gcatggaagctaaatcaacaagggttcagtccaatccaccttgccttgcaaaacaaccaa 31040697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 71 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 31076024 - 31075906
Alignment:
Q  71 ctgcatctatgggtcatcttcaatttgccaccgaaattatgaatttgaaaccttcatttgctttgaagctaaatcagcaaggattcagccccatccatct 170  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||| ||    
T  31076024 ctgcatctatgggacatgttcaatttgccactgaaattatgagattgaaaccttcatttgctttgaagctaaatcaacaagggttcagtccaatccacct 31075925  T
Q  171 tgccatgcaaaacaaccaa 189  Q
    |||  ||||||||||||||    
T  31075924 tgcattgcaaaacaaccaa 31075906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 45 - 182
Target Start/End: Original strand, 29551929 - 29552066
Alignment:
Q  45 atttgttgaaactcctttacatactgctgcatctatgggtcatcttcaatttgccaccgaaattatgaatttgaaaccttcatttgctttgaagctaaat 144  Q
    |||||||||||||||||| ||||  || |||| ||  ||||||||||  ||||||| |||  |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  29551929 atttgttgaaactcctttgcatatcgccgcatttaacggtcatcttccttttgccatcgaggttatgaatttgaaaccttcattagctttcaagctaaat 29552028  T
Q  145 cagcaaggattcagccccatccatcttgccatgcaaaa 182  Q
     |||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||    
T  29552029 aagcaaggattcagccctatccaccttgcgatgcaaaa 29552066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 94 - 161
Target Start/End: Original strand, 27712255 - 27712322
Alignment:
Q  94 tttgccaccgaaattatgaatttgaaaccttcatttgctttgaagctaaatcagcaaggattcagccc 161  Q
    |||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  27712255 tttgccattgaaattatgaatttgaaaccttcgtttgctttgaagcttaatccgcaaggattcagccc 27712322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 107 - 188
Target Start/End: Original strand, 24508342 - 24508423
Alignment:
Q  107 ttatgaatttgaaaccttcatttgctttgaagctaaatcagcaaggattcagccccatccatcttgccatgcaaaacaacca 188  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| || || || || || |||||||||||    
T  24508342 ttatgaatttgaaaccatcgtttgctttgaagctaaatcaggaaggactcagccctattcacctggctatacaaaacaacca 24508423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 227 - 281
Target Start/End: Original strand, 27712388 - 27712442
Alignment:
Q  227 accttgttaaagttaaaggaagagaaggcttaactcctcttcattttgcaagtca 281  Q
    ||||||| | |||||||||||||||||| |  ||||||| |||||||||||||||    
T  27712388 accttgtcagagttaaaggaagagaaggttggactcctcctcattttgcaagtca 27712442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 161; Significance: 6e-86; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 6e-86
Query Start/End: Original strand, 6 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 26087687 - 26087411
Alignment:
Q  6 agatgatccatacattttggatcgtatagatttgataccatttgttgaaactcctttacatactgctgcatctatgggtcatcttcaatttgccaccgaa 105  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  26087687 agatgatccatacattttggagcgtatagatttaataccatttgttgaaactcctttacatacggctgcatctatgggtcatcttcaatttgccactgaa 26087588  T
Q  106 attatgaatttgaaaccttcatttgctttgaagctaaatcagcaaggattcagccccatccatcttgccatgcaaaacaaccaagaacatatggtgtatc 205  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||   |||| |   | | |||| ||    
T  26087587 attatgaatttgaaaccttcatatgcttggaaactaaatcagcaaggattcagtcccatccatcttgctatgcaaaatggccaaaagagtttcgtgtctc 26087488  T
Q  206 gctttgtgtttatcaatgaagaccttgttaaagttaaaggaagagaaggcttaactcctcttcattttgcaagtcaa 282  Q
      ||||||   |||||| |||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  26087487 aatttgtgaacatcaataaagaacttgttagagttcaaggaagagaaggcttaactgctcttcattttgcaagtcaa 26087411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 134; Significance: 8e-70; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 134; E-Value: 8e-70
Query Start/End: Original strand, 6 - 282
Target Start/End: Original strand, 4818912 - 4819188
Alignment:
Q  6 agatgatccatacattttggatcgtatagatttgataccatttgttgaaactcctttacatactgctgcatctatgggtcatcttcaatttgccaccgaa 105  Q
    ||||||||||| |||||||||    |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||     
T  4818912 agatgatccattcattttggagatgatagatttaataccatttgttgaaactcctttgcatattgctgcatctatgggtcatctccaatttgcctccgag 4819011  T
Q  106 attatgaatttgaaaccttcatttgctttgaagctaaatcagcaaggattcagccccatccatcttgccatgcaaaacaaccaagaaca-tatggtgtat 204  Q
    |||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||   |    
T  4819012 attatgaagttaaaaccttcatttgcttggaagctaaatcaacaaggattcagtcctatccatcttgctatgcaaaacaaccaa-aacagtatggttact 4819110  T
Q  205 cgctttgtgtttatcaatgaagaccttgttaaagttaaaggaagagaaggcttaactcctcttcattttgcaagtcaa 282  Q
    |||||||||    ||||| | |||||||||| |||| |||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  4819111 cgctttgtgaacttcaataaggaccttgttagagttgaaggaagaaatggcataactcctcttcattttgcaagtcaa 4819188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 120; Significance: 2e-61; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 7 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 6612469 - 6612194
Alignment:
Q  7 gatgatccatacattttggatcgtatagatttgataccatttgttgaaactcctttacatactgctgcatctatgggtcatcttcaatttgccaccgaaa 106  Q
    |||||||||| |||  |||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||   |||||  |||||||||||| |||||||| || ||||    
T  6612469 gatgatccattcatcctggagcatatagattcgataccatttgttgaaactcctttacatatatctgcagatatgggtcatctccaatttgctactgaaa 6612370  T
Q  107 ttatgaatttgaaaccttcatttgctttgaagctaaatcagcaaggattcagccccatccatcttgccatgcaaaacaaccaagaacatatggtgtatcg 206  Q
    ||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||| || |||| |||| ||||| ||| | |||| ||| |    
T  6612369 ttatgatgttgaaaccttcatttgcttggaagctaaacccgcaaggattcagccccatccatctcgctatgctaaacgaccaaaaacgtctggtttattg 6612270  T
Q  207 ctttgtgtttatcaatgaagaccttgttaaagttaaaggaagagaaggcttaactcctcttcattttgcaagtcaa 282  Q
    ||| |||   |||||| |||||||||||| | || |||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  6612269 cttcgtgaacatcaataaagaccttgttagaattcaaggaaaagaagccataactcctcttcattttgcaagtcaa 6612194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 46 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 17294259 - 17294023
Alignment:
Q  46 tttgttgaaactcctttacatactgctgcatctatgggtcatcttcaatttgccaccgaaattatgaatttgaaaccttcatttgctttgaagctaaatc 145  Q
    ||||||||||||||||| ||||  || ||||||| ||| |||||||  ||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  17294259 tttgttgaaactcctttgcatatcgccgcatctagggggcatcttcggtttgccatcgaggttatgaatttgaaaccttcatttgcttggaagctaaatc 17294160  T
Q  146 agcaaggattcagccccatccatcttgccatgcaaaacaaccaagaacatatggtgtatcgctttgtgtttatcaatgaagaccttgttaaagttaaagg 245  Q
     |||||||||| ||||||| ||||| || ||||||||  ||||| |    ||||| | |||||||||    || ||| |||||||||||  |||| ||||    
T  17294159 cgcaaggattctgccccattcatctcgctatgcaaaatgaccaaaagaggatggtttctcgctttgttgacattaataaagaccttgttcgagttcaagg 17294060  T
Q  246 aagagaaggcttaactcctcttcattttgcaagtcaa 282  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17294059 gagagaaggcttaactcctcttcattttgcaagtcaa 17294023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University