View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF20056_low_14 (Length: 386)
Name: NF20056_low_14
Description: NF20056
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF20056_low_14 |
 | |
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| [»] scaffold0316 (1 HSPs) |
| | |
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| [»] scaffold0564 (1 HSPs) |
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Alignment Details
Target: scaffold0316 (Bit Score: 300; Significance: 1e-168; HSPs: 1)
Name: scaffold0316
Description:
Target: scaffold0316; HSP #1
Raw Score: 300; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 4 - 371
Target Start/End: Original strand, 3623 - 3997
Alignment:
| Q |
4 |
aggatccaagagacaaaaaagaatgttggtttgttttcgtgaatgtatagattatttttaaactataggggaacaatggaactataattttgataacaat |
103 |
Q |
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|
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| T |
3623 |
aggatccaagagacaaaaaagaatgttggtttgtttttgtgaatgtatagattatttttaaactataggggaacactggaactataattttgataacaat |
3722 |
T |
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| Q |
104 |
gacactgacaatattttaaatagtctcgtgaatttaaacaatatttattcaggttatgaagtcaagctcgtaccactcaattaaagagaatacatgttga |
203 |
Q |
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| T |
3723 |
gacactgacaatattttaaatagtctcatgaatttaaaccatatttattcaggttatgaagtcatgctcgtaccactcaattaaagagaatacatgttga |
3822 |
T |
|
| Q |
204 |
ctaaaat---ataataatgtagagttcgtatgttatagaagtaatgttggccaagaaaaattagagtttctgagttcgaatttagatctttatatatcat |
300 |
Q |
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| T |
3823 |
ctaaaatataataataatttagagttcgtatgttatagaagtaatgttggctaagaaaaattagagattctgaattcgaatttagatctttatatatcat |
3922 |
T |
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| Q |
301 |
cgat----tagctactttatttttaaaacatgtaacctaagaaatcatgtcttattcgattcctataccagctac |
371 |
Q |
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| T |
3923 |
cgtttttatagctactttatttttaaaacatgtaacctaagaaatcatgtcttattcgattcatataccagctac |
3997 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 300; Significance: 1e-168; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 300; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 4 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 32547401 - 32547027
Alignment:
| Q |
4 |
aggatccaagagacaaaaaagaatgttggtttgttttcgtgaatgtatagattatttttaaactataggggaacaatggaactataattttgataacaat |
103 |
Q |
| |
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|
|
| T |
32547401 |
aggatccaagagacaaaaaagaatgttggtttgtttttgtgaatgtatagattatttttaaactataggggaacactggaactataattttgataacaat |
32547302 |
T |
|
| Q |
104 |
gacactgacaatattttaaatagtctcgtgaatttaaacaatatttattcaggttatgaagtcaagctcgtaccactcaattaaagagaatacatgttga |
203 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
32547301 |
gacactgacaatattttaaatagtctcatgaatttaaaccatatttattcaggttatgaagtcatgctcgtaccactcaattaaagagaatacatgttga |
32547202 |
T |
|
| Q |
204 |
ctaaaatataa---taatgtagagttcgtatgttatagaagtaatgttggccaagaaaaattagagtttctgagttcgaatttagatctttatatatcat |
300 |
Q |
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| T |
32547201 |
ctaaaatataataataatttagagttcgtatgttatagaagtaatgttggctaagaaaaattagagattctgaattcgaatttagatctttatatatcat |
32547102 |
T |
|
| Q |
301 |
cgat----tagctactttatttttaaaacatgtaacctaagaaatcatgtcttattcgattcctataccagctac |
371 |
Q |
| |
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|| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
32547101 |
cgtttttatagctactttatttttaaaacatgtaacctaagaaatcatgtcttattcgattcatataccagctac |
32547027 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0564 (Bit Score: 296; Significance: 1e-166; HSPs: 1)
Name: scaffold0564
Description:
Target: scaffold0564; HSP #1
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 4 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 3687 - 3313
Alignment:
| Q |
4 |
aggatccaagagacaaaaaagaatgttggtttgttttcgtgaatgtatagattatttttaaactataggggaacaatggaactataattttgataacaat |
103 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3687 |
aggatccaagagacaaaaaagaatgttggtttgtttttgtgaatgtatagattatttttaaactataggggaacactggaactataattttgataacaat |
3588 |
T |
|
| Q |
104 |
gacactgacaatattttaaatagtctcgtgaatttaaacaatatttattcaggttatgaagtcaagctcgtaccactcaattaaagagaatacatgttga |
203 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
3587 |
gacactgacaatattttaaatagtctcatgaatttaaaccatatttattcaggttatgaagtcatgctcgtaccactcaattaaagagaatacatgttga |
3488 |
T |
|
| Q |
204 |
ctaaaatataa---taatgtagagttcgtatgttatagaagtaatgttggccaagaaaaattagagtttctgagttcgaatttagatctttatatatcat |
300 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
3487 |
ctaaaatataataataatttagagttcgtatgttatagaagtaatgttggctaagaaaaattagagattctgaattcgaatttagatctttatatatcat |
3388 |
T |
|
| Q |
301 |
cgat----tagctactttatttttaaaacatgtaacctaagaaatcatgtcttattcgattcctataccagctac |
371 |
Q |
| |
|
|| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
3387 |
cgtttttatagctattttatttttaaaacatgtaacctaagaaatcatgtcttattcgattcatataccagctac |
3313 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 296; Significance: 1e-166; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 4 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 34211706 - 34211332
Alignment:
| Q |
4 |
aggatccaagagacaaaaaagaatgttggtttgttttcgtgaatgtatagattatttttaaactataggggaacaatggaactataattttgataacaat |
103 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34211706 |
aggatccaagagacaaaaaagaatgttggtttgtttttgtgaatgtatagattatttttaaactataggggaacactggaactataattttgataacaat |
34211607 |
T |
|
| Q |
104 |
gacactgacaatattttaaatagtctcgtgaatttaaacaatatttattcaggttatgaagtcaagctcgtaccactcaattaaagagaatacatgttga |
203 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34211606 |
gacactgacaatattttaaatagtctcatgaatttaaaccatatttattcaggttatgaagtcatgctcgtaccactcaattaaagagaatacatgttga |
34211507 |
T |
|
| Q |
204 |
ctaaaatataa---taatgtagagttcgtatgttatagaagtaatgttggccaagaaaaattagagtttctgagttcgaatttagatctttatatatcat |
300 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34211506 |
ctaaaatataataataatttagagttcgtatgttatagaagtaatgttggctaagaaaaattagagattctgaattcgaatttagatctttatatatcat |
34211407 |
T |
|
| Q |
301 |
cgat----tagctactttatttttaaaacatgtaacctaagaaatcatgtcttattcgattcctataccagctac |
371 |
Q |
| |
|
|| | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
34211406 |
cgtttttatagctattttatttttaaaacatgtaacctaagaaatcatgtcttattcgattcatataccagctac |
34211332 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 170; E-Value: 4e-91
Query Start/End: Original strand, 115 - 371
Target Start/End: Original strand, 39820664 - 39820928
Alignment:
| Q |
115 |
tattttaaatagtctcgtgaatttaaacaatatttattcaggttatgaagtcaagctcgtaccactcaattaaagagaatacatgttgactaaaat---a |
211 |
Q |
| |
|
||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| | |
|
|
| T |
39820664 |
tattttaaatattctcgtgaatttaaaccatatttatccaggttataaagtcaagctcttaccactcaattacagagaatacatattgactaaaatataa |
39820763 |
T |
|
| Q |
212 |
taataatgtagagttcgtatgttatagaagtaatgttggccaagaaaaatt-agagtttctgagttcgaatttagatctttatatatcatcgat----ta |
306 |
Q |
| |
|
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | || |
|
|
| T |
39820764 |
taataatttagagttcgtatgttatagaagtaatgttggctaagaaaagttaagagattttgagttcgaatttagatctttatatatcatcgtttttata |
39820863 |
T |
|
| Q |
307 |
gctactttatttttaaaacatgtaacctaagaaatcatgtcttattcgattcctataccagctac |
371 |
Q |
| |
|
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39820864 |
gctacttaatttttaaaacatgtaacctaagaaatcatgtcttattcgattcctataccagctac |
39820928 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 6 - 123
Target Start/End: Original strand, 39819194 - 39819311
Alignment:
| Q |
6 |
gatccaagagacaaaaaagaatgttggtttgttttcgtgaatgtatagattatttttaaactataggggaacaatggaactataattttgataacaatga |
105 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39819194 |
gatccaagagacaaaaaagaatgttggtttgttttcgtgaatgtatagattatttttaaactataggggaacactggaaatataattttgataacaatga |
39819293 |
T |
|
| Q |
106 |
cactgacaatattttaaa |
123 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39819294 |
cactgacaatattttaaa |
39819311 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 160; Significance: 4e-85; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 4e-85
Query Start/End: Original strand, 4 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 31557173 - 31556990
Alignment:
| Q |
4 |
aggatccaagagacaaaaaagaatgttggtttgttttcgtgaatgtatagattatttttaaactataggggaacaatggaactataattttgataacaat |
103 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31557173 |
aggatccaagagacaaaaaagaatgttagtttgtttttgtgaatgtatagattatttttaaactataggggaacactggaactataattttgataacaat |
31557074 |
T |
|
| Q |
104 |
gacactgacaatattttaaatagtctcgtgaatttaaacaatatttattcaggttatgaagtcaagctcgtaccactcaattaa |
187 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31557073 |
gacactgataatattttaaatagtctcgtgaatttaaaccatatttattcaggttatgaagtcatgctcgtaccactcaattaa |
31556990 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 253 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 31556991 - 31556869
Alignment:
| Q |
253 |
aagaaaaattagagtttctgagttcgaatttagatctttatatatcatcgatt----agctactttatttttaaaacatgtaacctaagaaatcatgtct |
348 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31556991 |
aagaaaaattagagattttgaattcgaatttagatctttatatatcatcgtttttatagctactttatttttaaaacatgtaacctaagaaatcatgtct |
31556892 |
T |
|
| Q |
349 |
tattcgattcctataccagctac |
371 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
31556891 |
tattcgattcatataccagctac |
31556869 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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