View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2005_low_2 (Length: 481)

Name: NF2005_low_2
Description: NF2005
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2005_low_2
NF2005_low_2
[»] chr3 (28 HSPs)
chr3 (17-462)||(10262789-10263231)
chr3 (24-478)||(10373365-10373819)
chr3 (24-462)||(9840953-9841388)
chr3 (24-462)||(10129020-10129455)
chr3 (17-462)||(10431580-10432022)
chr3 (20-462)||(10519576-10520015)
chr3 (17-448)||(10197764-10198192)
chr3 (17-448)||(10090882-10091310)
chr3 (24-462)||(10034095-10034533)
chr3 (161-478)||(10665698-10666012)
chr3 (19-462)||(10361340-10361780)
chr3 (28-462)||(9851838-9852269)
chr3 (19-415)||(10582700-10583094)
chr3 (20-478)||(11779505-11779960)
chr3 (20-448)||(11771325-11771750)
chr3 (20-467)||(10502674-10503117)
chr3 (67-466)||(13852996-13853392)
chr3 (182-337)||(10967364-10967519)
chr3 (157-466)||(10530892-10531195)
chr3 (213-333)||(11244188-11244308)
chr3 (302-465)||(10679833-10679993)
chr3 (181-338)||(13397732-13397889)
chr3 (403-470)||(10085732-10085799)
chr3 (403-470)||(10192652-10192719)
chr3 (285-330)||(11230092-11230137)
chr3 (20-68)||(10079501-10079549)
chr3 (20-68)||(10186471-10186519)
chr3 (19-67)||(10665610-10665658)
[»] scaffold0083 (1 HSPs)
scaffold0083 (24-478)||(55125-55576)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (20-469)||(26908979-26909425)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (285-470)||(11487385-11487567)
chr8 (369-469)||(44955191-44955291)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (168-354)||(17850570-17850756)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 304; Significance: 1e-171; HSPs: 28)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 304; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 17 - 462
Target Start/End: Original strand, 10262789 - 10263231
Alignment:
Q  17 aacactttgcattggttgtcgtcagtaaagaaaattaatatcgatgggcttgatggaaggacccaattgtcattgcttgagagtgattctccgtgtatga 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10262789 aacactttgcattggttgtcgtcagtaaagaaaattaatatcgatgggcttgatggaaggacccaattgtcattgcttgagagtgattctccgtgtatga 10262888  T
Q  117 tgcaagaagtagttattcgtgaatgtgttaagttattagctgttccaaaattgattctgagaagcacttgtcttacacacttggaactcaattctcttcc 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||    
T  10262889 tgcaagaagtagttattcgtgaatgtgttaagttattagctgttccaaaattgattctgagaagcacttgtctaacacacttgaaactcagttctcttcc 10262988  T
Q  217 ttctctcactgcatttccctcaagtggtctacccacttcattgcaatcacttgatatttggtcgtgtaagaatttatccttccttcctcctgaaacgtgg 316  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10262989 ttctctcactacatttccctcaagtggtctacccacttcattgcaatcacttgaaattgtaaattgtgagaatttatccttccttcctcctgaaacgtgg 10263088  T
Q  317 agcaattacacatcacttgtgagtcttcatttatggagaagttgtaagtacacacttacatcctttccacttgatggtttccctgcgctccaaacactta 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | |||    | || ||| | |   ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||     
T  10263089 agcaattacacatcacttgtgagtcttgagttaaatcgtagctgtgatt---cacttacatcctttccactcgatggtttccctgccctccaaacacttg 10263185  T
Q  417 tcatacatgattgtaggagtctggattccatttgtatttcagaaag 462  Q
     |||| || | ||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  10263186 acatatataagtgtagaagtctggattccatttatattttagaaag 10263231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 24 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 10373819 - 10373365
Alignment:
Q  24 tgcattggttgtcgtcagtaaagaaaattaatatcgatgggcttga---tggaaggacccaattgtcattgcttgagagtgattctccgtgtatgatgca 120  Q
    ||||||||||||| ||| ||||  |||| |||||| ||||||||||   || |||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10373819 tgcattggttgtcttcaataaaagaaatgaatatcaatgggcttgagagtgaaagttcccaactgtcattgcttgagagtgattctccgtgtatgatgca 10373720  T
Q  121 agaagtagttattcgtgaatgtgttaagttattagctgttccaaaattgattctgagaagcacttgtcttacacacttggaactcaattctcttccttct 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  10373719 agaagtagttattcgtgaatgtgttaagttattagctgttccaaaattgattctgagaagcacttgtcttacacacttggaactcgattctctttcttct 10373620  T
Q  221 ctcactgcatttccctcaagtggtctacccacttcattgcaatcacttgatatttggtcgtgtaagaatttatccttccttcctcctgaaacgtggagca 320  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |  ||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  10373619 ctcactgcatttccctcaagtggtctacccacttcattgcaatcacttgaaattagatactgtgagaatttatccttccttcctcttgaaatgtggagca 10373520  T
Q  321 attacacatcacttgtgagtcttcatttatggagaagttgtaagtacacacttacatcctttccacttgatggtttccctgcgctccaaacacttatcat 420  Q
    ||||||||||||||||| | ||| ||||||   | || ||| | |   |||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||    
T  10373519 attacacatcacttgtgtggctttatttatatcgtagctgtgatt---cacttatatcctttccacttgatggtttccctgtcctccaaacacttatgat 10373423  T
Q  421 acatgattgtaggagtctggattccatttgtatttcagaaagtccttcatctcagtcg 478  Q
    ||   ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  10373422 actgaattgtaggaatctggattccatttgtatttcagaaagtccttcacctcggtcg 10373365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 24 - 462
Target Start/End: Original strand, 9840953 - 9841388
Alignment:
Q  24 tgcattggttgtcgtcagtaaagaaaattaatatcgatgggcttgatggaaggacccaattgtcattgcttgagagtgattctccgtgtatgatgcaaga 123  Q
    ||||||||||||| ||| |||| ||||| |||||| ||||||||| || |||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  9840953 tgcattggttgtcttcaataaaaaaaatgaatatcaatgggcttggtgaaagttcccaattgtcattgcttgagagtgattctccatgtatgatgcaaga 9841052  T
Q  124 agtagttattcgtgaatgtgttaagttattagctgttccaaaattgattctgagaagcacttgtcttacacacttggaactcaattctcttccttctctc 223  Q
     ||||| |||    | ||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||| ||||||||    
T  9841053 tgtagtgattgaaaagtgtgttaaactattagttgttccaaaattgattctgagaagcacttgtcttacacacttgagactcgattctctttcttctctc 9841152  T
Q  224 actgcatttccctcaagtggtctacccacttcattgcaatcacttgatatttggtcgtgtaagaatttatccttccttcctcctgaaacgtggagcaatt 323  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |    ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  9841153 actgcatttccctcaagtggtctacccacttcattgcaatcacttcatattcgtagttgtgagaatttatccttcctacctcctgaaacgtggagcaatt 9841252  T
Q  324 acacatcacttgtgagtcttcatttatggagaagttgtaagtacacacttacatcctttccacttgatggtttccctgcgctccaaacacttatcataca 423  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| | || |||    | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||     
T  9841253 acacatcacttgtgagtcttcagttatggtggagctgt---gatacacttacatccttcccacttgatggtttccctgcgctccaaacacttaccatact 9841349  T
Q  424 tgattgtaggagtctggattccatttgtatttcagaaag 462  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  9841350 tgattgtaggagtctagattccatttatatttcagaaag 9841388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 24 - 462
Target Start/End: Original strand, 10129020 - 10129455
Alignment:
Q  24 tgcattggttgtcgtcagtaaagaaaattaatatcgatgggcttgatggaaggacccaattgtcattgcttgagagtgattctccgtgtatgatgcaaga 123  Q
    ||||||||||||| ||| |||| ||||| |||||| ||||||||| || |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  10129020 tgcattggttgtcttcaataaaaaaaatgaatatcaatgggcttggtgaaagttcccaattgtcattgcttgagagtgattctccgtgtatgatgcaaca 10129119  T
Q  124 agtagttattcgtgaatgtgttaagttattagctgttccaaaattgattctgagaagcacttgtcttacacacttggaactcaattctcttccttctctc 223  Q
     ||||  ||||   | |||  |||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||| |||||||| ||||||||    
T  10129120 tgtagcgattcacaactgttctaagctattagctgtgccaaaattgattctgaaaagcacttgtcttacacacttgagactctattctctttcttctctc 10129219  T
Q  224 actgcatttccctcaagtggtctacccacttcattgcaatcacttgatatttggtcgtgtaagaatttatccttccttcctcctgaaacgtggagcaatt 323  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||      ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  10129220 actgcatttccctcaagtggactacccacttcattgcaatcacttcatattgaaaaatgtgagaatttatccttcctacctcctgaaacgtggagcaatt 10129319  T
Q  324 acacatcacttgtgagtcttcatttatggagaagttgtaagtacacacttacatcctttccacttgatggtttccctgcgctccaaacacttatcataca 423  Q
    ||||||||||||||||| || ||||| |||| ||||||    |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  10129320 acacatcacttgtgagtattgatttacggagtagttgt---gatgcacttacatcctttccacttgatggtttccctgcgctccaaacacttaccataca 10129416  T
Q  424 tgattgtaggagtctggattccatttgtatttcagaaag 462  Q
    | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  10129417 taattgtaggagtctggattccatttatatttcagaaag 10129455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 17 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 10432022 - 10431580
Alignment:
Q  17 aacactttgcattggttgtcgtcagtaaagaaaattaatatcgatgggcttgatggaaggacccaattgtcattgcttgagagtgattctccgtgtatga 116  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10432022 aacactatgcattggttgtcgtcaataaagaaagttaatatcaatgggcttgacggaaggaccaatttgtcattgcttgagagtgattctccgtgtatga 10431923  T
Q  117 tgcaagaagtagttattcgtgaatgtgttaagttattagctgttccaaaattgattctgagaagcacttgtcttacacacttggaactcaattctcttcc 216  Q
    ||||| | ||||| |||    | ||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||| |    
T  10431922 tgcaacatgtagtgattgaaaactgtgttaagctattagttgtgccaaaattgattctgagaagcacttgtcttacacacttgagactcgattctctttc 10431823  T
Q  217 ttctctcactgcatttccctcaagtggtctacccacttcattgcaatcacttgatatttggtcgtgtaagaatttatccttccttcctcctgaaacgtgg 316  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||      ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  10431822 ttctctcactgcatttccatcaagtggtctacccacttcattgcaatcacttgaaattgaaaaatgtgagaatttatccttcctacctcctgaaacgtgg 10431723  T
Q  317 agcaattacacatcacttgtgagtcttcatttatggagaagttgtaagtacacacttacatcctttccacttgatggtttccctgcgctccaaacactta 416  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||| | |   ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||  ||||     
T  10431722 agcaattacacatcacttgtcagtctttatttatggagcagttgtgatt---cacttacatcctttccactcgatggtttccctgccctccaattacttg 10431626  T
Q  417 tcatacatgattgtaggagtctggattccatttgtatttcagaaag 462  Q
     ||||  | |||| || |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  10431625 acatatttaattgcagaagtctggattccatttatatttcagaaag 10431580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 20 - 462
Target Start/End: Original strand, 10519576 - 10520015
Alignment:
Q  20 actttgcattggttgtcgtcagtaaagaaaattaatatcgatgggcttgatggaaggacccaattgtcattgcttgagagtgattctccgtgtatgatgc 119  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||| ||||| |||||| ||||||||| || |||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  10519576 actttgcattggttgtcttcaataaaaaaaatgaatatcaatgggcttggtgaaagttcccaattgtcattgcttgagagtgattctccttgtatgatgc 10519675  T
Q  120 aagaagtagttattcgtgaatgtgttaagttattagctgttccaaaattgattctgagaagcacttgtcttacacacttggaactcaattctcttccttc 219  Q
    |||| ||||  |||    | ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||    
T  10519676 aagatgtagagattaaaaagtgtgttaagctattagctgtgccaaaattgattctgaaaagcacttgtcttacacacttgggactcgattctctttcttc 10519775  T
Q  220 tctcactgcatttccctcaagtggtctacccacttcattgcaatcacttgatatttggtcgtgtaagaatttatccttccttcctcctgaaacgtggagc 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||   |  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  10519776 tctcactgcatttccctcaagtggtctacccacttcattgcaatcacttaatattcaatgttgtgagaatttatccttccttcctcctgaaacgtggatc 10519875  T
Q  320 aattacacatcacttgtgagtcttcatttatggagaagttgtaagtacacacttacatcctttccacttgatggtttccctgcgctccaaacacttatca 419  Q
    |||||||||||||||||||||||| | || |   | || |||    | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  10519876 aattacacatcacttgtgagtcttaagttctatcgtagctgt---gatacacttacatcctttccactcgatggtttccctgcgctccaaacacttacca 10519972  T
Q  420 tacatgattgtaggagtctggattccatttgtatttcagaaag 462  Q
    ||  ||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  10519973 tatgtgagtgcaggagtctggattccatttatatttcagaaag 10520015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 17 - 448
Target Start/End: Original strand, 10197764 - 10198192
Alignment:
Q  17 aacactttgcattggttgtcgtcagtaaagaaaattaatatcgatgggcttgatggaaggacccaattgtcattgcttgagagtgattctccgtgtatga 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10197764 aacactttgcattggttgtcgtcagtaaagaaaattaatatcgatgggtttggtgaaaggacccaattgtcattgcttgagagtgattctccgtgtatga 10197863  T
Q  117 tgcaagaagtagttattcgtgaatgtgttaagttattagctgttccaaaattgattctgagaagcacttgtcttacacacttggaactcaattctcttcc 216  Q
    || |||| ||||| |||||  | |||| |||| |||||||| | |||||| ||||||  |||||||||||||||  ||||||| ||||| |||||||| |    
T  10197864 tggaagatgtagtgattcgaaagtgtgctaagctattagctatgccaaaaatgattccaagaagcacttgtcttcaacacttgaaactctattctctttc 10197963  T
Q  217 ttctctcactgcatttccctcaagtggtctacccacttcattgcaatcacttgatatttggtcgtgtaagaatttatccttccttcctcctgaaacgtgg 316  Q
     ||| || | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||   |  |||  ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  10197964 atctatcgccgcattaccctcaagtggtctacccacttcattgcaatcaattgaaattgaattttgtttgaatttatccttcctacctcctgaaacgtgg 10198063  T
Q  317 agcaattacacatcacttgtgagtcttcatttatggagaagttgtaagtacacacttacatcctttccacttgatggtttccctgcgctccaaacactta 416  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |    || |||    |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  10198064 agcaattacacatcacttgtgagactttatttaagtcatagctgt---gatgcacttacatcctttccacttgatggtttccctgcgctcaaatcactta 10198160  T
Q  417 tcatacatgattgtaggagtctggattccatt 448  Q
     |||| ||| |||||| |||||||||||||||    
T  10198161 ccatagatggttgtagtagtctggattccatt 10198192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 202; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 17 - 448
Target Start/End: Original strand, 10090882 - 10091310
Alignment:
Q  17 aacactttgcattggttgtcgtcagtaaagaaaattaatatcgatgggcttgatggaaggacccaattgtcattgcttgagagtgattctccgtgtatga 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  10090882 aacactttgcattggttgtcgtcagtaaagaaaattaatatcgatgggtttggtgaaaggacccaattgtcattgcttgagagtgattctccatgtatga 10090981  T
Q  117 tgcaagaagtagttattcgtgaatgtgttaagttattagctgttccaaaattgattctgagaagcacttgtcttacacacttggaactcaattctcttcc 216  Q
    || |||| ||||| |||||  | |||| |||| |||||||| | |||||| ||||||  |||||||||||||||  ||||||| ||||| |||||||| |    
T  10090982 tggaagatgtagtgattcgaaagtgtgctaagctattagctatgccaaaaatgattccaagaagcacttgtcttcaacacttgaaactctattctctttc 10091081  T
Q  217 ttctctcactgcatttccctcaagtggtctacccacttcattgcaatcacttgatatttggtcgtgtaagaatttatccttccttcctcctgaaacgtgg 316  Q
     ||| || | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||   |  |||  ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  10091082 atctatcgccgcattaccctcaagtggtctacccacttcattgcaatcaattgaaattgaattttgtttgaatttatccttcctacctcctgaaacgtgg 10091181  T
Q  317 agcaattacacatcacttgtgagtcttcatttatggagaagttgtaagtacacacttacatcctttccacttgatggtttccctgcgctccaaacactta 416  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |    || |||    |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  10091182 agcaattacacatcacttgtgagactttatttaagtcatagctgt---gatgcacttacatcctttccacttgatggtttccctgcgctcaaatcactta 10091278  T
Q  417 tcatacatgattgtaggagtctggattccatt 448  Q
     |||| ||| |||||| |||||||||||||||    
T  10091279 ccatagatggttgtagtagtctggattccatt 10091310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 24 - 462
Target Start/End: Original strand, 10034095 - 10034533
Alignment:
Q  24 tgcattggttgtcgtcagtaaagaaaattaatatcgatgggcttga---tggaaggacccaattgtcattgcttgagagtgattctccgtgtatgatgca 120  Q
    ||||||||||||| ||| |||| ||||| |||||| ||||||||||   || |||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10034095 tgcattggttgtcttcaataaaaaaaatgaatatcaatgggcttgagagtgaaagttcccaactgtcattgcttgagagtgattctccgtgtatgatgca 10034194  T
Q  121 agaagtagttattcgtgaatgtgttaagttattagctgttccaaaattgattctgagaagcacttgtcttacacacttggaactcaattctcttccttct 220  Q
    | | ||||  ||||   | |||  |||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  10034195 acatgtagcgattcacaactgttctaagctattagctgtgccaaaattgattttgagaagcacttgtcttacacacttggaactcaattctctttcttct 10034294  T
Q  221 ctcactgcatttccctcaagtggtctacccacttcattgcaatcacttgatatttggtcgtgtaagaatttatccttccttcctcctgaaacgtggagca 320  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||      ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10034295 ctcactgcatttccctcaagtggactacccacttcattgcaatcacttcatattgtaaaatgtgagaatttatccttcctacctcctgaaacgtggagca 10034394  T
Q  321 attacacatcacttgtgagtcttcatttatggagaagttgtaagtacacacttacatcctttccacttgatggtttccctgcgctccaaacacttatcat 420  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||      ||||||    |  |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||   ||    
T  10034395 attacacatcacttgtgagtctttatttaattcatagttgt---gatgcacttacatcctttccacttgatggtttccctgtcctccaaacacttcagat 10034491  T
Q  421 acatgattgtaggagtctggattccatttgtatttcagaaag 462  Q
    |    ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  10034492 atggaattgtaggagtctggtttccatttatatttcagaaag 10034533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 161 - 478
Target Start/End: Original strand, 10665698 - 10666012
Alignment:
Q  161 ccaaaattgattctgagaagcacttgtcttacacacttggaactcaattctcttccttctctcactgcatttccctcaagtggtctacccacttcattgc 260  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10665698 ccaaaattgattatgagaagcacttgtcttacacacttggcactctattcactttcttctctcactgcatttccctcaagtggtctacccacttcattgc 10665797  T
Q  261 aatcacttgatatttggtcgtgtaagaatttatccttccttcctcctgaaacgtggagcaattacacatcacttgtgagtcttcatttatggagaagttg 360  Q
    |||||||| |||||| || |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||   ||||||    
T  10665798 aatcacttaatattttgtggtgtgagaatttatccttcctacctcctgaaacgtggagcaattacacatcacttgtgcgtctagatttatgtcaaagttg 10665897  T
Q  361 taagtacacacttacatcctttccacttgatggtttccctgcgctccaaacacttatcatacatgattgtaggagtctggattccatttgtatttcagaa 460  Q
    |    |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||  ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  10665898 t---gatgcacttacatcctttccacttgatggtttccctgcgctccaaacactttggatacagaattgtaggagtctggtttccatttgtattttagaa 10665994  T
Q  461 agtccttcatctcagtcg 478  Q
    |||||||||| |||||||    
T  10665995 agtccttcatgtcagtcg 10666012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 19 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 10361780 - 10361340
Alignment:
Q  19 cactttgcattggttgtcgtcagtaaagaaaattaatatcgatgggcttgatggaaggacccaattgtcattgcttgagagtgattctccgtgtatgatg 118  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| ||  |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||| |||||||||    
T  10361780 cactttgcattggttgtcgtcaataaaaaattttaagattgatgggcttgatggaaggacccaattgtcatttcttgggagcgattctccatgtatgatg 10361681  T
Q  119 caagaagtagttattcgtgaatgtgttaagttattagctgttccaaaattgattctgagaagcacttgtcttacacacttggaactcaattctcttcctt 218  Q
    ||| | | ||| ||||   | || | || | | | | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||  |  |||| |||    
T  10361680 caacatgcagtgattcaaaagtgcgctatgctgtcatctgtgccaaaattgattctgagaagcacttgtcttacactcttgggactcggtaatctttctt 10361581  T
Q  219 ctctcactgcatttccctcaagtggtctacccacttcattgcaatcacttgatatttggtcgtgtaagaatttatccttccttcctcctgaaacgtggag 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||      ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  10361580 ctctcactgcatttccctcaagtggtctacccacttcattgcaatcacttcatattgaaaattgtgagaatttatccttcctacctcctgaaacgtggag 10361481  T
Q  319 caattacacatcacttgtgagtcttcatttatggagaagttgtaagtacacacttacatcctttccacttgatggtttccctgcgctccaaacacttatc 418  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||||      || |||   |   ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  10361480 caattacacatcacttgtgactctacatttagatcatagctgtggtt---cacttacatcctttccactcgatggtttccctgcgctccgaacacttacc 10361384  T
Q  419 atacatgattgtaggagtctggattccatttgtatttcagaaag 462  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  10361383 atacgtgattgtaggagtctggattccatttatatttcagaaag 10361340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 28 - 462
Target Start/End: Original strand, 9851838 - 9852269
Alignment:
Q  28 ttggttgtcgtcagtaaagaaaattaatatcgatgggcttgatggaaggacccaattgtcattgcttgagagtgattctccgtgtatgatgcaagaagta 127  Q
    ||||||||| ||| |||| ||||| |||||| ||||||||| || |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  9851838 ttggttgtcttcaataaaaaaaatgaatatcaatgggcttggtgaaagttcccaattgtcattgcttgagagtgattctccgtgtatgatgcaagatgta 9851937  T
Q  128 gttattcgtgaatgtgttaagttattagctgttccaaaattgattctgagaagcacttgtcttacacacttggaactcaattctcttccttctctcactg 227  Q
    |  |||    | ||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||| |||| ||| ||||||||| ||    
T  9851938 gagattgaaaagtgtgttaagctattagctgtgccaaaattgattatgagaagcacttgtcttacacacttgagactcgattcactttcttctctcaatg 9852037  T
Q  228 catttccctcaagtggtctacccacttcattgcaatcacttgatatttggtcgtgtaagaatttatccttccttcctcctgaaacgtggagcaattacac 327  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      ||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||    
T  9852038 catttccatcaagtggtctacccacttcattgcaatcacttgatattgaaaattgtgagaatttatccttcctacctcctgaaacatggagcaactacac 9852137  T
Q  328 atcacttgtgagtcttcatttatggagaagttgtaagtacacacttacatcctttccacttgatggtttccctgcgctccaaacacttatcatacatgat 427  Q
    |||||||||||||||||  || |   | || ||| | |   |||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||  |||  |||||    
T  9852138 atcacttgtgagtcttcggttctatcgtagctgtgatt---cacttaaatcctttccactcgatggtttccctgtgctccaaacacttgacattgatgat 9852234  T
Q  428 tgtaggagtctggattccatttgtatttcagaaag 462  Q
    || || |||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  9852235 tggagaagtctggattccatttatattttagaaag 9852269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 19 - 415
Target Start/End: Original strand, 10582700 - 10583094
Alignment:
Q  19 cactttgcattggttgtcgtcagtaaagaaaa-ttaatatcgatgggcttgatggaaggacccaattgtcattgcttgagagtgattctccgtgtatgat 117  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| |||| |||| || |||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10582700 cactttgcattggttgtcgtcaataaaaaaaaattaagattgatgggcttggtgaaaggacccaattgttattgcttgagagtgattctccgtgtatgat 10582799  T
Q  118 gcaagaagtagttattcgtgaatgtgttaagttattagctgttccaaaattgattctgagaagcacttgtcttacacacttggaactcaattctcttcct 217  Q
    |||||| | ||| ||     | || |||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||| ||    
T  10582800 gcaagatgcagtgatggcaaactgcgttaacctattagctgtgccaaaattgattctgagaagcacttgtcttacacacttgagactctattctctttct 10582899  T
Q  218 tctctcactgcatttccctcaagtggtctacccacttcattgcaatcacttgatatttggtcgtgtaagaatttatccttccttcctcctgaaacgtgga 317  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||       ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  10582900 tctctcactacatttccctcaagtggtctacccacttcattgcaatcacttcatatcgaaaattgtgagaatttatccttcctacctcctgaaacgtgga 10582999  T
Q  318 gcaattacacatcacttgtgagtcttcatttatggagaagttgtaagtacacacttacatcctttccacttgatggtttccctgcgctccaaacactt 415  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| | || |   | || ||| | |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  10583000 gcaactacacatcacttgtgagtctttagttctatcgtagctgtgatt---cacttacatcctttccacttgatggtttccctgcgctccgaacactt 10583094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 20 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 11779960 - 11779505
Alignment:
Q  20 actttgcattggttgtcgtcagtaaagaaaattaatatcgatgggcttgatggaaggacccaattgtcattgcttgagagtgattctccgtgtatgatgc 119  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||  |||| |||||| | || |||| || || ||| ||||||||||||||||| ||||||||||  | ||||||||    
T  11779960 actttgcattggttgtcgtcaataaaagaaatgaatatcaaaggacttggtgaaaagacacaattgtcattgcttgatagtgattctctatctatgatgc 11779861  T
Q  120 aagaagtagttattcgtgaatgtgttaagttattagctgttccaaaattgattctgagaagcacttgtcttacacacttggaactcaattctcttccttc 219  Q
    || | ||||| |||    | |||| | || ||| || ||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||  |||| |||||||| ||||    
T  11779860 aacatgtagtgattgaaaagtgtgctgagctatcagttgtgccaaaattgattttgagaagcatttgtcttacatacttgagactccattctctttcttc 11779761  T
Q  220 tctcactgcatttccctcaagtggtctacccacttcattgcaatcacttgatatttggtcgtgtaagaatttatccttccttcctcctgaaacgtggagc 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||      ||| |||| |||||||| || ||| ||||||||||||||    
T  11779760 tctcactgcatttccctcaagtggtctacccacttcattgcaatcacttcatattaaagattgtgagaacttatcctttctaccttctgaaacgtggagc 11779661  T
Q  320 aattacacatcacttgtgagtcttcatttatggagaagttgtaagtacacacttacatcctttccacttgatggtttccctgcgctccaaacacttatca 419  Q
    |||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||    |  ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||  |     
T  11779660 aattacacttcacttgtgagtctttatttatggagtagttgt---gatgcacttacatccttcccacttgatggtttccctgtgctccaaacacttgact 11779564  T
Q  420 tacatgattgtaggagtctggattccatttgtatttcagaaagtccttcatctcagtcg 478  Q
    ||  |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||  |||||| ||||||||    
T  11779563 taagtgattgtaggagtctggattccatttatattttagaaacaccttcacctcagtcg 11779505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 20 - 448
Target Start/End: Original strand, 11771325 - 11771750
Alignment:
Q  20 actttgcattggttgtcgtcagtaaagaaaattaatatcgatgggcttgatggaaggacccaattgtcattgcttgagagtgattctccgtgtatgatgc 119  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||  |||| |||||| | || |||| || || ||| || |||||||||||||| ||||||||||  | ||||||||    
T  11771325 actttgcattggttgtcgtcaataaaagaaatgaatatcaacggccttggtgaaaagacacagttgtcattgcttgatagtgattctctatctatgatgc 11771424  T
Q  120 aagaagtagttattcgtgaatgtgttaagttattagctgttccaaaattgattctgagaagcacttgtcttacacacttggaactcaattctcttccttc 219  Q
    || | ||||| |||    | | |||| || ||| || ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||  |||| |||||||| ||||    
T  11771425 aacatgtagtgattgaaaagtatgttgagctatcagttgtgccaaaattgattttgagaagcacttgtcttacatacttgagactccattctctttcttc 11771524  T
Q  220 tctcactgcatttccctcaagtggtctacccacttcattgcaatcacttgatatttggtcgtgtaagaatttatccttccttcctcctgaaacgtggagc 319  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||      ||| |||| |||||||| || ||| ||||||||||||||    
T  11771525 tctcactgcatttcccccaagtggtctacccacttcattgcaaatacttcatattaaagattgtgagaacttatcctttctaccttctgaaacgtggagc 11771624  T
Q  320 aattacacatcacttgtgagtcttcatttatggagaagttgtaagtacacacttacatcctttccacttgatggtttccctgcgctccaaacacttatca 419  Q
     ||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||    |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||    
T  11771625 tattacacttcacttgtgagtctttatttatggagtagttgt---gatgcacttacatcctttccacttgatggtttccctgcgctcaaatcacttacca 11771721  T
Q  420 tacatgattgtaggagtctggattccatt 448  Q
    || ||| |||||| |||||||||||||||    
T  11771722 tagatggttgtagtagtctggattccatt 11771750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 20 - 467
Target Start/End: Original strand, 10502674 - 10503117
Alignment:
Q  20 actttgcattggttgtcgtcagtaaagaaaattaatatcgatgggcttgatggaaggacccaattgtcattgcttgagagtgattctccgtgtatgatgc 119  Q
    |||||||||||| |||||||| | || |||  ||||||| ||||||||| || || ||| ||||| |||||||||| |||||| ||||| ||||||||||    
T  10502674 actttgcattggctgtcgtcattgaaaaaaggtaatatcaatgggcttggtgaaaagactcaattatcattgcttgggagtgactctccatgtatgatgc 10502773  T
Q  120 aagaagtagttattcgtgaatgtgttaagttattagctgttccaaaattgattctgagaagcacttgtcttacacacttggaactcaattctcttccttc 219  Q
    || | ||||| ||| ||   ||||||| | ||||| || |||||||| ||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||| ||  | |||| ||    
T  10502774 aacatgtagtcatttgtaggtgtgttacgctattatctattccaaaaatgatt-tgagaagcacttgtcttcaacacttggaactctatgatattccatc 10502872  T
Q  220 tctcactgcatttccctcaagtggtctacccacttcattgcaatcacttgatatttggtcgtgtaagaatttatccttccttcctcctgaaacgtggagc 319  Q
    ||||||||  ||||||  |  ||||||||||||||| ||||| ||||||  ||||     |||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  10502873 tctcactgtgtttcccaaagatggtctacccacttctttgcagtcacttagtattaaaaggtgtgagaatttatcctttcttcctgctgaaacgtggagc 10502972  T
Q  320 aattacacatcacttgtgagtcttcatttatggagaagttgtaagtacacacttacatcctttccacttgatggtttccctgcgctccaaacacttatca 419  Q
    ||||||||||  |||||||||||| |||||||||| || |||    |   ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||    
T  10502973 aattacacattgcttgtgagtcttgatttatggagtagctgt---gatggactaacatcctttccacttgatggtttccctgcactccaaagacttaaca 10503069  T
Q  420 tacatgattgtaggagtctggattccatttgtatttcagaaagtcctt 467  Q
    |   | | ||||||| | |||||||||||| || || | |||||||||    
T  10503070 ttagtaactgtaggaatttggattccatttttactttaaaaagtcctt 10503117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 67 - 466
Target Start/End: Complemental strand, 13853392 - 13852996
Alignment:
Q  67 tgatggaaggacccaattgtcattgcttgagagtgattctccgtgtatgatgcaagaagtagttattcgtgaatgtgttaagttattagctgttccaaaa 166  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||| || | ||||||| | | ||| |||    | ||||||| | | | | || | ||||||    
T  13853392 tgatggaaggacccaattgtcatttcttgggagcgattctccttgcacgatgcaacatgcagtgattgaaaagtgtgttatgctgtcatctatgccaaaa 13853293  T
Q  167 ttgattctgagaagcacttgtcttacacacttggaactcaattctcttccttctctcactgcatttccctcaagtggtctacccacttcattgcaatcac 266  Q
    |||||| |||||||||||| ||||  ||||||| ||||| ||  | |||| |||||||||| |||||| ||||||||||| || ||| ||||||||||||    
T  13853292 ttgattttgagaagcacttttcttcaacacttgaaactctatgatattccatctctcactgtatttccgtcaagtggtctgccaactccattgcaatcac 13853193  T
Q  267 ttgatatttggtcgtgtaagaatttatccttccttcctcctgaaacgtggagcaattacacatcacttgtgagtcttcatttatggagaagttgtaagta 366  Q
    |||| ||       ||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||  |||| |||| || |||    |    
T  13853192 ttgaaatagaaaaatgtgagaatttatcattccttcctcctgaaacatggagcaattacacatcgcttgcgagtcttactttacggagtagctgt---ga 13853096  T
Q  367 cacacttacatcctttccacttgatggtttccctgcgctccaaacacttatcatacatgattgtaggagtctggattccatttgtatttcagaaagtcct 466  Q
      ||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||| ||||   |||  ||| ||||||| |||||||||||||  ||||| ||||||||||    
T  13853095 tgcacttacatccttccaacttgatggtttccctgcactccaaagacttcggataagtgagtgtaggaatctggattccattaatattttagaaagtcct 13852996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 182 - 337
Target Start/End: Complemental strand, 10967519 - 10967364
Alignment:
Q  182 acttgtcttacacacttggaactcaattctcttccttctctcactgcatttccctcaagtggtctacccacttcattgcaatcacttgatatttggtcgt 281  Q
    |||||||||  ||||||| |||||| || | || | ||||||||||||||| | || | ||| || |||||||||||| | |||||||||||||     |    
T  10967519 acttgtcttcaacacttgcaactcatttatatttcctctctcactgcattttcatctaatggacttcccacttcattgaagtcacttgatatttccgact 10967420  T
Q  282 gtaagaatttatccttccttcctcctgaaacgtggagcaattacacatcacttgtg 337  Q
    ||||||||||| | ||| | ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  10967419 gtaagaatttagcattcttgcctccggaaatgtggagcaattacacatcacttgtg 10967364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 157 - 466
Target Start/End: Original strand, 10530892 - 10531195
Alignment:
Q  157 tgttccaaaattgattctgagaagcacttgtcttacacacttggaactcaattctcttccttctctcactgcatttccctcaagtggtctacccacttca 256  Q
    |||||| ||| ||||| |||||||||||||||||  ||||| ||| ||| ||  ||||||    |||||| |||||||    | ||||||||||||||||    
T  10530892 tgttcctaaaatgattatgagaagcacttgtcttctacactcggagctctatggtcttccc---ctcactacatttccgaagaatggtctacccacttca 10530988  T
Q  257 ttgcaatcacttgatatttggtcgtgtaagaatttatccttccttcctcctgaaacgtggagcaattacacatcacttgtgagtcttcatttatggagaa 356  Q
    ||||| ||||||  ||||      ||| |||| ||| | ||| | |||||||||||||||||||  |||||||| |||| |||||||  ||||||||| |    
T  10530989 ttgcagtcactttgtattgataattgtgagaagttagcattcatgcctcctgaaacgtggagcagatacacatcgcttgagagtcttattttatggagta 10531088  T
Q  357 gttgtaagtacacacttacatcctttccacttgatggtttccctgcgctccaaacacttatcatacatgattgtaggagtctggattccatttgtatttc 456  Q
    | |||    |  ||||||||||||| | |||||||||||||||||| |||| || ||||  |||   |  |||||||||| |||||||  ||| ||||||    
T  10531089 gctgt---gatgcacttacatccttccaacttgatggtttccctgcactccgaatactttacatttgtttttgtaggagtatggattcggtttttatttc 10531185  T
Q  457 agaaagtcct 466  Q
    ||||||||||    
T  10531186 agaaagtcct 10531195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 213 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 11244308 - 11244188
Alignment:
Q  213 ttccttctctcactgcatttccctcaagtggtctacccacttcattgcaatcacttgatatttggtcgtgtaagaatttatccttccttcctcctgaaac 312  Q
    |||| |||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||| |||||| ||||| ||||| |    ||| | |  ||| | ||||| |||||||||||    
T  11244308 ttccatctctcactgcatttcctacaaatggtctacccacttctttgcaaacacttcatattcgcaattgtgacagcttaacattcctacctcctgaaac 11244209  T
Q  313 gtggagcaattacacatcact 333  Q
    |||||||||||||||||||||    
T  11244208 gtggagcaattacacatcact 11244188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 302 - 465
Target Start/End: Original strand, 10679833 - 10679993
Alignment:
Q  302 cctcctgaaacgtggagcaattacacatcacttgtgagtcttcatttatggagaagttgtaagtacacacttacatcctttccacttgatggtttccctg 401  Q
    |||||||||||||||||||  || ||||| ||||||||||||  ||||||||| || |||    |  ||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  10679833 cctcctgaaacgtggagcagatatacatcgcttgtgagtcttattttatggagtagctgt---gatgcacttacatccttccaacttgatggtttccctg 10679929  T
Q  402 cgctccaaacacttatcatacatgattgtaggagtctggattccatttgtatttcagaaagtcc 465  Q
    | |||| || ||||  |||   |  |||||||||| |||||||  ||| |||||||||||||||    
T  10679930 cactccgaatactttacatttgtttttgtaggagtatggattcagtttttatttcagaaagtcc 10679993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 181 - 338
Target Start/End: Original strand, 13397732 - 13397889
Alignment:
Q  181 cacttgtcttacacacttggaactcaattctcttccttctctcactgcatttccctcaagtggtctacccacttcattgcaatcacttgatatttggtcg 280  Q
    ||||||||||  ||||||||| |||| || | || | |||||||||||||||||  ||| |||||| |||||||| ||||| ||||||  |||      |    
T  13397732 cacttgtcttcaacacttggatctcatttatatttcctctctcactgcatttccagcaaatggtcttcccacttcgttgcagtcacttcgtatagatgag 13397831  T
Q  281 tgtaagaatttatccttccttcctcctgaaacgtggagcaattacacatcacttgtga 338  Q
    ||| |||||||| | ||| | | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  13397832 tgtcagaatttagcattcttgcgtcctgaaacatggagcaattacacatcacttgtga 13397889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 403 - 470
Target Start/End: Original strand, 10085732 - 10085799
Alignment:
Q  403 gctccaaacacttatcatacatgattgtaggagtctggattccatttgtatttcagaaagtccttcat 470  Q
    |||||||||||||  ||||| |||||||||| || |||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  10085732 gctccaaacacttgacatacgtgattgtaggtgtttggattccatttttattttagaaagtccttcat 10085799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 403 - 470
Target Start/End: Original strand, 10192652 - 10192719
Alignment:
Q  403 gctccaaacacttatcatacatgattgtaggagtctggattccatttgtatttcagaaagtccttcat 470  Q
    |||||||||||||  ||||| |||||||||| || |||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  10192652 gctccaaacacttgacatacgtgattgtaggtgtttggattccatttttattttagaaagtccttcat 10192719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 285 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 11230137 - 11230092
Alignment:
Q  285 agaatttatccttccttcctcctgaaacgtggagcaattacacatc 330  Q
    |||||||||| || ||||||| ||| ||||||||||||||||||||    
T  11230137 agaatttatcgtttcttcctcttgatacgtggagcaattacacatc 11230092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 20 - 68
Target Start/End: Original strand, 10079501 - 10079549
Alignment:
Q  20 actttgcattggttgtcgtcagtaaagaaaattaatatcgatgggcttg 68  Q
    |||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||| |||| ||||    
T  10079501 actttggattggttgccgtcagtaaaaaaaattaatatcaatggtcttg 10079549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 20 - 68
Target Start/End: Original strand, 10186471 - 10186519
Alignment:
Q  20 actttgcattggttgtcgtcagtaaagaaaattaatatcgatgggcttg 68  Q
    |||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||| |||| ||||    
T  10186471 actttggattggttgccgtcagtaaaaaaaattaatatcaatggtcttg 10186519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 19 - 67
Target Start/End: Original strand, 10665610 - 10665658
Alignment:
Q  19 cactttgcattggttgtcgtcagtaaagaaaattaatatcgatgggctt 67  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| ||| |||| ||| ||||||||    
T  10665610 cactttgcattggttgtcgtcaataaaaaaagttaaaatcaatgggctt 10665658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083 (Bit Score: 209; Significance: 1e-114; HSPs: 1)
Name: scaffold0083
Description:

Target: scaffold0083; HSP #1
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 24 - 478
Target Start/End: Complemental strand, 55576 - 55125
Alignment:
Q  24 tgcattggttgtcgtcagtaaagaaaattaatatcgatgggcttgatggaaggacccaattgtcattgcttgagagtgattctccgtgtatgatgcaaga 123  Q
    ||||||||||||| ||| |||| | ||| |||||| ||||||||| || |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  55576 tgcattggttgtcttcaataaaaataatgaatatcaatgggcttggtgaaagttcccaattgtcattgcttgagagtgattctccgtgtatgatgcaaca 55477  T
Q  124 agtagttattcgtgaatgtgttaagttattagctgttccaaaattgattctgagaagcacttgtcttacacacttggaactcaattctcttccttctctc 223  Q
     ||||  ||||   | |||  |||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||| ||||||||    
T  55476 tgtagcgattcacaactgttctaagctattagctgtgccaaaattgattctgaaaagcacttgtcttacacacttgaaactccattcactttcttctctc 55377  T
Q  224 actgcatttccctcaagtggtctacccacttcattgcaatcacttgatatttggtcgtgtaagaatttatccttccttcctcctgaaacgtggagcaatt 323  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||      ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  55376 actgcatttccctcaagtggactacccacttcattgcaatcacttcatattgaaaaatgtgagaatttatccttcctacctcctgaaacgtggagcaatt 55277  T
Q  324 acacatcacttgtgagtcttcatttatggagaagttgtaagtacacacttacatcctttccacttgatggtttccctgcgctccaaacacttatcataca 423  Q
    ||||||||||||| |||||| || |||     |||||| | |   |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||      
T  55276 acacatcacttgtcagtcttaatatatcatatagttgtgatt---cacttacatcctttccacttgatggtttccctgccctccaaacacttgacataag 55180  T
Q  424 tgattgtaggagtctggattccatttgtatttcagaaagtccttcatctcagtcg 478  Q
    |   ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  55179 tagatgtaggagtctggtttccatttgtatttcagaaagtccttcacctcggtcg 55125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 124; Significance: 1e-63; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 20 - 469
Target Start/End: Original strand, 26908979 - 26909425
Alignment:
Q  20 actttgcattggttgtcgtcagtaaagaaaattaatatcgatgggcttgatggaaggacccaattgtcattgcttgagagtgattctccgtgtatgatgc 119  Q
    ||||| |||||| |||||||  ||  ||||||||||||| ||||||||| |  |||||||  ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||    
T  26908979 actttacattgggtgtcgtccataccgaaaattaatatccatgggcttggtaaaaggaccatattgtcattgcttaagagtgattctccctgtatgatgc 26909078  T
Q  120 aagaagtagttattcgtgaatgtgttaagttattagctgttccaaaattgattctgagaagcacttgtcttacacacttggaactcaattctcttccttc 219  Q
    |||| ||||| ||||   | ||||||  | |||||| | | ||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||| ||||| |||||||| | ||    
T  26909079 aagatgtagtgattcaaaattgtgttgggctattaggtttgccaaaattgattctgagaagcacatgtcttcaacacttgaaactctattctctttcatc 26909178  T
Q  220 tctcactgcatttccctcaagtggtctacccacttcattgcaatcacttgatatttggtcgtgtaagaatttatccttccttcctcctgaaacgtggagc 319  Q
    | || | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||   |  |||  ||||||||||||||| |||| |||||| ||||||    
T  26909179 tatcgccgcattaccctcaagtggtctacccacttcattgcaatcaattgaaattgaattttgtttgaatttatccttcctacctcttgaaacctggagc 26909278  T
Q  320 aattacacatcacttgtgagtcttcatttatggagaagttgtaagtacacacttacatcctttccacttgatggtttccctgcgctccaaacacttatca 419  Q
    |||||||||||||||||||   || | ||||     || |||    |  |||||  ||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||  ||||  |    
T  26909279 aattacacatcacttgtgaacattgagttatatcatagctgt---gatgcacttgaatcatttccgcttgatggtttccctgctctccaaagtcttaaaa 26909375  T
Q  420 tacatgattgtaggagtctggattccatttgtatttcagaaagtccttca 469  Q
    |  | |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  26909376 tttacgattgtaggagtgtggattccatttatatttcagaaactccttca 26909425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 72; Significance: 1e-32; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 285 - 470
Target Start/End: Original strand, 11487385 - 11487567
Alignment:
Q  285 agaatttatccttccttcctcctgaaacgtggagcaattacacatcacttgtgagtcttcatttatggagaagttgtaagtacacacttacatcctttcc 384  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||   ||| | ||||  || || ||| |     ||||||||||||||||    
T  11487385 agaatttatcattccttcctcctgaaacgtggagcaattacaagtctcttgtgtcgcttgagttatttagtagctgtgatg---cacttacatcctttcc 11487481  T
Q  385 acttgatggtttccctgcgctccaaacacttatcatacatgattgtaggagtctggattccatttgtatttcagaaagtccttcat 470  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| |   || ||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  11487482 acttgatggtttccctgcgctccaaagactaaaactatatgattgtaggtgtctggattccatttttattttagaaagtccttcat 11487567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 369 - 469
Target Start/End: Complemental strand, 44955291 - 44955191
Alignment:
Q  369 cacttacatcctttccacttgatggtttccctgcgctccaaacacttatcatacatgattgtaggagtctggattccatttgtatttcagaaagtccttc 468  Q
    |||||| ||| || ||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||   || |||||||||||||||||| ||||  ||||  |||||||||||    
T  44955291 cacttaaatcattcccacttgatggtttccctgtgctccaaagacttaacattagtggttgtaggagtctggattcaattttcattttggaaagtccttc 44955192  T
Q  469 a 469  Q
    |    
T  44955191 a 44955191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 67; Significance: 1e-29; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 168 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 17850756 - 17850570
Alignment:
Q  168 tgattctgagaagcacttgtcttacacacttggaactcaattctcttccttctctcactgcatttccctcaagtggtctacccacttcattgcaatcact 267  Q
    ||||| |||| ||||||||||||  |||||||  |||||||  | |||| |||||||||||||||||  |   || || || |||||||||||| |||||    
T  17850756 tgattatgaggagcacttgtcttcaacacttgacactcaatgatattccgtctctcactgcatttccgacggatgttcaactcacttcattgcagtcact 17850657  T
Q  268 tgatatttggtcgtgtaagaatttatccttccttcctcctgaaacgtggagcaattacacatcacttgtgagtcttcatttatggag 354  Q
    | ||||| |   ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||    
T  17850656 tcatattagtatgtgtaagaatttatccttcatgcctcctgaaacgtggaacaattacacatcacttgcgagtcttgagttatggag 17850570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University