View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20061_low_1 (Length: 943)

Name: NF20061_low_1
Description: NF20061
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20061_low_1
NF20061_low_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (15-927)||(45954111-45955013)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 835; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 835; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 927
Target Start/End: Complemental strand, 45955013 - 45954111
Alignment:
Q  15 tatactctcgaaataattttggttacagttgaaaagaaaaacatggcagccaaaaggttctttaattgtctcagcatcaagcaccaagaaaatcctcata 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45955013 tatactctcgaaataattttggttacagttgaaaagaaaaacatggcagccaaaaggttctttaattgtctcagcatcaagcaccaagaaaatcctcata 45954914  T
Q  115 atgggaggtactagattcattggtgtgtttttgtcaaggcaacttgtcaaagaaggccaccaggtatatatgattttattattactcattatttgactct 214  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45954913 atgggaggtactagattcattggtgtgtttttgtcaaggcaacttgtcaaagaaggccaccaggtatatatgattttattattactcattatttgactct 45954814  T
Q  215 aaccggaaataatatatttttgaattaaggtttaggaaaataacttgtaaatttggtaggtaactttatttacaagaggaaaagcacctatcactcaaca 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  45954813 aaccggaaataatatatttttgaattaaggtttaggaaaataacttgtaaatttggtaggtaactttattcacaagaggaaaagcacctatcactcaaca 45954714  T
Q  315 attgccaggtgaatcagacactgactttgctgatttttcttccaaggtatgctaattgtaaatgtaaacatcaaagctggatcattcactatttttgtaa 414  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  45954713 attgccaggtgaatcagacactgactttgctgatttttcttccaaggtatgttaattgtaaatgtaaacatcaaagctgtttcattcactatttttgtaa 45954614  T
Q  415 tgtaatgtaatttatttttatttcatagatcttgcatttgaaaggagacaggaaagactatgattttgtaaaatctagtctctcagcagaaggatttgat 514  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45954613 tgtaatgtaacttatttttatttcatagatcttgcatttgaaaggagacaggaaagactatgattttgtaaaatctagtctctcagcagaaggatttgat 45954514  T
Q  515 gttgtttatgacattaatggtatttagattcttaactctcacaccttctgtgctgaataccatttcttactattcatattaagaattgtgatttttcatg 614  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45954513 gttgtttatgacattaatggtatttagattcttaactttcacaccttctgtgctgaataccatttcttactattcatattaagaattgtgatttttcatg 45954414  T
Q  615 atatgtatctctcttcaaatttaatgattttatttggcatatgttacaggacgagaggcagaagaagttgagcccatattggatgctctgcctaatctag 714  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  45954413 atatgtatctctcttcaaatttaatgattttatttggcatatgttacaggacgagaggcagaagaagttgagcccatattggatgctctgcctaatcttg 45954314  T
Q  715 aacagtaagcagtagcaatagtttttctgatgtattataaaagtctatttcaaatataaatgcaattgtcattggtctattcattaacaagtgattagtt 814  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45954313 aacagtaagcagtagcaatagtttttctgatgtattataaaagtctatttcaaatataaatgcaattgtcattggtctattcattaacaagtgattagtt 45954214  T
Q  815 aattatgtttaagaatgactttgattacacaaataagaaaacaaatttttaggatatacttga--tatgcactgtcattgtaaagattttatacgctcca 912  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45954213 aattatgtttaagaatgactttgattacac------------aaatttttaggatatacttgatctatgcactgtcattgtaaagattttatacgctcca 45954126  T
Q  913 ttttgtttataatta 927  Q
    |||||||||||||||    
T  45954125 ttttgtttataatta 45954111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University