View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20063_high_4 (Length: 504)

Name: NF20063_high_4
Description: NF20063
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20063_high_4
NF20063_high_4
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (11-488)||(35899828-35900305)
chr1 (82-481)||(44145722-44146127)
chr1 (96-488)||(17810658-17811053)
chr1 (68-481)||(44613458-44613874)
chr1 (123-481)||(11543460-11543821)
chr1 (97-442)||(44794493-44794841)
[»] scaffold0017 (2 HSPs)
scaffold0017 (84-488)||(181349-181756)
scaffold0017 (82-488)||(170262-170671)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (83-488)||(29506511-29506919)
[»] scaffold0061 (1 HSPs)
scaffold0061 (82-488)||(28121-28530)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (109-488)||(26728998-26729380)
chr3 (106-488)||(8343405-8343790)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (90-277)||(29227859-29228046)
chr2 (90-277)||(29341158-29341345)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 454; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 454; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 35900305 - 35899828
Alignment:
Q  11 catagggtaaattaaaagaccagttgttgagtgaaaccacaggtagaaatgatgaagttgaattaatgaactcctgagccattaaagtaagattctttac 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35900305 catagggtaaattaaaagaccagttgttgagtgaaatcacaggtagaaatgatgaagttgaattaatgaactcctgagccattaaagtaagattctttac 35900206  T
Q  111 acaagttgggattcctcctgataagctattaagtgacaaatctaagacatgaagatttctcaaataacagagatttgaaggtagacttccattgaattta 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35900205 acaagttgggattcctcctgataagctattaagtgacaaatctaagacatgaagatttctcaaataacagagatttgaaggtagacttccattgaattta 35900106  T
Q  211 ttgaaccgaagacttaagattattaattggtgtaaactgtctccaatccataaaggtaatggaccatgaaacatattttctccaagatccaataaagcca 310  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  35900105 ttgaaccgaaggcttaagattattaattggtgcaaactatctccaatccataaaggtaatggaccatgaaatatattttctccaagatccaataaagcca 35900006  T
Q  311 agtttgagcaattctttaatgaggaaggaagttgtccccccaaattattatttgttaaactcaaagcctccaaattagaaagggcacccattgagaaggg 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35900005 agtttgagcaattctttaatgaggaaggaagttgtccccccaaattattatttgttaaactcaaagcctccaaattagaaagggcacccattgagaaggg 35899906  T
Q  411 aatctttccagacaacttgttattgctcaggtcaatatattgtaatgaggataaattattccaacaatcagacaactc 488  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35899905 aatctttccagacaacttgttatttctcaggtcaatatattgtaatgaggataaattattccaacaatcagacaactc 35899828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 82 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 44146127 - 44145722
Alignment:
Q  82 tcctgagccattaaagtaagattctttacacaagttgggattcctcctgataagctattaagtgacaaatctaagacatgaag-atttctcaaataacag 180  Q
    |||||| ||||| |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||| || || |||| ||||||| |||    
T  44146127 tcctgatccattgaagtaaaattatttacacaagttgggattcctcctgataagctatttagtgacagatccaagacttggaggatttttcaaata-cag 44146029  T
Q  181 agatttgaaggtagacttccattgaatttattgaaccgaagacttaagattattaattggtgtaaactgtctccaatccataaag---gtaatggaccat 277  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||  | || |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||   ||||  ||||||    
T  44146028 agatttgaaggtagacttccattgaagttattgaattggaggcttaagattactaattggtgtaaactatctccaatccatgaagaaggtaacagaccat 44145929  T
Q  278 gaaacatattttctccaagatccaataaagccaa---gtttgagcaattctttaatgaggaaggaagttgtccccccaaattattatttgttaaactcaa 374  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||   ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| | |||||||| |||| ||||| ||||    
T  44145928 gaaacatattttctccaagatccaacaaagccaacttgtttgagcaattcttcaatgaagaaggaagttgtccactcaaattatcatttcttaaaatcaa 44145829  T
Q  375 agcctccaaattagaaagggcacccattgagaagggaatctttccagacaacttgttattgctcaggtcaatatattgtaatgaggataaattattccaa 474  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||| | |||| | |   ||| | || |||||||||||||    
T  44145828 agcctccatgttagaaagggcacccattgagattggaatctttcctgacaacttgttattgctctgatcaacaaaccttaacgcggttaaattattccaa 44145729  T
Q  475 caatcag 481  Q
    |||||||    
T  44145728 caatcag 44145722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 96 - 488
Target Start/End: Original strand, 17810658 - 17811053
Alignment:
Q  96 agtaagattctttacacaagttgggattcctcctgataagctattaagtgacaaatctaagacatgaagatttctcaaataacagagatttgaaggtaga 195  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||| || ||  |||| |||||||||||||| | ||||||||||| |    
T  17810658 agtaaaattcattacacaagttgggattcctcctgataagttatttagtgacagatccaatactcgaagttttctcaaataacatacatttgaaggtata 17810757  T
Q  196 cttccattgaatttattgaaccgaagacttaagattattaattggtgtaaactgtctccaatccataaaggtaatggaccatgaaacatattttctccaa 295  Q
    |||||| | || |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |    
T  17810758 cttccacttaaattattgaatcgaagacttaagattactaattggtgtaaattgtctccaacccatgaaggtaatggaccatgaaacttattttctccga 17810857  T
Q  296 gatccaataaagcca---agtttgagcaattctttaatgaggaaggaagttgtccccccaaattattatttgttaaactcaaagcctccaaattagaaag 392  Q
    | ||||| |||||||    ||  ||||| ||||| |||||||||| ||||||||| | ||||  ||||||| ||||| ||||||||||||  |||  |||    
T  17810858 ggtccaacaaagccagcttgtcggagcatttcttcaatgaggaagtaagttgtccactcaaaccattatttcttaaaatcaaagcctccatgttaacaag 17810957  T
Q  393 ggcacccattgagaagggaatctttccagacaacttgttattgctcaggtcaatatattgtaatgaggataaattattccaacaatcagacaactc 488  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||| | |||||||||| | ||| |||||||||||||||| ||||||    
T  17810958 ggcacccattgagaagggaatctttcctgacaacttgttatttctgaggtcaacaaattgtaatgatgctaagttattccaacaatcaggcaactc 17811053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 68 - 481
Target Start/End: Complemental strand, 44613874 - 44613458
Alignment:
Q  68 ttgaattaatgaactcctgagccattaaagtaagattctttacacaagttgggattcctcctgataagctattaagtgacaaatctaagacatgaagatt 167  Q
    ||||| |||| || |||| || |||| | |||| ||| |||| |||||||||||||| |||||||| | | || ||||||||||| ||||| ||||| ||    
T  44613874 ttgaactaatcaagtcctaagacattgatgtaaaattgtttatacaagttgggattcttcctgatatgttgttcagtgacaaatccaagacttgaagttt 44613775  T
Q  168 tctcaaataacagagatttgaaggtagacttccattgaatttattgaaccgaagacttaagattattaattggtgtaaactgtctccaatccataaaggt 267  Q
    | |||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||| | ||||| |||||||||  ||| |  ||||| || |||||||||||| |||||    
T  44613774 tgtcaagtaacagagatttgaaggtaaacttccatagaagttattggatcgaaggcttaagatttctaaattttgtaagctatctccaatccatgaaggt 44613675  T
Q  268 aatggaccatgaaacatattttctccaagatccaataaagccaa---gtttgagcaattctttaatgaggaaggaagttgtccccccaaattattatttg 364  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||   ||||||||||||||| || ||||||||||||||||| | |||| ||||||||     
T  44613674 aatggaccatgaaacttattttctccaagatccaacaaagccaacttgtttgagcaattcttcaaagaggaaggaagttgtccactcaaactattatttc 44613575  T
Q  365 ttaaactcaaagcctccaaattagaaagggcacccattgagaagggaatctttccagacaacttgttattgctcaggtcaatatattgtaatgaggataa 464  Q
    ||||| |||||||||||| ||| | ||||| |||||||||||| |||||||||||  | || |||||||| || | ||||| | ||| ||| |||| ||     
T  44613574 ttaaaatcaaagcctccatatttgtaagggtacccattgagaatggaatctttccccataatttgttatttcttaagtcaacaaattttaacgaggttag 44613475  T
Q  465 attattccaacaatcag 481  Q
    |||||||||||||||||    
T  44613474 attattccaacaatcag 44613458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 123 - 481
Target Start/End: Original strand, 11543460 - 11543821
Alignment:
Q  123 tcctcctgataagctattaagtgacaaatctaagacatgaagatttctcaaataacagagatttgaaggtagacttccattgaatttattgaaccgaaga 222  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||| || ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||   | |||     
T  11543460 tcctcctgataagctatttagtgacatatctaagatatgcagttttcttaaataacagagatttgaaggtatacttccactgaagttattggctcaaagg 11543559  T
Q  223 cttaagattattaattggtgtaaactgtctccaatccataaaggtaatggaccatgaaacatattttctccaagatccaataaagccaa---gtttgagc 319  Q
    |||||||||| || ||| ||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||| | ||||||   || |||||    
T  11543560 cttaagattactagttgttgtaaactgcctccaatccatgaaggtaacggaccatgaaacgtattttctccaaggtccaagatagccaacttgtctgagc 11543659  T
Q  320 aattctttaatgaggaaggaagttgtccccccaaattattatttgttaaactcaaagcctccaaattagaaagggcacccattgagaagggaatctttcc 419  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||| | |||| |||||||| ||| |  |||| | | ||  |||  |||||||||||| || || || ||||||||    
T  11543660 aattcttcaatgaagaaggaagttgtccactcaaactattatttcttagaaccaaatcttgcatgttaacaagggcacccatcgacaatgggatctttcc 11543759  T
Q  420 agacaacttgttattgctcaggtcaatatattgtaatgaggataaattattccaacaatcag 481  Q
     |||||||||||||| || ||||||| ||| | ||  |||| ||||||||||||||||||||    
T  11543760 cgacaacttgttattactgaggtcaacatagtatagcgaggttaaattattccaacaatcag 11543821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 131; E-Value: 1e-67
Query Start/End: Original strand, 97 - 442
Target Start/End: Original strand, 44794493 - 44794841
Alignment:
Q  97 gtaagattctttacacaagttgggattcctcctgataagctattaagtgacaaatctaagacatgaagatttctcaaataacagagatttgaaggtagac 196  Q
    |||| ||| |||| |||||||||||||| |||||||| | | || ||||||||||| ||||| ||||| ||| |||| ||||||||||||||||||| ||    
T  44794493 gtaaaattgtttatacaagttgggattcttcctgatatgttgttcagtgacaaatccaagacttgaagttttgtcaagtaacagagatttgaaggtaaac 44794592  T
Q  197 ttccattgaatttattgaaccgaagacttaagattattaattggtgtaaactgtctccaatccataaaggtaatggaccatgaaacatattttctccaag 296  Q
    |||||| ||| |||||| | ||||| |||||||||  ||| |  ||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  44794593 ttccatagaagttattggatcgaaggcttaagatttctaaattttgtaagctatctccaatccatgaaggtaatggaccatgaaacttattttctccaag 44794692  T
Q  297 atccaataaagccaa---gtttgagcaattctttaatgaggaaggaagttgtccccccaaattattatttgttaaactcaaagcctccaaattagaaagg 393  Q
    |||||| ||||||||   ||||||| ||||||| || ||||||||||||||||| | |||| |||||||| |||||  ||||   ||||   ||| ||||    
T  44794693 atccaacaaagccaacttgtttgagaaattcttcaaagaggaaggaagttgtccactcaaactattatttcttaaaaccaaattgtccatgctagcaagg 44794792  T
Q  394 gcacccattgagaagggaatctttccagacaacttgttattgctcaggt 442  Q
    | |||||||||||| ||||||||||| | |||||| |||||||| ||||    
T  44794793 gaacccattgagaatggaatctttcctgtcaacttattattgctgaggt 44794841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0017 (Bit Score: 206; Significance: 1e-112; HSPs: 2)
Name: scaffold0017
Description:

Target: scaffold0017; HSP #1
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 84 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 181756 - 181349
Alignment:
Q  84 ctgagccattaaagtaagattctttacacaagttgggattcctcctgataagctattaagtgacaaatctaagacatgaagatttctcaaataacagaga 183  Q
    ||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||| ||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  181756 ctgagtcattgaagtaaaattctttacacaagttgggattcctcctgataagctatttacggacagatccaagacatgaagttttgtcaaataacagaga 181657  T
Q  184 tttgaaggtagacttccattgaatttattgaaccgaagacttaagattattaattggtgtaaactgtctccaatccataaaggtaatggaccatgaaaca 283  Q
    |||||||| ||| |||||||||| || ||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||  |||||||||||||||||||     
T  181656 tttgaaggaagaattccattgaagttgttgaatcgaaggcttaagattactaattggtgtaaactttgtccaatccatgcaggtaatggaccatgaaact 181557  T
Q  284 tattttctccaagatccaataaagccaa---gtttgagcaattctttaatgaggaaggaagttgtccccccaaattattatttgttaaactcaaagcctc 380  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||   |||| |||||||||| ||  ||||||||||||| || | || | |||||||| |||||  |||| ||||    
T  181556 tattttctccaagatccaacagagccaacttgttttagcaattcttcaaacaggaaggaagttgaccactcatactattatttcttaaaaccaaaacctc 181457  T
Q  381 caaattagaaagggcacccattgagaagggaatctttccagacaacttgttattgctcaggtcaatatattgtaatgaggataaattattccaacaatca 480  Q
    || ||| | ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  181456 catatttgtaagggtacccattgagaagggaatctttccggacaacttgttattgctcagatcaacatattgtaatgaggttaaatcattccaacaatca 181357  T
Q  481 gacaactc 488  Q
    | ||||||    
T  181356 ggcaactc 181349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0017; HSP #2
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 82 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 170671 - 170262
Alignment:
Q  82 tcctgagccattaaagtaagattctttacacaagttgggattcctcctgataagctattaagtgacaaatctaagacatgaagatttctcaaataacaga 181  Q
    |||||||||||| |||| | ||| ||||||||||| |||||||||||||||||  |||| ||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||| |    
T  170671 tcctgagccattgaagttaaattgtttacacaagtggggattcctcctgataaattatttagtgacatatctaagacatgaagttttgtcaaataacata 170572  T
Q  182 gatttgaaggtagacttccattgaatttattgaaccgaagacttaagattattaattggtgtaaactgtctccaatccataaaggtaatggaccatgaaa 281  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||| ||||||  ||||  |||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  170571 gatttgaaggtagacttccattgaagttattgaatcgaaggcttaagattactaattgtcgtaagttgtctccaatccatgaaggtaatggaccttgaaa 170472  T
Q  282 catattttctccaagatccaataaagccaa---gtttgagcaattctttaatgaggaaggaagttgtccccccaaattattatttgttaaactcaaagcc 378  Q
    ||||||||||||||||||||| | ||||||   ||||||| ||||||| || |||||||||||||| || | |||| |||||||| |||||  |||||||    
T  170471 catattttctccaagatccaacatagccaacttgtttgagaaattcttcaaagaggaaggaagttggccactcaaactattatttcttaaaaccaaagcc 170372  T
Q  379 tccaaattagaaagggcacccattgagaagggaatctttccagacaacttgttattgctcaggtcaatatattgtaatgaggataaattattccaacaat 478  Q
    ||||  |||  ||||||||||||||||| |||||| |||||  | || ||||||||||| ||||||| | ||| |||||||| || ||||||||||||||    
T  170371 tccatgttaacaagggcacccattgagatgggaatttttccccataatttgttattgctgaggtcaacaaattttaatgaggttagattattccaacaat 170272  T
Q  479 cagacaactc 488  Q
    ||| ||||||    
T  170271 caggcaactc 170262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 199; Significance: 1e-108; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 83 - 488
Target Start/End: Original strand, 29506511 - 29506919
Alignment:
Q  83 cctgagccattaaagtaagattctttacacaagttgggattcctcctgataagctattaagtgacaaatctaagacatgaagatttctcaaataacagag 182  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| | |||||||||||| ||    
T  29506511 cctgagccattgaagtaaaattctttacacatgttgggattcctcctgataagctatttagtgacaaatccaagacttgaagttctctcaaataacatag 29506610  T
Q  183 atttgaaggtagacttccattgaatttattgaaccgaagacttaagattattaattggtgtaaactgtctccaatccataaaggtaatggaccatgaaac 282  Q
     |||||||| || ||| | ||||| | |||||  ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  29506611 gtttgaaggcaggctttcgttgaaatcattgagtcgaaggcttaagattattaactggtgtaaactgtctccaatccatgaaggtattggaccatgaaac 29506710  T
Q  283 atattttctccaagatccaataaagccaa---gtttgagcaattctttaatgaggaaggaagttgtccccccaaattattatttgttaaactcaaagcct 379  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||   |||||| |||||||| || |||||||||| |||||| | |||| | |||||| ||||| |||||||||    
T  29506711 atattttctccaaggtccaacaaagccaatttgtttgaacaattcttcaaggaggaaggaaattgtccactcaaactgttatttcttaaaatcaaagcct 29506810  T
Q  380 ccaaattagaaagggcacccattgagaagggaatctttccagacaacttgttattgctcaggtcaatatattgtaatgaggataaattattccaacaatc 479  Q
    ||| ||||  ||| |||||||||||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||| |||| | | |||||||||| || |||||||||||||||    
T  29506811 ccatattaacaagagcacccattgagaatggaatcttacccgacaagttgttattgctcagttcaacaaactgtaatgaggttagattattccaacaatc 29506910  T
Q  480 agacaactc 488  Q
    || ||||||    
T  29506911 aggcaactc 29506919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0061 (Bit Score: 192; Significance: 1e-104; HSPs: 1)
Name: scaffold0061
Description:

Target: scaffold0061; HSP #1
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 82 - 488
Target Start/End: Original strand, 28121 - 28530
Alignment:
Q  82 tcctgagccattaaagtaagattctttacacaagttgggattcctcctgataagctattaagtgacaaatctaagacatgaagatttctcaaataacaga 181  Q
    |||||||||||| |||| | ||| ||||||||||| |||||||||||||||||  |||| ||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||| |    
T  28121 tcctgagccattgaagttaaattgtttacacaagtggggattcctcctgataaattatttagtgacatatctaagacatgaagttttgtcaaataacata 28220  T
Q  182 gatttgaaggtagacttccattgaatttattgaaccgaagacttaagattattaattggtgtaaactgtctccaatccataaaggtaatggaccatgaaa 281  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||| ||||||  ||||  |||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  28221 gatttgaaggtagacttccattgaagttattgaatcgaaggcttaagattactaattgtcgtaagttgtctccaatccatgaaggtaatggaccttgaaa 28320  T
Q  282 catattttctccaagatccaataaagccaa---gtttgagcaattctttaatgaggaaggaagttgtccccccaaattattatttgttaaactcaaagcc 378  Q
    ||||||||||||||||||||| | ||||||   ||||||| ||||||| || |||||||||||||| || | |||| |||||||| |||||  |||||||    
T  28321 catattttctccaagatccaacatagccaacttgtttgagaaattcttcaaagaggaaggaagttggccactcaaactattatttcttaaaaccaaagcc 28420  T
Q  379 tccaaattagaaagggcacccattgagaagggaatctttccagacaacttgttattgctcaggtcaatatattgtaatgaggataaattattccaacaat 478  Q
    ||||  |||  ||||||||||||||||| |||||| |||||  | || ||||||||||| ||||||| | ||| |||||||| || ||||||||||||||    
T  28421 tccatgttaacaagggcacccattgagatgggaatttttccccataatttgttattgctgaggtcaacaaattttaatgaggttagattattccaacaat 28520  T
Q  479 cagacaactc 488  Q
    ||| ||||||    
T  28521 caggcaactc 28530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 169; Significance: 2e-90; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 109 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 26729380 - 26728998
Alignment:
Q  109 acacaagttgggattcctcctgataagctattaagtgacaaatctaagacatgaagatttctcaaataacagagatttgaaggtagacttccattgaatt 208  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |||| || || | ||| |||||   ||| |||||||||||||| | ||||||||||| |||||||| ||| |    
T  26729380 acacatgttgggattcctcctgataagttatttagggaaagatccaagactctaaggtttctcaaataacaaatatttgaaggtatacttccatagaagt 26729281  T
Q  209 tattgaaccgaagacttaagattattaattggtgtaaactgtctccaatccataaaggtaatggaccatgaaacatattttctccaagatccaataaagc 308  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||||||  ||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  26729280 tattgaaccgaaggcttaatattattaattgccgtaaactctctccaatccatgcaggtaatggaccatgaaacatattttctccaaggtccaacaaagc 26729181  T
Q  309 caa---gtttgagcaattctttaatgaggaaggaagttgtccccccaaattattatttgttaaactcaaagcctccaaattagaaagggcacccattgag 405  Q
    |||   |||||| |||||||| |||||||||| ||||||||| | |||| |||||||| ||||| |||||||||| |  |||  ||| ||||||||||||    
T  26729180 caacttgtttgaacaattcttcaatgaggaagtaagttgtccactcaaactattatttcttaaaatcaaagcctctatgttaacaagagcacccattgag 26729081  T
Q  406 aagggaatctttccagacaacttgttattgctcaggtcaatatattgtaatgaggataaattattccaacaatcagacaactc 488  Q
     | ||||| |||||  |||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||    
T  26729080 gatggaatatttccccacaacttgttattgctcaagtcaacatagtgtaatgatgctaaattattccaacaatcaggcaactc 26728998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 148; E-Value: 7e-78
Query Start/End: Original strand, 106 - 488
Target Start/End: Complemental strand, 8343790 - 8343405
Alignment:
Q  106 tttacacaagttgggattcctcctgataagctattaagtgacaaatctaagacatgaagatttctcaaataacagagatttgaaggtagacttccattga 205  Q
    |||||||| | ||| || |||||||||||| |||| || |||| ||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  8343790 tttacacatggtggaatccctcctgataagttatttagcgacagatccaagacatgaagttttctcaaataacaaagatttgaaggtatacttccattga 8343691  T
Q  206 atttattgaaccgaagacttaagattattaattggtgtaaactgtctccaatccataaaggtaatggaccatgaaacatattttctccaagatccaataa 305  Q
    | |||||||  ||||  |||||||||| |||||| |||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||| ||    
T  8343690 agttattgactcgaatgcttaagattactaattgatgtaagttgtctccaatccatgaaggtaatggaccatgaaacttattttctccaatttccaacaa 8343591  T
Q  306 agccaa---gtttgagcaattctttaatgaggaaggaagttgtccccccaaattattatttgttaaactcaaagcctccaaattagaaagggcacccatt 402  Q
    || |||    ||||||||||| || || ||||||||||||||||| | |||| ||||| || ||||| | ||||| || | ||| | || |  |||||||    
T  8343590 agtcaacttttttgagcaatttttcaaggaggaaggaagttgtccactcaaactattacttcttaaaattaaagcttcgatatttggaacgttacccatt 8343491  T
Q  403 gagaagggaatctttccagacaacttgttattgctcaggtcaatatattgtaatgaggataaattattccaacaatcagacaactc 488  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||| || ||||||| ||| | |||||||| |||||||||||||||||| | ||||||    
T  8343490 gagaatggaatctttcccgacaacttgttattactaaggtcaagatagtataatgaggttaaattattccaacaatcgggcaactc 8343405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 72; Significance: 2e-32; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 90 - 277
Target Start/End: Original strand, 29227859 - 29228046
Alignment:
Q  90 cattaaagtaagattctttacacaagttgggattcctcctgataagctattaagtgacaaatctaagacatgaagatttctcaaataacagagatttgaa 189  Q
    |||| |||||| |||||| ||||| | ||| ||||||||||| |||||||| ||||||| |||||| || ||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  29227859 cattgaagtaaaattcttaacacatgatggaattcctcctgagaagctatttagtgacagatctaatacttgaagttctctcaaataacagagatttgaa 29227958  T
Q  190 ggtagacttccattgaatttattgaaccgaagacttaagattattaattggtgtaaactgtctccaatccataaaggtaatggaccat 277  Q
    | |||||||||||||||  | ||  | ||||| |||||||||| | ||   |||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  29227959 gctagacttccattgaagctgttagatcgaaggcttaagattagtgatccttgtagactgtctccaatccataaaggcaatgcaccat 29228046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 90 - 277
Target Start/End: Original strand, 29341158 - 29341345
Alignment:
Q  90 cattaaagtaagattctttacacaagttgggattcctcctgataagctattaagtgacaaatctaagacatgaagatttctcaaataacagagatttgaa 189  Q
    |||| |||||| |||||| ||||| | ||| ||||||||||| |||||||| ||||||| |||||| || ||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  29341158 cattgaagtaaaattcttaacacatgatggaattcctcctgagaagctatttagtgacagatctaatacttgaagttctctcaaataacagagatttgaa 29341257  T
Q  190 ggtagacttccattgaatttattgaaccgaagacttaagattattaattggtgtaaactgtctccaatccataaaggtaatggaccat 277  Q
    | |||||||||||||||  | ||  | ||||| |||||||||| | ||   |||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  29341258 gctagacttccattgaagctgttagatcgaaggcttaagattagtgatccttgtagactgtctccaatccataaaggcaatgcaccat 29341345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University