View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20071_high_14 (Length: 472)

Name: NF20071_high_14
Description: NF20071
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20071_high_14
NF20071_high_14
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (19-455)||(2461249-2461685)
chr5 (19-455)||(2450233-2450669)
chr5 (19-455)||(2445472-2445908)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 421; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 421; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 455
Target Start/End: Original strand, 2461249 - 2461685
Alignment:
Q  19 attctgtccatgttattgtggcatttgaggcttaccaaaaactaagtcaagtgtgtgtccggccaatgatagcaatttcatcaatggcgaacattcatga 118  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2461249 attctgtccatgttattgtggcgtttgaggcttaccaaaaactaagtcaagtgtgtgtccggccaatgatagcaatttcatcaatggcgaacattcatga 2461348  T
Q  119 agacatttgtgcaactgctgatagaaagagagccgcagtcatcattcttccatttcataagcaacaaagattagacggttcactaggcattataagaaat 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2461349 agacatttgtgcaactgctgatagaaagagagccgcagtcatcattcttccatttcataagcaacaaagattagacggttcactaggcattataagaaat 2461448  T
Q  219 gattttcgactggttaacaaaagggtactcgagcatgcaccatgctcagttggaatttttgttgatcgtgggctcggtggttcatgtcatgtgtctgcaa 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2461449 gattttcgactggttaacaaaagggtactcgagcatgcttcatgctcagttggaatttttgttgatcgtgggctcggtggttcatgtcatgtgtctgcaa 2461548  T
Q  319 gtaatgtttcctattgcattgccgtgcttttctttggcggtggtgatgaccatgaagctcttgcttatggagcccgtatggccgaacaccctggcatacg 418  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2461549 gtaatgtttcctattgcattgctgtgcttttctttggcggtggtgatgaccatgaagctcttgcttatggagcccgtatggccgaacaccctggcatacg 2461648  T
Q  419 attagtggttattcgcttcttagtggaacctaatatt 455  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2461649 attagtggttattcgcttcttagtggaacctaatatt 2461685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 345; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 455
Target Start/End: Original strand, 2450233 - 2450669
Alignment:
Q  19 attctgtccatgttattgtggcatttgaggcttaccaaaaactaagtcaagtgtgtgtccggccaatgatagcaatttcatcaatggcgaacattcatga 118  Q
    ||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  2450233 attctctccatgttattgtggcgttcgaggcttaccaaaaactaagccaagtgtttgtccggccaatgatagcaatttcatcgatggcgaacattcatga 2450332  T
Q  119 agacatttgtgcaactgctgatagaaagagagccgcagtcatcattcttccatttcataagcaacaaagattagacggttcactaggcattataagaaat 218  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||     
T  2450333 agacatctgtacaactgctgatagaaagagagccgcagtcatcattcttccatttcataagcaacaaagagtagacggttcactagacattataagaaac 2450432  T
Q  219 gattttcgactggttaacaaaagggtactcgagcatgcaccatgctcagttggaatttttgttgatcgtgggctcggtggttcatgtcatgtgtctgcaa 318  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  2450433 gattttcgtttggttaacaaaagggtactagagcatgcaccgtgctcagttggaatttttgttgatcgtgggcttggtggttcatgtcatgtgtctgcaa 2450532  T
Q  319 gtaatgtttcctattgcattgccgtgcttttctttggcggtggtgatgaccatgaagctcttgcttatggagcccgtatggccgaacaccctggcatacg 418  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||     
T  2450533 gtaacgtttcctattgcattgctgtgcttttctttggtggtggtgatgaccgtgaagctcttgcttatggagctcgtatggccgaacaccctggcataca 2450632  T
Q  419 attagtggttattcgcttcttagtggaacctaatatt 455  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  2450633 attagtggttattcacttcttagtggaacctaatatt 2450669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 19 - 455
Target Start/End: Original strand, 2445472 - 2445908
Alignment:
Q  19 attctgtccatgttattgtggcatttgaggcttaccaaaaactaagtcaagtgtgtgtccggccaatgatagcaatttcatcaatggcgaacattcatga 118  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || |||||| ||||||| || |||||||| |||||||| ||    
T  2445472 attctgaccatgttattgtggcatttgaggcttaccagaaactaagtcaagtttgtgttcgtccaatggtagcaatctcctcaatggctaacattcacga 2445571  T
Q  119 agacatttgtgcaactgctgatagaaagagagccgcagtcatcattcttccatttcataagcaacaaagattagacggttcactaggcattataagaaat 218  Q
    |||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||| | ||| |||||||    
T  2445572 agacatatgtgctaccgctgaaagaaagagagccgcagtcatcattctcccattccatatgcaacaaagattagatggttcactagacgttacaagaaat 2445671  T
Q  219 gattttcgactggttaacaaaagggtactcgagcatgcaccatgctcagttggaatttttgttgatcgtgggctcggtggttcatgtcatgtgtctgcaa 318  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||| ||||||||||||||||||    
T  2445672 gattttcgatttgttaacaaaagggtactcgagcatgcaccatgctcagttggaatttttgttgatcgcggacttggtggtacatgtcatgtgtctgcaa 2445771  T
Q  319 gtaatgtttcctattgcattgccgtgcttttctttggcggtggtgatgaccatgaagctcttgcttatggagcccgtatggccgaacaccctggcatacg 418  Q
    |||||||||| |||||  | || |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||| |||||| |||||||||||| |    
T  2445772 gtaatgtttcttattgtgtggctgtgcttttctttggtggtggtgatgaccgtgaagctcttgcttacggagctcgtacggccgagcaccctggcataag 2445871  T
Q  419 attagtggttattcgcttcttagtggaacctaatatt 455  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  2445872 attagtgattattcgcttcttagtggaatctactatt 2445908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University