View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF20072_high_5 (Length: 619)
Name: NF20072_high_5
Description: NF20072
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF20072_high_5 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 554; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 554; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 615
Target Start/End: Complemental strand, 45295010 - 45294413
Alignment:
| Q |
18 |
acaaaggtctcttcaagttatgtgccaaaatgcagatgaccaaaaactctgccatgaaacacttagctctgtgcgtggcgccgacgccgctgaccctaag |
117 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45295010 |
acaaagatctcttcaagttatgtgccaaaatgcagatgaccaaaaactctgccatgaaacacttagctctgtgcgtggcgccgacgccgctgaccctaag |
45294911 |
T |
|
| Q |
118 |
gcatacatagcagcagctgtaaaggcagccactgacaatgtcattaaggcctttaacatgagtgacaggctcaccactgagtatggaaaggaagatggta |
217 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45294910 |
gcatacatagcagccgctgtaaaggcagccactgacaatgtcattaaggcctttaacatgagtgacaggctcaccactgagtatggaaaggaagatggta |
45294811 |
T |
|
| Q |
218 |
ccaagatggctcttaatgactgcaaggacttgatgcaattcgctttagacagtcttgacctctccaacaattgtcttagtgacaacaacattcaagctgt |
317 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||| || ||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
45294810 |
ccaagatggctcttaatgactgcaaggacttgatgcaattcgctttggacagtcttgacctctccaccaagtgtgttcatgacagcaacattcaagctgt |
45294711 |
T |
|
| Q |
318 |
tcatgaccaaactgctgatatgaggaattggttgagtgcagttatctcttatagacaagcttgtatggaaggatttgacgatgaaaatgacggtgagaag |
417 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45294710 |
tcatgaccaaaccgctgatatgaggaattggttgagtgcagttatctcttacagacaagcttgtatggaaggatttgacgatgaaaatgacggtgagaag |
45294611 |
T |
|
| Q |
418 |
aagatcaaggagcaattagacgttcagagtttggacagcgtacaaaaggttaccgctgttgcccttgacattgtgactggtttgtccgacatcctccagc |
517 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45294610 |
aagatcaaggagcaattagacgttcagagtttggacagcgtacaaaaggttaccgctgttgcccttgacattgtgactggtttgtccgacatcctccagc |
45294511 |
T |
|
| Q |
518 |
aattcaacttgaagtttgatatcaaacctgcttcccgtcgtcttcttaattctgaggtgactgttgatgatcaaggatacccttcatggatctctgct |
615 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45294510 |
aattcaacttgaagtttgatatcaaacctgcttcccgtcgtcttcttaattctgaggtgactgttgatgatcaaggatacccttcatggatctctgct |
45294413 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 554; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 615
Target Start/End: Complemental strand, 45303970 - 45303373
Alignment:
| Q |
18 |
acaaaggtctcttcaagttatgtgccaaaatgcagatgaccaaaaactctgccatgaaacacttagctctgtgcgtggcgccgacgccgctgaccctaag |
117 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45303970 |
acaaagatctcttcaagttatgtgccaaaatgcagatgaccaaaaactctgccatgaaacacttagctctgtgcgtggcgccgacgccgctgaccctaag |
45303871 |
T |
|
| Q |
118 |
gcatacatagcagcagctgtaaaggcagccactgacaatgtcattaaggcctttaacatgagtgacaggctcaccactgagtatggaaaggaagatggta |
217 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45303870 |
gcatacatagcagccgctgtaaaggcagccactgacaatgtcattaaggcctttaacatgagtgacaggctcaccactgagtatggaaaggaagatggta |
45303771 |
T |
|
| Q |
218 |
ccaagatggctcttaatgactgcaaggacttgatgcaattcgctttagacagtcttgacctctccaacaattgtcttagtgacaacaacattcaagctgt |
317 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||| || ||||| ||||||||||||||| |
|
|
| T |
45303770 |
ccaagatggctcttaatgactgcaaggacttgatgcaattcgctttggacagtcttgacctctccaccaagtgtgttcatgacagcaacattcaagctgt |
45303671 |
T |
|
| Q |
318 |
tcatgaccaaactgctgatatgaggaattggttgagtgcagttatctcttatagacaagcttgtatggaaggatttgacgatgaaaatgacggtgagaag |
417 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45303670 |
tcatgaccaaaccgctgatatgaggaattggttgagtgcagttatctcttacagacaagcttgtatggaaggatttgacgatgaaaatgacggtgagaag |
45303571 |
T |
|
| Q |
418 |
aagatcaaggagcaattagacgttcagagtttggacagcgtacaaaaggttaccgctgttgcccttgacattgtgactggtttgtccgacatcctccagc |
517 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45303570 |
aagatcaaggagcaattagacgttcagagtttggacagcgtacaaaaggttaccgctgttgcccttgacattgtgactggtttgtccgacatcctccagc |
45303471 |
T |
|
| Q |
518 |
aattcaacttgaagtttgatatcaaacctgcttcccgtcgtcttcttaattctgaggtgactgttgatgatcaaggatacccttcatggatctctgct |
615 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45303470 |
aattcaacttgaagtttgatatcaaacctgcttcccgtcgtcttcttaattctgaggtgactgttgatgatcaaggatacccttcatggatctctgct |
45303373 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 442; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 35 - 612
Target Start/End: Complemental strand, 45283605 - 45283028
Alignment:
| Q |
35 |
ttatgtgccaaaatgcagatgaccaaaaactctgccatgaaacacttagctctgtgcgtggcgccgacgccgctgaccctaaggcatacatagcagcagc |
134 |
Q |
| |
|
||||||||||||| || | |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
45283605 |
ttatgtgccaaaactcacaagaccaaaaactctgtcatgaaactcttagctctgtgcatggcgccgatgccgctgacccgaaggcatacatagcagcctc |
45283506 |
T |
|
| Q |
135 |
tgtaaaggcagccactgacaatgtcattaaggcctttaacatgagtgacaggctcaccactgagtatggaaaggaagatggtaccaagatggctcttaat |
234 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45283505 |
cgtgaaggcagccaccgacaatgtcattaaggcctttaacatgagtgaaaggctcaccactgagtatggaaaggaaaatggtgccaagatggctcttaat |
45283406 |
T |
|
| Q |
235 |
gactgcaaggacttgatgcaattcgctttagacagtcttgacctctccaacaattgtcttagtgacaacaacattcaagctgttcatgaccaaactgctg |
334 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
45283405 |
gactgcaaggacttgatgcaattcgctttggacagtcttgacctctccaccaagtgtgttcatgacaacaacattcaagctgttcatgaccaaatcgctg |
45283306 |
T |
|
| Q |
335 |
atatgaggaattggttgagtgcagttatctcttatagacaagcttgtatggaaggatttgacgatgaaaatgacggtgagaagaagatcaaggagcaatt |
434 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45283305 |
atatgaggaattggttgagtgcggttatctcttacagacaagcttgtatggaaggatttgacgatgcaaatgatggtgagaagaagatcaaggagcaatt |
45283206 |
T |
|
| Q |
435 |
agacgttcagagtttggacagcgtacaaaaggttaccgctgttgcccttgacattgtgactggtttgtccgacatcctccagcaattcaacttgaagttt |
534 |
Q |
| |
|
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45283205 |
ccatgttcagagtttggacagcgtacaaaaggttaccgctgttgcccttgacattgtgactggtttgtccgacatcctccagcaattcaacttgaagttt |
45283106 |
T |
|
| Q |
535 |
gatatcaaacctgcttcccgtcgtcttcttaattctgaggtgactgttgatgatcaaggatacccttcatggatctct |
612 |
Q |
| |
|
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45283105 |
gatgtcaaacctgcttcccgtcgtcttcttaattctgaggtgactgttgacgatcaaggatacccttcatggatctct |
45283028 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 437; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 35 - 615
Target Start/End: Complemental strand, 45275364 - 45274784
Alignment:
| Q |
35 |
ttatgtgccaaaatgcagatgaccaaaaactctgccatgaaacacttagctctgtgcgtggcgccgacgccgctgaccctaaggcatacatagcagcagc |
134 |
Q |
| |
|
||||||||||||| ||| | ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |
|
|
| T |
45275364 |
ttatgtgccaaaacgcacaagaccagaaactctgccatgaaactcttagctctgtgcatggcgccgatgccgctgaccctaaggcatacatagcagccgc |
45275265 |
T |
|
| Q |
135 |
tgtaaaggcagccactgacaatgtcattaaggcctttaacatgagtgacaggctcaccactgagtatggaaaggaagatggtaccaagatggctcttaat |
234 |
Q |
| |
|
|| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || |
|
|
| T |
45275264 |
cgtgaaggcagccactgacaatgtcatgaacgcctttaacatgagtgaaaggctcaccactgagtatggaaaggaaaatggtgccaagatggctcttgat |
45275165 |
T |
|
| Q |
235 |
gactgcaaggacttgatgcaattcgctttagacagtcttgacctctccaacaattgtcttagtgacaacaacattcaagctgttcatgaccaaactgctg |
334 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45275164 |
gactgcaaggacttgatgcaattcgctttggacagtcttgacctctcaaacaattgtcttagtgacaacaacattcaagctgttcatgaccaaactgctg |
45275065 |
T |
|
| Q |
335 |
atatgaggaattggttgagtgcagttatctcttatagacaagcttgtatggaaggatttgacgatgaaaatgacggtgagaagaagatcaaggagcaatt |
434 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||| || || || |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||| |||||||| |
|
|
| T |
45275064 |
atatgaggaattggttgagtgcagtcatatcctacagacaagcctgtatggaaggatttgacgatgcaaatgatggtgagaagaaaatcaaagagcaatt |
45274965 |
T |
|
| Q |
435 |
agacgttcagagtttggacagcgtacaaaaggttaccgctgttgcccttgacattgtgactggtttgtccgacatcctccagcaattcaacttgaagttt |
534 |
Q |
| |
|
| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45274964 |
ccatgttcagagtttggacagcgtacaaaagatcaccgcggttgcccttgacattgtgactggtttgtccgacatcctccagcaattcaacttgaagttt |
45274865 |
T |
|
| Q |
535 |
gatatcaaacctgcttcccgtcgtcttcttaattctgaggtgactgttgatgatcaaggatacccttcatggatctctgct |
615 |
Q |
| |
|
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45274864 |
gatatcaaacctctttcccgtcgtcttcttaattctgaggtgactgttgacgatcaaggatacccttcatggatctctgct |
45274784 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 430; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 35 - 612
Target Start/End: Complemental strand, 45271831 - 45271254
Alignment:
| Q |
35 |
ttatgtgccaaaatgcagatgaccaaaaactctgccatgaaacacttagctctgtgcgtggcgccgacgccgctgaccctaaggcatacatagcagcagc |
134 |
Q |
| |
|
||||||||||||| ||| | ||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45271831 |
ttatgtgccaaaacgcacaagaccagaaactctgtcatgacactcttagctctgtgcgtggcgccgatgccgctgaccctaaggcatacatagcagcagc |
45271732 |
T |
|
| Q |
135 |
tgtaaaggcagccactgacaatgtcattaaggcctttaacatgagtgacaggctcaccactgagtatggaaaggaagatggtaccaagatggctcttaat |
234 |
Q |
| |
|
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| || |
|
|
| T |
45271731 |
cgtgaaggcagccactgacaatgtcattaaggcctttaacatgagtgaaaggctcaccactgagtatggaaagaaaaatggtgccaagatggctcttgat |
45271632 |
T |
|
| Q |
235 |
gactgcaaggacttgatgcaattcgctttagacagtcttgacctctccaacaattgtcttagtgacaacaacattcaagctgttcatgaccaaactgctg |
334 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45271631 |
gactgcaaagacttgatgcaattcgctttggacagtcttgacctctccaacaactgtgttcgtgacaacaacattgaagctgttcatgaccaaactgctg |
45271532 |
T |
|
| Q |
335 |
atatgaggaattggttgagtgcagttatctcttatagacaagcttgtatggaaggatttgacgatgaaaatgacggtgagaagaagatcaaggagcaatt |
434 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45271531 |
atatgaggaattggttgagtgcagttatctcttacaaacaaggttgtatggaaggatttgacgatgcaaatgatggtgagaagaagatcaaggagcaatt |
45271432 |
T |
|
| Q |
435 |
agacgttcagagtttggacagcgtacaaaaggttaccgctgttgcccttgacattgtgactggtttgtccgacatcctccagcaattcaacttgaagttt |
534 |
Q |
| |
|
| |||||||||||| |||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
45271431 |
ccatgttcagagtttgtacagcgtacaaaaggtcacagccgttgcccttgacattgtgactggtttgtctgacatcctccagcaattcaacttgaacttt |
45271332 |
T |
|
| Q |
535 |
gatatcaaacctgcttcccgtcgtcttcttaattctgaggtgactgttgatgatcaaggatacccttcatggatctct |
612 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45271331 |
gatatcaaacctccttcccgtcgtcttcttaattctgaggtgactgttgacgatcaaggatacccttcatggatctct |
45271254 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000004; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 301 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 38588718 - 38588654
Alignment:
| Q |
301 |
aacaacattcaagctgttcatgaccaaactgctgatatgaggaattggttgagtgcagttatctc |
365 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| ||||||| ||||| ||||| | ||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
38588718 |
aacaacattcaagccattcatgatcaaacacctgattttaggaattggttgagtgctgttatctc |
38588654 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University