View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20073_high_8 (Length: 392)

Name: NF20073_high_8
Description: NF20073
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20073_high_8
NF20073_high_8
[»] chr3 (31 HSPs)
chr3 (1-392)||(19414919-19415310)
chr3 (2-392)||(19381629-19382019)
chr3 (3-392)||(19465090-19465479)
chr3 (14-342)||(19376370-19376698)
chr3 (5-392)||(18165895-18166282)
chr3 (2-392)||(17942690-17943080)
chr3 (34-392)||(18016790-18017148)
chr3 (6-392)||(18872752-18873138)
chr3 (34-392)||(19352160-19352518)
chr3 (2-392)||(16677946-16678336)
chr3 (14-392)||(19354463-19354841)
chr3 (3-392)||(25463787-25464176)
chr3 (2-392)||(18104082-18104472)
chr3 (3-354)||(14895302-14895653)
chr3 (2-392)||(19393885-19394275)
chr3 (2-392)||(19437694-19438084)
chr3 (5-392)||(18116704-18117094)
chr3 (5-392)||(19461926-19462318)
chr3 (3-392)||(17726411-17726800)
chr3 (3-392)||(19027640-19028029)
chr3 (5-392)||(17950571-17950961)
chr3 (14-392)||(18147578-18147956)
chr3 (5-392)||(19425426-19425816)
chr3 (15-392)||(19334758-19335138)
chr3 (233-392)||(19400696-19400855)
chr3 (203-342)||(19456234-19456373)
chr3 (243-392)||(18109419-18109568)
chr3 (2-154)||(19400462-19400614)
chr3 (5-156)||(18109178-18109329)
chr3 (69-147)||(19439613-19439691)
chr3 (2-69)||(19439380-19439447)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (9-391)||(13665825-13666207)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (34-392)||(15536301-15536659)
chr4 (234-392)||(2709447-2709605)
chr4 (15-155)||(2709699-2709839)
[»] scaffold0640 (1 HSPs)
scaffold0640 (5-392)||(6142-6532)
[»] scaffold0648 (1 HSPs)
scaffold0648 (5-392)||(2975-3365)
[»] scaffold0274 (3 HSPs)
scaffold0274 (5-392)||(2444-2834)
scaffold0274 (203-392)||(21522-21711)
scaffold0274 (5-113)||(21363-21470)
[»] scaffold0271 (1 HSPs)
scaffold0271 (203-392)||(11438-11627)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (219-390)||(8460519-8460690)
chr8 (5-151)||(8460284-8460430)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 364; Significance: 0; HSPs: 31)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 364; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 392
Target Start/End: Original strand, 19414919 - 19415310
Alignment:
Q  1 gaacttagaagtagtcatattgagagataaccgatttgaagggactattcctccacaactatttaatctctctgatttgtttcacttagaccttgcacat 100  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19414919 gaacttagaagtggtcatattgagagataaccgatttgaagggactattccaccacagctatttaatctctctgatttgtttcacttagaccttgcacat 19415018  T
Q  101 aacaaactttcaggatctttgccacactgcgtctacaacttgactcatatggttacttttcatttaagtttatggtattctaccacaattgatttattta 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19415019 aacaaactttcaggatctttgccacacagcgtctacaacttgactcatatggttacttttcatttaagtttatggtattctaccacaattgatttattta 19415118  T
Q  201 tcaaaggtcaagattatgtgtatcatgttagcccagataggcgaactattgacctttcatccaatagcttgtctggagaagtgacattggaattatttcg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  19415119 tcaaaggtcaagattatgtgtatcatgttagtccggataggcgaactattgacctttcatccaatagcttgtctggagaagtgacattgcaattatttcg 19415218  T
Q  301 acttgttcaaatacaaacattaaacttatctcacaataatttgactggaacaattcctaagctgattggtgacatgaaaaatatggaatctc 392  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19415219 acttgttcaaatacaaacattaaacttatctcacaataatttgactggaacaattcctaagctgattggtgacatgaaaaatatggaatctc 19415310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 2 - 392
Target Start/End: Original strand, 19381629 - 19382019
Alignment:
Q  2 aacttagaagtagtcatattgagagataaccgatttgaagggactattcctccacaactatttaatctctctgatttgtttcacttagaccttgcacata 101  Q
    ||||||||| | ||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| |||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  19381629 aacttagaaattgtcatattgagagctaaccaatttgaagggaatattccaccacaattattcaatctctcttatttgtttcacttagaccttgcacata 19381728  T
Q  102 acaaactttcaggatctttgccacactgcgtctacaacttgactcatatggttacttttcatttaagtttatggtattctaccacaattgatttatttat 201  Q
    ||||| |||| |||||||| ||||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| |   |  || ||||||||||||||||||||||||||     
T  19381729 acaaattttctggatcttttccacattgcatctacaactttactcatatggttacttttcatatttatgaattgtattctaccacaattgatttatttac 19381828  T
Q  202 caaaggtcaagattatgtgtatcatgttagcccagataggcgaactattgacctttcatccaatagcttgtctggagaagtgacattggaattatttcga 301  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||| | ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||     
T  19381829 caaaggtcaagaatatgtgtatgatgtaaacccggataggcgaactattgacctttcacccaatagcttgtctggagaaatgccattggaattgtttcgg 19381928  T
Q  302 cttgttcaaatacaaacattaaacttatctcacaataatttgactggaacaattcctaagctgattggtgacatgaaaaatatggaatctc 392  Q
    ||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||  |||||| | ||||| ||||||||||||||    
T  19381929 cttgttcaagttcaaacattgaacttatctcacaataatttcattggaacaattccaaagacgattggaggcatgataaatatggaatctc 19382019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 3 - 392
Target Start/End: Original strand, 19465090 - 19465479
Alignment:
Q  3 acttagaagtagtcatattgagagataaccgatttgaagggactattcctccacaactatttaatctctctgatttgtttcacttagaccttgcacataa 102  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||  |  |||||||||||||||||||||| ||||    
T  19465090 acttagaagtggtcatattgagagctaaccaatttgaagggactattccaccacaactatttgatctccatattttgtttcacttagaccttgcaaataa 19465189  T
Q  103 caaactttcaggatctttgccacactgcgtctacaacttgactcatatggttacttttcatttaagtttatggtattctaccacaattgatttatttatc 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||| ||||  |||| |   |  ||||||| ||||||||||||||||||||| |    
T  19465190 caaactttcaggatctttgccacactgtgtttacaacttgactcaaatggatactgatcatgtttatggatggtatcctaccacaattgatttatttacc 19465289  T
Q  203 aaaggtcaagattatgtgtatcatgttagcccagataggcgaactattgacctttcatccaatagcttgtctggagaagtgacattggaattatttcgac 302  Q
    ||||||||||||||| ||||||  || || |||   || ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |    
T  19465290 aaaggtcaagattatatgtatcgagtcagtccaagaagacgaactattgaccttccagccaatagcttgtctggagaagtgccattggaattgtttcggc 19465389  T
Q  303 ttgttcaaatacaaacattaaacttatctcacaataatttgactggaacaattcctaagctgattggtgacatgaaaaatatggaatctc 392  Q
    |||||||| | |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||   |||||| | |||||  |||||||||||||    
T  19465390 ttgttcaagttcaaacattgaacttatctcacaatagtttgactggaacaattccaaaaacgattggaggcatgattaatatggaatctc 19465479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 14 - 342
Target Start/End: Original strand, 19376370 - 19376698
Alignment:
Q  14 gtcatattgagagataaccgatttgaagggactattcctccacaactatttaatctctctgatttgtttcacttagaccttgcacataacaaactttcag 113  Q
    ||||||||||||| |||   |||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19376370 gtcatattgagagctaataaatttgaagggactattccacaacaactattcaatctctcttatttgtttcacttagaccttgcacataacaaactttcag 19376469  T
Q  114 gatctttgccacactgcgtctacaacttgactcatatggttacttttcatttaagtttatggtattctaccacaattgatttatttatcaaaggtcaaga 213  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||   || ||  |||  || ||||||||| ||||||| ||||||||||||    
T  19376470 gatcttttccacactgcatctacaacttgactaatatggttacttttcatttttattcatattatgttaacacaattgagttatttaccaaaggtcaaga 19376569  T
Q  214 ttatgtgtatcatgttagcccagataggcgaactattgacctttcatccaatagcttgtctggagaagtgacattggaattatttcgacttgttcaaata 313  Q
     ||||||||| ||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||  ||||||||| |     
T  19376570 atatgtgtatgatgttaagccggataggcgaactattgacctttcatccaatagcttgtctggagaattgccattggaattgtttcaccttgttcaagtt 19376669  T
Q  314 caaacattaaacttatctcacaataattt 342  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  19376670 caaacgttaaacttatctcacaataattt 19376698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 180; E-Value: 4e-97
Query Start/End: Original strand, 5 - 392
Target Start/End: Original strand, 18165895 - 18166282
Alignment:
Q  5 ttagaagtagtcatattgagagataaccgatttgaagggactattcctccacaactatttaatctctctgatttgtttcacttagaccttgcacataaca 104  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  18165895 ttagaagtggtcatattgagagctaaccaatttgaagggactattccaccacaaatattcaatctctctaatttgtttcacttagaccttgcgaataaca 18165994  T
Q  105 aactttcaggatctttgccacactgcgtctacaacttgactcatatggttacttttcatttaagtttatggtattctaccacaattgatttatttatcaa 204  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| || |||| ||||  || | |   |  ||||  | || |||||||||||||||||| |||    
T  18165995 aactttcaggatctttgccacattgtgtctacaacttgacacaaatggatactgatcgtgtgtatgcatggcgtcctgccacaattgatttatttaccaa 18166094  T
Q  205 aggtcaagattatgtgtatcatgttagcccagataggcgaactattgacctttcatccaatagcttgtctggagaagtgacattggaattatttcgactt 304  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| ||| || ||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||  |||||||| | ||||| |||    
T  18166095 aggtcaagattatgtgtatgatgttaacccggaaaggcgaactattgacatttcaaacaatagcttgtctggagaagtaccattggaaatgtttcggctt 18166194  T
Q  305 gttcaaatacaaacattaaacttatctcacaataatttgactggaacaattcctaagctgattggtgacatgaaaaatatggaatctc 392  Q
    |||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||||| || ||   |||||| | ||||||||||||||||||||    
T  18166195 gttcaagttcaaacgttaaacttatctcacaataatttgatcggaacaataccaaaagagattggaggcatgaaaaatatggaatctc 18166282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 2 - 392
Target Start/End: Original strand, 17942690 - 17943080
Alignment:
Q  2 aacttagaagtagtcatattgagagataaccgatttgaagggactattcctccacaactatttaatctctctgatttgtttcacttagaccttgcacata 101  Q
    |||||| |||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||    
T  17942690 aacttacaagtggtcatattgagagctaaccaatttgaagggactattccgcaacaactattcaatctctcctatttgtttcacttagaccttgcaaata 17942789  T
Q  102 acaaactttcaggatctttgccacactgcgtctacaacttgactcatatggttacttttcatttaagtttatggtattctaccacaattgatttatttat 201  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||  |||| |   || |||||||  ||||||  ||| ||||||||     
T  17942790 acaaactttcaggatctttgccacactgcgtctacaacttgactcaaatggatactgatcatatggattcatggtatgttaccactgttgttttatttac 17942889  T
Q  202 caaaggtcaagattatgtgtatcatgttagcccagataggcgaactattgacctttcatccaatagcttgtctggagaagtgacattggaattatttcga 301  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||||||  | |||||||| |||||||||||   ||||| ||| | |||||||||  |||||||||| |||||     
T  17942890 caaaggtcaagattacgtgtattatgttagcccgaacaggcgaacgattgacctttcggtcaataacttatttggagaagttccattggaattgtttcgg 17942989  T
Q  302 cttgttcaaatacaaacattaaacttatctcacaataatttgactggaacaattcctaagctgattggtgacatgaaaaatatggaatctc 392  Q
    ||| ||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||   ||||| | ||||| ||||||||||||||    
T  17942990 cttattcaagttcaaacattgaacttatctcacaataatttgactggaagaattccaaagaccattggaggcatgacaaatatggaatctc 17943080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 34 - 392
Target Start/End: Original strand, 18016790 - 18017148
Alignment:
Q  34 atttgaagggactattcctccacaactatttaatctctctgatttgtttcacttagaccttgcacataacaaactttcaggatctttgccacactgcgtc 133  Q
    ||||||||||| |||||| | |||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  18016790 atttgaagggattattccacgacaattattcaatctctcttatttgtttcacttagaccttgcacataacaaactttcaggatctttgccacactttgtc 18016889  T
Q  134 tacaacttgactcatatggttacttttcatttaagtttatggtattctaccacaattgatttatttatcaaaggtcaagattatgtgtatcatgttagcc 233  Q
    |||||||||||||| |||| ||||  |||| |   ||||||||||  |||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||| | |||||| ||    
T  18016890 tacaacttgactcaaatggatactgatcatgtggatttatggtatgataccaccattgatttatttaccaaaggtcaatattatgtgtgtgatgttaacc 18016989  T
Q  234 cagataggcgaactattgacctttcatccaatagcttgtctggagaagtgacattggaattatttcgacttgttcaaatacaaacattaaacttatctca 333  Q
    | |||||||||||||||||||||||| |||||  |||| ||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||| | ||| ||||||||||||||||    
T  18016990 cggataggcgaactattgacctttcagccaatcacttgactggagaagtgccattggaattgtttcggcttgttcaagttcaatcattaaacttatctca 18017089  T
Q  334 caataatttgactggaacaattcctaagctgattggtgacatgaaaaatatggaatctc 392  Q
    ||||| ||| |  ||||||||||| |||  |||||| | ||||||||| ||||||||||    
T  18017090 caatagtttcaaaggaacaattccgaagacgattggaggcatgaaaaaaatggaatctc 18017148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 167; E-Value: 2e-89
Query Start/End: Original strand, 6 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 18873138 - 18872752
Alignment:
Q  6 tagaagtagtcatattgagagataaccgatttgaagggactattcctccacaactatttaatctctctgatttgtttcacttagaccttgcacataacaa 105  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  18873138 tagaagtagtcatattgagagctaaccaatttgaagggaatatttcaccacaactatttaatctctctaatttgtttcacttggaccttgcacataacaa 18873039  T
Q  106 actttcaggatctttgccacactgcgtctacaacttgactcatatggttacttttcatttaagtttatggtattctaccacaattgatttatttatcaaa 205  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||| ||||  | | || | || |||||||  || ||   ||||||| |||| ||||    
T  18873038 actttcaggatctttgccaaactgtgtctacaacttgactcaaatggatactcattacttgaattcatggtatgataacatcgttgatttgtttaccaaa 18872939  T
Q  206 ggtcaagattatgtgtatcatgttagcccagataggcgaactattgacctttcatccaatagcttgtctggagaagtgacattggaattatttcgacttg 305  Q
    |||||||||||||||| | |||| |  ||| ||||||||||||||||||||||| |||||  |||| |||||||||||  ||||||||| ||||  ||||    
T  18872938 ggtcaagattatgtgtttgatgtcaatccatataggcgaactattgacctttcagccaatcacttgactggagaagtgctattggaattgtttcagcttg 18872839  T
Q  306 ttcaaatacaaacattaaacttatctcacaataatttgactggaacaattcctaagctgattggtgacatgaaaaatatggaatctc 392  Q
    ||||| | |||||||||||||||||||| |||| |||   |||||||||||| |||  |||| | | |||||| |||||||||||||    
T  18872838 ttcaagttcaaacattaaacttatctcataatagtttcgttggaacaattccaaagacgattagaggcatgaacaatatggaatctc 18872752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 163; E-Value: 6e-87
Query Start/End: Original strand, 34 - 392
Target Start/End: Original strand, 19352160 - 19352518
Alignment:
Q  34 atttgaagggactattcctccacaactatttaatctctctgatttgtttcacttagaccttgcacataacaaactttcaggatctttgccacactgcgtc 133  Q
    ||||||||||| |||||| | |||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  19352160 atttgaagggattattccacaacaattattcaatctctcttatttgtttcacttagaccttgcacataacaaactttcaggatctttgccacactttgtc 19352259  T
Q  134 tacaacttgactcatatggttacttttcatttaagtttatggtattctaccacaattgatttatttatcaaaggtcaagattatgtgtatcatgttagcc 233  Q
    |||||||||||||| |||| ||||  |||| | | |  ||||||  |||||||  |||||||||||| |||||||||| ||||||||  | |||||| ||    
T  19352260 tacaacttgactcaaatggatactgatcatgtgaatgaatggtacgctaccacccttgatttatttaccaaaggtcaatattatgtgactgatgttaacc 19352359  T
Q  234 cagataggcgaactattgacctttcatccaatagcttgtctggagaagtgacattggaattatttcgacttgttcaaatacaaacattaaacttatctca 333  Q
    |  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| ||||| |||| |||| | ||||| |||||||||| |||    
T  19352360 cgcataggcgaactgttgacctttcatccaatagcttgtctggagaagttccattggaattgtttcggcttgctcaacttcaaacgttaaacttatatca 19352459  T
Q  334 caataatttgactggaacaattcctaagctgattggtgacatgaaaaatatggaatctc 392  Q
    ||| ||||||| ||||||||| || ||   |||||| | |||||||||| |||||||||    
T  19352460 caacaatttgattggaacaataccaaaagagattggaggcatgaaaaatgtggaatctc 19352518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 2 - 392
Target Start/End: Original strand, 16677946 - 16678336
Alignment:
Q  2 aacttagaagtagtcatattgagagataaccgatttgaagggactattcctccacaactatttaatctctctgatttgtttcacttagaccttgcacata 101  Q
    ||||||||||| || |||||||||| |||||  |||||||| | |||||| | |||  |||| |||||||||  ||||||||| || || ||||||||||    
T  16677946 aacttagaagttgttatattgagagctaaccattttgaaggaagtattccactacagttattcaatctctcttctttgtttcatttggatcttgcacata 16678045  T
Q  102 acaaactttcaggatctttgccacactgcgtctacaacttgactcatatggttacttttcatttaagtttatggtattctaccacaattgatttatttat 201  Q
    ||||||||||||||||| ||||| | | |||||| |||||||||  |||| |||||||||| || | || ||||||| |  | |||||||| || ||||     
T  16678046 acaaactttcaggatctatgccaaagtacgtctataacttgactagtatgattacttttcacttgaattcatggtatccggctacaattgaattgtttac 16678145  T
Q  202 caaaggtcaagattatgtgtatcatgttagcccagataggcgaactattgacctttcatccaatagcttgtctggagaagtgacattggaattatttcga 301  Q
     ||||||||||||||||||||| |||||| ||| || ||  ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||     
T  16678146 aaaaggtcaagattatgtgtatgatgttaacccggacagaagaactattgacctttcagccaataacttgtctggagaagtgccattggaattgtttcgg 16678245  T
Q  302 cttgttcaaatacaaacattaaacttatctcacaataatttgactggaacaattcctaagctgattggtgacatgaaaaatatggaatctc 392  Q
    ||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||| ||| || |||  |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  16678246 cttgttcaagtccaaaccttaaacttatctcacaataatttcagtggaaaaataccaaagacgattggtggcatgaaaaatatggaatctc 16678336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 151; E-Value: 8e-80
Query Start/End: Original strand, 14 - 392
Target Start/End: Original strand, 19354463 - 19354841
Alignment:
Q  14 gtcatattgagagataaccgatttgaagggactattcctccacaactatttaatctctctgatttgtttcacttagaccttgcacataacaaactttcag 113  Q
    |||||||||||||  |||| ||||||||||| ||| || | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19354463 gtcatattgagagccaaccaatttgaagggaatatcccacaacaactatttaatctctctaatttgtttcacttagaccttgcacataacaaactttcag 19354562  T
Q  114 gatctttgccacactgcgtctacaacttgactcatatggttacttttcatttaagtttatggtattctaccacaattgatttatttatcaaaggtcaaga 213  Q
    |||||||||||||||| || |||||| ||||||| || | ||||  |||| |   |  |||| |   |||||  ||||||||||||| ||||||||||||    
T  19354563 gatctttgccacactgtgtgtacaacatgactcaaattgatactgatcatgtggatgaatggcacgataccatcattgatttatttaccaaaggtcaaga 19354662  T
Q  214 ttatgtgtatcatgttagcccagataggcgaactattgacctttcatccaatagcttgtctggagaagtgacattggaattatttcgacttgttcaaata 313  Q
    |||||||| | |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||  ||||  ||||   |||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||| |     
T  19354663 ttatgtgtctgatgttaacccggataggcgaactattgacctttcagtcaatcacttgataggagaagttacattggaattgtttcggcttgttcaagtt 19354762  T
Q  314 caaacattaaacttatctcacaataatttgactggaacaattcctaagctgattggtgacatgaaaaatatggaatctc 392  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||| |||| ||||||||| || |    |||||| | ||||||||||||||||||||    
T  19354763 caaaccttaaacttatctcataataacttgaatggaacaataccaagagagattggaggcatgaaaaatatggaatctc 19354841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 146; E-Value: 8e-77
Query Start/End: Original strand, 3 - 392
Target Start/End: Original strand, 25463787 - 25464176
Alignment:
Q  3 acttagaagtagtcatattgagagataaccgatttgaagggactattcctccacaactatttaatctctctgatttgtttcacttagaccttgcacataa 102  Q
    |||||||||| |||||||||||||  |||| ||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||| || |||||||||| || |||||||||| |||    
T  25463787 acttagaagtggtcatattgagagcaaaccaatttgaagggaatattccaccacaactattcaatctcacttatttgtttcatttggaccttgcacgtaa 25463886  T
Q  103 caaactttcaggatctttgccacactgcgtctacaacttgactcatatggttacttttcatttaagtttatggtattctaccacaattgatttatttatc 202  Q
    |||||||||||||||| ||||| | |||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||  | |   | ||||  ||| | |||||| || ||||      
T  25463887 caaactttcaggatctctgccaaagtgcaactacaacttgactgatatggttacttttcattatactaatttgtatagtactataattgagttgtttaca 25463986  T
Q  203 aaaggtcaagattatgtgtatcatgttagcccagataggcgaactattgacctttcatccaatagcttgtctggagaagtgacattggaattatttcgac 302  Q
    ||||||||||||||||| ||| | |   | || || || |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||  |||| |    
T  25463987 aaaggtcaagattatgtttatgaagccggaccggaaagacgaactattgacctttcagccaataacttgtctggagaagtgccattggaattggttcggc 25464086  T
Q  303 ttgttcaaatacaaacattaaacttatctcacaataatttgactggaacaattcctaagctgattggtgacatgaaaaatatggaatctc 392  Q
    | |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| || ||   |||||| | ||||||||||||||||||||    
T  25464087 tggttcaagttcaaacattaaacttatctcacaataatttcattggaacaataccgaaagagattggaggcatgaaaaatatggaatctc 25464176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 2 - 392
Target Start/End: Original strand, 18104082 - 18104472
Alignment:
Q  2 aacttagaagtagtcatattgagagataaccgatttgaagggactattcctccacaactatttaatctctctgatttgtttcacttagaccttgcacata 101  Q
    |||||||||||  ||||||||||||  || | |||||||||||| ||||  | ||||||||| ||||||||| ||||| ||  |||||||||||||||||    
T  18104082 aacttagaagtgatcatattgagagccaatcaatttgaagggacaattctgcaacaactattcaatctctcttatttgattttcttagaccttgcacata 18104181  T
Q  102 acaaactttcaggatctttgccacactgcgtctacaacttgactcatatggttacttttcatttaagtttatggtattctaccacaattgatttatttat 201  Q
    |||||||||| || ||| ||||| | || ||||||||||||||| ||||||||||| |||||  || ||  | || | ||||||||||||| || ||||     
T  18104182 acaaactttccggttctatgccaaagtgtgtctacaacttgactaatatggttactattcatgaaacttctttgtttactaccacaattgagttgtttac 18104281  T
Q  202 caaaggtcaagattatgtgtatcatgttagcccagataggcgaactattgacctttcatccaatagcttgtctggagaagtgacattggaattatttcga 301  Q
     |||||||||||||| || ||| |  |    ||||| ||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||     
T  18104282 aaaaggtcaagattacgtttatgaaatccaaccagaaaggcgaacttttgacctttcagctaatagcttgtctggtgaagtgccattggaattgtttcgg 18104381  T
Q  302 cttgttcaaatacaaacattaaacttatctcacaataatttgactggaacaattcctaagctgattggtgacatgaaaaatatggaatctc 392  Q
    ||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||| || |||  ||||||   ||||||||||||||||||||    
T  18104382 cttgttcaacttcaaacattgaacttatctcacaataattttattggaacaataccgaagacgattggaagcatgaaaaatatggaatctc 18104472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 3 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 14895653 - 14895302
Alignment:
Q  3 acttagaagtagtcatattgagagataaccgatttgaagggactattcctccacaactatttaatctctctgatttgtttcacttagaccttgcacataa 102  Q
    ||||| |||| || |||||||||  ||||| ||||||||||| |||||| |||||| |||| |||||| ||  ||||||||| || ||||||||||| ||    
T  14895653 acttacaagtggttatattgagatctaaccaatttgaagggaatattccaccacaattattcaatctcacttctttgtttcatttggaccttgcacacaa 14895554  T
Q  103 caaactttcaggatctttgccacactgcgtctacaacttgactcatatggttacttttcatttaagtttatggtattctaccacaattgatttatttatc 202  Q
    |||| ||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||| |||  ||||  |||| |   | |||||    ||  |||| || ||||||||| |    
T  14895553 caaattttcaggatctttgccgaacagcgtctacaacttgactcaaatgaatactaatcatgtgtatgtatggaggcctgtcacatttaatttatttacc 14895454  T
Q  203 aaaggtcaagattatgtgtatcatgttagcccagataggcgaactattgacctttcatccaatagcttgtctggagaagtgacattggaattatttcgac 302  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||  | || || || |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| |    
T  14895453 aaaggtcaagaatatgtgtatcaagtccgtccggagagacgaactattgacctttcagccaatagcttgtccggagaagtgccattggaattgtttcggc 14895354  T
Q  303 ttgttcaaatacaaacattaaacttatctcacaataatttgactggaacaat 354  Q
    |||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  14895353 ttgttcaagttcaaacgttaaacttatctcacaataatttgattggaacaat 14895302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 2 - 392
Target Start/End: Original strand, 19393885 - 19394275
Alignment:
Q  2 aacttagaagtagtcatattgagagataaccgatttgaagggactattcctccacaactatttaatctctctgatttgtttcacttagaccttgcacata 101  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||  || | ||||||||| |||||||| | ||||||||| ||| ||||| || ||||||| || || ||||||||||    
T  19393885 aacttagtagtggtcatattgagagccaatcaatttgaaggtactattccacaacaactattcaatatctcttatatgtttcatttggatcttgcacata 19393984  T
Q  102 acaaactttcaggatctttgccacactgcgtctacaacttgactcatatggttacttttcatttaagtttatggtattctaccacaattgatttatttat 201  Q
    | ||||||||||| ||| ||||| | || ||| ||||||||||  ||||||||||||||||||| | ||  |  |||  |||||||||||| || ||||     
T  19393985 ataaactttcaggttctgtgccaaagtgtgtcgacaacttgacagatatggttacttttcattttatttctttttatattaccacaattgagttgtttac 19394084  T
Q  202 caaaggtcaagattatgtgtatcatgttagcccagataggcgaactattgacctttcatccaatagcttgtctggagaagtgacattggaattatttcga 301  Q
     ||||||||||||||| | ||| | ||    || |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||     
T  19394085 aaaaggtcaagattatatttatgaagtccatccggataggcgaactgttgacctttcagccaatagcttgtctggagaagtgccattggaattatttcgg 19394184  T
Q  302 cttgttcaaatacaaacattaaacttatctcacaataatttgactggaacaattcctaagctgattggtgacatgaaaaatatggaatctc 392  Q
    ||| ||||| | ||||| |||||  |||||||||||||||| | ||||||||| || ||   |||||| | |||||||||| |||||||||    
T  19394185 cttattcaagttcaaacgttaaatctatctcacaataatttcattggaacaataccgaacacgattggaggcatgaaaaatttggaatctc 19394275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 2 - 392
Target Start/End: Original strand, 19437694 - 19438084
Alignment:
Q  2 aacttagaagtagtcatattgagagataaccgatttgaagggactattcctccacaactatttaatctctctgatttgtttcacttagaccttgcacata 101  Q
    |||||| |||| ||||||||||||| |||   |||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  19437694 aacttaaaagtggtcatattgagagctaataaatttgaagggactattccgcaacaactattcaatctctcttatttgattcacttagaccttgcacata 19437793  T
Q  102 acaaactttcaggatctttgccacactgcgtctacaacttgactcatatggttacttttcatttaagtttatggtattctaccacaattgatttatttat 201  Q
    |||||||||| || ||| || || | || |||||||| ||||||| |||||||||| |||||  || ||  | || | ||||||||||||| || ||||     
T  19437794 acaaactttctggttctatgacaaagtgtgtctacaatttgactcgtatggttactattcatgaaacttctttgtttactaccacaattgagttttttac 19437893  T
Q  202 caaaggtcaagattatgtgtatcatgttagcccagataggcgaactattgacctttcatccaatagcttgtctggagaagtgacattggaattatttcga 301  Q
     |||||||||||||| || |      |    | ||| ||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||      
T  19437894 aaaaggtcaagattacgtttcgagaatccaacaagaaaggcgaactattgacctttcagcgaataacttgtctggagaagtgccattggaattttttcag 19437993  T
Q  302 cttgttcaaatacaaacattaaacttatctcacaataatttgactggaacaattcctaagctgattggtgacatgaaaaatatggaatctc 392  Q
    ||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||   ||||||||| || |||  |||| | | ||||||||||||||||||||    
T  19437994 cttgttcaagttcaaacgttaaacttatctcacaataattttgttggaacaataccgaagacgattagaggcatgaaaaatatggaatctc 19438084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 121; E-Value: 7e-62
Query Start/End: Original strand, 5 - 392
Target Start/End: Original strand, 18116704 - 18117094
Alignment:
Q  5 ttagaagtagtcatattgagagataaccgatttgaagggactattcctccacaactatttaatctctctgatttgtttcacttagaccttgcacataaca 104  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||| ||||||  ||||| |||| |||||| || |||||||||| || ||||||||||||||||    
T  18116704 ttagaagtagtcatactgagaggtaaccaatttgaagggagtattccaacacaattattcaatctcactaatttgtttcatttggaccttgcacataaca 18116803  T
Q  105 aactttcaggatctttgccacactgcgtctacaacttgactcatatggttacttttcatttaag---tttatggtattctaccacaattgatttatttat 201  Q
    |||||||||||||| |  |  | ||| | || |||||||||||||||||||||| | ||||      |  |||| ||  | |  ||||||| || ||||     
T  18116804 aactttcaggatctataacggagtgcatttataacttgactcatatggttacttctaattttgtggatgaatggaataatgctccaattgagttgtttac 18116903  T
Q  202 caaaggtcaagattatgtgtatcatgttagcccagataggcgaactattgacctttcatccaatagcttgtctggagaagtgacattggaattatttcga 301  Q
     ||||||||||||||||||||| |  |    ||||||||||||||||||||| ||||| | |||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||     
T  18116904 aaaaggtcaagattatgtgtatgaaatcgaaccagataggcgaactattgacttttcagctaataacttgtctggaaaagtgccattggaattatttcgg 18117003  T
Q  302 cttgttcaaatacaaacattaaacttatctcacaataatttgactggaacaattcctaagctgattggtgacatgaaaaatatggaatctc 392  Q
    |||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| || || |||  |||||| | ||||||||||||||||||||    
T  18117004 cttgttaaagttcaaacattaaacttatctcacaataatttcattggaactataccgaagacgattggaggcatgaaaaatatggaatctc 18117094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 116; E-Value: 7e-59
Query Start/End: Original strand, 5 - 392
Target Start/End: Original strand, 19461926 - 19462318
Alignment:
Q  5 ttagaagtagtcatat--tgagagataaccgatttgaagggactattcctccacaactatttaatctctctgatttgtttcacttagaccttgcacataa 102  Q
    ||||||||| ||||||  |||||| ||||| ||||||||||| ||||||  ||||| |||| |||||| || |||||||||| || ||||||||||||||    
T  19461926 ttagaagtattcatatactgagaggtaaccaatttgaagggagtattccaacacaattattcaatctcactaatttgtttcatttggaccttgcacataa 19462025  T
Q  103 caaactttcaggatctttgccacactgcgtctacaacttgactcatatggttacttttcatttaag---tttatggtattctaccacaattgatttattt 199  Q
    |||||||||||||||| || |  | ||| | || |||||||||||||||||||||| | ||||      |  |||| ||  | |  ||||||| || |||    
T  19462026 caaactttcaggatctatgacggagtgcatttataacttgactcatatggttacttctaattttgtggatgaatggaataatgctccaattgagttgttt 19462125  T
Q  200 atcaaaggtcaagattatgtgtatcatgttagcccagataggcgaactattgacctttcatccaatagcttgtctggagaagtgacattggaattatttc 299  Q
    |  ||||||||||||||||||||| |  |    ||||||||||||||||||||| ||||| | |||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  19462126 acaaaaggtcaagattatgtgtatgaaatcgaaccagataggcgaactattgacttttcagctaataacttgtctggaaaagtgccattggaattatttc 19462225  T
Q  300 gacttgttcaaatacaaacattaaacttatctcacaataatttgactggaacaattcctaagctgattggtgacatgaaaaatatggaatctc 392  Q
    | |||||| || | ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| || || |||  |||||| | ||||||||||||||||||||    
T  19462226 ggcttgttaaagttcaaacattaaacttatctcacaataatttcattggaactataccgaagacgattggaggcatgaaaaatatggaatctc 19462318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 3 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 17726800 - 17726411
Alignment:
Q  3 acttagaagtagtcatattgagagataaccgatttgaagggactattcctccacaactatttaatctctctgatttgtttcacttagaccttgcacataa 102  Q
    |||||||| | ||||||||| ||| ||| |  ||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||  |||||| ||||| ||||||||||||||    
T  17726800 acttagaaatggtcatattgggaggtaatcattttgaagggcctattcctgcacaactattcaatctctcttctttgttgcacttggaccttgcacataa 17726701  T
Q  103 caaactttcaggatctttgccacactgcgtctacaacttgactcatatggttacttttcatttaagtttatggtattctaccacaattgatttatttatc 202  Q
    |||||||||||| ||| ||||| | |||||||||||||||||  |||||||||||  |||||| | |   |  |    || ||||||||| || ||||      
T  17726700 caaactttcaggttctatgccaaagtgcgtctacaacttgacagatatggttactaatcattttactccttctttgggtatcacaattgagttgtttaca 17726601  T
Q  203 aaaggtcaagattatgtgtatcatgttagcccagataggcgaactattgacctttcatccaatagcttgtctggagaagtgacattggaattatttcgac 302  Q
    ||||||||||| ||   |||||   |  | || || || |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||| |    
T  17726600 aaaggtcaagactacaagtatcgactccgtcctgaaagacgaactattgacctttcagccaatagcttgtctggtgaagtaacatcggaattatttcggc 17726501  T
Q  303 ttgttcaaatacaaacattaaacttatctcacaataatttgactggaacaattcctaagctgattggtgacatgaaaaatatggaatctc 392  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| || ||    ||||| | |||||||||| |||||||||    
T  17726500 ttgttcaagttcaaacattaaacttatctcacaataatttcattggaacaataccgaaaacaattggaggcatgaaaaatttggaatctc 17726411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 3 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 19028029 - 19027640
Alignment:
Q  3 acttagaagtagtcatattgagagataaccgatttgaagggactattcctccacaactatttaatctctctgatttgtttcacttagaccttgcacataa 102  Q
    |||||||| | ||||||||| ||| ||| |  ||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||  |||||| ||||| ||||||||||||||    
T  19028029 acttagaaatggtcatattgggaggtaatcattttgaagggcctattcctgcacaactattcaatctctcttctttgttgcacttggaccttgcacataa 19027930  T
Q  103 caaactttcaggatctttgccacactgcgtctacaacttgactcatatggttacttttcatttaagtttatggtattctaccacaattgatttatttatc 202  Q
    |||||||||||| ||| ||||| | |||||||||||||||||  |||||||||||  |||||| | |   |  |    || ||||||||| || ||||      
T  19027929 caaactttcaggttctatgccaaagtgcgtctacaacttgacagatatggttactaatcattttactccttctttgggtatcacaattgagttgtttaca 19027830  T
Q  203 aaaggtcaagattatgtgtatcatgttagcccagataggcgaactattgacctttcatccaatagcttgtctggagaagtgacattggaattatttcgac 302  Q
    ||||||||||| ||   |||||   |  | || || || |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||| |    
T  19027829 aaaggtcaagactacaagtatcgactccgtcctgaaagacgaactattgacctttcagccaatagcttgtctggtgaagtaacatcggaattatttcggc 19027730  T
Q  303 ttgttcaaatacaaacattaaacttatctcacaataatttgactggaacaattcctaagctgattggtgacatgaaaaatatggaatctc 392  Q
    |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| || ||    ||||| | |||||||||| |||||||||    
T  19027729 ttgttcaagttcaaacattaaacttatctcacaataatttcattggaacaataccgaaaacaattggaggcatgaaaaatttggaatctc 19027640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 5 - 392
Target Start/End: Original strand, 17950571 - 17950961
Alignment:
Q  5 ttagaagtagtcatattgagagataaccgatttgaagggactattcctccacaactatttaatctctctgatttgtttcacttagaccttgcacataaca 104  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||| ||| ||||| ||||||||  ||||| |||| |||||  || | |||||||| || ||||||||||| ||||    
T  17950571 ttagaagttgtcatattgagagctaaccaattagaaggaactattccaacacaattattcaatcttccttacttgtttcatttggaccttgcacaaaaca 17950670  T
Q  105 aactttcaggatctttgccacactgcgtctacaacttgactcatatggttacttttcattta-agtttatggtattc--taccacaattgatttatttat 201  Q
    |||||||||||||| | ||| | || ||||| |||||||||||||||||||| ||||||    ||    ||  | |   ||  || ||||| || ||||     
T  17950671 aactttcaggatctataccagagtgtgtctataacttgactcatatggttacatttcatgcggaggaattgccagtagatataacgattgagttgtttac 17950770  T
Q  202 caaaggtcaagattatgtgtatcatgttagcccagataggcgaactattgacctttcatccaatagcttgtctggagaagtgacattggaattatttcga 301  Q
     |||||| |||||||||||||| |||||| ||   ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||     
T  17950771 aaaaggttaagattatgtgtatgatgttaacctgtataggcgaactattgacctttcagccaatagcttgtctggaaaagtgccattggaattgtttcgg 17950870  T
Q  302 cttgttcaaatacaaacattaaacttatctcacaataatttgactggaacaattcctaagctgattggtgacatgaaaaatatggaatctc 392  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||    |||||||| || ||   |||||| | ||||||||||||||||||||    
T  17950871 cttgttcaagttcaaacattaaacttatctcacaacaattttgtgggaacaataccgaaaacgattggaggcatgaaaaatatggaatctc 17950961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 14 - 392
Target Start/End: Original strand, 18147578 - 18147956
Alignment:
Q  14 gtcatattgagagataaccgatttgaagggactattcctccacaactatttaatctctctgatttgtttcacttagaccttgcacataacaaactttcag 113  Q
    ||||||||||||| |||   |||||||||||||||||| | ||||||||| || |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  18147578 gtcatattgagagctaataaatttgaagggactattccacaacaactattcaacctctcttatttgattcacttagaccttgcacataacaaactttccg 18147677  T
Q  114 gatctttgccacactgcgtctacaacttgactcatatggttacttttcatttaagtttatggtattctaccacaattgatttatttatcaaaggtcaaga 213  Q
      ||| ||||| | || ||||||||||||||| |||||| |||| ||||   || |     || | ||||||||||||| || ||||  |||||||||||    
T  18147678 attctatgccaaagtgtgtctacaacttgactgatatggctactattcagaaaactactgtgtttcctaccacaattgagttctttacaaaaggtcaaga 18147777  T
Q  214 ttatgtgtatcatgttagcccagataggcgaactattgacctttcatccaatagcttgtctggagaagtgacattggaattatttcgacttgttcaaata 313  Q
    |||||| |      |      ||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||  ||||||||| |     
T  18147778 ttatgtttcgagaatccaaaaagaaaggcgaactattgacctttcaggcaatagcttgtctggagaattgccattggaattgtttcagcttgttcaagtt 18147877  T
Q  314 caaacattaaacttatctcacaataatttgactggaacaattcctaagctgattggtgacatgaaaaatatggaatctc 392  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| || |||  |||||| | ||||||||||||| ||||||    
T  18147878 caaacattaaacttatctcacaataattttgttggaacaataccgaagacgattggaggcatgaaaaatatgaaatctc 18147956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 5 - 392
Target Start/End: Original strand, 19425426 - 19425816
Alignment:
Q  5 ttagaagtagtcatattgagagataaccgatttgaagggactattcctccacaactatttaatctctctgatttgtttcacttagaccttgcacataaca 104  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||    ||| |||| |||||  || |||||||||| || |||||||| |  ||||    
T  19425426 ttagaagtcgtcatattgagagctaaccaatttgaagggactatcccaaggcaattattcaatcttccttatttgtttcatttggaccttgctctaaaca 19425525  T
Q  105 aactttcaggatctttgccacactgcgtctacaacttgactcatatggttacttttcatttaagtttatggtattc--------taccacaattgattta 196  Q
    |||||||||||||| | ||| | || ||||| ||||||||| |||||||||| ||| |    ||   | || |||         |||||||||||| ||     
T  19425526 aactttcaggatctataccagaatgtgtctataacttgactgatatggttacatttga----agagga-ggaattaccagcaggtaccacaattgagttg 19425620  T
Q  197 tttatcaaaggtcaagattatgtgtatcatgttagcccagataggcgaactattgacctttcatccaatagcttgtctggagaagtgacattggaattat 296  Q
    ||||  ||||||||||||||| ||||||  || || ||| | || ||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||| | |||||||| |    
T  19425621 tttacaaaaggtcaagattatatgtatcgagtaagtccaaaaagacgaaccattgacctttcagcaaatagcttgtctggagaagtgcctttggaattgt 19425720  T
Q  297 ttcgacttgttcaaatacaaacattaaacttatctcacaataatttgactggaacaattcctaagctgattggtgacatgaaaaatatggaatctc 392  Q
    || | ||||||||  | ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||  ||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  19425721 ttaggcttgttcagcttcaaacgttaaacttatctcacaataatttgattggaacaataccaaaagtgattggaggcatgaaaaatatggaatctc 19425816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 15 - 392
Target Start/End: Original strand, 19334758 - 19335138
Alignment:
Q  15 tcatattgagagataaccgatttgaagggactattcctccacaactatttaatctctctgatttgtttcacttagaccttgcacataacaaactttcagg 114  Q
    ||||||||||||  || | |||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19334758 tcatattgagagccaatcaatttgaagggactattccacaacaactattcaatctctcttatttgatttacttagaccttgcacataacaaactttcagg 19334857  T
Q  115 atctttgccacactgcgtctacaacttgactcatatggttacttttcatttaagtttatggtattc--------taccacaattgatttatttatcaaag 206  Q
    |||| | ||  | || ||||| ||||||||| | |||||||| |||  | | ||     ||||||         || ||||||||| || ||||  ||||    
T  19334858 atctataccggattgtgtctataacttgactgaaatggttacattt--tctgaggg---ggtattaccagcagatatcacaattgagttgtttacaaaag 19334952  T
Q  207 gtcaagattatgtgtatcatgttagcccagataggcgaactattgacctttcatccaatagcttgtctggagaagtgacattggaattatttcgacttgt 306  Q
    ||||||||||| | |||||  |  |   |||||  || ||||||||||||||| |||||  |||| ||||||||||| |||||||||| ||||| |||||    
T  19334953 gtcaagattatatctatcaaatccgtggagatacacgtactattgacctttcagccaatcacttgactggagaagtgccattggaattgtttcggcttgt 19335052  T
Q  307 tcaaatacaaacattaaacttatctcacaataatttgactggaacaattcctaagctgattggtgacatgaaaaatatggaatctc 392  Q
    |||| | ||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||||||||  |||  |||||| | ||||| ||||||||||||||    
T  19335053 tcaagttcaaacattaaacttatctcacaatagtttcattggaacaattcagaagacgattggaggcatgataaatatggaatctc 19335138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 233 - 392
Target Start/End: Original strand, 19400696 - 19400855
Alignment:
Q  233 ccagataggcgaactattgacctttcatccaatagcttgtctggagaagtgacattggaattatttcgacttgttcaaatacaaacattaaacttatctc 332  Q
    |||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||| ||| || |||||||||| ||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||    
T  19400696 ccagatagacgaattattgacctttcaaccaatagcttgtctggggaactgccattggaattgtttcgacttgttcaagttcaaacgttaaacttatctc 19400795  T
Q  333 acaataatttgactggaacaattcctaagctgattggtgacatgaaaaatatggaatctc 392  Q
    |||||||||||| ||||||||| || ||  || |||| ||||||||| ||||||||||||    
T  19400796 acaataatttgattggaacaataccaaaagtggttggagacatgaaacatatggaatctc 19400855  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 203 - 342
Target Start/End: Original strand, 19456234 - 19456373
Alignment:
Q  203 aaaggtcaagattatgtgtatcatgttagcccagataggcgaactattgacctttcatccaatagcttgtctggagaagtgacattggaattatttcgac 302  Q
    ||||||||||||||||| ||| | ||| | ||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||      
T  19456234 aaaggtcaagattatgtttataaagtttgaccagaaaggcgaactattgacgattcatccaatagcttgtctggagaagtgccattggaattgtttcggt 19456333  T
Q  303 ttgttcaaatacaaacattaaacttatctcacaataattt 342  Q
    |||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  19456334 ttgttcaggttcaaacattaaacttatctcacaataattt 19456373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 243 - 392
Target Start/End: Original strand, 18109419 - 18109568
Alignment:
Q  243 gaactattgacctttcatccaatagcttgtctggagaagtgacattggaattatttcgacttgttcaaatacaaacattaaacttatctcacaataattt 342  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||  ||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  18109419 gaactattgacctttcagccaatagcttgcctggagaagtgccattggaattgtttctgcttgttcaagttcaaacattaaacttatctcacaacaattt 18109518  T
Q  343 gactggaacaattcctaagctgattggtgacatgaaaaatatggaatctc 392  Q
        |||||||| || ||   |||||| | ||||||||||||||||||||    
T  18109519 tgtgggaacaataccgaaaacgattggaggcatgaaaaatatggaatctc 18109568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 2 - 154
Target Start/End: Original strand, 19400462 - 19400614
Alignment:
Q  2 aacttagaagtagtcatattgagagataaccgatttgaagggactattcctccacaactatttaatctctctgatttgtttcacttagaccttgcacata 101  Q
    ||||||||||| |||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||  ||||| |||| |||||  || |||||||||| || ||||||||||| |    
T  19400462 aacttagaagttgtcatactgagagctaaccaatttgaagggactattccaacacaattattcaatcttacttatttgtttcatttggaccttgcacaaa 19400561  T
Q  102 acaaactttcaggatctttgccacactgcgtctacaacttgactcatatggtt 154  Q
    ||||||||||||||||| | ||  | |||||||| ||||||||| ||||||||    
T  19400562 acaaactttcaggatctataccgaaatgcgtctataacttgactgatatggtt 19400614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 5 - 156
Target Start/End: Original strand, 18109178 - 18109329
Alignment:
Q  5 ttagaagtagtcatattgagagataaccgatttgaagggactattcctccacaactatttaatctctctgatttgtttcacttagaccttgcacataaca 104  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||  ||||| |||| | |||  || | |||||||| || ||||||||||| ||||    
T  18109178 ttagaagttgtcatattgagagctaaccaatttgaaggaactattccaacacaattattcattcttccttacttgtttcatttggaccttgcacaaaaca 18109277  T
Q  105 aactttcaggatctttgccacactgcgtctacaacttgactcatatggttac 156  Q
    |||||||| ||||| | ||| | || ||||| ||||||||||||||||||||    
T  18109278 aactttcaagatctataccaaagtgtgtctataacttgactcatatggttac 18109329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #30
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 69 - 147
Target Start/End: Original strand, 19439613 - 19439691
Alignment:
Q  69 tctctgatttgtttcacttagaccttgcacataacaaactttcaggatctttgccacactgcgtctacaacttgactca 147  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||    
T  19439613 tctctaatttgtttcacttggaccttgcacataacaaattttcaggatctttgtcgcactgcgtctacaacatgactca 19439691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #31
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 2 - 69
Target Start/End: Original strand, 19439380 - 19439447
Alignment:
Q  2 aacttagaagtagtcatattgagagataaccgatttgaagggactattcctccacaactatttaatct 69  Q
    ||||||| ||| || |||||||||||||||| ||||||||| |||||||| | ||||||||| |||||    
T  19439380 aacttaggagtggtaatattgagagataaccaatttgaaggaactattccacaacaactattcaatct 19439447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 179; Significance: 2e-96; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 9 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 13666207 - 13665825
Alignment:
Q  9 aagtagtcatattgagagataaccgatttgaagggactattcctccacaactatttaatctctctgatttgtttcacttagaccttgcacataacaaact 108  Q
    |||| |||||||||||||| ||   ||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||  |||||    
T  13666207 aagtggtcatattgagagaaaataaatttgaaggcagtattcccccacaactatttaatctctcttatttgtttcacctagaccttgcacatatgaaact 13666108  T
Q  109 ttcaggatctttgccacactgcgtctacaacttgactcatatggttacttttcatttaagtttatggtattctaccacaattgatttatttatcaaaggt 208  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |   ||| |  ||  |||||||| || ||||||||| |||||||    
T  13666107 ttcaggatctttgccacacaacgtctacaacttgactcatatggttacttttcatgtggatttgtactaccctaccacatttaatttatttaccaaaggt 13666008  T
Q  209 caagattatgtgtatcatgttagcccagataggcgaactattgacctttcatccaatagcttgtctggagaagtgacattggaattatttcgacttgttc 308  Q
    ||||||||| ||||||| || |  |||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||| || || ||||||||||||  |||||||    
T  13666007 caagattatatgtatcaagtcaatccagatagacgaactattgacctttcagctaatagcttgtttggagaattgccactggaattatttcagcttgttc 13665908  T
Q  309 aaatacaaacattaaacttatctcacaataatttgactggaacaattcctaagctgattggtgacatgaaaaatatggaatct 391  Q
    || | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||   ||| ||||| |||||||||  ||||||||||    
T  13665907 aagttcaaacattgaacttatctcacaataatttgactggaacaatacccctgctaattggagacatgaaacttatggaatct 13665825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 179; Significance: 2e-96; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 34 - 392
Target Start/End: Original strand, 15536301 - 15536659
Alignment:
Q  34 atttgaagggactattcctccacaactatttaatctctctgatttgtttcacttagaccttgcacataacaaactttcaggatctttgccacactgcgtc 133  Q
    ||||||||||| |||||| |||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||     
T  15536301 atttgaagggattattccgccacaattattcaatctctcttatttgtttcacttagaccttgcacataacaaactttcaggatctttaccacactgcgtg 15536400  T
Q  134 tacaacttgactcatatggttacttttcatttaagtttatggtattctaccacaattgatttatttatcaaaggtcaagattatgtgtatcatgttagcc 233  Q
    |||||||||||||| |||||||||| |||| ||| |  ||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || | | |     
T  15536401 tacaacttgactcaaatggttacttatcatgtaaatccatggtatacttccacaattgatttatttaccaaaggtcaagattatgtgtatgatatcaact 15536500  T
Q  234 cagataggcgaactattgacctttcatccaatagcttgtctggagaagtgacattggaattatttcgacttgttcaaatacaaacattaaacttatctca 333  Q
    | || || |||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||| || |||||||||| ||||| ||||||||| | ||||| ||||||||||||||    
T  15536501 cggaaagacgaactattgacctttcagccaatagcttgtttggggaactgccattggaattgtttcggcttgttcaagttcaaacgttaaacttatctca 15536600  T
Q  334 caataatttgactggaacaattcctaagctgattggtgacatgaaaaatatggaatctc 392  Q
    |||||||||   ||||||||| || |||  |||||| | ||||| ||| ||||||||||    
T  15536601 caataattttgttggaacaataccaaagacgattggcggcatgataaacatggaatctc 15536659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 234 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 2709605 - 2709447
Alignment:
Q  234 cagataggcgaactattgacctttcatccaatagcttgtctggagaagtgacattggaattatttcgacttgttcaaatacaaacattaaacttatctca 333  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| | ||| |||| |||||||||||    
T  2709605 cagacaggcgaactattgacctttcagccaatagcttgtctggagaagtgccattggaattatttcaacttgttcaagttcaatcattgaacttatctca 2709506  T
Q  334 caataatttgactggaacaattcctaagctgattggtgacatgaaaaatatggaatctc 392  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  2709505 caataatttgactggaacaatacccaagatgattggagacatgaaaaacatggaatctc 2709447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 15 - 155
Target Start/End: Complemental strand, 2709839 - 2709699
Alignment:
Q  15 tcatattgagagataaccgatttgaagggactattcctccacaactatttaatctctctgatttgtttcacttagaccttgcacataacaaactttcagg 114  Q
    |||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||  ||||| |||| ||||||||| | |||| |||||| ||||||||||| || |||||||||||    
T  2709839 tcatattgagagctaaccaatttaaagggactattccaacacaattattcaatctctctaagttgtatcacttggaccttgcacaaaataaactttcagg 2709740  T
Q  115 atctttgccacactgcgtctacaacttgactcatatggtta 155  Q
    |||| | ||| | |||||||| ||||||| | |||||||||    
T  2709739 atctataccagagtgcgtctataacttgagttatatggtta 2709699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0640 (Bit Score: 145; Significance: 3e-76; HSPs: 1)
Name: scaffold0640
Description:

Target: scaffold0640; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 5 - 392
Target Start/End: Original strand, 6142 - 6532
Alignment:
Q  5 ttagaagtagtcatattgagagataaccgatttgaagggactattcctccacaactatttaatctctctgatttgtttcacttagaccttgcacataaca 104  Q
    |||||||| |||||||| |||| ||||| ||| ||||||||||||||  ||||| |||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  6142 ttagaagttgtcatattaagagctaaccaattcgaagggactattccatcacaattattcaatctctcttatttgtttcacttggaccttgcacataaca 6241  T
Q  105 aactttcaggatctttgccacactgcgtctacaacttgactcatatggttacttttcatttaagtttatggtattct---accacaattgatttatttat 201  Q
    |||| ||||||||| ||||| ||||| ||||||| |||| ||| |||||||||||  || |   |  || |  ||||   || |||||||| || |||      
T  6242 aactctcaggatctatgccaaactgcatctacaatttgagtcaaatggttactttatatgtggatgcattgccttctgatacgacaattgagttgtttca 6341  T
Q  202 caaaggtcaagattatgtgtatcatgttagcccagataggcgaactattgacctttcatccaatagcttgtctggagaagtgacattggaattatttcga 301  Q
     ||||||||||||||| ||||| | ||  | |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||     
T  6342 aaaaggtcaagattatatgtatgaagtgcggccagataggcgaactattgacctttcagtcaatagcttgtctggaaaagtgtcaatggaattatttcgt 6441  T
Q  302 cttgttcaaatacaaacattaaacttatctcacaataatttgactggaacaattcctaagctgattggtgacatgaaaaatatggaatctc 392  Q
    ||||||||| | ||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||| || ||| ||||||| | ||||||||||||||| ||||    
T  6442 cttgttcaagttcaaacattaaatttatctcacaatcattttactggaacaataccaaagatgattggaggcatgaaaaatatggagtctc 6532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0648 (Bit Score: 141; Significance: 8e-74; HSPs: 1)
Name: scaffold0648
Description:

Target: scaffold0648; HSP #1
Raw Score: 141; E-Value: 8e-74
Query Start/End: Original strand, 5 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 3365 - 2975
Alignment:
Q  5 ttagaagtagtcatattgagagataaccgatttgaagggactattcctccacaactatttaatctctctgatttgtttcacttagaccttgcacataaca 104  Q
    |||||||| |||||||| |||| ||||| ||| ||||||||||||||  ||||| |||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  3365 ttagaagttgtcatattaagagctaaccaattcgaagggactattccatcacaattattcaatctctcttatttgtttcacttggaccttgcacataaca 3266  T
Q  105 aactttcaggatctttgccacactgcgtctacaacttgactcatatggttacttttcatttaagtttatggtattct---accacaattgatttatttat 201  Q
    |||| ||||||||| ||||| ||||| ||||||| |||| ||| |||||||||||  || |   |  || |  ||||   || |||||||| || |||      
T  3265 aactctcaggatctatgccaaactgcatctacaatttgagtcaaatggttactttatatgtggatgcattgccttctgatacgacaattgagttgtttca 3166  T
Q  202 caaaggtcaagattatgtgtatcatgttagcccagataggcgaactattgacctttcatccaatagcttgtctggagaagtgacattggaattatttcga 301  Q
     ||||||||||||||| ||||| | ||  | |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||     
T  3165 aaaaggtcaagattatatgtatgaagtgcgaccagataggcgaactattgacctttcagtcaatagcttgtctggaaaagtgtcaatggaattatttcgt 3066  T
Q  302 cttgttcaaatacaaacattaaacttatctcacaataatttgactggaacaattcctaagctgattggtgacatgaaaaatatggaatctc 392  Q
    ||||||||| | ||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||| || |||  |||||| | ||||||||||||||| ||||    
T  3065 cttgttcaagttcaaacattaaatttatctcacaatcattttactggaacaataccaaagacgattggaggcatgaaaaatatggagtctc 2975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0274 (Bit Score: 141; Significance: 8e-74; HSPs: 3)
Name: scaffold0274
Description:

Target: scaffold0274; HSP #1
Raw Score: 141; E-Value: 8e-74
Query Start/End: Original strand, 5 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 2834 - 2444
Alignment:
Q  5 ttagaagtagtcatattgagagataaccgatttgaagggactattcctccacaactatttaatctctctgatttgtttcacttagaccttgcacataaca 104  Q
    |||||||| |||||||| |||| ||||| ||| ||||||||||||||  ||||| |||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  2834 ttagaagttgtcatattaagagctaaccaattcgaagggactattccatcacaattattcaatctctcttatttgtttcacttggaccttgcacataaca 2735  T
Q  105 aactttcaggatctttgccacactgcgtctacaacttgactcatatggttacttttcatttaagtttatggtattct---accacaattgatttatttat 201  Q
    |||| ||||||||| ||||| ||||| ||||||| |||| ||| |||||||||||  || |   |  || |  ||||   || |||||||| || |||      
T  2734 aactctcaggatctatgccaaactgcatctacaatttgagtcaaatggttactttatatgtggatgcattgccttctgatacgacaattgagttgtttca 2635  T
Q  202 caaaggtcaagattatgtgtatcatgttagcccagataggcgaactattgacctttcatccaatagcttgtctggagaagtgacattggaattatttcga 301  Q
     ||||||||||||||| ||||| | ||  | |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||     
T  2634 aaaaggtcaagattatatgtatgaagtgcggccagataggcgaactattgacctttcagtcaatagcttgtctggaaaagtgtcaatggaattatttcgt 2535  T
Q  302 cttgttcaaatacaaacattaaacttatctcacaataatttgactggaacaattcctaagctgattggtgacatgaaaaatatggaatctc 392  Q
    ||||||||| | ||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||| || |||  |||||| | ||||||||||||||| ||||    
T  2534 cttgttcaagttcaaacattaaatttatctcacaatcattttactggaacaataccaaagacgattggaggcatgaaaaatatggagtctc 2444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0274; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 9e-46
Query Start/End: Original strand, 203 - 392
Target Start/End: Original strand, 21522 - 21711
Alignment:
Q  203 aaaggtcaagattatgtgtatcatgttagcccagataggcgaactattgacctttcatccaatagcttgtctggagaagtgacattggaattatttcgac 302  Q
    ||||||||||||||| ||||| | ||  | |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||| |    
T  21522 aaaggtcaagattatatgtatgaagtgcgaccagataggcgaactattgacctttcagtcaatagcttgtctggaaaagtgtcaatggaattatttcgtc 21621  T
Q  303 ttgttcaaatacaaacattaaacttatctcacaataatttgactggaacaattcctaagctgattggtgacatgaaaaatatggaatctc 392  Q
    |||||||| | ||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||| || |||  |||||| | ||||||||||||||| ||||    
T  21622 ttgttcaagttcaaacattaaatttatctcacaatcattttactggaacaataccaaagacgattggaggcatgaaaaatatggagtctc 21711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0274; HSP #3
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 5 - 113
Target Start/End: Original strand, 21363 - 21470
Alignment:
Q  5 ttagaagtagtcatattgagagataaccgatttgaagggactattcctccacaactatttaatctctctgatttgtttcacttagaccttgcacataaca 104  Q
    |||||||| |||||||| |||| ||||| ||| ||||| |||||||| |||||| |||| ||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||    
T  21363 ttagaagtggtcatattaagagctaaccaattcgaagg-actattccaccacaattattcaatctctcttatttgtttcacttgaaccttgcacataaca 21461  T
Q  105 aactttcag 113  Q
    |||| ||||    
T  21462 aactctcag 21470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0271 (Bit Score: 94; Significance: 9e-46; HSPs: 1)
Name: scaffold0271
Description:

Target: scaffold0271; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 9e-46
Query Start/End: Original strand, 203 - 392
Target Start/End: Original strand, 11438 - 11627
Alignment:
Q  203 aaaggtcaagattatgtgtatcatgttagcccagataggcgaactattgacctttcatccaatagcttgtctggagaagtgacattggaattatttcgac 302  Q
    ||||||||||||||| ||||| | ||  | |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||| |    
T  11438 aaaggtcaagattatatgtatgaagtgcgaccagataggcgaactattgacctttcagtcaatagcttgtctggaaaagtgtcaatggaattatttcgtc 11537  T
Q  303 ttgttcaaatacaaacattaaacttatctcacaataatttgactggaacaattcctaagctgattggtgacatgaaaaatatggaatctc 392  Q
    |||||||| | ||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||| || |||  |||||| | ||||||||||||||| ||||    
T  11538 ttgttcaagttcaaacattaaatttatctcacaatcattttactggaacaataccaaagaagattggaggcatgaaaaatatggagtctc 11627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 88; Significance: 3e-42; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 219 - 390
Target Start/End: Original strand, 8460519 - 8460690
Alignment:
Q  219 tgtatcatgttagcccagataggcgaactattgacctttcatccaatagcttgtctggagaagtgacattggaattatttcgacttgttcaaatacaaac 318  Q
    ||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||| | |||||||||||||  ||||| ||| | |||||    
T  8460519 tgtatgatgttagccctaataggcgaactattgacctttcagctaataacttgtctggagaagtgccgttggaattatttcatcttgtccaagttcaaac 8460618  T
Q  319 attaaacttatctcacaataatttgactggaacaattcctaagctgattggtgacatgaaaaatatggaatc 390  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||| ||||||| | ||||||| ||||||||||    
T  8460619 attgaacttatctcacaataatttgattggaacaatacccaagatgattggaggcatgaaatatatggaatc 8460690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 5 - 151
Target Start/End: Original strand, 8460284 - 8460430
Alignment:
Q  5 ttagaagtagtcatattgagagataaccgatttgaagggactattcctccacaactatttaatctctctgatttgtttcacttagaccttgcacataaca 104  Q
    |||||||| |||||||||||||  |||| ||||||||| | |||||| |||||  ||||  | ||| ||  ||||||||| || ||||||||||||||||    
T  8460284 ttagaagtggtcatattgagagccaaccaatttgaaggcaatattccaccacagttattcgaactccctcttttgtttcatttggaccttgcacataaca 8460383  T
Q  105 aactttcaggatctttgccacactgcgtctacaacttgactcatatg 151  Q
    |||||||||||||| |||||   |||   ||||||||||||||||||    
T  8460384 aactttcaggatctatgccagcgtgcaaatacaacttgactcatatg 8460430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University