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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF20073_low_2 (Length: 630)
Name: NF20073_low_2
Description: NF20073
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF20073_low_2 |
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Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 569; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 569; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 613
Target Start/End: Original strand, 26733318 - 26733935
Alignment:
| Q |
1 |
tactcgtggacttaactagtgggaaataggatattacacaaagattatactccactctaccatatgttaaccaataagataacatcaattaaattaacta |
100 |
Q |
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| T |
26733318 |
tactcgtggacttaactagtgggaaataggatattacacaaagattatactccactctaccatatgttaaccaataagataacatcaattaaattaacta |
26733417 |
T |
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| Q |
101 |
taattgtacttattataaatacagaatgcaatcactgcatgtagtgtgag-----tgtggtaccaaaaagagaaattaaatacacccaatgcaaacattg |
195 |
Q |
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| T |
26733418 |
taattgtacttattataaatacagaatgcaatcactgcatgtagtgtgagagtggtgtggtaccaaaaagagaaattaaatacacccaatgcaaacattg |
26733517 |
T |
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| Q |
196 |
caaaccaattcataggtacaaaactgagcaaaagagaaagatgaaaagcatcacatgttatttgctactattgtgcatgttatttacaacgtgttattca |
295 |
Q |
| |
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| T |
26733518 |
caaaccaattcataggtacaaaactgagcaaaagagaaagatgaaaaacatcacatgttatttgctactattgtgcatgttatttacaacgtgttattca |
26733617 |
T |
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| Q |
296 |
ttaaataatgatcttgatgcgttgctaaagctnnnnnnntcaatgaaaggaaagaaagccaaagatgatgcactcaaagactggaaattttcaacttctg |
395 |
Q |
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| T |
26733618 |
ttaaataatgatcttgatgcgttgctaaagctaaaaaaatcaatgaaaggagagaaagccaaagatgatgcactcaaagactggaaattttcaacttctg |
26733717 |
T |
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| Q |
396 |
cttcagctcactgttcattttccggtgtaaaatgcgacgaagatcaacgtgtgattgctttgaacgtgacgcaagttccactcttcggacacctttccaa |
495 |
Q |
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| T |
26733718 |
cttcagctcactgttcattttccggtgtaaaatgcgacgaagatcaacgtgtgattgctttgaacgtgacgcaagttccactcttcggacacctttccaa |
26733817 |
T |
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| Q |
496 |
ggagatcggagagttgaacatgctcgagagccttacaatcactatggacaatctcaccggcgagcttccaactgagctatccaaacttacttctcttaga |
595 |
Q |
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| T |
26733818 |
ggagatcggagagttgaacatgctcgagagccttacaatcactatggacaatctcaccggcgagcttccaactgagctatccaaacttacttctcttaga |
26733917 |
T |
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| Q |
596 |
atcctcaacatctctcac |
613 |
Q |
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| T |
26733918 |
atcctcaacatctctcac |
26733935 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 487; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 50 - 613
Target Start/End: Original strand, 26725058 - 26725621
Alignment:
| Q |
50 |
ctccactctaccatatgttaaccaataagataacatcaattaaattaactataattgtacttattataaatacagaatgcaatcactgcatgtagtgtga |
149 |
Q |
| |
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| T |
26725058 |
ctccactccaccatatgtgaacaaataagataatatcaattaaattaactataattgtacttattataaatatagaatgcaatcactgcatgtagtgtga |
26725157 |
T |
|
| Q |
150 |
gtgtggtaccaaaaagagaaattaaatacacccaatgcaaacattgcaaaccaattcataggtacaaaactgagcaaaagagaaagatgaaaagcatcac |
249 |
Q |
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| T |
26725158 |
gtgtggtaccaaaaagagaaattaaatacacccaatgcaaacattgcaaaccaattcataggtacaaaacttagcaaaagagaaagatgaaaagcatcac |
26725257 |
T |
|
| Q |
250 |
atgttatttgctactattgtgcatgttatttacaacgtgttattcattaaataatgatcttgatgcgttgctaaagctnnnnnnntcaatgaaaggaaag |
349 |
Q |
| |
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| T |
26725258 |
atgttatttgctactattgtgcatgttatttacaacgtgttattcattaaataatgatcttgatgcgttgctaaagctaaaaaaatcaatgaaaggagag |
26725357 |
T |
|
| Q |
350 |
aaagccaaagatgatgcactcaaagactggaaattttcaacttctgcttcagctcactgttcattttccggtgtaaaatgcgacgaagatcaacgtgtga |
449 |
Q |
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| T |
26725358 |
aaagccaaagatgatgcactcaaagactggaaattttcaacttctgcttcaggtcactgttcattttccggtgtcaaatgcgacggagaacaacgagtga |
26725457 |
T |
|
| Q |
450 |
ttgctttgaacgtgacgcaagttccactcttcggacacctttccaaggagatcggagagttgaacatgctcgagagccttacaatcactatggacaatct |
549 |
Q |
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| T |
26725458 |
ttgctctaaacgtgacgcaagttccactcttcggacacctttccaaggagatcggagagttgaacatgctcgagagccttacaatcactatggacaatct |
26725557 |
T |
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| Q |
550 |
caccggcgagcttccaactgagctatccaaacttacttctcttagaatcctcaacatctctcac |
613 |
Q |
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| T |
26725558 |
caccggcgagcttccaactgagctatccaaacttacttctcttagaatcctcaacatctctcac |
26725621 |
T |
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