View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20078_high_11 (Length: 432)

Name: NF20078_high_11
Description: NF20078
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20078_high_11
NF20078_high_11
[»] chr8 (15 HSPs)
chr8 (19-416)||(6455972-6456369)
chr8 (9-409)||(6449512-6449912)
chr8 (78-271)||(6262203-6262396)
chr8 (181-311)||(6362046-6362176)
chr8 (169-262)||(7457951-7458044)
chr8 (169-262)||(7470353-7470446)
chr8 (183-311)||(6351161-6351289)
chr8 (183-263)||(6423126-6423206)
chr8 (181-263)||(6330761-6330843)
chr8 (181-263)||(6368869-6368951)
chr8 (324-416)||(6261966-6262058)
chr8 (181-263)||(6320299-6320381)
chr8 (181-232)||(6273451-6273502)
chr8 (181-232)||(6389882-6389933)
chr8 (192-295)||(6409068-6409171)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (9-416)||(9606104-9606511)
chr5 (56-358)||(9590505-9590805)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (78-416)||(42689526-42689864)
chr2 (181-416)||(42691984-42692219)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (100-241)||(36926274-36926415)
chr1 (165-237)||(47126868-47126940)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (183-234)||(46709183-46709234)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (327-416)||(36746051-36746140)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 358; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 358; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 6456369 - 6455972
Alignment:
Q  19 atgtctccttatactatccaacagatgaggcagtgcaaaaagacactgaaattcaaaaatggtggaaggaagctgtagaaaagggtcacggtgacttgaa 118  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||| ||||||||| | ||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  6456369 atgtctccttatattatccaacagatgaagtagtgcaaaaggacactgaactacaaacttggtggaaggaagctgtagaaaagggtcatggtgacttgaa 6456270  T
Q  119 agacaagccatggtggcctaagatgcaaactgttggagacttggttcaatcttgctccattatcatatggactgcttcagctcttcatgcagcagttaac 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6456269 agacaagccatggtggcctaagatgcaaactgttggagacttggttcaatcttgctccattatcatatggactgcttcagctcttcatgcagcagttaac 6456170  T
Q  219 tttggacagtatccttatggaggatatatcctgaaccgtccaactcttagtagaagatttattccggagcaaggaactccggaatatgatgagatggtga 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  6456169 tttggacagtatccttatggaggatatatcctgaaccgtccaactcttagtagaagatttattccggagcaaggaactccggagtatgatgagatggtga 6456070  T
Q  319 aaagtcctcaaaaggcgtatttgagaactattacaccaaagtttcagaccctcattgatctttctgtgattgagatattgtcaagacatgcttctgat 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6456069 aaagtcctcaaaaggcgtatttgagaactattacaccaaagtttcagaccctcattgatctttctgtgattgagatattgtcaagacatgcttctgat 6455972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 317; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 9 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 6449912 - 6449512
Alignment:
Q  9 gtccaagaaaatgtctccttatactatccaacagatgaggcagtgcaaaaagacactgaaattcaaaaatggtggaaggaagctgtagaaaagggtcacg 108  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6449912 gtccaagactatgtctccttatactatccaacagatgaggcggtgcaaaaagacactgaaattcaaaaatggtggaaggaagctgtagaaaagggtcacg 6449813  T
Q  109 gtgacttgaaagacaagccatggtggcctaagatgcaaactgttggagacttggttcaatcttgctccattatcatatggactgcttcagctcttcatgc 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||    
T  6449812 gtgacttgaaagacaagccatggtggcctaagatgcaaactgttcaagacttggttcaatcttgctccattattatatggactgcttctgctcttcatgc 6449713  T
Q  209 agcagttaactttggacagtatccttatggaggatatatcctgaaccgtccaactcttagtagaagatttattccggagcaaggaactccggaatatgat 308  Q
    ||| ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  6449712 agctgttaatttcggacaatatccttacggaggatatatcctgaaccgtccaacaattagtagaagatttattccggagccaggaactccggaatacgat 6449613  T
Q  309 gagatggtgaaaagtcctcaaaaggcgtatttgagaactattacaccaaagtttcagaccctcattgatctttctgtgattgagatattgtcaagacatg 408  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  6449612 gagatggtgaaaagtcctcaaaaggcgtatttgagaactattacaccaaagtatcaaacccttgttgatctttctgtgatcgagatattgtcaagacatg 6449513  T
Q  409 c 409  Q
    |    
T  6449512 c 6449512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 78 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 6262396 - 6262203
Alignment:
Q  78 tggtggaaggaagctgtagaaaagggtcacggtgacttgaaagacaagccatggtggcctaagatgcaaactgttggagacttggttcaatcttgctcca 177  Q
    |||||||| |||| |||||||  |||||| ||||||  ||||||| ||||||||||||| || |||||||||   | ||| ||| |||||  ||||   |    
T  6262396 tggtggaaagaagttgtagaagtgggtcatggtgacaagaaagacgagccatggtggccgaaaatgcaaactcgcgaagagttgattcaagtttgcagta 6262297  T
Q  178 ttatcatatggactgcttcagctcttcatgcagcagttaactttggacagtatccttatggaggatatatcctgaaccgtccaactcttagtag 271  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||| |  ||  | ||||||||||||||||||||    
T  6262296 ttatcatatggactgcttcagctcttcatgcagctgttaattttggacaatatccgtatggaggtttcatattaaaccgtccaactcttagtag 6262203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 181 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 6362176 - 6362046
Alignment:
Q  181 tcatatggactgcttcagctcttcatgcagcagttaactttggacagtatccttatggaggatatatcctgaaccgtccaactcttagtagaagatttat 280  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||| | ||||| ||||||   ||||||||||| ||    
T  6362176 tcatatggattgcttcagcacttcatgcagcagttaattttggacaatatccgtatggaggatatatcgttaaccgaccaactaaaagtagaagattcat 6362077  T
Q  281 tccggagcaaggaactccggaatatgatgag 311  Q
     || ||||| ||| | || || |||||||||    
T  6362076 gcctgagcagggatcccctgagtatgatgag 6362046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 169 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 7458044 - 7457951
Alignment:
Q  169 cttgctccattatcatatggactgcttcagctcttcatgcagcagttaactttggacagtatccttatggaggatatatcctgaaccgtccaac 262  Q
    ||||| ||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||| | ||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  7458044 cttgcaccattctcatatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaattttggacaatatgcgtatggaggatatatccttaaccgaccaac 7457951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 169 - 262
Target Start/End: Complemental strand, 7470446 - 7470353
Alignment:
Q  169 cttgctccattatcatatggactgcttcagctcttcatgcagcagttaactttggacagtatccttatggaggatatatcctgaaccgtccaac 262  Q
    ||||| ||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||| | ||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  7470446 cttgcaccattctcatatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaattttggacaatatgcgtatggaggatatatccttaaccgaccaac 7470353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 183 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 6351289 - 6351161
Alignment:
Q  183 atatggactgcttcagctcttcatgcagcagttaactttggacagtatccttatggaggatatatcctgaaccgtccaactcttagtagaagatttattc 282  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||    ||||||||||| || |    
T  6351289 atatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaatttcggacaatatccatatggaggatatatccttaaccggccaacaaagagtagaagattcatgc 6351190  T
Q  283 cggagcaaggaactccggaatatgatgag 311  Q
    | ||| ||||| | || || |||||||||    
T  6351189 ctgagaaaggatcacctgagtatgatgag 6351161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 183 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 6423206 - 6423126
Alignment:
Q  183 atatggactgcttcagctcttcatgcagcagttaactttggacagtatccttatggaggatatatcctgaaccgtccaact 263  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || || ||||||||||| ||||| ||||| ||||||    
T  6423206 atatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaattttggacaatacccatatggaggatacatccttaaccgaccaact 6423126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 181 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 6330843 - 6330761
Alignment:
Q  181 tcatatggactgcttcagctcttcatgcagcagttaactttggacagtatccttatggaggatatatcctgaaccgtccaact 263  Q
    ||||||||| ||||||||| | ||||||||| ||||| ||||| || ||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||    
T  6330843 tcatatggattgcttcagcacatcatgcagctgttaattttggtcaatatccatatggaggatatatacttaaccgaccaact 6330761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 181 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 6368951 - 6368869
Alignment:
Q  181 tcatatggactgcttcagctcttcatgcagcagttaactttggacagtatccttatggaggatatatcctgaaccgtccaact 263  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||||  |||||||| || ||||| ||||| ||||||    
T  6368951 tcatatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaattttggacaatatcagtatggagggtacatccttaaccgaccaact 6368869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 324 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 6262058 - 6261966
Alignment:
Q  324 cctcaaaaggcgtatttgagaactattacaccaaagtttcagaccctcattgatctttctgtgattgagatattgtcaagacatgcttctgat 416  Q
    ||||| ||||| || |||||||| |||||||| |||||||| || || ||||||||||| || || || |||||||| || ||||||||||||    
T  6262058 cctcagaaggcctacttgagaacaattacaccgaagtttcaaacgctgattgatctttcagtcatagaaatattgtcgaggcatgcttctgat 6261966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 181 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 6320381 - 6320299
Alignment:
Q  181 tcatatggactgcttcagctcttcatgcagcagttaactttggacagtatccttatggaggatatatcctgaaccgtccaact 263  Q
    ||||||||| ||||||||| | ||||||||| ||||| ||||| || || || |||||||||||||| || ||||| ||||||    
T  6320381 tcatatggattgcttcagcacatcatgcagctgttaattttggtcaatacccatatggaggatatatacttaaccgaccaact 6320299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 181 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 6273502 - 6273451
Alignment:
Q  181 tcatatggactgcttcagctcttcatgcagcagttaactttggacagtatcc 232  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| |||||    
T  6273502 tcatatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaattttggacaatatcc 6273451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 181 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 6389933 - 6389882
Alignment:
Q  181 tcatatggactgcttcagctcttcatgcagcagttaactttggacagtatcc 232  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| |||||    
T  6389933 tcatatggattgcttcagcacttcatgcagctgttaattttggacaatatcc 6389882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 192 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 6409171 - 6409068
Alignment:
Q  192 gcttcagctcttcatgcagcagttaactttggacagtatccttatggaggatatatcctgaaccgtccaactcttagtagaagatttattccggagcaag 291  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| || ||||| ||  | ||||| ||||||   ||||||||||| || || ||| |||    
T  6409171 gcttcagcacttcatgcagctgttaattttggacaatatccttacggtggatacattgttaaccgaccaactaaaagtagaagattcatgcctgagaaag 6409072  T
Q  292 gaac 295  Q
    ||||    
T  6409071 gaac 6409068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 212; Significance: 1e-116; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 9 - 416
Target Start/End: Original strand, 9606104 - 9606511
Alignment:
Q  9 gtccaagaaaatgtctccttatactatccaacagatgaggcagtgcaaaaagacactgaaattcaaaaatggtggaaggaagctgtagaaaagggtcacg 108  Q
    ||||||||  |||| ||||| || |||||||  ||||||||||| ||||||||||||||| | ||||  ||||||||||||| ||||||||| ||||| |    
T  9606104 gtccaagactatgtttccttgtattatccaaatgatgaggcagtacaaaaagacactgaattacaaacttggtggaaggaagttgtagaaaaaggtcatg 9606203  T
Q  109 gtgacttgaaagacaagccatggtggcctaagatgcaaactgttggagacttggttcaatcttgctccattatcatatggactgcttcagctcttcatgc 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||  ||| ||  | ||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  9606204 gtgacttgaaagacaagccatggtggcctaagatgcaaaatattcaagatttaatccaatcatgttccattatcatatggactgcttctgctcttcatgc 9606303  T
Q  209 agcagttaactttggacagtatccttatggaggatatatcctgaaccgtccaactcttagtagaagatttattccggagcaaggaactccggaatatgat 308  Q
    ||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||||| ||||||  || |||||| ||||||||||| | ||||||    
T  9606304 agctgttaattttggacaatatccttatggaggttatattctaaaccgtccaacacttagtcgaagatggatcccggagaaaggaactccgaattatgat 9606403  T
Q  309 gagatggtgaaaagtcctcaaaaggcgtatttgagaactattacaccaaagtttcagaccctcattgatctttctgtgattgagatattgtcaagacatg 408  Q
    |||||||||||||  ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| | ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  9606404 gagatggtgaaaaaccctcaaaaggcatatttgagaacaattacaccaaaatatcaaaccctaattgatctttctgtgattgagatattgtctagacatg 9606503  T
Q  409 cttctgat 416  Q
    ||||||||    
T  9606504 cttctgat 9606511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 56 - 358
Target Start/End: Original strand, 9590505 - 9590805
Alignment:
Q  56 aaaagacactgaaattcaaaaatggtggaaggaagctgtagaaaagggtcacggtgacttgaaagacaagccatggtggcctaagatgcaaactgttgga 155  Q
    ||||||||||||| | ||||  ||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||  ||||||||| ||  |    
T  9590505 aaaagacactgaagtacaaacttggtgaaaggaagttgtagaaaagggtcatggtgacttaaaagacaagcaatggtggcctagcatgcaaactcttcaa 9590604  T
Q  156 gacttggttcaatcttgctccattatcatatggactgcttcagctcttcatgcagcagttaactttggacagtatccttatggaggatatatcctgaacc 255  Q
    ||| || |||||||||| |||||||||||||||||| || | ||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||  || | | |||||| ||||    
T  9590605 gacctgattcaatcttggtccattatcatatggactactcctgctcttcatgctgctgttaactttggacaatatcctta--gatgttttatcctaaacc 9590702  T
Q  256 gtccaactcttagtagaagatttattccggagcaaggaactccggaatatgatgagatggtgaaaagtcctcaaaaggcgtatttgagaactattacacc 355  Q
    ||||||   || ||| |||||  || || ||| |||||||||  |||||||| || |||||||||| ||| |||||| | ||||||||||| ||||| ||    
T  9590703 gtccaatagttggtaaaagatggataccagagaaaggaactcttgaatatgaagaaatggtgaaaaatccccaaaagccatatttgagaacaattacgcc 9590802  T
Q  356 aaa 358  Q
    |||    
T  9590803 aaa 9590805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 115; Significance: 3e-58; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 78 - 416
Target Start/End: Original strand, 42689526 - 42689864
Alignment:
Q  78 tggtggaaggaagctgtagaaaagggtcacggtgacttgaaagacaagccatggtggcctaagatgcaaactgttggagacttggttcaatcttgctcca 177  Q
    |||||||| |||| |||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||  ||| |||  | ||| || ||||| | |    
T  42689526 tggtggaaagaagttgtagagaaaggtcatggtgatttgaaagacaagccatggtggcccaagttgcaaacacttgaagagcttgttgaagcttgcacta 42689625  T
Q  178 ttatcatatggactgcttcagctcttcatgcagcagttaactttggacagtatccttatggaggatatatcctgaaccgtccaactcttagtagaagatt 277  Q
    | ||||||||||| |||||||| || || ||||| ||||| |||||||| |||||||| || || | ||| || ||||| |||||| | |||||||||||    
T  42689626 tcatcatatggacggcttcagccctccacgcagctgttaattttggacaatatccttacggcggttttattctaaaccgcccaactatcagtagaagatt 42689725  T
Q  278 tattccggagcaaggaactccggaatatgatgagatggtgaaaagtcctcaaaaggcgtatttgagaactattacaccaaagtttcagaccctcattgat 377  Q
      |||| ||| |||||||| |  |||||||||| |||||||| |||||||||||||| || |||||||| || || || ||||||||||| || |||||     
T  42689726 acttcctgaggaaggaactgcacaatatgatgaaatggtgaagagtcctcaaaaggcttacttgagaacaatcacgccgaagtttcagactcttattgac 42689825  T
Q  378 ctttctgtgattgagatattgtcaagacatgcttctgat 416  Q
    ||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  42689826 ctttcagtgatagaaatattgtcaagacatgcttctgat 42689864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 5e-23
Query Start/End: Original strand, 181 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 42692219 - 42691984
Alignment:
Q  181 tcatatggactgcttcagctcttcatgcagcagttaactttggacagtatccttatggaggatatatcctgaaccgtccaactcttagtagaagatttat 280  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| | || ||||| |  ||  | |||||||||||||| ||||| ||||| ||    
T  42692219 tcatatggattgcttcagctcttcatgcagctgttaattttggacagtattcctacggaggtttaatattaaaccgtccaactctcagtaggagattcat 42692120  T
Q  281 tccggagcaaggaactccggaatatgatgagatggtgaaaagtcctcaaaaggcgtatttgagaactattacaccaaagtttcagaccctcattgatctt 380  Q
     || ||| ||||  |  |||||||  | ||| | || |||||||| |||||||| || ||||  || |||||||| ||||||||||| || || || |||    
T  42692119 gcctgagaaagggtcagcggaatacaacgagctagtcaaaagtccacaaaaggcatacttgaagacaattacaccgaagtttcagacgcttatcgacctt 42692020  T
Q  381 tctgtgattgagatattgtcaagacatgcttctgat 416  Q
    || || || || ||||||||||| || |||||||||    
T  42692019 tccgttatagaaatattgtcaaggcacgcttctgat 42691984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 46; Significance: 4e-17; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 100 - 241
Target Start/End: Original strand, 36926274 - 36926415
Alignment:
Q  100 agggtcacggtgacttgaaagacaagccatggtggcctaagatgcaaactgttggagacttggttcaatcttgctccattatcatatggactgcttcagc 199  Q
    ||||||| ||||||  ||||||  |||| |||||||| |||||||| ||| | | |||  || || || ||||| | ||||| ||||||| |||||||||    
T  36926274 agggtcatggtgacaagaaagatgagccttggtggccaaagatgcatactctcgaagagctgattgaaacttgcactattattatatggattgcttcagc 36926373  T
Q  200 tcttcatgcagcagttaactttggacagtatccttatggagg 241  Q
    ||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  36926374 tctccatgctgcagtcaactttggacagtatccatatggagg 36926415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 165 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 47126940 - 47126868
Alignment:
Q  165 caatcttgctccattatcatatggactgcttcagctcttcatgcagcagttaactttggacagtatccttatg 237  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||   ||||| ||| |||||||||| || ||||||||||| || |||||||    
T  47126940 caatcttgcaccattattatatgggtggcttctgcttttcatgcagctgtgaactttggacaatacccttatg 47126868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 183 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 46709234 - 46709183
Alignment:
Q  183 atatggactgcttcagctcttcatgcagcagttaactttggacagtatcctt 234  Q
    ||||||| |||||||||||| |||||||| || ||||||||||| |||||||    
T  46709234 atatggattgcttcagctctacatgcagctgtaaactttggacaatatcctt 46709183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 327 - 416
Target Start/End: Original strand, 36746051 - 36746140
Alignment:
Q  327 caaaaggcgtatttgagaactattacaccaaagtttcagaccctcattgatctttctgtgattgagatattgtcaagacatgcttctgat 416  Q
    |||| ||| ||||||||||| || |||||||||    || | |||||||| ||| | ||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  36746051 caaagggcttatttgagaacaatcacaccaaagaccgaggctctcattgaccttacggtgatagagatattgtcaaggcatgcttctgat 36746140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University