View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2007_low_1 (Length: 481)

Name: NF2007_low_1
Description: NF2007
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2007_low_1
NF2007_low_1
[»] chr5 (25 HSPs)
chr5 (1-396)||(37429513-37429908)
chr5 (47-393)||(37399812-37400154)
chr5 (31-385)||(37533902-37534252)
chr5 (47-385)||(37595142-37595476)
chr5 (31-395)||(37712426-37712786)
chr5 (31-385)||(37640674-37641024)
chr5 (47-385)||(37697605-37697939)
chr5 (31-388)||(37703470-37703823)
chr5 (33-395)||(37436511-37436869)
chr5 (31-385)||(37824697-37825047)
chr5 (31-393)||(37391961-37392316)
chr5 (260-391)||(37412316-37412447)
chr5 (398-464)||(37430130-37430196)
chr5 (54-395)||(37381333-37381670)
chr5 (418-467)||(37412027-37412076)
chr5 (398-467)||(37437074-37437143)
chr5 (65-153)||(37412512-37412600)
chr5 (418-467)||(37381047-37381096)
chr5 (398-467)||(37534479-37534548)
chr5 (398-467)||(37595703-37595772)
chr5 (398-467)||(37641251-37641320)
chr5 (418-467)||(37704061-37704110)
chr5 (398-467)||(37712997-37713066)
chr5 (398-467)||(37825268-37825337)
chr5 (418-462)||(37698186-37698230)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (104-391)||(24216748-24217025)
chr4 (31-391)||(16841878-16842234)
chr4 (422-462)||(24216460-24216500)
chr4 (418-458)||(16841597-16841637)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (31-395)||(14553840-14554200)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 376; Significance: 0; HSPs: 25)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 376; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 396
Target Start/End: Original strand, 37429513 - 37429908
Alignment:
Q  1 tagaggaagaacaccatagaaattacagtttgaaaggcctaaatgtgtaagatacttcaaattgcctatggaatagggaatttcatccgagaaggcagtg 100  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  37429513 tagaggaagaacagcatagaaattacagtttgaaaggcctaaatgtgtaagatacttcaaattgcctatggaatagggaatttcatccgagaaggcggtg 37429612  T
Q  101 tatgagaggtccaagtaccttaggggagtgctccagttggacagtggaagtttcccactaaggtcctcattaaaagacaaatctagttcttgaagatttg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37429613 tatgagaggtccaagtaccttaggggagtgctccagttggacagtggaagtttcccactaaggtcctcattaaaagacaaatctagttcttgaagatttg 37429712  T
Q  201 gtaaagagaggatgtcactagcttggaaaattttcttgcaagccagtggttgatagatcaagagcgaccaaagaggacgataaattccttagcagcgaca 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37429713 gtaaagagaggatgtcactagcttggaaaattttcttgcaagccagtgattgatagatcaagagcgaccaaagaggacgataaattccttagcagcgaca 37429812  T
Q  301 aagatctctctctgattgaagatatatccacagtattcaaatgaagctcccttaaattagtagcattaagaatgagtttcttccatgtgaatggac 396  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  37429813 aagatctctctctgattaaagatatatccacagtattcaaatgaagctcccttaaattagtagcattaagaatgagtttcttccatgtgagtggac 37429908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 47 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 37400154 - 37399812
Alignment:
Q  47 gtaagatacttcaaattgcctatggaatagggaatttcatccgagaaggcagtgtatgagaggtccaagtaccttaggggagtgctccagttggacagtg 146  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| | || || |||| | | |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||    
T  37400154 gtaagatacttcaattggcctatggaatagggaatttcacctgaaaaagcagaggaagagaggaccaagtaccttagaggagtgctccagttggactttg 37400055  T
Q  147 gaagtttcccactaaggtcctcattaaaagacaaatctagttcttgaagatttggtaaagagaggatgtcactagcttggaaaattttcttgcaagccag 246  Q
    ||||||  ||||||||||  | |||||| |||||||| | |  ||||||||| ||||||||||||||||||    ||||  |||||| |||||||  |||    
T  37400054 gaagttgaccactaaggttttgattaaatgacaaatccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtca----cttgacaaatttccttgcaactcag 37399959  T
Q  247 tggttgatagatcaagagcgaccaaagaggacgataaattccttagcagcgacaaagatctctctctgattgaagatatatccacagtattcaaatgaag 346  Q
    |   |||||||  |||||  ||||||||||| || |||||| ||||||  |||||||| ||||||||||  ||||| || | |||| |||||||||||||    
T  37399958 tttctgatagactaagagaaaccaaagaggatgacaaattctttagcattgacaaagagctctctctgagggaagacatgttcacaatattcaaatgaag 37399859  T
Q  347 ctcccttaaattagtagcattaagaatgagtttcttccatgtgaatg 393  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  37399858 ctcccttaaattagtagcattatgaatgagtttcttccatgtcaatg 37399812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 31 - 385
Target Start/End: Original strand, 37533902 - 37534252
Alignment:
Q  31 tgaaaggcctaaatgtgtaagatacttcaaattgcctatggaatagggaatttcatccgagaaggcagtgtatgagaggtccaagtaccttaggggagtg 130  Q
    ||||||| |||| || |||||| ||||||| |  ||||||||||| ||||||||| | || || |||| | | |||||| ||||||||||||| ||||||    
T  37533902 tgaaaggactaattgagtaagagacttcaattgacctatggaataaggaatttcacctgaaaaagcagagaaagagaggaccaagtaccttagaggagtg 37534001  T
Q  131 ctccagttggacagtggaagtttcccactaaggtcctcattaaaagacaaatctagttcttgaagatttggtaaagagaggatgtcactagcttggaaaa 230  Q
    ||||||||||||  ||||||||  ||||||||||  |||||| | |||||||| | |  ||||||||| ||||||||||||||||||    ||||  |||    
T  37534002 ctccagttggactttggaagttgaccactaaggttatcattagatgacaaatccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtca----cttgacaaa 37534097  T
Q  231 ttttcttgcaagccagtggttgatagatcaagagcgaccaaagaggacgataaattccttagcagcgacaaagatctctctctgattgaagatatatcca 330  Q
    ||| |||||||  ||||   |||||||  |||||  ||||||||||| || |||||| ||||||  |||||||| ||||||||||| ||||| || | ||    
T  37534098 tttccttgcaactcagtttctgatagactaagagaaaccaaagaggatgacaaattctttagcattgacaaagagctctctctgatggaagacatgttca 37534197  T
Q  331 cagtattcaaatgaagctcccttaaattagtagcattaagaatgagtttcttcca 385  Q
    || ||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  37534198 cattatccaaataaagttcccttaaattagtagcattatgaatgagtttcttcca 37534252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 47 - 385
Target Start/End: Original strand, 37595142 - 37595476
Alignment:
Q  47 gtaagatacttcaaattgcctatggaatagggaatttcatccgagaaggcagtgtatgagaggtccaagtaccttaggggagtgctccagttggacagtg 146  Q
    |||||||||||||| |  ||||||||||| ||||||||| | || || ||||   |   ||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||  ||    
T  37595142 gtaagatacttcaattgacctatggaataaggaatttcacctgaaaaagcagataaacggaggttcaagtaccttagaggagtgctcaagttggactttg 37595241  T
Q  147 gaagtttcccactaaggtcctcattaaaagacaaatctagttcttgaagatttggtaaagagaggatgtcactagcttggaaaattttcttgcaagccag 246  Q
    ||||||  ||||||||||  |||||||| |||||||| | |  ||||||||| ||||||||||||||||||||    ||  |||||| ||||||| ||||    
T  37595242 gaagttgaccactaaggttatcattaaatgacaaatccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtcact----tgacaaatttccttgcaacccag 37595337  T
Q  247 tggttgatagatcaagagcgaccaaagaggacgataaattccttagcagcgacaaagatctctctctgattgaagatatatccacagtattcaaatgaag 346  Q
    || ||  ||||  |||||  ||||||||||| || |||||| ||||||  |||||||| |||||  | || ||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  37595338 tgtttcgtagaagaagagaaaccaaagaggatgaaaaattctttagcatggacaaagagctctccgtaatggaagacatatccacactattcaaatgaag 37595437  T
Q  347 ctcccttaaattagtagcattaagaatgagtttcttcca 385  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  37595438 ctcccttaaattagtagcattatgaatgagtttcttcca 37595476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 108; E-Value: 5e-54
Query Start/End: Original strand, 31 - 395
Target Start/End: Original strand, 37712426 - 37712786
Alignment:
Q  31 tgaaaggcctaaatgtgtaagatacttcaaattgcctatggaatagggaatttcatccgagaaggcagtgtatgagaggtccaagtaccttaggggagtg 130  Q
    ||||||| |||| || |||||| ||||||| |  ||||||||||| ||||||||| | || || |||| | | |||||| ||||||||||||| ||||||    
T  37712426 tgaaaggactaattgagtaagagacttcaattgacctatggaataaggaatttcacctgaaaaagcagaggaagagaggaccaagtaccttagaggagtg 37712525  T
Q  131 ctccagttggacagtggaagtttcccactaaggtcctcattaaaagacaaatctagttcttgaagatttggtaaagagaggatgtcactagcttggaaaa 230  Q
    ||||||||||||  ||||||||  ||||||||||  | |||||| |||||||| | |  ||||||||| ||||||||||||||||||    ||||  | |    
T  37712526 ctccagttggactttggaagttgaccactaaggttttgattaaatgacaaatccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtca----cttgatata 37712621  T
Q  231 ttttcttgcaagccagtggttgatagatcaagagcgaccaaagaggacgataaattccttagcagcgacaaagatctctctctgattgaagatatatcca 330  Q
    ||| |||||||  |||||  |  ||||  |||||  ||||||||||| || |||||| ||||||  |||||||| ||||||||||| ||||| || | ||    
T  37712622 tttccttgcaacacagtgtctcgtagactaagagaaaccaaagaggatgacaaattctttagcattgacaaagagctctctctgatggaagacatgttca 37712721  T
Q  331 cagtattcaaatgaagctcccttaaattagtagcattaagaatgagtttcttccatgtgaatgga 395  Q
    || ||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  37712722 cattatccaaataaagttcccttaaattagtagcattatgaatgagtttcttccatgtcaatgga 37712786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 106; E-Value: 8e-53
Query Start/End: Original strand, 31 - 385
Target Start/End: Original strand, 37640674 - 37641024
Alignment:
Q  31 tgaaaggcctaaatgtgtaagatacttcaaattgcctatggaatagggaatttcatccgagaaggcagtgtatgagaggtccaagtaccttaggggagtg 130  Q
    ||||||| |||| || |||||| ||||||| |  ||||||||||| ||||||||| | ||||| ||||   |   ||||| |||||||||||| ||||||    
T  37640674 tgaaaggactaattgagtaagagacttcaattgacctatggaataaggaatttcacctgagaaagcagataaacggaggttcaagtaccttagaggagtg 37640773  T
Q  131 ctccagttggacagtggaagtttcccactaaggtcctcattaaaagacaaatctagttcttgaagatttggtaaagagaggatgtcactagcttggaaaa 230  Q
    ||||||||||||  ||||||||  ||||||||||  | |||||| |||||||| | |  ||||||||| ||||||||||||||||||||    ||  |||    
T  37640774 ctccagttggactttggaagttgaccactaaggttttgattaaatgacaaatccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtcact----tgacaaa 37640869  T
Q  231 ttttcttgcaagccagtggttgatagatcaagagcgaccaaagaggacgataaattccttagcagcgacaaagatctctctctgattgaagatatatcca 330  Q
    ||| |||||||  ||||  ||  ||||  |||||  ||||||||||| || |||||| ||||||  |||||||| |||||  | || ||||| |||||||    
T  37640870 tttccttgcaactcagtttttcgtagactaagagaaaccaaagaggatgacaaattctttagcattgacaaagagctctccgtaatggaagacatatcca 37640969  T
Q  331 cagtattcaaatgaagctcccttaaattagtagcattaagaatgagtttcttcca 385  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  37640970 cactattcaaatgaagctcccttaaattagtagcattatgaatgagtttcttcca 37641024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 106; E-Value: 8e-53
Query Start/End: Original strand, 47 - 385
Target Start/End: Original strand, 37697605 - 37697939
Alignment:
Q  47 gtaagatacttcaaattgcctatggaatagggaatttcatccgagaaggcagtgtatgagaggtccaagtaccttaggggagtgctccagttggacagtg 146  Q
    |||||||||||||| |  ||||||||||| ||||||||| | ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||  ||    
T  37697605 gtaagatacttcaattgacctatggaataaggaatttcacctgagaaagcagtgtaagagaggtctaagtaccttagaggagtgctccagttggactttg 37697704  T
Q  147 gaagtttcccactaaggtcctcattaaaagacaaatctagttcttgaagatttggtaaagagaggatgtcactagcttggaaaattttcttgcaagccag 246  Q
    ||||||  ||||||||||  | |||||| |||||||| | |  ||||||||| ||||||||||||||||||    ||||  | |||| |||||||  |||    
T  37697705 gaagttgaccactaaggttttgattaaatgacaaatccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtca----cttgatatatttccttgcaacacag 37697800  T
Q  247 tggttgatagatcaagagcgaccaaagaggacgataaattccttagcagcgacaaagatctctctctgattgaagatatatccacagtattcaaatgaag 346  Q
    || ||  ||||  |||||  ||||||||||| || |||||| ||||||  ||||| || ||||||| ||||||||| || | |||   ||| | ||||||    
T  37697801 tgtttcgtagactaagagaaaccaaagaggatgacaaattctttagcattgacaatgagctctctccgattgaagacatgttcactccattaagatgaag 37697900  T
Q  347 ctcccttaaattagtagcattaagaatgagtttcttcca 385  Q
     ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  37697901 atcccttaaattagtagcattatgaatgagtttcttcca 37697939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 101; E-Value: 7e-50
Query Start/End: Original strand, 31 - 388
Target Start/End: Original strand, 37703470 - 37703823
Alignment:
Q  31 tgaaaggcctaaatgtgtaagatacttcaaattgcctatggaatagggaatttcatccgagaaggcagtgtatgagaggtccaagtaccttaggggagtg 130  Q
    ||||||| |||| || |||||| ||||||| |  ||||||||||| ||||||||| | || || |||| | | ||||||| |||||| ||||| |||| |    
T  37703470 tgaaaggtctaattgagtaagagacttcaattgacctatggaataaggaatttcacctgaaaaagcagaggaagagaggttcaagtatcttagaggagag 37703569  T
Q  131 ctccagttggacagtggaagtttcccactaaggtcctcattaaaagacaaatctagttcttgaagatttggtaaagagaggatgtcactagcttggaaaa 230  Q
    |||||||||||   ||||||||  ||||||||||  | ||| || |||||||| | |  ||||||||| ||||||||||||||||||||    ||  |||    
T  37703570 ctccagttggattttggaagttgaccactaaggttataattgaatgacaaatccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtcact----tgacaaa 37703665  T
Q  231 ttttcttgcaagccagtggttgatagatcaagagcgaccaaagaggacgataaattccttagcagcgacaaagatctctctctgattgaagatatatcca 330  Q
    ||| |||||||  ||||   |||||||  |||||  ||||||||||| || |||||| ||||||  ||||| || |||||  | || ||||| |||||||    
T  37703666 tttccttgcaactcagtttctgatagactaagagaaaccaaagaggatgacaaattctttagcattgacaatgagctctccgtaatggaagacatatcca 37703765  T
Q  331 cagtattcaaatgaagctcccttaaattagtagcattaagaatgagtttcttccatgt 388  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  37703766 cactattcaaatgaagctcccttaaattagtagcattatgaatgagtttcttccatgt 37703823  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 33 - 395
Target Start/End: Original strand, 37436511 - 37436869
Alignment:
Q  33 aaaggcctaaatgtgtaagatacttcaaattgcctatggaatagggaatttcatccgagaaggcagtgtatgagaggtccaagtaccttaggggagtgct 132  Q
    ||||| |||| || |||||| ||||||| |  ||||||||||| ||||||||| | ||||| ||||   |   ||||| |||||||||||| ||||||||    
T  37436511 aaaggtctaattgagtaagagacttcaattgacctatggaataaggaatttcacctgagaaagcagataaacggaggttcaagtaccttagaggagtgct 37436610  T
Q  133 ccagttggacagtggaagtttcccactaaggtcctcattaaaagacaaatctagttcttgaagatttggtaaagagaggatgtcactagcttggaaaatt 232  Q
    ||||||||||  ||||||||  ||||||||||  | |||||| |||||||| | |  ||||||||| ||||||||||||||||||||    ||  |||||    
T  37436611 ccagttggactttggaagttgaccactaaggttttgattaaatgacaaatccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtcact----tgacaaatt 37436706  T
Q  233 ttcttgcaagccagtggttgatagatcaagagcgaccaaagaggacgataaattccttagcagcgacaaagatctctctctgattgaagatatatccaca 332  Q
    | |||||||   ||||| || ||||  |||||  |||||||| || || |||||| ||| || ||||||||| |||||||  |||||||| || | |||     
T  37436707 tccttgcaactgagtggatgctagactaagagaaaccaaagaagatgacaaattcgttaacaacgacaaagagctctctccaattgaagacattttcact 37436806  T
Q  333 gtattcaaatgaagctcccttaaattagtagcattaagaatgagtttcttccatgtgaatgga 395  Q
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  37436807 ccattcagatgaagctcccttaaattagtagcattatgaatgagtttcttccatgcgaatgga 37436869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 31 - 385
Target Start/End: Original strand, 37824697 - 37825047
Alignment:
Q  31 tgaaaggcctaaatgtgtaagatacttcaaattgcctatggaatagggaatttcatccgagaaggcagtgtatgagaggtccaagtaccttaggggagtg 130  Q
    ||||||| |||| || |||||| ||||||| |  ||||||||||| ||||||||| | || || |||| | | |||||||||||||||||||| ||||||    
T  37824697 tgaaaggtctaattgagtaagagacttcaattgacctatggaataaggaatttcacctgaaaaagcagaggaagagaggtccaagtaccttagaggagtg 37824796  T
Q  131 ctccagttggacagtggaagtttcccactaaggtcctcattaaaagacaaatctagttcttgaagatttggtaaagagaggatgtcactagcttggaaaa 230  Q
    ||||||||||||  ||||||||  ||||||||||  | |||||| |||||||| | |  ||||||||| ||||||||||||||||||    ||||  | |    
T  37824797 ctccagttggactttggaagttgaccactaaggttatgattaaatgacaaatccaatctttgaagattaggtaaagagaggatgtca----cttgatata 37824892  T
Q  231 ttttcttgcaagccagtggttgatagatcaagagcgaccaaagaggacgataaattccttagcagcgacaaagatctctctctgattgaagatatatcca 330  Q
    ||| |||||||  ||||| ||  ||||  |||||  ||||||||||| || |||||| ||||||  ||||| || ||||||| ||||||||| || | ||    
T  37824893 tttccttgcaacacagtgtttcgtagactaagagaaaccaaagaggatgacaaattctttagcattgacaatgagctctctccgattgaagacatgttca 37824992  T
Q  331 cagtattcaaatgaagctcccttaaattagtagcattaagaatgagtttcttcca 385  Q
    |   ||| | |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  37824993 ctccattaagatgaagatcccttaaattagtagcattatgaatgagtttcttcca 37825047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 31 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 37392316 - 37391961
Alignment:
Q  31 tgaaaggcctaaatgtgtaagatacttcaaattgcctatggaatagggaatttcatccgagaaggcagtgtatgagaggtccaagtaccttaggggagtg 130  Q
    ||||||| |||| || |||||||||||||||| |||||| || | |||||||||| | ||||| |   ||   || ||||||||||||||||| ||||||    
T  37392316 tgaaaggactaattgagtaagatacttcaaatggcctatagatttgggaatttcacctgagaaagtgatgccagataggtccaagtaccttagaggagtg 37392217  T
Q  131 ctccagttggacagtggaagtttcccactaaggtcctcattaaaagacaaatctagttcttgaagatttggtaaagagaggatgtcactagcttggaaaa 230  Q
    |||||||| ||   ||||||||| || ||||| || | |||    ||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||| ||||    ||  |||    
T  37392216 ctccagtttgattttggaagtttaccgctaagttcattattt---gacaaatctagtctttgaagattaggtaaagagaggatggcact----tgacaaa 37392124  T
Q  231 ttttcttgcaagccagtggttgatagatcaagagcgaccaaagaggacgataaattccttagcagcgacaaagatctctctctgattgaagatatatcca 330  Q
    ||| ||||||| ||| |   |  |||   |||||  ||||||||||| || | |||| ||||||  |||||||| |||||||| || ||| | |||||||    
T  37392123 tttccttgcaacccaatttctcctagcctaagagaaaccaaagaggatgacacattctttagcatagacaaagagctctctctaatggaatacatatcca 37392024  T
Q  331 cagtattcaaatgaagctcccttaaattagtagcattaagaatgagtttcttccatgtgaatg 393  Q
    |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  37392023 ctctattcaaatgaagctcccttaaattagtagcattatgaatgagtttcttccatgtcaatg 37391961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 64; E-Value: 9e-28
Query Start/End: Original strand, 260 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 37412447 - 37412316
Alignment:
Q  260 aagagcgaccaaagaggacgataaattccttagcagcgacaaagatctctctctgattgaagatatatccacagtattcaaatgaagctcccttaaatta 359  Q
    ||||| ||||| |||||| || |||||| ||||||||||||||||  |||||||||| ||||| ||||| ||| |||||| ||||||||| ||||||||     
T  37412447 aagagagaccagagaggatgacaaattctttagcagcgacaaagaattctctctgatggaagacatatcaacactattcagatgaagctcgcttaaattt 37412348  T
Q  360 gtagcattaagaatgagtttcttccatgtgaa 391  Q
    ||| ||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  37412347 gtaacattatgaatgagttccttccatgtgaa 37412316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 398 - 464
Target Start/End: Original strand, 37430130 - 37430196
Alignment:
Q  398 aagatggtgctattggtcgttaattcaccgttcagattgttgcaactaaggtccaaaccaatcacat 464  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  37430130 aagatggtgctattggccgctaattcaccgttcagattgttgcaactaaggtccagaccaatcacat 37430196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 54 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 37381670 - 37381333
Alignment:
Q  54 acttcaaattgcctatggaatagggaatttcatccgagaaggcagtgtatgagaggtccaagtaccttaggggagtgctccagttggacagtggaagttt 153  Q
    ||||||| | |||||||||||| ||||||||| | ||||| |  |||   ||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||    |||||||     
T  37381670 acttcaactggcctatggaataaggaatttcacctgagaaaggggtgcgagagaggtccaagtacctcaaaggagtgctccagttggatttcggaagttg 37381571  T
Q  154 cccactaaggtcctcattaaaagacaaatctagttcttgaagatttggtaaagagaggatgtcactagcttggaaaattttcttgcaagccagtggttga 253  Q
     |  || || |  | |||| | || |||||||||  ||| ||||| ||||||||||||||||||||    ||  |||||| ||||||| |||||   |      
T  37381570 actgctcagatatttattagatgataaatctagtgtttggagattaggtaaagagaggatgtcact----tgacaaatttccttgcaacccagtttctcc 37381475  T
Q  254 tagatcaagagcgaccaaagaggacgataaattccttagcagcgacaaagatctctctctgattgaagatatatccacagtattcaaatgaagctccctt 353  Q
    |||| ||||||  ||||||||||| || |||||| ||||||  || ||||| ||| |||| || || || || | ||||  |   |||  ||||||||||    
T  37381474 tagaccaagagaaaccaaagaggatgacaaattctttagcatagataaagagctcgctctaatagaggacatgttcacacaacctaaagaaagctccctt 37381375  T
Q  354 aaattagtagcattaagaatgagtttcttccatgtgaatgga 395  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  37381374 aaattagtagcattatgaatgagtttcttccatgtcaatgga 37381333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 418 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 37412076 - 37412027
Alignment:
Q  418 taattcaccgttcagattgttgcaactaaggtccaaaccaatcacatgat 467  Q
    ||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  37412076 taattcacctttaagattgttgcacctaaggtccaaaccaatcacatgat 37412027  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 398 - 467
Target Start/End: Original strand, 37437074 - 37437143
Alignment:
Q  398 aagatggtgctattggtcgttaattcaccgttcagattgttgcaactaaggtccaaaccaatcacatgat 467  Q
    ||||||||||||||||    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||    
T  37437074 aagatggtgctattgggatgtaattcacctttcagattgttgcaactgaggtccagaccaatcacgtgat 37437143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 65 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 37412600 - 37412512
Alignment:
Q  65 cctatggaatagggaatttcatccgagaaggcagtgtatgagaggtccaagtaccttaggggagtgctccagttggacagtggaagttt 153  Q
    ||||||||||| ||||||||| | |||||   |||  | ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  37412600 cctatggaataaggaatttcacctgagaaaaaagttaaagagagatccaagtaccttagaggagtgctccagttgaacattggaagttt 37412512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 418 - 467
Target Start/End: Complemental strand, 37381096 - 37381047
Alignment:
Q  418 taattcaccgttcagattgttgcaactaaggtccaaaccaatcacatgat 467  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  37381096 taattcaccattcagattgctgcaactgaggtccagaccaatcacatgat 37381047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 398 - 467
Target Start/End: Original strand, 37534479 - 37534548
Alignment:
Q  398 aagatggtgctattggtcgttaattcaccgttcagattgttgcaactaaggtccaaaccaatcacatgat 467  Q
    ||||||||||||||||    ||||||||| || |||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||    
T  37534479 aagatggtgctattgggatgtaattcaccttttagattgttgcaactgaggtccagaccaatcacgtgat 37534548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 398 - 467
Target Start/End: Original strand, 37595703 - 37595772
Alignment:
Q  398 aagatggtgctattggtcgttaattcaccgttcagattgttgcaactaaggtccaaaccaatcacatgat 467  Q
    ||||||||||||||||    ||||||||| || |||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||    
T  37595703 aagatggtgctattgggatgtaattcacctttaagattgttgcaactgaggtccagaccaatcacgtgat 37595772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 398 - 467
Target Start/End: Original strand, 37641251 - 37641320
Alignment:
Q  398 aagatggtgctattggtcgttaattcaccgttcagattgttgcaactaaggtccaaaccaatcacatgat 467  Q
    ||||||||||||||||    ||||||||| || |||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||    
T  37641251 aagatggtgctattgggatgtaattcaccttttagattgttgcaactgaggtccagaccaatcacgtgat 37641320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 418 - 467
Target Start/End: Original strand, 37704061 - 37704110
Alignment:
Q  418 taattcaccgttcagattgttgcaactaaggtccaaaccaatcacatgat 467  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||    
T  37704061 taattcacctttcagattgttgcaactgagatccaaaccaatcacgtgat 37704110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #23
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 398 - 467
Target Start/End: Original strand, 37712997 - 37713066
Alignment:
Q  398 aagatggtgctattggtcgttaattcaccgttcagattgttgcaactaaggtccaaaccaatcacatgat 467  Q
    ||||||||||||||||    ||||||||| || |||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||    
T  37712997 aagatggtgctattgggatgtaattcaccttttagattgttgcaactgaggtccagaccaatcacgtgat 37713066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #24
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 398 - 467
Target Start/End: Original strand, 37825268 - 37825337
Alignment:
Q  398 aagatggtgctattggtcgttaattcaccgttcagattgttgcaactaaggtccaaaccaatcacatgat 467  Q
    ||||||||||||||||    ||||||||| || |||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||    
T  37825268 aagatggtgctattgggatgtaattcaccttttagattgttgcaactgaggtccagaccaatcacgtgat 37825337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #25
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 418 - 462
Target Start/End: Original strand, 37698186 - 37698230
Alignment:
Q  418 taattcaccgttcagattgttgcaactaaggtccaaaccaatcac 462  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  37698186 taattcacctttcaaattgttgcaactgaggtccaaaccaatcac 37698230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 112; Significance: 2e-56; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 104 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 24217025 - 24216748
Alignment:
Q  104 gagaggtccaagtaccttaggggagtgctccagttggacagtggaagtttcccactaaggtcctcattaaaagacaaatctagttcttgaagatttggta 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||| |||| |||||| | |||  | ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  24217025 gagaggtccaagtaccttaggggagtgctccagttggacgttggaaatttaccacgaaggtcttgattcgatgacaaatctagtttttgaagatttggta 24216926  T
Q  204 aagagaggatgtcactagcttggaaaattttcttgcaagccagtggttgatagatcaagagcgaccaaagaggacgataaattccttagcagcgacaaag 303  Q
    ||||||||||||||    ||||  | |||| ||||||| ||||||| || ||||  |||||  ||||||||||| || |||||| ||||      |||||    
T  24216925 aagagaggatgtca----cttgacatatttccttgcaatccagtggatgctagactaagagaaaccaaagaggatgacaaattctttag------caaag 24216836  T
Q  304 atctctctctgattgaagatatatccacagtattcaaatgaagctcccttaaattagtagcattaagaatgagtttcttccatgtgaa 391  Q
    | |||||||||||||||||||| |||||   |||||  | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  24216835 agctctctctgattgaagatatgtccactccattcaggtaaagctcccttaaattagtagcattatgaatgagtttcttccatgtgaa 24216748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 31 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 16842234 - 16841878
Alignment:
Q  31 tgaaaggcctaaatgtgtaagatacttcaaattgcctatggaatagggaatttcatccgagaaggcagtgtatgagaggtccaagtaccttaggggagtg 130  Q
    ||||||| ||||||| |||||| |||| || |  |||||||||||||  |||||  | ||||| ||||| |  ||||||| |||||||||||| ||||||    
T  16842234 tgaaaggactaaatgagtaagagactttaattgacctatggaataggagatttctcctgagaaagcagtatgagagaggtacaagtaccttagaggagtg 16842135  T
Q  131 ctccagttggacagtggaagtttcccactaaggtcctcattaaaagacaaatctagttcttgaagatttggtaaagagaggatgtcactagcttggaaaa 230  Q
    |||||||||||   ||||||||  ||||||||||| | ||||   ||||||||||||  |||||||||||  |||||||| ||||||    |||   |||    
T  16842134 ctccagttggattttggaagttgaccactaaggtcttgattatgtgacaaatctagtctttgaagatttgacaaagagagtatgtca----cttaacaaa 16842039  T
Q  231 ttttcttgcaagccagtggttgatagatcaagagcgaccaaagaggacgataaattccttagcagcgacaaagatctctctctgattgaagatatatcca 330  Q
    ||| ||||||| |||||| ||| ||||| |||||  ||||||||||| || |||||  ||||||  |||||||| |||||||  |||||||| || | ||    
T  16842038 tttccttgcaaaccagtgtttgctagatgaagagaaaccaaagaggatgacaaattgtttagcattgacaaagagctctctccaattgaagacatgttca 16841939  T
Q  331 cagtattcaaatgaagctcccttaaattagtagcattaagaatgagtttcttccatgtgaa 391  Q
    |   ||| | || ||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  16841938 ctccatttagataaagatcccttaatttagtagcattatgaatgagtttcttccaagtgaa 16841878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 422 - 462
Target Start/End: Complemental strand, 24216500 - 24216460
Alignment:
Q  422 tcaccgttcagattgttgcaactaaggtccaaaccaatcac 462  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  24216500 tcacctttcagattgttgcaactaaggtccagaccaatcac 24216460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 418 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 16841637 - 16841597
Alignment:
Q  418 taattcaccgttcagattgttgcaactaaggtccaaaccaa 458  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||    
T  16841637 taattcacctttcaaattgttgcaactgaggtccaaaccaa 16841597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 96; Significance: 7e-47; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 7e-47
Query Start/End: Original strand, 31 - 395
Target Start/End: Original strand, 14553840 - 14554200
Alignment:
Q  31 tgaaaggcctaaatgtgtaagatacttcaaattgcctatggaatagggaatttcatccgagaaggcagtgtatgagaggtccaagtaccttaggggagtg 130  Q
    ||||||| ||||||| |||||| ||||||| |  ||||||||||| ||||||||| | ||||| |||| |||   ||||| |||||||||||| |||||     
T  14553840 tgaaaggactaaatgagtaagagacttcaattgacctatggaataaggaatttcacctgagaaagcagagtaatggaggtacaagtaccttagaggagta 14553939  T
Q  131 ctccagttggacagtggaagtttcccactaaggtcctcattaaaagacaaatctagttcttgaagatttggtaaagagaggatgtcactagcttggaaaa 230  Q
    |||||||||||   ||||||||  ||||||||  | ||||||     ||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||    ||  |||    
T  14553940 ctccagttggattttggaagttgaccactaagaccatcattacctaccaaatctagtttttgaagatttggcaaagagagtatgtcact----tgacaaa 14554035  T
Q  231 ttttcttgcaagccagtggttgatagatcaagagcgaccaaagaggacgataaattccttagcagcgacaaagatctctctctgattgaagatatatcca 330  Q
    ||| ||||||| || ||| ||| ||||  |||||  ||||||||||| || |||||| ||||||  |||||||| ||||||||||| ||||| || | ||    
T  14554036 tttccttgcaacccggtgtttgctagactaagagaaaccaaagaggatgacaaattctttagcattgacaaagagctctctctgatggaagacatgttca 14554135  T
Q  331 cagtattcaaatgaagctcccttaaattagtagcattaagaatgagtttcttccatgtgaatgga 395  Q
    |   ||||| || ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||    
T  14554136 ctccattcagataaagatcccttaaattagtagcattatgaatgagtttattccatgtaaatgga 14554200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University