View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF20081_low_1 (Length: 710)
Name: NF20081_low_1
Description: NF20081
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF20081_low_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 551; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 551; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 83 - 695
Target Start/End: Original strand, 5398740 - 5399353
Alignment:
| Q |
83 |
tgttagacattaatgtacagttgtttctagatgcatcaatttcaaagtcaacacatcaattttcatatcagtagtttattgcatcagattgcaaatattc |
182 |
Q |
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| T |
5398740 |
tgttagacattaatgtacagctgtttctagatgcatcaatttcaaagtcaacacatcaattttcatatcagtagtttattgcatcagattgcaaatattc |
5398839 |
T |
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| Q |
183 |
atttcaattcattgtgtcattatgctaaagttgtagcttagaataaggtcaacaacgtcaactttaattcctcattatttcattattattacatggttgt |
282 |
Q |
| |
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| T |
5398840 |
atttcaattcattgtgtcattatgttatagttgtagcttagaataag-tcaacaacgtcaactttaattcctcattatttcattattattacatggttgt |
5398938 |
T |
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| Q |
283 |
atatacactatgtatgtaatt-gtaatcag-tatcaataataatatagccaattctctatatggtatcagacttagccttagcctaacagcatctcacga |
380 |
Q |
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| T |
5398939 |
atatatactatgtttgtaatttgtaatctgctatcaattataatatagccaattctctatatggtatcagacttagccttagcctaacagcatctcacga |
5399038 |
T |
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| Q |
381 |
tccatacctccttcactatggcagccaccacaaacccaacaaaaacaagtcttcttattcatgcttccatcactcttaagctttctcgagccagtcatcg |
480 |
Q |
| |
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|
| T |
5399039 |
tccatacctccttcactatggcagccaccacaaacccaacaaaaacaagtcttcttattcatgcttccatcactcttaagctttctcgagccagtcatcg |
5399138 |
T |
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| Q |
481 |
tgcatggaaacgtcaggctacctctcttctctctggtatccaagtcattggccatattgatggaaccacaccttctcaaagtcccaccattgttactgct |
580 |
Q |
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| T |
5399139 |
tgcctggaaacgtcaggctacctctcttctctctggtatccaagtcattggccatattgatggaaccacaccttctcaaagtcccaccattgttactgct |
5399238 |
T |
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| Q |
581 |
ggtgtctcaaccccaaatccacaatacataaattggttcactattgaccaactcatcatcaatcttcttatctcctctatgacagaagcagacagtatat |
680 |
Q |
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| T |
5399239 |
ggtgtctcaaccccaaatccacaatacacaaattggttcactattgatcaactcatcatcaatcttcttatctcctctatgacagaagcagacagtatat |
5399338 |
T |
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| Q |
681 |
catttgcctcctatg |
695 |
Q |
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| T |
5399339 |
catttgcctcctatg |
5399353 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 83 - 341
Target Start/End: Original strand, 5403174 - 5403433
Alignment:
| Q |
83 |
tgttagacattaatgtacagttgtttctagatgcatcaatttcaaagtcaacacatcaattttcatatcagtagtttattgcatcagattgcaaatattc |
182 |
Q |
| |
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| T |
5403174 |
tgttagacattaatgtacagctgtttctagatgcatcaatttcaaagtcaacacatcaattttcatatcagtagtttattgcatcagattgcaaatattc |
5403273 |
T |
|
| Q |
183 |
atttcaattcattgtgtcattatgctaaagttgtagcttagaataaggtcaacaacgtcaactttaattcctcattatttcattattattacatggttgt |
282 |
Q |
| |
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|
|
| T |
5403274 |
atttcaattcattgtgtcattatgttatagttgtagcttagaataa-gtcaacaacgtcaactttaattcctcattatttcattattattacatggttgt |
5403372 |
T |
|
| Q |
283 |
atatacactatgtatgtaa-ttgtaatcag-tatcaataataatatagccaattctctata |
341 |
Q |
| |
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||||| ||||||| ||||| |||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
5403373 |
atatatactatgtttgtaatttgtaatctgctatcaattataatatagccaattctctata |
5403433 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 115; E-Value: 5e-58
Query Start/End: Original strand, 83 - 277
Target Start/End: Original strand, 39728796 - 39728989
Alignment:
| Q |
83 |
tgttagacattaatgtacagttgtttctagatgcatcaatttcaaagtcaacacatcaattttcatatcagtagtttattgcatcagattgcaaatattc |
182 |
Q |
| |
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|
| T |
39728796 |
tgttagacattaatttacatatgtctctagatacatccattttaaagtcaacacatcaatttccatatcagtagtttattgcatcaaattacaaatattt |
39728895 |
T |
|
| Q |
183 |
atttcaattcattgtgtcattatgctaaagttgtagcttagaataaggtcaacaacgtcaactttaattcctcattatttcattattattacatg |
277 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
39728896 |
atttcaattcattgtgtcattatgttatagctgtagcttagaataa-gtcaacaacgtcaatcttaatttatcattatttcattattattacatg |
39728989 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 78; E-Value: 6e-36
Query Start/End: Original strand, 1 - 82
Target Start/End: Complemental strand, 4918204 - 4918123
Alignment:
| Q |
1 |
actataaagaattggatatcagagatcagaaaattaacttatgatgctgaggatgtgattgaaacttatgccatcaaagttt |
82 |
Q |
| |
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|
|
| T |
4918204 |
actataaagaattggatatcagagatcagaaaattagcttatgatgctgaggatgtgattgaaacttatgccatcaaagttt |
4918123 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 82
Target Start/End: Complemental strand, 4930062 - 4929981
Alignment:
| Q |
1 |
actataaagaattggatatcagagatcagaaaattaacttatgatgctgaggatgtgattgaaacttatgccatcaaagttt |
82 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
4930062 |
actataaagaattggatatcagagatcagaaaattagcttatgatgttgaggatgtgattgaaacttatgccatcaaagttt |
4929981 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 1 - 75
Target Start/End: Original strand, 4887263 - 4887337
Alignment:
| Q |
1 |
actataaagaattggatatcagagatcagaaaattaacttatgatgctgaggatgtgattgaaacttatgccatc |
75 |
Q |
| |
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|
|
| T |
4887263 |
actataaagaatttgatatcagaaattagaaaactagcttacgatgtcgaggatctgattgagaattatgccatc |
4887337 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 539; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 539; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 82 - 695
Target Start/End: Original strand, 3539737 - 3540350
Alignment:
| Q |
82 |
ttgttagacattaatgtacagttgtttctagatgcatcaatttcaaagtcaacacatcaattttcatatcagtagtttattgcatcagattgcaaatatt |
181 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3539737 |
ttgttagacattaatgtacagctgtttctagatgcatcaatttcaaagtcaacacatcaattttcatatcagtagtttattgcatcagattgcaaatatt |
3539836 |
T |
|
| Q |
182 |
catttcaattcattgtgtcattatgctaaagttgtagcttagaataaggtcaacaacgtcaactttaattcctcattatttcattattattacatggttg |
281 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
3539837 |
catttgaattcattgtgtcattatgttatagttgtagcttagaataag-tcaacaacgtcaactttaattcctcattatttcattattattatatggttg |
3539935 |
T |
|
| Q |
282 |
tatatacactatgtatgtaatt-gtaatcagtatcaataataatatagccaattctctatatggtatcagacttagccttagcctaacagcatctcacga |
380 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3539936 |
tatatatactatgtatgtaatttgtaattagaatcaataataatatagccaattctctatatggtatcagacttagccttagcctaacagcatctcacga |
3540035 |
T |
|
| Q |
381 |
tccatacctccttcactatggcagccaccacaaacccaacaaaaacaagtcttcttattcatgcttccatcactcttaagctttctcgagccagtcatcg |
480 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
3540036 |
tccatacatccttcactatggcagccaccacaaacccaacaaaaacaagtcttcttattcatgcttccatcactattaagctttctcgagccagtcatcg |
3540135 |
T |
|
| Q |
481 |
tgcatggaaacgtcaggctacctctcttctctctggtatccaagtcattggccatattgatggaaccacaccttctcaaagtcccaccattgttactgct |
580 |
Q |
| |
|
||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
3540136 |
tgcctggaaacgtcaggctacctctcttctctccggtatccaagacattggccatattgatggaaccacaccttctcaaagtcccaccattgttactgct |
3540235 |
T |
|
| Q |
581 |
ggtgtctcaaccccaaatccacaatacataaattggttcactattgaccaactcatcatcaatcttcttatctcctctatgacagaagcagacagtatat |
680 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3540236 |
ggtgtctcaaccccaaatccacaatacacaaattggttcactattgaccaactcatcatcaatcttcttatctcctttatgacagaagcagacagtatat |
3540335 |
T |
|
| Q |
681 |
catttgcctcctatg |
695 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| |
|
|
| T |
3540336 |
catttgcctcctatg |
3540350 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 83 - 341
Target Start/End: Original strand, 3544161 - 3544419
Alignment:
| Q |
83 |
tgttagacattaatgtacagttgtttctagatgcatcaatttcaaagtcaacacatcaattttcatatcagtagtttattgcatcagattgcaaatattc |
182 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3544161 |
tgttagacattaatgtacagctgtttctagatgcatcaatttcaaagtcaacacatcaattttcatatcagtagtttattgcatcagattgcaaatattc |
3544260 |
T |
|
| Q |
183 |
atttcaattcattgtgtcattatgctaaagttgtagcttagaataaggtcaacaacgtcaactttaattcctcattatttcattattattacatggttgt |
282 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
3544261 |
atttgaattcattgtgtcattatgttatagttgtagcttagaataa-gtcaacaacgtcaactttaattcctcattatttcattattattatatggttgt |
3544359 |
T |
|
| Q |
283 |
atatacactatgtatgtaa-ttgtaatcagtatcaataataatatagccaattctctata |
341 |
Q |
| |
|
||||| ||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
3544360 |
atatatactatgtatgtaatttgtaattagaatcaataataatatagccaattctctata |
3544419 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 83 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 34695603 - 34695345
Alignment:
| Q |
83 |
tgttagacattaatgtacagttgtttctagatgcatcaatttcaaagtcaacacatcaattttcatatcagtagtttattgcatcagattgcaaatattc |
182 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34695603 |
tgttagacattaatgtacagctgtttctagatgcatcaatttcaaagtcaacacaacaattttcatatcagtagtttattgcatcagattgcaaatattc |
34695504 |
T |
|
| Q |
183 |
atttcaattcattgtgtcattatgctaaagttgtagcttagaataaggtcaacaacgtcaactttaattcctcattatttcattattattacatggttgt |
282 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34695503 |
atttcaattcattgtgtcattatgttatagatgtagcttagaataa-gtcaacaacgtcaactttaattcctcattatttcattattattacatggttgt |
34695405 |
T |
|
| Q |
283 |
atatacactatgtatgtaa-ttgtaatcagtatcaataataatatagccaattctctata |
341 |
Q |
| |
|
||||| ||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34695404 |
atatatactatgtttgtaatttgtaatctgtatcaataataatatagccaattctctata |
34695345 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 208; Significance: 1e-113; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 208; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 83 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 6517155 - 6516897
Alignment:
| Q |
83 |
tgttagacattaatgtacagttgtttctagatgcatcaatttcaaagtcaacacatcaattttcatatcagtagtttattgcatcagattgcaaatattc |
182 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6517155 |
tgttagacattaatgtacagctgtttctagatgcatcaatttcaaagtcaacacaccaattttcatatcagtagtttattgcatcagattgcaaatattc |
6517056 |
T |
|
| Q |
183 |
atttcaattcattgtgtcattatgctaaagttgtagcttagaataaggtcaacaacgtcaactttaattcctcattatttcattattattacatggttgt |
282 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6517055 |
atttcaattcattgtgtcattatgttatagctgtagcttagaataa-gtcaacaacgtcaactttaattcctcattatttcattattattacatggttgt |
6516957 |
T |
|
| Q |
283 |
atatacactatgtatgtaa-ttgtaatcagtatcaataataatatagccaattctctata |
341 |
Q |
| |
|
||||| ||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
6516956 |
atatatactatgtttgtaatttgtaatctgtatcaattataatatagccaattctctata |
6516897 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 605 - 695
Target Start/End: Original strand, 1700494 - 1700584
Alignment:
| Q |
605 |
tacataaattggttcactattgaccaactcatcatcaatcttcttatctcctctatgacagaagcagacagtatatcatttgcctcctatg |
695 |
Q |
| |
|
|||| ||| ||||||||| |||| || || ||||||||||||||| ||||||| |||||||| || ||||| || || ||||| ||||||| |
|
|
| T |
1700494 |
tacacaaagtggttcactcttgatcagctaatcatcaatcttcttctctcctccatgacagaggctgacagcatctcctttgcttcctatg |
1700584 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 603 - 664
Target Start/End: Original strand, 180108 - 180169
Alignment:
| Q |
603 |
aatacataaattggttcactattgaccaactcatcatcaatcttcttatctcctctatgaca |
664 |
Q |
| |
|
|||||| ||| ||||||||| |||| || || ||||||||||||||| ||||||| |||||| |
|
|
| T |
180108 |
aatacacaaagtggttcactcttgatcagctaatcatcaatcttcttctctcctccatgaca |
180169 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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