View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20083_high_38 (Length: 243)

Name: NF20083_high_38
Description: NF20083
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20083_high_38
NF20083_high_38
[»] chr8 (15 HSPs)
chr8 (21-240)||(44547643-44547862)
chr8 (21-243)||(44547844-44548060)
chr8 (21-238)||(44547483-44547700)
chr8 (21-238)||(44547405-44547616)
chr8 (143-243)||(44548084-44548184)
chr8 (66-239)||(44547722-44547901)
chr8 (21-239)||(44547926-44548144)
chr8 (21-196)||(44547369-44547538)
chr8 (157-243)||(44547598-44547684)
chr8 (158-243)||(44548042-44548127)
chr8 (101-189)||(44548174-44548262)
chr8 (140-243)||(44547760-44547869)
chr8 (66-243)||(44547520-44547697)
chr8 (21-84)||(44548195-44548258)
chr8 (199-239)||(44548166-44548206)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 188; Significance: 1e-102; HSPs: 15)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 21 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 44547862 - 44547643
Alignment:
Q  21 ttcctagctcttgaggttgagcatgtggagcaaccaccactctttctagctcttgagcctgaggttgaggactaaccaccccccttcctagcttttgagg 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||| |||||||||||||||||||    
T  44547862 ttcctagctcttgaggttgagcatgtggagcaaccaccactctttctagctcttgagcctgagcttgaggactagcaaccacccttcctagcttttgagg 44547763  T
Q  121 ttgagtctgtggtgcaacaaccaccctttctagctcttgagtttgaggaccagccaccaccattcctagatcttgaggttgagcttgaggacccgccacc 220  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44547762 ttgagtctgtggagcaacaaccacccttcctagctcttgagtctgaggaccagccaccaccattcctagctcttgaggttgagcttgaggacccgccacc 44547663  T
Q  221 acccttcctagcttttgagg 240  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  44547662 acccttcctagcttttgagg 44547643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 21 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 44548060 - 44547844
Alignment:
Q  21 ttcctagctcttgaggttgagcatgtggagcaaccaccactctttctagctcttgagcctgaggttgaggactaaccaccccccttcctagcttttgagg 120  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||| ||| |||||||||||||||      || | ||||| |||||||||||||||||||    
T  44548060 ttcccagctcttgaggttgagcatgtggagaagccaccacccttcctatctcttgagcctgagg------accagccaccacccttcctagcttttgagg 44547967  T
Q  121 ttgagtctgtggtgcaacaaccaccctttctagctcttgagtttgaggaccagccaccaccattcctagatcttgaggttgagcttgaggacccgccacc 220  Q
    ||| |||||||| ||| |||||||||||  ||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  44547966 ttgggtctgtggagcagcaaccacccttcttagcttttgagtctgagaaccagccaccaccattcctagctcttgaggctgagcttgaggaccagccacc 44547867  T
Q  221 acccttcctagcttttgaggttg 243  Q
    ||||||||||||| |||||||||    
T  44547866 acccttcctagctcttgaggttg 44547844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 21 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 44547700 - 44547483
Alignment:
Q  21 ttcctagctcttgaggttgagcatgtggagcaaccaccactctttctagctcttgagcctgaggttgaggactaaccaccccccttcctagcttttgagg 120  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||| |  ||||||| ||| |||||| ||||| |||||  || |||  | ||| | |||||||||||||||||||    
T  44547700 ttcctagctcttgaggttgagcttgaggacccgccaccacccttcctagcttttgaggctgagcatgtggagcagccatcacccttcctagcttttgagg 44547601  T
Q  121 ttgagtctgtggtgcaacaaccaccctttctagctcttgagtttgaggaccagccaccaccattcctagatcttgaggttgagcttgaggacccgccacc 220  Q
    ||||  |||||| ||| |||||| |||| ||||||||||||  ||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||| |||||| |   ||||    
T  44547600 ttgatcctgtggagcagcaaccatccttcctagctcttgagcatgaggaccagctaccacccttcctagctcttgaggttgagcctgaggagcaatcacc 44547501  T
Q  221 acccttcctagcttttga 238  Q
    ||||||||||||| ||||    
T  44547500 acccttcctagctcttga 44547483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 21 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 44547616 - 44547405
Alignment:
Q  21 ttcctagctcttgaggttgagcatgtggagcaaccaccactctttctagctcttgagcctgaggttgaggactaaccaccccccttcctagcttttgagg 120  Q
    ||||||||| |||||||||| | ||||||||| | ||||  ||| ||||||||||||| |||||      || | | ||| |||||||||||| ||||||    
T  44547616 ttcctagcttttgaggttgatcctgtggagcagcaaccatccttcctagctcttgagcatgagg------accagctaccacccttcctagctcttgagg 44547523  T
Q  121 ttgagtctgtggtgcaacaaccaccctttctagctcttgagtttgaggaccagccaccaccattcctagatcttgaggttgagcttgaggacccgccacc 220  Q
    ||||| ||| || ||||  ||||||||| |||||||||||  |||||||||||| |||||| || |||| |||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  44547522 ttgagcctgaggagcaatcaccacccttcctagctcttgatcttgaggaccagctaccaccctttctagctcttgaggttgagcctgaggaccagccacc 44547423  T
Q  221 acccttcctagcttttga 238  Q
    ||||||||||||| ||||    
T  44547422 acccttcctagctcttga 44547405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 143 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 44548184 - 44548084
Alignment:
Q  143 accctttctagctcttgagtttgaggaccagccaccaccattcctagatcttgaggttgagcttgaggacccgccaccacccttcctagcttttgaggtt 242  Q
    |||||| |||||| |||||| |||| ||||| ||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  44548184 acccttcctagcttttgagtctgagaaccagtcaccaccattcctaactcttgaggctgagcttgaggaccagccaccacccttcctagcttttgaggtt 44548085  T
Q  243 g 243  Q
    |    
T  44548084 g 44548084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 66 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 44547901 - 44547722
Alignment:
Q  66 ctagctcttgagcctgaggttgaggactaaccaccccccttcctagcttttgaggttgagtctgtggtgcaacaaccaccctttctagctct------tg 159  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||| | ||||| |||||||||||| |||||||||||  ||||| ||||| ||||| ||||||||||||      ||    
T  44547901 ctagctcttgaggctgagcttgaggaccagccaccacccttcctagctcttgaggttgagcatgtggagcaaccaccactctttctagctcttgagcctg 44547802  T
Q  160 agtttgaggaccagccaccaccattcctagatcttgaggttgagcttgaggacccgccaccacccttcctagcttttgag 239  Q
    || |||||||| ||| |||||| ||||||| | |||||||||||  || ||| |  | |||||||||||||||| |||||    
T  44547801 agcttgaggactagcaaccacccttcctagcttttgaggttgagtctgtggagcaacaaccacccttcctagctcttgag 44547722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 21 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 44548144 - 44547926
Alignment:
Q  21 ttcctagctcttgaggttgagcatgtggagcaaccaccactctttctagctcttgagcctgaggttgaggactaaccaccccccttcctagcttttgagg 120  Q
    |||||| ||||||||| ||||| || ||| || ||||||| ||| |||||| |||||  ||||  || ||| || | ||| ||||||| |||| ||||||    
T  44548144 ttcctaactcttgaggctgagcttgaggaccagccaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagtagcaaccacccttcccagctcttgagg 44548045  T
Q  121 ttgagtctgtggtgcaacaaccaccctttctagctcttgagtttgaggaccagccaccaccattcctagatcttgaggttgagcttgaggacccgccacc 220  Q
    |||||  ||||| | | | ||||||||| ||| ||||||||  |||||||||||||||||| ||||||| | ||||||||| |  || ||| | || |||    
T  44548044 ttgagcatgtggagaagccaccacccttcctatctcttgagcctgaggaccagccaccacccttcctagcttttgaggttgggtctgtggagcagcaacc 44547945  T
Q  221 acccttcctagcttttgag 239  Q
    ||||||| |||||||||||    
T  44547944 acccttcttagcttttgag 44547926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 21 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 44547538 - 44547369
Alignment:
Q  21 ttcctagctcttgaggttgagcatgtggagcaaccaccactctttctagctcttgagcctgaggttgaggactaaccaccccccttcctagcttttgagg 120  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||| ||| ||||||||||| |      |||||||| | | ||| ||||| |||||| ||||||    
T  44547538 ttcctagctcttgaggttgagcctgaggagcaatcaccacccttcctagctcttgatc------ttgaggaccagctaccaccctttctagctcttgagg 44547445  T
Q  121 ttgagtctgtggtgcaacaaccaccctttctagctcttgagtttgaggaccagccaccaccattcctagatcttga 196  Q
    ||||| ||| ||  || | ||||||||| |||||||||||  |||||||||||| |||||| || |||| ||||||    
T  44547444 ttgagcctgaggaccagccaccacccttcctagctcttgatcttgaggaccagctaccaccctttctagctcttga 44547369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 157 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 44547684 - 44547598
Alignment:
Q  157 ttgagtttgaggaccagccaccaccattcctagatcttgaggttgagcttgaggacccgccaccacccttcctagcttttgaggttg 243  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||| ||||||| | |||||| ||||| || ||| | |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  44547684 ttgagcttgaggacccgccaccacccttcctagcttttgaggctgagcatgtggagcagccatcacccttcctagcttttgaggttg 44547598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 158 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 44548127 - 44548042
Alignment:
Q  158 tgagtttgaggaccagccaccaccattcctagatcttgaggttgagcttgaggacccgccaccacccttcctagcttttgaggttg 243  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||| || |||   || ||||||||||| |||| |||||||||    
T  44548127 tgagcttgaggaccagccaccacccttcctagcttttgaggttgagcctgtggagtagcaaccacccttcccagctcttgaggttg 44548042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 101 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 44548262 - 44548174
Alignment:
Q  101 ccccttcctagcttttgaggttgagtctgtggtgcaacaaccaccctttctagctcttgagtttgaggaccagccaccaccattcctag 189  Q
    |||||||| |||| |||||| ||||| ||||| ||| | |||| |||| ||||||||||||  |||||||||||||| ||| |||||||    
T  44548262 ccccttccaagctcttgaggctgagtttgtggagcagccaccatccttcctagctcttgagcctgaggaccagccactacccttcctag 44548174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 140 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 44547869 - 44547760
Alignment:
Q  140 accaccctttctagctcttgagtttgag------gaccagccaccaccattcctagatcttgaggttgagcttgaggacccgccaccacccttcctagct 233  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||||      || || |||||||  || |||| |||||||  |||||||||||||  || ||||||||||||||||    
T  44547869 accacccttcctagctcttgaggttgagcatgtggagcaaccaccactctttctagctcttgagcctgagcttgaggactagcaaccacccttcctagct 44547770  T
Q  234 tttgaggttg 243  Q
    ||||||||||    
T  44547769 tttgaggttg 44547760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 66 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 44547697 - 44547520
Alignment:
Q  66 ctagctcttgagcctgaggttgaggactaaccaccccccttcctagcttttgaggttgagtctgtggtgcaacaaccaccctttctagctcttgagtttg 165  Q
    ||||||||||||  |||| ||||||||   ||||| ||||||||||||||||||| ||||  ||||| ||| | | ||||||| |||||| ||||| |||    
T  44547697 ctagctcttgaggttgagcttgaggacccgccaccacccttcctagcttttgaggctgagcatgtggagcagccatcacccttcctagcttttgaggttg 44547598  T
Q  166 a------ggaccagccaccaccattcctagatcttgaggttgagcttgaggacccgccaccacccttcctagcttttgaggttg 243  Q
    |      ||| |||| |||| | ||||||| |||||||      | |||||||| || |||||||||||||||| |||||||||    
T  44547597 atcctgtggagcagcaaccatccttcctagctcttgag------catgaggaccagctaccacccttcctagctcttgaggttg 44547520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 21 - 84
Target Start/End: Complemental strand, 44548258 - 44548195
Alignment:
Q  21 ttcctagctcttgaggttgagcatgtggagcaaccaccactctttctagctcttgagcctgagg 84  Q
    |||| ||||||||||| ||||  ||||||||| ||||||  ||| |||||||||||||||||||    
T  44548258 ttccaagctcttgaggctgagtttgtggagcagccaccatccttcctagctcttgagcctgagg 44548195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 199 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 44548206 - 44548166
Alignment:
Q  199 ttgagcttgaggacccgccaccacccttcctagcttttgag 239  Q
    |||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  44548206 ttgagcctgaggaccagccactacccttcctagcttttgag 44548166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University