View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20094_high_28 (Length: 405)

Name: NF20094_high_28
Description: NF20094
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20094_high_28
NF20094_high_28
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (1-388)||(32631274-32631661)
chr1 (1-388)||(32657166-32657553)
chr1 (1-388)||(32582028-32582415)
chr1 (108-388)||(32600161-32600441)
[»] scaffold0259 (1 HSPs)
scaffold0259 (36-358)||(21394-21716)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (4-382)||(41171921-41172299)
chr8 (4-383)||(41147039-41147418)
chr8 (4-383)||(41163803-41164182)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (70-376)||(26404661-26404965)
chr6 (6-108)||(26398317-26398419)
chr6 (334-383)||(26398264-26398313)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (6-108)||(21015995-21016097)
chr5 (334-383)||(21016101-21016150)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 356; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 356; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 32631661 - 32631274
Alignment:
1 tcagttgactgtgtaagattgcatattgctgcaaacaggatgaagctgaagtttgaattaggttcggcattttaccattggggatttgataaaatgggcg 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
32631661 tcagttgactgtgtaagatttcattttgcttcaaacaggatgaagctgaagtttgattttggttctgcattttaccattggggatttgataaaatgggcg 32631562  T
101 aggaagtttcacttcaatggacaggtgatgaagaaaagagatttaaggatataatgagtctaaaaatcccctcccaaaacaagtctttttggaacaatcc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
32631561 aggaagtttcacttcaatggacaggtgatgaagaaaagagatttaaggatataatgagtctaaaaatcccctcccaaaacaagtctttttggaacaatcc 32631462  T
201 atccagttactttcaaaagaggacaagaaaagacatggtgagttattacttcaatgtatatcttattctactaagaagttatcagaatcgagtgacttcg 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
32631461 atccagttactttcaaaagaggacaagaaaagacatggtgagttattacttcaatgtatatcttattcaactaagaagttatcagaatcgagtgacttcg 32631362  T
301 gagactgttgacagtgatgatgacgaaatcgaatttgaatcttttggtgatggtttcgggaggaaagctatcaagcgtccatcaattg 388  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
32631361 gagactgttgacagtgatgatgacgaaatcgaatttgaatcttttggtgatggtttcgggaggaaagctatccagcgtccatcaattg 32631274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 356; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 32657553 - 32657166
Alignment:
1 tcagttgactgtgtaagattgcatattgctgcaaacaggatgaagctgaagtttgaattaggttcggcattttaccattggggatttgataaaatgggcg 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |    
32657553 tcagttgactgtgtaagatttcattttgcttcaaacaggatgaagctgaagtttgattttggttctgcattttaccattggggatttgataaaatgggtg 32657454  T
101 aggaagtttcacttcaatggacaggtgatgaagaaaagagatttaaggatataatgagtctaaaaatcccctcccaaaacaagtctttttggaacaatcc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
32657453 aggaagtttcacttcaatggacaggtgatgaagaaaagagatttaaggatataatgagtctaaaaatcccctcccaaaacaagtctttttggaacaatcc 32657354  T
201 atccagttactttcaaaagaggacaagaaaagacatggtgagttattacttcaatgtatatcttattctactaagaagttatcagaatcgagtgacttcg 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
32657353 atccagttactttcaaaagaggacaagaaaagacatggtgagttattacttcaatgtatatcttattcaactaagaagttatcagaatcgagtgacttcg 32657254  T
301 gagactgttgacagtgatgatgacgaaatcgaatttgaatcttttggtgatggtttcgggaggaaagctatcaagcgtccatcaattg 388  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
32657253 gagactgttgacagtgatgatgacgaaatcgaatttgaatcttttggtgatggtttcgggaggaaagctatcaagcgtccatcaattg 32657166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 352; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 32582415 - 32582028
Alignment:
1 tcagttgactgtgtaagattgcatattgctgcaaacaggatgaagctgaagtttgaattaggttcggcattttaccattggggatttgataaaatgggcg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |    
32582415 tcagttgactgtgtaagattgcatattgctgcaaacaggatgaagctgaagtttgaattgggttctgcattttaccattggggatttgataaaatgggtg 32582316  T
101 aggaagtttcacttcaatggacaggtgatgaagaaaagagatttaaggatataatgagtctaaaaatcccctcccaaaacaagtctttttggaacaatcc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
32582315 aggaagtttcacttcaatggacaggtgatgaggaaaagagatttaaggatataatgagtctaaaaatcccctcccaaaacaagtctttttggaacaatcc 32582216  T
201 atccagttactttcaaaagaggacaagaaaagacatggtgagttattacttcaatgtatatcttattctactaagaagttatcagaatcgagtgacttcg 300  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
32582215 gtccagttactttcaaaagaggacaagaaaagacatggtgagatattacttcaatgtatatcttattcaactaagaagctatcagaatcgagtgacttcg 32582116  T
301 gagactgttgacagtgatgatgacgaaatcgaatttgaatcttttggtgatggtttcgggaggaaagctatcaagcgtccatcaattg 388  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
32582115 gagactgtttacagtgatgatgacgaaatcgaatttgaatcttttggtgatggtttcgggaggaaagctatcaagcgtccatcaattg 32582028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 265; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 108 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 32600441 - 32600161
Alignment:
108 ttcacttcaatggacaggtgatgaagaaaagagatttaaggatataatgagtctaaaaatcccctcccaaaacaagtctttttggaacaatccatccagt 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
32600441 ttcacttcaatggacaggtgatgaagaaaagagatttaaggatataatgagtctaaaaatcccctcccaaaacaattctttttggaacaatccatccagt 32600342  T
208 tactttcaaaagaggacaagaaaagacatggtgagttattacttcaatgtatatcttattctactaagaagttatcagaatcgagtgacttcggagactg 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
32600341 tactttcaaaagaggacaagaaaagacatggtgagttattacttcaatgtatatcttattcaactaagaagttatcagaatcgagtgacttcggagactg 32600242  T
308 ttgacagtgatgatgacgaaatcgaatttgaatcttttggtgatggtttcgggaggaaagctatcaagcgtccatcaattg 388  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
32600241 ttgacagtgatgatgacgaaatcgaatttggatcttttggtgatggtttcgggaggaaagctatcaagcgtccaacaattg 32600161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0259 (Bit Score: 235; Significance: 1e-130; HSPs: 1)
Name: scaffold0259
Description:

Target: scaffold0259; HSP #1
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 36 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 21716 - 21394
Alignment:
36 caggatgaagctgaagtttgaattaggttcggcattttaccattggggatttgataaaatgggcgaggaagtttcacttcaatggacaggtgatgaagaa 135  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||    
21716 caggatgaagctgaagtttgaattgggttttgcattttaccattgaggatttgataaaatgggtgaggaagtttcacatcaatggacaggtgattaagaa 21617  T
136 aagagatttaaggatataatgagtctaaaaatcccctcccaaaacaagtctttttggaacaatccatccagttactttcaaaagaggacaagaaaagaca 235  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
21616 aagagatttaaggttataatgagtctaaaaatcccctcccaaaataattctttttgcaacaatccatcaagttactttcaaaagagggcaagaaaagaca 21517  T
236 tggtgagttattacttcaatgtatatcttattctactaagaagttatcagaatcgagtgacttcggagactgttgacagtgatgatgacgaaatcgaatt 335  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||   ||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
21516 tgctgagttattacttcaatgtatatcttattcaactaagaagctatcagaatcaagtgacttcaaggaccgttgatagtgatgatgacgaaatcgaatt 21417  T
336 tgaatcttttggtgatggtttcg 358  Q
    |||||||||||||||||||||||    
21416 tgaatcttttggtgatggtttcg 21394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 223; Significance: 1e-122; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 223; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 4 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 41172299 - 41171921
Alignment:
4 gttgactgtgtaagattgcatattgctgcaaacaggatgaagctgaagtttgaattaggttcggcattttaccattggggatttgataaaatgggcgagg 103  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||   ||| |  ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
41172299 gttgactgtgtcagattccatattgctgagaacaggatgaagctgaagcttgaattgcattccgtgttttatcattggggatttgataaaatgggtgagg 41172200  T
104 aagtttcacttcaatggacaggtgatgaagaaaagagatttaaggatataatgagtctaaaaatcccctcccaaaacaagtctttttggaacaatccatc 203  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
41172199 aagtttcacttcgatggacagctgatgaagaaaagagatttaaggatgcaatgaggttaaaattcccctcccaaaacaagtctttttggaacaatccttc 41172100  T
204 cagttactttcaaaagaggacaagaaaagacatggtgagttattacttcaatgtatatcttattctactaagaagttatcagaatcgagtgacttcggag 303  Q
    ||| ||||||| ||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  || ||    
41172099 cagatactttcgaaacaagacaagaaaagacatggtgagctattacttcaatgtatatcttattcaactaagaagttatcagaatcgagtgaccccgaag 41172000  T
304 actgttgacagtgatgatgacgaaatcgaatttgaatcttttggtgatggtttcgggaggaaagctatcaagcgtccat 382  Q
    ||||||||||| || ||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||| |||||    
41171999 actgttgacagcgacgatgacgaagttgaatttggatcttttggtgatggttttgggagggaagctatgaagcatccat 41171921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 4 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 41147418 - 41147039
Alignment:
4 gttgactgtgtaagattgcatattgctgcaaacaggatgaagctgaagtttgaattaggttcggcattttaccattggggatttgataaaatgggcgagg 103  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||  |||  |  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
41147418 gttgactgtgtcagattccatattgctgataacaggatgaagctgaagcttgaattgcgttgtgtgttttatcattggggatttgataaaatgggcgagg 41147319  T
104 aagtttcacttcaatggacaggtgatgaagaaaagagatttaaggatataatgagtctaaaaatcccctcccaaaacaagtctttttggaacaatccatc 203  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||  |||  || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
41147318 aagtttcacttcgatggacagctgatgaagaaaagagatttaaggatgcaataggtttaaaaatcccctctcaaaacaagtctttttggaacaatccatc 41147219  T
204 cagttactttcaaaagaggacaagaaaagacatggtgagttattacttcaatgtatatcttattctactaagaagttatcagaatcgagtgacttcggag 303  Q
    ||| | ||||| || || ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||| || |     
41147218 cagatgctttcgaaggaagacaagaaaagacttggtgagctattacttcaatgtatattttattcaactaagaagctatcagaatcgagtgactccgaat 41147119  T
304 actgttgacagtgatgatgacgaaatcgaatttgaatcttttggtgatggtttcgggaggaaagctatcaagcgtccatc 383  Q
     ||||||||||||||||||||||| | ||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||    
41147118 gctgttgacagtgatgatgacgaagtggaatttggatcttttgatgatggtttcggaaggaaagctatcaagcatccatc 41147039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 4 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 41164182 - 41163803
Alignment:
4 gttgactgtgtaagattgcatattgctgcaaacaggatgaagctgaagtttgaattaggttcggcattttaccattggggatttgataaaatgggcgagg 103  Q
    ||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||  || |||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
41164182 gttgactgtgtcagacttcatattgctgcaaacaggaccaaactgaagcttgaattgggttctgcattttaccattggggatttgataaaatgggcgaag 41164083  T
104 aagtttcacttcaatggacaggtgatgaagaaaagagatttaaggatataatgagtctaaaaatcccctcccaaaacaagtctttttggaacaatccatc 203  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||   |||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
41164082 aagtttcacttcgatggacagctgatgaagaaaagagatttaaggatgcgatgaggttaaaaatcccttcccaaaacaagtctttttggaacaatccatc 41163983  T
204 cagttactttcaaaagaggacaagaaaagacatggtgagttattacttcaatgtatatcttattctactaagaagttatcagaatcgagtgacttcggag 303  Q
    ||  ||||||| || || ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||||||||| | || ||    
41163982 catatactttcgaaggaagacaagaaaagacatggtgagctattgcttcaatgtatatcttattcaactaagaagctatcggaatcgagtgaatccgaag 41163883  T
304 actgttgacagtgatgatgacgaaatcgaatttgaatcttttggtgatggtttcgggaggaaagctatcaagcgtccatc 383  Q
    ||||||||| |  |  |||| ||| | ||||||| ||| |||||| ||||||| |||| |||||||||||||| ||||||    
41163882 actgttgactgcaacaatgaggaagttgaatttggatcgtttggttatggttttgggatgaaagctatcaagcatccatc 41163803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 140; Significance: 3e-73; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 70 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 26404965 - 26404661
Alignment:
70 ttttaccattggggatttgataaaatgggcgaggaagtttcacttcaatggacaggtgatgaagaaaagagatttaaggatataatgagtctaaaaatcc 169  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||  |||||   ||||||| |    
26404965 ttttatcattgaggatttgataaaatgggcgaagaagtttcacttcaatggacatctgatgaagaaaagagatttaaggatgcaatgaagttaaaaattc 26404866  T
170 cctcccaaaacaagtctttttggaacaatccatccagttactttcaaaagaggacaagaaaagacatggtgagttattacttcaatgtatatcttattct 269  Q
    |||| |||| |||||| | |||||| |||||||| || | |||||||| ||   |||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||     
26404865 cctctcaaagcaagtcatattggaaaaatccatctagatgctttcaaaggaatgcaagaaaagac--ggtgagctattacttcaatgtatatcttattca 26404768  T
270 actaagaagttatcagaatcgagtgacttcggagactgttgacagtgatgatgacgaaatcgaatttgaatcttttggtgatggtttcgggaggaaagct 369  Q
    ||||||||  ||||| |||||||||||| || | |||||||||| ||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |   ||||||||    
26404767 actaagaatctatcaaaatcgagtgactccgaacactgttgacaatgacgatgacgaagtggaatttgaatcttttggtgatggttttgaagggaaagct 26404668  T
370 atcaagc 376  Q
    |||||||    
26404667 atcaagc 26404661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 6 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 26398419 - 26398317
Alignment:
6 tgactgtgtaagattgcatattgctgcaaacaggatgaagctgaagtttgaattaggttcggcattttaccattggggatttgataaaatgggcgaggaa 105  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| | | |||||| ||||||| ||||| ||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||    
26398419 tgactgtgtaagatttcatattggtgcaaacaggacggaactgaagcttgaattgggttctgcattttaccatatgggatttgacaaaatgggcgaggaa 26398320  T
106 gtt 108  Q
    |||    
26398319 gtt 26398317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 334 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 26398313 - 26398264
Alignment:
334 tttgaatcttttggtgatggtttcgggaggaaagctatcaagcgtccatc 383  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
26398313 tttggatcatttggtgatggtttcgggaggaaagctatcaagcatccatc 26398264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 63; Significance: 3e-27; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 6 - 108
Target Start/End: Original strand, 21015995 - 21016097
Alignment:
6 tgactgtgtaagattgcatattgctgcaaacaggatgaagctgaagtttgaattaggttcggcattttaccattggggatttgataaaatgggcgaggaa 105  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| | | |||||| |||||||  |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
21015995 tgactgtgtaagatttcatattggtgcaaacaggacggaactgaagcttgaattgagttctgcattttaccattggggatttgacaaaatgggcgaggaa 21016094  T
106 gtt 108  Q
    |||    
21016095 gtt 21016097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 334 - 383
Target Start/End: Original strand, 21016101 - 21016150
Alignment:
334 tttgaatcttttggtgatggtttcgggaggaaagctatcaagcgtccatc 383  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
21016101 tttggatcatttggtgatggtttcgggaggaaagctatcaagcatccatc 21016150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University