View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20094_low_7 (Length: 710)

Name: NF20094_low_7
Description: NF20094
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20094_low_7
NF20094_low_7
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (19-541)||(9417675-9418200)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (19-710)||(17813154-17813831)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (19-545)||(12003378-12003882)
chr7 (538-710)||(12001967-12002139)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 480; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 480; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 541
Target Start/End: Original strand, 9417675 - 9418200
Alignment:
Q  19 aaagtaagaacaatactctgcatcctgatctggatgaaacacatatgcacaaacttgaacttctaaaggactcaagtgcatttctggggtaggcttaaac 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9417675 aaagtaagaacaatactctgcatcctgatctggatgaaacacatatgcacaaacttgaacttctaaaggactcaagtgcatttctggggtaggcttaaac 9417774  T
Q  119 ctccacttaattccctacnnnnnnnn---ggttaataacttcaaaaataatgttataggacagaacataataatcaaaatatctatatatttatattgag 215  Q
    ||||||||||||||||||           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9417775 ctccacttaattccctacaaaaaaaaaaaggttaataacttcaaaaataatgttataggacagaacataataatcaaaatatctatatatttatattgag 9417874  T
Q  216 tgatattggtaataacccttgggagagtgagattcatgactcttggaatgaatgggcgcacttcgttgacccttgtctttcctctcccaactggactggg 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9417875 tgatattggtaataacccttgggagagtgagattcatgactcttggaatgaatgggcgcacttcgttgacccttgtctttcctctcccaactggactggg 9417974  T
Q  316 acgtggttgcaaatatggattggtaacaggtatctttgatctgtgagatggactttgaaataactttttagttatcccagtcaatacagcactaccaata 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9417975 acgtggttgcaaatatggattggtaacaggtatctttgatctgtgagatggactttgaaataactttttagttatcccagtcaatacagcactaccaata 9418074  T
Q  416 ggctacaaggtttataaaaaattgttagttaaacatatcacttttcaagtaagaaaaaacatgttaaaattattattacctctgagttggatgaccttct 515  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9418075 ggctacaaggtttataaaaaattgttagttaaacatgtcacttttcaattaagaaaaaacatgttaaaattattattacctctgagttggatgaccttct 9418174  T
Q  516 aaagttgctcttccaaagcatcatag 541  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  9418175 aaagttgctcttccaaagcatcatag 9418200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 395; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 395; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 710
Target Start/End: Original strand, 17813154 - 17813831
Alignment:
Q  19 aaagtaagaacaatactctgcatcctgatctggatgaaacacatatgcacaaacttgaacttctaaaggactcaagtgcatttctggggtaggcttaaac 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  17813154 aaagtaagaacaatactctgcatcctgatctggatgaaacacatatgcacaaacttggacttctaaaggacttaactgcatttctggggtaggcttaaac 17813253  T
Q  119 ctccacttaattccctacnnnnnnnnggttaataacttcaaaaataatgttataggacagaacataataatcaaaatatctatatatttatattgagtga 218  Q
    ||||||||||| ||||||        | | | |||||| |||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  17813254 ctccacttaatgccctacaaaaaaaggttaattaacttaaaaaataacgttataggacaaaacgtaataatcaaaatatctatatatttataatgaatga 17813353  T
Q  219 tattggtaataacccttgggagagtgagattcatgactcttggaatgaatgggcgcacttcgttgacccttgtctttcctctcccaactggactgggacg 318  Q
    ||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||  |||    
T  17813354 tattggtaataacccttgggataatgagattaatgactcttggaatgaatgggcgcacttcgttgacccttgtctttcctctcccaaataaactgcaacg 17813453  T
Q  319 tggttgcaaatatggattggtaacaggtatctttgatctgtgagatggactttgaaataactttttagttatcccagtcaatacagcactaccaataggc 418  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||||||||    
T  17813454 tggttgcatatatggattggtaacaggtatccttgatatgtgagatggactttgaaataactttttagttatcccagtcaatccagtactgccaataggc 17813553  T
Q  419 tacaaggtttataaaaaattgttagttaaacatatcacttttcaagtaagaaaaaacatgttaaaattattattacctctgagttggatgaccttctaaa 518  Q
    ||||||| |||| ||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||    
T  17813554 tacaaggattat-aaagatcgttaattaaacatatcacttttcaagtaagaaaaaacacgttaaaataattattacctctgagttggatgaccttat-aa 17813651  T
Q  519 gttgctcttccaaagcatcatagcagaagtgttgtccttaacacctgatttttcacctgtggtccactcttttgggagaggtggtttcatttcaaacata 618  Q
    ||||||||| |||| |||||||||| ||  |||||||||||            |||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||| |||| |||    
T  17813652 gttgctcttgcaaaacatcatagcaaaatcgttgtccttaa------------cacctgtgttccactcttttaggagagttggtttcattccaaatata 17813739  T
Q  619 gtgttgttatacattccattcattgctgacctatgcattttctttccttttgtgtcatcatcactgtcagacacatccacaataacattgtt 710  Q
     |||||  ||||||||||||||   |||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  17813740 atgttgccatacattccattcaacactgacctatgcactttcttttcttttgtgtcattatcattgtcagacacatccacaataacattgtt 17813831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 379; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 379; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 545
Target Start/End: Complemental strand, 12003882 - 12003378
Alignment:
Q  19 aaagtaagaacaatactctgcatcctgatctggatgaaacacatatgcacaaacttgaacttctaaaggactcaagtgcatttctggggtaggcttaaac 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||                     ||||||||||||||||||||||    
T  12003882 aaagtaagaacaatactctgcatcctgatctagatgaaacacatatgcacaaacttg---------------------catttctggggtaggcttaaac 12003804  T
Q  119 ctccacttaattccctacnnnnnnnnggttaataacttcaaaaataatgttataggacagaacataataatcaaaatatctatatatttatattgagtga 218  Q
    || |||||||| ||||||        | | | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12003803 cttcacttaatgccctacaaaaaaaagttaattaacttcaaaaataacgttataggacagaacataataatcaaaatatctatatatttatattgagtga 12003704  T
Q  219 tattggtaataacccttgggagagtgagattcatgactcttggaatgaatgggcgcacttcgttgacccttgtctttcctctcccaactggactgggacg 318  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12003703 tattgataataacccttggtagagtgagattcatgactcttggaatgaatgggcgcacttcgttgacccttgtctttcctctcccaactggactgggacg 12003604  T
Q  319 tggttgcaaatatggattggtaacaggtatctttgatctgtgagatggactttgaaataactttttagttatcccagtcaatacagcactaccaataggc 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  12003603 tggttgcaaatatggattggtaacatgtatctttgatctgtgagatggactttgaaataactttttagttatcctagtcaatacagcactaccaataggc 12003504  T
Q  419 tacaaggtttataaaaaattgttagttaaacatatcacttttcaagtaagaaaaaacatgttaaaattattattacctctgagttggatgaccttctaaa 518  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12003503 tacaaggtttataaaaaattgttagttaaacatatcacttttcaagtaagaaaaaacatgtt-aaattattattacctctgagttggatgaccttctaaa 12003405  T
Q  519 gttgctcttccaaagcatcatagcaga 545  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||    
T  12003404 gttgctcttgcaaagcatcatagcaga 12003378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 538 - 710
Target Start/End: Complemental strand, 12002139 - 12001967
Alignment:
Q  538 atagcagaagtgttgtccttaacacctgatttttcacctgtggtccactcttttgggagaggtggtttcatttcaaacatagtgttgttatacattccat 637  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||    
T  12002139 atagcaaaagtgttgtccttaacacctgatttttcacctgtggtccactcttttaggagaggtggtttcattccaaatatagtgttattatacattccat 12002040  T
Q  638 tcattgctgacctatgcattttctttccttttgtgtcatcatcactgtcagacacatccacaataacattgtt 710  Q
    ||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  12002039 tcatcactgacctatgcactttctttccttttgtgtcatcatcaccgtcagacacatccacaataacattgtt 12001967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University