View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20099_high_2 (Length: 676)

Name: NF20099_high_2
Description: NF20099
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20099_high_2
NF20099_high_2
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (48-654)||(45513529-45514139)
chr7 (216-351)||(45507880-45508013)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 586; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 586; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 48 - 654
Target Start/End: Original strand, 45513529 - 45514139
Alignment:
Q  48 ccttaatactcatttgaacgtccgtaggattcgtggtacgtcagtggtgctatcagtacaacatgtattatagaatacatattcattcatgattgataaa 147  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45513529 ccttaatactcatttgaacgtccgtaggattcgtggtacgttagtggtgctatcagtacaacatgtattatagaatacatattcattcatgattgataaa 45513628  T
Q  148 ttgtttaaattatatgctatttgaatgataggctatcaaattaaacgaaccgatagaatgtttactccgtatgaaaagtcaattcgtacactcaagataa 247  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45513629 ttgtttaaattatatgctatttgaatgataggctatcaaattaaacgaaccgatagaatgtttactccgtatgaaaagtcaattcgtacactcaagataa 45513728  T
Q  248 ggacataaattatgggtatagtcctgaaatatatatttgatttaatggtagtagtagtaacatgcaagtacctaacttgtctgattgacctagattgttc 347  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45513729 ggacataaattatgggtatagtcctgaaatatatatttgatttaatggtagtagtagtaacatgcaagtacctaacttgtctgattgacctagattgttc 45513828  T
Q  348 atcaaaaaataagggaaaataatataagctcaaacaacacaagtagcagcagc----tatgtacttgtcaacttaagaatatgcacgttagaatgtcagc 443  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45513829 atcaaaaaataagggaaaataatataagctcaaacaacacaagtagcagcagctatgtatgtacttgtcaacttaagaatatgcacgttagaatgtcagc 45513928  T
Q  444 tataaagatgctgaattaaaaggttgatgttataccatttattgtggcatgtcttatggaacttcacatacatggcacatggctgatgttatctcccgcc 543  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45513929 tataaagatgctgaattaaaaggttgatgttatgccatttattgtggcatgtcttatggaacttcacatacatggcacatggctgatgttatctcccgcc 45514028  T
Q  544 atgtacaataactgattcacacatacactgagcctgccatcattccattcttgaataagaactgcatgttctctatttacagaactgcacatcctaaatt 643  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45514029 atgtacaataactgattcacacatacactgagcctgccatcattccattcttgaataagaactgcatgttctctatttacagaactgcacatcctaaatt 45514128  T
Q  644 ttgtacatatc 654  Q
    |||||||||||    
T  45514129 ttgtacatatc 45514139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 216 - 351
Target Start/End: Original strand, 45507880 - 45508013
Alignment:
Q  216 gtatgaaaagtcaattcgtacactcaagataaggacataaattatgggtatagtcctgaaatatatatttgatttaatggtagtagtagtaacatgcaag 315  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |  |||||| |  || ||||||||   |||||||||||||||||     
T  45507880 gtatgagaagtcaattcgtacactcatgataaggacgtaaattatgggtatagtgcataaatatttgatttatttaatg---gtagtagtaacatgcaac 45507976  T
Q  316 tacctaacttgtctgat-tgacctagattgttcatca 351  Q
    ||||||||||| ||| | ||||||| | |||||||||    
T  45507977 tacctaacttgcctgctgtgacctataatgttcatca 45508013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University