View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF20099_low_3 (Length: 676)
Name: NF20099_low_3
Description: NF20099
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF20099_low_3 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 586; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 586; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 48 - 654
Target Start/End: Original strand, 45513529 - 45514139
Alignment:
| Q |
48 |
ccttaatactcatttgaacgtccgtaggattcgtggtacgtcagtggtgctatcagtacaacatgtattatagaatacatattcattcatgattgataaa |
147 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45513529 |
ccttaatactcatttgaacgtccgtaggattcgtggtacgttagtggtgctatcagtacaacatgtattatagaatacatattcattcatgattgataaa |
45513628 |
T |
|
| Q |
148 |
ttgtttaaattatatgctatttgaatgataggctatcaaattaaacgaaccgatagaatgtttactccgtatgaaaagtcaattcgtacactcaagataa |
247 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45513629 |
ttgtttaaattatatgctatttgaatgataggctatcaaattaaacgaaccgatagaatgtttactccgtatgaaaagtcaattcgtacactcaagataa |
45513728 |
T |
|
| Q |
248 |
ggacataaattatgggtatagtcctgaaatatatatttgatttaatggtagtagtagtaacatgcaagtacctaacttgtctgattgacctagattgttc |
347 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45513729 |
ggacataaattatgggtatagtcctgaaatatatatttgatttaatggtagtagtagtaacatgcaagtacctaacttgtctgattgacctagattgttc |
45513828 |
T |
|
| Q |
348 |
atcaaaaaataagggaaaataatataagctcaaacaacacaagtagcagcagc----tatgtacttgtcaacttaagaatatgcacgttagaatgtcagc |
443 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45513829 |
atcaaaaaataagggaaaataatataagctcaaacaacacaagtagcagcagctatgtatgtacttgtcaacttaagaatatgcacgttagaatgtcagc |
45513928 |
T |
|
| Q |
444 |
tataaagatgctgaattaaaaggttgatgttataccatttattgtggcatgtcttatggaacttcacatacatggcacatggctgatgttatctcccgcc |
543 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45513929 |
tataaagatgctgaattaaaaggttgatgttatgccatttattgtggcatgtcttatggaacttcacatacatggcacatggctgatgttatctcccgcc |
45514028 |
T |
|
| Q |
544 |
atgtacaataactgattcacacatacactgagcctgccatcattccattcttgaataagaactgcatgttctctatttacagaactgcacatcctaaatt |
643 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45514029 |
atgtacaataactgattcacacatacactgagcctgccatcattccattcttgaataagaactgcatgttctctatttacagaactgcacatcctaaatt |
45514128 |
T |
|
| Q |
644 |
ttgtacatatc |
654 |
Q |
| |
|
||||||||||| |
|
|
| T |
45514129 |
ttgtacatatc |
45514139 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 216 - 351
Target Start/End: Original strand, 45507880 - 45508013
Alignment:
| Q |
216 |
gtatgaaaagtcaattcgtacactcaagataaggacataaattatgggtatagtcctgaaatatatatttgatttaatggtagtagtagtaacatgcaag |
315 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| | |||||| | || |||||||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
45507880 |
gtatgagaagtcaattcgtacactcatgataaggacgtaaattatgggtatagtgcataaatatttgatttatttaatg---gtagtagtaacatgcaac |
45507976 |
T |
|
| Q |
316 |
tacctaacttgtctgat-tgacctagattgttcatca |
351 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||| | ||||||| | ||||||||| |
|
|
| T |
45507977 |
tacctaacttgcctgctgtgacctataatgttcatca |
45508013 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University