View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20111_high_1 (Length: 946)

Name: NF20111_high_1
Description: NF20111
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20111_high_1
NF20111_high_1
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (14-836)||(30744472-30745302)
chr7 (844-928)||(30745336-30745420)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 752; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 752; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 836
Target Start/End: Original strand, 30744472 - 30745302
Alignment:
Q  14 agcagagaggtacaaaagtccttgtgaatacatcatattgtcagcagcaatcatgattccaagaacaaaatatatcaaagcgatgagtttgatggaagga 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30744472 agcagagaggtacaaaagtccttgtgaatacatcatattgtcagcagcaatcatgattccaagaacaaaatatatcaaagcgatgagtttgatggaagga 30744571  T
Q  114 ggaacataagaagctgaaacctctgaagaagaagaaggaattgtgaataacggaatgagcaagactgggaaggcaatagtttggactaaagtagccatcc 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30744572 ggaacataagaagctgaaacctctgaagaagaagaaggaattgtgaataacggaatgagcaagactgggaaggcaatagtttggactaaagtagccatcc 30744671  T
Q  214 atgtactatttccaccttgatcatagtaaaaccttccaaggataactgcagcagattgtccaacgatgagaaacattatgctgagtcccaccagaaacca 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30744672 atgtactatttccaccttgatcatagtaaaaccttccaaggataactgcagcagattgtccaacgatgagaaacattatgctgagtcccaccagaaacca 30744771  T
Q  314 ccattgccatcgcttgtaattgttaaacggcagttcattaattgttccggctatgatcatcggttcttcattatctgtaatcgaaagcaacattaagtca 413  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30744772 ccattgccatcgcttgtatttgttaaacggtagttcattaattgttccggctatgatcatcggttcttcattatctgtaatcgaaagcaacattaagtca 30744871  T
Q  414 cttgtttttaaatgtaaccccagaaacatcaagtaaacgtaaaatgcaggacagagaaaaactaaagtcgaaagagccaattttggaatttcggaataac 513  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30744872 cttgtttttaaatgtaaccgcagaaacatcaagtaaacgtaaaatgcaggac--agaaaaactaaagtcgaaagagccaattttggaatttcggaataac 30744969  T
Q  514 aagtttgtgaattgagtaagttaaacttagtttatccatctcaattatagataatttaaccgataagatctcatgagcttaaagctaattgaaattgg-a 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  30744970 aagtttgtgaattgagtaagttaaacttagtttatccatctcaattatagatactttaaccgataagatctcatgagcttaaagctaattgaaattggaa 30745069  T
Q  613 cttaaattcatgcaaaagtacagcagcaacagtaaaatcatacataaattagcagttaacagc----------tatatatataaatataaatgttcactg 702  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||||||||||||||||||    
T  30745070 cttaaattcatgcaaaagtacagcagcaacagtaaaatcatacataaattagcagttaacagctatatatatatatatatataaatataaatgttcactg 30745169  T
Q  703 agagaatcattcattcatattagacgtatatgatggaagggtaaaaacagagttaacccagtttccatgcagtaaatccaaaatttgatcctgatcagtt 802  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30745170 agagaatcattcattcatattagacgtatatgatggaagggtaaaaacagagttaacccagtttccatgcagtaaatccaaaatttgatcctgatcagtt 30745269  T
Q  803 ctccaataacggaatcaatgagttcaacttggtc 836  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  30745270 ctccaataac-aaatcaatgagttcaacttggtc 30745302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 85; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 844 - 928
Target Start/End: Original strand, 30745336 - 30745420
Alignment:
Q  844 taaaagaaagtgaaacctagcagaagaataatattggcgtgacatataatcagaactaaaacgaaaaacacgaattaatgaaata 928  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30745336 taaaagaaagtgaaacctagcagaagaataatattggcgtgacatataatcagaactaaaacgaaaaacacgaattaatgaaata 30745420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University