View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20113_low_1 (Length: 734)

Name: NF20113_low_1
Description: NF20113
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20113_low_1
NF20113_low_1
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (395-720)||(9254812-9255143)
chr8 (1-283)||(13152540-13152831)
chr8 (87-283)||(9256161-9256356)
chr8 (1-208)||(28846435-28846650)
chr8 (1-208)||(27190593-27190800)
chr8 (1-208)||(14446647-14446861)
chr8 (33-150)||(24333586-24333708)
chr8 (119-208)||(23449066-23449148)
chr8 (1-60)||(9256359-9256418)
chr8 (346-396)||(9256044-9256098)
[»] chr1 (8 HSPs)
chr1 (36-283)||(14498635-14498889)
chr1 (1-208)||(30559151-30559366)
chr1 (92-283)||(52754029-52754222)
chr1 (58-206)||(48606823-48606971)
chr1 (58-208)||(9636936-9637086)
chr1 (58-179)||(30054708-30054829)
chr1 (165-208)||(30054660-30054703)
chr1 (1-60)||(52753963-52754025)
[»] chr7 (9 HSPs)
chr7 (1-230)||(43727788-43728025)
chr7 (1-208)||(9230215-9230430)
chr7 (58-150)||(25024455-25024547)
chr7 (35-150)||(5287940-5288060)
chr7 (58-140)||(24276438-24276521)
chr7 (144-200)||(5287719-5287775)
chr7 (33-208)||(23180066-23180251)
chr7 (144-208)||(25024226-25024290)
chr7 (248-283)||(26782377-26782412)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (1-208)||(31944432-31944645)
chr4 (93-208)||(24104677-24104793)
chr4 (76-149)||(51379514-51379587)
chr4 (162-208)||(17359270-17359316)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (33-203)||(12539393-12539568)
chr2 (58-177)||(34317678-34317797)
chr2 (173-207)||(34318088-34318122)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (3-207)||(27168943-27169155)
chr5 (58-208)||(8785597-8785747)
chr5 (1-203)||(3055300-3055511)
chr5 (144-208)||(11849702-11849766)
chr5 (31-150)||(11852587-11852711)
[»] chr3 (5 HSPs)
chr3 (1-208)||(3857022-3857237)
chr3 (58-184)||(51261817-51261943)
chr3 (124-208)||(55194863-55194947)
chr3 (128-203)||(9741407-9741480)
chr3 (33-127)||(15667868-15667967)
[»] scaffold0178 (1 HSPs)
scaffold0178 (1-208)||(17554-17769)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (33-208)||(12180706-12180886)
chr6 (79-235)||(11970747-11970903)
chr6 (93-207)||(25340298-25340408)
chr6 (142-208)||(8035704-8035770)
chr6 (78-150)||(8035479-8035551)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 291; Significance: 1e-163; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 291; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 395 - 720
Target Start/End: Complemental strand, 9255143 - 9254812
Alignment:
Q  395 catataagttcactttgtaatgatattttaaaaataattgcaacataatttgatttttattagacgtgaatgtaaaactaatttaactaattcatagtaa 494  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9255143 catataagttcactttgtaatgatattttaaaaataattgcaacataatttgatttttattagacgtgaatgtaaaactaatttaactaattcatagtaa 9255044  T
Q  495 cgatgaatatcccattttctcatctctaataccctcaattattttgaagtcattcatatttggtataagattgaaattgtaatacatgggtaggggtgct 594  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  9255043 cgatgaatatcccattttctcatctctaataccctcaattattttgaagtcattcatatttggtataagattgaaattgtaatacatgggta-gggtgct 9254945  T
Q  595 aagtacaagtacatgagtaa-------aaatgaaacaagaagggaccataaaataaaacactaagatcaatatcacgcggtgatggcatggcaatgacag 687  Q
    || |||||||||||||| ||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9254944 aactacaagtacatgagcaatacatccaaatgaaacaagaagggaccataaaataaaacactaagatcaatatcacgcggtgatggcatggcaatgacag 9254845  T
Q  688 gacataggtagttgcatttgcatgatatccatg 720  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9254844 gacataggtagttgcatttgcatgatatccatg 9254812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 283
Target Start/End: Original strand, 13152540 - 13152831
Alignment:
Q  1 tcattgaaccacacatcgttgatcatat---tcataattctttctcacgggcttataaga-----ttactagcttattgacatggcttgataacttgtgt 92  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| |   | | |||||||||||||||||||||||||     |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  13152540 tcattgaaccacacagcgttgatcatgttggtaacaattctttctcacgggcttataagattattttactagctttttgacatggcttgataactggtgt 13152639  T
Q  93 acttccaacttttgttcatgttggtaatagctttggtgcacccgctatcgttgaagatccacaaactaaaagttaaaatctgatttattatgccatgttg 192  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||| ||  ||||    
T  13152640 acttccaacttttgttgatgttggtaatagctttggtgcaccctctattattgaagatccacaaattagaagttaaaatctaatttattataccccgttg 13152739  T
Q  193 tagaagtgattgtaag-nnnnnnnatgtataaagtgattgtaagnnnnnnnnatgtatgaagtgattgttatcataaattaaatgagcaatg 283  Q
    ||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  13152740 tagaagtgattgtaagttttttttatgtataaagtgattgtaagttttttttatgtatgaagtgattgttaccataaattaaatgagcaatg 13152831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 128; E-Value: 9e-66
Query Start/End: Original strand, 87 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 9256356 - 9256161
Alignment:
Q  87 ttgtgtacttccaacttttgttcatgttggtaatagctttggtgcacccgctatcgttgaagatccacaaactaaaagttaaaatctgatttattatgcc 186  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  9256356 ttgtgtatttccaacttttgttgatgttggtaatagctttggtgcacccgctatcgttgaagatccacaaattaaaagttaaaatctgatttattatgcc 9256257  T
Q  187 atgttgtagaagtgattgtaagnnnnnnnatgtataaagtgattgtaagnnnnnnnnatgtatgaagtgattgttatcataaattaaatgagcaatg 283  Q
    |||||| |||||||||||||||       ||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  9256256 atgttgaagaagtgattgtaagtttttttatgtataaagtgattgtaagttatttttatgtatgaagtgattgtta-cataaattaaatgagcaatg 9256161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 98; E-Value: 7e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 28846650 - 28846435
Alignment:
Q  1 tcattgaaccacacatcgttgatcatattcataa---ttctttctcacgggcttataagatta-----ctagcttattgacatggcttgataacttgtgt 92  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||  |||   ||||||||||||| ||||||||||||     |||||||||||||| || |||  |||| ||      
T  28846650 tcattgaaccacacatcgttgatcttgttggtaacaattctttctcacggacttataagattattttactagcttattgacagggtttggcaactggtag 28846551  T
Q  93 acttccaacttttgttcatgttggtaatagctttggtgcacccgctatcgttgaagatccacaaactaaaagttaaaatctgatttattatgccatgttg 192  Q
    |||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  28846550 acttacaacttttgttgatgttggttatagctttggtgcacccgatattgttgaagatccacaaattagaagttaaaatctgatttattatgtcatgttg 28846451  T
Q  193 tagaagtgattgtaag 208  Q
    ||||| ||||||||||    
T  28846450 tagaaatgattgtaag 28846435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 81; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 1 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 27190800 - 27190593
Alignment:
Q  1 tcattgaaccacacatcgttgatcatattcataa---ttctttctcacgggcttataagatta-----ctagcttattgacatggcttgataacttgtgt 92  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||  |||   ||||||||| ||||||||||||||||     ||||||| |||||||||||||| |||| |||     
T  27190800 tcattgaaccacacatcgttgatcttgtttgtaacaattctttctcgcgggcttataagattattttactagcttgttgacatggcttgacaactggtgg 27190701  T
Q  93 acttccaacttttgttcatgttggtaatagctttggtgcacccgctatcgttgaagatccacaaactaaaagttaaaatctgatttattatgccatgttg 192  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||        ||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||||| |  ||||    
T  27190700 acttccaacttttgttgatgttggtaatagctttggtgcactcgct--------agatctacaaattagaagttaaaatcagatttattatgtccagttg 27190609  T
Q  193 tagaagtgattgtaag 208  Q
    ||||||||||||||||    
T  27190608 tagaagtgattgtaag 27190593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 80; E-Value: 4e-37
Query Start/End: Original strand, 1 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 14446861 - 14446647
Alignment:
Q  1 tcattgaaccacacatcgttgatcatat--tcataattctttctcacgggcttataagatta-----ctagcttattgacatggcttgataacttgtgta 93  Q
    ||||||||||||| |||||||||| | |  | | ||||||||||| | | ||||||||||||     |||||||||||||| | |||||  ||| ||| |    
T  14446861 tcattgaaccacaaatcgttgatcttgtggtaacaattctttctcgcagacttataagattattttactagcttattgacaggacttgactactggtgga 14446762  T
Q  94 cttccaacttttgttcatgttggtaatagctttggtgcacccgctatcgttgaagatccacaaactaaaagttaaaatctgatttattatgccatgttgt 193  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||  ||| ||||||  |||||||| || |||||||||||| ||||||||||  |||||||    
T  14446761 cttccaacttttgttgatgttggtaatagctttggtgtacccaatattgttgaaattccacaaattagaagttaaaatctaatttattatgttatgttgt 14446662  T
Q  194 agaagtgattgtaag 208  Q
    |||||||||||||||    
T  14446661 agaagtgattgtaag 14446647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 33 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 24333708 - 24333586
Alignment:
Q  33 aattctttctcacgggcttataagatta-----ctagcttattgacatggcttgataacttgtgtacttccaacttttgttcatgttggtaatagctttg 127  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||| | ||||| |||  ||| ||||||||||||| || ||||||||||||| ||||    
T  24333708 aattctttctcacgggcttataagattattttactagcttattgacaagacttgacaaccggtggacttccaacttttattgatgttggtaatagttttg 24333609  T
Q  128 gtgcacccgctatcgttgaagat 150  Q
    ||||||| ||||| || ||||||    
T  24333608 gtgcacctgctattgtcgaagat 24333586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 119 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 23449148 - 23449066
Alignment:
Q  119 atagctttggtgcacccgctatcgttgaagatccacaaactaaaagttaaaatctgatttattatgccatgttgtagaagtgattgtaag 208  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||       |||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  23449148 atagctttggtgcacccgctattgttaaagatccacaaa-------ttaaaatctgatttattatgccctgttgtaaaagtgattgtaag 23449066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 60
Target Start/End: Complemental strand, 9256418 - 9256359
Alignment:
Q  1 tcattgaaccacacatcgttgatcatattcataattctttctcacgggcttataagatta 60  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  9256418 tcattaaaccacacatcattgatcatattggtaattctttctcacgtgcttataagatta 9256359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 346 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 9256098 - 9256044
Alignment:
Q  346 gtttgggtgaatggtataatagttc----atagggataatattctagttaagtca 396  Q
    |||||||||||||||||||||||||    ||||||| ||||||||||||||||||    
T  9256098 gtttgggtgaatggtataatagttcatagatagggagaatattctagttaagtca 9256044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 135; Significance: 6e-70; HSPs: 8)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 6e-70
Query Start/End: Original strand, 36 - 283
Target Start/End: Complemental strand, 14498889 - 14498635
Alignment:
Q  36 tctttctcacgggcttataagatta-----ctagcttattgacatggcttgataacttgtgtacttccaacttttgttcatgttggtaatagctttggtg 130  Q
    ||||||||||| |||||||||||||     ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||     
T  14498889 tctttctcacgagcttataagattattttactagcttattgacatggcttgatgactggtgtacttccaacttttgttgatgttgataatagctttggta 14498790  T
Q  131 cacccgctatcgttgaagatccacaaactaaaagttaaaatctgatttattatgccatgttgtagaagtgattgtaag--nnnnnnnatgtataaagtga 228  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||         |||||||||||||    
T  14498789 cacccgctattgttgaagatccacaaattaaaagttaaaatctgattaattatgccctgttgtagaagtgattgtaagtttttttttatgtataaagtga 14498690  T
Q  229 ttgtaagnnnnnnnnatgtatgaagtgattgttatcataaattaaatgagcaatg 283  Q
    |||||||        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  14498689 ttgtaagttttttttatgtatgaagtgattgttaccataaattaaatgagcaatg 14498635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 5e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 208
Target Start/End: Original strand, 30559151 - 30559366
Alignment:
Q  1 tcattgaaccacacatcgttgatcatattcataa---ttctttctcacgggcttataaga-----ttactagcttattgacatggcttgataacttgtgt 92  Q
    |||| ||||||||||||||||||| | || ||||   ||||||||| || ||||||||||     |||||||||||||||||  |||||| |||  |||     
T  30559151 tcatagaaccacacatcgttgatcttgttgataacaattctttctcgcgagcttataagaatattttactagcttattgacaaagcttgacaaccggtgg 30559250  T
Q  93 acttccaacttttgttcatgttggtaatagctttggtgcacccgctatcgttgaagatccacaaactaaaagttaaaatctgatttattatgccatgttg 192  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  30559251 actttcaacttttgttgatgttggtaatagctttggtgcacccgctattgttgaagatccacaaattataagttaaaatctgatttattatgccctgttg 30559350  T
Q  193 tagaagtgattgtaag 208  Q
    ||||||||||||||||    
T  30559351 tagaagtgattgtaag 30559366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 92 - 283
Target Start/End: Original strand, 52754029 - 52754222
Alignment:
Q  92 tacttccaacttttgttcatgttggtaatagctttggtgcacccgctatcgttgaagatccacaaactaaaagttaaaatctgatttattatgccatgtt 191  Q
    ||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  52754029 tactttcaacttttgttaatgttgataatagctttggtgcacccgctattgttgaagatccacaaattagaagttaaaatctgattaattatgccatgtt 52754128  T
Q  192 gtagaagtgattgtaag---nnnnnnnatgtataaagtgattgtaagnnnnnnnnatgtatgaagtgattgttatcataaattaaatgagcaatg 283  Q
    |||||||||||||||||          ||||||||||||||||||||        | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  52754129 gtagaagtgattgtaagttttttttttatgtataaagtgattgtaagtttctttca-gtatgaagtgattgttaccataaattaaatgagcaatg 52754222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 93; E-Value: 7e-45
Query Start/End: Original strand, 58 - 206
Target Start/End: Original strand, 48606823 - 48606971
Alignment:
Q  58 ttactagcttattgacatggcttgataacttgtgtacttccaacttttgttcatgttggtaatagctttggtgcacccgctatcgttgaagatccacaaa 157  Q
    |||||||  |||||||| || ||||||||| ||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||    
T  48606823 ttactagaatattgacagggtttgataactagtggacttccaacttttgttgattttggtaatagctttggtgcacttgctattgttgaagatccacaaa 48606922  T
Q  158 ctaaaagttaaaatctgatttattatgccatgttgtagaagtgattgta 206  Q
     || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  48606923 ttagaagttaaaatctgatttattatgccatgttgtagaagggattgta 48606971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 87; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 58 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 9637086 - 9636936
Alignment:
Q  58 ttactagcttattgacatggcttgataacttgtgtacttccaacttttgttcatgttggtaatagctttggtgcacccgctatcgttgaagatccacaaa 157  Q
    |||||||||||||| || ||||| |||||  ||| |||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||    
T  9637086 ttactagcttattggcagggctttataaccggtggactttcaacttttgttgatgttagtaatggctttggtgcacccgctattgttgaagatccaaaaa 9636987  T
Q  158 ctaaaagttaaaatctgatttattatgccatgttgtagaagtgattgtaag 208  Q
     || |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  9636986 ttagaagttaaaatctgatttactatgccttgttgtagaagtgattgtaag 9636936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 58 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 30054829 - 30054708
Alignment:
Q  58 ttactagcttattgacatggcttgataacttgtgtacttccaacttttgttcatgttggtaatagctttggtgcacccgctatcgttgaagatccacaaa 157  Q
    ||||||||||||||  | ||||||| |||  ||| |||||||||||||||| ||||||||||| | |||  |||||||||||| |||||||||||| |||    
T  30054829 ttactagcttattggtagggcttgacaaccggtggacttccaacttttgttgatgttggtaatggttttaatgcacccgctattgttgaagatccataaa 30054730  T
Q  158 ctaaaagttaaaatctgattta 179  Q
     || || |||||||||||||||    
T  30054729 ttagaaattaaaatctgattta 30054708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 165 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 30054703 - 30054660
Alignment:
Q  165 ttaaaatctgatttattatgccatgttgtagaagtgattgtaag 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  30054703 ttaaaatctgatttattatgccatgttgtagaagtaattgtaag 30054660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 60
Target Start/End: Original strand, 52753963 - 52754025
Alignment:
Q  1 tcattgaaccacacatcgttgatcatat---tcataattctttctcacgggcttataagatta 60  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |   | ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  52753963 tcattgaaccacacatcgttgatcatgttggtaataattctttctcacaggcttataagatta 52754025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 123; Significance: 8e-63; HSPs: 9)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 8e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 43728025 - 43727788
Alignment:
Q  1 tcattgaaccacacatcgttgatcatat---tcataattctttctcacgggcttataaga-----ttactagcttattgacatggcttgataacttgtgt 92  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |   | | ||||||||||||  |||||||||||     |||||||||||||||||||  ||||||||| ||||    
T  43728025 tcattgaaccacacatcgttgatcatgttggtaacaattctttctcataggcttataagattattttactagcttattgacatgagttgataactggtgt 43727926  T
Q  93 acttccaacttttgttcatgttggtaatagctttggtgcacccgctatcgttgaagatccacaaactaaaagttaaaatctgatttattatgccatgttg 192  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || || |||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  43727925 acttccaacttttgttgatgttggtaatagctttggtgcacccgctattgttgaagatccacgaattagaagttaaagtctgatttattatgccttgttg 43727826  T
Q  193 tagaagtgattgtaagnnnnnnnatgtataaagtgatt 230  Q
    ||||||||||||||||       |||||||||||||||    
T  43727825 tagaagtgattgtaagtttttctatgtataaagtgatt 43727788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 9230430 - 9230215
Alignment:
Q  1 tcattgaaccacacatcgttgatcatattcataa---ttctttctcacgggcttataagatta-----ctagcttattgacatggcttgataacttgtgt 92  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||  |||   || ||||| |||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  9230430 tcattgaaccacacatcgttgaccatgttggtaacaattttttctaacgggcttataagattattttactagcttattgacatggcttgataactgatgt 9230331  T
Q  93 acttccaacttttgttcatgttggtaatagctttggtgcacccgctatcgttgaagatccacaaactaaaagttaaaatctgatttattatgccatgttg 192  Q
    | |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||  | | |||||||||||||| |||||| |||||||    
T  9230330 atttccaacttttgttgatgttgataatagctttggtgcacccgctattgttgaatatcgacaaataagatgttaaaatctgattaattatgtcatgttg 9230231  T
Q  193 tagaagtgattgtaag 208  Q
    ||||||||||||||||    
T  9230230 tagaagtgattgtaag 9230215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 58 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 25024547 - 25024455
Alignment:
Q  58 ttactagcttattgacatggcttgataacttgtgtacttccaacttttgttcatgttggtaatagctttggtgcacccgctatcgttgaagat 150  Q
    ||||||||||||| |||||| |||| || | ||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  25024547 ttactagcttattaacatggattgacaattggtggacttccaacttttgttgatgctggtaatagctttggtgcatccgctattgttgaagat 25024455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 35 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 5288060 - 5287940
Alignment:
Q  35 ttctttctcacgggcttataaga-----ttactagcttattgacatggcttgataacttgtgtacttccaacttttgttcatgttggtaatagctttggt 129  Q
    |||||||||||| |||| |||||     ||||||||||||||||| |  |||| |||  ||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  5288060 ttctttctcacgagcttgtaagattattttactagcttattgacaggatttgacaaccggtggacttccaacttttgttgatgatggtaatagctttggt 5287961  T
Q  130 gcacccgctatcgttgaagat 150  Q
     ||||||||||  ||||||||    
T  5287960 acacccgctatttttgaagat 5287940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 58 - 140
Target Start/End: Original strand, 24276438 - 24276521
Alignment:
Q  58 ttactagcttattgacatgg-cttgataacttgtgtacttccaacttttgttcatgttggtaatagctttggtgcacccgctat 140  Q
    ||||||||||||||| |  | ||||| |||| ||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  24276438 ttactagcttattgatagagtcttgacaactggtggacttccaacttttgttgatgttggttatagctttggtgcacccgctat 24276521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 144 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 5287775 - 5287719
Alignment:
Q  144 tgaagatccacaaactaaaagttaaaatctgatttattatgccatgttgtagaagtg 200  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||    
T  5287775 tgaagatccacaaattagaagttaaaatctgatttattatgtcttgttgtagaagtg 5287719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 33 - 208
Target Start/End: Original strand, 23180066 - 23180251
Alignment:
Q  33 aattctttctcacgggcttataagatta-----ctagcttattgacatggcttgataacttgtg---tacttccaacttttgttcatgttggtaatagct 124  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||||     ||||||||||| ||  ||||||||||  |||   ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  23180066 aattatttctcacgagcttataagattattttactagcttattggcaaagcttgataacccgtggagtacttccaacttttgttgatgttggtaatagct 23180165  T
Q  125 ttggtgcacccgctatcgt--tgaagatccacaaactaaaagttaaaatctgatttattatgccatgttgtagaagtgattgtaag 208  Q
    ||     ||||  | |  |  || ||||||||||| ||||| ||||| ||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  23180166 ttaagatacccattttgttattgtagatccacaaattaaaaattaaattctaatttattatgctctgttgtagaagtgattgtaag 23180251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 144 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 25024290 - 25024226
Alignment:
Q  144 tgaagatccacaaactaaaagttaaaatctgatttattatgccatgttgtagaagtgattgtaag 208  Q
    |||||||| ||||| || || ||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  25024290 tgaagatctacaaattagaatttaaaatttgatttatcatgccttgttgtagaagtgattgtaag 25024226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 248 - 283
Target Start/End: Original strand, 26782377 - 26782412
Alignment:
Q  248 atgaagtgattgttatcataaattaaatgagcaatg 283  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  26782377 atgaagtgattgttaccataaattaaatgagcaatg 26782412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 111; Significance: 1e-55; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 31944645 - 31944432
Alignment:
Q  1 tcattgaaccacacatcgttgatcatattcataa---ttctttctcacgggcttataagatta-----ctagcttattgacatggcttgataacttgtgt 92  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||  |||   |||||||||||| |||||||||||||     ||||||||||| || |||||||||||| |||     
T  31944645 tcattgaaccacacatcgttgatcttgttggtaacaattctttctcacgagcttataagattattttactagcttattggcagggcttgataactggtgg 31944546  T
Q  93 acttccaacttttgttcatgttggtaatagctttggtgcacccgctatcgttgaagatccacaaactaaaagttaaaatctgatttattatgccatgttg 192  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  31944545 acttccaacttttgttaatgttggtaatagctttcatgcacccgctattgttgaagatccacaaattagaagttaaaatctgatttattatgcca--ttg 31944448  T
Q  193 tagaagtgattgtaag 208  Q
    ||||||||||||||||    
T  31944447 tagaagtgattgtaag 31944432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 73; E-Value: 6e-33
Query Start/End: Original strand, 93 - 208
Target Start/End: Original strand, 24104677 - 24104793
Alignment:
Q  93 acttccaacttttgttcatgttggtaatagctttggtgcaccc-gctatcgttgaagatccacaaactaaaagttaaaatctgatttattatgccatgtt 191  Q
    |||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24104677 actttcaacttttgttgatgttggtgatagctttggtgcaccctgctatcgttgcatatccacaaattagaagttaaaatctgatttattatgccatgtt 24104776  T
Q  192 gtagaagtgattgtaag 208  Q
    |||||| | ||||||||    
T  24104777 gtagaaataattgtaag 24104793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 76 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 51379587 - 51379514
Alignment:
Q  76 ggcttgataacttgtgtacttccaacttttgttcatgttggtaatagctttggtgcacccgctatcgttgaaga 149  Q
    ||||||| |||  ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  51379587 ggcttgacaaccggtggacttccaacttttgttgatgttggtaatagctttggtgcacctgctattgttgaaga 51379514  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000005
Query Start/End: Original strand, 162 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 17359316 - 17359270
Alignment:
Q  162 aagttaaaatctgatttattatgccatgttgtagaagtgattgtaag 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  17359316 aagttaaaatctgatttattatgccctgttgtagaagtgattgtaag 17359270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 104; Significance: 2e-51; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 33 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 12539568 - 12539393
Alignment:
Q  33 aattctttctcacgggcttataagatt-----actagcttattgacatggcttgataacttgtgtacttccaacttttgttcatgttggtaatagctttg 127  Q
    |||||||||||||||||||||||||||     |||||||||||| || |||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  12539568 aattctttctcacgggcttataagattcttttactagcttattggcaaggcttgataactggtggacttccaacttttgttgatgttggtaatagctttg 12539469  T
Q  128 gtgcacccgctatcgttgaagatccacaaactaaaagttaaaatctgatttattatgccatgttgtagaagtgatt 203  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||| ||| || ||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  12539468 gtgcacccgctattgttaaagatccaaaaattagaagataaaatctgatttattatgccgtgttgtataagtgatt 12539393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 84; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 58 - 177
Target Start/End: Original strand, 34317678 - 34317797
Alignment:
Q  58 ttactagcttattgacatggcttgataacttgtgtacttccaacttttgttcatgttggtaatagctttggtgcacccgctatcgttgaagatccacaaa 157  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||    
T  34317678 ttactagcttattgacaaagcttgataactggtggacttccaacttttgttgatgttggtaatagctttggttcacccgctattgttgaagatccacaaa 34317777  T
Q  158 ctaaaagttaaaatctgatt 177  Q
     || ||||||||||||||||    
T  34317778 ttagaagttaaaatctgatt 34317797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000007
Query Start/End: Original strand, 173 - 207
Target Start/End: Original strand, 34318088 - 34318122
Alignment:
Q  173 tgatttattatgccatgttgtagaagtgattgtaa 207  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  34318088 tgatttattatgccctgttgtagaagtgattgtaa 34318122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 103; Significance: 7e-51; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 7e-51
Query Start/End: Original strand, 3 - 207
Target Start/End: Original strand, 27168943 - 27169155
Alignment:
Q  3 attgaaccacacatcgttgatcatattcataa---ttctttctcacgggcttataagatta-----ctagcttattgacatggcttgataacttgtgtac 94  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||  |||   || ||||||| |||||||||||||||     |||||||||||||| | |||||||||| ||| ||    
T  27168943 attgaaccacacatcgttgatcttgtttgtaacaattatttctcatgggcttataagattattttactagcttattgacaagacttgataactggtggac 27169042  T
Q  95 ttccaacttttgttcatgttggtaatagctttggtgcacccgctatcgttgaagatccacaaactaaaagttaaaatctgatttattatgccatgttgta 194  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  27169043 ttccatcttttgttgatgttggtaatagctttggtacacccgctattattgaagattcacaaattagaagttaaaatctgatttattatgccctgttgta 27169142  T
Q  195 gaagtgattgtaa 207  Q
    |||||||||||||    
T  27169143 gaagtgattgtaa 27169155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 58 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 8785747 - 8785597
Alignment:
Q  58 ttactagcttattgacatggcttgataacttgtgtacttccaacttttgttcatgttggtaatagctttggtgcacccgctatcgttgaagatccacaaa 157  Q
    ||||||||||||| ||  || ||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  8785747 ttactagcttattaacggggtttgataactagtggacttccaacttttgttgatgttggtaatagctttggtgcacccgctattgttgaagatccacaaa 8785648  T
Q  158 ctaaaagttaaaatctgatttattatgccatgttgtagaagtgattgtaag 208  Q
     || ||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  8785647 ttagaagtttaaatctgatttattatgacatgctgtagaagtgattgtaag 8785597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 98; E-Value: 7e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 3055511 - 3055300
Alignment:
Q  1 tcattgaaccacacatcgttgatcatat---tcataattctttctcacgggcttataaga-----ttactagcttattgacatggcttgataacttgtgt 92  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |   | | |||||||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||||||||| || |    
T  3055511 tcattgaaccacacatcgttgatcatgttggtaacaattctttctcacgggcttataagattattttactagcttattgacatggcttgataactggttt 3055412  T
Q  93 acttccaac-ttttgttcatgttggtaatagctttggtgcacccgctatcgttgaagatccacaaactaaaagttaaaatctgatttattatgccatgtt 191  Q
    ||||| | |  |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| || |||||||||||| ||| |||||| ||| ||    
T  3055411 acttctaccaatttgttgatgttgataatagctttggtgcacccgctattgttgaagatccataaattagaagttaaaatctcattaattatgtcatatt 3055312  T
Q  192 gtagaagtgatt 203  Q
    ||||||||||||    
T  3055311 gtagaagtgatt 3055300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 144 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 11849766 - 11849702
Alignment:
Q  144 tgaagatccacaaactaaaagttaaaatctgatttattatgccatgttgtagaagtgattgtaag 208  Q
    |||||| ||||||| || |||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  11849766 tgaagacccacaaattagaagttaaaatttgagttattatgccctgttgtagaagtgattgtaag 11849702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 31 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 11852711 - 11852587
Alignment:
Q  31 ataattctttctcacgggcttataagatta-----ctagcttattgacatggcttgataacttgtgtacttccaacttttgttcatgttggtaatagctt 125  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||     |||||||||||||| | ||||| ||||  || | ||   ||||||||| ||||| ||||||| ||    
T  11852711 ataattctttctcacggacttataagattattttactagcttattgacaggacttgacaactgatggatttttcacttttgttgatgttagtaatagttt 11852612  T
Q  126 tggtgcacccgctatcgttgaagat 150  Q
    |||||||||| |||| |||||||||    
T  11852611 tggtgcacccactattgttgaagat 11852587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 102; Significance: 3e-50; HSPs: 5)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 208
Target Start/End: Original strand, 3857022 - 3857237
Alignment:
Q  1 tcattgaaccacacatcgttgatc---atattcataattctttctcacgggcttataagatta-----ctagcttattgacatggcttgataacttgtgt 92  Q
    ||||| ||||||||||||||||||   ||  | | |||| |||||||||||||||||||||||     |||||||||||||| |||||||||||| |||     
T  3857022 tcatttaaccacacatcgttgatcttgatggtaacaattatttctcacgggcttataagattattttactagcttattgacagggcttgataactggtgg 3857121  T
Q  93 acttccaacttttgttcatgttggtaatagctttggtgcacccgctatcgttgaagatccacaaactaaaagttaaaatctgatttattatgccatgttg 192  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||| || |||||||||| |||||||||||| | | |||    
T  3857122 acttccaacttttgttgatgttcgtaatagctttggtgcacctgctattgttgaagatccaaaaattagaagttaaaatttgatttattatgtcttattg 3857221  T
Q  193 tagaagtgattgtaag 208  Q
    ||||||||||||||||    
T  3857222 tagaagtgattgtaag 3857237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 58 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 51261943 - 51261817
Alignment:
Q  58 ttactagcttattgacatggcttgataacttgtgtacttccaacttttgttcatgttggtaatagctttggtgcacccgctatcgttgaagatccacaaa 157  Q
    ||||||||||||||||| || |||| |||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  51261943 ttactagcttattgacagggtttgacaactggtggacttccaacttttgttgatgttggtaatagctttgatgcacctgctattgttgaagatccacaaa 51261844  T
Q  158 ctaaaagttaaaatctgatttattatg 184  Q
     || ||||||| |||||||||||||||    
T  51261843 ttagaagttaagatctgatttattatg 51261817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 124 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 55194947 - 55194863
Alignment:
Q  124 tttggtgcacccgctatcgttgaagatccacaaactaaaagttaaaatctgatttattatgccatgttgtagaagtgattgtaag 208  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  55194947 tttggtgcacccgctattgttgaagatccacaaattagaagttaaaatctgatttattatgccctgttgtagaagtgattgtaag 55194863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 128 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 9741480 - 9741407
Alignment:
Q  128 gtgcacccgctatcgttgaagatccacaaactaaaagttaaaatctgatttattatgccatgttgtagaagtgatt 203  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||    
T  9741480 gtgcacccgctattgttgaagatccacaaa-ttaaagttaaaatctgatttatta-gccctggtgtagaagtgatt 9741407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 33 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 15667967 - 15667868
Alignment:
Q  33 aattctttctcacgggcttataagatta-----ctagcttattgacatggcttgataacttgtgtacttccaacttttgttcatgttggtaatagctttg 127  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||||     || ||||||||| | |||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  15667967 aattctttctcatgggtttataagattattttacttgcttattgatagggcttgataactagtggacttccaacttttgttgatgttggtaataggtttg 15667868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0178 (Bit Score: 94; Significance: 2e-45; HSPs: 1)
Name: scaffold0178
Description:

Target: scaffold0178; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 17769 - 17554
Alignment:
Q  1 tcattgaaccacacatcgttgatcatattcataa---ttctttctcacgggcttataagatta-----ctagcttattgacatggcttgataacttgtgt 92  Q
    |||||||||||||||||||||||| | || ||||   || ||||| | | |||||||||||||     ||||||||||||||  | ||||||||| |||     
T  17769 tcattgaaccacacatcgttgatcttgttgataacaattatttctaatgagcttataagattattttactagcttattgacagagattgataactggtgg 17670  T
Q  93 acttccaacttttgttcatgttggtaatagctttggtgcacccgctatcgttgaagatccacaaactaaaagttaaaatctgatttattatgccatgttg 192  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| || | |||||||||||||||| || ||| ||||||| ||||||||| |||||||||    
T  17669 acttccaacttttgttgatgttggtaatagttttggtgcacccacttttgttgaagatccacaaattagaagctaaaatcggatttattacgccatgttg 17570  T
Q  193 tagaagtgattgtaag 208  Q
    ||||||||||||||||    
T  17569 tagaagtgattgtaag 17554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 85; Significance: 4e-40; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 33 - 208
Target Start/End: Original strand, 12180706 - 12180886
Alignment:
Q  33 aattctttctcacgggcttataagattact-----agcttattgacatggcttgataacttgtgtacttccaacttttgttcatgttggtaatagctttg 127  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| |     |||||||||||| ||||||||||||  || |||| ||||||||||| ||||| |||||| |||||    
T  12180706 aattttttctcacgggcttataagattattttaccagcttattgacagggcttgataactgatggactttcaacttttgttgatgtttgtaataactttg 12180805  T
Q  128 gtgcacccgctatcgttgaagatccacaaactaaaagttaaaatctgatttattatgccatgttgtagaagtgattgtaag 208  Q
    | ||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||  || ||||||| ||||||||||    
T  12180806 gcgcacccgctattgttgaagatccacaaattagaagttaaaatctgattcattatgctttgatgtagaaatgattgtaag 12180886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 79 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 11970903 - 11970747
Alignment:
Q  79 ttgataacttgtgtacttccaacttttgttcatgttggtaatagctttggtgcacccgctatcgttgaagatccacaaactaaaagttaaaatctgattt 178  Q
    |||| |||| ||| |||||  ||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||| | ||| || || ||||||| ||||||    
T  11970903 ttgacaactagtggacttcatacttttgctgatgttggtaatagctttgctgcacccgctatttttgaagatctagaaattagaaattaaaatttgattt 11970804  T
Q  179 attatgccatgttgtagaagtgattgtaagnnnnnnnatgtataaagtgattgtaag 235  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||       |||||| |||||||||||||    
T  11970803 attatgccctgttgtagaagtgattgtaagtttttttatgtatgaagtgattgtaag 11970747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 93 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 25340408 - 25340298
Alignment:
Q  93 acttccaacttttgttcatgttggtaatagctttggtgcacccgctatcgttgaagatccacaaactaaaagttaaaatctgatttattatgccatgttg 192  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||    | ||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  25340408 actttcaacttttgttgatgttggtaataactttggtgaaccc----ttgttgaagatccacgaattagaagttaaaatctgatttattatgcgttgttg 25340313  T
Q  193 tagaagtgattgtaa 207  Q
    |||||||||||||||    
T  25340312 tagaagtgattgtaa 25340298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 51; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 142 - 208
Target Start/End: Original strand, 8035704 - 8035770
Alignment:
Q  142 gttgaagatccacaaactaaaagttaaaatctgatttattatgccatgttgtagaagtgattgtaag 208  Q
    |||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  8035704 gttgaagatccacaaattagaagttaaaatatgatttattatgccctgttgtagaagtgattgtaag 8035770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 78 - 150
Target Start/End: Original strand, 8035479 - 8035551
Alignment:
Q  78 cttgataacttgtgtacttccaacttttgttcatgttggtaatagctttggtgcacccgctatcgttgaagat 150  Q
    ||||| |||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||    
T  8035479 cttgacaactcgtggacttccaacttttgttgatgttggtaatagctttggtgcacctgctactgttgaagat 8035551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University