View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20114_high_3 (Length: 714)

Name: NF20114_high_3
Description: NF20114
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20114_high_3
NF20114_high_3
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (19-704)||(6967250-6967936)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 633; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 633; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 704
Target Start/End: Complemental strand, 6967936 - 6967250
Alignment:
Q  19 tgtctttcatccatctttagaactaaagactttctcacatattcaccttggagtttctttgcttggttggttgatttagatgttaagtagttttcaatgt 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6967936 tgtctttcatccatctttagaactaaagactttctcacatattcaccttggagtttctttgcttggttggttgatttagatgttaagtagttttcaatgt 6967837  T
Q  119 ataagaaagcttcattggttctcatataatcaccaatgttctcaaagaatctaacctcaacaaaagggtaacaaaagttggctaatttctctgagaattt 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6967836 ataagaaagcttcattggttctcatataatcaccaatgttctcaaagaatctaacctcaacaaaagggtaacaaaagttggctaatttctctgagaattt 6967737  T
Q  219 ctcaatgagtgcatgaacttgatgaggacaataactttgaatcatagcccaaataaacattaggcttgcaacctttgaacctatcagaccccaaatttca 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6967736 ctcaatgagtgcatgaacttgatgaggacaataactttgaatcatagcccaaataaacattaggcttgcaacctttgaacctatcagaccccaaatttca 6967637  T
Q  319 aacatgnnnnnnnnnnctcttctactttgtactactttgtttctttgtttaaactctattggtcttgtgtatacatataggctaggaacatttgtttctc 418  Q
    ||||||          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6967636 aacatgttttttttttctcttctactttgtactactttgtttctttgtttaaactctattggtcttgtgtatacatataggctaggaacatttgtttctc 6967537  T
Q  419 atgtgtttgttacgtataaggacaaaatatgattatgagatgttgatagttgatcttgattcttgaatcagaattgcatgtctttttcatagtacactgt 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  6967536 atgtgtttgttacgtataaggacaaaatatgatcatgagatgttgatagttgatcttgattcttgaatcagacttgcatgtctttttcatagtacactgt 6967437  T
Q  519 ttcagaaacaggttggacttttgaccacatgcaaaagacaacatagccacagttgcttgcttgtcacactacttgtattgtcatgtaatgtggtgaccat 618  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6967436 tccagaaacaggttggacttttgaccacatgcaaaagacaacatagccacagttgcttgcttgtcacactacttgtattgtcatgtaatgtggtgaccat 6967337  T
Q  619 gagtttagttaagtttgtagaattcatttaaactgaattagaacaaattaatgactattt-cataaattatagtgcccaaatctgtg 704  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  6967336 gagtttagttaagtttgtagaattcatttaaactgatttagaacaaattaatgactatttccataaattatagtgcccaaatctgtg 6967250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University