View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF20114_low_3 (Length: 734)
Name: NF20114_low_3
Description: NF20114
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF20114_low_3 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 621; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 621; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 717
Target Start/End: Original strand, 42474471 - 42475177
Alignment:
| Q |
1 |
tatcccactaaacagtgtcttgacttggtagaaccaaatgcttttgagaacttatggattgaaccaccaaaagactttgctggttggacgtnnnnnnnnt |
100 |
Q |
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|||||||| || ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |
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| T |
42474471 |
tatcccaccaagcagtgtcgtgacctggtagaaccaaatgcttttgagaacttatggattgaaccaccaaaagactttgc---------gtaaaaaaaat |
42474561 |
T |
|
| Q |
101 |
tagcagagcaagttagcatttatataatcagttttgtgtagagcatttcttttatgtcattgaagctttagactacatacaagttagtccatgatgcact |
200 |
Q |
| |
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| T |
42474562 |
tagcagagcaagtaagcatttatataatcagttttgtgtagagcatttcttt-atgtcattgaagctttagactacatacaagttattccatgatgcact |
42474660 |
T |
|
| Q |
201 |
tatggagcatttttgtacatcatttctttttgtcattgaagcttttgagcattatcggatacatgcttttgtaggctgtaaacatttacggagctactgg |
300 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
42474661 |
tatggagcatttttgtacatcatttctttttgtcattgaagcttttgagcattatcggatacatgcttttgtaggctgtaaacatttacggagctactgg |
42474760 |
T |
|
| Q |
301 |
tctatgctttacttgtgattttatatatacatgttcaattttttcctagattttcttagtcttttcttagctacgtgcaaattattccatgatgcatgca |
400 |
Q |
| |
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|
| T |
42474761 |
tctatgctttacttgtgattttatatatacatgttcaattttttcctagattttcttagtcttttcttagctacgtgcaaattattccatgatgcatgca |
42474860 |
T |
|
| Q |
401 |
atcttattcttgttgagtcatatgcaactcttggtttttccaatggttacatgtgctttagtatgtactgactactgagtacagttgaatgttcatttct |
500 |
Q |
| |
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| T |
42474861 |
atcttattcttgttgagtcatatgcaactcttggtttttccaatggttacatgtgctttagtatgtactggctactgagtacagttgaatgttcatttct |
42474960 |
T |
|
| Q |
501 |
gacagagtacaacttacctatggaatattacaagtgcatcattacagtcaaatattcatcatccttagttttggaaatgaaaaatggtcaaagttagagg |
600 |
Q |
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| T |
42474961 |
gacagagtacaacttacctatggaatattacaagtgcatcattacagtcaaatattcatcatccttagttttggaaatgaaaaatggtcaaagttagagg |
42475060 |
T |
|
| Q |
601 |
ttaaacttgaactacgaatatttgggtgcgtgcatgtatttatttaaacgtaatacacgagtcatattaaatgagggcactagtttgttgtgagaatggg |
700 |
Q |
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| T |
42475061 |
ttaaacttgaactacgaatatttgggtgcgtgcatgtatttatttaaacgtaatacacgagtcatattaaatgagggcacttgtttgttgtgagaatggg |
42475160 |
T |
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| Q |
701 |
tgaagtgaccatcatag |
717 |
Q |
| |
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| T |
42475161 |
tgaagtgaccatcatag |
42475177 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 1 - 463
Target Start/End: Original strand, 42467809 - 42468254
Alignment:
| Q |
1 |
tatcccactaaacagtgtcttgacttggtagaaccaaatgcttttgagaacttatggattgaaccaccaaaagactttgctggttggacgtnnnnnnnnt |
100 |
Q |
| |
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|
| T |
42467809 |
tatcccactaaacagtgtcttgacttg-tagaaccaaatgcttttgagaacttatg-attgaaccaccaaaagactttgctggctggatgtaaaaaaaat |
42467906 |
T |
|
| Q |
101 |
tagcagagcaagtta-gcatttatataatcagttttgtgtagagcatttcttttatgtcatt-gaagctttagactacatacaagttagtccatgatgca |
198 |
Q |
| |
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|||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |
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|
| T |
42467907 |
tagcggagcaagtaaagcatttatataatcagttttgtgtaga-catttcttt---gtcatttgaagctttagactacatacaagttattccatgataca |
42468002 |
T |
|
| Q |
199 |
cttatggagcatttttgtacatcatttctttttgtcattgaagcttttgagcattatcggatacatgcttttgtaggctgtaaacatttacggagctact |
298 |
Q |
| |
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||||| |||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
42468003 |
cttatagagcattt-------------cattttgtcattgaagctttcgagcattataggatatattcttttgtaggctgtaaacatttatggagctact |
42468089 |
T |
|
| Q |
299 |
ggtctatgctttacttgtgattttatatatacatgttcaattttttcctagattttcttagtcttttcttagctacgtgcaaattattccatgatgcatg |
398 |
Q |
| |
|
|||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42468090 |
ggtctatgcttttcttgtgattttatttataaatgttcaattttttcatagattttcttagtcttttcttagctgcgtgcaaattattccatgatgcatg |
42468189 |
T |
|
| Q |
399 |
caatcttattcttgttgagtcatatgcaactctt--ggtttttccaatggttacatgtgctttagta |
463 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42468190 |
caatcttattcttgttgagtc--atgcaaatcttaaggtttttccaatggttacatgtgctttagta |
42468254 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 257 - 717
Target Start/End: Original strand, 42480200 - 42480678
Alignment:
| Q |
257 |
ggatacatgcttttgtaggctgtaaacatttacggagctactggtctatgctttacttgtgattttatatatacatgttcaatttt-----ttcctagat |
351 |
Q |
| |
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||||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||| |||| || ||||||||||||| ||| |||||| || |
|
|
| T |
42480200 |
ggatacatgctttattaggctataaacatttatggagctattggtttatgctttacttgttatttgatttatacatgttcaaatttaatttttcctaaat |
42480299 |
T |
|
| Q |
352 |
tttcttagtctt-ttcttagctacgtgcaaattattccatgatgcatgcaatcttattcttgttgagtcatatgcaactctt--ggtttttccaatggtt |
448 |
Q |
| |
|
|||| ||||||| || |||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||| |||||||||| |
|
|
| T |
42480300 |
tttcctagtcttattgttagctacaaacaaactatcccatgatgcatgcaatcttattcttgttgagttatatgcaaatcttaaggtttctccaatggtt |
42480399 |
T |
|
| Q |
449 |
acatgtgctttagta----------tgtactgactactgagtacagttgaatgttcatttctgacagagtacaacttacctatggaatattacaagtgca |
538 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||| || | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||| |
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|
| T |
42480400 |
acatgtgcattagtagcatctccattgctgttggtactgagtacagttgaatgtgcatttctgacagagtacaattttgctatggaatattaaaagtgca |
42480499 |
T |
|
| Q |
539 |
tcattacagtcaaatattcatcatccttagttttggaaatgaaaaatggtcaaagttagaggttaaacttgaactac-gaatatttgggtgcgtgcatgt |
637 |
Q |
| |
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||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| | ||| ||| |||||| ||| | |
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| T |
42480500 |
tcattacagtcaaatgttcatgatccttagttttggaaatgaaaaatggtcagagttagaggttaaacttaaactacagtata-ttgtgtgcgttcatat |
42480598 |
T |
|
| Q |
638 |
atttatttaaacgtaatacacgagtcatattaaatgagggcactagtttgttgtgagaatgggtgaagtgaccatcatag |
717 |
Q |
| |
|
||||||||| || | |||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
42480599 |
atttatttacacatgatacactagtcatattaaacgagagcactagtttgttgtgaaaattggtgaagtgaccatcatag |
42480678 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 13 - 88
Target Start/End: Original strand, 42480018 - 42480093
Alignment:
| Q |
13 |
cagtgtcttgacttggtagaaccaaatgcttttgagaacttatggattgaaccaccaaaagactttgctggttgga |
88 |
Q |
| |
|
||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| |||| |
|
|
| T |
42480018 |
cagtgtcgtgacaaggtagaaccaaatacttttgagaacttctggattgaaccaccaaaagactttactggctgga |
42480093 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 100 - 179
Target Start/End: Original strand, 42480111 - 42480188
Alignment:
| Q |
100 |
ttagcagagcaagttagcatttatataatcagttttgtgtagagcatttcttttatgtcattgaagctttagactacata |
179 |
Q |
| |
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||||| |||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||| || ||| ||||||| |||||||||| |
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|
| T |
42480111 |
ttagcggagcaagtaagcatttgca-aatcagttttgtgtagagcatttatttt-tggcatcgaagcttgagactacata |
42480188 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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