View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20116_high_1 (Length: 754)

Name: NF20116_high_1
Description: NF20116
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20116_high_1
NF20116_high_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (13-735)||(9790916-9791638)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 691; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 691; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 735
Target Start/End: Complemental strand, 9791638 - 9790916
Alignment:
Q  13 gattatacttttgggattttgatgaagggactttgtttaacgaataggattggtgaaggttttaagcttttgcagcttattaagaataacggggttacac 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9791638 gattatacttttgggattttgatgaagggactttgtttaacgaataggattggtgaaggttttaagcttttgcagcttattaagaataacggggttacac 9791539  T
Q  113 ccaatactgttatttataatactttgcttcatgcactttgtaggaatggaaaaattggtagggctaggagcttgatgaatgagatggtggacccgaatga 212  Q
    | |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9791538 caaatactgttatttacaatactttgcttcatgcactttgtaggaatggaaaagttggtagggctaggagcttgatgaatgagatggtggacccgaatga 9791439  T
Q  213 ggttacgtttaatattttgatatcttcttattgtaaggaagagaatttagtccaagctcttgttttgcttgagaagtgttttgcattgagtcttgtacct 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  9791438 ggttacgtttaatattttgatatcttcttattataaggaagagaatttagtccaagctcttgttttgcttgagaagtgctttgcattgagtcttgtacct 9791339  T
Q  313 gatgttgttaccgtgactaaggtggttgagattctatgcaatgctggccgtgtaacggaggctaccgaggtgcttgagagagttgagagcttggggggtt 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9791338 gatgttgttaccgtgactaaggtggttgagattctatgcaatgctggccgtgtaacggaggctgccgaggtgcttgagagagttgagagcttggggggtt 9791239  T
Q  413 cacttgatgctgtggcttacaatacattgataaaggggttttgtggagtgggaaaagtgaaagttggacttcatttcctgaagcagatggagaataaagg 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9791238 cacttgatgctgtggcttacaatacattgataaaggggttttgtggagtgggaaaagtgaaagttggacttcatttcctgaagcagatggagaataaagg 9791139  T
Q  513 ctatcttccaaatgtggatacttataatatattaatatatgggttttgtgagtctagaatgttggatttggctcttgatctttttaatgatatgaagaca 612  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9791138 ctatcttccaaatgtggatacttataatatattaatatatgggttttgtgagtctagaatgttggatttggctcttgatctttttaatgatatgaagaca 9791039  T
Q  613 gatgggatcaaccggaactttgttactttcgacgcaatgattagaggtttgtgttcagaaggaagaattgaagatggtttttcgattttagagttaatgg 712  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9791038 gatgggatcaaccggaactttgttactttcgacacgatgattagaggtttgtgttcagaaggaagaattgaagatggtttttcgattttagagttaatgg 9790939  T
Q  713 aggaaaccaaggaaggctctaaa 735  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  9790938 aggaaaccaaggaaggctctaaa 9790916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University