View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20118_low_6 (Length: 510)

Name: NF20118_low_6
Description: NF20118
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20118_low_6
NF20118_low_6
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (20-503)||(48912280-48912763)
chr4 (52-498)||(48957910-48958356)
chr4 (52-498)||(48965095-48965538)
chr4 (53-288)||(48961267-48961504)
chr4 (173-320)||(48974062-48974209)
chr4 (219-322)||(48951185-48951288)
chr4 (399-489)||(48967233-48967323)
chr4 (183-275)||(33396687-33396779)
[»] scaffold0536 (3 HSPs)
scaffold0536 (52-498)||(6478-6924)
scaffold0536 (20-498)||(10428-10906)
scaffold0536 (173-322)||(1541-1690)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (53-489)||(13448138-13448571)
chr2 (59-489)||(13439975-13440402)
chr2 (53-496)||(13454602-13455042)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (53-492)||(3417498-3417934)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (56-324)||(12590140-12590411)
chr6 (134-324)||(12483516-12483706)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (52-498)||(12540451-12540894)
chr5 (53-492)||(28385106-28385542)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (52-324)||(12641448-12641720)
chr8 (375-474)||(12641771-12641870)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 472; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 472; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 503
Target Start/End: Original strand, 48912280 - 48912763
Alignment:
Q  20 gttcctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattatcggaaagaagaaggcta 119  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48912280 gttcctgaaaagaaacggacggagaatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattatcggaaagaagaaggcta 48912379  T
Q  120 tgattattaagggttgggctccacaggttatgattctgagccacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtgggtggaattccactgttgaggcagt 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48912380 tgattattaagggttgggctccacaggttatgattctgagccacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtgggtggaattccactgttgaggcagt 48912479  T
Q  220 tagtgcaggggttccaatgatcacgtggccgatgcatggagaacaattttacaatgagaagttgataacacaggtgcatgggattggggtggaggtcggt 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48912480 tagtgcaggggttccaatgatcacgtggccgatgcatggagaacagttttacaatgagaagttgataacacaggtgcatgggattggggtggaggtcggt 48912579  T
Q  320 gcaacggaatggagcacaactggtattggggaaagagagaaggtggtttggagggataatattgagaaggttgtgaagcgattgatggacagtggtgatg 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48912580 gcaacggaatggagcacaactggtattggggaaagagagaaggtggtttggagggataatattgagaaggttgtgaagcgattgatggacagtggtgatg 48912679  T
Q  420 aagctgagaaaatcagacaacatgctcgagagtttggggagaaagctaaacatgcaattaaagaaggtggttcatctcactcga 503  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  48912680 aagctgagaaaatcagacaacatgctcgagagtttggggagaaagctaaacatgcaattaaagaaggtggttcatctcattcga 48912763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 139; E-Value: 2e-72
Query Start/End: Original strand, 52 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 48958356 - 48957910
Alignment:
Q  52 tgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattatcggaaagaagaaggctatgattattaagggttgggctccacaggttatg 151  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||| || || || ||||||||||  || ||||||||||| | | |||| |||| ||| ||||| ||||| ||| ||    
T  48958356 tgaagaggagaaaggaaagtggttgccgaaaggattcgaagagagaaacattggaaagaagaaaggtttgatcattagggggtgggccccacaagttttg 48958257  T
Q  152 attctgagccacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtgggtggaattccactgttgaggcagttagtgcaggggttccaatgatcacgtggccga 251  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||     
T  48958256 attctgagccacattgccgtgggtgcatttatgacacattgcgggtggaactccactgtggaggctgttagcgcgggggttccaatgatcacgtggccgg 48958157  T
Q  252 tgcatggagaacaattttacaatgagaagttgataacacaggtgcatgggattggggtggaggtcggtgcaacggaatggagcacaactggtattgggga 351  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||  || |||||||||||||| |||||||| || ||| |   ||  ||| ||| |||    
T  48958156 tgcatggagaacaattctacaatgagaagttgataactaatgtgcgaggaattggggtggaggttggtgcaacagagtggtgtgtaaacggttttgagga 48958057  T
Q  352 aagagagaaggtggtttggagggataatattgagaaggttgtgaagcgattgatggacagtggtgatgaagctgagaaaatcagacaacatgctcgagag 451  Q
     | | ||||| | ||  | |  |||| ||| || |||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||| | ||||| ||||    
T  48958056 gaaacagaagattgtgagtaaagatagtatagaaaaggctgtgaagagattgatggacggtggtgatgaagctgaggaaatcaaacagcgtgctcaagag 48957957  T
Q  452 tttggggagaaagctaaacatgcaattaaagaaggtggttcatctca 498  Q
    || || || || |||| ||  ||  || |||||||||| ||||||||    
T  48957956 ttcggagaaaaggctacacgagctgttcaagaaggtggatcatctca 48957910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 52 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 48965538 - 48965095
Alignment:
Q  52 tgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattatcggaaagaagaaggctatgattattaagggttgggctccacaggttatg 151  Q
    ||||||||||||  |||| ||||| |||||||| || ||||||||||  || |||||||||   | | ||||||||| |||||||||||| |||||| ||    
T  48965538 tgaagaggagaagcaaaagtggttaccaaagggattcgaagagagaaacattggaaagaag---ggtttgattattaggggttgggctccgcaggttctg 48965442  T
Q  152 attctgagccacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtgggtggaattccactgttgaggcagttagtgcaggggttccaatgatcacgtggccga 251  Q
    |||||||||||| | || |||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||| || ||||| ||| |||| |||||||| ||||| || |||||      
T  48965441 attctgagccaccccgctgtgggtgcctttatgactcattgtggttggaactccacagtggaggctgttggtgcgggggttccgatgattacatggcctt 48965342  T
Q  252 tgcatggagaacaattttacaatgagaagttgataacacaggtgcatgggattggggtggaggtcggtgcaacggaatggagcacaactggtattgggga 351  Q
      |||||||||||||| ||||| || ||  |||||||| | ||||  |||||||| ||||| || |||||||| |||||| |    |||||| |||  ||    
T  48965341 cacatggagaacaattctacaacgaaaaactgataacagaagtgcgagggattggagtggaagttggtgcaacagaatggtgtttgactggttttgaaga 48965242  T
Q  352 aagagagaaggtggtttggagggataatattgagaaggttgtgaagcgattgatggacagtggtgatgaagctgagaaaatcagacaacatgctcgagag 451  Q
    |||||||||| ||||  | || ||||  || ||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   | ||||| ||||    
T  48965241 aagagagaagctggtgagtagtgatagcatagagaaggctgtgaggagattgatggacagtggtgatgaagctgagaaaattagaagtcgtgctcaagag 48965142  T
Q  452 tttggggagaaagctaaacatgcaattaaagaaggtggttcatctca 498  Q
    ||||| || || |||| ||  || ||| |||||||||| || |||||    
T  48965141 tttggagaaaaggctagacgagccattcaagaaggtggctcgtctca 48965095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 53 - 288
Target Start/End: Complemental strand, 48961504 - 48961267
Alignment:
Q  53 gaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattatcggaaagaagaaggctatgattattaagggttgggctccacaggttatga 152  Q
    |||||||||||||| || |||||||| || || |||||||||||||  || | ||||||||||| | |||| |||||||| ||||| ||||| |||||||    
T  48961504 gaagaggagaaagacaagtggttgccgaaaggatttgaagagagaaacattgaaaagaagaagggtttgatcattaaggggtgggccccacaagttatga 48961405  T
Q  153 ttctgagccacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtgggtggaa--ttccactgttgaggcagttagtgcaggggttccaatgatcacgtggccg 250  Q
    | ||| |||||||||| |||||||  |||||||| ||||| ||||||||   |||||  ||||||| | |||||||||| | |||||||| || |||||     
T  48961404 tcctgggccacacagcggtgggtgtgtttatgacgcattgcgggtggaactctccaccattgaggctggtagtgcagggatcccaatgataacatggccc 48961305  T
Q  251 atgcatggagaacaattttacaatgagaagttgataac 288  Q
     | |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  48961304 gtacatggagaacaattctacaacgagaagttgataac 48961267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 173 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 48974209 - 48974062
Alignment:
Q  173 ggtgcatttatgacacattgtgggtggaattccactgttgaggcagttagtgcaggggttccaatgatcacgtggccgatgcatggagaacaattttaca 272  Q
    ||||||||  |||||||||| |||||||| ||||| || || || ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||  |||||||| ||||    
T  48974209 ggtgcattcttgacacattgcgggtggaactccaccgtggaagccgttagtgcaggggttccaatgatcacgtggccagtgcatgacgaacaattctaca 48974110  T
Q  273 atgagaagttgataacacaggtgcatgggattggggtggaggtcggtg 320  Q
    | |||||||||||||| |||||||  || ||||| |||||||| ||||    
T  48974109 acgagaagttgataactcaggtgcggggtattggtgtggaggttggtg 48974062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 219 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 48951288 - 48951185
Alignment:
Q  219 ttagtgcaggggttccaatgatcacgtggccgatgcatggagaacaattttacaatgagaagttgataacacaggtgcatgggattggggtggaggtcgg 318  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||| | || || || |||||||||||| | ||||| || |||| |||||| || ||||| || ||    
T  48951288 ttagtgtaggggttccgatgatcacgtggccggtgcatagtgatcagttctacaatgagaagctcataactcatgtgcgtgggataggagtggaagtagg 48951189  T
Q  319 tgca 322  Q
    ||||    
T  48951188 tgca 48951185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 399 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 48967323 - 48967233
Alignment:
Q  399 gattgatggacagtggtgatgaagctgagaaaatcagacaacatgctcgagagtttggggagaaagctaaacatgcaattaaagaaggtgg 489  Q
    |||||||||||| ||  |||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||| || || |||| ||  ||| || ||||||||||    
T  48967323 gattgatggacaatgacgatgaagctgagaagatcagacaacgtgctcgagactttggagaaaaggctacacgagcacttcaagaaggtgg 48967233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 183 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 33396779 - 33396687
Alignment:
Q  183 tgacacattgtgggtggaattccactgttgaggcagttagtgcaggggttccaatgatcacgtggccgatgcatggagaacaattttacaatg 275  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||  | || | ||| ||||||||| | |||||| | || ||||| ||| |||| ||||||||||||||||    
T  33396779 tgacacattgtggatggaattcaacattggaaggagtgagtgcagggttaccaatggtgacatggccaatgtatggtgaacaattttacaatg 33396687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536 (Bit Score: 247; Significance: 1e-137; HSPs: 3)
Name: scaffold0536
Description:

Target: scaffold0536; HSP #1
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 52 - 498
Target Start/End: Original strand, 6478 - 6924
Alignment:
Q  52 tgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattatcggaaagaagaaggctatgattattaagggttgggctccacaggttatg 151  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  6478 tgaagaggagaaaggaaaatggttgccaaagggattcgaagagagaaatatcggaaagaagaagggtttgattattaggggttgggctccacaagttatg 6577  T
Q  152 attctgagccacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtgggtggaattccactgttgaggcagttagtgcaggggttccaatgatcacgtggccga 251  Q
    ||| ||||||||| |||  ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||     
T  6578 attttgagccacaaagctctgggtgcgtttatgacgcattgtgggtggaattccactgttgaggctgttagtgcaggggttccgatgatcacgtggccgg 6677  T
Q  252 tgcatggagaacaattttacaatgagaagttgataacacaggtgcatgggattggggtggaggtcggtgcaacggaatggagcacaactggtattgggga 351  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||   | |||||||||| ||| || ||| | || |||||  ||||||||||||||||    
T  6678 tgcatggagaacaattttacaatgaaaagttgataacacaggtgcgacgaattggggtggtggtgggggcagctgagtggagttcaactggtattgggga 6777  T
Q  352 aagagagaaggtggtttggagggataatattgagaaggttgtgaagcgattgatggacagtggtgatgaagctgagaaaatcagacaacatgctcgagag 451  Q
     ||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||| ||||| | ||||||||||  ||||||| |||||||||||||||| | |  |||||||||||    
T  6778 gagagagaaggtggtggggagggatagtattgagaaggctgtgaggagattgatggatggtggtgacgaagctgagaaaatcaaaaagtatgctcgagag 6877  T
Q  452 tttggggagaaagctaaacatgcaattaaagaaggtggttcatctca 498  Q
    |||||||| || |||||||||||   | |||||||||||||||||||    
T  6878 tttggggataaggctaaacatgcggctcaagaaggtggttcatctca 6924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536; HSP #2
Raw Score: 203; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 20 - 498
Target Start/End: Original strand, 10428 - 10906
Alignment:
Q  20 gttcctgaaaagaaacggacggagcatgacaatgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattatcggaaagaagaaggcta 119  Q
    |||||||| |||||| |||  ||| |||| | | |||||||||||||||||||| | || || || |||||||| ||| |||| | ||||||||||| |     
T  10428 gttcctgagaagaaagggaaagagaatgagagtcaagaggagaaagaaaaatggctaccgaaaggatttgaagaaagagttattgcaaagaagaagggtt 10527  T
Q  120 tgattattaagggttgggctccacaggttatgattctgagccacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtgggtggaattccactgttgaggcagt 219  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||    
T  10528 tgattattaagggttgggcccctcaggttatgattctaagccacactgttgtgggtgcgtttatgacacattgtgggtggaattccaccgtggaggcggt 10627  T
Q  220 tagtgcaggggttccaatgatcacgtggccgatgcatggagaacaattttacaatgagaagttgataacacaggtgcatgggattggggtggaggtcggt 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||  |||||||||| ||| || |||    
T  10628 tagtgcaggggttccaatgatcacgtggccaatgcatggagaacaattttacaatgagaagttgataacgcaagtgcgggggattgggggggaagtgggt 10727  T
Q  320 gcaacggaatggagcacaactggtattggggaaagagagaaggtggtttggagggataatattgagaaggttgtgaagcgattgatggacagtggtgatg 419  Q
    |||   || ||| ||  |  |||||||||||| | ||||||| ||||  ||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||| | || |||    
T  10728 gcagtagagtggtgcttagttggtattggggagaaagagaagttggtcgggagggatggtattgagaaggttgtgaagagattgatggacaatagttatg 10827  T
Q  420 aagctgagaaaatcagacaacatgctcgagagtttggggagaaagctaaacatgcaattaaagaaggtggttcatctca 498  Q
     |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||  |||   | | |||||||||||||||||    
T  10828 tagctgagataatcagacgacatgctcgagagtttggggataaggctaaatgtgcggctcaggaaggtggttcatctca 10906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0536; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 173 - 322
Target Start/End: Original strand, 1541 - 1690
Alignment:
Q  173 ggtgcatttatgacacattgtgggtggaattccactgttgaggcagttagtgcaggggttccaatgatcacgtggccgatgcatggagaacaattttaca 272  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| || |     ||||| |||||||||||  ||||||||||||| |||||  | ||| | || ||||| || |    
T  1541 ggtgcatttttgacacattgtgggtggaactctataaccgaggctgttagtgcaggaattccaatgatcacatggccagtacatagtgatcaattctata 1640  T
Q  273 atgagaagttgataacacaggtgcatgggattggggtggaggtcggtgca 322  Q
    | || | ||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  1641 acgaaacgttgataactcaggtgcatgggattggagtggaagtcggtgca 1690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 103; Significance: 5e-51; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 5e-51
Query Start/End: Original strand, 53 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 13448571 - 13448138
Alignment:
Q  53 gaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattatcggaaagaagaaggctatgattattaagggttgggctccacaggttatga 152  Q
    ||||| ||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||| ||||||   |||||||| | |||| |||| ||||||||| |||||||||| ||    
T  13448571 gaagaagagaaagaaaagtggttaccgaagggatttgaagagagaaatatcgg---gaagaagggtttgatcattaggggttgggccccacaggttaaga 13448475  T
Q  153 ttctgagccacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtgggtggaattccactgttgaggcagttagtgcaggggttccaatgatcacgtggccgat 252  Q
    |  |||||||| | || ||||| | ||||||||| ||||| ||| |||| || || || ||||| |||||||| || ||||||||||| ||||||||| |    
T  13448474 tattgagccaccctgcagtggggggatttatgacgcattgcggggggaactcaaccgtagaggctgttagtgcgggagttccaatgataacgtggccggt 13448375  T
Q  253 gcatggagaacaattttacaatgagaagttgataacacaggtgcatgggattggggtggaggtcggtgcaacggaatggagcacaactggtattggggaa 352  Q
     |||||||| ||||| |||||||||||  ||||||||||  | |  || ||||| || || ||||||||||| |||||| | || | |||| | | |||     
T  13448374 tcatggagatcaattctacaatgagaaactgataacacaattccgaggaattggagttgaagtcggtgcaacagaatggtgtacgagtggtgtcgcggag 13448275  T
Q  353 agagagaaggtggtttggagggataatattgagaaggttgtgaagcgattgatggacagtggtgatgaagctgagaaaatcagacaacatgctcgagagt 452  Q
    ||| ||||| | ||  | || ||||  || ||||||| ||| | | ||||||||||| |||||||||||||||| || ||||| | || |||||||||||    
T  13448274 agaaagaagttagtgagcagagatagcatagagaaggctgtaaggagattgatggacggtggtgatgaagctgaaaatatcaggctacgtgctcgagagt 13448175  T
Q  453 ttggggagaaagctaaacatgcaattaaagaaggtgg 489  Q
    |||| || ||||||| ||| || ||| ||||||||||    
T  13448174 ttggagaaaaagctatacaagctattcaagaaggtgg 13448138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 81; E-Value: 7e-38
Query Start/End: Original strand, 59 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 13440402 - 13439975
Alignment:
Q  59 gagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattatcggaaagaagaaggctatgattattaagggttgggctccacaggttatgattctga 158  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||  ||  |   || || || | |||| |||||||||||||| ||||| |||| |||  |||    
T  13440402 gagaaagaaaagtggttgccaaagggattcgaagagagaaacattag---gaggatgggtttgatcattaagggttgggccccacaagttaagatattga 13440306  T
Q  159 gccacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtgggtggaattccactgttgaggcagttagtgcaggggttccaatgatcacgtggccgatgcatgg 258  Q
    ||||| | || ||||| | ||||||||| ||||| ||| |||| || | ||| ||| | |||||||| || ||||||||||| ||||||||| | |||||    
T  13440305 gccaccctgcggtggggggatttatgacgcattgcggggggaactcaattgtagagtctgttagtgcgggagttccaatgataacgtggccggttcatgg 13440206  T
Q  259 agaacaattttacaatgagaagttgataacacaggtgcatgggattggggtggaggtcggtgcaacggaatggagcacaactggtattggggaaagagag 358  Q
    ||| ||||| ||||| |||||  || |||||||  | |  || ||||| ||||| |||||||||||||||||| | |  | |||| ||| ||| ||||||    
T  13440205 agatcaattctacaacgagaaactggtaacacaatttcgaggaattggagtggaagtcggtgcaacggaatggtgtaagaatggtgttgcggagagagag 13440106  T
Q  359 aaggtggtttggagggataatattgagaaggttgtgaagcgattgatggacagtggtgatgaagctgagaaaatcagacaacatgctcgagagtttgggg 458  Q
    ||| ||||  | |||||||| || ||||||| ||||| | |||||||||| | ||||||||||||| | || || || | || ||||| ||||||||| |    
T  13440105 aagttggtgagcagggataacatagagaaggctgtgaggagattgatggagaatggtgatgaagctaaaaatatgaggctacttgctcaagagtttggag 13440006  T
Q  459 agaaagctaaacatgcaattaaagaaggtgg 489  Q
    | || |||| ||| || ||| ||||||||||    
T  13440005 aaaaggctacacaagctattcaagaaggtgg 13439975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 53 - 496
Target Start/End: Complemental strand, 13455042 - 13454602
Alignment:
Q  53 gaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattatcggaaagaagaaggctatgattattaagggttgggctccacaggttatga 152  Q
    |||||||||||| |||| |||||||| ||||| |||||||||| ||  ||||   |||| |||| | |||| |||| ||||||||| ||||| |||| ||    
T  13455042 gaagaggagaaacaaaagtggttgccgaagggatttgaagagaaaaacatcg---agaaaaagggtttgatcattaggggttgggccccacaagttaaga 13454946  T
Q  153 ttctgagccacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtgggtggaattccactgttgaggcagttagtgcaggggttccaatgatcacgtggccgat 252  Q
    |  |||| ||| | || ||||| | ||||||||| ||||| ||| |||| || |  || ||||| |||||    || ||||||||||| ||||||||  |    
T  13454945 tattgagtcaccctgcagtggggggatttatgacgcattgcggggggaactcaatcgtagaggctgttagcatgggagttccaatgataacgtggccagt 13454846  T
Q  253 gcatggagaacaattttacaatgagaagttgataacacaggtgcatgggattggggtggaggtcggtgcaacggaatggagcacaactggtattggggaa 352  Q
     |||||||| ||||| ||||| |||||  | |||||||| || |  || |||||  | || ||||||||||| |||||| | |||| |||| ||| |||     
T  13454845 ccatggagatcaattctacaacgagaaactaataacacaagttcgaggaattggaattgaagtcggtgcaacagaatggtgtacaagtggtgttgcggag 13454746  T
Q  353 agagagaaggtggtttggagggataatattgagaaggttgtgaagcgattgatggacagtggtgatgaagctgagaaaatcagacaacatgctcgagagt 452  Q
    ||||||||| ||||  | |  ||||  || ||||||| ||||| | ||||||||| | |||||||||||||| | || |||||   || |||||||||||    
T  13454745 agagagaagttggtgagcaaagatagcatagagaaggctgtgaggagattgatgggcggtggtgatgaagctaaaaatatcagggtacgtgctcgagagt 13454646  T
Q  453 ttggggagaaagctaaacatgcaattaaagaaggtggttcatct 496  Q
    |||| || || |||| ||| || ||| || ||||||| ||||||    
T  13454645 ttggagaaaaggctacacaagctattcaaaaaggtggctcatct 13454602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 78; Significance: 4e-36; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 53 - 492
Target Start/End: Original strand, 3417498 - 3417934
Alignment:
Q  53 gaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattatcggaaagaagaaggctatgattattaagggttgggctccacaggttatga 152  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||  || |||||||||   | | ||||  ||| ||||||||| |||||||||  ||    
T  3417498 gaagaagagaaagaaaagtggttgccgaagggatttgaggagagaaacattggaaagaag---ggtttgatcgttaggggttgggccccacaggttcaga 3417594  T
Q  153 ttctgagccacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtgggtggaattccactgttgaggcagttagtgcaggggttccaatgatcacgtggccgat 252  Q
    |  |||||||| | || || || | ||||||||||||||||||| |||| ||   ||||||||| ||| ||||||| ||||||||||| |||||||||      
T  3417595 tattgagccaccctgcggtagggggatttatgacacattgtggggggaactcatttgttgaggctgttggtgcaggagttccaatgataacgtggccggg 3417694  T
Q  253 gcatggagaacaattttacaatgagaagttgataacacaggtgcatgggattggggtggaggtcggtgcaacggaatggagcacaactggtattggggaa 352  Q
     |||||||| ||||| | |||||||||  | |||||||| || |  || ||||| ||||| || |||||||| |||||| |  ||  ||||||||||||     
T  3417695 tcatggagatcaattgttcaatgagaaactaataacacaagtccgaggaattggagtggaagtaggtgcaacagaatggcgtgcacatggtattggggag 3417794  T
Q  353 agagagaaggtggtttggagggataatattgagaaggttgtgaagcgattgatggacagtggtgatgaagctgagaaaatcagacaacatgctcgagagt 452  Q
    ||| ||||| ||||  | || ||| | || |||||||   ||| | |||||||||||||| ||||||| |||||    || |||| || ||||||||||     
T  3417795 agaaagaagttggtgagcagagatgacatagagaaggcaatgaggagattgatggacagtagtgatgaggctgaaggtatgagactacgtgctcgagagc 3417894  T
Q  453 ttggggagaaagctaaacatgcaattaaagaaggtggttc 492  Q
    |||| ||||| |||||||  || ||| |||||||||||||    
T  3417895 ttggagagaaggctaaacgagctattcaagaaggtggttc 3417934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 78; Significance: 4e-36; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 56 - 324
Target Start/End: Original strand, 12590140 - 12590411
Alignment:
Q  56 gaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattatcgg---aaagaagaaggctatgattattaagggttgggctccacaggttatga 152  Q
    ||||| ||| ||||||||||||| |  || |||||||||||||  || ||   ||||||||||| | |||| |||| ||||||||| ||||| || ||||    
T  12590140 gaggataaacaaaaatggttgcctagtggatttgaagagagaaacattgggagaaagaagaagggtttgatcattaggggttgggccccacaagtaatga 12590239  T
Q  153 ttctgagccacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtgggtggaattccactgttgaggcagttagtgcaggggttccaatgatcacgtggccgat 252  Q
    || |||||||||  || ||||| || ||||||||||||||||| |||||||||   || ||||| |||||||| ||  |||| |||||||| |||||  |    
T  12590240 ttatgagccacaatgcagtgggcgcgtttatgacacattgtggatggaattccgtcgtggaggcggttagtgctggaattccgatgatcacatggccatt 12590339  T
Q  253 gcatggagaacaattttacaatgagaagttgataacacaggtgcatgggattggggtggaggtcggtgcaac 324  Q
    | |||| ||||| |||||||||||||||||||||||  | |||||||| ||||| ||||| || ||||||||    
T  12590340 gaatggtgaacatttttacaatgagaagttgataactgatgtgcatggaattggagtggaagttggtgcaac 12590411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 134 - 324
Target Start/End: Original strand, 12483516 - 12483706
Alignment:
Q  134 tgggctccacaggttatgattctgagccacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtgggtggaattccactgttgaggcagttagtgcaggggttc 233  Q
    ||||| ||||||||  ||||| |||||||| | || ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||   ||| || || |||||||||||| |||    
T  12483516 tgggcaccacaggtactgattttgagccaccctgcagtgggtgcatttatgactcactgtggatggaattctgttgtggaagcggttagtgcagggattc 12483615  T
Q  234 caatgatcacgtggccgatgcatggagaacaattttacaatgagaagttgataacacaggtgcatgggattggggtggaggtcggtgcaac 324  Q
    ||||||||||||||||| | || || ||||| ||||||||||||||  | |||||  | ||||  |||||||| ||||| |||||||||||    
T  12483616 caatgatcacgtggccggttcacggtgaacatttttacaatgagaaactcataactaatgtgcgagggattggtgtggaagtcggtgcaac 12483706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 69; Significance: 1e-30; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 52 - 498
Target Start/End: Complemental strand, 12540894 - 12540451
Alignment:
Q  52 tgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattatcggaaagaagaaggctatgattattaagggttgggctccacaggttatg 151  Q
    |||||| ||||||||||| ||| |||| ||||| ||||| |||||||  || ||||| |||   | | |||| |||| ||||||||| |||||||||| |    
T  12540894 tgaagaagagaaagaaaagtggatgccgaagggatttgaggagagaaacattggaaaaaag---ggtttgatcattaggggttgggccccacaggttaag 12540798  T
Q  152 attctgagccacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtgggtggaattccactgttgaggcagttagtgcaggggttccaatgatcacgtggccga 251  Q
    ||  |||||||| | || ||||| | ||||||||||||||||||| | || || | ||| ||||| ||| |||| || ||||||||||| |||||||||     
T  12540797 atattgagccaccctgcggtggggggatttatgacacattgtgggggaaactcaattgtagaggctgttggtgcgggagttccaatgataacgtggccgt 12540698  T
Q  252 tgcatggagaacaattttacaatgagaagttgataacacaggtgcatgggattggggtggaggtcggtgcaacggaatggagcacaactggtattgggga 351  Q
      |||||||| || || | ||| |||||  | ||||||||||| |  || ||||| || || || |||||||| |||||| | |||| ||||| ||||||    
T  12540697 gtcatggagatcacttattcaacgagaaactaataacacaggtccgaggaattggagtagaagtaggtgcaacagaatggtgtacaaatggtaatgggga 12540598  T
Q  352 aagagagaaggtggtttggagggataatattgagaaggttgtgaagcgattgatggacagtggtgatgaagctgagaaaatcagacaacatgctcgagag 451  Q
     ||| ||||| ||||| | || |||   || ||||||| | ||| | ||||||||||  ||||| |||||||||| || || |||| || ||| ||||||    
T  12540597 gagaaagaagttggttggcagagatggcatagagaaggctatgaggagattgatggatggtggttatgaagctgaaaatatgagactacgtgcacgagag 12540498  T
Q  452 tttggggagaaagctaaacatgcaattaaagaaggtggttcatctca 498  Q
     |||| ||||| |||| ||  ||  || ||||||||||||| |||||    
T  12540497 attggagagaaggctagacgagctgttcaagaaggtggttcctctca 12540451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 53 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 28385542 - 28385106
Alignment:
Q  53 gaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattatcggaaagaagaaggctatgattattaagggttgggctccacaggttatga 152  Q
    ||||| ||||||||||| ||| |||||||||| ||||| |||||||  || |||||||||   | | | || || | ||||||||| ||||| ||| |||    
T  28385542 gaagaagagaaagaaaagtggctgccaaagggatttgaggagagaaacattggaaagaag---ggtttcataatcaggggttgggccccacaagttctga 28385446  T
Q  153 ttctgagccacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtgggtggaattccactgttgaggcagttagtgcaggggttccaatgatcacgtggccgat 252  Q
    |  ||||| || | || ||||| | |||| |||||||||| ||  |||| || | ||| ||||| ||| | || || ||||||||||| ||||||||       
T  28385445 tattgagcaaccctgcggtggggggatttctgacacattgcggagggaactcaattgtagaggctgttggcgcgggagttccaatgataacgtggccttg 28385346  T
Q  253 gcatggagaacaattttacaatgagaagttgataacacaggtgcatgggattggggtggaggtcggtgcaacggaatggagcacaactggtattggggaa 352  Q
     |||| ||| || ||   ||||||||| |||||||||   || |   | ||||| ||||| || |||| |||||||||| | |||| ||||| ||||||     
T  28385345 tcatgcagatcacttcagcaatgagaaattgataacaacagtccgaagaattggagtggaagtaggtgtaacggaatggtgtacaaatggtaatggggag 28385246  T
Q  353 agagagaaggtggtttggagggataatattgagaaggttgtgaagcgattgatggacagtggtgatgaagctgagaaaatcagacaacatgctcgagagt 452  Q
    ||| ||||| ||||  | || ||||| || ||||||| | ||| |  |||||||||| |||| ||||||||||| || || ||||||| |||||||||||    
T  28385245 agaaagaagttggtgagcagagataacatagagaaggctatgaggaaattgatggacggtggcgatgaagctgaaaatatgagacaacgtgctcgagagt 28385146  T
Q  453 ttggggagaaagctaaacatgcaattaaagaaggtggttc 492  Q
    | || ||||| |||| ||  ||  ||||||||||||||||    
T  28385145 taggagagaaggctacacgagctgttaaagaaggtggttc 28385106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 65; Significance: 2e-28; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 52 - 324
Target Start/End: Original strand, 12641448 - 12641720
Alignment:
Q  52 tgaagaggagaaagaaaaatggttgccaaaggggtttgaagagagaattatcggaaagaagaaggctatgattattaagggttgggctccacaggttatg 151  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| || || || |||||||||| | | | ||| ||||| | | | || |||| ||  ||||| ||||| || |||    
T  12641448 tgaagaggagaaagaaaagtggttgcctaaaggattcgaagagagaaatgttgaaaataagaaaggttttatcattagggagtgggccccacaagtaatg 12641547  T
Q  152 attctgagccacacagccgtgggtgcatttatgacacattgtgggtggaattccactgttgaggcagttagtgcaggggttccaatgatcacgtggccga 251  Q
    ||| | |||||| | || ||||||||||| ||||| ||||| |||| ||| |||   || ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||      
T  12641548 attttaagccacgctgctgtgggtgcattcatgacgcattgcgggtcgaactccttggtagaggctgttagtgcagggattccaatgatcacgtggccag 12641647  T
Q  252 tgcatggagaacaattttacaatgagaagttgataacacaggtgcatgggattggggtggaggtcggtgcaac 324  Q
    |||| |||||||| || || ||||||||| |||||||    ||||   |||||||||||||||| ||||||||    
T  12641648 tgcaaggagaacagttctataatgagaagctgataactgttgtgcgaaggattggggtggaggtgggtgcaac 12641720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 375 - 474
Target Start/End: Original strand, 12641771 - 12641870
Alignment:
Q  375 ataatattgagaaggttgtgaagcgattgatggacagtggtgatgaagctgagaaaatcagacaacatgctcgagagtttggggagaaagctaaacatgc 474  Q
    ||| ||| ||||| | ||||| | |||||||||||  ||||||||||||| || |||||||||||| ||||| |||||||||| | || |||| ||||||    
T  12641771 atagtatagagaaagctgtgaggagattgatggacgatggtgatgaagctaaggaaatcagacaacgtgctcaagagtttgggaaaaaggctacacatgc 12641870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University