View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20120_high_1 (Length: 920)

Name: NF20120_high_1
Description: NF20120
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20120_high_1
NF20120_high_1
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (1-904)||(15733646-15734549)
chr2 (22-904)||(18057054-18057939)
chr2 (1-520)||(15727627-15728146)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 851; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 851; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 904
Target Start/End: Original strand, 15733646 - 15734549
Alignment:
Q  1 tgttgatcaattccgcgacacgttcatcacttcctaaagaatgatgaataacccctttataatgaagagcagaaacatcattagctgaatttatgagtct 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15733646 tgttgatcaattccgcgacatgttcatcacttcctaaagaatgatgaataacccctttataatgaagagcagaaacatcattagctgaatttatgagtct 15733745  T
Q  101 gtttaagaaaaacatgtaagttgtcatgtctggattgcatctcttgtgacatttttcaaatgcaactatgttgcgaaaaacagtacctctgtgatcacca 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15733746 gtttaagaaaaacatgtaagttgtcatgtctggattgcatctcttgtgacatttttcaaatgcaactatgttgcgaaaaacagtacctctgtgatcacca 15733845  T
Q  201 atgtacaaaggtggaatagttagttcctttaccataattccccannnnnnnccaaagcttatatccatcaactctctactctcgcaggctttaattttca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15733846 atgtacaaaggtggaatagttagttcctttaccataattccccatttttttccaaagcttatatccatcaactctctactctcgcaggctttaattttca 15733945  T
Q  301 cacccccttcttttagttctgttattgaatgaatcatctggctctgacatcctcttggctcttcgccaatgagtttcggtcttatgttgtatctaagaag 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15733946 cacccccttcttttagttctgttattgaatgaatcatctggctctgacatcctcttggctcttcgccaatgagtttcggtcttatgttgtatctaagaag 15734045  T
Q  401 atcaagaacatgttcaattttgaacttgtaagatgtttgacattcaggggtttttcgtgattcggattgaagcaattggtagaagaatttgaaagaaaga 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  15734046 atcaagaacatgttcaattttgaacttgtaagatgtttgacattcaggggtttttcgtgattcggattgaagcaatcggtagaagaatttgaaagaaaga 15734145  T
Q  501 ttgtagaaactcatttgtggatgaagactattgtttttatcggttagctcaaaaagttttgttaaaacaaacatcggaagttggttttcaagcattatca 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  15734146 ttgtagaaactcatttgtggatgaagactattgtttttatcggttagctcgaaaagttttgttaaaacaaacattggaagttggttttcaagcattatca 15734245  T
Q  601 tctcgcgacgaatggttggtaacatccatctactaagagaaggaacgtgtttgaattcgttatccgataaatccctcaagagttgaatgatgaaagaacc 700  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15734246 tctcgcgacgaatggttggtaacatccatctactaagagaaggaacatgtttgaattcgttatccgataaatccctcaagagttgaatgatgaaagaacc 15734345  T
Q  701 atcaaccaacatcatctttagaaactcatcactgcttaatttgatttcacccatgtaacagcttcgcgcattgatttcttctttctcaagaaacttgcaa 800  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15734346 atcaaccaacatcatctttagaaactcatcactgcttaatttgatttcacccatgtaacagtttcgcgcattgatttcttctttctcaagaaacttgcaa 15734445  T
Q  801 gcctcttctaatttggatccatttgcaccgtttggatcgaagaggcggtgaaaaaacttgtttttcagaacttccatttcttgcaagtgttgtgatccgt 900  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  15734446 gcctcttctaatttggatccatttgcaccgtttggatcgaagagacggtgaaaaaacttgtttttcagaacttccatttcttgcaagtgttgtgatccat 15734545  T
Q  901 aatg 904  Q
    ||||    
T  15734546 aatg 15734549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 499; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 904
Target Start/End: Original strand, 18057054 - 18057939
Alignment:
Q  22 gttcatcacttcctaaagaatgatgaataacccctttataatgaagagcagaaacatcattagctgaatttatgagtctgtttaagaaaaacatgtaagt 121  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| || |  || |||||||||| ||||||||||||||||||| |    
T  18057054 gttcatcactccctaaagaatgatgaataatccctttataatgaagaacagaaacatcgttggtcgagtttatgagtccgtttaagaaaaacatgtaatt 18057153  T
Q  122 tgtcatgtctggattgcatctcttgtgacatttttcaaatgcaactatgttgcgaaaaacagtacctctgtgatcaccaatgtacaaaggtggaatagtt 221  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| ||||| || || ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||    
T  18057154 tgtcatgtctgggttgcatctcttgtgacatttctcgaatgcaacgatgttacgaaacacggttcctctatgatcaccaatgtacaatggaggaatagtt 18057253  T
Q  222 agttcctttaccataattccccannnnnnnccaaagcttatatccatcaactctctactctcgcaggctttaattttcacacccccttcttttagttctg 321  Q
    |||| ||||| ||||| ||||||       |||||||||||||||| ||| |||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  18057254 agttgctttatcataactccccatttttttccaaagcttatatccaacaattctctattctcacaagctttaattttcacacccccttcttttagttcgg 18057353  T
Q  322 ttattgaatgaatcatctggctctgacatcctcttggctcttcgccaatgagtttcggtcttatgttgtatctaagaagatcaagaacatgttcaatttt 421  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| ||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  18057354 ttattgaatgaatcatctcgctctgacgtcctctcagctcttcgccgatgagtttcggtcttatgttgtatctaagaagatcaagaacatgttcaacttt 18057453  T
Q  422 gaacttgtaagatgtttgacattcaggggtttttcgtgattcggattgaagcaattggtagaagaatttgaaagaaagattgtagaaactcatttgtgga 521  Q
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||  || |||| || ||||||   ||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||     
T  18057454 atacttgtaagatgtttgacatttaggggtttttctcgactcgggtttaagcaaaccgtagaagaatttgaaggaaagagtgttgaaactcatttgtggt 18057553  T
Q  522 tgaagactattg---tttttatcggttagctcaaaaagttttgttaaaacaaacatcggaagttggttttcaagcattatcatctcgcgacgaatggttg 618  Q
    | | ||||||||    | |||| |||||  ||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  18057554 ttaggactattggtcatgttattggttaattcaaacaattttgttaaaacaaacattggaagttggttttcgagcattatcaactcgcgacgaatggttg 18057653  T
Q  619 gtaacatccatctactaagagaaggaacgtgtttgaattcgttatccgataaatccctcaagagttgaatgatgaaagaaccatcaaccaacatcatctt 718  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  18057654 gtaacatccatctactaagagaaggaacatgtttgaatttgttgtctgataaatctctcaagagttgaatgatgaaagaaccatcaactaacatcatctt 18057753  T
Q  719 tagaaactcatcactgcttaatttgatttcacccatgtaacagcttcgcgcattgatttcttctttctcaagaaacttgcaagcctcttctaatttggat 818  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |    
T  18057754 tagaaactcatcactgcttaatttgatttcacccatgtaacatcttctagcattgatctcttctttctcaagaaacttccaagcatcttctaatttggct 18057853  T
Q  819 ccatttgcaccgtttggatcgaagaggcggtgaaaaaacttgtttttcagaacttccatttcttgcaagtgttgtgatccgtaatg 904  Q
    ||||||||||| |||  ||| ||||| || ||||| ||||||||||| |||| |||||||||||| | |||||||||||| |||||    
T  18057854 ccatttgcaccttttttatcaaagagacgctgaaagaacttgtttttgagaatttccatttcttgtaggtgttgtgatccataatg 18057939  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 447; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 520
Target Start/End: Original strand, 15727627 - 15728146
Alignment:
Q  1 tgttgatcaattccgcgacacgttcatcacttcctaaagaatgatgaataacccctttataatgaagagcagaaacatcattagctgaatttatgagtct 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  15727627 tgttgatcaattccgcgacatgttcatcacttcctaaagaatgatgaataacccctttataatgaagagcagaaacatcattagctgagtttatgagtct 15727726  T
Q  101 gtttaagaaaaacatgtaagttgtcatgtctggattgcatctcttgtgacatttttcaaatgcaactatgttgcgaaaaacagtacctctgtgatcacca 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15727727 gtttaagaaaaacatgtaagttgtcatgtctagattgcatctcttgtgacatttttcaaatgcaactatgttgcgaaaaacagtacctctgtgatcacca 15727826  T
Q  201 atgtacaaaggtggaatagttagttcctttaccataattccccannnnnnnccaaagcttatatccatcaactctctactctcgcaggctttaattttca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||| ||||||    
T  15727827 atgtacaaaggtggaatagttagttcctttaccataattccccatttttttccaaagcttatatccatcaattctctactctcacatgctttagttttca 15727926  T
Q  301 cacccccttcttttagttctgttattgaatgaatcatctggctctgacatcctcttggctcttcgccaatgagtttcggtcttatgttgtatctaagaag 400  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  15727927 caccccctttttttagttctgttattgaatgaatcatctggctctgacatcctcttggttcttcgccaatgagttttggccttatgttgtatctaagaag 15728026  T
Q  401 atcaagaacatgttcaattttgaacttgtaagatgtttgacattcaggggtttttcgtgattcggattgaagcaattggtagaagaatttgaaagaaaga 500  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  15728027 atcaagaacatgttcaattttgaacttgtaagatgtttgacattcaggggtttttcatgattcggattgaagcaattggtagaagaatatgaaagaaaga 15728126  T
Q  501 ttgtagaaactcatttgtgg 520  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  15728127 ttgtagaaactcatttgtgg 15728146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University