View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20126_high_2 (Length: 419)

Name: NF20126_high_2
Description: NF20126
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20126_high_2
NF20126_high_2
[»] chr3 (33 HSPs)
chr3 (1-410)||(10580789-10581207)
chr3 (2-410)||(10127117-10127525)
chr3 (1-410)||(10363270-10363679)
chr3 (1-410)||(9839049-9839458)
chr3 (1-410)||(10663714-10664123)
chr3 (1-410)||(9849927-9850336)
chr3 (1-410)||(10433516-10433925)
chr3 (1-410)||(10088978-10089387)
chr3 (5-410)||(10527550-10527955)
chr3 (1-410)||(10032191-10032600)
chr3 (1-410)||(10195861-10196270)
chr3 (1-410)||(10260886-10261295)
chr3 (1-410)||(11769422-11769831)
chr3 (1-390)||(10375337-10375726)
chr3 (2-410)||(10077458-10077866)
chr3 (1-410)||(10184430-10184839)
chr3 (258-410)||(10672127-10672279)
chr3 (1-402)||(11781462-11781863)
chr3 (1-402)||(10517673-10518074)
chr3 (2-406)||(13344278-13344682)
chr3 (2-406)||(13171220-13171624)
chr3 (2-325)||(11130583-11130906)
chr3 (2-325)||(11148411-11148734)
chr3 (2-401)||(13333093-13333492)
chr3 (257-401)||(10501018-10501162)
chr3 (2-130)||(11159769-11159897)
chr3 (2-325)||(8861475-8861798)
chr3 (2-130)||(10889495-10889623)
chr3 (2-130)||(13161169-13161297)
chr3 (2-130)||(13289854-13289982)
chr3 (249-325)||(10889742-10889818)
chr3 (273-325)||(11159574-11159626)
chr3 (3-130)||(11153526-11153653)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-410)||(26907085-26907494)
[»] scaffold0083 (1 HSPs)
scaffold0083 (176-410)||(57883-58126)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (2-339)||(31679276-31679613)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (4-344)||(11485229-11485569)
chr8 (257-401)||(44957170-44957314)
chr8 (158-216)||(44957354-44957412)
[»] scaffold0002 (3 HSPs)
scaffold0002 (2-406)||(135364-135768)
scaffold0002 (2-401)||(145420-145819)
scaffold0002 (257-401)||(153725-153869)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (4-216)||(17852589-17852801)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (257-324)||(826346-826413)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (2-63)||(29836832-29836893)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 339; Significance: 0; HSPs: 33)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 339; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 410
Target Start/End: Original strand, 10580789 - 10581207
Alignment:
Q  1 gaaaagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgtaatgattgggatgagctagtaagtcccttcattaatggaaaacctggaagcatg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10580789 gaaaagatttttgtttgtgttggatgatctgtggaatgacaattgtaatgattgggatgagctagtaagtcccttcattaatggaaaacctggaagcatg 10580888  T
Q  101 gtgattataacaacgcgccaacaaaaagttacaaagatggcacgcgtgtttgctgtacataatttagaacctctatcaaatgaagattgctggtctttac 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  10580889 gtgattataacaacgcgccaacaaaaagttacaaagatggcacacatgtttgctgtacataatttagaacctctatcaaatgaagattgttggtctttac 10580988  T
Q  201 tctcaaactatgcattggaaagtgatgagtttcaccatagtacaaatacaacccttgaagaaattggcaggaagattgcaagaaagtgtggaggattgcc 300  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  10580989 tctcaaactatgcattgggaagtgatgagtttcaccatagtacaaatacagcccttgaagaaattggcaggaagattgcaagaaggtgtgggggattgcc 10581088  T
Q  301 aatagctgcaaaaacactaggaggacttctccgttcaaaggtagacataacagagtggac---------ttcaattttgaacagcagcatatggaacttg 391  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10581089 aatagctgctaaaacactaggaggacttctcccttcaaaggtagacataacaaagtggacttcaattttttcaattttgaacagcagcatatggaacttg 10581188  T
Q  392 cgaaatgataatattcttc 410  Q
    |||||||||||||||||||    
T  10581189 cgaaatgataatattcttc 10581207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 265; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 2 - 410
Target Start/End: Original strand, 10127117 - 10127525
Alignment:
Q  2 aaaagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgtaatgattgggatgagctagtaagtcccttcattaatggaaaacctggaagcatgg 101  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10127117 aaaagatttttgtttgtgttggacgatctatggaatgacaattgtaatgattgggatgagctagtaagtcccttcattaatggaaaacctggaagcatgg 10127216  T
Q  102 tgattataacaacgcgccaacaaaaagttacaaagatggcacgcgtgtttgctgtacataatttagaacctctatcaaatgaagattgctggtctttact 201  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |  || ||||||||   ||| || ||||| |  || ||   |||||| |||||||||| |||||||||||    
T  10127217 tgattataacaacgcgccaacaaaaagttgctgaggtggcacgcacatttcctatacatgaactaaaagtactatcagatgaagattgttggtctttact 10127316  T
Q  202 ctcaaactatgcattggaaagtgatgagtttcaccatagtacaaatacaacccttgaagaaattggcaggaagattgcaagaaagtgtggaggattgcca 301  Q
     |||||  ||||||||| |||||||||| |||| |||| |||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10127317 atcaaagcatgcattgggaagtgatgagattcagcataatacaaatacagcccttgaagaaacaggcaggaagattgcaagaaagtgtggaggattgcca 10127416  T
Q  302 atagctgcaaaaacactaggaggacttctccgttcaaaggtagacataacagagtggacttcaattttgaacagcagcatatggaacttgcgaaatgata 401  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  10127417 atagctgctaaaacactaggaggacttctacgttcaaaggtagacataacagagtggacttcaattttgaacaacaacatatggaacttgcgaaatgata 10127516  T
Q  402 atattcttc 410  Q
    |||||||||    
T  10127517 atattcttc 10127525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 1 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 10363679 - 10363270
Alignment:
Q  1 gaaaagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgtaatgattgggatgagctagtaagtcccttcattaatggaaaacctggaagcatg 100  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||| | ||||||||||| ||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  10363679 gaaaagatatttgtttgtgttggacgatctgtggaatgacaattataatgattggggtgaactagtaagccccttcattgatggaaaacctggaagcatg 10363580  T
Q  101 gtgattataacaacgcgccaacaaaaagttacaaagatggcacgcgtgtttgctgtacataatttagaacctctatcaaatgaagattgctggtctttac 200  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||  |  || |||||| |   ||| || ||||||| ||||| | |||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  10363579 gtgattataacaacgcgccaagaaaaagtagctgaggtggcacacacatttcctatacataaattagatcttctatcaaatgaagattgttggactttac 10363480  T
Q  201 tctcaaactatgcattggaaagtgatgagtttcaccatagtacaaatacaacccttgaagaaattggcaggaagattgcaagaaagtgtggaggattgcc 300  Q
    |||||||  ||||| ||| || ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10363479 tctcaaagcatgcactgggaaatgatgagtttcacaatagtacaaacacaacccttgaagaaataggcaggaagattgcaagaaagtgtggaggattgcc 10363380  T
Q  301 aatagctgcaaaaacactaggaggacttctccgttcaaaggtagacataacagagtggacttcaattttgaacagcagcatatggaacttgcgaaatgat 400  Q
    ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  10363379 aattgctgctaaaacactaggaggacttctccgttcaaaggtagacataacagagtggacttcaattttgaacagcaacatatggaacttgcgaaatgat 10363280  T
Q  401 aatattcttc 410  Q
    ||||||||||    
T  10363279 aatattcttc 10363270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 1 - 410
Target Start/End: Original strand, 9839049 - 9839458
Alignment:
Q  1 gaaaagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgtaatgattgggatgagctagtaagtcccttcattaatggaaaacctggaagcatg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  9839049 gaaaagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaattataatgattggggtgaactagtaagtcccttcattgatggaaaacccggaagcatg 9839148  T
Q  101 gtgattataacaacgcgccaacaaaaagttacaaagatggcacgcgtgtttgctgtacataatttagaacctctatcaaatgaagattgctggtctttac 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |  || |||||| |   ||| |  ||||||| ||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  9839149 gtgattataacaacgcgccaacaaaaagttgctgaggtggcacacacatttccaatacataaattagatcttctatcaaatgaagattgttggtctttac 9839248  T
Q  201 tctcaaactatgcattggaaagtgatgagtttcaccatagtacaaatacaacccttgaagaaattggcaggaagattgcaagaaagtgtggaggattgcc 300  Q
    |||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9839249 tctcaaagcatgcattgggaagtgatgagtttcaccatagttcaaacacagcccttgaagaaataggcaggaagattgcaagaaagtgtggaggattgcc 9839348  T
Q  301 aatagctgcaaaaacactaggaggacttctccgttcaaaggtagacataacagagtggacttcaattttgaacagcagcatatggaacttgcgaaatgat 400  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||   |||||||    
T  9839349 aatagctgctaaaacaataggaggacttctacgttcaaaggtagacataagtgagtggacttcaattttgaacagcgacatatggaacttatcaaatgat 9839448  T
Q  401 aatattcttc 410  Q
    ||||||||||    
T  9839449 aatattcttc 9839458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 1 - 410
Target Start/End: Original strand, 10663714 - 10664123
Alignment:
Q  1 gaaaagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgtaatgattgggatgagctagtaagtcccttcattaatggaaaacctggaagcatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| | ||||||||||  ||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  10663714 gaaaagatttttgtttgtgttcgatgatctgtggaatgacaattataatgattggagtgaactagcaagtcccttcattgatggaaaacctggaagcatg 10663813  T
Q  101 gtgattataacaacgcgccaacaaaaagttacaaagatggcacgcgtgtttgctgtacataatttagaacctctatcaaatgaagattgctggtctttac 200  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| |  || |||||| |   ||| || ||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  10663814 gtgattataacaacgcgcgaacaaaaagttgctgaggtggcacacacatttcctatacataaattagaacttctatcaaatgaagattgttggtccttac 10663913  T
Q  201 tctcaaactatgcattggaaagtgatgagtttcaccatagtacaaatacaacccttgaagaaattggcaggaagattgcaagaaagtgtggaggattgcc 300  Q
    | |||||  ||||||||| ||| || ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10663914 tttcaaagcatgcattgggaagcgacgagtttcaccatagttcaaacacaacccttgaagaaacaggcaggaagattgcaagaaagtgtggaggattgcc 10664013  T
Q  301 aatagctgcaaaaacactaggaggacttctccgttcaaaggtagacataacagagtggacttcaattttgaacagcagcatatggaacttgcgaaatgat 400  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  10664014 aatagctgctaaaacattaggaggacttctacgttcaaaggtagacataacagagtggacttcaattttgaacagcaacatatggaacttgcgcaatgat 10664113  T
Q  401 aatattcttc 410  Q
    ||||||||||    
T  10664114 aatattcttc 10664123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 250; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 1 - 410
Target Start/End: Original strand, 9849927 - 9850336
Alignment:
Q  1 gaaaagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgtaatgattgggatgagctagtaagtcccttcattaatggaaaacctggaagcatg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  9849927 gaaaagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaattataatgattggggtgaactagtaagtcccttcattgatggaaaacccggaagcatg 9850026  T
Q  101 gtgattataacaacgcgccaacaaaaagttacaaagatggcacgcgtgtttgctgtacataatttagaacctctatcaaatgaagattgctggtctttac 200  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| |  || |||||| |   ||| |  ||||||| ||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  9850027 gtgattataacaacacgccaacaaaaagttgctgaggtggcacacacatttccaatacataaattagatcttctatcaaatgaagattgttggtctttac 9850126  T
Q  201 tctcaaactatgcattggaaagtgatgagtttcaccatagtacaaatacaacccttgaagaaattggcaggaagattgcaagaaagtgtggaggattgcc 300  Q
    |||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9850127 tctcaaagcatgcattgggaagtgatgagtttcaccatagttcaaacacagcccttgaagaaataggcaggaagattgcaagaaagtgtggaggattgcc 9850226  T
Q  301 aatagctgcaaaaacactaggaggacttctccgttcaaaggtagacataacagagtggacttcaattttgaacagcagcatatggaacttgcgaaatgat 400  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||   ||||||||||||   |||||||    
T  9850227 aatagctgctaaaacaataggaggacttctacgttcaaaggtagacataagtgagtggacttcaattttgaacagtgacatatggaacttatcaaatgat 9850326  T
Q  401 aatattcttc 410  Q
    ||||||||||    
T  9850327 aatattcttc 9850336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 1 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 10433925 - 10433516
Alignment:
Q  1 gaaaagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgtaatgattgggatgagctagtaagtcccttcattaatggaaaacctggaagcatg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| | ||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  10433925 gaaaagatttttgtttgtgttggacgatctgtggaatgacaattataatgattggggtgaactagtaagtcccttcattgatggaaaacccggaagcatg 10433826  T
Q  101 gtgattataacaacgcgccaacaaaaagttacaaagatggcacgcgtgtttgctgtacataatttagaacctctatcaaatgaagattgctggtctttac 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |  || |||||| |   ||| || ||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  10433825 gtgattataacaacgcgccaacaaaaagttgctgaggtggcacacacatttcctatacataaattagaacttctatcaaatgaagattgttggtctttac 10433726  T
Q  201 tctcaaactatgcattggaaagtgatgagtttcaccatagtacaaatacaacccttgaagaaattggcaggaagattgcaagaaagtgtggaggattgcc 300  Q
    |||| ||  |||||||||  ||||||||||||||||  | |||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  10433725 tctcgaagcatgcattgggcagtgatgagtttcacctcaatacaaacacaacccttgaagaaataggcagggagattgcaagaaagtgtggaggattgcc 10433626  T
Q  301 aatagctgcaaaaacactaggaggacttctccgttcaaaggtagacataacagagtggacttcaattttgaacagcagcatatggaacttgcgaaatgat 400  Q
    ||| ||||| |||||| ||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||   |||||||    
T  10433625 aattgctgctaaaacaataggaggacttttacgttcaaaggtagatataacagagtggacttcaattttgaacagcaacgtatggaacttatcaaatgat 10433526  T
Q  401 aatattcttc 410  Q
    ||||||||||    
T  10433525 aatattcttc 10433516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 1 - 410
Target Start/End: Original strand, 10088978 - 10089387
Alignment:
Q  1 gaaaagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgtaatgattgggatgagctagtaagtcccttcattaatggaaaacctggaagcatg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||  ||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  10088978 gaaaagatttttgtttgtgttggatgatctgtggaatgacaattataatgattggattgcactagtaagtcccttcattgatggaaaacctggaagcatg 10089077  T
Q  101 gtgattataacaacgcgccaacaaaaagttacaaagatggcacgcgtgtttgctgtacataatttagaacctctatcaaatgaagattgctggtctttac 200  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||  |  || |||||| |   ||| || ||||||| ||||||| ||| |||||||||||||| ||| ||||||    
T  10089078 gtgattataacaacgcgccaagaaaaagtagctgaggtggcacacacatttcctatacataaattagaacttctgtcaaatgaagattgttggactttac 10089177  T
Q  201 tctcaaactatgcattggaaagtgatgagtttcaccatagtacaaatacaacccttgaagaaattggcaggaagattgcaagaaagtgtggaggattgcc 300  Q
    |||||||  |||||||||  | |||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  10089178 tctcaaagcatgcattgggcaatgataagtttccccatagtacaaacacaacccttgaagcaattggccggaagattgcaaggaagtgtggaggattgcc 10089277  T
Q  301 aatagctgcaaaaacactaggaggacttctccgttcaaaggtagacataacagagtggacttcaattttgaacagcagcatatggaacttgcgaaatgat 400  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||   |||||||    
T  10089278 aatagctgccaaaacactaggaggacttctacgttcaaaggtagaaataacagagtggacttcaattttgaacagcgacatatggaacttatcaaatgat 10089377  T
Q  401 aatattcttc 410  Q
    ||||||||||    
T  10089378 aatattcttc 10089387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 5 - 410
Target Start/End: Original strand, 10527550 - 10527955
Alignment:
Q  5 agatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgtaatgattgggatgagctagtaagtcccttcattaatggaaaacctggaagcatggtga 104  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  10527550 agatttttgtttgtgttggatgatctatggaatgacaattacaatgattgggatgagctagtaagtccactcattgatggaaaacctggaagtatggtga 10527649  T
Q  105 ttataacaacgcgccaacaaaaagttacaaagatggcacgcgtgtttgctgtacataatttagaacctctatcaaatgaagattgctggtctttactctc 204  Q
    |||||||||| | ||||| ||||||| |  || ||||||||   ||| || |||||||  || ||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  10527650 ttataacaacccaccaacgaaaagttgctgaggtggcacgcacatttcctatacataaactaaaacttttatcaaatgaagattgttggtctttactctc 10527749  T
Q  205 aaactatgcattggaaagtgatgagtttcaccatagtacaaatacaacccttgaagaaattggcaggaagattgcaagaaagtgtggaggattgccaata 304  Q
    |||  ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  10527750 aaagcatgcattgggaagtgatgagtttcacaatagtacaaacacaacccttgaagaaataggcagaaagattgcaagaaagtatggaggattgccaata 10527849  T
Q  305 gctgcaaaaacactaggaggacttctccgttcaaaggtagacataacagagtggacttcaattttgaacagcagcatatggaacttgcgaaatgataata 404  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||   |||||||||||    
T  10527850 gctgctaaaacaataggaggacttctacgttcaaaggtagacataacagagtggacttcaattttgaacagcaacgtatggaacttatcaaatgataata 10527949  T
Q  405 ttcttc 410  Q
    ||||||    
T  10527950 ttcttc 10527955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 1 - 410
Target Start/End: Original strand, 10032191 - 10032600
Alignment:
Q  1 gaaaagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgtaatgattgggatgagctagtaagtcccttcattaatggaaaacctggaagcatg 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  10032191 gaaaagatttttgtttgttttggatgatctgtggaatgacaattataatgattggggtgaactagtaagtcccttcattgatggaaaacctggaagcatg 10032290  T
Q  101 gtgattataacaacgcgccaacaaaaagttacaaagatggcacgcgtgtttgctgtacataatttagaacctctatcaaatgaagattgctggtctttac 200  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||||| |  || ||||| ||   ||| || ||||| |  || ||| |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  10032291 gtgattataacaacacgccaacgaaaagttgctgaggtggcatgcacatttcctatacatgaactaaaacttctatcaaatgaagattgttggtctttac 10032390  T
Q  201 tctcaaactatgcattggaaagtgatgagtttcaccatagtacaaatacaacccttgaagaaattggcaggaagattgcaagaaagtgtggaggattgcc 300  Q
    |||||||  |||||||||  ||||||||| |||| |||| | |||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10032391 tctcaaagcatgcattgggcagtgatgagattcagcataatgcaaatacagcccttgaagaaacaggcaggaagattgcaagaaagtgtggaggattgcc 10032490  T
Q  301 aatagctgcaaaaacactaggaggacttctccgttcaaaggtagacataacagagtggacttcaattttgaacagcagcatatggaacttgcgaaatgat 400  Q
    ||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||   |||||||    
T  10032491 aatagctgccaaaacacttggagggcttctacgttcaaaggtagacataacagagtggacttcaattttgaacagcgacatatggaacttatcaaatgat 10032590  T
Q  401 aatattcttc 410  Q
    ||||||||||    
T  10032591 aatattcttc 10032600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 1 - 410
Target Start/End: Original strand, 10195861 - 10196270
Alignment:
Q  1 gaaaagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgtaatgattgggatgagctagtaagtcccttcattaatggaaaacctggaagcatg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||  ||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  10195861 gaaaagatttttgtttgtgttggatgatctgtggaatgacaattataatgattggattgcactagtaagtcccttcattgatggaaaacctggaagcatg 10195960  T
Q  101 gtgattataacaacgcgccaacaaaaagttacaaagatggcacgcgtgtttgctgtacataatttagaacctctatcaaatgaagattgctggtctttac 200  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||  |  || |||||| |   ||| || ||||||| ||||||| ||| |||||||||||||| ||| ||||||    
T  10195961 gtgattataacaacgcgccaagaaaaagtagctgaggtggcacacacatttcctatacataaattagaacttctgtcaaatgaagattgttggactttac 10196060  T
Q  201 tctcaaactatgcattggaaagtgatgagtttcaccatagtacaaatacaacccttgaagaaattggcaggaagattgcaagaaagtgtggaggattgcc 300  Q
    |||||||  |||||||||  | |||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||    
T  10196061 tctcaaagcatgcattgggcaatgataagtttccccatagtacaaacacaacccttgaagcaattggcctgaagattgcaaggaagtgtggaggattgcc 10196160  T
Q  301 aatagctgcaaaaacactaggaggacttctccgttcaaaggtagacataacagagtggacttcaattttgaacagcagcatatggaacttgcgaaatgat 400  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||   |||||||    
T  10196161 aatagctgctaaaacactaggaggacttctacgttcaaaggtagaaataacagagtggacttcaattttgaacagcgacatatggaacttatcaaatgat 10196260  T
Q  401 aatattcttc 410  Q
    ||||||||||    
T  10196261 aatattcttc 10196270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 1 - 410
Target Start/End: Original strand, 10260886 - 10261295
Alignment:
Q  1 gaaaagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgtaatgattgggatgagctagtaagtcccttcattaatggaaaacctggaagcatg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| | ||||||||||| ||| |||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||    
T  10260886 gaaaagatttttgtttgtgttggacgatctgtggaatgacaattataatgattggggtgaactagtaagccccttcgttgatggaaaacctggaagcatg 10260985  T
Q  101 gtgattataacaacgcgccaacaaaaagttacaaagatggcacgcgtgtttgctgtacataatttagaacctctatcaaatgaagattgctggtctttac 200  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| |  || ||||| ||   ||| || ||||| |  || ||| |||||| |||||||| || ||||||||||    
T  10260986 gtgattataacaacgcggcaacaaaaagttgctgaggtggcatgcacatttcctatacatgaactaaaacttctatcgaatgaagactgttggtctttac 10261085  T
Q  201 tctcaaactatgcattggaaagtgatgagtttcaccatagtacaaatacaacccttgaagaaattggcaggaagattgcaagaaagtgtggaggattgcc 300  Q
    |||||||  |||||||||  ||||||||| |||| |||| |||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10261086 tctcaaagcatgcattgggcagtgatgagattcagcataatacaaatacagcccttgaagaaacaggcaggaagattgcaagaaagtgtggaggattgcc 10261185  T
Q  301 aatagctgcaaaaacactaggaggacttctccgttcaaaggtagacataacagagtggacttcaattttgaacagcagcatatggaacttgcgaaatgat 400  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||   |||||||    
T  10261186 aatagctgccaaaacacttggaggacttctacgttcaaaggtagacataacagagtggacttcaattttgaacagcgacatatggaacttatcaaatgat 10261285  T
Q  401 aatattcttc 410  Q
    ||||||||||    
T  10261286 aatattcttc 10261295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 1 - 410
Target Start/End: Original strand, 11769422 - 11769831
Alignment:
Q  1 gaaaagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgtaatgattgggatgagctagtaagtcccttcattaatggaaaacctggaagcatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| | ||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  11769422 gaaaagatttttgtttgtgttagatgatatgtggaatgacaattataatgattggggtgaactagtaagtcccttcagtaatggaaaacctggaagcatg 11769521  T
Q  101 gtgattataacaacgcgccaacaaaaagttacaaagatggcacgcgtgtttgctgtacataatttagaacctctatcaaatgaagattgctggtctttac 200  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||||| |  || |||||| |   ||| || ||||| | ||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  11769522 gtgattataacaacacgccaacgaaaagttgctgaggtggcacacacatttcctatacatgaattaaaacttctatcaaatgaagattgttggtctttac 11769621  T
Q  201 tctcaaactatgcattggaaagtgatgagtttcaccatagtacaaatacaacccttgaagaaattggcaggaagattgcaagaaagtgtggaggattgcc 300  Q
    |||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11769622 tctcaaagcatgcattgggaagtgatgagtttcaccatagtacaaacacaacccttgaagaaataggaaggaagattgcaagaaagtgtggaggattgcc 11769721  T
Q  301 aatagctgcaaaaacactaggaggacttctccgttcaaaggtagacataacagagtggacttcaattttgaacagcagcatatggaacttgcgaaatgat 400  Q
    ||| || || | |||| ||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||    ||||||||||||   |||||||    
T  11769722 aattgccgctataacaataggagggcttctacgttcaaaggtagatataacagagtggactgcaattttaaacaatgacatatggaacttatcaaatgat 11769821  T
Q  401 aatattcttc 410  Q
    ||||||||||    
T  11769822 aatattcttc 11769831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 1 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 10375726 - 10375337
Alignment:
Q  1 gaaaagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgtaatgattgggatgagctagtaagtcccttcattaatggaaaacctggaagcatg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  10375726 gaaaagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaattattatgattggggtgaactagtaagtcccttcattgatggaaaacccggaagcatg 10375627  T
Q  101 gtgattataacaacgcgccaacaaaaagttacaaagatggcacgcgtgtttgctgtacataatttagaacctctatcaaatgaagattgctggtctttac 200  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| | ||| | ||| ||   ||| || ||||| |  || ||| |||||| |||||||| || ||||||||||    
T  10375626 gtgattataacaacgcgccaacgaaaagttgctaaggtagcatgcacatttcctatacatgaactaaaacttctatcgaatgaagactgttggtctttac 10375527  T
Q  201 tctcaaactatgcattggaaagtgatgagtttcaccatagtacaaatacaacccttgaagaaattggcaggaagattgcaagaaagtgtggaggattgcc 300  Q
    |||||||  |||||||||  ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10375526 tctcaaagcatgcattgggtagtgatgagtttcaccatagttcaaacacaacccttgaagaaataggcaggaagattgcaagaaagtgtggaggattgcc 10375427  T
Q  301 aatagctgcaaaaacactaggaggacttctccgttcaaaggtagacataacagagtggacttcaattttgaacagcagcatatggaactt 390  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||| || |||||||||||||   ||||||||||    
T  10375426 aatagctgctaaaacaataggaggacttctacgttcaaaggtagatgtaacagagtggacatccattttgaacagcaatgtatggaactt 10375337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 2 - 410
Target Start/End: Original strand, 10077458 - 10077866
Alignment:
Q  2 aaaagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgtaatgattgggatgagctagtaagtcccttcattaatggaaaacctggaagcatgg 101  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| | || |||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||    
T  10077458 aaaagatttttgtttgtgttagatgatatgtggaatgacaattatagtgattgggatgaacttgtaagtcccttcattgatggaaagcatggaagcatgg 10077557  T
Q  102 tgattataacaacgcgccaacaaaaagttacaaagatggcacgcgtgtttgctgtacataatttagaacctctatcaaatgaagattgctggtctttact 201  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| || || ||||||||   ||| || ||||||  ||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||    
T  10077558 tgattataacaacacgccaacaaaaagttgcagaggtggcacgcacatttcctatacatatattagaacctttatcaaatgaagattgttggtatttact 10077657  T
Q  202 ctcaaactatgcattggaaagtgatgagtttcaccatagtacaaatacaacccttgaagaaattggcaggaagattgcaagaaagtgtggaggattgcca 301  Q
     |||||  ||||||||  |  || |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10077658 ttcaaagcatgcattgagagttggtgagtttcaccatagtacaaactcaacccttgaagaaataggcaggaagattgcaagaaagtgtggaggattgcca 10077757  T
Q  302 atagctgcaaaaacactaggaggacttctccgttcaaaggtagacataacagagtggacttcaattttgaacagcagcatatggaacttgcgaaatgata 401  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||||  ||||||||||||| |||| |||||||||  |||||||||| || |   |||||||||| | ||||||||    
T  10077758 atagctgctaaaacaataggaggacttctaggttcaaaggtagatataatagagtggacaacaattttgaatagtaatgtatggaacttaccaaatgata 10077857  T
Q  402 atattcttc 410  Q
    | |||||||    
T  10077858 aaattcttc 10077866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 410
Target Start/End: Original strand, 10184430 - 10184839
Alignment:
Q  1 gaaaagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgtaatgattgggatgagctagtaagtcccttcattaatggaaaacctggaagcatg 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||  | | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  10184430 gaaaagatttttgtttgtattggatgatctgtggaatgacagttatgatgattgggatgagctagtaagtcccttcattgatggaaaacctggaagcatg 10184529  T
Q  101 gtgattataacaacgcgccaacaaaaagttacaaagatggcacgcgtgtttgctgtacataatttagaacctctatcaaatgaagattgctggtctttac 200  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||  |  || |||||| |   ||| || ||||| |  || ||| |||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  10184530 gtgattataacaacgcgccaagaaaaagtagctgaggtggcacacacatttcctatacatgaactaaaacttctatcaaatgaagattgttggtcgttac 10184629  T
Q  201 tctcaaactatgcattggaaagtgatgagtttcaccatagtacaaatacaacccttgaagaaattggcaggaagattgcaagaaagtgtggaggattgcc 300  Q
    |||||||  ||||||||  |  || ||||||||||| || || |||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10184630 tctcaaagcatgcattgagagttggtgagtttcaccgtactagaaactcaacctttgaagaaataggcaggaagattgcaagaaagtgtggaggattgcc 10184729  T
Q  301 aatagctgcaaaaacactaggaggacttctccgttcaaaggtagacataacagagtggacttcaattttgaacagcagcatatggaacttgcgaaatgat 400  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||||  |||| |||||||| |||| |||||||||  |||||||||| ||||   |||||||||| | |||||||    
T  10184730 aatagctgctaaaacaataggaggacttctaggttcgaaggtagatataatagagtggacaacaattttgaatagcaatgtatggaacttaccaaatgat 10184829  T
Q  401 aatattcttc 410  Q
    || |||||||    
T  10184830 aaaattcttc 10184839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 258 - 410
Target Start/End: Original strand, 10672127 - 10672279
Alignment:
Q  258 aagaaattggcaggaagattgcaagaaagtgtggaggattgccaatagctgcaaaaacactaggaggacttctccgttcaaaggtagacataacagagtg 357  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  10672127 aagaaataggcaggaagattgcaagaaagtgtggaggattgccaatagctgctaaaacaataggaggacttctacgttcaaaggtagacataactgagtg 10672226  T
Q  358 gacttcaattttgaacagcagcatatggaacttgcgaaatgataatattcttc 410  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  10672227 gacttcaattttgaacagcaacatatgaaacttgcgaaatgataatattcttc 10672279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 402
Target Start/End: Complemental strand, 11781863 - 11781462
Alignment:
Q  1 gaaaagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgtaatgattgggatgagctagtaagtcccttcattaatggaaaacctggaagcatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  | |  |||||||||  |||||||||||||||  ||| | ||||||||||||||||   |    
T  11781863 gaaaagatttttgtttgtgttagatgatttgtggaatgatgattacaatgattggcttgagctagtaagtccactcaatgatggaaaacctggaagttcg 11781764  T
Q  101 gtgattataacaacgcgccaacaaaaagttacaaagatggcacgcgtgtttgctgtacataatttagaacctctatcaaatgaagattgctggtctttac 200  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| || || |||||| |   ||| || | |||   ||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||    
T  11781763 gtgattataacaactcgccaacaaaaagttgcagaggtggcacacacatttcctattcatgcattagaacctctatctcatgaagattgttggtctttac 11781664  T
Q  201 tctcaaactatgcattggaaagtgatgagtttcaccatagtacaaatacaacccttgaagaaattggcaggaagattgcaagaaagtgtggaggattgcc 300  Q
    |||| ||  ||||||| |  ||| | || | | | |   ||| | |  ||| ||| ||||| ||||||||||||||||| | ||| ||||| ||||||||    
T  11781663 tctcgaaacatgcatttggtagtaaggactgtgatcgccgtaaatacccaaacctagaagagattggcaggaagattgctaaaaaatgtggtggattgcc 11781564  T
Q  301 aatagctgcaaaaacactaggaggacttctccgttcaaaggtagacataacagagtggacttcaattttgaacagcagcatatggaacttgcgaaatgat 400  Q
    ||||||||| || ||||| ||||||||| | |||||||||||||    ||  ||||||||||||||| | |||||||  ||||||||||| |||||||||    
T  11781563 aatagctgccaagacacttggaggacttatgcgttcaaaggtagttgaaaaggagtggacttcaattctcaacagcaatatatggaacttacgaaatgat 11781464  T
Q  401 aa 402  Q
    ||    
T  11781463 aa 11781462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 1 - 402
Target Start/End: Original strand, 10517673 - 10518074
Alignment:
Q  1 gaaaagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgtaatgattgggatgagctagtaagtcccttcattaatggaaaacctggaagcatg 100  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  | |  |||||||||  ||| |||||||||||  ||| | |||||||||| || ||   |    
T  10517673 gaaaagatttttgtttgtgttagatgatttgtggaatgatgattacaatgattggcttgaactagtaagtccactcaatgatggaaaacccgggagttcg 10517772  T
Q  101 gtgattataacaacgcgccaacaaaaagttacaaagatggcacgcgtgtttgctgtacataatttagaacctctatcaaatgaagattgctggtctttac 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||| |   ||| || | ||  | ||||||||||||||  |||||||||| ||||||||||    
T  10517773 gtgattataacaacgcgccaacaaaaagttgcagaggtggcacacacatttcctattcaggaattagaacctctatctcatgaagattgttggtctttac 10517872  T
Q  201 tctcaaactatgcattggaaagtgatgagtttcaccatagtacaaatacaacccttgaagaaattggcaggaagattgcaagaaagtgtggaggattgcc 300  Q
    |||||||  ||||||| |  ||| | ||   | | || |||| | |  |||  |||||||| ||||||||||||||||| | ||| ||||| || || ||    
T  10517873 tctcaaaacatgcatttggtagtaaggacagtgatcacagtaaatacccaaatcttgaagagattggcaggaagattgctaaaaaatgtggtgggttacc 10517972  T
Q  301 aatagctgcaaaaacactaggaggacttctccgttcaaaggtagacataacagagtggacttcaattttgaacagcagcatatggaacttgcgaaatgat 400  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||| | |||||||||||||    ||  |||||| |||||||| | ||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  10517973 aatagctgccaaaacacttggaggacttatgcgttcaaaggtagttgaaaaggagtggtcttcaattctaaacagcaacatatggaacttacgaaatgat 10518072  T
Q  401 aa 402  Q
    ||    
T  10518073 aa 10518074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 2 - 406
Target Start/End: Original strand, 13344278 - 13344682
Alignment:
Q  2 aaaagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgtaatgattgggatgagctagtaagtcccttcattaatggaaaacctggaagcatgg 101  Q
    |||||||||||||| ||| |||| ||| |||||||||| |  | |||||||||||||||| |||||| ||| || ||||| || ||| | ||||| ||||    
T  13344278 aaaagatttttgttagtgctggacgatctgtggaatgatagttataatgattgggatgagttagtaactccattgattaacggcaaaacgggaagtatgg 13344377  T
Q  102 tgattataacaacgcgccaacaaaaagttacaaagatggcacgcgtgtttgctgtacataatttagaacctctatcaaatgaagattgctggtctttact 201  Q
    |||| || ||||| ||||||||||||||| |  || | |||| |  |||| || | || ||  |||| ||||||||| |||| || || ||||| |||||    
T  13344378 tgatcatcacaacacgccaacaaaaagttgcggaggttgcacacacgtttcctattcacaaagtagatcctctatcagatgatgactgttggtcgttact 13344477  T
Q  202 ctcaaactatgcattggaaagtgatgagtttcaccatagtacaaatacaacccttgaagaaattggcaggaagattgcaagaaagtgtggaggattgcca 301  Q
     |||||  ||||||| | |||||| ||   ||    ||| |   |  |||  || ||||||||||| || |||||||| | ||||||||| ||||||||     
T  13344478 ttcaaagcatgcattcggaagtgaagaccgtcgaggtagaaagtacccaaatctagaagaaattggtagaaagattgccaaaaagtgtggtggattgccc 13344577  T
Q  302 atagctgcaaaaacactaggaggacttctccgttcaaaggtagacataacagagtggacttcaattttgaacagcagcatatggaacttgcgaaatgata 401  Q
    |||||||| |||||||| |||||| || | ||||||||||||||   || |||||||||| ||||| | || ||   |||||||||||| | ||||||||    
T  13344578 atagctgctaaaacactcggaggaattttgcgttcaaaggtagatgcaaaagagtggactgcaattctaaatagtgacatatggaacttaccaaatgata 13344677  T
Q  402 atatt 406  Q
    |||||    
T  13344678 atatt 13344682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 2 - 406
Target Start/End: Original strand, 13171220 - 13171624
Alignment:
Q  2 aaaagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgtaatgattgggatgagctagtaagtcccttcattaatggaaaacctggaagcatgg 101  Q
    |||||||||||||| ||| |||| ||| |||||||||| |  | |||||||||||||||| |||||| ||| || ||||| || ||| | ||||| ||||    
T  13171220 aaaagatttttgttagtgctggacgatctgtggaatgatagttataatgattgggatgagttagtaactccattgattaacggcaaaacgggaagtatgg 13171319  T
Q  102 tgattataacaacgcgccaacaaaaagttacaaagatggcacgcgtgtttgctgtacataatttagaacctctatcaaatgaagattgctggtctttact 201  Q
    |||| || ||||| ||||||||||||||| |  || | |||| |  |||| || | || ||  |||| ||||||||| |||| || || ||||| |||||    
T  13171320 tgatcatcacaacacgccaacaaaaagttgcggaggttgcacacacgtttcctattcacaaagtagatcctctatcagatgatgactgttggtcgttact 13171419  T
Q  202 ctcaaactatgcattggaaagtgatgagtttcaccatagtacaaatacaacccttgaagaaattggcaggaagattgcaagaaagtgtggaggattgcca 301  Q
     |||||  ||||||| | |||||| ||   ||    ||| |   |  |||  || ||||||||||| || |||||||| | ||||||||| ||||||||     
T  13171420 ttcaaagcatgcattcggaagtgaagaccgtcgaggtagaaagtacccaaatctagaagaaattggtagaaagattgccaaaaagtgtggtggattgccc 13171519  T
Q  302 atagctgcaaaaacactaggaggacttctccgttcaaaggtagacataacagagtggacttcaattttgaacagcagcatatggaacttgcgaaatgata 401  Q
    |||||| | |||||||| |||||| || | ||||||||||||||   || |||||||||| ||||| | || ||   |||||||||||| | ||||||||    
T  13171520 atagctcctaaaacactcggaggaattttgcgttcaaaggtagatgcaaaagagtggactgcaattctaaatagtgacatatggaacttaccaaatgata 13171619  T
Q  402 atatt 406  Q
    |||||    
T  13171620 atatt 13171624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 2 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 11130906 - 11130583
Alignment:
Q  2 aaaagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgtaatgattgggatgagctagtaagtcccttcattaatggaaaacctggaagcatgg 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||| | ||||||||||||||| || |||| ||| || |||||||||||   |||||||| ||    
T  11130906 aaaagatttttgtttgtgttggatgacctatggaatgacaattataatgattgggatgaacttgtaactcctttgattaatggaaacaatggaagcaggg 11130807  T
Q  102 tgattataacaacgcgccaacaaaaagttacaaagatggcacgcgtgtttgctgtacataatttagaacctctatcaaatgaagattgctggtctttact 201  Q
    | ||  | ||||| ||||||||||||||| || || | ||||     ||| || | ||||| ||||||  | |||| |||||||||   |||||||||||    
T  11130806 tcatcgtcacaacacgccaacaaaaagttgcagaggttgcacatacatttcctattcataaattagaagttttatctaatgaagatacatggtctttact 11130707  T
Q  202 ctcaaactatgcattggaaagtgatgagtttcaccatagtacaaatacaacccttgaagaaattggcaggaagattgcaagaaagtgtggaggattgcca 301  Q
    ||||||  ||||||| | ||||||  | |||    | | || |    ||| ||| |||| |||||| || |||||||||||||||||||  || |||||     
T  11130706 ctcaaagcatgcatttggaagtgaaaacttttgtgacaataaatgctcaaacctagaagcaattggtagaaagattgcaagaaagtgtgctgggttgccc 11130607  T
Q  302 atagctgcaaaaacactaggagga 325  Q
    ||||||||||||||||| ||||||    
T  11130606 atagctgcaaaaacacttggagga 11130583  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 2 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 11148734 - 11148411
Alignment:
Q  2 aaaagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgtaatgattgggatgagctagtaagtcccttcattaatggaaaacctggaagcatgg 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| | ||||||||||||||| || ||||  || || |||||||||||   |||||||| ||    
T  11148734 aaaagatttttgtttgtgttggatgacttatggaatgacaattataatgattgggatgaacttgtaacacctttgattaatggaaacagtggaagcaggg 11148635  T
Q  102 tgattataacaacgcgccaacaaaaagttacaaagatggcacgcgtgtttgctgtacataatttagaacctctatcaaatgaagattgctggtctttact 201  Q
    | ||  | ||||| ||||||||||||||| || || | ||||     ||| || | ||||| ||||||  | |||| |||||||||   |||||||||||    
T  11148634 tcatcgtcacaacacgccaacaaaaagttgcagaggttgcacatacatttcctattcataaattagaagttttatctaatgaagatacatggtctttact 11148535  T
Q  202 ctcaaactatgcattggaaagtgatgagtttcaccatagtacaaatacaacccttgaagaaattggcaggaagattgcaagaaagtgtggaggattgcca 301  Q
    ||||||  ||||||| | ||||||  | |||    | | || |    ||| ||| |||| |||||| || |||||||||||||||||||  || |||||     
T  11148534 ctcaaagcatgcatttggaagtgaaaacttttgtgacaataaatgctcaaacctagaagcaattggtagaaagattgcaagaaagtgtgttgggttgccc 11148435  T
Q  302 atagctgcaaaaacactaggagga 325  Q
    ||||||||||||||||| ||||||    
T  11148434 atagctgcaaaaacacttggagga 11148411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 2 - 401
Target Start/End: Original strand, 13333093 - 13333492
Alignment:
Q  2 aaaagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgtaatgattgggatgagctagtaagtcccttcattaatggaaaacctggaagcatgg 101  Q
    |||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||| |||  | ||||| || |||   ||||| | ||    
T  13333093 aaaagatttttgttagtgttggatgacctgtggaatgacaattataatgattgggatgagttagtaactccactgattaacggcaaaaaaggaagtaggg 13333192  T
Q  102 tgattataacaacgcgccaacaaaaagttacaaagatggcacgcgtgtttgctgtacataatttagaacctctatcaaatgaagattgctggtctttact 201  Q
    |||| || ||||| ||||||||||||||| |  || | |||| |  |||| || | || ||  |||| ||||||||| |||| || || ||||| |||||    
T  13333193 tgatcatcacaacacgccaacaaaaagttgcggaggttgcacacacgtttcctattcacaaagtagatcctctatcagatgatgactgttggtcgttact 13333292  T
Q  202 ctcaaactatgcattggaaagtgatgagtttcaccatagtacaaatacaacccttgaagaaattggcaggaagattgcaagaaagtgtggaggattgcca 301  Q
     |||||  ||||||| | |||||| ||   ||    ||| |   |  |||  || ||||||||||| || |||||||| | ||||||||| ||||||||     
T  13333293 ttcaaagcatgcattcggaagtgaagaccgtcgaggtagaaagtacccaaatctagaagaaattggtagaaagattgccaaaaagtgtggtggattgccc 13333392  T
Q  302 atagctgcaaaaacactaggaggacttctccgttcaaaggtagacataacagagtggacttcaattttgaacagcagcatatggaacttgcgaaatgata 401  Q
    |||||||| |||||||| |||||| || | ||||||||||||||   || |||||||||| ||||| | || ||   |||||||||||| | ||||||||    
T  13333393 atagctgctaaaacactcggaggaattttgcgttcaaaggtagatgcaaaagagtggactgcaattctaaatagtgacatatggaacttaccaaatgata 13333492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 257 - 401
Target Start/End: Original strand, 10501018 - 10501162
Alignment:
Q  257 gaagaaattggcaggaagattgcaagaaagtgtggaggattgccaatagctgcaaaaacactaggaggacttctccgttcaaaggtagacataacagagt 356  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||| ||||||||  | ||||||||||  |    || |||||    
T  10501018 gaagagattggcaggaagattgctagaaagtgtggtggattgccgatagctgcaaaagcacttggaggactattgcgttcaaaggcggttgaaaaagagt 10501117  T
Q  357 ggacttcaattttgaacagcagcatatggaacttgcgaaatgata 401  Q
    ||||| ||||| |||| |||  ||||||||||||  |||||||||    
T  10501118 ggactgcaattctgaatagcgacatatggaacttaagaaatgata 10501162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 2 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 11159897 - 11159769
Alignment:
Q  2 aaaagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgtaatgattgggatgagctagtaagtcccttcattaatggaaaacctggaagcatgg 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||| | ||||||||||||||| || |||| ||| || |||||||||||   |||||||| ||    
T  11159897 aaaagatttttgtttgtgttggatgacctttggaatgacaattataatgattgggatgaacttgtaactcctttgattaatggaaacagtggaagcaggg 11159798  T
Q  102 tgattataacaacgcgccaacaaaaagtt 130  Q
    | ||  | ||||| |||||||||||||||    
T  11159797 tcatcgtcacaacacgccaacaaaaagtt 11159769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 2 - 325
Target Start/End: Original strand, 8861475 - 8861798
Alignment:
Q  2 aaaagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgtaatgattgggatgagctagtaagtcccttcattaatggaaaacctggaagcatgg 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||| | |||||| |||||||| || |||| ||| || |||||||||||   |||||||| ||    
T  8861475 aaaagatttttgtttgtgttggatgacctatggaatgacaattataatgagtgggatgaacttgtaactcctttgattaatggaaacagtggaagcaggg 8861574  T
Q  102 tgattataacaacgcgccaacaaaaagttacaaagatggcacgcgtgtttgctgtacataatttagaacctctatcaaatgaagattgctggtctttact 201  Q
    | ||  | ||||| ||||||||||||||| || || | ||||     ||| || | ||||| ||||||  | |||| |||||||||   |||||||||||    
T  8861575 tcatcgtcacaacacgccaacaaaaagttgcagaggttgcacatacatttcctattcataaattagaagttttatctaatgaagatacatggtctttact 8861674  T
Q  202 ctcaaactatgcattggaaagtgatgagtttcaccatagtacaaatacaacccttgaagaaattggcaggaagattgcaagaaagtgtggaggattgcca 301  Q
    ||||||  ||||||| | ||||||  | |||    | | || |    ||| ||| |||| |||||| || |||||||||||||||||||  || |||||     
T  8861675 ctcaaagcatgcatttggaagtgaaaacttttgtgacaataaatgctcaaacctagaagcaattggtagaaagattgcaagaaagtgtgctgggttgccc 8861774  T
Q  302 atagctgcaaaaacactaggagga 325  Q
    ||||||||||||||||| ||||||    
T  8861775 atagctgcaaaaacacttggagga 8861798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 2 - 130
Target Start/End: Original strand, 10889495 - 10889623
Alignment:
Q  2 aaaagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgtaatgattgggatgagctagtaagtcccttcattaatggaaaacctggaagcatgg 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||| | ||||||||||||||| || |||| ||| || |||||||||||   |||||||| ||    
T  10889495 aaaagatttttgtttgtgttggatgacctatggaatgacaattataatgattgggatgaacttgtaactcctttgattaatggaaacagtggaagcaggg 10889594  T
Q  102 tgattataacaacgcgccaacaaaaagtt 130  Q
    |  | || ||||| ||||| |||||||||    
T  10889595 tcgtcatcacaacacgccagcaaaaagtt 10889623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 2 - 130
Target Start/End: Original strand, 13161169 - 13161297
Alignment:
Q  2 aaaagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgtaatgattgggatgagctagtaagtcccttcattaatggaaaacctggaagcatgg 101  Q
    |||||||||||||| ||| |||| ||| |||||||||| |  | |||||||||||||||| |||||| ||| || ||||| || ||| | ||||| | ||    
T  13161169 aaaagatttttgttagtgctggacgatctgtggaatgatagttataatgattgggatgagttagtaactccattgattaacggcaaaacgggaagtaggg 13161268  T
Q  102 tgattataacaacgcgccaacaaaaagtt 130  Q
    |||| || ||||| |||||||||||||||    
T  13161269 tgatcatcacaacacgccaacaaaaagtt 13161297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #30
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 2 - 130
Target Start/End: Original strand, 13289854 - 13289982
Alignment:
Q  2 aaaagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgtaatgattgggatgagctagtaagtcccttcattaatggaaaacctggaagcatgg 101  Q
    |||||||||||||| ||| |||| ||| |||||||||| |  | |||||||||||||||| |||||| ||| || ||||| || ||| | ||||| | ||    
T  13289854 aaaagatttttgttggtgctggacgatctgtggaatgatagttataatgattgggatgagttagtaactccattgattaacggcaaaacaggaagtaggg 13289953  T
Q  102 tgattataacaacgcgccaacaaaaagtt 130  Q
    |||| || ||||| |||||||||||||||    
T  13289954 tgatcatcacaacacgccaacaaaaagtt 13289982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #31
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 249 - 325
Target Start/End: Original strand, 10889742 - 10889818
Alignment:
Q  249 caacccttgaagaaattggcaggaagattgcaagaaagtgtggaggattgccaatagctgcaaaaacactaggagga 325  Q
    ||| ||| |||| |||||| ||  ||||||||||||||||||  || ||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  10889742 caaacctagaagcaattggtagacagattgcaagaaagtgtgctgggttgcccatagctgcaaaaacacttggagga 10889818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #32
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 273 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 11159626 - 11159574
Alignment:
Q  273 agattgcaagaaagtgtggaggattgccaatagctgcaaaaacactaggagga 325  Q
    ||||||||||||||||||  || ||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  11159626 agattgcaagaaagtgtgctgggttgcccatagctgcaaaaacacttggagga 11159574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #33
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 3 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 11153653 - 11153526
Alignment:
Q  3 aaagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgtaatgattgggatgagctagtaagtcccttcattaatggaaaacctggaagcatggt 102  Q
    ||||||||||  ||||||||||||| || |||||||| || | ||| ||||  ||||| || |||| ||| || ||| ||||||||  ||||||||  ||    
T  11153653 aaagattttttgttgtgttggatgacttatggaatgataattataacgattcagatgaacttgtaactccattgatttatggaaaaagtggaagcagagt 11153554  T
Q  103 gattataacaacgcgccaacaaaaagtt 130  Q
    ||| || ||||| |||||| ||||||||    
T  11153553 gatcatcacaacacgccaagaaaaagtt 11153526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 246; Significance: 1e-136; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 246; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 1 - 410
Target Start/End: Original strand, 26907085 - 26907494
Alignment:
Q  1 gaaaagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgtaatgattgggatgagctagtaagtcccttcattaatggaaaacctggaagcatg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||| | || ||||||||| || || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  26907085 gaaaagatttttgtttgtgttggatgacctgtggaacgacaattatagtgattgggaagaacttgtaagtcccttcattcatggaaaacctggaagcatg 26907184  T
Q  101 gtgattataacaacgcgccaacaaaaagttacaaagatggcacgcgtgtttgctgtacataatttagaacctctatcaaatgaagattgctggtctttac 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||     ||| || ||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||    
T  26907185 gtgattataacaacgcgccaacaaaaagttgcagaggtggcacatacatttcctatacataaattagaacctctatcaactgaagattgttggtctttac 26907284  T
Q  201 tctcaaactatgcattggaaagtgatgagtttcaccatagtacaaatacaacccttgaagaaattggcaggaagattgcaagaaagtgtggaggattgcc 300  Q
    |||||||  ||||||||| |||| | ||||||||||||||||  || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26907285 tctcaaagcatgcattgggaagtaaagagtttcaccatagtattaacacaaccctcgaagaaattggcaggaagattgcaagaaagtgtggaggattgcc 26907384  T
Q  301 aatagctgcaaaaacactaggaggacttctccgttcaaaggtagacataacagagtggacttcaattttgaacagcagcatatggaacttgcgaaatgat 400  Q
    ||| ||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  | |||||||||| |||||||||    
T  26907385 aattgctgctaaaacactaggaggaattctacgttcaaaggtagacataacagagtggacttcaattttgaacaacgacgtatggaacttacgaaatgat 26907484  T
Q  401 aatattcttc 410  Q
    ||||||||||    
T  26907485 aatattcttc 26907494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083 (Bit Score: 180; Significance: 5e-97; HSPs: 1)
Name: scaffold0083
Description:

Target: scaffold0083; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 5e-97
Query Start/End: Original strand, 176 - 410
Target Start/End: Complemental strand, 58126 - 57883
Alignment:
Q  176 tcaaatgaagattgctggtctttactctcaaactatgcattggaaagtgatgagtttcaccatagtacaaatacaacccttgaagaaattggcaggaaga 275  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  58126 tcaaatgaagattgttggtctttactctcaaactatgcattgggaagtgatgagtttcaccatagtacaaatacagcccttgaagaaattggcaggaaga 58027  T
Q  276 ttgcaagaaagtgtggaggattgccaatagctgcaaaaacactaggaggacttctccgttcaaaggtagacataacagagtggacttcaa---------t 366  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||         |    
T  58026 ttgcaagaaggtgtgggggattgccaatagctgctaaaacactaggaggacttctcctttcaaaggtagacataacatagtggacttcaattttttcaat 57927  T
Q  367 tttgaacagcagcatatggaacttgcgaaatgataatattcttc 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  57926 tttgaacagcagcatatggaacttgcgaaatgataatattcttc 57883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 70; Significance: 2e-31; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 2 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 31679613 - 31679276
Alignment:
Q  2 aaaagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgtaatgattgggatgagctagtaagtcccttcattaatggaaaacctggaagcatgg 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| | || |||||||||| || | ||||| | |||||||||| ||||| || ||||||| | ||    
T  31679613 aaaagatttttgtttgtgttggatgacatgtggaatgatagctataatgattggcatcatctagtcactcccttcattgatggagaatctggaagtaggg 31679514  T
Q  102 tgattataacaacgcgccaacaaaaagttacaaagatggcacgcgtgtttgctgtacataatttagaacctctatcaaatgaagattgctggtctttact 201  Q
    ||||||| ||||| || ||| |||||||| |  || |  | |     ||| || |  |||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  31679513 tgattatcacaacacgtcaataaaaagttgccgagttcacccatacctttcctatctataaattagaacctctatcagatgatgattgctggtctttact 31679414  T
Q  202 ctcaaactatgcattggaaagtgatgagtttcaccatagtacaaatacaacccttgaagaaattggcaggaagattgcaagaaagtgtggaggattgcca 301  Q
    ||||||  ||||||| | |||||| ||  ||       ||| | |  ||| ||| |||| |||||| ||||||||||||| ||||||| | |||||||||    
T  31679413 ctcaaagcatgcatttggaagtgaagaactttgtggccgtaaatacccaagcctagaagcaattggtaggaagattgcaaaaaagtgttgcggattgcca 31679314  T
Q  302 atagctgcaaaaacactaggaggacttctccgttcaaa 339  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||| || |||||    
T  31679313 atagctgccaaaacacttggaggacttctacgctcaaa 31679276  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 65; Significance: 2e-28; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 4 - 344
Target Start/End: Original strand, 11485229 - 11485569
Alignment:
Q  4 aagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgtaatgattgggatgagctagtaagtcccttcattaatggaaaacctggaagcatggtg 103  Q
    |||| |||||||||||||||| ||  | ||||| ||||| | |  ||||||||||  | || ||| |||||| ||||||||| || ||| ||||| ||||    
T  11485229 aagaattttgtttgtgttggacgacatatggaacgacaattatcttgattgggatcggttaataactcccttgattaatggagaaactgtaagcaaggtg 11485328  T
Q  104 attataacaacgcgccaacaaaaagttacaaagatggcacgcgtgtttgctgtacataatttagaacctctatcaaatgaagattgctggtctttactct 203  Q
    || |||||||| ||| || | |||||| || || | ||| |||  ||| || | ||||| ||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||    
T  11485329 atcataacaacacgcgaagagaaagttgcagaggtcgcatgcgcatttcctattcataaattagaacctctatctgatgaagattgttggtctttactct 11485428  T
Q  204 caaactatgcattggaaagtgatgagtttcaccatagtacaaatacaacccttgaagaaattggcaggaagattgcaagaaagtgtggaggattgccaat 303  Q
    | ||  ||||||| |   |||| || ||||  |   ||| | |  ||| ||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  11485429 cgaagcatgcatttggcggtgaagaatttcttcggggtaaatacccaaacctagaagagattggcaggaagattgctagaaagtgtggtggattgccaat 11485528  T
Q  304 agctgcaaaaacactaggaggacttctccgttcaaaggtag 344  Q
     ||||||||| |||| ||||||||  | | |||||||||||    
T  11485529 tgctgcaaaagcacttggaggactaatgcattcaaaggtag 11485569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 257 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 44957314 - 44957170
Alignment:
Q  257 gaagaaattggcaggaagattgcaagaaagtgtggaggattgccaatagctgcaaaaacactaggaggacttctccgttcaaaggtagacataacagagt 356  Q
    ||||| ||||||||||||||||| | ||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| | ||||||||| |||    ||  ||||    
T  44957314 gaagagattggcaggaagattgctaaaaaatgtggtggattgccaatagctgccaaaacactgggaggacttatgcgttcaaagatagttgaaaaggagt 44957215  T
Q  357 ggacttcaattttgaacagcagcatatggaacttgcgaaatgata 401  Q
    ||||||||||| |||| |||  |||||||||||  ||||||||||    
T  44957214 ggacttcaattctgaatagcgacatatggaactaacgaaatgata 44957170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 158 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 44957412 - 44957354
Alignment:
Q  158 cataatttagaacctctatcaaatgaagattgctggtctttactctcaaactatgcatt 216  Q
    ||||| ||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||||||  |||||||    
T  44957412 cataaattagaacctctatctgatgaagattgttggtctttactctcaaagcatgcatt 44957354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 57; Significance: 1e-23; HSPs: 3)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 2 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 135768 - 135364
Alignment:
Q  2 aaaagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgtaatgattgggatgagctagtaagtcccttcattaatggaaaacctggaagcatgg 101  Q
    |||||||||||||| ||| |||| ||| |||||||||| |  | |||||||||||||||| |||||| ||| || ||||| || ||| | ||||| ||||    
T  135768 aaaagatttttgttagtgctggacgatctgtggaatgatagttataatgattgggatgagttagtaactccattgattaacggcaaaacgggaagtatgg 135669  T
Q  102 tgattataacaacgcgccaacaaaaagttacaaagatggcacgcgtgtttgctgtacataatttagaacctctatcaaatgaagattgctggtctttact 201  Q
    |||| || ||||| ||||||||||||||| |  || | |||| |  |||| || | || ||  |||| ||||||||| |||| || || ||||| |||||    
T  135668 tgatcatcacaacacgccaacaaaaagttgcggaggttgcacacacgtttcctattcacaaagtagatcctctatcagatgatgactgttggtcgttact 135569  T
Q  202 ctcaaactatgcattggaaagtgatgagtttcaccatagtacaaatacaacccttgaagaaattggcaggaagattgcaagaaagtgtggaggattgcca 301  Q
     |||||  ||||||| | |||||| ||   ||    ||| |   |  |||  || ||||||||||| || |||||||| | ||||||||| ||||||||     
T  135568 ttcaaagcatgcattcggaagtgaagaccgtcgaggtagaaagtacccaaatctagaagaaattggtagaaagattgccaaaaagtgtggtggattgccc 135469  T
Q  302 atagctgcaaaaacactaggaggacttctccgttcaaaggtagacataacagagtggacttcaattttgaacagcagcatatggaacttgcgaaatgata 401  Q
    |||||| | |||||||| |||||| || | ||||||||||||||   || |||||||||| ||||| | || ||   |||||||||||| | ||||||||    
T  135468 atagctcctaaaacactcggaggaattttgcgttcaaaggtagatgcaaaagagtggactgcaattctaaatagtgacatatggaacttaccaaatgata 135369  T
Q  402 atatt 406  Q
    |||||    
T  135368 atatt 135364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 2 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 145819 - 145420
Alignment:
Q  2 aaaagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgtaatgattgggatgagctagtaagtcccttcattaatggaaaacctggaagcatgg 101  Q
    |||||||||||||| ||| |||| ||| |||||||||| |  | |||||||||||||||| |||||| ||| || ||||| || ||| | ||||| ||||    
T  145819 aaaagatttttgttagtgctggacgatctgtggaatgatagttataatgattgggatgagttagtaactccattgattaacggcaaaacgggaagtatgg 145720  T
Q  102 tgattataacaacgcgccaacaaaaagttacaaagatggcacgcgtgtttgctgtacataatttagaacctctatcaaatgaagattgctggtctttact 201  Q
    |||| || ||||| ||||||||||||||| |  || | |||| |  |||| || | || ||  |||| ||||||||| |||| || || ||||| |||||    
T  145719 tgatcatcacaacacgccaacaaaaagttgcggaggttgcacacacgtttcctattcacaaagtagatcctctatcagatgatgactgttggtcgttact 145620  T
Q  202 ctcaaactatgcattggaaagtgatgagtttcaccatagtacaaatacaacccttgaagaaattggcaggaagattgcaagaaagtgtggaggattgcca 301  Q
     |||||  ||||||| | |||||| ||   ||    ||| |   |  |||  || ||||||||||| || |||||||| | ||||||||| ||||||||     
T  145619 ttcaaagcatgcattcggaagtgaagaccgtcgaggtagaaagtacccaaatctagaagaaattggtagaaagattgccaaaaagtgtggtggattgccc 145520  T
Q  302 atagctgcaaaaacactaggaggacttctccgttcaaaggtagacataacagagtggacttcaattttgaacagcagcatatggaacttgcgaaatgata 401  Q
    |||||||| |||||||| |||||| || | ||||||||||||||   || |||||||||| ||||| | || ||   |||||||||||| | ||||||||    
T  145519 atagctgctaaaacactcggaggaattttgcgttcaaaggtagatgcaaaagagtggactgcaattctaaatagtgacatatggaacttaccaaatgata 145420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002; HSP #3
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 257 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 153869 - 153725
Alignment:
Q  257 gaagaaattggcaggaagattgcaagaaagtgtggaggattgccaatagctgcaaaaacactaggaggacttctccgttcaaaggtagacataacagagt 356  Q
    ||||||||||| || |||||||| | ||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||| || | ||||||||||||||   || |||||    
T  153869 gaagaaattggtagaaagattgccaaaaagtgtggtggattgcccatagctgctaaaacactcggaggaattttgcgttcaaaggtagatgcaaaagagt 153770  T
Q  357 ggacttcaattttgaacagcagcatatggaacttgcgaaatgata 401  Q
    ||||| ||||| | || ||   |||||||||||| | ||||||||    
T  153769 ggactgcaattctaaatagtgacatatggaacttaccaaatgata 153725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 49; Significance: 7e-19; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 7e-19
Query Start/End: Original strand, 4 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 17852801 - 17852589
Alignment:
Q  4 aagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgtaatgattgggatgagctagtaagtcccttcattaatggaaaacctggaagcatggtg 103  Q
    ||||||||||||||||||||| || || ||||||||||| |    |||||||  ||||||||||| ||||||  |||| |||||| ||||||||| |||     
T  17852801 aagatttttgtttgtgttggacgacttatggaatgacaattacgttgattggagtgagctagtaactcccttgtttaagggaaaagctggaagcaaggtc 17852702  T
Q  104 attataacaacgcgccaacaaaaagttacaaagatggcacgcgtgtttgctgtacataatttagaacctctatcaaatgaagattgctggtctttactct 203  Q
    || |||||||| |||| | |||||||| |  || | ||||||   ||| |  | ||||| ||||||||| ||||  |||||||||| |||||||| ||||    
T  17852701 atcataacaacacgcctaaaaaaagttgcggaggttgcacgcacatttccaattcataaattagaacctatatccgatgaagattgttggtctttgctct 17852602  T
Q  204 caaactatgcatt 216  Q
    ||||  |||||||    
T  17852601 caaagcatgcatt 17852589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000002; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 257 - 324
Target Start/End: Original strand, 826346 - 826413
Alignment:
Q  257 gaagaaattggcaggaagattgcaagaaagtgtggaggattgccaatagctgcaaaaacactaggagg 324  Q
    |||| |||||| | ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  826346 gaagcaattgggaagaagattgcaaaaaagtgtggtggattgccaatagctgccaaaacgctaggagg 826413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 2 - 63
Target Start/End: Original strand, 29836832 - 29836893
Alignment:
Q  2 aaaagatttttgtttgtgttggatgatttgtggaatgacaactgtaatgattgggatgagct 63  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||| | |||||||| ||| ||  |||||||||||||||    
T  29836832 aaaagatttttgattgtattggatgatgtttggaatgaaaacggttgtgattgggatgagct 29836893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University