View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF20139_low_2 (Length: 521)
Name: NF20139_low_2
Description: NF20139
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF20139_low_2 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 213; Significance: 1e-116; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 252 - 512
Target Start/End: Original strand, 31492207 - 31492458
Alignment:
| Q |
252 |
caatacatataccttattacaatatcgtaaacatgcaagaattgtaagaccttattataattccataaccaagaacacaaaatctctcaaatctctttaa |
351 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
31492207 |
caatacatataccttattacaacatcgtaaacatgcaagaattgtaagaccttattataattccataaccaagaacacaaaatctctcaaatctctttga |
31492306 |
T |
|
| Q |
352 |
tattttgttcaagaacatggcttactgtggatacccacaggcttatccacatgcatatccaccggatccaccaacttattcacaggttccaccagttcca |
451 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
31492307 |
tattttgttcaagaacatggcttactgtggatacccagaggcttatccacatgcatatccaccgaatccaccaacttattcacag---------gttcca |
31492397 |
T |
|
| Q |
452 |
cagacttattcacatgctccaccaacttacccacaacctccatcagtttatccacaggttc |
512 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31492398 |
cagacttattcacatgctccaccaacttacccacaacctccatcagtttatccacaggttc |
31492458 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 213; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 252 - 512
Target Start/End: Original strand, 31497596 - 31497847
Alignment:
| Q |
252 |
caatacatataccttattacaatatcgtaaacatgcaagaattgtaagaccttattataattccataaccaagaacacaaaatctctcaaatctctttaa |
351 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
31497596 |
caatacatataccttattacaacatcgtaaacatgcaagaattgtaagaccttattataattccataaccaagaacacaaaatctctcaaatctctttga |
31497695 |
T |
|
| Q |
352 |
tattttgttcaagaacatggcttactgtggatacccacaggcttatccacatgcatatccaccggatccaccaacttattcacaggttccaccagttcca |
451 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
31497696 |
tattttgttcaagaacatggcttactgtggatacccagaggcttatccacatgcatatccaccgaatccaccaacttattcacag---------gttcca |
31497786 |
T |
|
| Q |
452 |
cagacttattcacatgctccaccaacttacccacaacctccatcagtttatccacaggttc |
512 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31497787 |
cagacttattcacatgctccaccaacttacccacaacctccatcagtttatccacaggttc |
31497847 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 252 - 512
Target Start/End: Original strand, 31502982 - 31503234
Alignment:
| Q |
252 |
caatacatataccttattacaatatcgtaaacatgcaagaattgtaagaccttattataattccataaccaagaacacaaaatctctcaaatctctttaa |
351 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
|
|
| T |
31502982 |
caatacatataccttattacaacatcgtaaacatgcaagaattgtaagaccttattataattccataaccaagaacacaaaatctctcaaatctctttga |
31503081 |
T |
|
| Q |
352 |
tattttgttc-aagaacatggcttactgtggatacccacaggcttatccacatgcatatccaccggatccaccaacttattcacaggttccaccagttcc |
450 |
Q |
| |
|
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |
|
|
| T |
31503082 |
tattttgttcaaagaacatggcttactgtggatacccagaggcttatccacatgcatatccaccgaatccaccaacttattcacag---------gttcc |
31503172 |
T |
|
| Q |
451 |
acagacttattcacatgctccaccaacttacccacaacctccatcagtttatccacaggttc |
512 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31503173 |
acagacttattcacatgctccaccaacttacccacaacctccatcagtttatccacaggttc |
31503234 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 170; E-Value: 5e-91
Query Start/End: Original strand, 17 - 227
Target Start/End: Original strand, 31491973 - 31492183
Alignment:
| Q |
17 |
aaattaatattaagggggatattcagggatggaaggagtagttccttaaatatcattttcattaaaaatatttattgtgtacactttgtatgttagatct |
116 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31491973 |
aaattaatattaagggggatattcagggatgaaaggagtagttccttaaatatcattttcattaaaaatatttattgtgtacactttgtatgttagatct |
31492072 |
T |
|
| Q |
117 |
tttgtctttttgtgggtgtcaattatagataggaatcaaaacctaattgagtagtgaagtaccacgaagatgggaagagtggnnnnnnntctcacgtgca |
216 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |
|
|
| T |
31492073 |
tttgtctttttgtgggtctcaattataggtaggaatcaaaacctaattgagcagtgaagtaccacgaagatgggaagagtggaaaaaaatctcacgcgca |
31492172 |
T |
|
| Q |
217 |
attccataata |
227 |
Q |
| |
|
||||||||||| |
|
|
| T |
31492173 |
attccataata |
31492183 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 170; E-Value: 5e-91
Query Start/End: Original strand, 17 - 227
Target Start/End: Original strand, 31497362 - 31497572
Alignment:
| Q |
17 |
aaattaatattaagggggatattcagggatggaaggagtagttccttaaatatcattttcattaaaaatatttattgtgtacactttgtatgttagatct |
116 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31497362 |
aaattaatattaagggggatattcagggatgaaaggagtagttccttaaatatcattttcattaaaaatatttattgtgtacactttgtatgttagatct |
31497461 |
T |
|
| Q |
117 |
tttgtctttttgtgggtgtcaattatagataggaatcaaaacctaattgagtagtgaagtaccacgaagatgggaagagtggnnnnnnntctcacgtgca |
216 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |
|
|
| T |
31497462 |
tttgtctttttgtgggtctcaattataggtaggaatcaaaacctaattgagcagtgaagtaccacgaagatgggaagagtggaaaaaaatctcacgcgca |
31497561 |
T |
|
| Q |
217 |
attccataata |
227 |
Q |
| |
|
||||||||||| |
|
|
| T |
31497562 |
attccataata |
31497572 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 170; E-Value: 5e-91
Query Start/End: Original strand, 17 - 227
Target Start/End: Original strand, 31502748 - 31502958
Alignment:
| Q |
17 |
aaattaatattaagggggatattcagggatggaaggagtagttccttaaatatcattttcattaaaaatatttattgtgtacactttgtatgttagatct |
116 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31502748 |
aaattaatattaagggggatattcagggatgaaaggagtagttccttaaatatcattttcattaaaaatatttattgtgtacactttgtatgttagatct |
31502847 |
T |
|
| Q |
117 |
tttgtctttttgtgggtgtcaattatagataggaatcaaaacctaattgagtagtgaagtaccacgaagatgggaagagtggnnnnnnntctcacgtgca |
216 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |
|
|
| T |
31502848 |
tttgtctttttgtgggtctcaattataggtaggaatcaaaacctaattgagcagtgaagtaccacgaagatgggaagagtggaaaaaaatctcacgcgca |
31502947 |
T |
|
| Q |
217 |
attccataata |
227 |
Q |
| |
|
||||||||||| |
|
|
| T |
31502948 |
attccataata |
31502958 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 138; E-Value: 7e-72
Query Start/End: Original strand, 28 - 198
Target Start/End: Original strand, 31487477 - 31487649
Alignment:
| Q |
28 |
aagggggatattcagggatggaa--ggagtagttccttaaatatcattttcattaaaaatatttattgtgtacactttgtatgttagatcttttgtcttt |
125 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31487477 |
aagggggatatatagggatggagagggagtagttccttaaatatcattttcattaacaatatttattgtgtacactttgtaggttagatcttttgtcttt |
31487576 |
T |
|
| Q |
126 |
ttgtgggtgtcaattatagataggaatcaaaacctaattgagtagtgaagtaccacgaagatgggaagagtgg |
198 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
31487577 |
ttgtgggtgtcaattataggtaggaatcaaaacctaattgagtagtgaagtaccacgaagatgggaagagtgg |
31487649 |
T |
|
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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