View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF2013_high_15 (Length: 384)

Name: NF2013_high_15
Description: NF2013
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF2013_high_15
NF2013_high_15
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (15-366)||(31157422-31157773)
chr4 (127-356)||(31027895-31028124)
chr4 (92-275)||(31017839-31018022)
chr4 (93-337)||(31148595-31148842)
chr4 (179-284)||(31032510-31032615)
chr4 (182-339)||(31498590-31498747)
chr4 (179-366)||(31526800-31526987)
chr4 (245-365)||(31503677-31503797)
chr4 (232-351)||(31491346-31491465)
[»] chr6 (12 HSPs)
chr6 (179-365)||(33272179-33272365)
chr6 (179-365)||(33304859-33305045)
chr6 (183-365)||(33057942-33058124)
chr6 (192-366)||(33359108-33359282)
chr6 (229-339)||(33285971-33286081)
chr6 (196-360)||(33399347-33399511)
chr6 (179-365)||(9167148-9167334)
chr6 (201-339)||(33388467-33388605)
chr6 (183-323)||(33410342-33410482)
chr6 (197-320)||(33644158-33644281)
chr6 (190-360)||(28869716-28869885)
chr6 (192-339)||(33263023-33263170)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (226-339)||(17440368-17440481)
[»] scaffold1408 (1 HSPs)
scaffold1408 (208-360)||(1057-1209)
[»] scaffold0428 (1 HSPs)
scaffold0428 (208-360)||(6803-6955)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 348; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 348; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 366
Target Start/End: Original strand, 31157422 - 31157773
Alignment:
Q  15 cacagaaactgatatcaacttcactcaaacagtatatgctaagaaaagaaggtagcaaacaactagttaaaacttcatgatacaaggaatgcaaaccaat 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31157422 cacagaaactgatatcaacttcactcaaacagtatatgctaagaaaagaaggtagcaaacaactagttaaaacttcatgatacaaggaatgcaaaccaat 31157521  T
Q  115 tgtggtccatttcaagggggaagttgttgattgggaatgaaataaaatatcactcgaatcaaatttcttcaaatgccttggattgttaaacactttggaa 214  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31157522 tgtggtccatttcaaggaggaagttgttgattgggaatgaaataaaatatcactcgaatcaaatttcttcaaatgccttggattgttaaacactttggaa 31157621  T
Q  215 cacccggaaagatttagatatttaagagagctgagaccaagtatgttgttcggtatgcttactagatttttgcaatctttcaatttcatgaaaacaagct 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31157622 cacccggaaagatttagatatttaagagagctgagaccaagtatgttgttcggtatgcttactagatttttgcaatctttcaatttcatgaaaacaagct 31157721  T
Q  315 ttcttagaaccccaattgatggatcaatctgcacaagctttatacagccttt 366  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31157722 ttcttagaaccccaattgatggatcaatctgcacaagctttatacagccttt 31157773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 127 - 356
Target Start/End: Original strand, 31027895 - 31028124
Alignment:
Q  127 caagggggaagttgttgattgggaatgaaataaaatatcactcgaatcaaatttcttcaaatgccttggattgttaaacactttggaacacccggaaaga 226  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||| |||| ||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  31027895 caaggaggaagttgttgactgggaatgtaatacaatttcactcgaatcaagtttattcaaatgccttgtattggtaaacactttggaacaccaggaaaga 31027994  T
Q  227 tttagatatttaagagagctgagaccaagtatgttgttcggtatgcttactagatttttgcaatctttcaatttcatgaaaacaagctttcttagaaccc 326  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||| |||| ||| ||||||||||| ||||  |    
T  31027995 tttagatatttaagagaggtgagaccaaatatgttgttaggtatgcttattagatttttgcaatttttcaagttcaagaatacaagctttctcagaagac 31028094  T
Q  327 caattgatggatcaatctgcacaagcttta 356  Q
    |||| |||||||| || |||||||| ||||    
T  31028095 caatagatggatctatttgcacaagattta 31028124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 104; E-Value: 9e-52
Query Start/End: Original strand, 92 - 275
Target Start/End: Original strand, 31017839 - 31018022
Alignment:
Q  92 tgatacaaggaatgcaaaccaattgtggtccatttcaagggggaagttgttgattgggaatgaaataaaatatcactcgaatcaaatttcttcaaatgcc 191  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||| || |||||| ||||||| ||||||||||||| | || | | ||||||||||||| |||||||||||||     
T  31017839 tgatacaaggaatgtaaaccaatcgtggtcaatatcaaggaggaagtttttgattgggaatgtagtacagtttcactcgaatcaagtttcttcaaatgct 31017938  T
Q  192 ttggattgttaaacactttggaacacccggaaagatttagatatttaagagagctgagaccaagtatgttgttcggtatgctta 275  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||| |||| ||||||||||    
T  31017939 ttggatagttaaacactttggaacacccagaaagatttagatatttaagagaggtgagaacaaatatgctgttgggtatgctta 31018022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 93 - 337
Target Start/End: Original strand, 31148595 - 31148842
Alignment:
Q  93 gatacaaggaatgcaaaccaattgtggtccatttcaag---ggggaagttgttgattgggaatgaaataaaatatcactcgaatcaaatttcttcaaatg 189  Q
    ||||||||||||| |||  |||  |||||||||| |||   | |||||||||||||||  ||||  || || | ||||| ||||||   ||| |||| ||    
T  31148595 gatacaaggaatggaaatgaatcctggtccattttaagattgaggaagttgttgattgaaaatgtgatgaactttcacttgaatcatgcttcctcaattg 31148694  T
Q  190 ccttggattgttaaacactttggaacacccggaaagatttagatatttaagagagctgagaccaagtatgttgttcggtatgcttactagatttttgcaa 289  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||| || || |||||  ||| ||| |||||||||    
T  31148695 ccttggattcttaaacactttggaacaccccgaaagatttagacattcaagagagctgagaccaaatatattttttggtattattattagttttttgcaa 31148794  T
Q  290 tctttcaatttcatgaaaacaagctttcttagaaccccaattgatgga 337  Q
    |||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  31148795 tctttcaaattcaggtaaacaagctttcttagaaccccaatagatgga 31148842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 179 - 284
Target Start/End: Original strand, 31032510 - 31032615
Alignment:
Q  179 ttcttcaaatgccttggattgttaaacactttggaacacccggaaagatttagatatttaagagagctgagaccaagtatgttgttcggtatgcttacta 278  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||| ||    
T  31032510 ttcttcaattgcattggattgttaaacactttggaacacccggaaagatttagatatttaagagaggtgagaccaaatatgttgttgggtatgcttatta 31032609  T
Q  279 gatttt 284  Q
    ||||||    
T  31032610 gatttt 31032615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 182 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 31498747 - 31498590
Alignment:
Q  182 ttcaaatgccttggattgttaaacactttggaacacccggaaagatttagatatttaagagagctgagaccaagtatgttgttcggtatgcttactagat 281  Q
    ||||||| || |||| |||||||||||| |||||||||  | | |||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||    
T  31498747 ttcaaatcccatggaatgttaaacacttcggaacacccacacatatttagatctttaagaaagctgagaccaaatatgttgttgggtatgcttacaagat 31498648  T
Q  282 ttttgcaatctttcaatttcatgaaaacaagctttcttagaaccccaattgatggatc 339  Q
    | ||||||||||| || |||| | |||||| |||||||||||  ||||| ||||||||    
T  31498647 tcttgcaatcttttaaattcaaggaaacaatctttcttagaagtccaatagatggatc 31498590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 179 - 366
Target Start/End: Original strand, 31526800 - 31526987
Alignment:
Q  179 ttcttcaaatgccttggattgttaaacactttggaacacccggaaagatttagatatttaagagagctgagaccaagtatgttgttcggtatgcttacta 278  Q
    ||||||||||||  || | |||||||  | ||| |||| || |||||||||||||| | ||||||| |||||||||  | ||  ||||||||| ||||||    
T  31526800 ttcttcaaatgcaatgaagtgttaaatgccttgtaacatccagaaagatttagatactcaagagaggtgagaccaaacaagtcattcggtatggttacta 31526899  T
Q  279 gatttttgcaatctttcaatttcatgaaaacaagctttcttagaaccccaattgatggatcaatctgcacaagctttatacagccttt 366  Q
    ||||||||||||||| ||| |||| | ||||||| ||||||||||| | ||| |||||||| |||||| |||| |||| ||| |||||    
T  31526900 gatttttgcaatcttccaaattcaagtaaacaagttttcttagaacactaatagatggatctatctgctcaagttttacacatccttt 31526987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 245 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 31503797 - 31503677
Alignment:
Q  245 ctgagaccaagtatgttgttcggtatgcttactagatttttgcaatctttcaatttcatgaaaacaagctttcttagaaccccaattgatggatcaatct 344  Q
    |||||||||| ||||||| |  ||| ||||| || || |||||| |||||||| |||| | ||||||||||| ||||||  ||||| |||||||| ||||    
T  31503797 ctgagaccaaatatgttgctgagtaggcttattatatgtttgcagtctttcaagttcaagtaaacaagctttgttagaagaccaatagatggatctatct 31503698  T
Q  345 gcacaagctttatacagcctt 365  Q
    ||||||| |||||||| ||||    
T  31503697 gcacaagttttatacatcctt 31503677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 232 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 31491465 - 31491346
Alignment:
Q  232 atatttaagagagctgagaccaagtatgttgttcggtatgcttactagatttttgcaatctttcaatttcatgaaaacaagctttcttagaaccccaatt 331  Q
    ||||||||||||| ||||||||  ||| |  || ||||||| ||  |||||||| ||||  ||||| |||| ||||||||||| ||||||||  |||||     
T  31491465 atatttaagagaggtgagaccagatatttcattgggtatgcatataagatttttacaattcttcaaattcaagaaaacaagctctcttagaaggccaata 31491366  T
Q  332 gatggatcaatctgcacaag 351  Q
    |||| || ||||||||||||    
T  31491365 gatgaattaatctgcacaag 31491346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 71; Significance: 5e-32; HSPs: 12)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 179 - 365
Target Start/End: Original strand, 33272179 - 33272365
Alignment:
Q  179 ttcttcaaatgccttggattgttaaacactttggaacacccggaaagatttagatatttaagagagctgagaccaagtatgttgttcggtatgcttacta 278  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||    | |||||||| || ||||||||  ||| ||| ||||||||| |||||||||||||    
T  33272179 ttcttcaaatgcattggattgttaaacactttagaacaaccacgcatatttagatcttcaagagagcaaagatcaaatatgttgttgggtatgcttacta 33272278  T
Q  279 gatttttgcaatctttcaatttcatgaaaacaagctttcttagaaccccaattgatggatcaatctgcacaagctttatacagcctt 365  Q
    |||||||||||| ||| || |||| | ||||||||||||||||||  ||||| |||||||| | || |||||| ||| |||| ||||    
T  33272279 gatttttgcaattttttaaattcaagtaaacaagctttcttagaagtccaatagatggatccaactccacaagatttttacaccctt 33272365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 179 - 365
Target Start/End: Original strand, 33304859 - 33305045
Alignment:
Q  179 ttcttcaaatgccttggattgttaaacactttggaacacccggaaagatttagatatttaagagagctgagaccaagtatgttgttcggtatgcttacta 278  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||  | | |||||||| || ||||||||| ||||  | |||||| || |||||||||||||    
T  33304859 ttcttcaaatgcattggatttttaaacactttggaacatccatacatatttagatcttcaagagagctaagactgaatatgttattgggtatgcttacta 33304958  T
Q  279 gatttttgcaatctttcaatttcatgaaaacaagctttcttagaaccccaattgatggatcaatctgcacaagctttatacagcctt 365  Q
    |||||||||| || |  || |||| | ||||||||||||||||||  ||||| |||||||| | || |||||| |||||||| ||||    
T  33304959 gatttttgcattcatataaattcaagtaaacaagctttcttagaagtccaatagatggatccaactccacaaggtttatacatcctt 33305045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 183 - 365
Target Start/End: Original strand, 33057942 - 33058124
Alignment:
Q  183 tcaaatgccttggattgttaaacactttggaacacccggaaagatttagatatttaagagagctgagaccaagtatgttgttcggtatgcttactagatt 282  Q
    ||||| ||||||| |||||||| ||||||||||| ||  | | |||||| |||| ||||||||| ||||| | ||||||||| |||||||| |||||| |    
T  33057942 tcaaacgccttgggttgttaaatactttggaacagccacacatatttaggtattgaagagagctaagaccgaatatgttgttgggtatgctaactagact 33058041  T
Q  283 tttgcaatctttcaatttcatgaaaacaagctttcttagaaccccaattgatggatcaatctgcacaagctttatacagcctt 365  Q
    |||||||||||| |  |||| | ||||||||||||||||||  ||||| |||||||| | ||  ||||| |||||||| ||||    
T  33058042 tttgcaatcttttaggttcaagtaaacaagctttcttagaagtccaatagatggatccaactcaacaaggtttatacatcctt 33058124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 192 - 366
Target Start/End: Original strand, 33359108 - 33359282
Alignment:
Q  192 ttggattgttaaacactttggaacacccggaaagatttagatatttaagagagctgagaccaagtatgttgttcggtatgcttactagatttttgcaatc 291  Q
    |||||| || ||||||||||||||| ||| | | |||| ||| || ||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||    
T  33359108 ttggatagtcaaacactttggaacaaccgcacatattttgatcttcaagagagctaagaccaaatatgttgttgggtatgcttactagatttttgtaatc 33359207  T
Q  292 tttcaatttcatgaaaacaagctttcttagaaccccaattgatggatcaatctgcacaagctttatacagccttt 366  Q
    ||| || |||| | ||||||||||| ||||||  ||||  |||||||| | || |||||| |||| ||| |||||    
T  33359208 ttttaagttcaagtaaacaagcttttttagaagtccaagagatggatccaactccacaagttttacacatccttt 33359282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 229 - 339
Target Start/End: Original strand, 33285971 - 33286081
Alignment:
Q  229 tagatatttaagagagctgagaccaagtatgttgttcggtatgcttactagatttttgcaatctttcaatttcatgaaaacaagctttcttagaacccca 328  Q
    |||||||||||||||||| ||||| | ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| || |||| | ||||||| ||||||||||  |||    
T  33285971 tagatatttaagagagcttagaccgaatatgttgttgggtatgcttacaagatttttgcaatcttttaaattcaagtaaacaaggtttcttagaagtcca 33286070  T
Q  329 attgatggatc 339  Q
    || ||||||||    
T  33286071 atagatggatc 33286081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 196 - 360
Target Start/End: Original strand, 33399347 - 33399511
Alignment:
Q  196 attgttaaacactttggaacacccggaaagatttagatatttaagagagctgagaccaagtatgttgttcggtatgcttactagatttttgcaatctttc 295  Q
    ||||||||||||||||||||| ||    | ||||||||||| ||||||||| ||| | | ||||||||| ||||||||||| |||||||  ||||||||     
T  33399347 attgttaaacactttggaacagccattcatatttagatattcaagagagctaagatcgaatatgttgttgggtatgcttaccagattttcacaatctttt 33399446  T
Q  296 aatttcatgaaaacaagctttcttagaaccccaattgatggatcaatctgcacaagctttataca 360  Q
    |  |||| | ||||||||||||||||||  ||||| |||||||| | || |||||| ||| ||||    
T  33399447 acattcaagcaaacaagctttcttagaagtccaatagatggatccaactccacaagttttttaca 33399511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 179 - 365
Target Start/End: Original strand, 9167148 - 9167334
Alignment:
Q  179 ttcttcaaatgccttggattgttaaacactttggaacacccggaaagatttagatatttaagagagctgagaccaagtatgttgttcggtatgcttacta 278  Q
    |||||||||||||||| || || ||||| ||||||||| ||  | | |||||||| |||||||||||| ||||| | ||||||||| ||||| |||| ||    
T  9167148 ttcttcaaatgccttgaatcgtcaaacaatttggaacagccacacatatttagatctttaagagagctaagaccgaatatgttgttgggtattcttatta 9167247  T
Q  279 gatttttgcaatctttcaatttcatgaaaacaagctttcttagaaccccaattgatggatcaatctgcacaagctttatacagcctt 365  Q
    |||||   |||||||| |  |||| | ||||||||||||||||||  ||||  |||||||| | || |||||| |||| ||| ||||    
T  9167248 gatttccacaatcttttacattcaagtaaacaagctttcttagaagtccaagagatggatccaactccacaagttttacacatcctt 9167334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 201 - 339
Target Start/End: Original strand, 33388467 - 33388605
Alignment:
Q  201 taaacactttggaacacccggaaagatttagatatttaagagagctgagaccaagtatgttgttcggtatgcttactagatttttgcaatctttcaattt 300  Q
    ||||| |||||||||| ||  | | |||||||| || ||||||||| |||||   ||||||||| ||||||||||||||||||  |||| ||| ||| ||    
T  33388467 taaacgctttggaacaaccacatatatttagatcttcaagagagctaagaccggatatgttgttgggtatgcttactagatttacgcaaccttccaaatt 33388566  T
Q  301 catgaaaacaagctttcttagaaccccaattgatggatc 339  Q
    || | ||||||||||||||||||  ||||| ||||||||    
T  33388567 caagtaaacaagctttcttagaagtccaatagatggatc 33388605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 183 - 323
Target Start/End: Original strand, 33410342 - 33410482
Alignment:
Q  183 tcaaatgccttggattgttaaacactttggaacacccggaaagatttagatatttaagagagctgagaccaagtatgttgttcggtatgcttactagatt 282  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||  | | || ||||| || ||||||||| ||||  | |||| |||| ||||||||||||| |||    
T  33410342 tcaaattccttgaattgttaaacactttggaacagccacacatatatagatcttcaagagagctaagacagaatatgctgttgggtatgcttactaaatt 33410441  T
Q  283 tttgcaatctttcaatttcatgaaaacaagctttcttagaa 323  Q
    | ||||||  | ||| |||| | ||||||||||||||||||    
T  33410442 tatgcaatagtccaaattcaagtaaacaagctttcttagaa 33410482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 197 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 33644281 - 33644158
Alignment:
Q  197 ttgttaaacactttggaacacccggaaagatttagatatttaagagagctgagaccaagtatgttgttcggtatgcttactagatttttgcaatctttca 296  Q
    |||||||||||||||||||| ||    | |||||||| || ||||||||| ||||  | ||||||||| ||||||||||| |||||||  |||||||| |    
T  33644281 ttgttaaacactttggaacaaccacccaaatttagatcttgaagagagctaagactgaatatgttgttgggtatgcttaccagattttcacaatctttta 33644182  T
Q  297 atttcatgaaaacaagctttctta 320  Q
      |||| | |||||||||||||||    
T  33644181 cattcaagtaaacaagctttctta 33644158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 190 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 28869885 - 28869716
Alignment:
Q  190 ccttggattgttaaacactttggaacacccggaaagatttagatatttaagagagctgagaccaagtatgttgttcggtatgcttactagatttttgcaa 289  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| || || | |||||||| || ||||||| | ||||| | ||||||||| ||||  ||||||| ||| | ||||    
T  28869885 ccttgaattgttaaacactttggaacagccagacatatttagatcttcaagagagttaagaccgaatatgttgtt-ggtacacttactatattatagcaa 28869787  T
Q  290 tctttcaatttcatgaaaacaagctttcttagaaccccaattgatggatcaatctgcacaagctttataca 360  Q
     | || || |||| | | ||||||||||||||||  ||||| |||||||| | ||  ||||| ||||||||    
T  28869786 ccgtttaaattcaagtatacaagctttcttagaagtccaatagatggatccaactcaacaaggtttataca 28869716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 192 - 339
Target Start/End: Original strand, 33263023 - 33263170
Alignment:
Q  192 ttggattgttaaacactttggaacacccggaaagatttagatatttaagagagctgagaccaagtatgttgttcggtatgcttactagatttttgcaatc 291  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |     | |||||||| || ||||||||  ||||| | |||| |||||||||||||||| || || | |||||     
T  33263023 ttggtttgttaaacactttggaacagcaactgatatttagatcttcaagagagcccagaccgaatatggtgttcggtatgcttacaaggttatagcaatt 33263122  T
Q  292 tttcaatttcatgaaaacaagctttcttagaaccccaattgatggatc 339  Q
    ||  || |||| | ||||||| ||||||||||  ||||| ||||||||    
T  33263123 ttctaaattcaagtaaacaagatttcttagaagtccaatagatggatc 33263170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 58; Significance: 3e-24; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 226 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 17440481 - 17440368
Alignment:
Q  226 atttagatatttaagagagctgagaccaagtatgttgttcggtatgcttactagatttttgcaatctttcaatttcatgaaaacaagctttcttagaacc 325  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||||  | ||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||| || |||| | ||||||||||||||||||      
T  17440481 atttagatattcaagagagctaagacagaatatgttgttgggtatgcttactagattatagcaatcttttaagttcaagtaaacaagctttcttagaagt 17440382  T
Q  326 ccaattgatggatc 339  Q
    ||||||||||||||    
T  17440381 ccaattgatggatc 17440368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1408 (Bit Score: 53; Significance: 3e-21; HSPs: 1)
Name: scaffold1408
Description:

Target: scaffold1408; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 208 - 360
Target Start/End: Original strand, 1057 - 1209
Alignment:
Q  208 tttggaacacccggaaagatttagatatttaagagagctgagaccaagtatgttgttcggtatgcttactagatttttgcaatctttcaatttcatgaaa 307  Q
    ||||||||| || || | ||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||| ||||||||||||||||| | ||||   |  || |||| | ||    
T  1057 tttggaacatccagacatatttagatatttaagagagctaagaccgaatatgttgttgggtatgcttactagattatagcaacgctctaaattcaagtaa 1156  T
Q  308 acaagctttcttagaaccccaattgatggatcaatctgcacaagctttataca 360  Q
    ||||||||||||||||  ||||| |||||||| | || |||||| ||||||||    
T  1157 acaagctttcttagaagtccaatagatggatccaactccacaagttttataca 1209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0428 (Bit Score: 53; Significance: 3e-21; HSPs: 1)
Name: scaffold0428
Description:

Target: scaffold0428; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 208 - 360
Target Start/End: Original strand, 6803 - 6955
Alignment:
Q  208 tttggaacacccggaaagatttagatatttaagagagctgagaccaagtatgttgttcggtatgcttactagatttttgcaatctttcaatttcatgaaa 307  Q
    ||||||||| || || | ||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||| ||||||||||||||||| | ||||   |  || |||| | ||    
T  6803 tttggaacatccagacatatttagatatttaagagagctaagaccgaatatgttgttgggtatgcttactagattatagcaacgctctaaattcaagtaa 6902  T
Q  308 acaagctttcttagaaccccaattgatggatcaatctgcacaagctttataca 360  Q
    ||||||||||||||||  ||||| |||||||| | || |||||| ||||||||    
T  6903 acaagctttcttagaagtccaatagatggatccaactccacaagttttataca 6955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University