View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20146_high_2 (Length: 717)

Name: NF20146_high_2
Description: NF20146
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20146_high_2
NF20146_high_2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (12-717)||(45083432-45084156)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 600; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 600; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 717
Target Start/End: Complemental strand, 45084156 - 45083432
Alignment:
Q  12 gagatgaagccttaaccacagttgaaattttcctcctgagttcacaataacaaaaagatattaaagcaggctgcattatgctttcaaatacagcaagcct 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  45084156 gagatgaagccttaaccacagttgaaattttcctcctgagttcacaataacaaaaagatattaaagcaggctgcattatgctttcaaataccgcaagcct 45084057  T
Q  112 tctctaacaaattcggg----tgtgtgtgtggaatgaaaa-tgtattgtgtatagttctttcacaattcactgcaaatctaggtaaa--tataaaatgat 204  Q
    |||||||||||||| ||    |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||    
T  45084056 tctctaacaaattccggagtgtgtgtgtgtgcaatgaaaaatgtattgtgtatagttctttcacaattcactgtaaatctaggtaaaaatataaaatgat 45083957  T
Q  205 tctacaaggagtggtttcaaaattcaa-catgaacatagagctacaaacaacgaatacatggaaaaagttgactaattaatgaagatctaaacataacat 303  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  45083956 tctacaaggagtggtttcaaaattcaaacatgaacatagagctacaaacaacaaatacatggaaaaagttgactaattaatgaaaatctaaacataacat 45083857  T
Q  304 tttttggtctgtggatgtgattgccaaacctcatgaacattagcaacgatcaattgaaagtcactt-------------ccatcaaactctccactttgt 390  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             |||||||||||||||||||||    
T  45083856 tttttggtctgtggatgtgattgccaaacctcatgaacattagcaacgatcaattgaaagtcactttcaggactcacttccatcaaactctccactttgt 45083757  T
Q  391 aggttttaaattaaccgtcatattagcattgacgcgagattgccaatcaaaacatagagattcaaagacactattacacataactgaacaccccagaagt 490  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45083756 aggttttaaattaaccgtcatattagcattgacgcgagattgccaatcaaaacataga--ttcaaacacactattacacataactgaacaccccagaagt 45083659  T
Q  491 tgaattctaacaataattgaaaagaaaagtatacctggagaaagtgagagaacggggatggaagagagaattcttgtgaagggaaagtccattgatctga 590  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45083658 tgaattctaacaataattgaaaagaaaagtatacctggagaaagtgagagaacggggatggaagagagaattcttgtgaagggaaagtccattgatctga 45083559  T
Q  591 gattggagggtagaggaacatagagaagttgtagttgaagccatcttgtcttgtgctttgaatttggaacttttctccttttcacaaagtgtgtcgattg 690  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45083558 gattggagggtagaggaacatagagaagttgtagttgaagccatcttgtcttgtgctttgaatttggaacttttctccttttcacaaagtgtgtcgattg 45083459  T
Q  691 agctgaagattgttgtttgtttgttat 717  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  45083458 agctgaagattgttgtttgtttgttat 45083432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University