View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20148_high_4 (Length: 552)

Name: NF20148_high_4
Description: NF20148
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20148_high_4
NF20148_high_4
[»] chr3 (14 HSPs)
chr3 (15-256)||(40861800-40862041)
chr3 (258-439)||(47186168-47186349)
chr3 (260-439)||(42664668-42664847)
chr3 (260-434)||(31187072-31187246)
chr3 (261-439)||(34029288-34029466)
chr3 (442-543)||(40862037-40862133)
chr3 (279-391)||(37742739-37742850)
chr3 (269-391)||(33509684-33509805)
chr3 (259-387)||(47426344-47426471)
chr3 (266-378)||(50934501-50934613)
chr3 (265-383)||(44380254-44380371)
chr3 (313-373)||(35094596-35094655)
chr3 (319-390)||(6023000-6023071)
chr3 (289-383)||(17466297-17466390)
[»] chr5 (16 HSPs)
chr5 (260-439)||(38010611-38010790)
chr5 (259-439)||(29989956-29990136)
chr5 (260-439)||(13478042-13478221)
chr5 (260-440)||(13421006-13421186)
chr5 (264-439)||(13015380-13015555)
chr5 (260-421)||(13086748-13086909)
chr5 (309-392)||(37881185-37881268)
chr5 (264-401)||(1826258-1826394)
chr5 (289-433)||(10292897-10293039)
chr5 (265-383)||(11607588-11607705)
chr5 (265-367)||(19357330-19357432)
chr5 (270-383)||(33858592-33858704)
chr5 (320-383)||(42148201-42148263)
chr5 (265-371)||(9827788-9827894)
chr5 (265-383)||(39570097-39570214)
chr5 (329-391)||(33271678-33271739)
[»] chr4 (16 HSPs)
chr4 (256-440)||(52012769-52012953)
chr4 (264-439)||(9799360-9799535)
chr4 (260-408)||(47943153-47943302)
chr4 (264-439)||(12473703-12473877)
chr4 (264-439)||(12528112-12528286)
chr4 (350-439)||(46720200-46720290)
chr4 (266-391)||(33249420-33249544)
chr4 (279-391)||(21260808-21260919)
chr4 (289-358)||(46719954-46720023)
chr4 (265-391)||(22343337-22343462)
chr4 (265-383)||(35869625-35869742)
chr4 (266-362)||(49999662-49999758)
chr4 (313-382)||(51811962-51812030)
chr4 (266-359)||(52910126-52910219)
chr4 (265-342)||(55590482-55590559)
chr4 (331-389)||(33174581-33174636)
[»] chr1 (10 HSPs)
chr1 (259-437)||(8809639-8809817)
chr1 (262-439)||(35998249-35998426)
chr1 (264-391)||(29119370-29119496)
chr1 (265-391)||(32676136-32676261)
chr1 (265-391)||(2569037-2569161)
chr1 (279-439)||(35534420-35534576)
chr1 (265-400)||(8462129-8462262)
chr1 (338-400)||(16679765-16679827)
chr1 (289-358)||(25161333-25161402)
chr1 (322-358)||(8555486-8555522)
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (260-439)||(34245562-34245741)
chr6 (266-414)||(11113557-11113700)
chr6 (258-373)||(5403940-5404054)
chr6 (266-391)||(1211890-1212014)
chr6 (330-386)||(32644888-32644942)
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (260-409)||(1514798-1514947)
chr8 (279-383)||(18168399-18168503)
chr8 (279-383)||(18631956-18632060)
chr8 (259-391)||(24337876-24338007)
chr8 (265-391)||(41179609-41179734)
chr8 (326-391)||(4708353-4708417)
chr8 (315-383)||(11254082-11254149)
chr8 (266-400)||(32825872-32826005)
[»] chr2 (12 HSPs)
chr2 (284-421)||(10163501-10163638)
chr2 (334-438)||(3668008-3668112)
chr2 (265-391)||(34392127-34392252)
chr2 (313-391)||(23863849-23863926)
chr2 (265-369)||(37357988-37358092)
chr2 (321-393)||(41095830-41095901)
chr2 (265-361)||(21603959-21604055)
chr2 (268-367)||(7381695-7381794)
chr2 (280-382)||(14565908-14566009)
chr2 (329-373)||(4779649-4779692)
chr2 (325-367)||(34903962-34904004)
chr2 (279-332)||(3668320-3668373)
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (257-386)||(48250146-48250274)
chr7 (265-383)||(35341536-35341653)
chr7 (285-383)||(32694624-32694721)
chr7 (326-358)||(31306951-31306983)
[»] scaffold0229 (1 HSPs)
scaffold0229 (266-391)||(13051-13176)
[»] scaffold0032 (1 HSPs)
scaffold0032 (265-379)||(34194-34306)
[»] scaffold0519 (1 HSPs)
scaffold0519 (315-383)||(11244-11311)
[»] scaffold0263 (1 HSPs)
scaffold0263 (313-367)||(23168-23222)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 211; Significance: 1e-115; HSPs: 14)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 211; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 15 - 256
Target Start/End: Original strand, 40861800 - 40862041
Alignment:
Q  15 catcatccttcgtctttcgtttgtttacaaggaactccattaattcgaggaagagatgatgtgggttgatttcctctcccctttgaacttttgtgaacaa 114  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |    
T  40861800 catcatccttcgtcttt-gtttgtttacgaggaactccattaattcgaggaagagatgatgtgggttgatttcctctccccattgaacttttgtgaacga 40861898  T
Q  115 gacacaaaattccatgactctgtcgatcttaaccctgttctcattcaccctcatttgttctattgcattatctttttcagctaa-acttccttatcttct 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  40861899 gacacaaaattccatgactctgtcgatcttaaccctgttctcattcaccctcatttgttctattgcattatctttttcagctaatacttccttatcttct 40861998  T
Q  214 tcattagtcatttttgcttctctgccaacaatagtggtcttta 256  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  40861999 tcattagtcatttttgtttctctgccaacaatagtggtcttta 40862041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 258 - 439
Target Start/End: Original strand, 47186168 - 47186349
Alignment:
Q  258 agggacaccacttgtgtacagttaaggtactaatgttatataacattgattaataagagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttga 357  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||   ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  47186168 agggacaccacttgtgtaccattaaggtaccaatgttatataacattggccaataagagtgtgccacataccaatgttactttataaatactttatttga 47186267  T
Q  358 tatatgttttttaaagtgtgtgccacatggcacaccttaattgactaatgttgtataatataattgtacacaagtgctatcc 439  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  47186268 tatatgttttttaaagtgtgtgccacatggcacaccttaattggctaatgttatataacataatggtacacaagtgctatcc 47186349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 260 - 439
Target Start/End: Original strand, 42664668 - 42664847
Alignment:
Q  260 ggacaccacttgtgtacagttaaggtactaatgttatataacattgattaataagagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgata 359  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||| || |||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  42664668 ggacaccacttgtgtaccattaaggtaccaaagttatataacattgaccaataagagtgtgccacataccaatgttattttataaatgttttatttgata 42664767  T
Q  360 tatgttttttaaagtgtgtgccacatggcacaccttaattgactaatgttgtataatataattgtacacaagtgctatcc 439  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  42664768 tatgttttttaaagtgtgtgccacatgtcacaccttaattagctaatgttatataacataatggtacacaagtgctatcc 42664847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 260 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 31187246 - 31187072
Alignment:
Q  260 ggacaccacttgtgtacagttaaggtactaatgttatataacattgattaataagagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgata 359  Q
    ||||||||||| |||||  ||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  31187246 ggacaccacttatgtaccattaaggtaccaatgttatataacattgaccaataagagtgtgccacataccaatgttactttataaatgttttatttgata 31187147  T
Q  360 tatgttttttaaagtgtgtgccacatggcacaccttaattgactaatgttgtataatataattgtacacaagtgc 434  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||||    
T  31187146 tatattttttaaagtgtgtgccacatgtcacaccttaattggctaatgttatataacataatggtacacaagtgc 31187072  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 261 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 34029466 - 34029288
Alignment:
Q  261 gacaccacttgtgtacagttaaggtactaatgttatataacattgattaataagagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgatat 360  Q
    |||||||||||| |||  ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  34029466 gacaccacttgtttaccattaaggtaccaatgttatataacattgatcaataagagtgtgccacatactaatgttactttataaatgttttatttgatat 34029367  T
Q  361 atgttttttaaagtgtgtgccacatggcacaccttaattgactaatgttgtataatataattgtacacaagtgctatcc 439  Q
    ||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  34029366 atgttttttaaagtgtgtgtcacatatcacaccttaattggctaatgttatataacataatggtacacaagtgctatcc 34029288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 442 - 543
Target Start/End: Original strand, 40862037 - 40862133
Alignment:
Q  442 ctttagagatagtctttgatgagttaattctatgcgttccgcctttatttcaacaactttcttcgcatacacttgtggataaggaagctttgtggcctat 541  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||     |||||||||||||||||||||    
T  40862037 ctttagagatactctttgatgagttaattctatgcgttccgcctttatttcaacaactttcttcgcatacaatt-----taaggaagctttgtggcctat 40862131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 279 - 391
Target Start/End: Original strand, 37742739 - 37742850
Alignment:
Q  279 ttaaggtactaatgttatataacattgattaataagagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgatatatgttttttaaagtgtgt 378  Q
    ||||||||| |||| |||||| ||||| | ||| |||||||||||| |||||||||||| |||  ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  37742739 ttaaggtaccaatggtatatatcattggtcaattagagtatgccacctaccaatgttacattaccaatgctttatttgatatat-ttttttaaagagtgt 37742837  T
Q  379 gccacatggcaca 391  Q
    ||||| |||||||    
T  37742838 gccacgtggcaca 37742850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 269 - 391
Target Start/End: Original strand, 33509684 - 33509805
Alignment:
Q  269 ttgtgtacagttaaggtactaatgttatataacattgattaataagagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgatatatgttttt 368  Q
    ||||||||  |||||||||||||  |||||| ||||||  ||| ||||| |||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||| |||||    
T  33509684 ttgtgtaccattaaggtactaatagtatatatcattgaccaattagagtgtgccacctaccaatattactttatagatgctttatttgatgtat-ttttt 33509782  T
Q  369 taaagtgtgtgccacatggcaca 391  Q
    |||||  ||||||||||||||||    
T  33509783 taaaggatgtgccacatggcaca 33509805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 259 - 387
Target Start/End: Original strand, 47426344 - 47426471
Alignment:
Q  259 gggacaccacttgtgtacagttaaggtactaatgttatataacattgattaataagagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgat 358  Q
    |||| |||||||||||||  ||||||||| |||  |||||| |||||   ||| ||||| || ||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  47426344 gggataccacttgtgtaccattaaggtaccaatagtatataccattggccaattagagtgtgtcacctatcaatgttactttatagatgctttatttgat 47426443  T
Q  359 atatgttttttaaagtgtgtgccacatgg 387  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||    
T  47426444 atat-ttttttaaagggtgtgccacatgg 47426471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 266 - 378
Target Start/End: Original strand, 50934501 - 50934613
Alignment:
Q  266 cacttgtgtacagttaaggtactaatgttatataacattgattaataagagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgatatatgtt 365  Q
    |||||||||||  ||||||||| |||| |||||| |||||   ||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  50934501 cacttgtgtaccattaaggtaccaatggtatataccattggccaattagagtgtgccacttaccaatgttactttataaatgcattatttgatatatttt 50934600  T
Q  366 ttttaaagtgtgt 378  Q
     ||||||| ||||    
T  50934601 atttaaagggtgt 50934613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 265 - 383
Target Start/End: Original strand, 44380254 - 44380371
Alignment:
Q  265 ccacttgtgtacagttaaggtactaatgttatataacattgattaataagagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgatatatgt 364  Q
    ||||||||||||  ||||||||| |||| ||||||  |||||  ||| | ||| || ||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  44380254 ccacttgtgtaccattaaggtaccaatggtatatactattgaccaattatagtgtgtcacctatcaatattactttataaatgctttatttgatata-ct 44380352  T
Q  365 tttttaaagtgtgtgccac 383  Q
    ||||||||| |||||||||    
T  44380353 tttttaaagggtgtgccac 44380371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 313 - 373
Target Start/End: Original strand, 35094596 - 35094655
Alignment:
Q  313 agagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgatatatgttttttaaag 373  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||||    
T  35094596 agagtatgccacctaccaatgttactttataaatattttatttgatatat-ttttttaaag 35094655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 319 - 390
Target Start/End: Original strand, 6023000 - 6023071
Alignment:
Q  319 tgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgatatatgttttttaaagtgtgtgccacatggcac 390  Q
    |||||||||| ||||||| ||| ||| | ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||    
T  6023000 tgccacatactaatgttattttgtaagtactttatttgatatatattttttaaagggtgtgccacgtggcac 6023071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 289 - 383
Target Start/End: Original strand, 17466297 - 17466390
Alignment:
Q  289 aatgttatataacattgattaataagagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgatatatgttttttaaagtgtgtgccac 383  Q
    |||| |||||| ||||| | ||| ||||| || ||| || ||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||| || ||||||    
T  17466297 aatggtatatatcattggtcaattagagtgtgtcacctatcaatgttactttataaatgatttagttgatatat-ttttttaaagggtatgccac 17466390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 132; Significance: 3e-68; HSPs: 16)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 132; E-Value: 3e-68
Query Start/End: Original strand, 260 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 38010790 - 38010611
Alignment:
Q  260 ggacaccacttgtgtacagttaaggtactaatgttatataacattgattaataagagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgata 359  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||   ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  38010790 ggacaccacttgtgtaccattaaggtaccaatgttatataacattggccaataagagtgtgccacataccaatgttactttataaatactttatttgata 38010691  T
Q  360 tatgttttttaaagtgtgtgccacatggcacaccttaattgactaatgttgtataatataattgtacacaagtgctatcc 439  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  38010690 tatgttttttaaagtgtgtgccacatggcacaccttaattggctaatgttatataacataatggtacacaagtgctatcc 38010611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 259 - 439
Target Start/End: Original strand, 29989956 - 29990136
Alignment:
Q  259 gggacaccacttgtgtacagttaaggtactaatgttatataacattgattaataagagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgat 358  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||  ||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  29989956 gggacaccacttgtgtaccattaaggtatcaatgttatataacattgaccaataagagtgtgccacataccaatgttactttataaatgttttatttgat 29990055  T
Q  359 atatgttttttaaagtgtgtgccacatggcacaccttaattgactaatgttgtataatataattgtacacaagtgctatcc 439  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  29990056 atatgttttttaaagtgtgtgccacatgtcacaccttaattggctaatgttatataacataatggtacacaagtgctatcc 29990136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 260 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 13478221 - 13478042
Alignment:
Q  260 ggacaccacttgtgtacagttaaggtactaatgttatataacattgattaataagagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgata 359  Q
    |||||||||||||||||  |||||| || ||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||    
T  13478221 ggacaccacttgtgtaccattaaggaaccaatgttatataacattgaccaataagagtgtgccacataccattgttactttataaatattttatttgata 13478122  T
Q  360 tatgttttttaaagtgtgtgccacatggcacaccttaattgactaatgttgtataatataattgtacacaagtgctatcc 439  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||| ||||| ||||| ||||||| |||||||||    
T  13478121 tatgttttttaaagtgtgtgccacatgtcacaccttaattagctaatgttatataacataatcgtacacatgtgctatcc 13478042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 260 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 13421186 - 13421006
Alignment:
Q  260 ggacaccacttgtgtacagttaaggtactaatgttatataacattgattaataagagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgata 359  Q
    ||||| |||||||||||  ||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||| |  || ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  13421186 ggacatcacttgtgtaccattaaggtatcaatgttatataacattgatcaataagagtgtatcaaatatcaatgttactttataaatgctttatttaata 13421087  T
Q  360 tatgttttttaaagtgtgtgccacatggcacaccttaattgactaatgttgtataatataattgtacacaagtgctatcca 440  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  13421086 tatgttttttaaagtgtatgccacatgacacaccttacttgactaatgttatataacataatggtacacaagtgctatcca 13421006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 264 - 439
Target Start/End: Original strand, 13015380 - 13015555
Alignment:
Q  264 accacttgtgtacagttaaggtactaatgttatataacattgattaataagagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgatatatg 363  Q
    |||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||     
T  13015380 accacttgtgtaccattaaggtaccaatgttatataacattgaccaataagagtgtgccacataccaatgttactttataaatattttatttgatatata 13015479  T
Q  364 ttttttaaagtgtgtgccacatggcacaccttaattgactaatgttgtataatataattgtacacaagtgctatcc 439  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||| |||||||| ||||| |||||  ||| |||||| |||||    
T  13015480 ttttttaaagtatgtgccacatgtcacatcttaattggctaatgttatataacataatgatacgcaagtggtatcc 13015555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 98; E-Value: 5e-48
Query Start/End: Original strand, 260 - 421
Target Start/End: Original strand, 13086748 - 13086909
Alignment:
Q  260 ggacaccacttgtgtacagttaaggtactaatgttatataacattgattaataagagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgata 359  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||    
T  13086748 ggacaccacttgtgtaccattaaggtaccaatgttatataacattgaccaataagagtgtgccacataccaatgttattttataaatattttatttgata 13086847  T
Q  360 tatgttttttaaagtgtgtgccacatggcacaccttaattgactaatgttgtataatataat 421  Q
    | | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||| ||||| |||||    
T  13086848 tgtattttttaaagtgtgtgccacatgtcacaccttaattagctaatgttatataacataat 13086909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 309 - 392
Target Start/End: Original strand, 37881185 - 37881268
Alignment:
Q  309 aataagagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgatatatgttttttaaagtgtgtgccacatggcacac 392  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||    
T  37881185 aataagagtgtgccacataccaatgttactttataaatattttatttgatatatgtttttcaaaatgtgtgccacatggtacac 37881268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 264 - 401
Target Start/End: Original strand, 1826258 - 1826394
Alignment:
Q  264 accacttgtgtacagttaaggtactaatgttatataacattgattaataagagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgatatatg 363  Q
    |||||||||||||  |||| |||| |||| |||||| ||||| | ||| ||||| || ||| ||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||     
T  1826258 accacttgtgtaccattaaagtaccaatggtatataccattggtcaattagagtgtgtcacctaccaatattactttgtagatgctttatttgatatat- 1826356  T
Q  364 ttttttaaagtgtgtgccacatggcacaccttaattga 401  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||    
T  1826357 ttttttaaagtatgtgccacatggcacattttaattga 1826394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 289 - 433
Target Start/End: Original strand, 10292897 - 10293039
Alignment:
Q  289 aatgttatataacattgattaataagagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgatatatgttttttaaagtgtgtgccacatggc 388  Q
    |||||||||||||||||   ||||||| | |||||| ||| ||||||| ||| ||| || |||||||||||| |  ||||||||| ||||||||| ||||    
T  10292897 aatgttatataacattggccaataagaatgtgccacgtactaatgttattttgtaagtgttttatttgatattt--tttttaaagggtgtgccacgtggc 10292994  T
Q  389 acaccttaattgactaatgttgtataatataattgtacacaagtg 433  Q
    |||||||||||| | |||||| ||||| || || |||||||||||    
T  10292995 acaccttaattggccaatgttatataacattatggtacacaagtg 10293039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 265 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 11607705 - 11607588
Alignment:
Q  265 ccacttgtgtacagttaaggtactaatgttatataacattgattaataagagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgatatatgt 364  Q
    |||||||| |||  ||||||||| |||| |||||| ||||||  ||| | ||| |||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||  |    
T  11607705 ccacttgtataccattaaggtaccaatggtatataccattgaccaattatagtgtgccacctaccaatattactttataaatgttttatttgatata-ct 11607607  T
Q  365 tttttaaagtgtgtgccac 383  Q
    ||||||||| |||||||||    
T  11607606 tttttaaagggtgtgccac 11607588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 265 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 19357432 - 19357330
Alignment:
Q  265 ccacttgtgtacagttaaggtactaatgttatataacattgattaataagagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgatatatgt 364  Q
    ||||||||||||  ||| ||||| |||| |||||| |||||   ||| ||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  19357432 ccacttgtgtaccattagggtaccaatggtatataccattggccaattagagtgtgccacctaccaatattactttataaatgctttatttgatatattt 19357333  T
Q  365 ttt 367  Q
    |||    
T  19357332 ttt 19357330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 270 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 33858704 - 33858592
Alignment:
Q  270 tgtgtacagttaaggtactaatgttatataacattgattaataagagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgatatatgtttttt 369  Q
    |||||||  ||||||||| |||  |||||| ||||||  ||| | ||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||    
T  33858704 tgtgtaccattaaggtaccaatagtatatatcattgaccaattatagtgtgccacctaccaatgttactttataaatgttttatttgatata-ctttttt 33858606  T
Q  370 aaagtgtgtgccac 383  Q
    |||| |||||||||    
T  33858605 aaagggtgtgccac 33858592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 320 - 383
Target Start/End: Original strand, 42148201 - 42148263
Alignment:
Q  320 gccacataccaatgttactttataaatgctttatttgatatatgttttttaaagtgtgtgccac 383  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||| ||||    
T  42148201 gccacctaccaatgttactttataaatgttttatttgatatat-ttttttaaagggtgtaccac 42148263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 265 - 371
Target Start/End: Original strand, 9827788 - 9827894
Alignment:
Q  265 ccacttgtgtacagttaaggtactaatgttatataacattgattaataagagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgatatatgt 364  Q
    ||||||||||||  ||||||||| |||| |||||| | ||  | ||| ||||| | |||| ||||||| |||||||||||||  |||||||||||||| |    
T  9827788 ccacttgtgtaccattaaggtaccaatggtatatacctttagtcaattagagtgtaccacctaccaatattactttataaatattttatttgatatatct 9827887  T
Q  365 tttttaa 371  Q
    |||||||    
T  9827888 tttttaa 9827894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 265 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 39570214 - 39570097
Alignment:
Q  265 ccacttgtgtacagttaaggtactaatgttatataacattgattaataagagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgatatatgt 364  Q
    |||||||||||   |||| |||  |||| |||||| |||||   ||| ||||| || ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |    
T  39570214 ccacttgtgtatcattaaagtatcaatggtatataccattggccaattagagtgtgtcacctaccaatgttactttataaatgttttatttgatata-ct 39570116  T
Q  365 tttttaaagtgtgtgccac 383  Q
    ||||||||| |||||||||    
T  39570115 tttttaaagggtgtgccac 39570097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 329 - 391
Target Start/End: Original strand, 33271678 - 33271739
Alignment:
Q  329 caatgttactttataaatgctttatttgatatatgttttttaaagtgtgtgccacatggcaca 391  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||  || ||||| |||||||    
T  33271678 caatgttacttgataaatgctttatttgatatat-ttttttaaaggatgcgccacgtggcaca 33271739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 129; Significance: 2e-66; HSPs: 16)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 256 - 440
Target Start/End: Original strand, 52012769 - 52012953
Alignment:
Q  256 atagggacaccacttgtgtacagttaaggtactaatgttatataacattgattaataagagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttattt 355  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||  ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  52012769 atagggacaccacttgtgtaccattaaggtaccaatgttatataacattgaccaataaaagtgtgccacataccaatgttactttataaatgttttattt 52012868  T
Q  356 gatatatgttttttaaagtgtgtgccacatggcacaccttaattgactaatgttgtataatataattgtacacaagtgctatcca 440  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||    
T  52012869 gatatatgttttttaaagtgtgtgccacatgtcacaccttaattagctaatgttatataacataatggtacacaagtgctatcca 52012953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 264 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 9799535 - 9799360
Alignment:
Q  264 accacttgtgtacagttaaggtactaatgttatataacattgattaataagagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgatatatg 363  Q
    ||||||||| |||  ||||||||| ||||||||||||||||||  || |||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  9799535 accacttgtataccattaaggtaccaatgttatataacattgaccaacaagaatgtgccacataccaatgttactttataaatgttttatttaatatatg 9799436  T
Q  364 ttttttaaagtgtgtgccacatggcacaccttaattgactaatgttgtataatataattgtacacaagtgctatcc 439  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||  |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||    
T  9799435 ttttttaaagtgtgtgtcacatgtcacaccttaattagctaatgttatataacataatggtacacaagtgctatcc 9799360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 66; E-Value: 6e-29
Query Start/End: Original strand, 260 - 408
Target Start/End: Original strand, 47943153 - 47943302
Alignment:
Q  260 ggacaccacttgtgtacagttaaggtactaatgttatataacatt-gattaataagagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgat 358  Q
    |||||||||||||||||  ||||  ||| |||||||||||| ||| ||  ||||| | | |||||||||||||| ||| |||||||||  ||||||||||    
T  47943153 ggacaccacttgtgtaccattaaaataccaatgttatataatatttgaccaataaaaatgtgccacataccaatattattttataaatattttatttgat 47943252  T
Q  359 atatgttttttaaagtgtgtgccacatggcacaccttaattgactaatgt 408  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||  |||||||    
T  47943253 atatgttttttaaaatgtgtgccacatgtcacaccttaattagctaatgt 47943302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 264 - 439
Target Start/End: Original strand, 12473703 - 12473877
Alignment:
Q  264 accacttgtgtacagttaaggtactaatgttatataacattgattaataagagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgatatatg 363  Q
    ||||||||| |||  ||||||||| |||| |||||| |||||   ||| ||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  12473703 accacttgtataccattaaggtaccaatggtatataccattggccaattagagtgtgccacctaccaatgttactttatagatgctttatttgatatat- 12473801  T
Q  364 ttttttaaagtgtgtgccacatggcacaccttaattgactaatgttgtataatataattgtacacaagtgctatcc 439  Q
    |||||||||| ||||| |||||| ||||   |||||||  |||| | ||||  || || |||||||||||||||||    
T  12473802 ttttttaaagggtgtggcacatgacacattctaattgagcaatggtatataccattatggtacacaagtgctatcc 12473877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 264 - 439
Target Start/End: Original strand, 12528112 - 12528286
Alignment:
Q  264 accacttgtgtacagttaaggtactaatgttatataacattgattaataagagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgatatatg 363  Q
    ||||||||| |||  ||||||||| |||| |||||| |||||   ||| ||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  12528112 accacttgtataccattaaggtaccaatggtatataccattggccaattagagtgtgccacctaccaatgttactttatagatgctttatttgatatat- 12528210  T
Q  364 ttttttaaagtgtgtgccacatggcacaccttaattgactaatgttgtataatataattgtacacaagtgctatcc 439  Q
    |||||||||| ||||| |||||| ||||   |||||||  |||| | ||||  || || |||||||||||||||||    
T  12528211 ttttttaaagggtgtggcacatgacacattctaattgagcaatggtatataccattatggtacacaagtgctatcc 12528286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 350 - 439
Target Start/End: Original strand, 46720200 - 46720290
Alignment:
Q  350 ttatttgatatatgtttt-ttaaagtgtgtgccacatggcacaccttaattgactaatgttgtataatataattgtacacaagtgctatcc 439  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||| | |||||||||||    
T  46720200 ttatttgatatatgtttttttaaagtgtgtgccacatgacacaccttaattgactaatgttatataacataatggtaaagaagtgctatcc 46720290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 266 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 33249544 - 33249420
Alignment:
Q  266 cacttgtgtacagttaaggtactaatgttatataacattgattaataagagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgatatatgtt 365  Q
    |||||||||||  ||||||||| |||| ||||||  ||||   ||| ||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  33249544 cacttgtgtaccattaaggtacaaatggtatatacaattggccaattagagtgtgtcacctaccaatgttactttataaatgctttatttgatatat-at 33249446  T
Q  366 ttttaaagtgtgtgccacatggcaca 391  Q
    |||||||| |||||||||||||||||    
T  33249445 ttttaaagggtgtgccacatggcaca 33249420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 279 - 391
Target Start/End: Original strand, 21260808 - 21260919
Alignment:
Q  279 ttaaggtactaatgttatataacattgattaataagagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgatatatgttttttaaagtgtgt 378  Q
    ||||||||| |||| |||||| |||||   ||| ||||| || ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  21260808 ttaaggtaccaatgatatatatcattggccaattagagtgtgtcacctaccaatgttactttataaatgttttatttgatatat-ttttttaaagggtgt 21260906  T
Q  379 gccacatggcaca 391  Q
    |||||||||||||    
T  21260907 gccacatggcaca 21260919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 289 - 358
Target Start/End: Original strand, 46719954 - 46720023
Alignment:
Q  289 aatgttatataacattgattaataagagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgat 358  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  46719954 aatgttatataacattgaccaataagagtgtgccacatacaaatgttactttataaatactttatttgat 46720023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 265 - 391
Target Start/End: Original strand, 22343337 - 22343462
Alignment:
Q  265 ccacttgtgtacagttaaggtactaatgttatataacattgattaataagagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgatatatgt 364  Q
    ||||||||||||  ||||||||  |||| |||||| ||||||  ||| ||||| || ||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  22343337 ccacttgtgtaccattaaggtatcaatggtatatatcattgaccaattagagtgtgtcatctatcaatgttactttataaatgctttatttgatatat-t 22343435  T
Q  365 tttttaaagtgtgtgccacatggcaca 391  Q
     ||||||||  ||||||||||| ||||    
T  22343436 attttaaaggatgtgccacatgacaca 22343462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 265 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 35869742 - 35869625
Alignment:
Q  265 ccacttgtgtacagttaaggtactaatgttatataacattgattaataagagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgatatatgt 364  Q
    ||||||||||||  ||||||||| |||| |||||| ||||||  ||| | | | |||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||  |    
T  35869742 ccacttgtgtaccattaaggtaccaatggtatataccattgaccaattataatgtgccacctaccaatgttactatataaatgttttatttgatata-ct 35869644  T
Q  365 tttttaaagtgtgtgccac 383  Q
    ||||||||| |||||||||    
T  35869643 tttttaaagggtgtgccac 35869625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 266 - 362
Target Start/End: Complemental strand, 49999758 - 49999662
Alignment:
Q  266 cacttgtgtacagttaaggtactaatgttatataacattgattaataagagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgatatat 362  Q
    |||||||||||  | ||| |||||||||||| |  ||||| | ||| ||||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  49999758 cacttgtgtaccatcaagatactaatgttatgtgtcattggtcaattagagtgtgtcacataccaatgttattttataaatgctttatttgatatat 49999662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 313 - 382
Target Start/End: Original strand, 51811962 - 51812030
Alignment:
Q  313 agagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgatatatgttttttaaagtgtgtgcca 382  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||| |||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  51811962 agagtatgccacctaccaatgttactttataaattttttttttgatatat-ttttttaaagggtgtgcca 51812030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 266 - 359
Target Start/End: Complemental strand, 52910219 - 52910126
Alignment:
Q  266 cacttgtgtacagttaaggtactaatgttatataacattgattaataagagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgata 359  Q
    |||||||||||  | | ||||| ||||||||||| |||||   ||| | ||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  52910219 cacttgtgtaccataatggtaccaatgttatataccattggccaattaaagtgtgccacctaccaatattactttataaatgctttatttgata 52910126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 265 - 342
Target Start/End: Original strand, 55590482 - 55590559
Alignment:
Q  265 ccacttgtgtacagttaaggtactaatgttatataacattgattaataagagtatgccacataccaatgttactttat 342  Q
    ||||||||||||  ||||||||| |||| |||||| ||||||| ||| | ||| || ||| |||||||||||||||||    
T  55590482 ccacttgtgtaccattaaggtaccaatggtatatatcattgatcaattatagtgtgtcacctaccaatgttactttat 55590559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 331 - 389
Target Start/End: Original strand, 33174581 - 33174636
Alignment:
Q  331 atgttactttataaatgctttatttgatatatgttttttaaagtgtgtgccacatggca 389  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||   ||||||||| ||||||||| |||||    
T  33174581 atgttactttataaatgttttatttgatata---tttttaaagggtgtgccacgtggca 33174636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 127; Significance: 3e-65; HSPs: 10)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 259 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 8809817 - 8809639
Alignment:
Q  259 gggacaccacttgtgtacagttaaggtactaatgttatataacattgattaataagagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgat 358  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  8809817 gggacaccacttgtgtaccattaaggtaccaatgttatataacattgaccaataagagtgtgccacgtaccaatgttactttataaatgttttatttgat 8809718  T
Q  359 atatgttttttaaagtgtgtgccacatggcacaccttaattgactaatgttgtataatataattgtacacaagtgctat 437  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||    
T  8809717 atatgttttttaaagtgtgtgccacatgtcacaccttaattggctaatgttatataacataatggtacacaagtgctat 8809639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 262 - 439
Target Start/End: Original strand, 35998249 - 35998426
Alignment:
Q  262 acaccacttgtgtacagttaaggtactaatgttatataacattgattaataagagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgatata 361  Q
    ||||||||||| |||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||| || ||||||| |||||    
T  35998249 acaccacttgtataccattaaggtaccaatgttatataacattgattaataagagtgtgccacatatcaatgttattttataagtgttttattttatata 35998348  T
Q  362 tgttttttaaagtgtgtgccacatggcacaccttaattgactaatgttgtataatataattgtacacaagtgctatcc 439  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||| |||||||||    
T  35998349 tgttttttaaagtgtgtgccacatggcacatcttaattggctaatgttatataacataatggtacacaggtgctatcc 35998426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 264 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 29119496 - 29119370
Alignment:
Q  264 accacttgtgtacagttaaggtactaatgttatataacattgattaataagagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgatatatg 363  Q
    |||||||||||||  ||||||||| |||| |||||| |||||   ||| ||||| |||||| || || |||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  29119496 accacttgtgtaccattaaggtaccaatggtatataccattggccaattagagtgtgccacctatcattgttactttatagatgctttatttgatatat- 29119398  T
Q  364 ttttttaaagtgtgtgccacatggcaca 391  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||    
T  29119397 ttttttaaagggtgtgccacatggcaca 29119370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 265 - 391
Target Start/End: Original strand, 32676136 - 32676261
Alignment:
Q  265 ccacttgtgtacagttaaggtactaatgttatataacattgattaataagagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgatatatgt 364  Q
    ||||||||||||  ||||||||| |||| |||||| |||||   ||| ||| |   |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  32676136 ccacttgtgtaccattaaggtaccaatggtatataccattggccaattagaatgcaccacctaccaatgttactttataaatgctttatttgatatat-t 32676234  T
Q  365 tttttaaagtgtgtgccacatggcaca 391  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||    
T  32676235 tttttaaagcatgtgccacatggcaca 32676261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 265 - 391
Target Start/End: Original strand, 2569037 - 2569161
Alignment:
Q  265 ccacttgtgtacagttaaggtactaatgttatataacattgattaataagagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgatatatgt 364  Q
    ||||||||||||  ||||||||| |||| |||||| ||||    ||| ||||| |||||| |||||||||||| |||  ||||||||||||||||||  |    
T  2569037 ccacttgtgtaccattaaggtaccaatggtatatatcatttgccaattagagtgtgccacctaccaatgttacattaccaatgctttatttgatata--t 2569134  T
Q  365 tttttaaagtgtgtgccacatggcaca 391  Q
    ||||||||| ||||||||  |||||||    
T  2569135 tttttaaagggtgtgccatgtggcaca 2569161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 279 - 439
Target Start/End: Original strand, 35534420 - 35534576
Alignment:
Q  279 ttaaggtactaatgttatataacattgattaataagagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgatatatgttttttaaagtgtgt 378  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||   | | ||||| |||||||||| ||||| | ||||||| || ||||||| ||||    ||||||||| ||||    
T  35534420 ttaagataccaatgttatataacattggacactgagagtgtgccacatactaatgtcaatttataagtgttttatttaatat----tttttaaagggtgt 35534515  T
Q  379 gccacatggcacaccttaattgactaatgttgtataatataattgtacacaagtgctatcc 439  Q
    |||||||| ||||||||||||| | ||| || ||||| || || || ||||||| ||||||    
T  35534516 gccacatgacacaccttaattggccaatattatataacattatggttcacaagttctatcc 35534576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 265 - 400
Target Start/End: Original strand, 8462129 - 8462262
Alignment:
Q  265 ccacttgtgtacagttaaggtactaatgttatataacattgattaataagagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgatatatgt 364  Q
    ||||||||||| | |||| |||| |||| |||||| ||||||| ||| | ||| |||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||  |    
T  8462129 ccacttgtgtata-ttaaagtaccaatggtatatatcattgatcaattatagtgtgccacctaccaatgttattttataaatgttttatttaatata-ct 8462226  T
Q  365 tttttaaagtgtgtgccacatggcacaccttaattg 400  Q
    ||||||||| | ||||||| || ||||  |||||||    
T  8462227 tttttaaagggcgtgccacgtgacacattttaattg 8462262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 338 - 400
Target Start/End: Original strand, 16679765 - 16679827
Alignment:
Q  338 tttataaatgctttatttgatatatgttttttaaagtgtgtgccacatggcacaccttaattg 400  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||| || |||| | ||||||    
T  16679765 tttataagtgctttatttgatatatattttttaaagggtgtgtcacgtgacacatcctaattg 16679827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 289 - 358
Target Start/End: Original strand, 25161333 - 25161402
Alignment:
Q  289 aatgttatataacattgattaataagagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgat 358  Q
    |||| |||||| ||||||  ||| | ||| |||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  25161333 aatggtatataccattgaccaattacagtgtgccacctaacaatgttactttataaatgttttatttgat 25161402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 322 - 358
Target Start/End: Original strand, 8555486 - 8555522
Alignment:
Q  322 cacataccaatgttactttataaatgctttatttgat 358  Q
    ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  8555486 cacataccaatgttattttataaatgttttatttgat 8555522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 124; Significance: 2e-63; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 260 - 439
Target Start/End: Original strand, 34245562 - 34245741
Alignment:
Q  260 ggacaccacttgtgtacagttaaggtactaatgttatataacattgattaataagagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgata 359  Q
    |||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||  ||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  34245562 ggacaccacttgtgtaccattaaggtattaatgttatataacattgaccaataaaagtgtgccacgtaccaatgttactttataaatactttatttgata 34245661  T
Q  360 tatgttttttaaagtgtgtgccacatggcacaccttaattgactaatgttgtataatataattgtacacaagtgctatcc 439  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  34245662 tatgttttttaaagtgtgtgccacatgacacaccttaattggctaatgttatataatataatggtacacaagtgttatcc 34245741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 266 - 414
Target Start/End: Original strand, 11113557 - 11113700
Alignment:
Q  266 cacttgtgtacagttaaggtactaatgttatataacattgattaataagagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgatatatgtt 365  Q
    |||||||||||  ||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||| || ||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||     ||    
T  11113557 cacttgtgtaccattaaggtaccaatgctatataacattgactaataagagtgtgtcacatactaatgttactttgtaagtgctttatttgat-----tt 11113651  T
Q  366 ttttaaagtgtgtgccacatggcacaccttaattgactaatgttgtata 414  Q
    ||||||||  || |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  11113652 ttttaaaggatgcgccacatggcacaccttaattgaccaatgttatata 11113700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 258 - 373
Target Start/End: Complemental strand, 5404054 - 5403940
Alignment:
Q  258 agggacaccacttgtgtacagttaaggtactaatgttatataacattgattaataagagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttga 357  Q
    ||||| |||||||||||||  |||||||||||||| ||||||  |||| | | | ||||| |||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  5404054 agggataccacttgtgtaccattaaggtactaatggtatatattattggtcagttagagtctgccacctaccaatgttactttatagatgttttatttga 5403955  T
Q  358 tatatgttttttaaag 373  Q
    ||||| ||||||||||    
T  5403954 tatat-ttttttaaag 5403940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 266 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 1212014 - 1211890
Alignment:
Q  266 cacttgtgtacagttaaggtactaatgttatataacattgattaataagagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgatatatgtt 365  Q
    |||||||||||  ||||||||| |||| |||||| |||||  |||| || || |||||| |  ||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||    
T  1212014 cacttgtgtaccattaaggtaccaatggtatataccattggctaattagtgtgtgccacctttcaatgttactttatcgatgctttatttgatatat-tt 1211916  T
Q  366 ttttaaagtgtgtgccacatggcaca 391  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||    
T  1211915 ttttaaagggtgtgccacgtggcaca 1211890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 330 - 386
Target Start/End: Complemental strand, 32644942 - 32644888
Alignment:
Q  330 aatgttactttataaatgctttatttgatatatgttttttaaagtgtgtgccacatg 386  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  32644942 aatgttacttta-aaatactttatttgttatat-ttttttaaagggtgtgccacatg 32644888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 94; Significance: 1e-45; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 260 - 409
Target Start/End: Original strand, 1514798 - 1514947
Alignment:
Q  260 ggacaccacttgtgtacagttaaggtactaatgttatataacattgattaataagagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgata 359  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  1514798 ggacaccacttgtgtaccattaaggtaccaatgttatataacattgatcaataagagtgtaccacataccaatgttactttataaatgttttatttgata 1514897  T
Q  360 tatgttttttaaagtgtgtgccacatggcacaccttaattgactaatgtt 409  Q
    ||| ||||||||| ||||| ||| ||| |||||||||||||  |||||||    
T  1514898 tatattttttaaaatgtgtaccatatgtcacaccttaattggttaatgtt 1514947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 279 - 383
Target Start/End: Original strand, 18168399 - 18168503
Alignment:
Q  279 ttaaggtactaatgttatataacattgattaataagagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgatatatgttttttaaagtgtgt 378  Q
    ||||||||| |||| |||||| ||||||| ||| ||||| | |||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||  |||    
T  18168399 ttaaggtaccaatggtatatatcattgatcaattagagtgtcccacctaccaatcttactttataaatactttatttgatatattttttttaaaggatgt 18168498  T
Q  379 gccac 383  Q
    |||||    
T  18168499 gccac 18168503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 279 - 383
Target Start/End: Original strand, 18631956 - 18632060
Alignment:
Q  279 ttaaggtactaatgttatataacattgattaataagagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgatatatgttttttaaagtgtgt 378  Q
    ||||||||| |||| |||||| ||||||| ||| ||||| | |||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||  |||    
T  18631956 ttaaggtaccaatggtatatatcattgatcaattagagtgtcccacctaccaatcttactttataaatactttatttgatatattttttttaaaggatgt 18632055  T
Q  379 gccac 383  Q
    |||||    
T  18632056 gccac 18632060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 259 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 24338007 - 24337876
Alignment:
Q  259 gggacaccacttgtgtacagttaaggtactaatgttatataacattgattaataagagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgat 358  Q
    |||| |||||||||||||  ||||||||  |||| |||||| ||| | | ||| ||||| |||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  24338007 gggataccacttgtgtactattaaggtagcaatggtatataccatcggtcaattagagtgtgccatctaccaatgttactttatagatgctttatttgat 24337908  T
Q  359 atatgttttttaaagtgtgtgccacatggcaca 391  Q
    ||||  ||||||||| ||||||||||| |||||    
T  24337907 atat-atttttaaagggtgtgccacatagcaca 24337876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 265 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 41179734 - 41179609
Alignment:
Q  265 ccacttgtgtacagttaaggtactaatgttatataacattgattaataagagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgatatatgt 364  Q
    ||||||||||||  ||||||||| |||| |||||| |||||   ||| | ||| || ||| |||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||| |    
T  41179734 ccacttgtgtaccattaaggtaccaatgatatatatcattggccaattaaagtgtgtcacctaccgatgttactttataaatgttttatttaatatat-t 41179636  T
Q  365 tttttaaagtgtgtgccacatggcaca 391  Q
    ||||||| |  ||||||||||||||||    
T  41179635 tttttaatggatgtgccacatggcaca 41179609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 326 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 4708417 - 4708353
Alignment:
Q  326 taccaatgttactttataaatgctttatttgatatatgttttttaaagtgtgtgccacatggcaca 391  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||| ||||||||| |||||||    
T  4708417 taccaatgttactttataaatgttttatttgatatat-atttttaaagggtgtgccacgtggcaca 4708353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 315 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 11254149 - 11254082
Alignment:
Q  315 agtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgatatatgttttttaaagtgtgtgccac 383  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||   ||||||||| |||||||||    
T  11254149 agtataccacctaccaatgttactttataaatgttttatttgatata-catttttaaagggtgtgccac 11254082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 266 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 32826005 - 32825872
Alignment:
Q  266 cacttgtgtacagttaaggtactaatgttatataacattgattaataagagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgatatatgtt 365  Q
    |||||||||||  |||| |||  |||||| |||| |||||   ||| |||||||| |||||| |||||||| ||||||  || |||||||||||||| ||    
T  32826005 cacttgtgtaccattaaagtatcaatgttgtataccattggccaattagagtatgtcacatatcaatgttattttatatgtgttttatttgatatat-tt 32825907  T
Q  366 ttttaaagtgtgtgccacatggcacaccttaattg 400  Q
    ||| ||||  |||| |||||| |||| ||||||||    
T  32825906 tttaaaaggttgtgtcacatgacacatcttaattg 32825872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 74; Significance: 1e-33; HSPs: 12)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 284 - 421
Target Start/End: Original strand, 10163501 - 10163638
Alignment:
Q  284 gtactaatgttatataacattgattaataagagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgatatatgttttttaaagtgtgtgccac 383  Q
    |||| ||||||||||||||||||  ||||| | | ||||||||||  || |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||    
T  10163501 gtaccaatgttatataacattgaccaataaaaatgtgccacatactgatattactttataaataatttatttgatatatgttttttaaagtatgtgctac 10163600  T
Q  384 atggcacaccttaattgactaatgttgtataatataat 421  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  10163601 atggcataccttaattgactaatgttatataacataat 10163638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 334 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 3668112 - 3668008
Alignment:
Q  334 ttactttataaatgctttatttgatatatgttttttaaagtgtgtgccacatggcacaccttaattgactaatgttgtataatataattgtacacaagtg 433  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||||||| |||||||||||    
T  3668112 ttactttataagtgctttattttatatatgttttttaaagtgagtgccacatggcacatcttaattggctaatattatataatataatggtacacaagtg 3668013  T
Q  434 ctatc 438  Q
    |||||    
T  3668012 ctatc 3668008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 265 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 34392252 - 34392127
Alignment:
Q  265 ccacttgtgtacagttaaggtactaatgttatataacattgattaataagagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgatatatgt 364  Q
    ||||||||||||  || |||||| |||| |||||| |||||   ||| ||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  34392252 ccacttgtgtaccattgaggtaccaatggtatataccattggccaattagagtgtgccacctaccaatcttactttataaatgctttatttgatatat-t 34392154  T
Q  365 tttttaaagtgtgtgccacatggcaca 391  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||    
T  34392153 tttttaaagggtgtgccacatggcaca 34392127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 313 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 23863926 - 23863849
Alignment:
Q  313 agagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgatatatgttttttaaagtgtgtgccacatggcaca 391  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||    
T  23863926 agagtgtgccacctaccaatgttactttataaatgctttatttgatatat-atttttaaagggtgtgccacatggcaca 23863849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 265 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 37358092 - 37357988
Alignment:
Q  265 ccacttgtgtacagttaaggtactaatgttatataacattgattaataagagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgatatatgt 364  Q
    |||||||||||   ||||||||| |||| |||||| |||||| |||| ||||| || ||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||| | |    
T  37358092 ccacttgtgtatcattaaggtaccaatgatatataccattgactaattagagtgtgtcacctatcaatgttactttataaatgctttatttaatattttt 37357993  T
Q  365 ttttt 369  Q
    |||||    
T  37357992 ttttt 37357988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 321 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 41095901 - 41095830
Alignment:
Q  321 ccacataccaatgttactttataaatgctttatttgatatatgttttttaaagtgtgtgccacatggcacacc 393  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||  || ||||||||||||||||    
T  41095901 ccacctaccaatgttactttataaatgctttatttgatagat-ttttttaaaaggtatgccacatggcacacc 41095830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 265 - 361
Target Start/End: Original strand, 21603959 - 21604055
Alignment:
Q  265 ccacttgtgtacagttaaggtactaatgttatataacattgattaataagagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgatata 361  Q
    ||||||||||||  ||||||||| |||| |||||| ||||||  ||| | ||| |  ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  21603959 ccacttgtgtaccattaaggtaccaatggtatataccattgaccaattatagtgtatcacctaccaatgttactttataaatgttttatttgatata 21604055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 268 - 367
Target Start/End: Original strand, 7381695 - 7381794
Alignment:
Q  268 cttgtgtacagttaaggtactaatgttatataacattgattaataagagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgatatatgtttt 367  Q
    |||||||||  ||||||||| |||| ||||||  ||||   ||| ||||| |||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  7381695 cttgtgtaccattaaggtaccaatggtatatactattggccaattagagtgtgccatctaccaatgttactttataaattctttatttgatatatttttt 7381794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 280 - 382
Target Start/End: Complemental strand, 14566009 - 14565908
Alignment:
Q  280 taaggtactaatgttatataacattgattaataagagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgatatatgttttttaaagtgtgtg 379  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||| ||  ||||| ||| |||||||||| ||| ||||||| | ||| |||||||||| |||||||||||  ||||    
T  14566009 taaggtaccaatgttatatatcattgatcaagtagagtgtgctacataccaatattattttataagtacttcatttgatata-gttttttaaaggatgtg 14565911  T
Q  380 cca 382  Q
    |||    
T  14565910 cca 14565908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 329 - 373
Target Start/End: Original strand, 4779649 - 4779692
Alignment:
Q  329 caatgttactttataaatgctttatttgatatatgttttttaaag 373  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  4779649 caatgttactttataaatactttatttgatatat-ttttttaaag 4779692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 325 - 367
Target Start/End: Original strand, 34903962 - 34904004
Alignment:
Q  325 ataccaatgttactttataaatgctttatttgatatatgtttt 367  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  34903962 atactaatgttattttataaatgctttatttgatatatttttt 34904004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 279 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 3668373 - 3668320
Alignment:
Q  279 ttaaggtactaatgttatataacattgattaataagagtatgccacataccaat 332  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||| || |||||| ||||    
T  3668373 ttaaggtaccaatgttatataacattgattggtaagagtgtgtcacatatcaat 3668320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 58; Significance: 4e-24; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 257 - 386
Target Start/End: Original strand, 48250146 - 48250274
Alignment:
Q  257 tagggacaccacttgtgtacagttaaggtactaatgttatataacattgattaataagagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttg 356  Q
    |||||| |||||||||||||  ||||||||| |||| |||||| ||||| | ||| ||||| |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  48250146 tagggataccacttgtgtaccattaaggtaccaatgatatatatcattggtcaattagagtgtgccacctaccaatgttactttatagatgctttatttg 48250245  T
Q  357 atatatgttttttaaagtgtgtgccacatg 386  Q
    |||| | |||||||||| || ||| |||||    
T  48250246 atat-ttttttttaaagggtatgctacatg 48250274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 265 - 383
Target Start/End: Original strand, 35341536 - 35341653
Alignment:
Q  265 ccacttgtgtacagttaaggtactaatgttatataacattgattaataagagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgatatatgt 364  Q
    ||||||||||||  ||||||||| |||| |||||| ||||||  ||| | ||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |    
T  35341536 ccacttgtgtaccattaaggtaccaatgatatataccattgaccaattatagtgtgccacctaccaatgttactttataaatgttttatttgatata-ct 35341634  T
Q  365 tttttaaagtgtgtgccac 383  Q
    ||||||||| |||||||||    
T  35341635 tttttaaagggtgtgccac 35341653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 285 - 383
Target Start/End: Complemental strand, 32694721 - 32694624
Alignment:
Q  285 tactaatgttatataacattgattaataagagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgatatatgttttttaaagtgtgtgccac 383  Q
    |||||||| |||||| ||||| | ||| ||||| | |||  || |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  32694721 tactaatgatatataccattggtaaattagagtgtcccatctatcaatgttactttataaattctttatttgatatat-ttttttaaagggtgtgccac 32694624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 326 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 31306983 - 31306951
Alignment:
Q  326 taccaatgttactttataaatgctttatttgat 358  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31306983 taccaatgttactttataaatgctttatttgat 31306951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0229 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0229
Description:

Target: scaffold0229; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 266 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 13176 - 13051
Alignment:
Q  266 cacttgtgtacagttaaggtactaatgttatataacattgattaataagagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgatatatgtt 365  Q
    |||||||||||  ||||||||| |||| |||||| |||||  |||| || || |||||| |  ||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||    
T  13176 cacttgtgtaccattaaggtaccaatggtatataccattggctaattagtgtgtgccacctttcaatgttactttatcgatgctttatttgatatat-tt 13078  T
Q  366 ttttaaagtg-tgtgccacatggcaca 391  Q
    |||||||| | |||||||| |||||||    
T  13077 ttttaaagggttgtgccacgtggcaca 13051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0032 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0032
Description:

Target: scaffold0032; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 265 - 379
Target Start/End: Original strand, 34194 - 34306
Alignment:
Q  265 ccacttgtgtacagttaaggtactaatgttatataacattgattaataagagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgatatatgt 364  Q
    ||||||||||||  ||||||||| |||| ||||||  ||||   ||| ||||| |||||| ||||||| |||||||||||||  |||||||||||||  |    
T  34194 ccacttgtgtaccattaaggtaccaatggtatatattattggccaattagagtgtgccacttaccaatattactttataaatattttatttgatata--t 34291  T
Q  365 tttttaaagtgtgtg 379  Q
    ||||||||| |||||    
T  34292 tttttaaagggtgtg 34306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0519 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0519
Description:

Target: scaffold0519; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 315 - 383
Target Start/End: Original strand, 11244 - 11311
Alignment:
Q  315 agtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgatatatgttttttaaagtgtgtgccac 383  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||   ||||||||| |||||||||    
T  11244 agtataccacctaccaatgttactttataaatgttttatttgatata-catttttaaagggtgtgccac 11311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0263 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000005; HSPs: 1)
Name: scaffold0263
Description:

Target: scaffold0263; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 313 - 367
Target Start/End: Complemental strand, 23222 - 23168
Alignment:
Q  313 agagtatgccacataccaatgttactttataaatgctttatttgatatatgtttt 367  Q
    ||||| |||||| ||||||| |||||||||||||  |||||||||||||| ||||    
T  23222 agagtgtgccacctaccaattttactttataaatattttatttgatatatttttt 23168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University