View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF20151_high_100 (Length: 287)
Name: NF20151_high_100
Description: NF20151
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF20151_high_100 |
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Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 245; Significance: 1e-136; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Original strand, 234187 - 234459
Alignment:
| Q |
1 |
tcttctttgttttgtttatttaatattggaaatgagatggatggagagcaaccaaaaagatacaatgtgttaacttatgaatttgaagaggatttggtta |
100 |
Q |
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| T |
234187 |
tcttctttgttttgtttatttaatattggaaatgagatggatggagagcaaccaaaaagatatcatgtgttaacttatgaatttgaagaggatttggtta |
234286 |
T |
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| Q |
101 |
tggttagagataatccatggcaaaaagttctaactttgaactttgtctctaaagaacaacaacacattatgtactataatctattttgttcacaaatatt |
200 |
Q |
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| T |
234287 |
tggttagagataatccatggcagtaagttcaaactttgaactctgtctctaaagaacaacaacacattatgtactataatctattttgttcacaaatatt |
234386 |
T |
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| Q |
201 |
ctttacttttattgaatacgtatgattgttcttatccactgttagatgctctctagagtgagactcaaaagtg |
273 |
Q |
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|
| T |
234387 |
ctttacttttattgaatgcgtatgattgttcttatccactgttagatgctctctagagtgagactcaaaagtg |
234459 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Original strand, 710598 - 710870
Alignment:
| Q |
1 |
tcttctttgttttgtttatttaatattggaaatgagatggatggagagcaaccaaaaagatacaatgtgttaacttatgaatttgaagaggatttggtta |
100 |
Q |
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| T |
710598 |
tcttctttgttttgtttatttaatattggaaatgagatggatggagagcaaccaaaaagatatcatgtgttaacttatgaatttgaagaggatttggtta |
710697 |
T |
|
| Q |
101 |
tggttagagataatccatggcaaaaagttctaactttgaactttgtctctaaagaacaacaacacattatgtactataatctattttgttcacaaatatt |
200 |
Q |
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| T |
710698 |
tggttagagataatccatggcagtaagttcaaactttgaactctgtctctaaagaacaacaacacattatgtactataatctattttgttcacaaatatt |
710797 |
T |
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| Q |
201 |
ctttacttttattgaatacgtatgattgttcttatccactgttagatgctctctagagtgagactcaaaagtg |
273 |
Q |
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| T |
710798 |
ctttacttttattgaatgcgtatgattgttcttatccactgttagatgctctctagagtgagactcaaaagtg |
710870 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Original strand, 747810 - 748082
Alignment:
| Q |
1 |
tcttctttgttttgtttatttaatattggaaatgagatggatggagagcaaccaaaaagatacaatgtgttaacttatgaatttgaagaggatttggtta |
100 |
Q |
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| T |
747810 |
tcttctttgttttgtttatttaatattggaaatgagatggatggagagcaaccaaaaagatatcatgtgttaacttatgaatttgaagaggatttggtta |
747909 |
T |
|
| Q |
101 |
tggttagagataatccatggcaaaaagttctaactttgaactttgtctctaaagaacaacaacacattatgtactataatctattttgttcacaaatatt |
200 |
Q |
| |
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| T |
747910 |
tggttagagataatccatggcagtaagttcaaactttgaactctgtctctaaagaacaacaacacattatgtactataatctattttgttcacaaatatt |
748009 |
T |
|
| Q |
201 |
ctttacttttattgaatacgtatgattgttcttatccactgttagatgctctctagagtgagactcaaaagtg |
273 |
Q |
| |
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||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
748010 |
ctttacttttattgaatgcgtatgattgttcttatccactgttagatgctctctagagtgagactcaaaagtg |
748082 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 245; E-Value: 1e-136
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Original strand, 871705 - 871977
Alignment:
| Q |
1 |
tcttctttgttttgtttatttaatattggaaatgagatggatggagagcaaccaaaaagatacaatgtgttaacttatgaatttgaagaggatttggtta |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
871705 |
tcttctttgttttgtttatttaatattggaaatgagatggatggagagcaaccaaaaagatatcatgtgttaacttatgaatttgaagaggatttggtta |
871804 |
T |
|
| Q |
101 |
tggttagagataatccatggcaaaaagttctaactttgaactttgtctctaaagaacaacaacacattatgtactataatctattttgttcacaaatatt |
200 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
871805 |
tggttagagataatccatggcagtaagttcaaactttgaactctgtctctaaagaacaacaacacattatgtactataatctattttgttcacaaatatt |
871904 |
T |
|
| Q |
201 |
ctttacttttattgaatacgtatgattgttcttatccactgttagatgctctctagagtgagactcaaaagtg |
273 |
Q |
| |
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||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
871905 |
ctttacttttattgaatgcgtatgattgttcttatccactgttagatgctctctagagtgagactcaaaagtg |
871977 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 203; Significance: 1e-111; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 13 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 51171194 - 51170937
Alignment:
| Q |
13 |
tgtttatttaatattggaaatgagatggatggagagcaaccaaaaagatacaatgtgttaacttatgaatttgaagaggatttggttatggttagagata |
112 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
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|
| T |
51171194 |
tgtttatttaatattggaaatgacatggatggagtgcaaccaaaaagataccatgtgttaacttatgaatttgaaga---tttggttatggttagagata |
51171098 |
T |
|
| Q |
113 |
atccatggcaaaaagttctaactttgaactttgtctctaaagaacaacaacacattatgtactataatctattttgttcacaaatattctttacttttat |
212 |
Q |
| |
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|||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
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|
| T |
51171097 |
atccatggcagtaagttcaaactttgaactctgtctctaaagaacaacaacacattatgtactataatctattttgttcacaaatattctttgcttttat |
51170998 |
T |
|
| Q |
213 |
tgaatacgtatgattgttcttatccactgttagatgctctctagagtgagactcaaaagtg |
273 |
Q |
| |
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||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |
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|
| T |
51170997 |
tgaatgcgtatgattgttattatccactgttagatgctctctagaatgagactcaaaagtg |
51170937 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000004; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 31 - 111
Target Start/End: Complemental strand, 45409255 - 45409172
Alignment:
| Q |
31 |
aatgagatggatggagagcaaccaaaaagatacaatgtgttaacttatgaatttgaaga---ggatttggttatggttagagat |
111 |
Q |
| |
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| T |
45409255 |
aatgagatggatggagtgcaaccagaaagatgtcatgtgttaacttatgaagatgaagaaggggatttggtcatggttggagat |
45409172 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University