View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20151_high_168 (Length: 210)

Name: NF20151_high_168
Description: NF20151
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20151_high_168
NF20151_high_168
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (17-193)||(16349476-16349652)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (17-189)||(4231808-4231980)
[»] chr1 (13 HSPs)
chr1 (17-189)||(45993264-45993436)
chr1 (17-189)||(3301071-3301243)
chr1 (17-188)||(43066447-43066618)
chr1 (17-189)||(7890816-7890988)
chr1 (17-189)||(38137632-38137804)
chr1 (17-188)||(43045336-43045507)
chr1 (17-188)||(43045789-43045960)
chr1 (17-188)||(43084217-43084388)
chr1 (17-189)||(7888551-7888723)
chr1 (17-189)||(45983484-45983656)
chr1 (18-161)||(51291985-51292127)
chr1 (17-189)||(40034472-40034642)
chr1 (17-193)||(43076561-43076736)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (19-189)||(4620031-4620201)
chr8 (17-188)||(1846734-1846905)
chr8 (17-161)||(4787282-4787426)
chr8 (17-160)||(4297843-4297986)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (17-189)||(34691168-34691338)
chr2 (17-189)||(34713580-34713750)
chr2 (17-152)||(16232552-16232687)
chr2 (25-193)||(33861173-33861341)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (25-189)||(7519499-7519663)
chr6 (17-188)||(7528862-7529033)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 165; Significance: 2e-88; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 17 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 16349652 - 16349476
Alignment:
Q  17 agtatgcgtgggttcttgacaaactcaaggctgagcgcgaaagaggtatcacaattgacaattctatgttgaattttgagacaaccaagtaccgttgcac 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  16349652 agtatgcgtgggttcttgacaaactcaaggctgagcgcgaaagaggtatcacaattgacaattctatgttgaattttgagacaaccaagtaccgctgcac 16349553  T
Q  117 tattattgatgcccccggacgcagggatttcattaagaacatgattactgggacatcccaagctgattgtgctcttc 193  Q
    ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16349552 tatcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgattactgggacatcccaagctgattgtgctcttc 16349476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 101; Significance: 3e-50; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 17 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 4231980 - 4231808
Alignment:
Q  17 agtatgcgtgggttcttgacaaactcaaggctgagcgcgaaagaggtatcacaattgacaattctatgttgaattttgagacaaccaagtaccgttgcac 116  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | || ||| ||| |||||||| || ||||||   |||||    
T  4231980 agtatgcttgggttcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacattgctctgtggaagtttgagaccactaagtactactgcac 4231881  T
Q  117 tattattgatgcccccggacgcagggatttcattaagaacatgattactgggacatcccaagctgattgtgct 189  Q
    | | ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  4231880 tgtcattgatgcccctggacacagggatttcattaagaacatgattactggtacatcccaagctgattgtgct 4231808  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 97; Significance: 7e-48; HSPs: 13)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 97; E-Value: 7e-48
Query Start/End: Original strand, 17 - 189
Target Start/End: Original strand, 45993264 - 45993436
Alignment:
Q  17 agtatgcgtgggttcttgacaaactcaaggctgagcgcgaaagaggtatcacaattgacaattctatgttgaattttgagacaaccaagtaccgttgcac 116  Q
    ||||||| ||||| |||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||| ||| |||||||||| ||||||| | |||||    
T  45993264 agtatgcttgggtgcttgacaagctcaagactgagcgtgaaagaggtatcacaattgacagttctttgtcgaagtttgagacaaacaagtacagctgcac 45993363  T
Q  117 tattattgatgcccccggacgcagggatttcattaagaacatgattactgggacatcccaagctgattgtgct 189  Q
    | | ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||    
T  45993364 tgtcattgatgcctccggacacagggatttcattaagaacatgatcaccgggacgtcccaagctgattgtgct 45993436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 89; E-Value: 4e-43
Query Start/End: Original strand, 17 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 3301243 - 3301071
Alignment:
Q  17 agtatgcgtgggttcttgacaaactcaaggctgagcgcgaaagaggtatcacaattgacaattctatgttgaattttgagacaaccaagtaccgttgcac 116  Q
    ||||||| ||||| || ||||| |||||||||||  | |||||||||||||||||||||| | || ||| ||| |||||||| || ||||||   |||||    
T  3301243 agtatgcttgggtgctcgacaagctcaaggctgaatgtgaaagaggtatcacaattgacattgctctgtggaagtttgagactactaagtactactgcac 3301144  T
Q  117 tattattgatgcccccggacgcagggatttcattaagaacatgattactgggacatcccaagctgattgtgct 189  Q
    | | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  3301143 tgtcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgattactggaacatcccaagctgattgtgct 3301071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 17 - 188
Target Start/End: Original strand, 43066447 - 43066618
Alignment:
Q  17 agtatgcgtgggttcttgacaaactcaaggctgagcgcgaaagaggtatcacaattgacaattctatgttgaattttgagacaaccaagtaccgttgcac 116  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| ||||||| | || | | ||| ||||||||||||||||||   |||||    
T  43066447 agtatgcctgggttcttgacaagctcaaggctgaacgtgaaagaggtatcaccattgacattgctctctggaagtttgagacaaccaagtactactgcac 43066546  T
Q  117 tattattgatgcccccggacgcagggatttcattaagaacatgattactgggacatcccaagctgattgtgc 188  Q
    | | || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||    
T  43066547 tgtcatcgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgatcaccggaacatcccaagctgattgtgc 43066618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 17 - 189
Target Start/End: Original strand, 7890816 - 7890988
Alignment:
Q  17 agtatgcgtgggttcttgacaaactcaaggctgagcgcgaaagaggtatcacaattgacaattctatgttgaattttgagacaaccaagtaccgttgcac 116  Q
    ||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||| ||| |||||||||||||| | ||| |||||    
T  7890816 agtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggccgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttctctgtggaagtttgagacaaccaacttccgctgcac 7890915  T
Q  117 tattattgatgcccccggacgcagggatttcattaagaacatgattactgggacatcccaagctgattgtgct 189  Q
    | | ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||  | ||| ||||||| ||||||    
T  7890916 tctcattgatgcccctggacacagggatttcattaagaacatgatcactggagcgtccgaagctgactgtgct 7890988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 17 - 189
Target Start/End: Original strand, 38137632 - 38137804
Alignment:
Q  17 agtatgcgtgggttcttgacaaactcaaggctgagcgcgaaagaggtatcacaattgacaattctatgttgaattttgagacaaccaagtaccgttgcac 116  Q
    ||||||| ||||| || ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||| |||| |||  || |||||||| |||||||||   |||||    
T  38137632 agtatgcttgggtgctcgacaagctcaaggccgagcgtgaaagaggtatcactattgacatttctctgtcaaagtttgagactaccaagtactactgcac 38137731  T
Q  117 tattattgatgcccccggacgcagggatttcattaagaacatgattactgggacatcccaagctgattgtgct 189  Q
    | | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||    
T  38137732 tctcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgattaccgggacgtcccaagctgactgtgct 38137804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 84; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 17 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 43045507 - 43045336
Alignment:
Q  17 agtatgcgtgggttcttgacaaactcaaggctgagcgcgaaagaggtatcacaattgacaattctatgttgaattttgagacaaccaagtaccgttgcac 116  Q
    ||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| ||||||| | || | | ||| ||||||||||||||||||   |||||    
T  43045507 agtatgcctgggtccttgacaagctcaaggctgaacgtgaaagaggtatcaccattgacattgctctctggaagtttgagacaaccaagtactactgcac 43045408  T
Q  117 tattattgatgcccccggacgcagggatttcattaagaacatgattactgggacatcccaagctgattgtgc 188  Q
    | | || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||    
T  43045407 tgtcatcgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgatcaccggaacatcccaagctgattgtgc 43045336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 84; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 17 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 43045960 - 43045789
Alignment:
Q  17 agtatgcgtgggttcttgacaaactcaaggctgagcgcgaaagaggtatcacaattgacaattctatgttgaattttgagacaaccaagtaccgttgcac 116  Q
    ||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| ||||||| | || | | ||| ||||||||||||||||||   |||||    
T  43045960 agtatgcctgggtccttgacaagctcaaggctgaacgtgaaagaggtatcaccattgacattgctctctggaagtttgagacaaccaagtactactgcac 43045861  T
Q  117 tattattgatgcccccggacgcagggatttcattaagaacatgattactgggacatcccaagctgattgtgc 188  Q
    | | || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||    
T  43045860 tgtcatcgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgatcaccggaacatcccaagctgattgtgc 43045789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 84; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 17 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 43084388 - 43084217
Alignment:
Q  17 agtatgcgtgggttcttgacaaactcaaggctgagcgcgaaagaggtatcacaattgacaattctatgttgaattttgagacaaccaagtaccgttgcac 116  Q
    ||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| ||||||| | || | | ||| ||||||||||||||||||   |||||    
T  43084388 agtatgcctgggtccttgacaagctcaaggctgaacgtgaaagaggtatcaccattgacattgctctctggaagtttgagacaaccaagtactactgcac 43084289  T
Q  117 tattattgatgcccccggacgcagggatttcattaagaacatgattactgggacatcccaagctgattgtgc 188  Q
    | | || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||    
T  43084288 tgtcatcgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgatcaccggaacatcccaagctgattgtgc 43084217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 17 - 189
Target Start/End: Original strand, 7888551 - 7888723
Alignment:
Q  17 agtatgcgtgggttcttgacaaactcaaggctgagcgcgaaagaggtatcacaattgacaattctatgttgaattttgagacaaccaagtaccgttgcac 116  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| | | ||| ||| |||||||||  ||| | |||||    
T  7888551 agtatgcttgggtgcttgacaaactcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttctctttggaagtttcagacaaccagctactgctgcac 7888650  T
Q  117 tattattgatgcccccggacgcagggatttcattaagaacatgattactgggacatcccaagctgattgtgct 189  Q
    | | |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| || ||| | ||  ||||||||||||||    
T  7888651 tctcattgatgcccccggacacagggatttcatcaagaacatgatcaccggggcgtctgaagctgattgtgct 7888723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 17 - 189
Target Start/End: Original strand, 45983484 - 45983656
Alignment:
Q  17 agtatgcgtgggttcttgacaaactcaaggctgagcgcgaaagaggtatcacaattgacaattctatgttgaattttgagacaaccaagtaccgttgcac 116  Q
    ||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| || ||||||||| | |||||||||| | |  ||| ||| |||||||||| |||||||   |||||    
T  45983484 agtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgaacgtgaaagaggtgttacaattgacattaccctgtcgaagtttgagacaaacaagtacaactgcac 45983583  T
Q  117 tattattgatgcccccggacgcagggatttcattaagaacatgattactgggacatcccaagctgattgtgct 189  Q
    | | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || || || ||||||||||| ||||||    
T  45983584 tgtcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgatcaccggaacgtcccaagctgactgtgct 45983656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 56; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 18 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 51292127 - 51291985
Alignment:
Q  18 gtatgcgtgggttcttgacaaactcaaggctgagcgcgaaagaggtatcacaattgacaattctatgttgaattttgagacaaccaagtaccgttgcact 117  Q
    |||||| ||||| ||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| | |  || ||||| |||| |||||||  |||||||    
T  51292127 gtatgcttgggtgcttgacaagttcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttctctatccaagtttga-acaatcaagtactattgcact 51292029  T
Q  118 attattgatgcccccggacgcagggatttcattaagaacatgat 161  Q
     | ||||||||||||||||   || |||||||||||||||||||    
T  51292028 ctcattgatgcccccggacatgggaatttcattaagaacatgat 51291985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 54; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 17 - 189
Target Start/End: Original strand, 40034472 - 40034642
Alignment:
Q  17 agtatgcgtgggttcttgacaaactcaaggctgagcgcgaaagaggtatcacaattgacaattctatgttgaattttgagacaaccaagtaccgttgcac 116  Q
    ||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||| | |||||||| | ||| ||||  || |||||||||||||| ||||  |||||    
T  40034472 agtatgcttgggtacttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtgttacaattgatatttccatgtccaagtttgagacaaccaaataccactgcac 40034571  T
Q  117 tattattgatgcccccggacgcagggatttcattaagaacatgattactgggacatcccaagctgattgtgct 189  Q
    | | ||||| |||||||||| ||  |||||||| ||||||||| | || || || |||| |||||| ||||||    
T  40034572 tctcattgacgcccccggacaca--gatttcatcaagaacatgttaaccggcacgtccctagctgactgtgct 40034642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 17 - 193
Target Start/End: Original strand, 43076561 - 43076736
Alignment:
Q  17 agtatgcgtgggttcttgacaaactcaaggctgagcgcgaaagaggtatcacaattgacaattctatgttgaattttgagacaaccaagtaccgttgcac 116  Q
    ||||||| ||| | |||||||| |||| |||||| || ||||||||||| || ||||| | |||| | | ||| ||||||||||| ||| || | |||      
T  43076561 agtatgcctggatccttgacaagctcagggctgaacgtgaaagaggtat-accattgagatttctctctggaagtttgagacaacaaagaactgctgcgt 43076659  T
Q  117 tattattgatgcccccggacgcagggatttcattaagaacatgattactgggacatcccaagctgattgtgctcttc 193  Q
    | | ||||||| ||| |||| || | ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  43076660 tgtcattgatgtcccgggacacaagaatttcattaagaacatgatcactgggacgtcccaagctgattgtgctcttc 43076736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 87; Significance: 7e-42; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 7e-42
Query Start/End: Original strand, 19 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 4620201 - 4620031
Alignment:
Q  19 tatgcgtgggttcttgacaaactcaaggctgagcgcgaaagaggtatcacaattgacaattctatgttgaattttgagacaaccaagtaccgttgcacta 118  Q
    ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||| |||  || ||||||||||||||||||   ||||||     
T  4620201 tatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaatcgacatttctctgtccaagtttgagacaaccaagtactactgcactc 4620102  T
Q  119 ttattgatgcccccggacgcagggatttcattaagaacatgattactgggacatcccaagctgattgtgct 189  Q
    | |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| || || |||||||||||||| ||||||    
T  4620101 tcattgatgcccccggacacagagatttcattaagaacatgatcaccggaacatcccaagctgactgtgct 4620031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 17 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 1846905 - 1846734
Alignment:
Q  17 agtatgcgtgggttcttgacaaactcaaggctgagcgcgaaagaggtatcacaattgacaattctatgttgaattttgagacaaccaagtaccgttgcac 116  Q
    ||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||| | | ||| |||||||||||||| | ||  |||||    
T  1846905 agtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggccgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttctctatggaagtttgagacaaccaacttcctctgcac 1846806  T
Q  117 tattattgatgcccccggacgcagggatttcattaagaacatgattactgggacatcccaagctgattgtgc 188  Q
    | | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||  ||||| ||||||| |||||    
T  1846805 tctcattgatgcccccggacacagggatttcattaagaacatgatcaccggagcatccgaagctgactgtgc 1846734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 61; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 17 - 161
Target Start/End: Original strand, 4787282 - 4787426
Alignment:
Q  17 agtatgcgtgggttcttgacaaactcaaggctgagcgcgaaagaggtatcacaattgacaattctatgttgaattttgagacaaccaagtaccgttgcac 116  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||  ||||||||||| ||||||||  || |||||||||| |||||||   |||||    
T  4787282 agtatgcttgggtgcttgacaaactcaagggtgagcgtgaaagaggtgccacaattgacatttctatgtccaagtttgagacaaacaagtacaactgcac 4787381  T
Q  117 tattattgatgcccccggacgcagggatttcattaagaacatgat 161  Q
    | | |||||||| ||||||| |||||| | ||||| |||||||||    
T  4787382 tgtcattgatgctcccggacacagggaatacattaggaacatgat 4787426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 17 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 4297986 - 4297843
Alignment:
Q  17 agtatgcgtgggttcttgacaaactcaaggctgagcgcgaaagaggtatcacaattgacaattctatgttgaattttgagacaaccaagtaccgttgcac 116  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| |  |||||||||  ||||||||||| |||| |||  || |||||||||| |||||||   ||||     
T  4297986 agtatgcttgggtacttgacaaactcaaagctgaccatgaaagaggtgccacaattgacatttctctgtccaagtttgagacaaacaagtacaactgcat 4297887  T
Q  117 tattattgatgcccccggacgcagggatttcattaagaacatga 160  Q
    | | ||||||||||||||||  ||||| | ||||||||||||||    
T  4297886 tgtcattgatgcccccggacatagggaatgcattaagaacatga 4297843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 86; Significance: 3e-41; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 17 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 34691338 - 34691168
Alignment:
Q  17 agtatgcgtgggttcttgacaaactcaaggctgagcgcgaaagaggtatcacaattgacaattctatgttgaattttgagacaaccaagtaccgttgcac 116  Q
    ||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||   || |||||||||||||||||| | | |||    
T  34691338 agtatgcttgggtgcttgacaagctcaacgctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttctatgc--aagtttgagacaaccaagtactgcttcac 34691241  T
Q  117 tattattgatgcccccggacgcagggatttcattaagaacatgattactgggacatcccaagctgattgtgct 189  Q
    | | |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||    
T  34691240 tctcattgatgctcccggacacagggatttcattaagaacatgatcaccgggacctcccaagctgactgtgct 34691168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 17 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 34713750 - 34713580
Alignment:
Q  17 agtatgcgtgggttcttgacaaactcaaggctgagcgcgaaagaggtatcacaattgacaattctatgttgaattttgagacaaccaagtaccgttgcac 116  Q
    ||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||   || |||||||||||||||||| | | |||    
T  34713750 agtatgcttgggtgcttgacaagctcaacgctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttctatgc--aagtttgagacaaccaagtactgcttcac 34713653  T
Q  117 tattattgatgcccccggacgcagggatttcattaagaacatgattactgggacatcccaagctgattgtgct 189  Q
    | | |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||    
T  34713652 tctcattgatgctcccggacacagggatttcattaagaacatgatcaccgggacctcccaagctgactgtgct 34713580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 17 - 152
Target Start/End: Complemental strand, 16232687 - 16232552
Alignment:
Q  17 agtatgcgtgggttcttgacaaactcaaggctgagcgcgaaagaggtatcacaattgacaattctatgttgaattttgagacaaccaagtaccgttgcac 116  Q
    ||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||  || |||||||||||||||||| |||||||    
T  16232687 agtatgcttgggtgcttgacaagctcaaggctgagcgtgaaagaggtatcacaattgacatttccatgtgcaagtttgagacaaccaagtactgttgcac 16232588  T
Q  117 tattattgatgcccccggacgcagggatttcattaa 152  Q
      | |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  16232587 cctcattgatgcccccggacacagggatttcattaa 16232552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 25 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 33861341 - 33861173
Alignment:
Q  25 tgggttcttgacaaactcaaggctgagcgcgaaagaggtatcacaattgacaattctatgttgaattttgagacaaccaagtaccgttgcactattattg 124  Q
    |||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||| | ||||||  |||||||   ||||||||||||| | ||||||| | |||| | ||||    
T  33861341 tgggttcttgacaagctcgaggctgagcgtgaaagaggtatctccattgacgtttctatgcgtaattttgagacaaaccagtaccggtacactgtcattg 33861242  T
Q  125 atgcccccggacgcagggatttcattaagaacatgattactgggacatcccaagctgattgtgctcttc 193  Q
    ||||||| |||| ||||||||  |||||||||||||||| |||||||||| | |||||||| |||||||    
T  33861241 atgcccctggacacagggattatattaagaacatgattaatgggacatcctatgctgattgcgctcttc 33861173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 53; Significance: 1e-21; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 25 - 189
Target Start/End: Original strand, 7519499 - 7519663
Alignment:
Q  25 tgggttcttgacaaactcaaggctgagcgcgaaagaggtatcacaattgacaattctatgttgaattttgagacaaccaagtaccgttgcactattattg 124  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| || || ||||| | | || ||| ||| |||||||| |||||||||   |||||  | ||||    
T  7519499 tgggttcttgacaagcttaaggctgagcgtgaaagaggaattaccattgatattgctttgtggaaatttgagaccaccaagtactactgcacagtcattg 7519598  T
Q  125 atgcccccggacgcagggatttcattaagaacatgattactgggacatcccaagctgattgtgct 189  Q
    |||| |||||||   | |||||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||    
T  7519599 atgctcccggacatcgtgatttcatcaagaacatgattactggaacctcccaggctgattgtgct 7519663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 17 - 188
Target Start/End: Original strand, 7528862 - 7529033
Alignment:
Q  17 agtatgcgtgggttcttgacaaactcaaggctgagcgcgaaagaggtatcacaattgacaattctatgttgaattttgagacaaccaagtaccgttgcac 116  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || || || || | | |  ||| ||| |||||||| |||||||||   |||||    
T  7528862 agtatgcatgggttcttgacaaacttaaggctgagcgtgaaagaggaattaccatcgatattgccttgtggaaatttgagaccaccaagtactactgcac 7528961  T
Q  117 tattattgatgcccccggacgcagggatttcattaagaacatgattactgggacatcccaagctgattgtgc 188  Q
      | |||||||| |||||||   | |||||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||    
T  7528962 agtcattgatgctcccggacatcgtgatttcatcaagaacatgattactggaacctcccaggctgattgtgc 7529033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University