View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20151_low_112 (Length: 287)

Name: NF20151_low_112
Description: NF20151
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20151_low_112
NF20151_low_112
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (1-277)||(1846229-1846505)
chr8 (14-278)||(4619428-4619692)
chr8 (133-267)||(4787806-4787940)
chr8 (29-100)||(4297399-4297470)
chr8 (134-277)||(4297222-4297365)
[»] chr1 (10 HSPs)
chr1 (1-277)||(7891216-7891492)
chr1 (14-255)||(38138137-38138378)
chr1 (14-277)||(45983973-45984236)
chr1 (5-247)||(50912149-50912391)
chr1 (14-277)||(43083584-43083847)
chr1 (14-273)||(43066988-43067247)
chr1 (14-277)||(3300474-3300737)
chr1 (14-273)||(43044744-43045003)
chr1 (29-277)||(40034985-40035233)
chr1 (14-252)||(43076843-43077073)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (14-277)||(4231205-4231468)
chr4 (159-277)||(19964974-19965092)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (14-278)||(34690585-34690849)
chr2 (14-278)||(34712997-34713261)
chr2 (14-255)||(33860596-33860844)
chr2 (30-246)||(16231958-16232174)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (14-248)||(16348916-16349150)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (29-93)||(39242561-39242625)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (152-276)||(7529674-7529798)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 273; Significance: 1e-152; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 1 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 1846505 - 1846229
Alignment:
Q  1 tccttttatccctatctctggttacgagggagataacatcattgagcgctcttctaaccttgactggtacacgggtcccacccttcttgaagctcttgac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1846505 tccttttatccctatctctggttacgagggagataacatcattgagcactcttctaaccttgactggtacacgggtcccacccttcttgaagctcttgac 1846406  T
Q  101 caaatcagaaggcctaagaggttaatattcaggcctctccgattaccacttcaagatgtctacaagattggaggaattggaattgtgcctgtgggacgcg 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1846405 caaatcagaaggcctaagaggttaatattcaggcctctccgattaccacttcaagatgtctacaagattggaggaattggaattgtgcctgtgggacgcg 1846306  T
Q  201 ttgagtctggtatcttgaaacctggaatggtgctgacttttgccccaactgggctccaaactgaagtgaagtctgtg 277  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1846305 ttgagtctggtatcttgaaacctggaatggtgctgacttttgccccaactgggctccaaactgaagtgaagtctgtg 1846229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 14 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 4619692 - 4619428
Alignment:
Q  14 atctctggttacgagggagataacatcattgagcgctcttctaaccttgactggtacacgggtcccacccttcttgaagctcttgaccaaatcagaaggc 113  Q
    ||||||||||  |||||||||||| | |||||||| |||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||    
T  4619692 atctctggttttgagggagataacttgattgagcgttcttctaatcttgactggtacgagggtcccacccttcttgaagctcttgaccaaatcaacgagc 4619593  T
Q  114 ctaagaggttaatattcaggcctctccgattaccacttcaagatgtctacaagattggaggaattggaattgtgcctgtgggacgcgttgagtctggtat 213  Q
    |||| |||  |  |  || ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||| | ||| |    
T  4619592 ctaataggccatcaaacaagcctctccgattaccacttcgggatgtctacaagattggaggaattggaactgtgcctgtgggatgtgttgagaccggtgt 4619493  T
Q  214 cttgaaacctggaatggtgctgacttttgccccaactgggctccaaactgaagtgaagtctgtgc 278  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||||||| | |||||| ||| ||||||| ||||||||||    
T  4619492 cttgaaacctggaatgatggtgacttttgccccgattgggctgcaagctgaagtaaagtctgtgc 4619428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 133 - 267
Target Start/End: Original strand, 4787806 - 4787940
Alignment:
Q  133 gcctctccgattaccacttcaagatgtctacaagattggaggaattggaattgtgcctgtgggacgcgttgagtctggtatcttgaaacctggaatggtg 232  Q
    |||||||||| ||||| ||   ||| ||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||| || ||| |||||  ||||   |||||||||       
T  4787806 gcctctccgactaccaattatggatttctacaagattggaggaatcggagttgtgtctgtgggacgtgtcgagactggttgcttgtgccctggaatgtct 4787905  T
Q  233 ctgacttttgccccaactgggctccaaactgaagt 267  Q
     |||||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  4787906 gtgacttttgccccaactgggctgcaaattgaagt 4787940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 29 - 100
Target Start/End: Complemental strand, 4297470 - 4297399
Alignment:
Q  29 ggagataacatcattgagcgctcttctaaccttgactggtacacgggtcccacccttcttgaagctcttgac 100  Q
    ||||||||| | ||||| |||||  ||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||    
T  4297470 ggagataacttgattgaccgctccactaattttgactggtacaagggtcccacccttcttgaagctattgac 4297399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 134 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 4297365 - 4297222
Alignment:
Q  134 cctctccgattaccacttcaagatgtctacaagattggaggaattggaattgtgcctgtgggacgcgttgagtctggtatcttgaaacctggaatggtgc 233  Q
    ||||||||| || || |||| ||| |||| || |||||||||||  ||  |||||||||||| || || ||| |||||  ||||   |||||||||        
T  4297365 cctctccgactatcaattcaggatttctagaatattggaggaatcagagatgtgcctgtgggccgtgtcgagactggttgcttgcgccctggaatgtctg 4297266  T
Q  234 tgacttttgccccaactgggctccaaactgaagtgaagtctgtg 277  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||||||| || ||||||    
T  4297265 tgacttttgccccaactgggctgcaagctgaagtcaaatctgtg 4297222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 269; Significance: 1e-150; HSPs: 10)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 1 - 277
Target Start/End: Original strand, 7891216 - 7891492
Alignment:
Q  1 tccttttatccctatctctggttacgagggagataacatcattgagcgctcttctaaccttgactggtacacgggtcccacccttcttgaagctcttgac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7891216 tccttttatccctatctctggttacgagggagataacatcattgagcgctcttctaaccttgattggtacacgggtcccacccttcttgaagctcttgac 7891315  T
Q  101 caaatcagaaggcctaagaggttaatattcaggcctctccgattaccacttcaagatgtctacaagattggaggaattggaattgtgcctgtgggacgcg 200  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7891316 caattcagaaggcctaagaggttaatattcaggcctctccgattaccacttcaagatgtctacaagattggaggaattggaattgtgcctgtgggacgcg 7891415  T
Q  201 ttgagtctggtatcttgaaacctggaatggtgctgacttttgccccaactgggctccaaactgaagtgaagtctgtg 277  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7891416 ttgagtctggtatcttgaaacctggaatggtgctgacttttgccccaactgggctccaaactgaagtgaagtctgtg 7891492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 14 - 255
Target Start/End: Original strand, 38138137 - 38138378
Alignment:
Q  14 atctctggttacgagggagataacatcattgagcgctcttctaaccttgactggtacacgggtcccacccttcttgaagctcttgaccaaatcagaaggc 113  Q
    ||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||    
T  38138137 atctctggttttgagggagataacatcattgaacgctctactaaccttgactggtataagggtcccacccttcttgaagctcttgaccaaatcaaggagc 38138236  T
Q  114 ctaagaggttaatattcaggcctctccgattaccacttcaagatgtctacaagattggaggaattggaattgtgcctgtgggacgcgttgagtctggtat 213  Q
    |||||||| || ||  || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||   ||| |    
T  38138237 ctaagaggctattagacaagcctctccgattaccacttcaggatgtctacaagattggaggaattggaactgtgcctgtgggacgggttgagagcggtgt 38138336  T
Q  214 cttgaaacctggaatggtgctgacttttgccccaactgggct 255  Q
    ||||||||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  38138337 cttgaaaccaggaatggcggtgacttttgccccaactgggct 38138378  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 124; E-Value: 8e-64
Query Start/End: Original strand, 14 - 277
Target Start/End: Original strand, 45983973 - 45984236
Alignment:
Q  14 atctctggttacgagggagataacatcattgagcgctcttctaaccttgactggtacacgggtcccacccttcttgaagctcttgaccaaatcagaaggc 113  Q
    ||||||||||  |||||||||||| | |||||||||||| |||| ||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||    ||    
T  45983973 atctctggttttgagggagataacttgattgagcgctctactaatcttgattggtacaagggtccaacccttcttgaagctattgaccaaatcaacgagc 45984072  T
Q  114 ctaagaggttaatattcaggcctctccgattaccacttcaagatgtctacaagattggaggaattggaattgtgcctgtgggacgcgttgagtctggtat 213  Q
    ||| ||||  |  |  || ||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||| |||||      
T  45984073 ctatgaggccatcagacaagcctctcagaataccacttcaggatgtctacaagattggaggaatcggaactgtgcctgtgggacgtgttgagactggttc 45984172  T
Q  214 cttgaaacctggaatggtgctgacttttgccccaactgggctccaaactgaagtgaagtctgtg 277  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  45984173 cttgaaccctggaatggtgctgacttttgccgcaactgggctgcaagctgaagtgaagtctgtg 45984236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 5 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 50912391 - 50912149
Alignment:
Q  5 tttatccctatctctggttacgagggagataacatcattgagcgctcttctaaccttgactggtacacgggtcccacccttcttgaagctcttgaccaaa 104  Q
    ||||| || ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  50912391 tttattcccatctctggttttgagggagataacatcattgagcgctctactaaccttgactggtacaaaggtcccacccttattgaagctcttgatcaaa 50912292  T
Q  105 tcagaaggcctaagaggttaatattcaggcctctccgattaccacttcaagatgtctacaagattggaggaattggaattgtgcctgtgggacgcgttga 204  Q
    |||    |||||| ||   |  |  || ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||  ||||    
T  50912291 tcaaggagcctaatagaccatcacacatgcctctccgattaccacttcaggttgtctacaagattggagaaattggaattgtacctgtgggacgtattga 50912192  T
Q  205 gtctggtatcttgaaacctggaatggtgctgacttttgcccca 247  Q
    | | ||| ||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  50912191 gaccggtgtcttgaaacgtggaatggtggtgacttttgcccca 50912149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 14 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 43083847 - 43083584
Alignment:
Q  14 atctctggttacgagggagataacatcattgagcgctcttctaaccttgactggtacacgggtcccacccttcttgaagctcttgaccaaatcagaaggc 113  Q
    ||||||||||  |||||||||||||| || ||||||||| | |||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || |||||||||||||    ||    
T  43083847 atctctggttttgagggagataacatgatcgagcgctctacaaaccttgactggtacaagggtccaacccttcttgaggcacttgaccaaatcaacgagc 43083748  T
Q  114 ctaagaggttaatattcaggcctctccgattaccacttcaagatgtctacaagattggaggaattggaattgtgcctgtgggacgcgttgagtctggtat 213  Q
    ||||||||     |  || ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || || ||| ||||| |    
T  43083747 ctaagaggccttcagacaagcccctccgactaccacttcaagatgtctacaagattggaggaattggaactgtgcctgtggggcgtgtcgagactggtgt 43083648  T
Q  214 cttgaaacctggaatggtgctgacttttgccccaactgggctccaaactgaagtgaagtctgtg 277  Q
    | | ||||||||||||||  | ||||||||||| ||||| ||   ||||||||| |||||||||    
T  43083647 cataaaacctggaatggttatcacttttgcccctactggactgacaactgaagtcaagtctgtg 43083584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 14 - 273
Target Start/End: Original strand, 43066988 - 43067247
Alignment:
Q  14 atctctggttacgagggagataacatcattgagcgctcttctaaccttgactggtacacgggtcccacccttcttgaagctcttgaccaaatcagaaggc 113  Q
    ||||||||||  |||||||||||||| || ||||||||| | |||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || |||||||||||||    ||    
T  43066988 atctctggttttgagggagataacatgatcgagcgctctacaaaccttgactggtacaagggtccaacccttcttgaggcccttgaccaaatcaacgagc 43067087  T
Q  114 ctaagaggttaatattcaggcctctccgattaccacttcaagatgtctacaagattggaggaattggaattgtgcctgtgggacgcgttgagtctggtat 213  Q
    ||||||||     |  || ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || || ||| ||||| |    
T  43067088 ctaagaggccttcagacaagcccctccgactaccacttcaagatgtctacaagattggaggaattggaactgtgcctgtggggcgtgtcgagactggtgt 43067187  T
Q  214 cttgaaacctggaatggtgctgacttttgccccaactgggctccaaactgaagtgaagtc 273  Q
    | | ||||||||||||||  | ||||||||||| ||||| ||   ||||||||| |||||    
T  43067188 cataaaacctggaatggttgtcacttttgcccctactggactgacaactgaagtcaagtc 43067247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 14 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 3300737 - 3300474
Alignment:
Q  14 atctctggttacgagggagataacatcattgagcgctcttctaaccttgactggtacacgggtcccacccttcttgaagctcttgaccaaatcagaaggc 113  Q
    ||||||||||  |||||||||||||| || ||||||||| | || ||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    ||    
T  3300737 atctctggttttgagggagataacatgatcgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtcctacccttcttgaggctcttgaccaaatcaacgagc 3300638  T
Q  114 ctaagaggttaatattcaggcctctccgattaccacttcaagatgtctacaagattggaggaattggaattgtgcctgtgggacgcgttgagtctggtat 213  Q
    ||||||||  |  |  || ||| |||||  |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| || || ||| ||||| |    
T  3300637 ctaagaggccatcagacaagcccctccgtctaccgcttcaggatgtctacaagattggaggaattgggactgtgcctgtggggcgtgtcgagactggtgt 3300538  T
Q  214 cttgaaacctggaatggtgctgacttttgccccaactgggctccaaactgaagtgaagtctgtg 277  Q
    | | ||||||||||||||  | ||||||||||| ||||| ||   |||||||||||||||||||    
T  3300537 cataaaacctggaatggttgtcacttttgcccctactggactgacaactgaagtgaagtctgtg 3300474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 14 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 43045003 - 43044744
Alignment:
Q  14 atctctggttacgagggagataacatcattgagcgctcttctaaccttgactggtacacgggtcccacccttcttgaagctcttgaccaaatcagaaggc 113  Q
    ||||||||||  |||||||||||||| || ||||||||| | |||||||||||||||| |||||| ||||||||||| || |||||||||||||    ||    
T  43045003 atctctggttttgagggagataacatgatcgagcgctctacaaaccttgactggtacaagggtccaacccttcttgaggcccttgaccaaatcaatgagc 43044904  T
Q  114 ctaagaggttaatattcaggcctctccgattaccacttcaagatgtctacaagattggaggaattggaattgtgcctgtgggacgcgttgagtctggtat 213  Q
    ||||||||     |  || ||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || || ||| ||||| |    
T  43044903 ctaagaggccttcagacaagcccctccgactaccacttcaggatgtctacaagattggaggaattggaactgtgcctgtggggcgtgtcgagactggtgt 43044804  T
Q  214 cttgaaacctggaatggtgctgacttttgccccaactgggctccaaactgaagtgaagtc 273  Q
    | | ||||||||||||||  | ||||||||||| ||||| ||   ||||||||| |||||    
T  43044803 cataaaacctggaatggttgtcacttttgcccctactggactgacaactgaagtcaagtc 43044744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 29 - 277
Target Start/End: Original strand, 40034985 - 40035233
Alignment:
Q  29 ggagataacatcattgagcgctcttctaaccttgactggtacacgggtcccacccttcttgaagctcttgaccaaatcagaaggcctaagaggttaatat 128  Q
    ||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||  |||||||||||| |||||||| | |||||||||| |   || ||||||  |  |     
T  40034985 ggagaaaacatcattgagcgctctactaaccttgattggtacaaaggtcccaccctttttgaagctatcgaccaaatcaaagtaccgaagaggccatcag 40035084  T
Q  129 tcaggcctctccgattaccacttcaagatgtctacaagattggaggaattggaattgtgcctgtgggacgcgttgagtctggtatcttgaaacctggaat 228  Q
      | |||||||||||||||| | ||   ||| |||| |||||||||||||||| | |||||||| || || |||  | ||||| |||||||||| |||||    
T  40035085 ataagcctctccgattaccaatccagtctgtttacatgattggaggaattggagtcgtgcctgttggtcgtgttatgactggtgtcttgaaaccaggaat 40035184  T
Q  229 ggtgctgacttttgccccaactgggctccaaactgaagtgaagtctgtg 277  Q
    ||   |||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||    
T  40035185 ggctgtgacttttgccccaactggggtgcaaactgaagtgaggtctgtg 40035233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 14 - 252
Target Start/End: Original strand, 43076843 - 43077073
Alignment:
Q  14 atctctggttacgagggagataacatcattgagcgctcttctaaccttgactggtacacgggtcccacccttcttgaagctcttgaccaaatcagaaggc 113  Q
    ||||||||||  |||||||||||||| || ||||||||| | |||||| ||||||||| |||||| ||||||||||  || |||||||||||||    ||    
T  43076843 atctctggttttgagggagataacatgatcgagcgctctacaaaccttaactggtacaagggtccaacccttcttggggcccttgaccaaatcaacgagc 43076942  T
Q  114 ctaagaggttaatattcaggcctctccgattaccacttcaagatgtctacaagattggaggaattggaattgtgcctgtgggacgcgttgagtctggtat 213  Q
    ||||||||     |  || ||  |||||| ||| |        |||||||||| || |||||||||||| ||| ||||||| ||| |||||| ||||| |    
T  43076943 ctaagaggccttcagacaagcacctccgactacaa--------tgtctacaagtttagaggaattggaactgtacctgtggcacgtgttgagactggtgt 43077034  T
Q  214 cttgaaacctggaatggtgctgacttttgccccaactgg 252  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  43077035 cttgaaacctggaatggtggtgacttttgcccctactgg 43077073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 116; Significance: 5e-59; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 116; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 14 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 4231468 - 4231205
Alignment:
Q  14 atctctggttacgagggagataacatcattgagcgctcttctaaccttgactggtacacgggtcccacccttcttgaagctcttgaccaaatcagaaggc 113  Q
    ||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||| | || ||||||||||||| |||||| || |||||||| |||||||| |||||||    ||    
T  4231468 atctctggttttgagggagataacatgattgagcgctctacaaatcttgactggtacaagggtccaacacttcttgaggctcttgatcaaatcaatgagc 4231369  T
Q  114 ctaagaggttaatattcaggcctctccgattaccacttcaagatgtctacaagattggaggaattggaattgtgcctgtgggacgcgttgagtctggtat 213  Q
    ||||||||  |  |  || ||| |||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| ||||||     
T  4231368 ctaagaggccatcagacaagcccctccgactacctcttcaggatgtctacaagattggaggaattggaactgttcctgtgggacgtgttgagactggtac 4231269  T
Q  214 cttgaaacctggaatggtgctgacttttgccccaactgggctccaaactgaagtgaagtctgtg 277  Q
    | ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| || ||||||||||| |||||||||    
T  4231268 catgaaacctggaatggtggtgacttttgctccaactggactgcaaactgaagtcaagtctgtg 4231205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 159 - 277
Target Start/End: Original strand, 19964974 - 19965092
Alignment:
Q  159 tctacaagattggaggaattggaattgtgcctgtgggacgcgttgagtctggtatcttgaaacctggaatggtgctgacttttgccccaactgggctcca 258  Q
    |||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||  ||| | |||||  ||||| |||||| |||||| ||| |||||||||||||||||| ||    
T  19964974 tctacaaggttggaggaatcggaaatgtgcctgtgggacgtattgtgactggttacttgacacctgggatggtgatgaattttgccccaactgggctgca 19965073  T
Q  259 aactgaagtgaagtctgtg 277  Q
    |    ||||||||||||||    
T  19965074 acgcaaagtgaagtctgtg 19965092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 110; Significance: 2e-55; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 14 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 34690849 - 34690585
Alignment:
Q  14 atctctggttacgagggagataacatcattgagcgctcttctaaccttgactggtacacgggtcccacccttcttgaagctcttgaccaaatcagaag-g 112  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||   ||||| ||||||||||||||||||||||||||| || | |    
T  34690849 atctctggttataagggagataacatcattgagcgctcgactaaccttgactggtacgaaggtcctacccttcttgaagctcttgaccaaatc-gacgag 34690751  T
Q  113 cctaagaggttaatattcaggcctctccgattaccacttcaagatgtctacaagattggaggaattggaattgtgcctgtgggacgcgttgagtctggta 212  Q
    |||||||||     |  || |||| |  || ||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||| ||| ||||| ||||| |||||| |||||     
T  34690750 cctaagaggccttcaggcaagcctttgagactaccacttcaacatgtctacaagattggaggtgttggaactgtacctgtcggacgtgttgagactggtg 34690651  T
Q  213 tcttgaaacctggaatggtgctgacttttgccccaactgggctccaaactgaagtgaagtctgtgc 278  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||| ||||||||||    
T  34690650 tgttgaaacctggaatggtgctgacttttgccccaactgggctgcaatctggagttaagtctgtgc 34690585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 14 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 34713261 - 34712997
Alignment:
Q  14 atctctggttacgagggagataacatcattgagcgctcttctaaccttgactggtacacgggtcccacccttcttgaagctcttgaccaaatcagaag-g 112  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||   ||||| ||||||||||||||||||||||||||| || | |    
T  34713261 atctctggttataagggagataacatcattgagcgctcgactaaccttgactggtacgaaggtcctacccttcttgaagctcttgaccaaatc-gacgag 34713163  T
Q  113 cctaagaggttaatattcaggcctctccgattaccacttcaagatgtctacaagattggaggaattggaattgtgcctgtgggacgcgttgagtctggta 212  Q
    |||||||||     |  || |||| |  || ||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||| ||| ||||| ||||| |||||| |||||     
T  34713162 cctaagaggccttcaggcaagcctttgagactaccacttcaacatgtctacaagattggaggtgttggaactgtacctgtcggacgtgttgagactggtg 34713063  T
Q  213 tcttgaaacctggaatggtgctgacttttgccccaactgggctccaaactgaagtgaagtctgtgc 278  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||| ||||||||||    
T  34713062 tgttgaaacctggaatggtgctgacttttgccccaactgggctgcaatctggagttaagtctgtgc 34712997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 14 - 255
Target Start/End: Complemental strand, 33860844 - 33860596
Alignment:
Q  14 atctctggttacgagggagataacatcattgagcgctcttctaaccttgactggtacacgggtcccacccttcttgaagctcttgaccaaatcagaaggc 113  Q
    ||||||||||  |||||||||||| | |||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||  |  ||    
T  33860844 atctctggttttgagggagataacttgattgagcgctctactaatcttgactggtacaagggtcccacccttcttgaagctcttgaccgtatctaattgc 33860745  T
Q  114 ------ctaagaggttaatattcaggcctctccgattaccacttcaagatgtctac-aagattggaggaattggaattgtgcctgtgggacgcgttgagt 206  Q
          ||  |||| || |  |||  ||||||||| |||||||||| | ||||||| |||||||||||||| |||| ||||| ||| ||||| |||| |     
T  33860744 ctctgtctgcgaggctatttctcaatcctctccgaataccacttcatggtgtctacaaagattggaggaatcggaaatgtgcatgtaggacgtgttgtga 33860645  T
Q  207 ctggtatcttgaaacctggaatggtgctgacttttgccccaactgggct 255  Q
    |||||  ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  33860644 ctggtcacttgaaacctggaatggcggtgacttttgccccaactgggct 33860596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 30 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 16232174 - 16231958
Alignment:
Q  30 gagataacatcattgagcgctcttctaaccttgactggtacacgggtcccacccttcttgaagctcttgaccaaatcagaaggcctaagaggttaatatt 129  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    || || |||||| |||||||| |||||||||||||   ||||||||||     |      
T  16232174 gagataacatcgttgagcgctctactaaccttgactggtatgatgggcctacccttgttgaagctattgaccaaatcagcgagcctaagaggcccgaagg 16232075  T
Q  130 caggcctctccgattaccacttcaagatgtctacaagattggaggaattggaattgtgcctgtgggacgcgttgagtctggtatcttgaaacctggaatg 229  Q
    || |||||| ||| | || |||||  ||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||| |||||| ||||  | || || || ||||||    
T  16232074 caagcctctgcgacttccccttcagcatgtctacaagattggaggtattggaactgtacctgtgggacgtgttgagactggggtattaaagcccggaatg 16231975  T
Q  230 gtgctgacttttgcccc 246  Q
    || ||||||||||||||    
T  16231974 gtactgacttttgcccc 16231958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 75; Significance: 1e-34; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 14 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 16349150 - 16348916
Alignment:
Q  14 atctctggttacgagggagataacatcattgagcgctcttctaaccttgactggtacacgggtcccacccttcttgaagctcttgaccaaatcagaaggc 113  Q
    ||||||||||  |||||||||||| |  |||||| |||| | || |||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    ||    
T  16349150 atctctggttttgagggagataacttggttgagccctctacaaaacttgatgggtacaagggtcccacccttcttgaagctcttgaccgaatcaacgagc 16349051  T
Q  114 ctaagaggttaatattcaggcctctccgattaccacttcaagatgtctacaagattggaggaattggaattgtgcctgtgggacgcgttgagtctggtat 213  Q
    |||||||| ||  |  || ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||  | || |||  ||| | ||   | ||||| |    
T  16349050 ctaagaggctatcagacaagcctctccgattaccacttcagggtgtctacaagattggaggaattggagctttggctgcaggatgtgtcaggactggtgt 16348951  T
Q  214 cttgaaacctggaatggtgctgacttttgccccaa 248  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  16348950 cttgaaacctggaatggtggtgactttttccccaa 16348916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000002; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 29 - 93
Target Start/End: Original strand, 39242561 - 39242625
Alignment:
Q  29 ggagataacatcattgagcgctcttctaaccttgactggtacacgggtcccacccttcttgaagc 93  Q
    ||||||||| | |||||||||||| ||||  ||||||||||||   |||||||||||||||||||    
T  39242561 ggagataacttgattgagcgctctactaatattgactggtacaacagtcccacccttcttgaagc 39242625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000004; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 152 - 276
Target Start/End: Original strand, 7529674 - 7529798
Alignment:
Q  152 caagatgtctacaagattggaggaattggaattgtgcctgtgggacgcgttgagtctggtatcttgaaacctggaatggtgctgacttttgccccaactg 251  Q
    |||||||| ||||||||||| || ||||||| |||||| || ||||| |||||| | |||||  |||| || || |||||  |||||||||  || ||||    
T  7529674 caagatgtttacaagattggtggtattggaactgtgccagtcggacgtgttgagaccggtattgtgaagcccggtatggttgtgacttttggacccactg 7529773  T
Q  252 ggctccaaactgaagtgaagtctgt 276  Q
    | ||   ||||||||| ||||||||    
T  7529774 gtctaacaactgaagttaagtctgt 7529798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University