View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20151_low_2 (Length: 663)

Name: NF20151_low_2
Description: NF20151
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20151_low_2
NF20151_low_2
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (18-643)||(35805294-35805919)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 594; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 594; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 643
Target Start/End: Original strand, 35805294 - 35805919
Alignment:
Q  18 catggaacttgaaacttaaaattcaaattttgtatgcaacactttctcatatacaaaagacaaaaaatgttaacaccattacttatttatgacatcccta 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  35805294 catggaacttgaaacttaaaattcaaattttgtatgtaacactttctcatatacaaaagacaaaaaatgttaacaccattacttatttattacatcccta 35805393  T
Q  118 gacatctaaacacatccaattttattcactacttatttcactagatacctcaaacatgcattatatcatattaattttaagcttctcttttgtttttcct 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  35805394 gacatctaaacacatccaattttattcactacttatttcactagatgcctcaaacatgcattatatcatattaatttttagcttctcttttgtttttcct 35805493  T
Q  218 tgcactacacccgaatattgtttcaattttctccaaatcattcattaagttacatcaaataactttgtcaattctatcataatactaatatggatcgatt 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35805494 tgcactacacccgaatattgtttcaattttctccaaatcattcattaagttacatcaaataactttgtcaattctatcataatactaatatggatcgatt 35805593  T
Q  318 ccctttgcagatagttagatcaaaaccctaaatgatgaaattgagggtggaagccaagggtccacggtggcagtggtgggggaattatgtaagcaccggt 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35805594 ccctttgcagatagttagatcaaaaccctaaatgatgaaattgagggtggaagccaagggtccacggtggcagtggtgggggaattatgtaagcaccggt 35805693  T
Q  418 ggtggtgaatagtacatatatctcatgagacatttgaaagcaaccctcatggctaccttgagtggtcttcatgttgtggacaaggccagcaagtggtgtt 517  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  35805694 ggtggtgaatcgtacatatatctcatgagacatttgaaagcaaccctcatggctaccttgagtggtcttcatgttgtggacaaggccaacaagtggtgtt 35805793  T
Q  518 gtttaacttcaattctaactagcctcttaatttacaaactagcctcttaatttacattaataaattcatatgcaattgcgtggtggagatttatatttat 617  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35805794 gtttcacttcaattctaactagcctcttaatttacaaactagcctcttaatttacattaataaattcatatgcaattgcgtggtggagatttatatttat 35805893  T
Q  618 cacaattttgatggtggtggtgtgat 643  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||    
T  35805894 cacaattttgatggtggtggtatgat 35805919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University