View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20155_low_2 (Length: 465)

Name: NF20155_low_2
Description: NF20155
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20155_low_2
NF20155_low_2
[»] chr3 (19 HSPs)
chr3 (4-457)||(22457240-22457693)
chr3 (4-457)||(22480221-22480674)
chr3 (126-392)||(22352605-22352884)
chr3 (119-457)||(22366654-22367004)
chr3 (119-392)||(22441540-22441825)
chr3 (119-398)||(22629232-22629523)
chr3 (119-392)||(22356785-22357070)
chr3 (119-451)||(22634194-22634538)
chr3 (119-393)||(22466742-22467028)
chr3 (170-392)||(22430008-22430222)
chr3 (119-335)||(37929608-37929836)
chr3 (119-376)||(22435442-22435711)
chr3 (175-246)||(30988255-30988326)
chr3 (175-244)||(22180856-22180925)
chr3 (174-233)||(21947071-21947130)
chr3 (177-248)||(22106161-22106232)
chr3 (177-248)||(22116535-22116606)
chr3 (175-248)||(22054153-22054226)
chr3 (180-248)||(22035970-22036038)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (69-242)||(29604388-29604561)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (181-226)||(871755-871800)
chr7 (181-226)||(1233032-1233077)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 386; Significance: 0; HSPs: 19)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 386; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 22457693 - 22457240
Alignment:
Q  4 taaaggatttcaggtttagggaaaactttcgaggagatcgttgtgtacttcctaaagccatcggtatgctcaagaaccttgagaccttggatttaacacg 103  Q
    ||||| |||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  22457693 taaagtattttaggtttagagagaactttcgaggagatcgttgtgtacttccaaaagccattggtatgctcaagaaccttgagacattggatttaacacg 22457594  T
Q  104 tacaagtttccaagctatgccgaaggagatatgcaaacttagaaaactacgccattttctagggtacaatatgtctttgattcaattaaaagatggtatc 203  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||  |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22457593 tacaagtttccaagccatgccgaaagagatatgcaagcttagaaagttacgccatttcctaggctacaatatgtctttgattcaattaaaagatggtatc 22457494  T
Q  204 ggaggcatgacatccctacaaactctacgtgatgtttatttagatggcggcgaaaatgaagtggtaaagctaatccaagagctaggaaaactaaagcacc 303  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22457493 ggaggcatgacatccctacaaactctacgtgatgtttatttagatggcggcgaaaatgaagtggtaaagctaatccaagagctaggaaaactaaagcacc 22457394  T
Q  304 taagggaattggtcttgatcggtgttaggagtggatacatgagtgctatatcttcctcaatcaatgagatgcaaaaaatggagaaactacaaattcgcgc 403  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  22457393 taagggaattggtcttgatcggtgttaggagcggatacatgagtgctatatcttcctcaatcaatgagatgcaaaaagtggagaaactacaaattcgcgc 22457294  T
Q  404 aaacggatatggcacagttattgacatgcatttgaattcaccaccacctatgct 457  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22457293 aaacggatatgacacagttattgacatgcatttgaattcaccaccacctatgct 22457240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 386; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 22480674 - 22480221
Alignment:
Q  4 taaaggatttcaggtttagggaaaactttcgaggagatcgttgtgtacttcctaaagccatcggtatgctcaagaaccttgagaccttggatttaacacg 103  Q
    ||||| |||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  22480674 taaagtattttaggtttagagagaactttcgaggagatcgttgtgtacttccaaaagccattggtatgctcaagaaccttgagacattggatttaacacg 22480575  T
Q  104 tacaagtttccaagctatgccgaaggagatatgcaaacttagaaaactacgccattttctagggtacaatatgtctttgattcaattaaaagatggtatc 203  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||  |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22480574 tacaagtttccaagccatgccgaaagagatatgcaagcttagaaagttacgccatttcctaggctacaatatgtctttgattcaattaaaagatggtatc 22480475  T
Q  204 ggaggcatgacatccctacaaactctacgtgatgtttatttagatggcggcgaaaatgaagtggtaaagctaatccaagagctaggaaaactaaagcacc 303  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22480474 ggaggcatgacatccctacaaactctacgtgatgtttatttagatggcggcgaaaatgaagtggtaaagctaatccaagagctaggaaaactaaagcacc 22480375  T
Q  304 taagggaattggtcttgatcggtgttaggagtggatacatgagtgctatatcttcctcaatcaatgagatgcaaaaaatggagaaactacaaattcgcgc 403  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  22480374 taagggaattggtcttgatcggtgttaggagcggatacatgagtgctatatcttcctcaatcaatgagatgcaaaaagtggagaaactacaaattcgcgc 22480275  T
Q  404 aaacggatatggcacagttattgacatgcatttgaattcaccaccacctatgct 457  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22480274 aaacggatatgacacagttattgacatgcatttgaattcaccaccacctatgct 22480221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 126 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 22352884 - 22352605
Alignment:
Q  126 aaggagatatgcaaacttagaaaactacgccattttctagggtacaatatgtctttgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatccctac-aa 224  Q
    |||||||| ||||| ||||||||  ||||||||||| ||||  || | ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||    
T  22352884 aaggagatttgcaagcttagaaagttacgccattttttaggcaaccaaatgtctttgattcaattgaaagatggtattggaggcatgacatccctacaaa 22352785  T
Q  225 actctacgtgatgtttatttagatggcggcgaaaatga------------agtggtaaagctaatccaagagctaggaaaactaaagcacctaagggaat 312  Q
    |||||| ||||||||||||||||||  || ||| ||||            ||| ||| |||||||  ||||||||||||| ||||| || |||||||| |    
T  22352784 actctaagtgatgtttatttagatgaaggagaagatgaaaatgacagtagagttgtagagctaattgaagagctaggaaagctaaatcagctaagggagt 22352685  T
Q  313 tggtcttgatcggtgttaggagtggatacatgagtgctatatcttcctcaatcaatgagatgcaaaaaatggagaaacta 392  Q
    ||||||||  |||||||||||||  ||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  22352684 tggtcttgtacggtgttaggagtaaatatatgagtgctctatcttcctcaatcaatcagatgcaaaaattggagaaacta 22352605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 119 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 22367004 - 22366654
Alignment:
Q  119 tatgccgaaggagatatgcaaacttagaaaactacgccattttctagggtacaatatgtctttgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatcc 218  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||| |||| ||   ||||||||||||| | || || |||||||| |||||||||||||||    
T  22367004 tatgccgaaggagatttgcaagcttagaaagctacgccattttttaggctatcgtatgtctttgattgagttgaaggatggtattggaggcatgacatcc 22366905  T
Q  219 ctacaaactctacgtgatgtttatttagatggc------ggcgaaaatga------agtggtaaagctaatccaagagctaggaaaactaaagcacctaa 306  Q
    ||||||||||||  ||| ||||||||| |||        |  ||||||||      ||| ||| |||||||  |||||||||||||||||||||| ||||    
T  22366904 ctacaaactctaaatgaggtttatttatatgatcatgaagatgaaaatgataatagagtcgtagagctaattgaagagctaggaaaactaaagcagctaa 22366805  T
Q  307 gggaattggtcttgatcggtgttaggagtggatacatgagtgctatatcttcctcaatcaatgagatgcaaaaaatggagaaactacaaattcgcgcaaa 406  Q
    ||||||||| ||||  |||||||||||||  ||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| || ||||||||||| | ||| | | |      
T  22366804 gggaattgggcttggccggtgttaggagtaaatatatgagtgctatatcttcttcaatcaataagatgcaacaactggagaaactaaatattagtggagt 22366705  T
Q  407 cggatatggcacagttattgacatgcatttgaattcaccaccacctatgct 457  Q
    || |||||  ||| | |||||  || ||||||||||||| |||||||||||    
T  22366704 cgaatatgagacattcattgatctggatttgaattcacccccacctatgct 22366654  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 119 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 22441825 - 22441540
Alignment:
Q  119 tatgccgaaggagatatgcaaacttagaaaactacgccattttctagggtacaatatgtctttgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatcc 218  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||| |||| ||   ||||||||||||| | || || |||||||| |||||||||||||||    
T  22441825 tatgccgaaggagatttgcaagcttagaaagctacgccattttttaggctatcgtatgtctttgattgagttgaaggatggtattggaggcatgacatcc 22441726  T
Q  219 ctacaaactctacgtgatgtttatttagatg---gcg---gcgaaaatga------agtggtaaagctaatccaagagctaggaaaactaaagcacctaa 306  Q
    |||||||||||| |||  ||  | ||| |||   | |   | ||||||||      ||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||| || ||||    
T  22441725 ctacaaactctaagtggagtacacttaaatgatagtgaacgtgaaaatgataatagagttgtagagctaatccaagagctaggaaagctaaaacagctaa 22441626  T
Q  307 gggaattggtcttgatcggtgttaggagtggatacatgagtgctatatcttcctcaatcaatgagatgcaaaaaatggagaaacta 392  Q
    || |||||| ||||| |||||||||||||  ||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| || |||||||||||    
T  22441625 ggaaattgggcttgaccggtgttaggagtaaatatatgagtgctatatctttctcaatcaacgagatgcaacaattggagaaacta 22441540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 119 - 398
Target Start/End: Complemental strand, 22629523 - 22629232
Alignment:
Q  119 tatgccgaaggagatatgcaaacttagaaaactacgccattttctagggtacaatatgtctttgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatcc 218  Q
    |||||| |||||||| ||||  |||||||| |||||||||||| ||||      ||||||||||||| | || || ||| |||| |||||||||||||||    
T  22629523 tatgccaaaggagatttgcatgcttagaaagctacgccattttttaggcattcgtatgtctttgattgagttgaaggatagtattggaggcatgacatcc 22629424  T
Q  219 ctacaaactctacgtgatgtttatttagatggc------ggcgaaaatga------agtggtaaagctaatccaagagctaggaaaactaaagcacctaa 306  Q
    ||||||||||||  |  ||||| ||||||||        |  ||||||||      ||||||| |||||||| |||| |||||||| ||||| || ||||    
T  22629423 ctacaaactctaaatagtgtttgtttagatgataaggaagatgaaaatgataatagagtggtagagctaatcgaagatctaggaaagctaaatcagctaa 22629324  T
Q  307 gggaattggtcttgatcggtgttaggagtggatacatgagtgctatatcttcctcaatcaatgagatgcaaaaaatggagaaactacaaatt 398  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||    
T  22629323 gggaattggtcttgctcggtgttaggagtaaatatatgagtgctatatcttcctcaatcaataagatgcaacaattggagaaactacaaatt 22629232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 119 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 22357070 - 22356785
Alignment:
Q  119 tatgccgaaggagatatgcaaacttagaaaactacgccattttctagggtacaatatgtctttgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatcc 218  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||  ||||  ||  ||||||||||||||| || || |||||||| ||||||||||||||     
T  22357070 tatgccgaaggagatttgcaagcttagaaagctacgccatttattaggcaactttatgtctttgattcagttgaaggatggtattggaggcatgacatcg 22356971  T
Q  219 ctacaaactctacgtgatgtttatttagatggc------ggcgaaaatga------agtggtaaagctaatccaagagctaggaaaactaaagcacctaa 306  Q
    ||||||||||||  |  ||||||||||||||        |  ||||||||      ||| ||| || ||||  ||||||| |||||||||||||| || |    
T  22356970 ctacaaactctaaatagtgtttatttagatgattatgaagatgaaaatgataatagagttgtagagttaatagaagagctgggaaaactaaagcagctta 22356871  T
Q  307 gggaattggtcttgatcggtgttaggagtggatacatgagtgctatatcttcctcaatcaatgagatgcaaaaaatggagaaacta 392  Q
    ||||||||  ||||| |||| ||| ||||  ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  22356870 gggaattgagcttgagcggtcttaagagtaaatatatgagtggtatatcttcctcaatcaatgagatgcaaaaattggagaaacta 22356785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 119 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 22634538 - 22634194
Alignment:
Q  119 tatgccgaaggagatatgcaaacttagaaaactacgccattttctagggtacaatatgtctttgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatcc 218  Q
    |||||| |||||||| ||||| |||| ||| |||||||||||| |||| ||  | |||||| ||||||| || || |||||||| |||||||||||||||    
T  22634538 tatgcccaaggagatttgcaagcttaaaaagctacgccattttataggctatcaaatgtctctgattcagttgaaggatggtattggaggcatgacatcc 22634439  T
Q  219 ctacaaactctacgtgatgtttatttagatggcggcgaaaatgaag------------tggtaaagctaatccaagagctaggaaaactaaagcacctaa 306  Q
    ||||||||||||  ||| ||||||||||| |  |  ||| ||||||            ||||| || ||||  ||||||||||||| |||||||| || |    
T  22634438 ctacaaactctaaatgaggtttatttagacgatgatgaagatgaagatgataatagagtggtagagttaatagaagagctaggaaagctaaagcagctta 22634339  T
Q  307 gggaattggtcttgatcggtgttaggagtggatacatgagtgctatatcttcctcaatcaatgagatgcaaaaaatggagaaactacaaattcgcgcaaa 406  Q
    |||||||   |||| ||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||| || ||||||||||| | ||| | | ||     
T  22634338 gggaattaagcttggtcggtgttaggagtaaatatatgagtgctatatcttcctcaatcaacaagatgcaacaattggagaaactaaatattagaggaat 22634239  T
Q  407 cggatatggcacagttattgacatgcatttgaattcaccaccacc 451  Q
    | |||||  |||| | ||||| ||| ||||||||||||| |||||    
T  22634238 cagatataacacattcattgatatggatttgaattcacccccacc 22634194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 119 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 22467028 - 22466742
Alignment:
Q  119 tatgccgaaggagatatgcaaacttagaaaactacgccattttctagggtacaatatgtctttgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatcc 218  Q
    |||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||  ||||  |   ||||||||||||||| || || |||||||| ||||||||||||||     
T  22467028 tatgccaaaggagatttgcaagcttagaaagctacgccatttattaggcgattgtatgtctttgattcagttgaaggatggtattggaggcatgacatct 22466929  T
Q  219 ctacaaactctacgtgatgtttatttagatggc------ggcgaaaatga------agtggtaaagctaatccaagagctaggaaaactaaagcacctaa 306  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||        |  ||||||||      ||| ||| ||||||| |||||||||||||| |||||  |  |||    
T  22466928 ctacaaactctaagtgaagtttatttagatgagaatgaagatgaaaatgataatagagtagtagagctaattcaagagctaggaaagctaaataagataa 22466829  T
Q  307 gggaattggtcttgatcggtgttaggagtggatacatgagtgctatatcttcctcaatcaatgagatgcaaaaaatggagaaactac 393  Q
    |  |||||  |||||| ||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||||    
T  22466828 gaaaattgagcttgataggtgttaggagtaaatatatgagtgctatatcttcctcaatcaatcaaatgcaacaaatggagaaactac 22466742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 170 - 392
Target Start/End: Complemental strand, 22430222 - 22430008
Alignment:
Q  170 caatatgtctttgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatccctacaaactctacgtgatgtttatttagatggcggcgaaaatgaagtggta 269  Q
    |||||||  ||||||| |||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||| |  |  ||| ||||||         
T  22430222 caatatgcgtttgattgaattgaaggatggtattggaggcatgacatccctacaaactctaagggaggtttatttagacgatgatgaagatgaag----- 22430128  T
Q  270 aagctaatccaagagctaggaaaactaaagcacctaagggaattggtcttgatcggtgttaggagtggatacatgagtgctatatcttcctcaatcaatg 369  Q
    | |  |||   |||||||||||| ||||| || ||||||||||||| ||||  ||||||| |||||  ||| ||||||||| ||| |||||||||||||     
T  22430127 atgacaat---agagctaggaaagctaaatcagctaagggaattgggcttggccggtgtttggagtaaatatatgagtgctttatgttcctcaatcaatc 22430031  T
Q  370 agatgcaaaaaatggagaaacta 392  Q
    |||||||  || |||||||||||    
T  22430030 agatgcacgaattggagaaacta 22430008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 119 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 37929836 - 37929608
Alignment:
Q  119 tatgccgaaggagatatgcaaacttagaaaactacgccattttctagggtacaatatgtctttgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatcc 218  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||   |||| |||| |   | |||||||||||||| || || |||||||| |||||| ||||||||    
T  37929836 tatgccgaaggagatttgcaagcttagaaagctacgttgttttttaggctctgaaatgtctttgattcagttgaaggatggtattggaggcctgacatcc 37929737  T
Q  219 ctacaaactctacgtgatgtttatttagatggcggcgaaaatgaa------------gtggtaaagctaatccaagagctaggaaaactaaagcacctaa 306  Q
    ||||||||||||  ||| || ||||||||||  |  ||| |||||            || ||| |||||||||||||||||||||| ||||| || ||||    
T  37929736 ctacaaactctaaatgaagtatatttagatgatgatgaagatgaaaatgataatagagttgtagagctaatccaagagctaggaaagctaaaacagctaa 37929637  T
Q  307 gggaattggtcttgatcggtgttaggagt 335  Q
    ||||||||| ||||  |||||||||||||    
T  37929636 gggaattgggcttggccggtgttaggagt 37929608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 119 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 22435711 - 22435442
Alignment:
Q  119 tatgccgaaggagatatgcaaacttagaaaactacgccattttctagggtacaatatgtctttgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatcc 218  Q
    |||||| |||||| | ||||| |||||||| ||||| |||||| ||||  |   | ||||||||||||| || || |||||||| ||||||||||||||     
T  22435711 tatgccaaaggaggtttgcaagcttagaaagctacgtcattttttaggcgattctctgtctttgattcatttgaaggatggtattggaggcatgacatcg 22435612  T
Q  219 ctacaaactctacgtgatgtttatttagatggcggcgaaaatgaa------------gtggtaaagctaatccaagagctaggaaaactaaagcacctaa 306  Q
    |||||||||||| || | ||| | |||||||  || ||| |||||            || ||| ||||||||  |||||||||||| ||||  || || |    
T  22435611 ctacaaactctaagtaaagttaaattagatgatggtgaagatgaaaatgataatagggtagtagagctaatcatagagctaggaaagctaacacagctta 22435512  T
Q  307 gggaattggtcttgatcggtgttaggagtggatacatgagtgctatatcttcctcaatcaatgagatgca 376  Q
    ||||||||| |||| | | ||||||  ||  ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  22435511 gggaattgggcttggttgttgttagtggtaaatatatgagtgctatatcttcctcaatcaataagatgca 22435442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 175 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 30988326 - 30988255
Alignment:
Q  175 tgtctttgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatccctacaaactctacgtgatgtttatttag 246  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||| ||||  ||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||    
T  30988326 tgtctttgattcagttaaaggatggtattggagagatgacatccctacaaacgctacgttatgttaatttag 30988255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000007
Query Start/End: Original strand, 175 - 244
Target Start/End: Original strand, 22180856 - 22180925
Alignment:
Q  175 tgtctttgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatccctacaaactctacgtgatgtttattt 244  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||||  ||||  |||||||||||||| |||  |||||||||    
T  22180856 tgtctttgattcaattaaaggatggtattggagagatgaagtccctacaaactctgcgtactgtttattt 22180925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 174 - 233
Target Start/End: Original strand, 21947071 - 21947130
Alignment:
Q  174 atgtctttgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatccctacaaactctacgt 233  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||| ||||  ||||  ||||||||||||||||||    
T  21947071 atgtctttgattcaattaaagaatggtattggagagatgaagtccctacaaactctacgt 21947130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 177 - 248
Target Start/End: Original strand, 22106161 - 22106232
Alignment:
Q  177 tctttgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatccctacaaactctacgtgatgtttatttagat 248  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||  ||||  |||||||||||||| |||  ||||| |||||||    
T  22106161 tctttgattcaattaaaggatggtattggagagatgaagtccctacaaactctgcgtcgtgtttctttagat 22106232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 177 - 248
Target Start/End: Original strand, 22116535 - 22116606
Alignment:
Q  177 tctttgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatccctacaaactctacgtgatgtttatttagat 248  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||  ||||  |||||||||||||| |||  ||||| |||||||    
T  22116535 tctttgattcaattaaaggatggtattggagagatgaagtccctacaaactctgcgtcgtgtttctttagat 22116606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 175 - 248
Target Start/End: Original strand, 22054153 - 22054226
Alignment:
Q  175 tgtctttgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatccctacaaactctacgtgatgtttatttagat 248  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||||  ||||  ||| |||| ||||| ||| |||||| |||||||    
T  22054153 tgtctttgattcaattaaaggatggtattggagagatgaagtccgtacagactctgcgtaatgtttctttagat 22054226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 180 - 248
Target Start/End: Original strand, 22035970 - 22036038
Alignment:
Q  180 ttgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatccctacaaactctacgtgatgtttatttagat 248  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||  ||||  |||||||||||||| |||  ||||| |||||||    
T  22035970 ttgattcaattaaaggatggtattggagagatgaagtccctacaaactctgcgtcgtgtttctttagat 22036038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 82; Significance: 2e-38; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 69 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 29604561 - 29604388
Alignment:
Q  69 atgctcaagaaccttgagaccttggatttaacacgtacaagtttccaagctatgccgaaggagatatgcaaacttagaaaactacgccattttctagggt 168  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||||||||||  |||||  ||| | ||||||||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||| |    
T  29604561 atgctcgagaacctagagaccttggatttaacatatacaatgttctatgctatgccgaaggagatttgcaagcttagaaagctgcgccattttctaggct 29604462  T
Q  169 acaatatgtctttgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatccctacaaactctacgtgatgtttat 242  Q
      | |||||||| ||||||||| || |||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  29604461 tgagtatgtcttggattcaattgaaggatggtcttggaggcatgacattcctacaaactctacgtgaagtttat 29604388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 181 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 871800 - 871755
Alignment:
Q  181 tgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatccctacaaac 226  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||  |||||||||||||||||    
T  871800 tgattcaattaaaggatggtattggagagatgacatccctacaaac 871755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 181 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 1233077 - 1233032
Alignment:
Q  181 tgattcaattaaaagatggtatcggaggcatgacatccctacaaac 226  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||  |||||||||||||||||    
T  1233077 tgattcaattaaaggatggtattggagagatgacatccctacaaac 1233032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University