View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20155_low_3 (Length: 425)

Name: NF20155_low_3
Description: NF20155
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20155_low_3
NF20155_low_3
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (23-408)||(46190993-46191391)
chr1 (23-408)||(4129876-4130245)
chr1 (139-182)||(364465-364508)
chr1 (293-326)||(364349-364382)
chr1 (120-168)||(30674912-30674960)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (23-408)||(10427042-10427440)
chr4 (205-271)||(42022904-42022970)
chr4 (95-133)||(24520277-24520315)
chr4 (95-133)||(48697384-48697422)
chr4 (95-133)||(48702073-48702111)
[»] chr3 (12 HSPs)
chr3 (18-408)||(24671171-24671574)
chr3 (31-408)||(4578853-4579243)
chr3 (118-408)||(34469899-34470178)
chr3 (206-405)||(34489618-34489817)
chr3 (203-354)||(31205103-31205254)
chr3 (206-405)||(34523082-34523281)
chr3 (206-356)||(27630467-27630620)
chr3 (35-104)||(36420003-36420072)
chr3 (94-166)||(31205004-31205077)
chr3 (92-132)||(2817499-2817539)
chr3 (95-133)||(5818765-5818803)
chr3 (95-133)||(5823527-5823565)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (23-408)||(16183788-16184186)
chr7 (110-406)||(2323544-2323845)
chr7 (27-408)||(8140123-8140513)
chr7 (23-100)||(8138615-8138692)
chr7 (202-339)||(5102922-5103059)
chr7 (98-176)||(5102833-5102907)
[»] scaffold0074 (2 HSPs)
scaffold0074 (23-408)||(27383-27774)
scaffold0074 (243-408)||(29400-29564)
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (23-408)||(18967646-18968037)
chr6 (94-176)||(6174291-6174372)
chr6 (102-182)||(23012750-23012831)
chr6 (312-405)||(23014990-23015083)
chr6 (95-182)||(6178124-6178210)
chr6 (202-257)||(23012840-23012895)
chr6 (95-133)||(1234728-1234766)
chr6 (95-133)||(26976383-26976421)
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (23-408)||(30397066-30397453)
chr2 (203-408)||(42117436-42117635)
chr2 (34-111)||(42117698-42117774)
chr2 (95-133)||(5198907-5198945)
chr2 (123-175)||(42117652-42117701)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (95-133)||(9439624-9439662)
chr8 (95-133)||(9444344-9444382)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (95-133)||(41718437-41718475)
chr5 (95-133)||(41723163-41723201)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 313; Significance: 1e-176; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 23 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 46191391 - 46190993
Alignment:
Q  23 ttacaagacttctctctaaatataaggagagacaaattaccctctctcttgaaataggacaatactaacactaggagaaac--------------tatat 108  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||              |||||    
T  46191391 ttacaagacttctctctaaatagaaggagagacaaattaccctctctcttgaaataggagaatactaacactaggagaaacctcacaggagaaactatat 46191292  T
Q  109 ttcctctctatatttttcctctcaccctcaacaagctctaattcttgttgttgtgttactacttgatgtgatgagatgagatgtgatgggattgtgcaaa 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46191291 ttcctctctatatttttcctctcactctcaacaagctctaattcttgttgttgtgttactacttgattggatgagatgagatgtgatgggattgtgcaaa 46191192  T
Q  209 tgaacttgctatttataggagaggtaagccttaattccttacatgcaacaagccacttgtcttccatgcaaactccaagaagtgcaacttgtcacttgca 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  46191191 tgaacttgctatttataggagaggtaagccttagttccttacatgcaacaagccacttgtcttccatgcaaactccaag-agtgcaacttgtcacttgca 46191093  T
Q  309 tctcatgcatcttgcaacatgtcaatgcatgcaaccatccactttgccaccatgcattacatgaggagtgcaacttgtctttcatgcaccatggacatgt 408  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46191092 tctcatgcatcttacaacatgtcaatgcatgcaaccatccactttgccaccatgcattacatgagaagtgcaacttgtctttcatgcaccatggacatgt 46190993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 312; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 23 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 4130245 - 4129876
Alignment:
Q  23 ttacaagacttctctctaaatataaggagagacaaattaccctctctcttgaaataggacaatactaacactaggagaaactatatttcctctctatatt 122  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4130245 ttacaagacttctctctaaatacaaggagagacaaattaccctctctcttgaaataggacaatactaacactaggagaaactatatttcctctctatatt 4130146  T
Q  123 tttcctctcaccctcaacaagctctaattcttgttgttgtgttactacttgatgtgatgagatgagatgtgatgggattgtgcaaatgaacttgctattt 222  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||               ||||||||||||||||||||||||||    
T  4130145 tttcctctcactctcaacaagctctaattcttgttgttgtgttactacttgatgtgatg---------------ggattgtgcaaatgaacttgctattt 4130061  T
Q  223 ataggagaggtaagccttaattccttacatgcaacaagccacttgtcttccatgcaaactccaagaagtgcaacttgtcacttgcatctcatgcatcttg 322  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4130060 ataggagaggtaagccttaattccttacatgcaacaagccacttgtcttccatgcaaactccaaga-gtgcaacttgtcacttgcatctcatgcatcttg 4129962  T
Q  323 caacatgtcaatgcatgcaaccatccactttgccaccatgcattacatgaggagtgcaacttgtctttcatgcaccatggacatgt 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4129961 caacatgtcaatgcatgcaaccatccactttgccaccatgcattacatgagaagtgcaacttttctttcatgcaccatggacatgt 4129876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 139 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 364508 - 364465
Alignment:
Q  139 acaagctctaattcttgttgttgtgttactacttgatgtgatga 182  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  364508 acaagctctagttcttgttgttgtattactacttgatgggatga 364465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 293 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 364382 - 364349
Alignment:
Q  293 caacttgtcacttgcatctcatgcatcttgcaac 326  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  364382 caacatgtcacttgcatctcatgcatcttgcaac 364349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 120 - 168
Target Start/End: Original strand, 30674912 - 30674960
Alignment:
Q  120 atttttcctctcaccctcaacaagctctaattcttgttgttgtgttact 168  Q
    |||||| ||||||| |||||||| |||||| | ||||||||||||||||    
T  30674912 attttttctctcactctcaacaaactctaactattgttgttgtgttact 30674960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 309; Significance: 1e-174; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 309; E-Value: 1e-174
Query Start/End: Original strand, 23 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 10427440 - 10427042
Alignment:
Q  23 ttacaagacttctctctaaatataaggagagacaaattaccctctctcttgaaataggacaatactaacactaggagaaac--------------tatat 108  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||              |||||    
T  10427440 ttacaagacttctctctaaatacaaggagagacaaattaccctctctcttgaaataggagaatactaacactaggagaaacctcacaggagaaactatat 10427341  T
Q  109 ttcctctctatatttttcctctcaccctcaacaagctctaattcttgttgttgtgttactacttgatgtgatgagatgagatgtgatgggattgtgcaaa 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  10427340 ttcctctctatatttttcctctcactctcaacaagctctaattcttgttgttgtgttactacttgatgtgatgagatgagatgtgatgagattgtgcaaa 10427241  T
Q  209 tgaacttgctatttataggagaggtaagccttaattccttacatgcaacaagccacttgtcttccatgcaaactccaagaagtgcaacttgtcacttgca 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  10427240 tgaacttgctatttataggagaggtaaaccttaattccttacatgcaacaagccacttgtcttccatgcaaacttcaag-agtgcaacttgtcacttgca 10427142  T
Q  309 tctcatgcatcttgcaacatgtcaatgcatgcaaccatccactttgccaccatgcattacatgaggagtgcaacttgtctttcatgcaccatggacatgt 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  10427141 tctcatgcatcttgcaacatgtcaatgcatgcaaccatccactttgccaccatgcattacatgagaagtgcaacttgcctttcatgcaccatgaacatgt 10427042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 205 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 42022970 - 42022904
Alignment:
Q  205 caaatgaacttgctatttataggagaggtaagccttaattccttacatgcaacaagccacttgtctt 271  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| || || || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  42022970 caaacgaacttgctatttataggagaggcaaaccatagttccttacatgcaacaagccacttgtctt 42022904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 95 - 133
Target Start/End: Original strand, 24520277 - 24520315
Alignment:
Q  95 aggagaaactatatttcctctctatatttttcctctcac 133  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  24520277 aggagaaactatttttcctctctatattttttctctcac 24520315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 95 - 133
Target Start/End: Original strand, 48697384 - 48697422
Alignment:
Q  95 aggagaaactatatttcctctctatatttttcctctcac 133  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  48697384 aggagaaactatttttcctctctatattttttctctcac 48697422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 95 - 133
Target Start/End: Original strand, 48702073 - 48702111
Alignment:
Q  95 aggagaaactatatttcctctctatatttttcctctcac 133  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  48702073 aggagaaactatttttcctctctatattttttctctcac 48702111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 302; Significance: 1e-170; HSPs: 12)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 302; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 18 - 408
Target Start/End: Original strand, 24671171 - 24671574
Alignment:
Q  18 acaatttacaagacttctctctaaatataaggagagacaaattaccctctctcttgaaataggacaatactaacactagga--------------gaaac 103  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||              |||||    
T  24671171 acaaattacaagacttctctctaaatacaaggagagacaaattaccctctctcttgaaataggagaatactaacactaggagaaacctcacaggagaaac 24671270  T
Q  104 tatatttcctctctatatttttcctctcaccctcaacaagctctaattcttgttgttgtgttactacttgatgtgatgagatgagatgtgatgggattgt 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||   |||||||    
T  24671271 tatatttcctctctatatttttcctctcactctcaacaagctctaactcttgttgttgtgttactaattgatgtgatgagatgagatgtgtatggattgt 24671370  T
Q  204 gcaaatgaacttgctatttataggagaggtaagccttaattccttacatgcaacaagccacttgtcttccatgcaaactccaagaagtgcaacttgtcac 303  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  24671371 gcaaatgaacttgctatttataggagaggtaagccttagttccttacatgcaacaagccacttgtcttccatgcaaacttcaag-agtgcaacttgtcac 24671469  T
Q  304 ttgcatctcatgcatcttgcaacatgtcaatgcatgcaaccatccactttgccaccatgcattacatgaggagtgcaacttgtctttcatgcaccatgga 403  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  24671470 ttgcatctcatgcatcttgcaacatgtcaatgcatgcaaccatccactttgccaccatgcattacatgagaagtgcaacttgtctttcatgcaccatgga 24671569  T
Q  404 catgt 408  Q
    |||||    
T  24671570 catgt 24671574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 31 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 4579243 - 4578853
Alignment:
Q  31 cttctctctaaatataaggagagacaaattaccctctctcttgaaataggacaatactaacacta--------------ggagaaactatatttcctctc 116  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||              |||||||||||||||||||||    
T  4579243 cttctctctaaatacaaggagagacaaattaccctctctcgtgaaataggagaatactaactctatgagaaacctcacaggagaaactatatttcctctc 4579144  T
Q  117 tatatttttcctctcaccctcaacaagctctaattcttgttgttgtgttactacttgatgtgatgagatgagatgtgatgggattgtgcaaatgaacttg 216  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  4579143 tatatttttcctctcactctcaacaagctctaattcttgttgttgtgttactacttgatgtgatgagatgagatgtgtagggattgtgcaaatgaacttg 4579044  T
Q  217 ctatttataggagaggtaagccttaattccttacatgcaacaagccacttgtcttccatgcaaactccaagaagtgcaacttgtcacttgcatctcatgc 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||    
T  4579043 ctatttataggagaggtaagccttagctccttagatgcaacaagccacttgtcttccatgcaaacttcaag-agtgaaacttgtcacttgcatctcatgc 4578945  T
Q  317 atcttgcaacatgtcaatgcatgcaaccatccactttgccaccatgcattacatgaggagtgcaacttgtctttcatgcaccatggacatgt 408  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  4578944 atcttgtaacatgtcaatgcatgcaaccatccactttgccaccatgcattacatgagaagtgcaacttgtctttcatgcaccatcgacatgt 4578853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 118 - 408
Target Start/End: Original strand, 34469899 - 34470178
Alignment:
Q  118 atatttttcctctcaccctcaacaagctctaattcttgttgttgtgttactacttgatgtgatgagatgagatgtgatgggattgtgcaaatgaacttgc 217  Q
    |||| ||| |||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||           |||  ||||||||||||||||| |    
T  34469899 atatattttctcttactctcaacaagctctaattgttgttgttgtgttactacttgatcggatga-----------atgaaattgtgcaaatgaactttc 34469987  T
Q  218 tatttataggagaggtaagccttaattccttacatgcaacaagccacttgtcttccatgc-aaactccaagaagtgcaacttgtcacttgcatctcatgc 316  Q
    |||||||||||||||||| || ||  ||| || |||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||  ||||||| ||||||| | |||||||||    
T  34469988 tatttataggagaggtaaaccatagctccatatatgcaacaagccacttgtcttctatgcaaaacaccaag-tgtgcaacatgtcactggtatctcatgc 34470086  T
Q  317 atcttgcaacatgtcaatgcatgcaaccatccactttgccaccatgcattacatgaggagtgcaacttgtctttcatgcaccatggacatgt 408  Q
    |||||||||| |||||||||| |||||  |||||||||||||  ||| || |||||  | ||| |||||| || ||||||||||| ||||||    
T  34470087 atcttgcaacttgtcaatgcacgcaactgtccactttgccactttgctttgcatgaaaaatgctacttgtgttacatgcaccatgtacatgt 34470178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 89; E-Value: 9e-43
Query Start/End: Original strand, 206 - 405
Target Start/End: Original strand, 34489618 - 34489817
Alignment:
Q  206 aaatgaacttgctatttataggagaggtaagccttaattccttacatgcaacaagccacttgtcttccatgcaaact-ccaagaagtgcaacttgtcact 304  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| |  |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||  || |||| |||||||    
T  34489618 aaatgaacttgctatttataagagaggtaaacaatggttccttacatgcaacaagccacttgtcttccatgcaaaaaaccaagt-gtacaacatgtcact 34489716  T
Q  305 tgcatctcatgcatcttgcaacatgtcaatgcatgcaaccatccactttgccaccatgcattacatgaggagtgcaacttgtctttcatgcaccatggac 404  Q
    || |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||  | | ||||||||  | ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  34489717 tgtatctcatgtatcttgcaacttgtcaatgcatgcaactgtccactttgccacttttccttacatgaaaaatgcaacttgtcttacatgcaccatggac 34489816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 203 - 354
Target Start/End: Original strand, 31205103 - 31205254
Alignment:
Q  203 tgcaaatgaacttgctatttataggagaggtaagccttaattccttacatgcaacaagccacttgtcttccatgcaa-actccaagaagtgcaacttgtc 301  Q
    |||||| || |||||||||||||||| ||||||| | || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||  ||||||| ||||    
T  31205103 tgcaaacgagcttgctatttataggaaaggtaagtcatagttccttatatgcaacaagccacttgtcttccatgcaagacaccaag-tgtgcaacatgtc 31205201  T
Q  302 acttgcatctcatgcatcttgcaacatgtcaatgcatgcaaccatccactttg 354  Q
    |||||||||| |||| ||||||||  ||||||||||||||||| |||||||||    
T  31205202 acttgcatcttatgcgtcttgcaaattgtcaatgcatgcaaccgtccactttg 31205254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 206 - 405
Target Start/End: Original strand, 34523082 - 34523281
Alignment:
Q  206 aaatgaacttgctatttataggagaggtaagccttaattccttacatgcaacaagccacttgtcttccatgcaaa-ctccaagaagtgcaacttgtcact 304  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||||    || |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||  || |||| ||||| |    
T  34523082 aaatgaacttgctatttaaaagagaggtaaaatatagttccttgcatgcaataagccacttgtcttccatgcaaaacaccaagt-gtacaacatgtcatt 34523180  T
Q  305 tgcatctcatgcatcttgcaacatgtcaatgcatgcaaccatccactttgccaccatgcattacatgaggagtgcaacttgtctttcatgcaccatggac 404  Q
    || ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||  ||| ||||||||  | ||||||||||||| |||||||| |||||    
T  34523181 tgtatcgcatgcatcttgcaacttgtcaatgcatgcaactgtccactttgccactttgccttacatgaaaaatgcaacttgtcttacatgcaccttggac 34523280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 206 - 356
Target Start/End: Original strand, 27630467 - 27630620
Alignment:
Q  206 aaatgaacttgctatttataggagaggtaagccttaattccttacatgcaacaagccacttgtcttccatgc-aaactccaagaagtgcaacttg---tc 301  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| |  || || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||  || |||| ||   ||    
T  27630467 aaatgaacttgctatttataagagaggtaaactatagtttcttacatgcaacaagccacttgtcttccatgcaaaacaccaag-tgtacaacatgtcatc 27630565  T
Q  302 acttgcatctcatgcatcttgcaacatgtcaatgcatgcaaccatccactttgcc 356  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||  |||||||||||    
T  27630566 acttgtatctcatgcatcttgcaacttgtcaatgcatacaactgtccactttgcc 27630620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 35 - 104
Target Start/End: Complemental strand, 36420072 - 36420003
Alignment:
Q  35 tctctaaatataaggagagacaaattaccctctctcttgaaataggacaatactaacactaggagaaact 104  Q
    |||||||||| || ||||||||||||||||  ||||||| ||||| | |||||||| |||||||||||||    
T  36420072 tctctaaatacaatgagagacaaattaccccatctcttgcaatagaagaatactaatactaggagaaact 36420003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 94 - 166
Target Start/End: Original strand, 31205004 - 31205077
Alignment:
Q  94 taggagaaactatatttcctctctatatttttc-ctctcaccctcaacaagctctaattcttgttgttgtgtta 166  Q
    |||||||||||||||  | |||||||||||||| ||||||  ||  | ||||||||||||||||||||||||||    
T  31205004 taggagaaactatatgccatctctatatttttctctctcattctttagaagctctaattcttgttgttgtgtta 31205077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 92 - 132
Target Start/End: Original strand, 2817499 - 2817539
Alignment:
Q  92 actaggagaaactatatttcctctctatatttttcctctca 132  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  2817499 actaggagaaactatttttcctctctatattttttctctca 2817539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 95 - 133
Target Start/End: Original strand, 5818765 - 5818803
Alignment:
Q  95 aggagaaactatatttcctctctatatttttcctctcac 133  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  5818765 aggagaaactatttttcctctctatattttttctctcac 5818803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 95 - 133
Target Start/End: Original strand, 5823527 - 5823565
Alignment:
Q  95 aggagaaactatatttcctctctatatttttcctctcac 133  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  5823527 aggagaaactatttttcctctctatattttttctctcac 5823565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 297; Significance: 1e-167; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 297; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 23 - 408
Target Start/End: Original strand, 16183788 - 16184186
Alignment:
Q  23 ttacaagacttctctctaaatataaggagagacaaattaccctctctcttgaaataggacaatactaacactagga--------------gaaactatat 108  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||              ||||||||||    
T  16183788 ttacaagacctctctctaaatacaaggagagacaaattaccctctctcttgaaataggagaatactaacactaggagaaacctcacaggagaaactatat 16183887  T
Q  109 ttcctctctatatttttcctctcaccctcaacaagctctaattcttgttgttgtgttactacttgatgtgatgagatgagatgtgatgggattgtgcaaa 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  16183888 ttcctctctatatttttcctctcactctcaacaagctctaattcttgttgttgtgttactacttgatgtgatgagatgagatgtgttgggattgtgcaaa 16183987  T
Q  209 tgaacttgctatttataggagaggtaagccttaattccttacatgcaacaagccacttgtcttccatgcaaactccaagaagtgcaacttgtcacttgca 308  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  16183988 tgaacttgctatttataggagtggtaagccttagttccttacatgcaacaagccacttgtcttccatgaaaactccaag-agtgcaacttgtcacttgca 16184086  T
Q  309 tctcatgcatcttgcaacatgtcaatgcatgcaaccatccactttgccaccatgcattacatgaggagtgcaacttgtctttcatgcaccatggacatgt 408  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  16184087 tctcatgcatcttgcaacatgtcaatgcatgcaaccattcactttgccaccatgcattacataagaagtgcaacttgtctttcatgcaccatgtacatgt 16184186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 172; E-Value: 3e-92
Query Start/End: Original strand, 110 - 406
Target Start/End: Original strand, 2323544 - 2323845
Alignment:
Q  110 tcctctctatatttttcctctcaccctcaacaagctctaattcttgttgttgtgttactacttgatgtgatgagatgagatgtgatgggat--------t 201  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||        |    
T  2323544 tcctctctatatttttcctctcactctcaacaagctctaat-cttattgttgtgttactacttgatgggatgagatgagatgtgatgggataatgaaatt 2323642  T
Q  202 gtgcaaatgaacttgctatttataggagaggtaagccttaattccttacatgcaacaagccacttgtcttccatgcaaactccaagaagtgcaacttgtc 301  Q
    ||| |||||| |||| |||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||| | |||||||||||     
T  2323643 gtgaaaatgagcttgttatttataagagaggtaagtcttagttccttacatgcaacaa-ccacttgttttccatccaaactccaa-atgtgcaacttgtt 2323740  T
Q  302 acttgcatctcatgcatcttgcaacatgtcaatgcatgcaaccatccactttgccaccatgcattacatgaggagtgcaacttgtctttcatgcaccatg 401  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | || | ||||||||||||| |||||||||||    
T  2323741 gcttgcatctcatgcatcttgcaacatgtcaatgtatgcaaccatccactttgccaccatgcattacgtcagaaatgcaacttgtcttacatgcaccatg 2323840  T
Q  402 gacat 406  Q
    |||||    
T  2323841 gacat 2323845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 130; E-Value: 3e-67
Query Start/End: Original strand, 27 - 408
Target Start/End: Original strand, 8140123 - 8140513
Alignment:
Q  27 aagacttctctctaaatataaggagagacaaattaccctctctcttgaaataggacaatactaacactaggaga--------------aactatatttcc 112  Q
    ||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||              ||||||||||      
T  8140123 aagacctctctcttaatacaaggagagacaaattaccctctctcttgaaataggagaatactattactaggagacacatcacagaagaaactatattt-- 8140220  T
Q  113 tctctatatttttcctctcaccctcaacaagctctaattcttgttgttgtgttactacttgatgtgatgagatgagatgtgatgggattgtgcaaatgaa 212  Q
    ||||||||||||||||   |  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| | |||||||  ||   ||  ||||||| |     
T  8140221 tctctatatttttcctg--agtctcaacaagctctaattcttcttgttgtgttactacttgatgggatggggtgagatg--attaaatcatgcaaataag 8140316  T
Q  213 cttg-ctatttataggagaggtaagccttaattccttacatgcaacaagccacttgtcttccatgcaaa-ctccaagaagtgcaacttgtcacttgcatc 310  Q
    |||  |||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||| |||||||  ||||||| |||||||||||||    
T  8140317 cttttctatttataggagaggtaagtcatagttccttacatgcaacaatcaacttgtcctccatgcaaaactccaagt-gtgcaacatgtcacttgcatc 8140415  T
Q  311 tcatgcatcttgcaacatgtcaatgcatgcaaccatccactttgccaccatgcattacatgaggagtgcaacttgtctttcatgcaccatggacatgt 408  Q
    || ||||| ||||||||||| ||||  ||||| ||| ||| |||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  8140416 tcttgcattttgcaacatgttaatgtgtgcaatcatgcacattgccaccttgcattacatgagtaatgcaacttgtcttgcatgcaccatggacatgt 8140513  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 23 - 100
Target Start/End: Original strand, 8138615 - 8138692
Alignment:
Q  23 ttacaagacttctctctaaatataaggagagacaaattaccctctctcttgaaataggacaatactaacactaggaga 100  Q
    ||||||||| || ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||    
T  8138615 ttacaagacctccctctaaatacaaggagagacaaattactctctctcttgaagtaggagaatactatcactaggaga 8138692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 202 - 339
Target Start/End: Original strand, 5102922 - 5103059
Alignment:
Q  202 gtgcaaatgaacttgctatttataggagaggtaagccttaattccttacatgcaacaagccacttgtcttccatgc-aaactccaagaagtgcaacttgt 300  Q
    ||||||||||| |   |||||||||||  ||||| || |  || ||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||| | ||| ||| |||    
T  5102922 gtgcaaatgaaatgattatttataggatgggtaaaccattgtttcttgcatgcaacaagccacttgtctttcatgcaaaacaccaa-atgtgtaacatgt 5103020  T
Q  301 cacttgcatctcatgcatcttgcaacatgtcaatgcatg 339  Q
    ||||||  ||||||||||||| |||| ||||||| ||||    
T  5103021 cacttgtttctcatgcatcttccaacttgtcaatacatg 5103059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 98 - 176
Target Start/End: Original strand, 5102833 - 5102907
Alignment:
Q  98 agaaactatatttcctctctatatttttcctctcaccctcaacaagctctaattcttgttgttgtgttactacttgatg 176  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||    ||||| ||| | |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5102833 agaaactatatttcctctttatatttt----ctcactctctagagactctaattattgttgttgtgttactacttgatg 5102907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0074 (Bit Score: 279; Significance: 1e-156; HSPs: 2)
Name: scaffold0074
Description:

Target: scaffold0074; HSP #1
Raw Score: 279; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 23 - 408
Target Start/End: Original strand, 27383 - 27774
Alignment:
Q  23 ttacaagacttctctctaaatataaggagagacaaattaccctctctcttgaaataggacaatactaacactaggagaaac--------------tatat 108  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||              |||||    
T  27383 ttacaatacttctctctaaatacaaggagagacaaattaccatctctcttgaaataggtgaatactaacactaggagaaacctcacaggagaaactatat 27482  T
Q  109 ttcctctctatatttttcctctcaccctcaacaagctctaattcttgttgttgtgttactacttgatgtgatgagatgagatgtgatgggattgtgcaaa 208  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||       ||||||||||    
T  27483 ttcctctctatatttttcctctcactctcaacaagctctaattcttgttgttgtgttactatttgatgtgatgagatgagatg-------attgtgcaaa 27575  T
Q  209 tgaacttgctatttataggagaggtaagccttaattccttacatgcaacaagccacttgtcttccatgcaaactccaagaagtgcaacttgtcacttgca 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  27576 tgaacttgctatttataggagaggtaagccttagttccttacatgcaacaagccacttgtcttccatgcaaactccaaga-gtgcaacttgtcacttgca 27674  T
Q  309 tctcatgcatcttgcaacatgtcaatgcatgcaaccatccactttgccaccatgcattacatgaggagtgcaacttgtctttcatgcaccatggacatgt 408  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27675 tctcatgcatcttgcaacatgtcaatgcatgcaagcatccactttgccaccatgcattacatgagaagtgcaacttgtctttcatgcaccatggacatgt 27774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0074; HSP #2
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 243 - 408
Target Start/End: Original strand, 29400 - 29564
Alignment:
Q  243 ttccttacatgcaacaagccacttgtcttccatgcaaactccaagaagtgcaacttgtcacttgcatctcatgcatcttgcaacatgtcaatgcatgcaa 342  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||    
T  29400 ttccttacatgcaacaagccacttgtcttccatgcaaactccaaga-gtgcaacttgtcacttgcatctcatgcatcttgaaacatgtaaatgaatgcaa 29498  T
Q  343 ccatccactttgccaccatgcattacatgaggagtgcaacttgtctttcatgcaccatggacatgt 408  Q
     ||| ||| ||||||||||||||||||| || | ||||||||||||| |||||||||| |||||||    
T  29499 acatacacattgccaccatgcattacataagaaatgcaacttgtcttacatgcaccatagacatgt 29564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 263; Significance: 1e-146; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 23 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 18968037 - 18967646
Alignment:
Q  23 ttacaagacttctctctaaatataaggagagacaaattaccctctctcttgaaataggacaatactaacactaggagaaac--------------tatat 108  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||              |||||    
T  18968037 ttacaagacttctctctaaatacaaggagagacaaattagcctctctcatgaaataggagaatactaacactaggagaaacctcacaagagaaactatat 18967938  T
Q  109 ttcctctctatatttttcctctcaccctcaacaagctctaattcttgttgttgtgttactacttgatgtgatgagatgagatgtgatgggattgtgcaaa 208  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||  ||    
T  18967937 ttcctctttatatttttcctctcactctcaacaagctctaattcttgttgttgtgttactacttgatgtgatgagatgagatg-------attgtgttaa 18967845  T
Q  209 tgaacttgctatttataggagaggtaagccttaattccttacatgcaacaagccacttgtcttccatgcaaactccaagaagtgcaacttgtcacttgca 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||| ||||||||||| |||||||    
T  18967844 tgaacttgctatttataggagaggtaagccttagttccttacatgcaacaagccatttgtcttccatgcaaactttaaga-gtgcaacttgttacttgca 18967746  T
Q  309 tctcatgcatcttgcaacatgtcaatgcatgcaaccatccactttgccaccatgcattacatgaggagtgcaacttgtctttcatgcaccatggacatgt 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18967745 tctcatgcatcttgcaacatgtcaatgcatgcaaccatccactttgccaccatgcattacatgagaagtgcaacttgtctttcatgcaccatggacatgt 18967646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 94 - 176
Target Start/End: Original strand, 6174291 - 6174372
Alignment:
Q  94 taggagaaactatatttcctctctatatttttcctctcaccctcaacaagctctaattcttgttgttgtgttactacttgatg 176  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||  ||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  6174291 taggagaaactatatttcctttctatatttttc-tctcactatccgcaagctctaattcttgttgttgcgttactacttgatg 6174372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 102 - 182
Target Start/End: Original strand, 23012750 - 23012831
Alignment:
Q  102 actatatttcctctctatatttttc-ctctcaccctcaacaagctctaattcttgttgttgtgttactacttgatgtgatga 182  Q
    |||||||||||| |||||||||||  |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  23012750 actatatttcctttctatatttttttctctaactctcaacaagctctaattcttgttgttgtgttacaacttgatgggatga 23012831  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 312 - 405
Target Start/End: Original strand, 23014990 - 23015083
Alignment:
Q  312 catgcatcttgcaacatgtcaatgcatgcaaccatccactttgccaccatgcattacatgaggagtgcaacttgtctttcatgcaccatggaca 405  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||  | | ||||  ||||| |||| || | || |||||||||| |||||||||||||||    
T  23014990 catgcatcttgcaacttgtcaatgcatgcaactatcctatataccactttgcataacattagaaatgtaacttgtcttacatgcaccatggaca 23015083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 95 - 182
Target Start/End: Original strand, 6178124 - 6178210
Alignment:
Q  95 aggagaaactatatttcctctctatatttttcctctcaccctcaacaagctctaattcttgttgttgtgttactacttgatgtgatga 182  Q
    |||||||||| ||||||||  || ||||||||  ||||| ||| | || |||||||||||||||||||||||||| || ||| |||||    
T  6178124 aggagaaactctatttccttcctgtatttttcg-ctcactctccataaactctaattcttgttgttgtgttactattttatgggatga 6178210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 202 - 257
Target Start/End: Original strand, 23012840 - 23012895
Alignment:
Q  202 gtgcaaatgaacttgctatttataggagaggtaagccttaattccttacatgcaac 257  Q
    |||||||||| |||| |||||||| ||||||||| || || |||||||||||||||    
T  23012840 gtgcaaatgatcttggtatttataagagaggtaatccatatttccttacatgcaac 23012895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 95 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 1234766 - 1234728
Alignment:
Q  95 aggagaaactatatttcctctctatatttttcctctcac 133  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  1234766 aggagaaactatttttcctctctatattttttctctcac 1234728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 95 - 133
Target Start/End: Original strand, 26976383 - 26976421
Alignment:
Q  95 aggagaaactatatttcctctctatatttttcctctcac 133  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  26976383 aggagaaactatttttcctctctatattttttctctcac 26976421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 123; Significance: 5e-63; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 23 - 408
Target Start/End: Original strand, 30397066 - 30397453
Alignment:
Q  23 ttacaagacttctctctaaatataaggagagacaaattaccctctctcttgaaataggacaatactaacactagga--------------gaaactatat 108  Q
    ||||||||| ||| |||| ||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||| |||||||||||              ||||||||||    
T  30397066 ttacaagacctctttctatatacaaggagagacaaattaccctctatgttgaaataggagaatattaacactaggagaaatctcacaggagaaactatat 30397165  T
Q  109 ttcctctctatatttttcctctcaccctcaacaagctctaattcttgttgttgtgttactacttgatgtgatgagatgagatgtgatgggattgtgcaaa 208  Q
    |||||||||||||| |||||||||| | ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||  ||| |       ||  ||  ||||||||||    
T  30397166 ttcctctctatattgttcctctcactcacaacaagctttaattcttgttgttctgttactacttgatggaatggg-------gtagtgaaattgtgcaaa 30397258  T
Q  209 tgaacttgctatttataggagaggtaagccttaattccttacatgcaacaagccacttgtcttccatgcaaactccaagaagtgcaacttgtcacttgca 308  Q
    ||| || |||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||     ||   ||||||| |||||||| ||    
T  30397259 tgagctggctatttataagagaggtaagccatagttccttacatgcaacaaactacttgtcttccatgtaa-----aatttgtgcaacatgtcacttaca 30397353  T
Q  309 tctcatgcatcttgcaacatgtcaatgcatgcaaccatccactttgccaccatgcattacatgaggagtgcaacttgtctttcatgcaccatggacatgt 408  Q
    |||||||||||||||||| |||||||  ||| |||||| || |||||||| |||||||||||| | | |||||||| |||| ||||||||||| ||||||    
T  30397354 tctcatgcatcttgcaacttgtcaatatatgtaaccattcattttgccactatgcattacatgcgaaatgcaacttatcttacatgcaccatgaacatgt 30397453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 203 - 408
Target Start/End: Complemental strand, 42117635 - 42117436
Alignment:
Q  203 tgcaaatgaacttgctatttataggagaggtaagccttaattccttacatgcaacaagccacttgtcttccatgc-aaactccaagaagtgcaacttgtc 301  Q
    ||||||| ||||||||||||||| | |||||||||| |  || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||  ||||||| ||||    
T  42117635 tgcaaataaacttgctatttatatgtgaggtaagccattgtttcttacatgcaacaagccacttgtcttccatgcaaaacaccaag-tgtgcaacatgtc 42117537  T
Q  302 acttgcatctcatgcatcttgcaacatgtcaatgcatgcaaccatccactttgccaccatgcattaca-tgaggagtgcaacttgtctttcatgcaccat 400  Q
    |||||||||| |       |||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||| | ||||| ||||||| | ||||||||    
T  42117536 acttgcatctaa-------tgcaacttatcaatgcatgcaactatccactttgccaccttgcattacattgagaaatgcaatttgtcttacctgcaccat 42117444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 34 - 111
Target Start/End: Complemental strand, 42117774 - 42117698
Alignment:
Q  34 ctctctaaatataaggagagacaaattaccctctctcttgaaataggacaatactaacactaggagaaactatatttc 111  Q
    |||||||||||| || | ||||||||||| |||||| | |||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||    
T  42117774 ctctctaaatatgagaaaagacaaattactctctctatggaaataggagtatactaac-ctaggagaaactatatttc 42117698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 95 - 133
Target Start/End: Original strand, 5198907 - 5198945
Alignment:
Q  95 aggagaaactatatttcctctctatatttttcctctcac 133  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  5198907 aggagaaactatttttcctctctatattttttctctcac 5198945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 123 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 42117701 - 42117652
Alignment:
Q  123 tttcctctcaccctcaacaagctctaattcttgttgttgtgttactacttgat 175  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||    
T  42117701 tttcatctcactctcaacaagctctaattcttg---ttgtgttactacttgat 42117652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000004; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 95 - 133
Target Start/End: Original strand, 9439624 - 9439662
Alignment:
Q  95 aggagaaactatatttcctctctatatttttcctctcac 133  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  9439624 aggagaaactatttttcctctctatattttttctctcac 9439662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 95 - 133
Target Start/End: Original strand, 9444344 - 9444382
Alignment:
Q  95 aggagaaactatatttcctctctatatttttcctctcac 133  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  9444344 aggagaaactatttttcctctctatattttttctctcac 9444382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000004; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 95 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 41718475 - 41718437
Alignment:
Q  95 aggagaaactatatttcctctctatatttttcctctcac 133  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  41718475 aggagaaactatttttcctctctatattttttctctcac 41718437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 95 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 41723201 - 41723163
Alignment:
Q  95 aggagaaactatatttcctctctatatttttcctctcac 133  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  41723201 aggagaaactatttttcctctctatattttttctctcac 41723163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University