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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF20158_low_1 (Length: 651)
Name: NF20158_low_1
Description: NF20158
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF20158_low_1 |
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Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 369; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 369; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 428
Target Start/End: Original strand, 31240712 - 31241125
Alignment:
| Q |
16 |
caaaaggaaatccatttgcatttggtaaccactcaccgctaaccatttgtgcattattgcttggtacatagctagcaatattttctatagatggatcacc |
115 |
Q |
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| T |
31240712 |
caaaaggaaatccatttgcatttggtaaccactcaccactaaccatttgtgcattattgcttggtacatagctagcaatattttctatagatggatcacc |
31240811 |
T |
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| Q |
116 |
ataatattgattctgatgatatgttgttgctactgttgctggatgattgtttggatattgctccacaatttgatcacctataattaagttcatattaaca |
215 |
Q |
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|
|
| T |
31240812 |
ataatattgattctgatgatatgttgttgctactgttgctggatgattgtttggatattgctccacaatttgatcacctataattaagttcatattaaca |
31240911 |
T |
|
| Q |
216 |
ttaatttcattgtagaataaaatgtaattaattatttgtcaaattcataatttaaagtttttaagatacttgataaaatggaactatatatacaagctag |
315 |
Q |
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| T |
31240912 |
ttaatttcattgtagaataaaatgtaattaattatttgtcaaattcataatttaaagtttttaagatacttgataaaatggaactatatatacaagctag |
31241011 |
T |
|
| Q |
316 |
ttgatannnnnnnagaataatatctaatagttttgtatgagatttgtattcattcaccactcttaacatgaatttgttttttgcacag-gttgaattaga |
414 |
Q |
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| T |
31241012 |
ttgatatttttttagaataatatctaatagttttgtatgagatttgtattcattcaccactcttaacatgaatttgttttttgcacagatttgtatgaga |
31241111 |
T |
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| Q |
415 |
tttggattcgctgc |
428 |
Q |
| |
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| T |
31241112 |
tttggattcgctgc |
31241125 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 338; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 505
Target Start/End: Original strand, 31231507 - 31231997
Alignment:
| Q |
16 |
caaaaggaaatccatttgcatttggtaaccactcaccgctaaccatttgtgcattattgcttggtacatagctagcaatattttctatagatggatcacc |
115 |
Q |
| |
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| T |
31231507 |
caaaaggaaatccatttgcatttggtaaccactcaccactaaccatttgtgcattattgcttggtacatagctagcaatattttctatagatggatcacc |
31231606 |
T |
|
| Q |
116 |
ataatattgattctgatgatatgttgttgctactgttgctggatgattgtttggatattgctccacaatttgatcacctataattaagttcatattaaca |
215 |
Q |
| |
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| T |
31231607 |
ataatattgattctgatgatatgttggagctattgttgcttgatgattgtttggatattgctccacagtttgatcacctataattaagttcacattaaca |
31231706 |
T |
|
| Q |
216 |
ttaatttcattgtagaataaaatgtaattaattatttgtcaaattcataatttaaagtttttaagatacttgataaaatggaactatatatacaagctag |
315 |
Q |
| |
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| T |
31231707 |
ttaattttattttagattaaaatgtaattaactatatttcaaattcataatttaaagtttttgagatacttaataaaatggaacaatatatacattctag |
31231806 |
T |
|
| Q |
316 |
ttgatannnnnnnagaataatatctaatagttttgtatgagatttgtattcattcaccactcttaacatgaatttgttttttgcacag-gttgaattaga |
414 |
Q |
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| T |
31231807 |
ttgatatttttttagattaatatctactagttttgtatgagatttgtattcattcaccactcttaacatgaatttgttttttgcacagatttgtatgaga |
31231906 |
T |
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| Q |
415 |
tttggattcgctgcgatcgacaaattcacacattcaacatattggtcacatcggttaagattaaattgagatcagatgatcgattaaaatt |
505 |
Q |
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| T |
31231907 |
tttggattcgctgcaatcgataaattcacacattcaacatactggtcataacggttaaggttgaattgagatcagacgatcgattaaaatt |
31231997 |
T |
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