View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20160_low_23 (Length: 253)

Name: NF20160_low_23
Description: NF20160
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20160_low_23
NF20160_low_23
[»] chr7 (15 HSPs)
chr7 (10-253)||(4652280-4652523)
chr7 (21-253)||(4665695-4665927)
chr7 (21-253)||(4629669-4629901)
chr7 (18-238)||(4671415-4671635)
chr7 (18-247)||(4660567-4660796)
chr7 (18-226)||(4635644-4635852)
chr7 (18-226)||(4642491-4642699)
chr7 (18-155)||(4784956-4785093)
chr7 (18-155)||(4817385-4817522)
chr7 (108-246)||(4676792-4676930)
chr7 (57-143)||(4713226-4713312)
chr7 (18-73)||(4676945-4677000)
chr7 (48-131)||(4862771-4862854)
chr7 (72-194)||(4698365-4698487)
chr7 (57-126)||(4854596-4854665)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (18-239)||(18926860-18927081)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 236; Significance: 1e-130; HSPs: 15)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 10 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 4652523 - 4652280
Alignment:
Q  10 gtagcatagggtatttggatccagaatattatatgctccaaaggctaactctaaaatctgatgtgtactcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtg 109  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4652523 gtagcctagggtatttggatccagaatattatatgctccaaaggctaactctaaaatctgatgtgtactcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtg 4652424  T
Q  110 tgctagaccacctttggttcgtgatttggataagaatacagcaagtctagtttgtttgtttaaaaaatgctacgatgaaggtgtggcaattgaacaaata 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4652423 tgctagaccacctttggttcgtgatttggataagaatacagcaagtctagtttgttggtttaaaaaatgctacgatgaaggtgtggcaattgaacaaata 4652324  T
Q  210 gtggatccattcctaaggggttctatcacagaggagtgcttgaa 253  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4652323 gtggatccattcctaaggggttctatcacagaggagtgcttgaa 4652280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 21 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 4665927 - 4665695
Alignment:
Q  21 tatttggatccagaatattatatgctccaaaggctaactctaaaatctgatgtgtactcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccac 120  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4665927 tatttggatcccgaatattatatgctccaaaggctaactctaaaatctgatgtgtactcgttcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccac 4665828  T
Q  121 ctttggttcgtgatttggataagaatacagcaagtctagtttgtttgtttaaaaaatgctacgatgaaggtgtggcaattgaacaaatagtggatccatt 220  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  4665827 ctttggttcgtgatttggataagaatactgctagtctagtttgttggtttaaaaaatgttacgatgaaggtgtggcaattgaacaaatagttgatccatt 4665728  T
Q  221 cctaaggggttctatcacagaggagtgcttgaa 253  Q
    | |||||| |||||||||||| |||| ||||||    
T  4665727 cgtaagggattctatcacagatgagtacttgaa 4665695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 165; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 21 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 4629901 - 4629669
Alignment:
Q  21 tatttggatccagaatattatatgctccaaaggctaactctaaaatctgatgtgtactcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccac 120  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4629901 tatttggatcccgaatactatatgctccaaaggctaactctaaaatctgacgtgtactcgtttggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccac 4629802  T
Q  121 ctttggttcgtgatttggataagaatacagcaagtctagtttgtttgtttaaaaaatgctacgatgaaggtgtggcaattgaacaaatagtggatccatt 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||| |  ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  4629801 ctttggttcgtgatttggataagaatacagctagtctagtttgttggtttcaaaaatgccataatgaaggtgtggcgattgaacaaatagtcgatccatt 4629702  T
Q  221 cctaaggggttctatcacagaggagtgcttgaa 253  Q
    | |||||| |||||||||||  |||||||||||    
T  4629701 cttaagggattctatcacagttgagtgcttgaa 4629669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 153; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 18 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 4671635 - 4671415
Alignment:
Q  18 gggtatttggatccagaatattatatgctccaaaggctaactctaaaatctgatgtgtactcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagac 117  Q
    |||||||| ||||| || || |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |    
T  4671635 gggtatttagatcctgagtactatatgttccaaaggctaactctaaaatcagatgtgtactcattcggtgtggtacttcttgaagtgttgtgtgctaggc 4671536  T
Q  118 cacctttggttcgtgatttggataagaatacagcaagtctagtttgtttgtttaaaaaatgctacgatgaaggtgtggcaattgaacaaatagtggatcc 217  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |    
T  4671535 cacctttggttcgcgatttggataagaatacagctagtctagtttgttggtttaaaagatgctacgatgaaggtgtggcgattgaacaaatactggattc 4671436  T
Q  218 attcctaaggggttctatcac 238  Q
    ||||||||||| |||||||||    
T  4671435 attcctaagggattctatcac 4671415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 18 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 4660796 - 4660567
Alignment:
Q  18 gggtatttggatccagaatattatatgctccaaaggctaactctaaaatctgatgtgtactcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagac 117  Q
    ||||||||||||||  |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  4660796 gggtatttggatccccaatactatatgctccaaaggttaactctaaaatctgaagtgtactcgttcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctaggc 4660697  T
Q  118 cacctttggttcgtgatttggataagaatacagcaagtctagtttgtttgtttaaaaaatgctacgatgaaggtgtggcaattgaacaaatagtggatcc 217  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4660696 caccattggttcgcgatttggataagaatacaactagtctagtttgttggtttaaaagatgctatgatgaaggtgtggcgattgaacaaatagtggatcc 4660597  T
Q  218 attcctaaggggttctatcacagaggagtg 247  Q
    || |||||  | ||||||||| || |||||    
T  4660596 atccctaaaagattctatcacggatgagtg 4660567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 18 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 4635852 - 4635644
Alignment:
Q  18 gggtatttggatccagaatattatatgctccaaaggctaactctaaaatctgatgtgtactcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagac 117  Q
    |||||||| ||||| || || |||||| |||||||||| ||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  4635852 gggtatttagatcctgagtactatatgttccaaaggcttactcttaaatcagacgtgtactcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctaggc 4635753  T
Q  118 cacctttggttcgtgatttggataagaatacagcaagtctagtttgtttgtttaaaaaatgctacgatgaaggtgtggcaattgaacaaatagtggatcc 217  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  4635752 cacctttggttcgcgatttggataagaatacagctagtctagtttgttggttcaaaagatgctacgaagaaggtgtggcgattgaacaaatggtggatcc 4635653  T
Q  218 attcctaag 226  Q
    |||||||||    
T  4635652 attcctaag 4635644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 18 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 4642699 - 4642491
Alignment:
Q  18 gggtatttggatccagaatattatatgctccaaaggctaactctaaaatctgatgtgtactcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagac 117  Q
    |||||||| ||||| || || |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |    
T  4642699 gggtatttagatcctgagtactatatgttccaaaggctaactctaaaatcagatgtgtactcgttcggtgtggtacttcttgaagtgttgtgtgctaggc 4642600  T
Q  118 cacctttggttcgtgatttggataagaatacagcaagtctagtttgtttgtttaaaaaatgctacgatgaaggtgtggcaattgaacaaatagtggatcc 217  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||| ||| |||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4642599 cacctttggttcgtaatttggataagaatactgctagtctagtttgttggttcaaaagatgctacgaagaaggtgtggcgattgaacaaatagtggatcc 4642500  T
Q  218 attcctaag 226  Q
    |||||||||    
T  4642499 attcctaag 4642491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 18 - 155
Target Start/End: Original strand, 4784956 - 4785093
Alignment:
Q  18 gggtatttggatccagaatattatatgctccaaaggctaactctaaaatctgatgtgtactcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagac 117  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||  |||||| | |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  4784956 gggtatttggatccagaatactacatgcgacaaaggttgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagac 4785055  T
Q  118 cacctttggttcgtgatttggataagaatacagcaagt 155  Q
    | || |||||||||  |||||||||||| | |||||||    
T  4785056 ccccgttggttcgttctttggataagaaaaaagcaagt 4785093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 18 - 155
Target Start/End: Original strand, 4817385 - 4817522
Alignment:
Q  18 gggtatttggatccagaatattatatgctccaaaggctaactctaaaatctgatgtgtactcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagac 117  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||  |||||  | |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  4817385 gggtatttggatccagaatactacatgcgacaaagattgactctaaagtctgatgtgtactctttcggtgttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagac 4817484  T
Q  118 cacctttggttcgtgatttggataagaatacagcaagt 155  Q
    | || ||||||||   |||||||||||| | |||||||    
T  4817485 ccccgttggttcggtctttggataagaaaaaagcaagt 4817522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 108 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 4676930 - 4676792
Alignment:
Q  108 tgtgctagaccacctttggttcgtgatttggataagaatacagcaagtctagtttgtttgtttaaaaaatgctacgatgaaggtgtggcaattgaacaaa 207  Q
    |||||||| || ||||||||||| ||||| || ||||| ||  | ||| ||||||||| |||| ||| ||| || | ||||  |||||||||| ||||||    
T  4676930 tgtgctaggccgcctttggttcgcgatttagacaagaagacgactagtttagtttgttggtttcaaagatgttagggtgaatatgtggcaattaaacaaa 4676831  T
Q  208 tagtggatccattcctaaggggttctatcacagaggagt 246  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||    
T  4676830 tagtggatccattcctaaggaattctatcatagaggagt 4676792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 57 - 143
Target Start/End: Original strand, 4713226 - 4713312
Alignment:
Q  57 actctaaaatctgatgtgtactcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacctttggttcgtgatttggataag 143  Q
    ||||| || ||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |  ||||||||||    
T  4713226 actcttaagtctgacgtgtactcattcggagttgtgcttcttgaggtgttgtgtgcgagaccacctttggatcattctttggataag 4713312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 18 - 73
Target Start/End: Complemental strand, 4677000 - 4676945
Alignment:
Q  18 gggtatttggatccagaatattatatgctccaaaggctaactctaaaatctgatgt 73  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  4677000 gggtatttggatcctgaatattacatgctccaaaggctaactctaaaatcggatgt 4676945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 48 - 131
Target Start/End: Complemental strand, 4862854 - 4862771
Alignment:
Q  48 caaaggctaactctaaaatctgatgtgtactcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacctttggttcgt 131  Q
    |||||| | ||||||||||| || ||||| || |||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  4862854 caaaggttgactctaaaatccgacgtgtattctttcggtgttgtccttcttgaggtgttgtgtgcgagaccaccattggttcgt 4862771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 72 - 194
Target Start/End: Original strand, 4698365 - 4698487
Alignment:
Q  72 gtgtactcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacctttggttcgtgatttggataagaatacagcaagtctagtttgtttgttta 171  Q
    |||||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||  |||||| ||||| | ||| ||| |||| | || |||      
T  4698365 gtgtactcttttggtgttgtgcttcttgaggtattgtgtgcgagaccacctttggttcgttctttggaaaagaaaaaagcgagtttagtcttttggttcc 4698464  T
Q  172 aaaaatgctacgatgaaggtgtg 194  Q
    ||| ||| ||| |||||||||||    
T  4698465 aaagatgttacaatgaaggtgtg 4698487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 57 - 126
Target Start/End: Original strand, 4854596 - 4854665
Alignment:
Q  57 actctaaaatctgatgtgtactcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagaccacctttgg 126  Q
    |||||||| |||||||||||||| |||||||  || ||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  4854596 actctaaagtctgatgtgtactctttcggtgatgtacttcttgagatgttgtgtgcgagaccacctttgg 4854665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 114; Significance: 6e-58; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 18 - 239
Target Start/End: Original strand, 18926860 - 18927081
Alignment:
Q  18 gggtatttggatccagaatattatatgctccaaaggctaactctaaaatctgatgtgtactcattcggtgtggtgcttcttgaggtgttgtgtgctagac 117  Q
    |||||||| ||||| || || ||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |    
T  18926860 gggtatttagatcctgagtactatatgctccaaaggcttaccctaaaatctgacgtgtactcattcggtgtggtgcttcttgaggtattgtgtgcaaggc 18926959  T
Q  118 cacctttggttcgtgatttggataagaatacagcaagtctagtttgtttgtttaaaaaatgctacgatgaaggtgtggcaattgaacaaatagtggatcc 217  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||||| || || ||||||||||||| |||| ||| ||| ||||||||||||||  ||||| |||| || || |||||    
T  18926960 cacctttggttcgcgatttagataagaagacggctagtctagtttgttggtttcaaagatgttacgatgaaggtgttccaattaaacagatcgtagatcc 18927059  T
Q  218 attcctaaggggttctatcaca 239  Q
    |||||| |||| ||||||||||    
T  18927060 attcctgagggattctatcaca 18927081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University