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Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20165_low_1 (Length: 854)

Name: NF20165_low_1
Description: NF20165
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20165_low_1
NF20165_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (34-846)||(52997882-52998701)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 639; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 639; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 34 - 846
Target Start/End: Original strand, 52997882 - 52998701
Alignment:
Q  34 gatggaccaccttagattttctcaagataaaatttaatcaaacttacttatatgnnnnnnnnnnnnnnaattatattcatcttttgggcagtttcaaggt 133  Q
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T  52997882 gatggaccaccttagattttctcaagataaaatttaatgaaacttacttatatgtttttttcctttttaattatattcatcttttgggctgtttcaaggt 52997981  T
Q  134 gaaatgcgcctcaaatacaagtaaagataaaagtttagtannnnnnnncttt------ctttctgacaagagataaaagtttaatatttctactcatata 227  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52997982 gaaatgcgcctcaaatacaagtaaagataaaagtttagtattttttttttttttttttctttctgacaagagataaaagtttaatatttctactcatata 52998081  T
Q  228 aatttttcttatcggatccgtctgcattacaatcaaacggatctttaacttttaggagaaaactattgtcatattgaagtatatacaatgtacaggaagc 327  Q
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T  52998082 aatttttcttatcggatccgtctacattacaatcaaacggatctttaacttttaggagaaaactattgtcatattgaagtatatacaatgtacaggaagc 52998181  T
Q  328 ttttatatacagctatatttaatc-ttttgctaactaacataagagaatacagttggaatgaactaatctgcaacgaactaatcagaagttaaactaact 426  Q
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T  52998182 ttttatgtacagctatatttaatctttttactagctaacataagagaatacagttggaatgaactaacctgcaacgaactaatcagaagttaaactaact 52998281  T
Q  427 tataacaaatttataatactaaaatttacacacacaacaaaattaattaatattgggggcggaatatatgcacatgcagtactactcctcatatatatcc 526  Q
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T  52998282 tataacaaatttataatactaaaatttacacacacaacaaaattaattaatattgggtgcggaatatatgcacatgcagtactactcctc------atcc 52998375  T
Q  527 cacatttagaatgcatattataagagataagggattggctgcatacaatgtggtcctcgttctatctacaatatat------tatatagagatatagcag 620  Q
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T  52998376 cacatttagaatgcatattataagagataagggattggctgcatacaatgtggtcctcgttctatctgcaatatattatatatatatagagatatagcag 52998475  T
Q  621 aatgatagtcatattcagatataaattttggtcgataaaatattaattggtagagaatcatattgatatggaggattggtatttctatctgcagaattaa 720  Q
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T  52998476 aatgatagtcatattcagatataaattttggtcgataaaatattaattggtagagaatcatattgatatggaggattggtatttctatctgcagaattaa 52998575  T
Q  721 ctactagctagttagacatttttgtttttcattcaattcccatgttctaaggtcaatattaatcccaaatatatacaatctcatcatgtagctaatgcaa 820  Q
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T  52998576 ctactagctagttagacatttttgtttttcattcaattcccatgttctaaggtcaatattaatcccaaatatatacaatctcatcatgtacctaatgcaa 52998675  T
Q  821 ccgcgtcttgttctttgttcttctct 846  Q
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T  52998676 ccgcgtcttgttctttgttcttctct 52998701  T

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