View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20170_low_1 (Length: 692)

Name: NF20170_low_1
Description: NF20170
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20170_low_1
NF20170_low_1
[»] chr2 (30 HSPs)
chr2 (1-678)||(39138521-39139198)
chr2 (1-434)||(39152934-39153368)
chr2 (1-518)||(39472569-39473077)
chr2 (8-394)||(39396563-39396952)
chr2 (26-379)||(39380420-39380776)
chr2 (6-417)||(39216537-39216949)
chr2 (1-381)||(44895031-44895414)
chr2 (7-391)||(39421100-39421484)
chr2 (6-307)||(44624659-44624966)
chr2 (2-377)||(39196438-39196816)
chr2 (2-395)||(39370993-39371389)
chr2 (1-395)||(39604191-39604588)
chr2 (2-338)||(39205709-39206048)
chr2 (176-403)||(39412933-39413161)
chr2 (182-394)||(39478206-39478420)
chr2 (8-215)||(39493532-39493739)
chr2 (1-308)||(44615281-44615594)
chr2 (1-347)||(39099462-39099811)
chr2 (2-408)||(39223590-39223994)
chr2 (11-302)||(39188757-39189051)
chr2 (125-397)||(39387402-39387677)
chr2 (18-215)||(2362574-2362768)
chr2 (6-209)||(39144476-39144679)
chr2 (560-678)||(39452466-39452584)
chr2 (1-381)||(39425457-39425840)
chr2 (532-603)||(39153398-39153469)
chr2 (588-674)||(39472414-39472500)
chr2 (554-605)||(39472515-39472566)
chr2 (122-215)||(39126482-39126575)
chr2 (415-507)||(44749487-44749579)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (15-678)||(19808795-19809454)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (8-381)||(16114249-16114625)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (1-381)||(17060521-17060904)
chr5 (6-407)||(33562169-33562571)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (117-340)||(45342956-45343182)
chr8 (168-307)||(44730157-44730299)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (122-338)||(51575981-51576200)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 642; Significance: 0; HSPs: 30)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 642; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 678
Target Start/End: Original strand, 39138521 - 39139198
Alignment:
Q  1 ctagttaatctgcaagaatcatcagatccagcaaaagttgttttggatataatacagaagccaattattccacggtgtaagaacggagaacatgctgtca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  39138521 ctagttaatctgcaagaatcatcagatccagcaaaagttgttttggatataatacagaagccaattattccacggtgtaagaatggagaacatgctgtga 39138620  T
Q  101 ttattgatgatggctgcatctttctgctagaacaactgattagaatctcaccgaagattaaacatgatgtaagagaagaagcattgaagctagcacttaa 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39138621 ttattgatgatggctgcatctttctgctagaacaactgatgagaatctcaccgaagattaaacctgatgtaagagaagaagcattgaagctagcacttaa 39138720  T
Q  201 tctgaaagctaacatgaaaaatactgaaaattctctggtggttctcggttttctactgattttgtcagtttatgaattgcttacttatttcgatgaagat 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  39138721 tctgaaagctaacatgaaaaatactgaaaattctctggtggttctcggttttctactgattttgtcagtttatgaattgcttacttattttgatgaagat 39138820  T
Q  301 gaagtcttggagtttttcacatttgttgctcagcacaagacagctgtggaactgtttcagaccctgggttttgcaaataaactttcaggtatgttttaat 400  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39138821 gaagtcttggagcttttcacatttgttgctcagcacaagacagctgtggaactgtttaagaccctgggttttgcaaataaactttcaggtatgttttaat 39138920  T
Q  401 ttagatatggtttggtcagtcaccggtatctctccttttgtctcaatgttttggtattttacattatatgtttatcaaatccatattgcatttttggatc 500  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39138921 ttagacatggtttggtcagtcaccggtatctctccttttgtctcaatgttttggtattttacattatatgtttatcaaatccatattgcatttttggatc 39139020  T
Q  501 ttatcatttattgtgtgttgttttgcctttttattcttgttgaaaatcagtgtaaactgtgaacttatagaaattgatagaatgttgattacatgtgtaa 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39139021 ttatcatttattgtgtgttgttttgcctttttattcttgttgaaaatcagtgtaaactgtgaacttaaagaaattgatagaatgttgattacatgtgtaa 39139120  T
Q  601 ctcttatgaggtttgttatggatcttctcttgaatccatattgttagtgttatctcttgatgcttgagaaaaaattat 678  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39139121 ctcttatgaggtttgttatggatcttctcttgaatccatattgttagtgttatctcttgatgcttgagaaaaaattat 39139198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 236; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 1 - 434
Target Start/End: Original strand, 39152934 - 39153368
Alignment:
Q  1 ctagttaatctgcaagaatcatcagatccagcaaaagttgttttggatataatacagaagccaattattccacggtgtaagaacggagaacatgctgtca 100  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |    
T  39152934 ctagataacctgcaagaatcatcagatccagcaaaaattgtgttggatataatacagaacccaattattccacggtataagaacggagaccatgctgtga 39153033  T
Q  101 ttattgatgatggctgcatctttctgctagaacaactgattagaatctcaccgaagattaaacatgatgtaagagaagaagcattgaagctagcacttaa 200  Q
    |||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||| || |||| | |    
T  39153034 ttatagatggtagctgcatctttctgctagaacaactgatgagaatctcaccgaagattaaaccttgtgtaagagaagaagcattgaaactcgcacatga 39153133  T
Q  201 tctgaaagctaacatga---aaaatactgaaaattctctggtggttctcggttttctactgattttgtcagtttatgaattgcttacttatttcgatgaa 297  Q
    | |||||||||| || |   ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||  |||||| |||| |||||| ||||||| ||    
T  39153134 tttgaaagctaaaataaaagaaaatactgaaaattctttggtggttcttggttttctactggttttgtcgatttatggattggttacttctttcgataaa 39153233  T
Q  298 gatgaagtcttggagtttttcacatttgttgctcagcacaagacagctgtggaactgtttcagaccctgggttttgcaaataaactttcaggtatgtttt 397  Q
    ||||||||||||||| ||||  ||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||  ||    
T  39153234 gatgaagtcttggagctttttgcatttgttgctcaacacaagactgctgtggaactatttcggaccctgggttttgcaaataaagtttctggtatg--tt 39153331  T
Q  398 aatttagatatggtttggtcagtcaccggtatctctc 434  Q
    |||||||| ||| |||||||||||| |||| ||||||    
T  39153332 aatttagacatgctttggtcagtcatcggtctctctc 39153368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 225; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 1 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 39473077 - 39472569
Alignment:
Q  1 ctagttaatctgcaagaatcatcagatccagcaaaagttgttttggatataatacagaagccaattattccacggtgtaagaacggagaacatgctgtca 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |    
T  39473077 ctagttgatctgcaagaatcatcagatccagcaaaatttgttctggatataatactgaacccgattattccacggtgtaagaagggagaccatgctgtga 39472978  T
Q  101 ttattgatgatggctgcatctttctgctagaacaactgattagaatctcaccg------aagattaaacatgatgtaagagaagaagcattgaagctagc 194  Q
    ||||||||| | ||  |||||||||| | ||||| ||||| | ||||||||||      |||||||  | |  ||||| | |||| ||||||||||| ||    
T  39472977 ttattgatggtagcaacatctttctgttggaacagctgatgaaaatctcaccgtcactgaagattagcccttgtgtaaaaaaagacgcattgaagctcgc 39472878  T
Q  195 acttaatctgaaagctaacatgaaa---aatactgaaaattctctggtggttctcggttttctactgattttgtcagtttatgaattgcttacttatttc 291  Q
    |||| || |||||| ||||||||||   ||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||     
T  39472877 acttgatttgaaagttaacatgaaagaaaatactgaaaattctttggtagttcttggttttctactgcttttgtcaatttatgaattgcttacttctttt 39472778  T
Q  292 gatgaagatgaagtcttggagtttttcacatttgttgctcagcacaagacagctgtggaactgtttcagaccctgggttttgcaaataaactttcaggta 391  Q
    ||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  39472777 gatgaagatgaagtcttggagctcttcgcatttgttgctcagcacaagatagctgtggaactgtttcggaccttgggttttgcaaataaactttcaggta 39472678  T
Q  392 tgttttaatttagatatggtttggtcagtcaccggtatctctccttttgtctcaatgttttggtattttacattatatgtttatcaaatccatattgcat 491  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||               ||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  39472677 --ttttaatttagatatggtttggtcagtcacctgtatctct---------------ttttggtatgttaca-tgtatgtttatcaaatccatattgcat 39472596  T
Q  492 ttttggatcttatcatttattgtgtgt 518  Q
    ||||||||||||| || | ||||||||    
T  39472595 ttttggatcttattatgtcttgtgtgt 39472569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 8 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 39396952 - 39396563
Alignment:
Q  8 atctgcaagaatcatcagatccagcaaaagttgttttggatataatacagaagccaattattccacggtgtaagaacggagaacatgctgtcattattga 107  Q
    |||||| |||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||| || || |||||||||| ||||||||| |||||  ||| |||  |||||||    
T  39396952 atctgctagaatcatcagatccatcaagacttgttttggatataatacaaaaccccattattccactgtgtaagaagggagacaatggtgtggttattga 39396853  T
Q  108 tgatggctgcatctttctgctagaacaactgattagaatctcaccgaagattaaacatgatgtaagagaagaagcattgaagctagcacttaatctgaaa 207  Q
     ||| ||  |||||   |||||||| ||||||| ||||||||||| |  |||| || |  |||||||||||||||| |||||||||||| | || ||| |    
T  39396852 ggatagccacatctacgtgctagaagaactgatgagaatctcaccaactattagaccttgtgtaagagaagaagcactgaagctagcacatgatttgaga 39396753  T
Q  208 gctaacatga---aaaatactgaaaattctctggtggttctcggttttctactgattttgtcagtttatgaattgcttacttatttcgatgaagatgaag 304  Q
    ||| |||| |   ||||||||||||||||| ||| |||||| |||||| |  || |||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  39396752 gcttacattagagaaaatactgaaaattctttggcggttcttggttttttgttgcttttgtcaatttatggattgcttacttctttcgatgaagatgaag 39396653  T
Q  305 tcttggagtttttcacatttgttgctcagcacaagacagctgtggaactgtttcagaccctgggttttgcaaataaactttcaggtatgt 394  Q
    | |||||| ||||  |||  ||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  39396652 ttttggagctttttgcatcggttgctcagcacaagacagctatggagctgtttgagaccctgggttttgcaaataaagtttctggtatgt 39396563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 143; E-Value: 9e-75
Query Start/End: Original strand, 26 - 379
Target Start/End: Complemental strand, 39380776 - 39380420
Alignment:
Q  26 atccagcaaaagttgttttggatataatacagaagccaattattccacggtgtaagaacggagaacatgctgtcattattgatgatggctgcatctttct 125  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| || || |||| ||||| ||| ||||| |||||  ||||||| ||| || ||||| || ||||||||||    
T  39380776 atccagcaaaagttgttttagatataatacataaaccgattaatccactgtgcaagaagggagacaatgctgtgattttttatgatagccgcatctttct 39380677  T
Q  126 gctagaacaactgattagaatctcaccgaagattaaacatgatgtaagagaagaagcattgaagctagcacttaatctgaaagctaacatga---aaaat 222  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||||| ||| || ||  |||||||||||||||| ||| |||||||||| || |||||||| |||| |   | |||    
T  39380676 gctagaacaactgatgagagtctcaccgaatattgaagattgtgtaagagaagaagcactgacgctagcacttgatttgaaagcttacataagagagaat 39380577  T
Q  223 actgaaaattctctggtggttctcggttttctactgattttgtcagtttatgaattgcttacttatttcgatgaagatgaagtcttggagtttttcacat 322  Q
    |||||| ||||| ||| |||||| || ||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||| | |||||| ||||  |||    
T  39380576 actgaagattctgtggcggttcttggatttctactgcttttgtcaatttatggattgcttacttctttcgatgaagatgaaattttggagctttttgcat 39380477  T
Q  323 ttgttgctcagcacaagacagctgtggaactgtttcagaccctgggttttgcaaata 379  Q
    | |||||||||||||||| |||| ||||  |||||| | ||||||||||||||||||    
T  39380476 tggttgctcagcacaagatagctatggagatgtttcgggccctgggttttgcaaata 39380420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 142; E-Value: 4e-74
Query Start/End: Original strand, 6 - 417
Target Start/End: Original strand, 39216537 - 39216949
Alignment:
Q  6 taatctgcaagaatcatcagatccagcaaaagttgttttggatataatacagaagccaattattccacggtgtaagaacggagaacatgctgtcattatt 105  Q
    |||| ||| ||| |||||||||||| ||| | ||||||||||||| |||||||| || | ||||| |  ||||||||| |||||  ||||||| ||||||    
T  39216537 taatttgctagactcatcagatccatcaagacttgttttggatatgatacagaaccctactattcaattgtgtaagaagggagacaatgctgtgattatt 39216636  T
Q  106 gatgatggctgcatctttctgctagaacaactgattagaatctcaccgaagattaaacatgatgtaagagaagaagcattgaagctagcacttaatctga 205  Q
    | ||||  |   || | |  ||||||||||||||| | |||||||||  | ||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||| || || |||    
T  39216637 gctgattaccatatttattcgctagaacaactgatgaaaatctcacctcatattaaaccttgtgtaagagaagaagcattgaagctagcatttgatttga 39216736  T
Q  206 aagctaacatga---aaaatactgaaaattctctggtggttctcggttttctactgattttgtcagtttatgaattgcttacttatttcgatgaagatga 302  Q
    || |||||||||   |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||| |||| |||||| ||| | |||||||||    
T  39216737 aatctaacatgagtgaaaatactaaaaattctttggtggttctcggttttcttctgcttttgtcaatttatggattggttacttcttttggtgaagatga 39216836  T
Q  303 agtcttggagtttttcacatttgttgctcagcacaagacagctgtggaactgtttcagaccctgggttttgcaaataaactttcaggtatgttttaattt 402  Q
    ||| |||||| ||||  ||| ||||||||||||||||| |||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||  |||||||    
T  39216837 agttttggagctttttgcatctgttgctcagcacaagatagctattgaactgtttgagaccctgggttttgcaaataaagtttctggtatg--ttaattt 39216934  T
Q  403 agatatggtttggtc 417  Q
    ||| ||| |||||||    
T  39216935 agaaatgctttggtc 39216949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 44895414 - 44895031
Alignment:
Q  1 ctagttaatctgcaagaatcatcagatccagcaaaagttgttttggatataatacagaagccaattattccacggtgtaagaacggagaacatgctgtca 100  Q
    ||||||| ||||| |||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||||||| || | ||| |||| | ||||||| |  ||  ||| | |      
T  44895414 ctagttactctgcgagaatcatcaaatcctgcaaaacttgttttggatataatacagaaccctagtatgccactgagtaagaaggatgacaatgatttgg 44895315  T
Q  101 ttattgatgatggctgcatctttctgctagaacaactgattagaatctcaccgaagattaaacatgatgtaagagaagaagcattgaagctagcacttaa 200  Q
    ||||||||||| |  |||||| ||||||||||  ||||||  |||| ||||| |  ||||||| |  |||||||||| |||||||||||||||||| |||    
T  44895314 ttattgatgattggcgcatctatctgctagaaacactgatgggaatgtcaccaattattaaacctcgtgtaagagaacaagcattgaagctagcacataa 44895215  T
Q  201 tctgaaagctaacatgaaa---aatactgaaaattctctggtggttctcggttttctactgattttgtcagtttatgaattgcttacttatttcgatgaa 297  Q
      | ||||||||||| |||   ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||| |||| |||||| ||||||||||    
T  44895214 attcaaagctaacataaaaggaaatactgaaaattctttggtggttcttggttttctactgcttttgtcaatttatggattgattacttctttcgatgaa 44895115  T
Q  298 gatgaagtcttggagtttttcacatttgttgctcagcacaagacagctgtggaactgtttcagaccctgggttttgcaaataaa 381  Q
    |  ||||| |||||| ||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||| ||||||||| |||||    
T  44895114 ggcgaagttttggagctttttgcatttgttgctcagcacaagatagctgtggaactttttcggaccctcggttttgcacataaa 44895031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 7 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 39421484 - 39421100
Alignment:
Q  7 aatctgcaagaatcatcagatccagcaaaagttgttttggatataatacagaagccaattattccacggtgtaagaacggagaacatgctgtcattattg 106  Q
    |||||||||| ||  |||||||||||| | | ||||||||||||||||||||| || ||||||| |  || |||||| |||||  ||| ||  |||||||    
T  39421484 aatctgcaaggattttcagatccagcacatgctgttttggatataatacagaaccccattattcaaaagtataagaagggagacaatgatgcgattattg 39421385  T
Q  107 atgatggctgcatctttctgctagaacaactgattagaatctcaccgaagattaaacatgatgtaagagaagaagcattgaagctagcacttaatctgaa 206  Q
    | ||   |  |||||||||||||||||||||||| | |||||||||  | ||||||  |  ||||| |||||||||||||||||| || ||| || ||||    
T  39421384 aagagaaccacatctttctgctagaacaactgatgaaaatctcaccacatattaaaacttgtgtaaaagaagaagcattgaagctcgctcttgatttgaa 39421285  T
Q  207 agctaacatg---aaaaatactgaaaattctctggtggttctcggttttctactgattttgtcagtttatgaattgcttacttatttcgatgaagatgaa 303  Q
    |||||| |||    ||||||||||||||  |    |||||||||||||||||||| |||||||| ||||  ||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  39421284 agctaatatggaagaaaatactgaaaataat---ttggttctcggttttctactgcttttgtcaatttaccaattggttacttatttcaatgaagatgaa 39421188  T
Q  304 gtcttggagtttttcacatttgttgctcagcacaagacagctgtggaactgtttcagaccctgggttttgcaaataaactttcaggta 391  Q
    || |||||| ||||  ||||||||||||||||||||| ||| || ||  ||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  39421187 gtgttggagctttttgcatttgttgctcagcacaagatagcagttgagttgtttgagaccctgggttttgcaaataaagtttctggta 39421100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 6 - 307
Target Start/End: Original strand, 44624659 - 44624966
Alignment:
Q  6 taatctgcaagaatcatcagatccagcaaaagttgttttggatataatacagaagccaattattccacggtgtaagaacggagaacatgctgtcattatt 105  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| || ||||| ||||    |||||| |||||  | ||||| ||||||    
T  44624659 taatttgcgagaatcatcagatccagcaaaaattgttttggatataatactgaaccccattatcccacttcctaagaaaggagacaaagctgtgattatt 44624758  T
Q  106 gatgatg---gctgcatctttctgctagaacaactgattagaatctcaccgaagattaaacatgatgtaagagaagaagcattgaagctagcacttaatc 202  Q
    |||||||   || |||||| |||||||||| ||||||| | ||||||||| || ||||||| |  ||||||||| ||||||||||||||||| | | |      
T  44624759 gatgatgaaagccgcatctatctgctagaaaaactgatgacaatctcaccaaatattaaaccttgtgtaagagatgaagcattgaagctagcgcgtgagt 44624858  T
Q  203 tgaaagctaacatgaaa---aatactgaaaattctctggtggttctcggttttctactgattttgtcagtttatgaattgcttacttatttcgatgaaga 299  Q
    |||||||||||||||||   ||||||||||||| | ||| ||||||||| |||||| ||||||||||  |||||| ||||| ||||||||| ||||||||    
T  44624859 tgaaagctaacatgaaagaaaatactgaaaattatttggaggttctcggatttctattgattttgtcgatttatggattgcatacttattttgatgaaga 44624958  T
Q  300 tgaagtct 307  Q
    ||||||||    
T  44624959 tgaagtct 44624966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 105; E-Value: 4e-52
Query Start/End: Original strand, 2 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 39196816 - 39196438
Alignment:
Q  2 tagttaatctgcaagaatcatcagatccagcaaaagttgttttggatataatacagaagccaattattccacggtgtaagaacggagaacatgctgtcat 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| || |||| ||| || || ||||||| |||  | || |||||  |||||||  |    
T  39196816 tagttaatctgcaagaatcatcagatccatcaaaacttgttttggaaatgatactgaaccccatcattccacagtgggaaaagggagataatgctgtggt 39196717  T
Q  102 tattgatgatggctgcatctttctgctagaacaactgattagaatctcaccgaagattaaacatgatgtaagagaagaagcattgaagctagcacttaat 201  Q
    ||||| ||||  |   |||| |||||| ||||||||||| |||||||||||  | ||||||| |  ||| ||| |||||||||||||||||||| || ||    
T  39196716 tattgttgattaccaaatctatctgctggaacaactgatgagaatctcaccagatattaaaccttgtgtgagaaaagaagcattgaagctagcatttgat 39196617  T
Q  202 ctgaaagctaacatgaaa---aatactgaaaattctctggtggttctcggttttctactgattttgtcagtttatgaattgcttacttatttcgatgaag 298  Q
     ||||||||||||||||    ||||||||||||||| ||| |||||| || ||||| ||| |||||||| ||||| ||||||||  || ||| |||||||    
T  39196616 ttgaaagctaacatgaatgacaatactgaaaattctttggcggttcttggctttctgctgcttttgtcaatttataaattgcttgattcttttgatgaag 39196517  T
Q  299 atgaagtcttggagtttttcacatttgttgctcagcacaagacagctgtggaactgtttcagaccctgggttttgcaaa 377  Q
    ||||||| |||||| ||||  |||||||||||| | |||| |  || ||||| ||||||   | |||||||||||||||    
T  39196516 atgaagttttggagctttttgcatttgttgctctgaacaatattgcggtggagctgtttggaagcctgggttttgcaaa 39196438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 103; E-Value: 7e-51
Query Start/End: Original strand, 2 - 395
Target Start/End: Original strand, 39370993 - 39371389
Alignment:
Q  2 tagttaatctgcaagaatcatcagatccagcaaaagttgttttggatataatacagaagccaattattccacggtgtaagaacggagaacatgctgtcat 101  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||||| ||| | ||||||||||||| ||||||||  | ||| |||||| | ||||||| |||||  ||| ||| ||    
T  39370993 tagttgatctgctagaatcatcagatccatcaagatttgttttggatatgatacagaataccattgttccactgagtaagaagggagacaatgttgtaat 39371092  T
Q  102 tattgatgatggctgcatctttctgctagaacaactgattagaatctcaccgaagattaaacatgatgtaagagaagaagcattgaagctagcacttaat 201  Q
    ||||| ||||  |   ||| | |||||||||||||| || | ||||||||| || ||| | | |  ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  39371093 tattgctgattaccaaatcctgctgctagaacaacttatgaaaatctcaccaaatattgagccttgtgtaagagatgaagcattgaagctagcacttgat 39371192  T
Q  202 ctgaaagctaacatgaaa---aatactgaaaattctctggtggttctcggttttctactgattttgtcagtttatgaattgcttacttatttcgatgaag 298  Q
     ||||||| |||||||||   |||| | ||||| || |||||||||| ||||||||| || ||||||||  ||||| |||| |||||| ||| |||||||    
T  39371193 atgaaagccaacatgaaagaaaatagtaaaaatcctttggtggttcttggttttctattgcttttgtcaaattatggattggttacttcttttgatgaag 39371292  T
Q  299 atgaagtcttggagtttttcacatttgttgctcagcacaagacagctgtggaactgtttcagaccctgggttttgcaaataaactttcaggtatgtt 395  Q
    ||||| | |||||| ||||  ||||||||||| ||||||||| |||| |||| ||||||   ||| |||||||||| || |||  ||| ||||||||    
T  39371293 atgaacttttggagctttttgcatttgttgctgagcacaagatagctatggagctgtttggaaccatgggttttgccaacaaagcttctggtatgtt 39371389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 1 - 395
Target Start/End: Original strand, 39604191 - 39604588
Alignment:
Q  1 ctagttaatctgcaagaatcatcagatccagcaaaagttgttttggatataatacagaagccaattattccacggtgtaagaacggagaacatgctgtca 100  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |  || |||||  |||||  ||||||| |    
T  39604191 ctagataatctgcaaggatcatcagatccatcaaaagttgttttggatataatacagaatcccattattcaaaagtataagatgggagacaatgctgtaa 39604290  T
Q  101 ttattgatgatggctgcatctttctgctagaacaactgattagaatctcaccgaagattaaacatgatgtaagagaagaagcattgaagctagcacttaa 200  Q
    ||||||||||| |   |||  |||||||  |||||||||| ||||||  |||  | ||||||| |  |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  39604291 ttattgatgatagagacattcttctgctcaaacaactgatgagaatcaaaccacatattaaacctcgtgtaagagaagaagcaatgaagctagcacttaa 39604390  T
Q  201 tctgaaagctaacatga---aaaatactgaaaattctctggtggttctcggttttctactgattttgtcagtttatgaattgcttacttatttcgatgaa 297  Q
    | ||||| ||||||| |   ||||||| |||||||   |||  ||||| |||||||||||  || ||||| |||||| ||||  | ||| ||||||||||    
T  39604391 tttgaaatctaacataagtgaaaataccgaaaatttggtggcagttctgggttttctactccttgtgtcaatttatggattggctccttctttcgatgaa 39604490  T
Q  298 gatgaagtcttggagtttttcacatttgttgctcagcacaagacagctgtggaactgtttcagaccctgggttttgcaaataaactttcaggtatgtt 395  Q
    |||||||| ||  || |||||   |||| ||||||| |||||| |||||| || ||||||   || |||||||||||  |||||  ||| ||||||||    
T  39604491 gatgaagttttaaagcttttcgagtttgctgctcaggacaagatagctgtagagctgtttggaactctgggttttgccgataaagcttctggtatgtt 39604588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 78; E-Value: 6e-36
Query Start/End: Original strand, 2 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 39206048 - 39205709
Alignment:
Q  2 tagttaatctgcaagaatcatcagatccagcaaaagttgttttggatataatacagaagccaattattccacggtgtaagaacggagaacatgctgtcat 101  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||| || |||| ||| || || | ||||| |||  | || |||||  ||| ||| ||    
T  39206048 tagttaatctgcaagaatcagcagatccatcaaaacttgttttggaaatgatactgaaccccatcactccactgtgccaaaagggagataatgttgtgat 39205949  T
Q  102 tattgatgatggctgcatctttctgctagaacaactgattagaatctcaccgaagattaaacatgatgtaagagaagaagcattgaagctagcacttaat 201  Q
    ||||| ||||  |   || | |||||| ||||||||||| |||||||||||    ||| ||| |  ||| |||||| ||||||||||||||||| || |     
T  39205948 tattgctgattaccaaatatatctgcttgaacaactgatgagaatctcaccagttattgaaccttgtgtgagagaaaaagcattgaagctagcatttgac 39205849  T
Q  202 ctgaaagctaacatgaaa---aatactgaaaattctctggtggttctcggttttctactgattttgtcagtttatgaattgcttacttatttcgatgaag 298  Q
     |||||||||| ||||||   ||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||| |||||||  ||||| ||||||||  || ||| ||| |||    
T  39205848 ttgaaagctaagatgaaagaaaatactgaaaattctatggcggttcttggttttctactgcttttgtcgatttataaattgcttgattcttttgataaag 39205749  T
Q  299 atgaagtcttggagtttttcacatttgttgctcagcacaa 338  Q
    ||||||| || ||| ||||  |||||||||||| ||||||    
T  39205748 atgaagttttcgagattttggcatttgttgctctgcacaa 39205709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 78; E-Value: 6e-36
Query Start/End: Original strand, 176 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 39413161 - 39412933
Alignment:
Q  176 aagaagcattgaagctagcacttaatctgaaagctaacatgaaa---aatactgaaaattctctggtggttctcggttttctactgattttgtcagttta 272  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||   ||||| ||||| ||| ||| ||||||  |||||||  || ||||||||||||     
T  39413161 aagaagcattgaagctagcacttgatttgaaagctaacttgaaagaaaataccgaaaactctttggcggttcttagttttctgttgcttttgtcagtttg 39413062  T
Q  273 tgaattgcttacttatttcgatgaagatgaagtcttggagtttttcacatttgttgctcagcacaagacagctgtggaactgtttcagaccctgggtttt 372  Q
    || |||| |||||| ||| |||||||||||| |||||||| ||||  ||||||||||||| ||||||| ||||| | | ||||||   ||||||||||||    
T  39413061 tggattggttacttttttggatgaagatgaaatcttggagctttttgcatttgttgctcaacacaagatagctgcgaagctgtttggaaccctgggtttt 39412962  T
Q  373 gcaaataaactttcaggtatgttttaattta 403  Q
    ||||  ||| |||| |||||||||| |||||    
T  39412961 gcaa--aaagtttctggtatgtttttattta 39412933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 78; E-Value: 6e-36
Query Start/End: Original strand, 182 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 39478420 - 39478206
Alignment:
Q  182 cattgaagctagcacttaatctgaaagctaacatga---aaaatactgaaaattctctggtggttctcggttttctactgattttgtcagtttatgaatt 278  Q
    ||||||||||||||| | || |||||||| |||| |   |||||||||||||||||  ||  ||||| | |||||||||| |||||||| |||||| |||    
T  39478420 cattgaagctagcacatgatttgaaagcttacatcagagaaaatactgaaaattcttcggcagttcttgattttctactgcttttgtcaatttatggatt 39478321  T
Q  279 gcttacttatttcgatgaagatgaagtcttggagtttttcacatttgttgctcagcacaagacagctgtggaactgtttcagaccctgggttttgcaaat 378  Q
    |||||||| |||||| |||| |||||| |||||||||||  ||| ||||||||| |||||||||||| ||||  ||||| ||||||||||||| ||||||    
T  39478320 gcttacttctttcgaagaaggtgaagttttggagttttt-gcatctgttgctcaacacaagacagctatggagttgtttgagaccctgggtttcgcaaat 39478222  T
Q  379 aaactttcaggtatgt 394  Q
    ||| |||  |||||||    
T  39478221 aaagtttttggtatgt 39478206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 8 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 39493739 - 39493532
Alignment:
Q  8 atctgcaagaatcatcagatccagcaaaagttgttttggatataatacagaagccaattattccacggtgtaagaacggagaacatgctgtcattattga 107  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||  |  ||||||||  |||||  ||||||  ||||||||    
T  39493739 atctgcaaggatcatcagatccatcaaaagttgttttggatataatacagaaccccattattaaaaagtgtaagataggagacgatgctgcaattattga 39493640  T
Q  108 tgatggctgcatctttctgctagaacaactgattagaatctcaccgaagattaaacatgatgtaagagaagaagcattgaagctagcacttaatctgaaa 207  Q
    |||| ||  |||  ||||||| ||| ||||||  | |||||||||  | |||| || | |||||| |||||||||| |||||||||||||| || |||||    
T  39493639 tgatagccacattcttctgctcgaagaactgaggaaaatctcaccagatattagacctcatgtaaaagaagaagcaatgaagctagcacttgatatgaaa 39493540  T
Q  208 gctaacat 215  Q
    ||||||||    
T  39493539 gctaacat 39493532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 1 - 308
Target Start/End: Original strand, 44615281 - 44615594
Alignment:
Q  1 ctagttaatctgcaagaatcatcagatccagcaaaagttgttttggatataatacagaagccaattattccacggtgtaagaacggagaacatgctgtca 100  Q
    |||| |||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  || || |  ||||||| |  |||||| |||||  | || || |    
T  44615281 ctagataatttgcgagaatcatcagatccagcaaaacttgttttggatataatactaaaccctacgattccactgcctaagaaaggagacaaagcggtga 44615380  T
Q  101 ttattgatgatggctgcatctttctgctagaacaactgattagaatctcaccgaa---gattaaacatgatgtaagagaagaagcattgaagctagcact 197  Q
    |||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||| | ||||||||| ||    ||||||  |  ||||||||| ||||| |||||||||||       
T  44615381 ttattgatgaaggctggatctatctgctagaacaactgatgataatctcaccaaatattattaaatcttgtgtaagagatgaagcgttgaagctagcgtg 44615480  T
Q  198 taatctgaaagctaacatga---aaaatactgaaaattctctggtggttctcggttttctactgattttgtcagtttatgaattgcttacttatttcgat 294  Q
    | |  |||||||||||||||   ||||||| ||||||||| ||| || ||| || |||||| ||||||| ||  |||| | |||| ||| ||| || |||    
T  44615481 tgagttgaaagctaacatgaaagaaaataccgaaaattctttggaggctcttggatttctattgattttatcgatttacggattggttaattactttgat 44615580  T
Q  295 gaagatgaagtctt 308  Q
    ||||||||||||||    
T  44615581 gaagatgaagtctt 44615594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 68; E-Value: 5e-30
Query Start/End: Original strand, 1 - 347
Target Start/End: Original strand, 39099462 - 39099811
Alignment:
Q  1 ctagttaatctgcaagaatcatcagatccagcaaaagttgttttggatataatacagaagccaattattccacggtgtaagaacggagaacatgctgtca 100  Q
    |||| ||||||||||| || |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||| |  || |||||  |||||  ||||||| |    
T  39099462 ctagataatctgcaaggattatcagatccatcaaaagtcgttttggatataatacagaatcccattattcaaaagtataagatgggagacaatgctgtaa 39099561  T
Q  101 ttattgatgatggctgcatctttctgctagaacaactgattagaatctcaccgaagattaaacatgatgtaagagaagaagcattgaagctagcacttaa 200  Q
    ||||||||||  |   |||  ||||||| ||||||||||| |||||||||||  | || |||| |  |||||||||||||||  ||||||| ||||||||    
T  39099562 ttattgatgaaagagacattcttctgctcgaacaactgatgagaatctcaccacatatcaaaccttgtgtaagagaagaagcgatgaagctggcacttaa 39099661  T
Q  201 tctgaaagctaacatga---aaaatactgaaaattctctggtggttctcggttttctactgattttgtcagtttatgaattgcttacttatttcgatgaa 297  Q
      ||||| ||   || |   ||| ||||||||||||  ||| |||||| |||||||||||  || ||||| ||||| |||||  | ||| ||| ||||||    
T  39099662 gttgaaatcttttataagtgaaactactgaaaattcggtggcggttcttggttttctactccttctgtcaatttataaattggctccttcttttgatgaa 39099761  T
Q  298 gatgaagtcttggagtttttcacatttgttgctcagcacaagacagctgt 347  Q
    |||||||| ||  || ||||    |||| |||||||||||||| ||||||    
T  39099762 gatgaagttttaaagctttttgggtttgctgctcagcacaagatagctgt 39099811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 2 - 408
Target Start/End: Original strand, 39223590 - 39223994
Alignment:
Q  2 tagttaatctgcaagaatcatcagatccagcaaaagttgttttggatataatacagaagccaattattccacggtgtaagaacggagaacatgctgtcat 101  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| || |||| ||| || || |||||||||||| | || |||||  |||   | ||    
T  39223590 tagttaatctgcaagaatcatcagatccatcaaaacttgttttggaaatgatactgaaccccatcattccacggtgtcaaaagggagacaatg---tgat 39223686  T
Q  102 tattgatgatggctgcatctttctgctagaacaactgattagaatctcaccgaagattaaacatgatgtaagagaagaagcattgaagctagcacttaat 201  Q
    ||||  ||||  |   |||  ||| || ||||||||||| |||||||||||  | ||| ||| |  ||  |||||| |||||||||||||||||  | ||    
T  39223687 tattactgattaccaaatccatctacttgaacaactgatgagaatctcaccagatattgaaccttgtgagagagaaaaagcattgaagctagcatatgat 39223786  T
Q  202 ctgaaagctaacatgaaa---aatactgaaaattctctggtggttctcggttttctactgattttgtcagtttatgaattgcttacttatttcgatgaag 298  Q
     | ||||  |||||||||   ||||||||||| ||| ||| |||||| |||||||| ||| |||||||| ||||| ||||||||  ||  || |||||||    
T  39223787 ttaaaagaaaacatgaaagacaatactgaaaaatctttggcggttcttggttttctgctgcttttgtcaatttataaattgcttgattcatttgatgaag 39223886  T
Q  299 atgaagtcttggagtttttcacatttgttgctcagcacaagacagctgtggaactgtttcagaccctgggttttgcaaataaactttcaggtatgtttta 398  Q
    |||||||  ||||  ||||  |||||||||||| |||||| |  |||||||| ||||||     ||||||||||||||| | | |||| ||||||  |||    
T  39223887 atgaagttctggatctttttgcatttgttgctctgcacaaaattgctgtggagctgtttggatgcctgggttttgcaaacagagtttctggtatg--tta 39223984  T
Q  399 atttagatat 408  Q
    ||||||||||    
T  39223985 atttagatat 39223994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 11 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 39189051 - 39188757
Alignment:
Q  11 tgcaagaatcatcagatccagcaaaagttgttttggatataatacagaagccaattattccacggtgtaagaacggagaacatgctgtcattattgatga 110  Q
    |||||| || |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |  |||| |||  |||||  ||| ||| |||||||||||    
T  39189051 tgcaaggattatcagatccttcaaaagttgttttggatataatacagaaccccattattcaaaagtgtgagatgggagacaatgttgtaattattgatga 39188952  T
Q  111 tggctgcatctttctgctagaacaactgattagaatctcaccgaagattaaacatgatgtaagagaagaagcattgaagctagcacttaatctgaaagct 210  Q
    | ||  |||  |||||||   |  |||||| |||||||||||  | ||||||| | |||||||||| || ||| |||| ||||||||| || | ||||||    
T  39188951 tagccacattcttctgctcatagtactgatgagaatctcacctgacattaaacctcatgtaagagaggatgcaatgaaactagcacttgatttaaaagct 39188852  T
Q  211 aacatga---aaaatactgaaaattctctggtggttctcggttttctactgattttgtcagtttatgaattgcttacttatttcgatgaagatga 302  Q
    |||||||   |||||| || ||||||| |||||||||| |||||||||||  || | ||| ||||||  ||| || ||| |||| ||||||||||    
T  39188851 aacatgaaagaaaataatggaaattctttggtggttcttggttttctactccttctatcaatttatggtttggttccttctttcaatgaagatga 39188757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 125 - 397
Target Start/End: Complemental strand, 39387677 - 39387402
Alignment:
Q  125 tgctagaacaactgattagaatctcaccgaagatt-aaacatgatgtaagagaagaagcattgaagctagcacttaatctgaaagctaacatgaaa---a 220  Q
    |||||||||||||||| |||| |||||| || ||| |||| || ||||| | ||||||||||||||||||| | | || | |||||||||||||||   |    
T  39387677 tgctagaacaactgatgagaacctcaccaaaaattgaaacttg-tgtaaaaaaagaagcattgaagctagcgcgtgatttaaaagctaacatgaaagaaa 39387579  T
Q  221 atactgaaaattctctggtggttctcggttttctactgattttgtcagtttatgaattgcttacttatttcgatgaagatgaagtcttggagtttttcac 320  Q
    |||||||||||||| |||  ||||| |||||||| ||| |||||||| ||||||   |||||  |||||| || ||||||||||| |||||| ||||  |    
T  39387578 atactgaaaattctttggccgttcttggttttctgctgcttttgtcaatttatgggctgcttgattattttgacgaagatgaagttttggagctttttgc 39387479  T
Q  321 atttgttgctcagcacaagacagctgtggaactgtttcagaccctgggttttgcaaataaactttcaggtatgtttt 397  Q
    ||||||||||  |||| | |  |||||||| || |||   |  |||||||||||||| | | |||||||||||||||    
T  39387478 atttgttgctatgcacgaaattgctgtggagctatttggaagtctgggttttgcaaacagagtttcaggtatgtttt 39387402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #22
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 18 - 215
Target Start/End: Original strand, 2362574 - 2362768
Alignment:
Q  18 atcatcagatccagcaaaagttgttttggatataatacagaagccaattattccacggtgtaagaacggagaacatgctgtcattattgatgatggctgc 117  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||| |||||||| ||||| || || ||||||| |||||||   |||||| ||| ||| ||||||||||||  |  |    
T  2362574 atcatcagatccatcaaaagatgttttagatataatccagaaccccatcattccacagtgtaag---ggagaaaatgttgtaattattgatgatcaccac 2362670  T
Q  118 atctttctgctagaacaactgattagaatctcaccgaagattaaacatgatgtaagagaagaagcattgaagctagcacttaatctgaaagctaacat 215  Q
    ||   |||||| ||||||||||| |||||||||||  |  |||||| | ||||  ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  2362671 attgatctgctcgaacaactgatgagaatctcaccacatgttaaacctcatgtgcgagaagaagcaatgaagctagcacttaaactgaaagcttacat 2362768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #23
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 6 - 209
Target Start/End: Original strand, 39144476 - 39144679
Alignment:
Q  6 taatctgcaagaatcatcagatccagcaaaagttgttttggatataatacagaagccaattattccacggtgtaagaacggagaacatgctgtcattatt 105  Q
    |||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||  |  ||||||||  |||||  ||||||| ||||||    
T  39144476 taatcttcaaggatcatcagatccatcaaaagttgttttggatataatacagaacccgattattaaaaagtgtaagataggagacgatgctgtaattatt 39144575  T
Q  106 gatgatggctgcatctttctgctagaacaactgattagaatctcaccgaagattaaacatgatgtaagagaagaagcattgaagctagcacttaatctga 205  Q
    |||||| ||  |||  |||||||  |  ||||||  | ||||||||   | ||||||| | |||||| |||||||||| |||||||||||||| || |||    
T  39144576 gatgatagccacattcttctgctcaaggaactgaggaaaatctcactagatattaaacctcatgtaaaagaagaagcaatgaagctagcacttgatttga 39144675  T
Q  206 aagc 209  Q
    ||||    
T  39144676 aagc 39144679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #24
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 560 - 678
Target Start/End: Original strand, 39452466 - 39452584
Alignment:
Q  560 tgaacttatagaaattgatagaatgttgattacatgtgtaactcttatgaggtttgttatggatcttctcttgaatccatattgttagtgttatctcttg 659  Q
    |||||||| ||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||  ||||||  |  |||| || |||    
T  39452466 tgaacttagagaaattaattgaatgttgattacaggtgtaactcttattaggtttgttatggatcttctcttaaattaatattgcaaccgttagctattg 39452565  T
Q  660 atgcttgagaaaaaattat 678  Q
    ||||||| |||||||||||    
T  39452566 atgcttgggaaaaaattat 39452584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #25
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 1 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 39425840 - 39425457
Alignment:
Q  1 ctagttaatctgcaagaatcatcagatccagcaaaagttgttttggatataatacagaagccaattattccacggtgtaagaacggagaacatgctgtca 100  Q
    |||| |||||||||||  |  ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||  |  ||||||||  |||||  ||||||| |    
T  39425840 ctaggtaatctgcaaggcttttcagatccatcaaaagttgttttggaaataatacagaaccctattattaaaaagtgtaagatgggagatgatgctgtta 39425741  T
Q  101 ttattgatgatggctgcatctttctgctagaacaactgattagaatctcaccgaagattaaacatgatgtaagagaagaagcattgaagctagcacttaa 200  Q
    ||||||| ||| ||  |||   ||||||  |  |||| |  |||||||||||| | |||| || |||||||| |||||||||| ||||| |||||||| |    
T  39425740 ttattgaggatagccacattcatctgctcaatgaacttaggagaatctcaccggatattagacctgatgtaaaagaagaagcaatgaagttagcacttga 39425641  T
Q  201 tctgaaagctaacatga---aaaatactgaaaattctctggtggttctcggttttctactgattttgtcagtttatgaattgcttacttatttcgatgaa 297  Q
    | ||||||||||||| |   |||| | |||||||||   ||  ||||| |||||||||||  || ||||| |||||| | || || ||| |||||| |||    
T  39425640 tttgaaagctaacataagtcaaaacaatgaaaattcagcggctgttcttggttttctacttcttctgtcaatttatggactggttccttctttcgacgaa 39425541  T
Q  298 gatgaagtcttggagtttttcacatttgttgctcagcacaagacagctgtggaactgtttcagaccctgggttttgcaaataaa 381  Q
    || ||||| ||| || |||||  | ||||| ||||||||||   |||||| || ||||||  | || ||||||||||| |||||    
T  39425540 gaagaagttttgaagcttttcgaacttgtttctcagcacaacttagctgtagagctgtttggggccatgggttttgcagataaa 39425457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #26
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 532 - 603
Target Start/End: Original strand, 39153398 - 39153469
Alignment:
Q  532 tattcttgttgaaaatcagtgtaaactgtgaacttatagaaattgatagaatgttgattacatgtgtaactc 603  Q
    ||||||||||  ||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  39153398 tattcttgtttgaaatcagtgcacactgtgaactaatagaaattgatagaatgttgattacttgtgtaactc 39153469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #27
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 588 - 674
Target Start/End: Complemental strand, 39472500 - 39472414
Alignment:
Q  588 attacatgtgtaactcttatgaggtttgttatggatcttctcttgaatccatattgttagtgttatctcttgatgcttgagaaaaaa 674  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||| ||||  ||||||| ||  |||||||||||||||||    
T  39472500 attacatttgtaactcttatgaggtttgttatggatattctctaaaatccaaattgcaagtgttagctgctgatgcttgagaaaaaa 39472414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #28
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 554 - 605
Target Start/End: Complemental strand, 39472566 - 39472515
Alignment:
Q  554 aaactgtgaacttatagaaattgatagaatgttgattacatgtgtaactctt 605  Q
    |||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39472566 aaactgtgaacttatctatattgatagaatgttgattacatgtgtaactctt 39472515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #29
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 122 - 215
Target Start/End: Original strand, 39126482 - 39126575
Alignment:
Q  122 ttctgctagaacaactgattagaatctcaccgaagattaaacatgatgtaagagaagaagcattgaagctagcacttaatctgaaagctaacat 215  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||  || ||| ||| |  |||||||||||||||| |||||||||| |||||  ||||| |||||||    
T  39126482 ttctgctcgaacaactgatgagaatctcactaaatattgaacctcgtgtaagagaagaagcaatgaagctagctcttaaattgaaatctaacat 39126575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #30
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 415 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 44749579 - 44749487
Alignment:
Q  415 gtcagtcaccggtatctctccttttgtctcaatgt-tttggtattttacattatatgtttatcaaatccatattgcatttttggatcttatcat 507  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||  ||| ||||| || |||||| ||||  |||||||||||||||| || ||||| |||| |||||    
T  44749579 gtcagtcaccagtatctctccttttgtctc-ttgtgtttggaatgttacatcatataattatcaaatccatattccaattttgtatctaatcat 44749487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 498; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 498; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 678
Target Start/End: Original strand, 19808795 - 19809454
Alignment:
Q  15 agaatcatcagatccagcaaaagttgttttggatataatacagaagccaattattccacggtgtaagaacggagaacatgctgtcattattgatgatggc 114  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||  | ||||| ||||||||   |||||||| | ||    
T  19808795 agaatcatcagatccaacaaaagttgttttggatataatacaaaacccaattattccacgatgtaacgagggagaccatgctgt---tattgatggtagc 19808891  T
Q  115 tgcatctttctgctagaacaactgattagaatctcaccgaagattaaacatgatgtaagagaagaagcattgaagctagcacttaatctgaaagctaaca 214  Q
     |  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  19808892 agtgtctttctgctagaacaactgatgagaatctcaccgaagattaaacctggtgtaagagaagaaacattgaagctagcacttgatttgaaagctaaca 19808991  T
Q  215 tgaaaaatactgaaaattctctggtggttctcggttttctactgattttgtcagtttatgaattgcttacttatttcgatgaagatgaagtcttggagtt 314  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |    
T  19808992 tgaaaagtactgaaaattctctggtggttcttggttttctactgcttttgtcagtttatgaattgcttacttattttgatgaagatgaagtcttggagct 19809091  T
Q  315 tttcacatttgttgctcagcacaagacagctgtggaactgtttcagaccctgggttttgcaaataaactttcaggtatgttttaatttagatatggtttg 414  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  19809092 tttcgcatttgttgctcagcacaagacagccgtggaactgtttcagaccctgggttttgcaaataaactttcaggtatgttttaatttagatatggtctg 19809191  T
Q  415 gtcagtcaccggtatctctccttttgtctcaatgttttggtattttacattatatgtttatcaaatccatattgcatttttggatcttatcatttattgt 514  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  19809192 gtcagtcaccgatatctctctttttgtctctatgtttttgtattttacattatatgtttatcaaatccatattgcatttttggatcttatcatttatggt 19809291  T
Q  515 gtgttgttttgcctttttattcttgttgaaaatcagtgtaaactgtgaacttatagaaattgatagaatgttgattacatgtgtaactcttatgaggttt 614  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19809292 gtgttgttttggctttttattcttgttgaaaatcagtgtaaactgtgtacttatagaaattgatagaatgttgattacatgtgtaactcttatgaggttt 19809391  T
Q  615 gttatggatcttctcttgaatccatattgttagtgttatctcttgatgcttgagaaaaaattat 678  Q
     ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19809392 -ttatggatcttctcttgaacccattttgttagtgttatctcttgatgcttgagaaaaaattat 19809454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 107; Significance: 3e-53; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 8 - 381
Target Start/End: Original strand, 16114249 - 16114625
Alignment:
Q  8 atctgcaagaatcatcagatccagcaaaagttgttttggatataatacagaagccaattattccacggtgtaagaacggagaacatgctgtcattattga 107  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||| | |||||||||||||||||||||| ||   || ||||| ||||||||| |||||  ||||||| ||||||||    
T  16114249 atctgcaagaatcagcagatccatcaagacttgttttggatataatacagaaccccggtactccactgtgtaagaagggagacaatgctgtgattattga 16114348  T
Q  108 tgatggctgcatctttctgctagaacaactgattagaatctcaccgaagattaaacatgatgtaagagaagaagcattgaagctagcacttaatctgaaa 207  Q
    |||  ||  ||||| |||| ||||| ||||||| ||||| ||||| |  ||||||| |  |||||||||| |||||||||||||||| |   || |||||    
T  16114349 tgaatgccacatctatctgttagaagaactgatgagaatatcaccaactattaaacctcgtgtaagagaaaaagcattgaagctagcgcgcgatttgaaa 16114448  T
Q  208 gctaacatga---aaaatactgaaaattctctggtggttctcggttttctactgattttgtcagtttatgaattgcttacttatttcgatgaagatgaag 304  Q
    ||| ||||||   | |||||| |||||||   ||  ||| | |||||| | ||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||   ||||    
T  16114449 gcttacatgagagagaatactaaaaattcatcggctgttgttggttttatgctgcttttgtcagtttatggattgctaacttatttcgataaatgcgaag 16114548  T
Q  305 tcttggagtttttcacatttgttgctcagcacaagacagctgtggaactgtttcagaccctgggttttgcaaataaa 381  Q
    | |||||| ||||  ||| |||||||||||||||||||| | |||| |||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  16114549 ttttggagctttttgcatctgttgctcagcacaagacagttatggagctgtttgagaccctcggttttgcaaataaa 16114625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 106; Significance: 1e-52; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 381
Target Start/End: Original strand, 17060521 - 17060904
Alignment:
Q  1 ctagttaatctgcaagaatcatcagatccagcaaaagttgttttggatataatacagaagccaattattccacggtgtaagaacggagaacatgctgtca 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||| |||||  ||| || ||||||||||    |||||| |||||  | | ||| |    
T  17060521 ctagttaatttgcaagaatcatcggatccatcaaaaattgttttggatgtaataatgaaccccattattccactacctaagaagggagacaaagttgtga 17060620  T
Q  101 ttattgatgatggctgcatctttctgctagaacaactgattagaatctcaccgaagattaaacatgatgtaagagaagaagcattgaagctagcacttaa 200  Q
    ||||||||||  || |||||||| |||||||||||||||| | ||| ||||| || ||||||  |  ||||| ||| ||||| ||||||||||||| | |    
T  17060621 ttattgatgaaagccgcatctttatgctagaacaactgatgataatgtcaccaaatattaaatcttgtgtaaaagacgaagctttgaagctagcacatga 17060720  T
Q  201 tctgaaagctaacatgaaa---aatactgaaaattctctggtggttctcggttttctactgattttgtcagtttatgaattgcttacttatttcgatgaa 297  Q
      ||||||||||||| |||   ||||||||| ||||  ||| ||||||||| |||||  |||| ||||| ||||||| |||| |||||||||| ||| ||    
T  17060721 gttgaaagctaacataaaagcaaatactgaatattcattggaggttctcggatttctgttgatcttgtcggtttatggattgtttacttattttgatcaa 17060820  T
Q  298 gatgaagtcttggagtttttcacatttgttgctcagcacaagacagctgtggaactgtttcagaccctgggttttgcaaataaa 381  Q
    ||||||||||||||  ||||  ||| ||||||| ||||||||| | ||||||| |||||| |||  || |||||||||||||||    
T  17060821 gatgaagtcttggatctttttgcatctgttgctgagcacaagatatctgtggagctgtttgagaaactaggttttgcaaataaa 17060904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 100; E-Value: 4e-49
Query Start/End: Original strand, 6 - 407
Target Start/End: Original strand, 33562169 - 33562571
Alignment:
Q  6 taatctgcaagaatcatcagatccagcaaaagttgttttggatataatacagaagccaattattccacggtgtaagaacggagaacatgctgtcattatt 105  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| || |||| ||| || ||  |||||| |||| | || |||||  ||| ||||||||||    
T  33562169 taatctgcaagaatcatcagatccatcaaaacttgttttggaaatgatactgaaccccatctttccactgtgtcaaaagggagacaatgttgtcattatt 33562268  T
Q  106 gatgatggctgcatctttctgctagaacaactgattagaatctcaccgaagattaaacatgatgtaagagaagaagcattgaagctagcacttaatctga 205  Q
    | ||||  |   |||| ||| || ||||||||||| |||||||||||  | ||| ||| |  ||| ||| |||||||||||||||||||| || || |||    
T  33562269 gttgattaccaaatctatcttctggaacaactgatgagaatctcaccagatattgaaccttgtgtgagaaaagaagcattgaagctagcatttgatttga 33562368  T
Q  206 aagctaacatgaaa---aatactgaaaattctctggtggttctcggttttctactgattttgtcagtttatgaattgcttacttatttcgatgaagatga 302  Q
    ||||||||||||||   |||||||||  || | ||| |||||| ||||||||  || |||||||| ||||| ||||||||  || ||| |||||||||||    
T  33562369 aagctaacatgaaagaaaatactgaattttttttggcggttcttggttttctgatgcttttgtcaatttataaattgcttgattcttttgatgaagatga 33562468  T
Q  303 agtcttggagtttttcacatttgttgctcagcacaagacagctgtggaactgtttcagaccctgggttttgcaaataaactttcaggtatgttttaattt 402  Q
    ||| |||||| ||||  |||||||||||| |||||| |  || ||||| |||||| | | ||||||||||||||| | | |||| ||||||  |||||||    
T  33562469 agttttggagctttttgcatttgttgctctgcacaaaattgccgtggagctgtttgaaagcctgggttttgcaaacagagtttctggtatg--ttaattt 33562566  T
Q  403 agata 407  Q
    |||||    
T  33562567 agata 33562571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 73; Significance: 5e-33; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 5e-33
Query Start/End: Original strand, 117 - 340
Target Start/End: Original strand, 45342956 - 45343182
Alignment:
Q  117 catctttctgctagaacaactgattagaatctcaccgaagattaaacatgatgtaagagaagaagcattgaagctagcacttaatctgaaagctaacatg 216  Q
    ||||| ||| |||||||||||||| |||||||  || |  ||||||| |  |||||||||||||||||| |||||||||||| |  ||||||||||| ||    
T  45342956 catctatctcctagaacaactgatgagaatcttgccaagtattaaaccttgtgtaagagaagaagcattcaagctagcacttgagttgaaagctaacgtg 45343055  T
Q  217 aaa---aatactgaaaattctctggtggttctcggttttctactgattttgtcagtttatgaattgcttacttatttcgatgaagatgaagtcttggagt 313  Q
    |||   ||||||||||| ||  ||   ||||| ||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||||     
T  45343056 aaaggaaatactgaaaaatcattgaacgttcttggttttctactgattttgtcaattcatgtattgcttacttcttttgataaagatgaagtcttggagc 45343155  T
Q  314 ttttcacatttgttgctcagcacaaga 340  Q
    ||||   || ||||| |||||||||||    
T  45343156 tttttgtatctgttgttcagcacaaga 45343182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 168 - 307
Target Start/End: Original strand, 44730157 - 44730299
Alignment:
Q  168 tgtaagagaagaagcattgaagctagcacttaatctgaaagctaacatgaaa---aatactgaaaattctctggtggttctcggttttctactgattttg 264  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||| | |  ||||||||||||| |||   |||||||||||||||  || ||||||||| |||||| ||||||||    
T  44730157 tgtaagagatgaagctttgaagctagcacatgagttgaaagctaacataaaagaaaatactgaaaattcttaggaggttctcggatttctattgattttg 44730256  T
Q  265 tcagtttatgaattgcttacttatttcgatgaagatgaagtct 307  Q
     |  |||||  |||||||||||| || |||| |||||||||||    
T  44730257 acgatttatagattgcttacttactttgatggagatgaagtct 44730299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 46; Significance: 7e-17; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 122 - 338
Target Start/End: Original strand, 51575981 - 51576200
Alignment:
Q  122 ttctgctagaacaactgattagaatctcaccgaagattaaacatgatgtaagagaagaagcattgaagctagcacttaatctgaaagctaacatga---a 218  Q
    ||||||| |||||||| || |||||||||||  | || |||| | |||||  ||||||||||||||| ||||  || ||| |||||||  |||| |   |    
T  51575981 ttctgcttgaacaactaatgagaatctcaccacatatcaaacctcatgtacaagaagaagcattgaaactagtcctcaatttgaaagcgtacattagtga 51576080  T
Q  219 aaatactgaaaattctctggtggttctcggttttctactgattttgtcagtttatgaattgcttacttatttcgatgaagatgaagtcttggagtttttc 318  Q
    |||||||||||||||  |||||||||| |||| ||| ||  || ||||| |||||| |||| || ||||||| ||| |||||||| | ||| ||| |||     
T  51576081 aaatactgaaaattccgtggtggttcttggttatctgctccttctgtcaatttatggattggttccttattttgataaagatgaaattttgaagtatttt 51576180  T
Q  319 acatttgttgctcagcacaa 338  Q
      ||||||||||||||||||    
T  51576181 ggatttgttgctcagcacaa 51576200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University