View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20174_low_13 (Length: 404)

Name: NF20174_low_13
Description: NF20174
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20174_low_13
NF20174_low_13
[»] chr7 (4 HSPs)
chr7 (1-388)||(27786156-27786543)
chr7 (1-388)||(27789312-27789699)
chr7 (1-388)||(27792490-27792877)
chr7 (111-342)||(8298286-8298517)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (141-374)||(26123870-26124103)
chr5 (179-333)||(40749424-40749578)
chr5 (179-333)||(40761426-40761580)
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (138-333)||(16100875-16101070)
chr8 (138-304)||(16170145-16170311)
chr8 (245-333)||(16174046-16174134)
chr8 (245-333)||(16177841-16177929)
chr8 (245-304)||(16099151-16099210)
chr8 (166-199)||(16099072-16099105)
[»] scaffold1042 (1 HSPs)
scaffold1042 (179-333)||(191-345)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 336; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 336; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 27786543 - 27786156
Alignment:
Q  1 ttcttatctttcagatcaaaatagaggcagatccaatttcactgatgccaaaagttgaagtgaaagaagatcccatcaccactaatggagttggtaaggt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||  |||| ||||||    
T  27786543 ttcttatctttcagatcaaaatagaggcaaatccaatttcactgattccaaaagatgaagtgaaagaaaatcccatcaacactaatgttgttgttaaggt 27786444  T
Q  101 gggtgatttggatcaagaatcatataattgtgctctaagaccatggatctgtagtgcaggacaaaatccaccaagatctgtatgttgtagaaaccgttgt 200  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27786443 aggtgatttggatcaagaatcatataattgtgctctaagaccatggatctgtagtgcaggagaaaatccaccaagatctgtatgttgtagaaaccgttgt 27786344  T
Q  201 gttgatgttacaagtgatgcagacaattgtggattttgtgggattcgttgtccatttattgggaattggcagtgttgcaatggtttttgtgcaaacatta 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  27786343 gttgatgttacaagtgatgcagacaattgtggattttgtgggattcgttgtccatttattgggaattggcaatgttgtaatcgtttttgtgcaaacatta 27786244  T
Q  301 attttagcccttttaattgtggtgcttgtggaataagatgtcttggatgcttgtttggtaggtgtccttctacaaatccagcacaacc 388  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27786243 attttagcccttttaattgtggtgcttgtggaataagatgtcttggatgcttgtttggtaggtgtccttctacaaatccagcacaacc 27786156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 336; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 27789699 - 27789312
Alignment:
Q  1 ttcttatctttcagatcaaaatagaggcagatccaatttcactgatgccaaaagttgaagtgaaagaagatcccatcaccactaatggagttggtaaggt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||  |||| ||||||    
T  27789699 ttcttatctttcagatcaaaatagaggcaaatccaatttcactgattccaaaagatgaagtgaaagaaaatcccatcaacactaatgttgttgttaaggt 27789600  T
Q  101 gggtgatttggatcaagaatcatataattgtgctctaagaccatggatctgtagtgcaggacaaaatccaccaagatctgtatgttgtagaaaccgttgt 200  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27789599 aggtgatttggatcaagaatcatataattgtgctctaagaccatggatctgtagtgcaggagaaaatccaccaagatctgtatgttgtagaaaccgttgt 27789500  T
Q  201 gttgatgttacaagtgatgcagacaattgtggattttgtgggattcgttgtccatttattgggaattggcagtgttgcaatggtttttgtgcaaacatta 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  27789499 gttgatgttacaagtgatgcagacaattgtggattttgtgggattcgttgtccatttattgggaattggcaatgttgtaatcgtttttgtgcaaacatta 27789400  T
Q  301 attttagcccttttaattgtggtgcttgtggaataagatgtcttggatgcttgtttggtaggtgtccttctacaaatccagcacaacc 388  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27789399 attttagcccttttaattgtggtgcttgtggaataagatgtcttggatgcttgtttggtaggtgtccttctacaaatccagcacaacc 27789312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 336; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 27792877 - 27792490
Alignment:
Q  1 ttcttatctttcagatcaaaatagaggcagatccaatttcactgatgccaaaagttgaagtgaaagaagatcccatcaccactaatggagttggtaaggt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||  |||| ||||||    
T  27792877 ttcttatctttcagatcaaaatagaggcaaatccaatttcactgattccaaaagatgaagtgaaagaaaatcccatcaacactaatgttgttgttaaggt 27792778  T
Q  101 gggtgatttggatcaagaatcatataattgtgctctaagaccatggatctgtagtgcaggacaaaatccaccaagatctgtatgttgtagaaaccgttgt 200  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27792777 aggtgatttggatcaagaatcatataattgtgctctaagaccatggatctgtagtgcaggagaaaatccaccaagatctgtatgttgtagaaaccgttgt 27792678  T
Q  201 gttgatgttacaagtgatgcagacaattgtggattttgtgggattcgttgtccatttattgggaattggcagtgttgcaatggtttttgtgcaaacatta 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  27792677 gttgatgttacaagtgatgcagacaattgtggattttgtgggattcgttgtccatttattgggaattggcaatgttgtaatcgtttttgtgcaaacatta 27792578  T
Q  301 attttagcccttttaattgtggtgcttgtggaataagatgtcttggatgcttgtttggtaggtgtccttctacaaatccagcacaacc 388  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27792577 attttagcccttttaattgtggtgcttgtggaataagatgtcttggatgcttgtttggtaggtgtccttctacaaatccagcacaacc 27792490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 111 - 342
Target Start/End: Original strand, 8298286 - 8298517
Alignment:
Q  111 gatcaagaatcatataattgtgctctaagaccatggatctgtagtgcaggacaaaatccaccaagatctgtatgttgtagaaaccgttgtgttgatgtta 210  Q
    ||||||| ||||  |||||||| |  || ||||||||| |||||| ||||| ||  |||||||||| || ||||||| ||||| |||||||||||||| |    
T  8298286 gatcaagtatcacctaattgtggtgcaacaccatggatatgtagtacaggagaatttccaccaagagctttatgttgcagaaatcgttgtgttgatgtaa 8298385  T
Q  211 caagtgatgcagacaattgtggattttgtgggattcgttgtccatttattgggaattggcagtgttgcaatggtttttgtgcaaacattaattttagccc 310  Q
    ||| ||||  | |||||||||| ||||||||  ||  ||||||||| || || |||||| | ||||| || ||| | ||| ||||||| ||||||| |||    
T  8298386 caaatgatttaaacaattgtgggttttgtggagttatttgtccattgatcggtaattggaaatgttgtaacggtgtgtgtacaaacataaattttaaccc 8298485  T
Q  311 ttttaattgtggtgcttgtggaataagatgtc 342  Q
    ||||| |||||||| |||||||| || |||||    
T  8298486 ttttagttgtggtgattgtggaagaacatgtc 8298517  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 50; Significance: 2e-19; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 141 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 26124103 - 26123870
Alignment:
Q  141 ccatggatctgtagtgcaggacaaaatccaccaagatctgtatgttgtagaaaccgttgtgttgatgttacaagtgatgcagacaattgtggattttgtg 240  Q
    |||||||| |||||  ||||| ||| ||||||||||   ||||||||| |||| || ||||| |||||||| | |||||   | || ||||| |||||||    
T  26124103 ccatggatatgtagcacaggagaaattccaccaagaatggtatgttgtggaaatcggtgtgtcgatgttacgaatgatgtgaataactgtgggttttgtg 26124004  T
Q  241 ggattcgttgtccatttattgggaattggcagtgttgcaatggtttttgtgcaaacattaattttagcccttttaattgtggtgcttgtggaataagatg 340  Q
    || ||  |||||||||  |||| ||||  || ||||| |||||| | ||| || |||| ||| ||| ||||||||||||||| | ||||||||  | |||    
T  26124003 gggttatttgtccattagttggaaattttcaatgttgtaatggtatatgttcagacataaatattaacccttttaattgtggaggttgtggaaagatatg 26123904  T
Q  341 tcttggatgcttgtttggtaggtgtccttctaca 374  Q
    || |  ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  26123903 tcctttatgcttgtttggtaggtgtccttttaca 26123870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 179 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 40749578 - 40749424
Alignment:
Q  179 tgtatgttgtagaaaccgttgtgttgatgttacaagtgatgcagacaattgtggattttgtgggattcgttgtccatttattgggaattggcagtgttgc 278  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| |   ||||||||||||||||||  | ||||| |||  ||| |||    |||| | |||||| |||||     
T  40749578 tgtatgttgtagaaaccggtgtgttgatgtttcttttgatgcagacaattgtggggtgtgtggaattgcttgcccaaggtttggtagttggcattgttgt 40749479  T
Q  279 aatggtttttgtgcaaacattaattttagcccttttaattgtggtgcttgtggaa 333  Q
       ||| | |||| |||||| || |||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  40749478 tggggtgtgtgtgtaaacataaactttaacccttttaactgtggtgcttgtggaa 40749424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 179 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 40761580 - 40761426
Alignment:
Q  179 tgtatgttgtagaaaccgttgtgttgatgttacaagtgatgcagacaattgtggattttgtgggattcgttgtccatttattgggaattggcagtgttgc 278  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| |   ||||||||||||||||||  | ||||| |||  ||| |||    |||| | |||||| |||||     
T  40761580 tgtatgttgtagaaaccggtgtgttgatgtttcttttgatgcagacaattgtggggtgtgtggaattgcttgcccaaggtttggtagttggcattgttgt 40761481  T
Q  279 aatggtttttgtgcaaacattaattttagcccttttaattgtggtgcttgtggaa 333  Q
       ||| | |||| |||||| || |||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  40761480 tggggtgtgtgtgtaaacataaactttaacccttttaactgtggtgcttgtggaa 40761426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 44; Significance: 6e-16; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 138 - 333
Target Start/End: Original strand, 16100875 - 16101070
Alignment:
Q  138 agaccatggatctgtagtgcaggacaaaatccaccaagatctgtatgttgtagaaaccgttgtgttgatgttacaagtgatgcagacaattgtggatttt 237  Q
    ||||||||||| ||||||   ||| || | |||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||| || | |  ||||   |||||||| |  | |    
T  16100875 agaccatggatatgtagtaatggagaataaccaccaagatatgtatgttgtagaaaccgttgcgtggatatttctaaagatgttaacaattgtaggatat 16100974  T
Q  238 gtgggattcgttgtccatttattgggaattggcagtgttgcaatggtttttgtgcaaacattaattttagcccttttaattgtggtgcttgtggaa 333  Q
    |||||  ||||||||||  |||||| |||||||  ||||| |||||||||||||||||||| |||||   |||||| || ||||| | ||||||||    
T  16100975 gtgggcgtcgttgtccaactattggtaattggcgctgttgtaatggtttttgtgcaaacataaatttcgaccctttaaactgtgggggttgtggaa 16101070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 138 - 304
Target Start/End: Original strand, 16170145 - 16170311
Alignment:
Q  138 agaccatggatctgtagtgcaggacaaaatccaccaagatctgtatgttgtagaaaccgttgtgttgatgttacaagtgatgcagacaattgtggatttt 237  Q
    ||||||||||| ||||||   ||| || | |||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||| || | |  ||||   |||||||| |  | |    
T  16170145 agaccatggatatgtagtaatggagaatacccaccaagatatgtatgttgtagaaaccgttgcgtggatatttctaaagatgttaacaattgtaggatat 16170244  T
Q  238 gtgggattcgttgtccatttattgggaattggcagtgttgcaatggtttttgtgcaaacattaattt 304  Q
    | |||  ||||||||||  |||||| |||||||  ||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  16170245 gcgggcgtcgttgtccaactattggtaattggcgctgttgtaatggtttttgtgcaaacataaattt 16170311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 245 - 333
Target Start/End: Original strand, 16174046 - 16174134
Alignment:
Q  245 tcgttgtccatttattgggaattggcagtgttgcaatggtttttgtgcaaacattaattttagcccttttaattgtggtgcttgtggaa 333  Q
    ||||||||||  |||||| |||||||  ||||| |||||||||||||||||||| |||||   |||||| || ||||| | ||||||||    
T  16174046 tcgttgtccaactattggtaattggcgctgttgtaatggtttttgtgcaaacataaatttcgaccctttaaactgtgggggttgtggaa 16174134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 245 - 333
Target Start/End: Original strand, 16177841 - 16177929
Alignment:
Q  245 tcgttgtccatttattgggaattggcagtgttgcaatggtttttgtgcaaacattaattttagcccttttaattgtggtgcttgtggaa 333  Q
    ||||||||||  |||||| |||||||  ||||| |||||||||||||||||||| |||||   |||||| || ||||| | ||||||||    
T  16177841 tcgttgtccaactattggtaattggcgctgttgtaatggtttttgtgcaaacataaatttcgaccctttaaactgtgggggttgtggaa 16177929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 245 - 304
Target Start/End: Original strand, 16099151 - 16099210
Alignment:
Q  245 tcgttgtccatttattgggaattggcagtgttgcaatggtttttgtgcaaacattaattt 304  Q
    ||||||||||  |||||| |||||||| ||||| |||||||||||| ||||||| |||||    
T  16099151 tcgttgtccaactattggtaattggcactgttgtaatggtttttgtacaaacataaattt 16099210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 166 - 199
Target Start/End: Original strand, 16099072 - 16099105
Alignment:
Q  166 atccaccaagatctgtatgttgtagaaaccgttg 199  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  16099072 atccaccaagatctgtatgtcgtagaaaccgttg 16099105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1042 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold1042
Description:

Target: scaffold1042; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 179 - 333
Target Start/End: Original strand, 191 - 345
Alignment:
Q  179 tgtatgttgtagaaaccgttgtgttgatgttacaagtgatgcagacaattgtggattttgtgggattcgttgtccatttattgggaattggcagtgttgc 278  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| |   ||||||||||||||||||  | ||||| |||  ||| |||    |||| | |||||| |||||     
T  191 tgtatgttgtagaaaccggtgtgttgatgtttcttttgatgcagacaattgtggggtgtgtggaattgcttgcccaaggtttggtagttggcattgttgt 290  T
Q  279 aatggtttttgtgcaaacattaattttagcccttttaattgtggtgcttgtggaa 333  Q
       ||| | |||| |||||| || |||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  291 tggggtgtgtgtgtaaacataaactttaacccttttaactgtggtgcttgtggaa 345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University