View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20174_low_3 (Length: 636)

Name: NF20174_low_3
Description: NF20174
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20174_low_3
NF20174_low_3
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (11-619)||(44730664-44731272)
chr4 (107-611)||(30881531-30882042)
chr4 (55-610)||(16867096-16867650)
chr4 (177-611)||(30719394-30719828)
chr4 (217-611)||(30892614-30893008)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (19-611)||(8899146-8899742)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (213-516)||(31727399-31727702)
chr2 (578-611)||(31727304-31727337)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 585; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 585; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 619
Target Start/End: Original strand, 44730664 - 44731272
Alignment:
Q  11 gagcacagaagaacagtgaactataagatgtcctcttaatatttttcattgtattgataactgcacaagtataactgctagatgtatagaatatacacac 110  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  44730664 gagcacagaagaacagtgaactataagatgtcctcttaatatttttcattgtattgataaatgcacaagtataactgctagatttatagaatatacacac 44730763  T
Q  111 aactagttgtagaaaccatgatgaatgtagcttataaatgcacaatcaatcacagttttgctcaaattacaaagtttaggtaacttaagtattaagtttg 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44730764 aactagttgtagaaaccatgatgaatgtagcttataattgcacaatcaatcacagttttgctcaaattacaaagtttaggtaacttaagtattaagtttg 44730863  T
Q  211 agaattaagcagtagggtaagatgcttgcattgcaatgccacagagtccttcagcggcatccactcccctttgcatcctaatgtatccttcttcgcccca 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44730864 agaattaagcagtagggtaagatgcttgcattgcaatgccacagagtccttcagcggcatccactcccctttgcatcctaatgtatccttcttcgcccca 44730963  T
Q  311 atcagttccccatgagttcttaaccaaccaatacttggttccatcattaccgacaccataacccacagcggtgacaccatgatccaactcggttccacat 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44730964 atcagttccccatgagttcttaaccaaccaatacttggttccatcattaccgacaccataacccacagcggtgacaccatgatccaactcggttccacat 44731063  T
Q  411 gaaccactaaagacaccgcttttgtaaaattgaaagtcagatccactagcatcaatggcaacagaaataggttgatttgccacagctttttgcagtgcct 510  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  44731064 gaaccactaaagacaccgcttttgtaaaattgaaagtcagatccactagcatcaatggcaacagaaataggttgatttgcgacagctttttgcaatgcct 44731163  T
Q  511 gctcattgttggcagggacatcttcatacccggtaatggtagctgcatgaatggacgccttgtttgcattgcatgttccgtcaacaccttgataagggta 610  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44731164 gctcattgttggcagggacatcttcatacccggtaatggtagctgcatgaatggacgctttgtttgcattgcatgttccgtcaacaccttgataagggta 44731263  T
Q  611 tgcggcttc 619  Q
    |||||||||    
T  44731264 tgcggcttc 44731272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 314; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 107 - 611
Target Start/End: Complemental strand, 30882042 - 30881531
Alignment:
Q  107 acacaactagttgtagaaaccatgatgaatgtagcttata-------aatgcacaatcaatcacagttttgctcaaattacaaagtttaggtaacttaag 199  Q
    |||||| ||||  ||||||||||||||||||||||| |||       ||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||||| || |    
T  30882042 acacaaatagtcatagaaaccatgatgaatgtagctaatagatgataaatgcacaatcaatcacagctttgatcgaattacaaagtttaggtaacatacg 30881943  T
Q  200 tattaagtttgagaattaagcagtagggtaagatgcttgcattgcaatgccacagagtccttcagcggcatccactcccctttgcatcctaatgtatcct 299  Q
     ||||||||||  | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  30881942 cattaagtttggaagttaagcagtagggtaagatgcttccattgcaatgccacaaagtccttcggctgcatcgactcccctttgcatcttaatgtatcct 30881843  T
Q  300 tcttcgccccaatcagttccccatgagttcttaaccaaccaatacttggttccatcattaccgacaccataacccacagcggtgacaccatgatccaact 399  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||| |||||||    
T  30881842 tcttcaccccaatcagttccccatgaattcttaaccaaccaatacttggttccatcattaccgacaccataacctacggctgtgacaccatggtccaact 30881743  T
Q  400 cggttccacatgaaccactaaagacaccgcttttgtaaaattgaaagtcagatccactagcatcaatggcaacagaaataggttgatttgccacagcttt 499  Q
    | ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || || ||||| ||||||||||||||||||||    
T  30881742 cagttccacatgaaccagtaaagacaccacttttgtaaaactgaaagtcagacccactagcatcaatagctacggaaattggttgatttgccacagcttt 30881643  T
Q  500 ttgcagtgcctgctcattgttggcagggacatcttcatacccggtaatggtagctgcatgaatggacgccttgtttgcattgcatgttccgtcaacacct 599  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||| || ||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  30881642 ctgcagtgcctgctcattgttggcagggacatcttcatacccggtaatagtaactgcatggatggatgctttgtttgcactgcaagttccgtcaacacct 30881543  T
Q  600 tgataagggtat 611  Q
    ||||| ||||||    
T  30881542 tgataggggtat 30881531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 292; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 55 - 610
Target Start/End: Original strand, 16867096 - 16867650
Alignment:
Q  55 ttcattgtattgataactgcacaagtataactgctagatgtatagaatatacacacaactagttgtagaaaccatgatgaatgtagcttataaatgcaca 154  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| |   ||||||||||||||| | |||||||| ||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  16867096 ttcattgtattgataaatgcacaagtatatccagtagatgtatagaata-atacacaactggtcttagaaaccatgatgaatgtagctaataaatgcaca 16867194  T
Q  155 atcaatcacagttttgctcaaattacaaagtttaggtaacttaagtattaagtttgagaattaagcagtagggtaagatgcttgcattgcaatgccacag 254  Q
    | | |||||| ||| | |  ||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||     
T  16867195 aaccatcacaatttagtttgaattacaaagtttagataacataagtattaattttgacatttaagcagtagggtatgatgcttgcattgcaatgccacaa 16867294  T
Q  255 agtccttcagcggcatccactcccctttgcatcctaatgtatccttcttcgccccaatcagttccccatgagttcttaaccaaccaatacttggttccat 354  Q
    ||||||||||| ||||| || || ||||||||| |||||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||    
T  16867295 agtccttcagcagcatcaacacctctttgcatcataatgtatccttcttcaccccattcggttccccaagagtttttaaccaaccaatacttagttccat 16867394  T
Q  355 cattaccgacaccataacccacagcggtgacaccatgatccaactcggttccacatgaaccactaaagacaccgcttttgtaaaattgaaagtcagatcc 454  Q
    ||||||  |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||| || |||||||| ||||||||||| || ||    
T  16867395 cattactaacaccataacccacggcggtaacaccatgatccaactcagttccgcatgaaccagtaaagacgccacttttgtagaattgaaagtcggaacc 16867494  T
Q  455 actagcatcaatggcaacagaaataggttgatttgccacagctttttgcagtgcctgctcattgttggcagggacatcttcatacccggtaatggtagct 554  Q
    ||||||||||||||| || ||||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  16867495 actagcatcaatggctacggaaatcggttgattagccactgctttttgtagtgcctgctcattgttggtcgggacatcttcatacccagtaatggtaact 16867594  T
Q  555 gcatgaatggacgccttgtttgcattgcatgttccgtcaacaccttgataagggta 610  Q
    ||||  |||||  | |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  16867595 gcattgatggatcctttgtttgcgttgcatgtcccgtcaacaccttgataagggta 16867650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 287; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 177 - 611
Target Start/End: Original strand, 30719394 - 30719828
Alignment:
Q  177 ttacaaagtttaggtaacttaagtattaagtttgagaattaagcagtagggtaagatgcttgcattgcaatgccacagagtccttcagcggcatccactc 276  Q
    ||||| |||||||||||| || | ||||||||||  | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| || ||||| ||||    
T  30719394 ttacatagtttaggtaacatacgcattaagtttggaagttaagcagtagggtaagatgcttccattgcaatgccacaaagtccttcggctgcatcgactc 30719493  T
Q  277 ccctttgcatcctaatgtatccttcttcgccccaatcagttccccatgagttcttaaccaaccaatacttggttccatcattaccgacaccataacccac 376  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  30719494 ccctttgcatcttaatgtatccttcttcaccccaatcagttccccatgaattcttaaccaaccaatacttggttccatcattaccgacaccataacctac 30719593  T
Q  377 agcggtgacaccatgatccaactcggttccacatgaaccactaaagacaccgcttttgtaaaattgaaagtcagatccactagcatcaatggcaacagaa 476  Q
     || ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || || |||    
T  30719594 ggctgtgacaccatggtccaactcagttccacatgaaccagtaaagacaccacttttgtaaaactgaaagtcagacccactagcatcaatagctacggaa 30719693  T
Q  477 ataggttgatttgccacagctttttgcagtgcctgctcattgttggcagggacatcttcatacccggtaatggtagctgcatgaatggacgccttgtttg 576  Q
    || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||| || |||||||    
T  30719694 attggttgatttgccacagctttctgcagtgcctgctcattgttggcagggacatcttcatacccggtaatagtaactgcatggatggatgctttgtttg 30719793  T
Q  577 cattgcatgttccgtcaacaccttgataagggtat 611  Q
    || |||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  30719794 cactgcaagttccgtcaacaccttgataggggtat 30719828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 167; E-Value: 4e-89
Query Start/End: Original strand, 217 - 611
Target Start/End: Complemental strand, 30893008 - 30892614
Alignment:
Q  217 aagcagtagggtaagatgcttgcattgcaatgccacagagtccttcagcggcatccactcccctttgcatcctaatgtatccttcttcgccccaatcagt 316  Q
    ||||||| || ||||||||   ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||| || | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |    
T  30893008 aagcagtgggataagatgccatcattgcaatgccacaaagtccttgagcagcatctacgctcctttgcatcctaatgtatccttcttcaccccaatcatt 30892909  T
Q  317 tccccatgagttcttaaccaaccaatacttggttccatcattaccgacaccataacccacagcggtgacaccatgatccaactcggttccacatgaacca 416  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |  |||||||||||||| || ||||||||||||||||  || ||||||||||||    
T  30892908 tccccatgaattcttaaccaaccaatacttggttccatcattactaatgccataacccacagcagtaacaccatgatccaactgagtaccacatgaacca 30892809  T
Q  417 ctaaagacaccgcttttgtaaaattgaaagtcagatccactagcatcaatggcaacagaaataggttgatttgccacagctttttgcagtgcctgctcat 516  Q
     | |||||||| |||||||||||||| || || || ||||| ||||||||||| || ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| | |||||    
T  30892808 gtgaagacaccacttttgtaaaattggaaatcggagccactcgcatcaatggctacggaaattggttgattagccactgctttttgcagtgcattctcat 30892709  T
Q  517 tgttggcagggacatcttcatacccggtaatggtagctgcatgaatggacgccttgtttgcattgcatgttccgtcaacaccttgataagggtat 611  Q
    |||| || |||||||||||||| || | ||| ||||| ||| |  | || |  |  |||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  30892708 tgtttgccgggacatcttcatatccagcaatagtagcagcaggggttgaagtttcatttgcactgcaagttccgtcaacaccttgataggggtat 30892614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 327; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 327; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 611
Target Start/End: Complemental strand, 8899742 - 8899146
Alignment:
Q  19 aagaacagtgaactataagatgtcctcttaatatttttcattgtattgataactgcacaagtataactgctagatgtatagaatatacacacaactagtt 118  Q
    ||||| |||||||  |||||| | |||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||   |||||||||||||||||||||  |||||||    
T  8899742 aagaaaagtgaacagtaagatttactcttaatatctt-cattgtattgataaatgcacaagtataacatgtagatgtatagaatatacaca--actagtt 8899646  T
Q  119 gtagaaac-------catgatgaatgtagcttataaatgcacaatcaatcacagttttgctcaaattacaaagtttaggtaacttaagtattaagtttga 211  Q
    ||||||||       |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| | |  || ||||||||||||||||| |||||||||||||||     
T  8899645 gtagaaactagaaaccatgatgaatgtagctgataaatgcacaaacaatcacagtttaggttgaaatacaaagtttaggtaacataagtattaagtttgg 8899546  T
Q  212 gaattaagcagtagggtaagatgcttgcattgcaatgccacagagtccttcagcggcatccactcccctttgcatcctaatgtatccttcttcgccccaa 311  Q
     | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || || ||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||    
T  8899545 catttaagcagtagggtaagatgcctgcattgcaatgccacagagcccttcagcagcttcaactcccctttgcatcataatgtaaccttcttcaccccaa 8899446  T
Q  312 tcagttccccatgagttcttaaccaaccaatacttggttccatcattaccgacaccataacccacagcggtgacaccatgatccaactcggttccacatg 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || || |||||||| ||||||||||| ||||| ||||    
T  8899445 tcagttccccatgagttcttaaccaaccaatacttggttccatcattactgacaccataacctacggcagtgacaccgtgatccaactcagttccgcatg 8899346  T
Q  412 aaccactaaagacaccgcttttgtaaaattgaaagtcagatccactagcatcaatggcaacagaaataggttgatttgccacagctttttgcagtgcctg 511  Q
    ||||  |||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  8899345 aaccggtaaatacaccacttttgtaaaattgaaagtcagagccactagcatcaattgctacagaaattggttgatttgccactgctttttgcagtgcttg 8899246  T
Q  512 ctcattgttggcagggacatcttcatacccggtaatggtagctgcatgaatggacgccttgtttgcattgcatgttccgtcaacaccttgataagggtat 611  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||| || || |||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||    
T  8899245 ctcattgttggcaggaacatcttcatacccggtaatagtagttgcttgaatggatgctttatttgcattacatgttccatcaacaccctgataggggtat 8899146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 140; Significance: 5e-73; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 140; E-Value: 5e-73
Query Start/End: Original strand, 213 - 516
Target Start/End: Complemental strand, 31727702 - 31727399
Alignment:
Q  213 aattaagcagtagggtaagatgcttgcattgcaatgccacagagtccttcagcggcatccactcccctttgcatcctaatgtatccttcttcgccccaat 312  Q
    ||||| ||||| || ||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |  |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |    
T  31727702 aattatgcagttggataagatggttgcattgcaatgccacatagtccttctgaagcatccacacccctttgcatcctaatgtacccttcttcaccccatt 31727603  T
Q  313 cagttccccatgagttcttaaccaaccaatacttggttccatcattaccgacaccataacccacagcggtgacaccatgatccaactcggttccacatga 412  Q
     |||||||||||| ||||| |||||||||||||  ||  |||| | ||| ||||||||||| ||| | |  ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  31727602 gagttccccatgaattcttcaccaaccaatactcagtctcatcttcaccaacaccataacctacaacagctacaccatgatccaactcagttccacatga 31727503  T
Q  413 accactaaagacaccgcttttgtaaaattgaaagtcagatccactagcatcaatggcaacagaaataggttgatttgccacagctttttgcagtgcctgc 512  Q
    |||| |||| ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| || ||||  |||||||| || || |||||||||| |||||||    
T  31727502 accagtaaatacaccacttttgtaaaattggaagtcagagccactagcatcaatggccaccgaaaccggttgattagctacggctttttgcaatgcctgc 31727403  T
Q  513 tcat 516  Q
    ||||    
T  31727402 tcat 31727399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 578 - 611
Target Start/End: Complemental strand, 31727337 - 31727304
Alignment:
Q  578 attgcatgttccgtcaacaccttgataagggtat 611  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  31727337 attgcatgttccatcaacaccttgataagggtat 31727304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University