View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF20175_low_2 (Length: 655)

Name: NF20175_low_2
Description: NF20175
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF20175_low_2
NF20175_low_2
[»] chr7 (22 HSPs)
chr7 (15-639)||(22879152-22879777)
chr7 (15-531)||(22813542-22814059)
chr7 (15-531)||(22892468-22892985)
chr7 (15-527)||(22896784-22897297)
chr7 (109-527)||(22874537-22874956)
chr7 (109-527)||(22838661-22839080)
chr7 (109-531)||(22829640-22830063)
chr7 (109-527)||(22887907-22888326)
chr7 (109-531)||(22808229-22808652)
chr7 (109-527)||(22803945-22804364)
chr7 (109-278)||(22870443-22870612)
chr7 (529-639)||(22814102-22814212)
chr7 (529-639)||(22839127-22839237)
chr7 (529-639)||(22804411-22804521)
chr7 (529-639)||(22888373-22888483)
chr7 (529-639)||(22893028-22893138)
chr7 (529-639)||(22875003-22875113)
chr7 (172-362)||(22912331-22912521)
chr7 (529-639)||(22808695-22808805)
chr7 (535-639)||(22830112-22830216)
chr7 (543-635)||(22912754-22912846)
chr7 (530-639)||(22897345-22897454)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (128-531)||(21151682-21152086)
chr1 (529-639)||(21151529-21151639)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (386-431)||(15627142-15627187)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 518; Significance: 0; HSPs: 22)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 518; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 639
Target Start/End: Original strand, 22879152 - 22879777
Alignment:
Q  15 cagagagaagtgaatcagcaatagacacagacgtatgcgacattttcttgtccatagaagaaggataagacaaaggaaagtcctcnnnnnnnntttggtt 114  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         || |||    
T  22879152 cagagagaagtgaatcagcaagagacacagacgtatgcgacattttcttgtccatagaagaaggataagacaaaggaaagtcctcaaaaaaatatttgtt 22879251  T
Q  115 cccaaaagttaatccagaataagataaactaagcaaagacaaatctggcaaaggtatatccctctccaaatacagcacaacttgtctcatacttggtcta 214  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  22879252 cccaaaagttaatccagaagaagataaactaggcaaagacaaatctggcaaaggtatatccctctccaaatactgcacaacttgtctcatacctggtcta 22879351  T
Q  215 gccaaaggttctgaatgtgaacacaacaaaccaagtttcaacaccaactcaacctcttcagacacataatctgtccccaaatttacatcttttgcatcaa 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  22879352 gccaaaggttctgaatgtgaacacaacaaaccaagtttcaacaccaattccacctcttcagacacataatctgtccccaaatttacatcttttgcctcaa 22879451  T
Q  315 gaatatcacctcttttccaacactcaaacacaaaatcaaccaaaattacacattcattttccc-tacattaacaataggccttctaccacaagcaacctc 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  22879452 gaatatcacctcttttccaacactcaaacacactatcaaccaaaattacacattcattttcccctacattagcaataggccctcttccacaagcaacctc 22879551  T
Q  414 aagaagaaatgcaccaaaagaaaatatatcagaaaatttagtggccttacctgttctaatatgttcatgagcaagataaccaatagttccagccaaatga 513  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22879552 aagaagaaatgcaccaaaagaaaacatatcagaaaatttagtcgccttacctgttctaatatgttcatgagcaagataaccaatagttccagccaaatga 22879651  T
Q  514 gttgtgtgaggatctgcattgaattcagaatctaacaacacattactagcttttatgtctctatggataacaactttctcccattcttcatgaagataaa 613  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  22879652 gttttgtgaggatctgcattgaattcagaatctaacaacacattactagcttttatgtctctatggataacaactttctcccatttttcatgaagataaa 22879751  T
Q  614 ccacacctgaagcaacacctttgatg 639  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  22879752 ccacacctgaagcaacacctttgatg 22879777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 382; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 531
Target Start/End: Original strand, 22813542 - 22814059
Alignment:
Q  15 cagagagaagtgaatcagcaatagacacagacgtatgcgacattttcttgtccatagaagaaggataagacaaaggaaagtcctcnnnnnnnntttggtt 114  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||| |||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||         |||||     
T  22813542 cagagagaagtgaatcagaaatagaaacagaagtatgtgacattgtcttgtccatggaagaaggatacgacaaaggaaagtcctcaaaatattcttggta 22813641  T
Q  115 cccaaaagttaatccagaataagataaactaagcaaagacaaatctggcaaaggtatatccctctccaaatacagcacaacttgtctcatacttggtcta 214  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  22813642 cccaaaagttaatccagaagaagataaactaagcgaaggcaaatctggcaaaggtatatcccgctccaaatactgcacaacttgtctcatacctggtcta 22813741  T
Q  215 gccaaaggttctgaatgtgaacacaacaaaccaagtttcaacaccaactcaacctcttcagacacataatctgtccccaaatttacatcttttgcatcaa 314  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  22813742 gccaaaggttctgaatgtgaacacaacaaaccaagtttcaacaccaactcaacctcttcagacacataatttgtccccaaatttacatcttttgcctcaa 22813841  T
Q  315 gaatatcacctcttttccaacactcaaacacaaaatcaaccaaaattacacattcatttt-ccctacattaacaataggccttctaccacaagcaacctc 413  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  22813842 gaatatcacctcttttccaacactcaaatacacaatcaaccaaaattacactttcattttccccaacattagaaataggccttctaccacaagcaacctc 22813941  T
Q  414 aagaagaaatgcaccaaaagaaaatatatcagaaaatttagtggccttacctgttctaatatgttcatgagcaagataaccaatagttccagccaaatga 513  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  22813942 aagaagaaatgcaccaaaagaaaacatatcagaaaatttagtggccttacctgttctaatatgttcaggagcaagataaccaattgttccagccaaatga 22814041  T
Q  514 gttgtgtgaggatctgca 531  Q
    ||||||||||||||||||    
T  22814042 gttgtgtgaggatctgca 22814059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 350; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 531
Target Start/End: Original strand, 22892468 - 22892985
Alignment:
Q  15 cagagagaagtgaatcagcaatagacacagacgtatgcgacattttcttgtccatagaagaaggataagacaaaggaaagtcctcnnnnnnnntttggtt 114  Q
    ||||||||| ||| || |||||||||||||| || || |||||| | ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||         |||||     
T  22892468 cagagagaattgagtcggcaatagacacagaagtctgtgacattgtgttgcccatagaggaaggataagacaaaggaaagtcctcaaaaaattcttggta 22892567  T
Q  115 cccaaaagttaatccagaataagataaactaagcaaagacaaatctggcaaaggtatatccctctccaaatacagcacaacttgtctcatacttggtcta 214  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  22892568 cccaaaagttaatccagaagaagataaactaagcaaagacaaatctggcaaaggtatatccctctccaaatactgcacaacttgtctcatacatggtcta 22892667  T
Q  215 gccaaaggttctgaatgtgaacacaacaaaccaagtttcaacaccaactcaacctcttcagacacataatctgtccccaaatttacatcttttgcatcaa 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  22892668 gccaaaggttctgaatgtgaacacaacaatccaagtttcaacaccaactccacctcttcagacacaaagtttgtccccaaatttacatcttttgcctcaa 22892767  T
Q  315 gaatatcacctcttttccaacactcaaacacaaaatcaaccaaaattacacattcatttt-ccctacattaacaataggccttctaccacaagcaacctc 413  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  22892768 gaatatcacctcttttccaacactcaaatacacaatcaaccaaaattacactttcattttccccaacattagaaataggccttctaccacaagcaacctc 22892867  T
Q  414 aagaagaaatgcaccaaaagaaaatatatcagaaaatttagtggccttacctgttctaatatgttcatgagcaagataaccaatagttccagccaaatga 513  Q
    |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22892868 aagaagaaatgcaccaaaagaaaacacatcagaaaatttagtagccttacctgttctaatatgttccggagcaagataaccaatagttccagccaaatga 22892967  T
Q  514 gttgtgtgaggatctgca 531  Q
    || |||||| ||||||||    
T  22892968 gtcgtgtgatgatctgca 22892985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 330; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 527
Target Start/End: Original strand, 22896784 - 22897297
Alignment:
Q  15 cagagagaagtgaatcagcaatagacacagacgtatgcgacattttcttgtccatagaagaaggataagacaaaggaaagtcctcnnnnnnnntttggtt 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||     
T  22896784 cagagagaagtgaatcagcaatagacacagaggtgtgtgacattgtgttgcccatagaagaaggataagacaaaggaaagtcctcaaaaaattcttggta 22896883  T
Q  115 cccaaaagttaatccagaataagataaactaagcaaagacaaatctggcaaaggtatatccctctccaaatacagcacaacttgtctcatacttggtcta 214  Q
    |||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||| |||||||    
T  22896884 cccaaaagttaaaccagaagaagataaactaagcaaagacaaatctggtaaaggtatatccctttccaaatactgtacaacttgtctcatacctggtcta 22896983  T
Q  215 gccaaaggttctgaatgtgaacacaacaaaccaagtttcaacaccaactcaacctcttcagacacataatctgtccccaaatttacatcttttgcatcaa 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  22896984 gccaaaggttctgaatgtgaacacaacaaaccaagtttcaacaccaattcaacctcttcagacacatagtttgtccccaaatttacatcttttgcctcaa 22897083  T
Q  315 gaatatcacctcttttccaacactcaaacacaaaatcaaccaaaattacacattcattttcc-ctacattaacaataggccttctaccacaagcaacctc 413  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  22897084 gaatattaccccttttccaacactcaaagacacaatcaaccaaaattacgcattcattttccgctacattttcaataggccttctaccacaagcaacctc 22897183  T
Q  414 aagaagaaatgcaccaaaagaaaatatatcagaaaatttagtggccttacctgttctaatatgttcatgagcaagataaccaatagttccagccaaatga 513  Q
     ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| | || ||||| || | ||||||| ||||||||    
T  22897184 gagaagaaatgcaccaaaagaaaacacatcagaaaatttagtagccttacctgttctagtatgttcaggtgctagataccctacagttccaaccaaatga 22897283  T
Q  514 gttgtgtgaggatc 527  Q
    ||||||||||||||    
T  22897284 gttgtgtgaggatc 22897297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 300; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 109 - 527
Target Start/End: Original strand, 22874537 - 22874956
Alignment:
Q  109 ttggttcccaaaagttaatccagaataagataaactaagcaaagacaaatctggcaaaggtatatccctctccaaatacagcacaacttgtctcatactt 208  Q
    ||||| |||||||||||| ||| || |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||    
T  22874537 ttggtacccaaaagttaaaccaaaagaagataaactaagcgaagaaaaatctggcaaaggtatatccctctccaaatactgcacaacttgcctcatgctt 22874636  T
Q  209 ggtctagccaaaggttctgaatgtgaacacaacaaaccaagtttcaacaccaactcaacctcttcagacacataatctgtccccaaatttacatcttttg 308  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  22874637 ggtctagccaaaggctctgaatgagaacacaacaatccaagtttcaaaaccaattccacctcttcagacacataatttgtcccaaaatttacatcttttg 22874736  T
Q  309 catcaagaatatcacctcttttccaacactcaaacacaaaatcaaccaaaattacacattcatttt-ccctacattaacaataggccttctaccacaagc 407  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||    
T  22874737 cctcaagaatatcacctcttttccaacactcaaatacacaatcaaccaaaattacacattcattttcccctacattggcaataggccttctaccacaagc 22874836  T
Q  408 aacctcaagaagaaatgcaccaaaagaaaatatatcagaaaatttagtggccttacctgttctaatatgttcatgagcaagataaccaatagttccagcc 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  22874837 aacctcaagaagaaatgcaccaaaagaaaacacatcagaaaatttagtagccttaccagttctaatatgttccggagcaagataaccaatagttccagcc 22874936  T
Q  508 aaatgagttgtgtgaggatc 527  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  22874937 aaatgagttgtgtgaggatc 22874956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 109 - 527
Target Start/End: Original strand, 22838661 - 22839080
Alignment:
Q  109 ttggttcccaaaagttaatccagaataagataaactaagcaaagacaaatctggcaaaggtatatccctctccaaatacagcacaacttgtctcatactt 208  Q
    ||||| |||||||||||| ||| ||  ||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  22838661 ttggtacccaaaagttaaaccaaaagtagataaactaagcgaagacaaatctggaaagggtatatccgtctccaaatactgcacaacttgcctcatactt 22838760  T
Q  209 ggtctagccaaaggttctgaatgtgaacacaacaaaccaagtttcaacaccaactcaacctcttcagacacataatctgtccccaaatttacatcttttg 308  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22838761 ggtctagccaaaggctctgaatgagaacacaacaatccaagtttcaacaccaactccacctcttcagacacataatctgtccccaaatttacatcttttg 22838860  T
Q  309 catcaagaatatcacctcttttccaacactcaaacacaaaatcaaccaaaattacacattcattttc-cctacattaacaataggccttctaccacaagc 407  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||| ||  |||| ||| ||||||  | | |||||||| ||||||||| |    
T  22838861 cctcaagaatatcacctcttttccaacactcaaacacacaatcaactagaattagactctcatattctcctacacgacctataggcctcctaccacaaac 22838960  T
Q  408 aacctcaagaagaaatgcaccaaaagaaaatatatcagaaaatttagtggccttacctgttctaatatgttcatgagcaagataaccaatagttccagcc 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||| ||    
T  22838961 aacctcaagaagaaatgcaccaaaagaaaacacatcagaaaatttagtagccttacctgttctaatatgatcaggagcaagataaccaaaagttccaacc 22839060  T
Q  508 aaatgagttgtgtgaggatc 527  Q
    |||||||| |||||||||||    
T  22839061 aaatgagtagtgtgaggatc 22839080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 260; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 109 - 531
Target Start/End: Original strand, 22829640 - 22830063
Alignment:
Q  109 ttggttcccaaaagttaatccagaataagataaactaagcaaagacaaatctggcaaaggtatatccctctccaaatacagcacaacttgtctcatactt 208  Q
    ||||| |||||||  ||| |||||| |||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |    
T  22829640 ttggtacccaaaaaataaaccagaagaagataaactaagcgaaaacaaatatggcaaaggtatatccctctccaaatactgcacaacttgtctcatacct 22829739  T
Q  209 ggtctagccaaaggttctgaatgtgaacacaacaaaccaagtttcaacaccaactcaacctcttcagacacataatctgtccccaaatttacatcttttg 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  22829740 ggtctagccaaaggttctgaatgtgaacacaacaatccaagtttcaacaccaactcgacctcctcagacacataatcagtgcccaaatttacatcttttg 22829839  T
Q  309 catcaagaatatcacctcttttccaacactcaaacacaaaatcaaccaaaattacacattcattttc-cctacattaacaataggccttctaccacaagc 407  Q
    | |||||||| |||||||||| |||||| ||||||||| ||||||| | ||||| ||  ||||| || ||||||    | | |||||| ||||||||| |    
T  22829840 cctcaagaatctcacctctttgccaacattcaaacacataatcaactagaattagactctcattgtctcctacacggcctagaggcctcctaccacaaac 22829939  T
Q  408 aacctcaagaagaaatgcaccaaaagaaaatatatcagaaaatttagtggccttacctgttctaatatgttcatgagcaagataaccaatagttccagcc 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  22829940 aacctcaagaagaaatgcaccaaaagaaaacacatcagaaaattttgtagccttacctgttctaatatgttcaggagcaagataaccaatagttccagcc 22830039  T
Q  508 aaatgagttgtgtgaggatctgca 531  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  22830040 aaatgagttgtgtgaggatctgca 22830063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 109 - 527
Target Start/End: Original strand, 22887907 - 22888326
Alignment:
Q  109 ttggttcccaaaagttaatccagaataagataaactaagcaaagacaaatctggcaaaggtatatccctctccaaatacagcacaacttgtctcatactt 208  Q
    ||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  22887907 ttggtacccaaaagttaaaccagaagaagataaactaagcgaagaaaaatctggcaaaggtgtatccctctccaaatactgtacaacttgtctcatactt 22888006  T
Q  209 ggtctagccaaaggttctgaatgtgaacacaacaaaccaagtttcaacaccaactcaacctcttcagacacataatctgtccccaaatttacatcttttg 308  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||| || ||||  ||||||||||    
T  22888007 ggtctagccaaaggctctgaatgtgaacacaacaagccaagtttcaacaccaattccacctcttcagacacataatttgttcctaaatgaacatcttttg 22888106  T
Q  309 catcaagaatatcacctcttttccaacactcaaacacaaaatcaaccaaaattacacattcattttc-cctacattaacaataggccttctaccacaagc 407  Q
    | |||||||| |||||||||| |||||| ||||||||| ||||||| | ||||| ||  ||||| || ||||||  | | |||||||| ||||||||| |    
T  22888107 cctcaagaatctcacctctttgccaacattcaaacacagaatcaactagaattagactctcattgtctcctacacgacctataggcctcctaccacaaac 22888206  T
Q  408 aacctcaagaagaaatgcaccaaaagaaaatatatcagaaaatttagtggccttacctgttctaatatgttcatgagcaagataaccaatagttccagcc 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  22888207 aacctcaagaagaaatgcaccaaaagaaaacacatcagaaaatttagtagccttacctcttctaatatgttcaggagcaagataaccaatagttccagcc 22888306  T
Q  508 aaatgagttgtgtgaggatc 527  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  22888307 aaatgagttgtgtgaggatc 22888326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 252; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 109 - 531
Target Start/End: Original strand, 22808229 - 22808652
Alignment:
Q  109 ttggttcccaaaagttaatccagaataagataaactaagcaaagacaaatctggcaaaggtatatccctctccaaatacagcacaacttgtctcatactt 208  Q
    ||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  22808229 ttggtacccaaaagttaaaccagaagaagataaactaagcgaagacaaatctggcaaagctatatccctctccaaatactgcacaacttgtctcatactt 22808328  T
Q  209 ggtctagccaaaggttctgaatgtgaacacaacaaaccaagtttcaacaccaactcaacctcttcagacacataatctgtccccaaatttacatcttttg 308  Q
    |||||| ||| ||| ||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| || |||| |||||||||||    
T  22808329 ggtctaaccagaggctctgaatgcaaacacaacaagccaagtttcaacaccaattcaacctcttcagacacataatttgttcctaaatatacatcttttg 22808428  T
Q  309 catcaagaatatcacctcttttccaacactcaaacacaaaatcaaccaaaattacacattcattttc-cctacattaacaataggccttctaccacaagc 407  Q
    | |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| | ||||| ||  |||||||| || |||  | | |||||||| | ||||||| |    
T  22808429 cctcaagaatttcacctcttttccaacattcaaacacataatcaactagaattagactctcattttctcccacacgacctataggcctccgaccacaaac 22808528  T
Q  408 aacctcaagaagaaatgcaccaaaagaaaatatatcagaaaatttagtggccttacctgttctaatatgttcatgagcaagataaccaatagttccagcc 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||| ||    
T  22808529 aacctcaagaagaaatgcaccaaaagaaaacacatcagaaaatttagtagccttacctgttctaatatgctcaggggcaagataaccaatagttccaacc 22808628  T
Q  508 aaatgagttgtgtgaggatctgca 531  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  22808629 aaatgagttgtgtgaggatctgca 22808652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 109 - 527
Target Start/End: Original strand, 22803945 - 22804364
Alignment:
Q  109 ttggttcccaaaagttaatccagaataagataaactaagcaaagacaaatctggcaaaggtatatccctctccaaatacagcacaacttgtctcatactt 208  Q
    ||||| |||||||||||||||| |  |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  22803945 ttggtgcccaaaagttaatccataggaagataaactaagcaatgacaaatctggtaaaggtaaatccctctccaaatactgcacaacttgtctcatactt 22804044  T
Q  209 ggtctagccaaaggttctgaatgtgaacacaacaaaccaagtttcaacaccaactcaacctcttcagacacataatctgtccccaaatttacatcttttg 308  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||| || |||| ||||||||| |    
T  22804045 ggtctagccaaaggctctgaatgtgaacacatcaagccaagtttcaacaccaattccacctcttcagacacataatttgttcctaaatatacatctttag 22804144  T
Q  309 catcaagaatatcacctcttttccaacactcaaacacaaaatcaaccaaaattacacattcattttc-cctacattaacaataggccttctaccacaagc 407  Q
    | |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||  |||||| | || || ||  ||||| || ||||||  | | |||||||| ||||||||| |    
T  22804145 cctcaagaatttcacctcttttcaaacattcaaacacatgatcaactagaactagactctcattctctcctacacgacctataggcctcctaccacaaac 22804244  T
Q  408 aacctcaagaagaaatgcaccaaaagaaaatatatcagaaaatttagtggccttacctgttctaatatgttcatgagcaagataaccaatagttccagcc 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||| ||    
T  22804245 aacctcaagaagaaatgcaccaaaagaaaacacatcagaaaatttagtagccttacctgttctaatatgatcaggagcaagataaccaaaagttccaacc 22804344  T
Q  508 aaatgagttgtgtgaggatc 527  Q
    |||||||| |||||||||||    
T  22804345 aaatgagtagtgtgaggatc 22804364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 118; E-Value: 7e-60
Query Start/End: Original strand, 109 - 278
Target Start/End: Original strand, 22870443 - 22870612
Alignment:
Q  109 ttggttcccaaaagttaatccagaataagataaactaagcaaagacaaatctggcaaaggtatatccctctccaaatacagcacaacttgtctcatactt 208  Q
    ||||| |||||||||||||||| |  |||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  22870443 ttggtgcccaaaagttaatccataggaagataaactaagcaatgacaaagctggtaaaggtatatccctctccaaatactgcacaacttgtctcatactt 22870542  T
Q  209 ggtctagccaaaggttctgaatgtgaacacaacaaaccaagtttcaacaccaactcaacctcttcagaca 278  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  22870543 ggtctagccaaaggctctgaatgtgaacacatcaagccaagtttcaacaccaattccacctcttcagaca 22870612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 103; E-Value: 6e-51
Query Start/End: Original strand, 529 - 639
Target Start/End: Original strand, 22814102 - 22814212
Alignment:
Q  529 gcattgaattcagaatctaacaacacattactagcttttatgtctctatggataacaactttctcccattcttcatgaagataaaccacacctgaagcaa 628  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22814102 gcattaaattcagaatctaataacacattactagcttttatgtctctatggataacaactttctcccattcttcatgaagataaaccacacctgaagcaa 22814201  T
Q  629 cacctttgatg 639  Q
    |||||||||||    
T  22814202 cacctttgatg 22814212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 103; E-Value: 6e-51
Query Start/End: Original strand, 529 - 639
Target Start/End: Original strand, 22839127 - 22839237
Alignment:
Q  529 gcattgaattcagaatctaacaacacattactagcttttatgtctctatggataacaactttctcccattcttcatgaagataaaccacacctgaagcaa 628  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  22839127 gcattaaattcagaatctaacaacacattactagcttttatgtctctatggataacaactttctcccattcttcatgaagataaaccaaacctgaagcaa 22839226  T
Q  629 cacctttgatg 639  Q
    |||||||||||    
T  22839227 cacctttgatg 22839237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 529 - 639
Target Start/End: Original strand, 22804411 - 22804521
Alignment:
Q  529 gcattgaattcagaatctaacaacacattactagcttttatgtctctatggataacaactttctcccattcttcatgaagataaaccacacctgaagcaa 628  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  22804411 gcattaaattcagaatctaacaacacattactagcttttatgtctctatggataacaactttctcccattcttcgtgaagataaaccacagctgaagcaa 22804510  T
Q  629 cacctttgatg 639  Q
    |||||||||||    
T  22804511 cacctttgatg 22804521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 95; E-Value: 4e-46
Query Start/End: Original strand, 529 - 639
Target Start/End: Original strand, 22888373 - 22888483
Alignment:
Q  529 gcattgaattcagaatctaacaacacattactagcttttatgtctctatggataacaactttctcccattcttcatgaagataaaccacacctgaagcaa 628  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22888373 gcattaaatccagaatctaacaacacattactagcctttatgtctctatgaataacaactttctcccattcttcatgaagataaaccacacctgaagcaa 22888472  T
Q  629 cacctttgatg 639  Q
    |||||||||||    
T  22888473 cacctttgatg 22888483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 95; E-Value: 4e-46
Query Start/End: Original strand, 529 - 639
Target Start/End: Original strand, 22893028 - 22893138
Alignment:
Q  529 gcattgaattcagaatctaacaacacattactagcttttatgtctctatggataacaactttctcccattcttcatgaagataaaccacacctgaagcaa 628  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  22893028 gcattaaattcagaatctaacaacacattactagcttttatgtctctatgaattacaactttctcccattcttcatgaagataaaccacgcctgaagcaa 22893127  T
Q  629 cacctttgatg 639  Q
    |||||||||||    
T  22893128 cacctttgatg 22893138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 87; E-Value: 2e-41
Query Start/End: Original strand, 529 - 639
Target Start/End: Original strand, 22875003 - 22875113
Alignment:
Q  529 gcattgaattcagaatctaacaacacattactagcttttatgtctctatggataacaactttctcccattcttcatgaagataaaccacacctgaagcaa 628  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  22875003 gcattaaattcagaatctaacaacacattactagcttttatgtctctatgaatcacaactttttcccattcttcatgtagataaaccaaacctgaagcaa 22875102  T
Q  629 cacctttgatg 639  Q
    |||||||||||    
T  22875103 cacctttgatg 22875113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 172 - 362
Target Start/End: Original strand, 22912331 - 22912521
Alignment:
Q  172 atccctctccaaatacagcacaacttgtctcatacttggtctagccaaaggttctgaatgtgaacacaacaaaccaagtttcaacaccaactcaacctct 271  Q
    ||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||  ||  |||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||    
T  22912331 atccctctccaaatacctcaaaacttgtctcatacttggtctagccaaagcctcacaatgtgaacataacaaaccaagtttcaaaaccaattcaacttct 22912430  T
Q  272 tcagacacataatctgtccccaaatttacatcttttgcatcaagaatatcacctcttttccaacactcaaacacaaaatcaaccaaaatta 362  Q
    |||  |||||||||    || ||||| |||||||| || |||| ||| ||||||||||||||||| ||| | ||| |||||||||||||||    
T  22912431 tcaaccacataatccacacctaaattcacatctttagcctcaataatctcacctcttttccaacaatcataaacataatcaaccaaaatta 22912521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 529 - 639
Target Start/End: Original strand, 22808695 - 22808805
Alignment:
Q  529 gcattgaattcagaatctaacaacacattactagcttttatgtctctatggataacaactttctcccattcttcatgaagataaaccacacctgaagcaa 628  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| || |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||    
T  22808695 gcattaaattcagaatctaacaacacattactagcctttatgtctcgatgaattacaactttctcccattcttcgtgtagataaaccacacctgacgcaa 22808794  T
Q  629 cacctttgatg 639  Q
    |||||||||||    
T  22808795 cacctttgatg 22808805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 535 - 639
Target Start/End: Original strand, 22830112 - 22830216
Alignment:
Q  535 aattcagaatctaacaacacattactagcttttatgtctctatggataacaactttctcccattcttcatgaagataaaccacacctgaagcaacacctt 634  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||| |||||    
T  22830112 aattcagaatctaacaacacattactagcctttatgtctctatgaatcacaactttctcccattcttcgtgtagataaaccacacctgacgcaatacctt 22830211  T
Q  635 tgatg 639  Q
    |||||    
T  22830212 tgatg 22830216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 543 - 635
Target Start/End: Original strand, 22912754 - 22912846
Alignment:
Q  543 atctaacaacacattactagcttttatgtctctatggataacaactttctcccattcttcatgaagataaaccacacctgaagcaacaccttt 635  Q
    |||||| || |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||| | ||||| || ||| ||||||||||||||    
T  22912754 atctaataaaacattactagctttaatgtctctatgaataacaacttgttcccattcttcatgtaaataaaacaaaccagaagcaacaccttt 22912846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 530 - 639
Target Start/End: Original strand, 22897345 - 22897454
Alignment:
Q  530 cattgaattcagaatctaacaacacattactagcttttatgtctctatggataacaactttctcccattcttcatgaagataaaccacacctgaagcaac 629  Q
    |||| ||||||  |||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||| | |||||||||||| || ||||||| || |||  |||||||    
T  22897345 cattcaattcaccatctaataacacattgctagcctttatgtctctatgaatcacaacctgctcccattcttcgtgtagataaaacaaacccaaagcaac 22897444  T
Q  630 acctttgatg 639  Q
    ||||||||||    
T  22897445 acctttgatg 22897454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 241; Significance: 1e-133; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 128 - 531
Target Start/End: Complemental strand, 21152086 - 21151682
Alignment:
Q  128 ccagaataagataaactaagcaaagacaaatctggcaaaggtatatccctctccaaatacagcacaacttgtctcatacttggtctagccaaaggttctg 227  Q
    |||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |    
T  21152086 ccagaagaagataaactaagtgaagacaaatctggcaaaggtatatccctctccaaatactgcacaacttgcctcatacttggtctagccaaaggctcgg 21151987  T
Q  228 aatgtgaacacaacaaaccaagtttcaacaccaactcaacctcttcagacacataatctgtccccaaatttacatcttttgcatcaagaatatcacctct 327  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| | ||| || |||| | |||||||||| |||||||| ||||||||    
T  21151986 aatgtgaacacaacaagccaagtttcaacaccaattccacctcttcagacacatattttgttcctaaatatgcatcttttgcctcaagaatttcacctct 21151887  T
Q  328 tttccaacactcaaacacaaaatcaaccaaaattacacattcattttc-cctacattaacaataggccttctaccacaagcaacctcaagaagaaatgca 426  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||||| | ||||| ||  || || || || |||| | | |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  21151886 tttccaacattcaaacacataatcaactagaattagactctcgttgtctccgacatgacctataggcctcctaccacaaacaacctcaagaagaaatgca 21151787  T
Q  427 ccaaaagaaaatatatcagaaaatttagtggccttacctgttctaatatgttcatgagcaagataaccaatagttccagccaaatgagttgtgtgaggat 526  Q
    ||||||||||| | ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21151786 ccaaaagaaaacacatcagaagatttagtagccttacctgttctaatatgttccggagcaagataaccaatagttccagccaaatgagttgtgtgaggat 21151687  T
Q  527 ctgca 531  Q
    |||||    
T  21151686 ctgca 21151682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 91; E-Value: 9e-44
Query Start/End: Original strand, 529 - 639
Target Start/End: Complemental strand, 21151639 - 21151529
Alignment:
Q  529 gcattgaattcagaatctaacaacacattactagcttttatgtctctatggataacaactttctcccattcttcatgaagataaaccacacctgaagcaa 628  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  21151639 gcattaaattcagaatctaacaacacattactagcttttatgtctctatgaattacaactttctcccattcttcatgtagataaaccacacttgaagcaa 21151540  T
Q  629 cacctttgatg 639  Q
    |||||||||||    
T  21151539 cacctttgatg 21151529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000002; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 386 - 431
Target Start/End: Original strand, 15627142 - 15627187
Alignment:
Q  386 caataggccttctaccacaagcaacctcaagaagaaatgcaccaaa 431  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||| |||| |||||||||    
T  15627142 caataggccttctcccacaagctacctcaagcagaagtgcaccaaa 15627187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University